BIOREMEDIASI DAN BIOFILM

MAKALAH
Untuk Memenuhi Tugas Mata KuliahBioteknologi
Yang Dibimbing Oleh Dr. Umie Lestari, M.Si. dan Indra Kurniawan Saputra,
S.Si., M.Si.

Oleh :
Kelompok 6 Offering A 2017
Hapid Yanuar P ; 170341615103
Melia Dita S.P ; 170341615093
Titania Arenda ; 170341615044
Wachidah Hayuana ; 170341615105

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
PRODI S1 PENDIDIKAN BIOLOGI
Oktober 2019
 BAB I
PENDAHULUAN

1.1. Latar belakang

Bioteknologi merupakan metode saintifik yang memanfaatkan
mikroorganisme untuk menghasilkan produk berupa barang atau jasa bagi
kesejahteraan manusia. Mikroba memiliki peranan yang besar dalam
bioteknologi. Mikroba berperan sebagai agen biologi untuk menghasilkan
produk yang diinginkan. Pemanfaan mikroba dalam bioteknologi salah
satunya adalah bioremediasi dan biofilm.
Bioremediasi dan biofilm sangat bermanfaat dalam kehidupan.
Manfaat dari bioremediasi dan biofilum mulai dari meremediasi
lingkungan hingga pangan. Disamping memiliki manfaat biofilm juga
memiliki dampak negatif. Dampak negatif biofilm salah satunya adalah
sebagai parasit bagi tubuh. Oleh karena itu perlu adanya pengetahuan
untuk dapat memanfaatkan bioremediasi dan biofilm dengan baik dan
mencegah terjadinya dampak negatif dari biofilm. Dalam makalah ini akan
dibahas mengenai bioremediasi dan biofilm muali dari pengertian, proses
hingga dampaknya.

1.2. Rumusan Masalah

1.2.1. Apakah yang disebut dengan bioremediasi?
1.2.2. Apakah yang menjadi dasar bioremediasi?
1.2.3. Bagaimana situs pembersihan dan strategi bioremediasi?
1.2.4. Bagaimanakah penerapan rekayasa genetik strain untuk
membersihkan lingkungan?
1.2.5. Bagaimanakah Environmental Disaster: Case Studies in
Bioremediation?
1.2.6. Bagaimanakah Challenger for Bioremediation?
1.2.7. Bagaimanakah biofilm dapat terbentuk?
1.3. Tujuan
1.3.1. Untuk mengetahui apakah yang disebut dengan bioremediasi
1.3.2. Untuk mengetahui dasar bioremediasi
1.3.3. Untuk mengetahui situs pembersihan dan strategi bioremediasi
1.3.4. Untuk mengetahui penerapan rekayasa genetik strain untuk
membersihkan lingkungan
1.3.5. Untuk mengetahui Environmental Disaster: Case Studies in
Bioremediation?
1.3.6. Untuk mengetahui Challenger for Bioremediation
1.3.7. Untuk mengetahui biofilm dapat terbentuk
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1. Pengertian Bioremidiasi

Bioremediasi adalah penggunaan organisme hidup seperti bakteri,

jamur, dan tanaman untuk memecah atau mendegradasi senyawa kimia di
lingkungan. Bioremediasi merupakan pengembangan dari bidang
bioteknologi lingkungan dengan memanfaatkan proses biologi dalam
mengendalikan pencemaran. Penggunaan organisme bertujuan untuk
membersihkan lingkungan yang terkontaminasi oleh polutan, organisme
hidup akan mendegradasi zat yang berbahaya menjadi zat yang memiliki
senyawa racun yang tidak terlalu berbahaya ( Taemin, 2014).
Bioremediasi bukanlah konsep baru dalam penerapan mikrobiologi,
karena mikroba telah banyak digunakan dalam waktu yang lama untuk
mengurangi senyawa organic dan bahan beracun baik yang berasal dari
limbah rumah tanggga maupun industry. Hal yang baru adalah bahwa teknik
bioremediasi terbukti sangat efektif dan mrah dari sis ekonomi untuk
membersihkan tanah dan air yang terkontaminasi oleh senyawa-senyawa
kimia toksik atau beracun (Munir, 2006).
Beberapa senyawa kimia berbahaya dan kelompok bahan- bahan
buangan dapat diperbaiki melalui bioremediasi. Bioremediasi merupakan
proses perbaikan bahan buangan atau limbah dengan melibatkan
mikrorganisme. Terdapat senyawa berbahaya dalam lingkungan karena,
kondisi lingkungan tersebut tidak memungkinkan untuk aktivitas mikroba
melakukan degradasi secara biokimia. Optimalisasi kondisi lingkungan
tersebut melalui pemahaman prinsip biologik mengenai senyawa yang akan
diurai, dan pengaruh kondisi lingkungan terhadap kemampuan
mikroorganisme dan reaksi katalisisnya (Hamdiyati, 2013).

2.2.[2.1.] Dasar Bioremidiasi

2.2.1 Hal Yang Perlu Dibersihkan di Lingkungan
 Pada semua aspek lingkungan perlu dibersihkan seperti air, tanah,
udara dan sediment ( kombinasi antara tanah dengan hewan dan
tanaman yang telah membusuk dan terletak dibawah bagian air)
merupakan aspek yang paling umum untuk menggunakan
bioremidiasi. Setiap area memiliki kompleksitas tersendiri untuk
pembersihan dengan menggunakan bioremidiasi. Polutan akan
mencemari lingkungan dengan berbagai cara dan mempengaruhi
beragam kmponen lingkungan ( Taemin, 2014).
2.2.2 Bahan Kimia di Lingkungan
Terdapat berbagai jenis bahan kimia yang berada di lingkungan
kita.
Tabel 1. Bahan kimia yang terdapat di lingkungan

2.2.3 Dasar- Dasar Pembersihan dengan Menggunakan Bioremidiasi

a. Reaksi Redoks Pada Bioremdiasi
 Mikroba dapat mengubah bahan kimia menjadi senyawa
yang tidak berbahaya dengan menggunakan metabolism aerob dan
anaerob, sehingga pada proses ini diperlukan reaksi oksidasi dan
reduksi atau reaksi redoks.

Gambar 1. Gambar Reaksi Redoks.

Pada saat terjadi reaksi redok molekul agent oksidasi
disebut dengan akseptor electron. Pada saat akseptor electron
menerima electron maka akan melepaskan electron, agen
pengoksidasi akan mengalami pengurangan electron. Oksigen, bei,
dan sulfat sering terlibat dalam reaksi redoks bioremidiasi.
b. Aerobik dan Anaerobik Biodegenerasi
Pada beberapa lingkungan seperti permukaan tanah dan air
dimana oksigen tersedia bakteri aerob menurunkan polutan dengan
mengoksidasi senyawa kimia. Pada rekasi biodegradasi aerobic O 2
dapat mengoksidasi beberapa macam molekul organic yang
mengandukng atom C, seperti produk petroleum. Pada proses
biodegradasi O2 akan direduksi menjadi air. Selanjutnya mikroba
dapat menurunkan oksidasi senyawa organic menjadi lebih
sederhana dan molekul relatifnya tidak berbahaya seperti karbon
dioksida. Ketika jumlah oksigen di lingkungan berkurang, mereka
bisa beralih ke metabolisme anaerob untuk melanjutkan
biodegradasi. Seperti yang akan Anda pelajari di bagian
selanjutnya, aerob dan anaerob keduanya penting untuk
bioremediasi.
 Gambar 2. Biodegradasi secara aerobic dan anaerobic.
2.2.4. Organisme yang Berperan : Metabolisme Mikroba

Para ilmuan menggunakan mikroba terutama bakteri untuk

melakukan pembersihan lingkungan. Kemampuan bakteri untuk
mendegradasi berbagai bahan kimia secara efektif tergantung pada
kondisi dan banyaknya bahan kimia yang didegradasi . Jenis bahan
kimia, suhu, zona kontaminasi (air versus tanah, kontaminasi
permukaan versus air tanah, dan seterusnya), nutrisi, dan banyak faktor
lainnya semuanya mempengaruhi efektivitas dan laju biodegradasi.
Bioremediasi melibatkan gabungan reaksi bakteri aerob dan
anaerob untuk mendekontaminasi. Reaksi anaerob biasanya
mendominasi reaksi biodegradasi yang paling dekat dengan sumber
kontaminasi, di mana oksigen cenderung sangat langka, tetapi sulfat,
nitrat, besi, dan metana adalah hadir untuk digunakan sebagai akseptor
elektron oleh anaerob. Pada daerah lebih jauh dari sumber
kontaminasi, di mana oksigen cenderung lebih banyak, bakteri aerobik
khas terlibat dalam biodegradasi.
 Gambar 5. Bioremidiasi dengan bakteri anaerobic dan aerobic
a. Program Genomik Bioremidiasi
Banyak ilmuwan sedang mempelajari genom organisme yang
saat ini digunakan atau dapat digunakan di masa depan untuk
bioremediasi. Melalui genomic dimungkinkan untuk mempelajari
jalur metabolism dan gen untuk mendetoksifikasi senyawa kimia,
sehingga dapat mengembangkan strategi pembersihan lingkungan
yang lebih efektif. Dapat dimungkinkan untuk menggabungkan gen
detoksifikasi dari mikroba yang berbeda menjadi rekombinan yang
berbeda bakteri mampu menurunkan banyak kontaminan disaat
yang sama.
i) Simulasi Bioremidiasi

Para ilmuwan juga menggunakan banyak strategi untuk

membuat mikroorganisme lebih efektif dalam menurunkan
kontaminan tergantung pada mikroorganisme yang terlibat,
lingkungan situs sedang dibersihkan, dan jumlahnya dan jenis-
jenis pencemar kimia yang perlu didekontaminasi. Penggunaan
pupuk adalah pendekatan bioremediasi di mana pupuk mirip
dengan fosfor dan nitrogen yang diterapkan ke rumput
 ditambahkan ke lingkungan yang terkontaminasi untuk
merangsang pertumbuhan mikroorganisme asli yang dapat
menurunkan polutan.
Karena organisme hidup membutuhkan banyak elemen
konci seperti karbon, hidrogen, nitrogen, oksigen, dan fosfor
untuk membangun makromolekul, menambahkan pupuk
menyediakan mikroba bioremediasi elemen penting untuk
mereproduksi dan berkembang. Beberapa contoh kotoran
ternak, serpihan kayu, dan jerami mungkin ditambahkan untuk
memberi mikroba sumber karbon sebagai pupuk. Pupuk
biasanya dikirim ke situs yang terkontaminasi dengan
memompanya ke dalam air tanah atau percampurannya tanah.
Dengan menambahkan lebih banyak nutrisi, mikroorganisme
mereplikasi, menambah jumlah (biomassa), dan tumbuh
dengan cepat, dengan demikian meningkatkan laju
biodegradasi.
Bioaugmentasi, atau penyemaian, adalah pendekatan
lain yang melibatkan penambahan bakteri ke lingkungan yang
terkontaminasi untuk membantu mikroba asli dengan
biodegradatif proses. Dalam beberapa kasus, penyemaian
mungkin melibatkan penerapan mikroorganisme hasil rekayasa
genetika tanpa keunikan sifat biodegradasi. Bioaugmentasi
tidak selalu merupakan solusi yang efektif, sebagian karena
strain laboratium mikroba jarang tumbuh dan terurai sebagai
seperti halnya bakteri asli, dan para ilmuwan harus yakin
bahwa bakteri yang diunggulkan tidak akan mengubah ekologi
lingkungan jika mereka bertahan setelah kontaminasi hilang.

2.3. Situs Pembersihanan dan Strategi

2.3.1 Pembersihan Tanah
Strategi perawatan untuk tanah dan air biasanya melibatkan
menghilangkan bahan kimia dari situs yang terkontaminasi ke lokasi
lain untuk perawatan, suatu pendekatan yang dikenal sebagai
bioremediasi ex situ, atau membersihkan di situs yang terkontaminasi
tanpa penggalian atau penghapusan disebut bioremediasi in situ.
Bioremediasi in situ seringkali menjadi metode bioremediasi yang
disukai, dikarenakan lebih murah daripada bioremediasi ex situ.
Bioremediasi in situ mengandalkan stimulasi mikroorganisme di
tanah atau air yang terkontaminasi. Bioremediasi ini membutuhkan
metode degradasi aerobic sering melibatkan bioventing, atau memompa
udara atau hidrogen peroksida (H2O2) ke dalam tanah yang
terkontaminasi. Untuk beberapa situs pembersihan tanah, bioremediasi
ex situ bisa lebih cepat dan lebih efektif daripada bioremediasi in situ.
Seperti yang ditunjukkan pada Gambar 8, bioremediasi ex situ tanah
dapat melibatkan beberapa teknik yang berbeda, tergantung pada jenis
dan jumlah tanah yang akan dirawat dan bahan kimia yang harus
dibersihkan.

Teknik bioremdiasi ex situ disebut bioremediasi fase-bubur.

Pendekatan ini melibatkan pemindahan yang terkontaminasi tanah ke
situs lain dan kemudian mencampur tanah dengan air serat pupuk
(oksigen juga ditambahkan) pada bioreaktor yang besar, dimana kondisi
biodegradasi oleh mikroorganisme di dalam tanah dapat dimonitor
dengan cermat dan dikendalikan. Fase padat prosesnya lebih memakan
waktu daripada fase bubur pendekatan dan biasanya membutuhkan
 ruang yang luas; Namun, mereka sering merupakan strategi terbaik
untuk merendahkan bahan kimia tertentu. Tiga teknik fase padat adalah
banyak digunakan: pengomposan, landfarming, dan biopiles.
Pengomposan dapat digunakan untuk menurunkan rumah tangga
limbah seperti sisa makanan dan potongan rumput; serupa pendekatan
yang digunakan untuk menurunkan polutan kimia di Indonesia tanah
yang terkontaminasi. Strategi landfarming melibatkan penyebaran yang
terkontaminasi tanah pada pad sehingga air dan lindi bisa keluar dari
tanah. Tujuan utama dari pendekatan ini adalah untuk mengumpulkan
lindi sehingga air yang tercemar tidak bisa lebih jauh mencemari
lingkungan.
Tanah biopiles digunakan terutama ketika bahan kimia di dalam
tanah dikenal mudah menguap dan mikroba di tumpukan tanah dengan
cepat menurunkannya polutan (Gambar 9). Dalam pendekatan ini,
terkontaminasi tanah menumpuk setinggi beberapa meter. Sebagai
bahan kimia di tumpukan menguap, aliran udara vakum menarik uap
kimia menjauh dari tumpukan dan baik melepaskannya ke atmosfer
atau perangkap mereka dalam filter untuk dibuang, tergantung pada
jenis bahan kimia. Hampir semua strategi ex situ untuk membersihkan
tanah melibatkan pengolahan dan pencampuran tanah untuk
menyebarkan nutrisi, mengoksidasi kotoran, dan meningkatkan
interaksi mikroba dengan bahan yang terkontaminasi meningkat
biodegradasi.
2.3.2 Bioremediasi Air
a. Pengolahan Air Limbah
Dalam sistem septik, pembuangan kotoran manusia dan air
limbah dari rumah tangga tunggal bergerak melalui sistem pipa ke
septic tank yang terkubur di bawah tanah di sebelah rumah. Di dalam
tangki, bahan padat seperti tinja dan limbah kertas mengendap di bagian
bawah untuk terdegradasi oleh mikroba, sementara cairan mengalir
keluar dari bagian atas tangki dan tersebar di bawah tanah di seluruh
area tanah dan kerikil disebut septic bed. Di dalam bed, mikroba asli
mendegradasi komponen limbah di air.
Satu aplikasi komersial bioremediasi
direkomendasikan untuk mencegah septic
tank yang tersumbat adalah menambah
produk seperti Rid-X (Gambar 10), yang
dimasukkan ke dalam sistem secara berkala.
Produk-produk ini mengandung beku-kering
bakteri yang kaya akan enzim seperti lipase,
protease, amilase, dan selulase, yang pada
gilirannya menurunkan lemak, protein, gula,
dan selulosa kertas dan bahan nabati,
masing-masing. Instalasi pengolahan air
limbah (limbah) cukup operasi yang
kompleks dan terorganisir dengan baik (Gambar 11).
 Air dari rumah tangga yang masuk ke saluran pembuangan
adalah dipompa ke fasilitas perawatan, tempat tinja dan produk kertas
digiling dan disaring menjadi lebih kecil partikel, yang mengendap
menjadi tangki untuk membuat seperti lumpur bahan yang disebut
lumpur. Air mengalir keluar dari ini tangki disebut efluen. Effluent
dikirim ke aerasi tangki, tempat bakteri aerob dan mikroba lainnya
teroksidasi bahan organik dalam limbah. Di tangki ini, air disemprotkan
di atas batu atau plastik yang ditutup dengan biofilm mikroba pengurai
limbah yang secara aktif terdegradasi bahan organik di dalam air. Atau,
limbah dialirkan ke diaktifkan sistem lumpur-tangki yang berisi
sejumlah besar mikroba pengurai limbah yang tumbuh secara hati-hati
lingkungan. Akhirnya limbah cair didesinfeksi dengan pengobatan
klorin sebelum air dilepaskan kembali ke sungai atau lautan.
Lumpur dipompa ke dalam tangki digester anaerobik di dimana
bakteri anaerob selanjutnya menurunkannya. Memproduksi methan dan
bakteri penghasil gas karbon dioksida umum di tangki ini. Lumpur
tidak pernah sepenuhnya rusak, tetapi sekali bahan beracun miliki telah
dihapus, itu dikeringkan dan dapat
digunakan sebagai tempat pembuangan
sampah atau pupuk. Para ilmuwan telah
menemukan bakteri yang disebut
“Candidatus Brocadia anammoxidans”
yang memiliki kemampuan unik untuk
menurunkan amonium, limbah utama
yang ada dalam urin.
Jumlah amonium yang tinggi
dapat mempengaruhi lingkungan dengan
menyebabkan ganggang mekar dan
konsentrasi oksigen berkurang di saluran air. Biasanya, pabrik air
limbah mengandalkan aerobik. Bakteri seperti Nitrosomonas europaea
teroksidasi amonium dalam serangkaian reaksi bertingkat. Namun,
“Candidatus Brocadia anammoxidans” mampu melakukannya
merendahkan amonium dalam satu langkah di bawah anaerob kondisi,
proses yang disebut proses anammox. Instalasi pengolahan air limbah
di Belanda menggunakan strain ini dan pabrik pengolahan di lain
negara-negara akan segera menggunakan “Candidatus Brocadia
anammoxidans” untuk menghilangkan ammonium dari air limbah lebih
efisien.
b. Pengolahan Air Tanah
Pencemaran air tawar biasanya terjadi lebih dekat ke daerah
berpenduduk dan merupakan ancaman serius bagi manusia kesehatan
dengan mencemari sumber air minum, baik air tanah atau air
permukaan seperti waduk. Air tanah yang tercemar bisa terkadang
menjadi sangat sulit untuk dibersihkan karena terkontaminasi air
terperangkap di tanah dan bebatuan dan tidak ada cara mudah untuk
"mencuci" akuifer. Pendekatan ex situ dan in situ sering digunakan
kombinasi. Misalnya, ketika air tanah terkontaminasi oleh minyak atau
bensin, polutan ini naik menjadi permukaan akuifer. Sebagian dari
minyak atau gas ini bisa langsung dipompa keluar, tetapi bagian
dicampur dengan air tanah harus dipompa ke permukaan dan melewati
bioreaktor (Gambar 13). Di dalam bioreactor, bakteri dalam biofilm
yang tumbuh di atas layar atau mesh menurunkan polutan. Pupuk dan
oksigen sering ditambahkan ke bioreaktor. Air bersih dari bioreaktor
yang mengandung pupuk, bakteri, dan oksigen dipompa kembali ke
akuifer untuk in situ bioremediasi (Gambar 13).

c. Pengubahan Limbah Menjadi Energi

 Para ilmuwan sedang mengerjakan strategi untuk mengurangi
limbah, termasuk bioreaktor yang mengandung anaerob bakteri yang
dapat mengubah sisa makanan dan sampah lainnya menjadi nutrisi
tanah dan gas metana. Gas metana bisa digunakan untuk menghasilkan
listrik, dan nutrisi tanah dapat dijual secara komersial sebagai pupuk
untuk digunakan oleh pertanian, pembibitan, dan industri pertanian
lainnya. Ilmuwan juga sedang mengerjakan strategi penyemaian yang
mungkin digunakan untuk mengurangi bahan kimia di tempat
pembuangan sampah-bahan kimia yang jika tidak akan meresap melalui
tanah dan mencemari air tanah dan permukaan setempat.
Istilah electrigens sedang digunakan untuk menggambarkan
mikroba penghasil listrik yang memiliki kemampuan untuk
mengoksidasi senyawa organik menjadi karbon dioksida dan transfer
elektron ke elektroda. Di bawah tertentu kondisi, electrigens dapat
berkelompok dan saling berhubungan membentuk kawat nano yang
menghantarkan electron. Desulfuromonas acetoxidans adalah bakteri
yang menggunakan besi sebagai akseptor electron mengoksidasi
molekul organik dalam sedimen. Peneliti sedang mengeksplorasi cara di
mana elektron dapat dipanen dari D. acetoxidans dan bakteri lain
seperti Geobacter metallireducens
dan Rhodoferax ferrireducens
sebagai teknik untuk menangkap
energi dalam biobatere bakteri,
juga disebut sel bahan bakar
mikroba, itu bisa digunakan untuk
menyediakan sumber listrik
(Gambar 14).
Padahal strategi
bioremediasi sudah efektif
membersihkan banyak polutan lingkungan, bioremediasi bukanlah
solusi untuk semua situs yang tercemar. Misalnya, bioremediasi tidak
efektif ketika lingkungan yang tercemar mengandung konsentrasi tinggi
 zat yang sangat beracun seperti logam berat, senyawa radioaktif, dan
organik yang kaya akan klorin molekul, karena senyawa ini biasanya
membunuh mikroba. Oleh karena itu strategi baru harus ditemukan dan
diterapkan untuk mengatasi beberapa pembersihan ini tantangan.

2.4.[2.3.] Penggunaan Strain Rekayasa Genetik untuk Membersihkan

Lingkungan
2.4.1 Bakteri Pemakan Minyak Bumi
Mikroba GM efektif pertama yang digunakan dalam
bioremediasi diciptakan pada 1970-an oleh Ananda Chakrabarty dan
rekan-rekannya di General Electric. Chakrabarty mengisolasi galur
Pseudomonas dari tanah yang terkontaminasi dengan berbagai jenis
bahan kimia, termasuk pestisida dan minyak mentah. Kemudian
Chakrabarty mengidentifikasi strain yang menunjukkan kemampuan
untuk terdegradasi senyawa organik seperti naftalena, oktan, dan
xylene. Chakrabarty mengawinkan berbagai strain dan akhirnya
menghasilkan strain yang mengandung beberapa plasmid yang
berbeda. Bersama-sama, protein gabungan diproduksi oleh plasmid
ini secara efektif menurunkan banyak komponen kimia dari minyak
mentah minyak.
Pendekatan Chakrabarty tidak seefektif itu mungkin tampak.
Minyak mentah mengandung ribuan senyawa, dan bakteri GM-nya
hanya bisa terdegradasi beberapa di antaranya. Mayoritas bahan
kimia dalam minyak mentah minyak sebagian besar tetap tidak
terpengaruh oleh organisme rekombinan. Akibatnya,
mengembangkan bakteri GM dengan sifat degradatif yang berbeda
adalah area yang intens penelitian. Di masa depan, pendekatan yang
berguna untuk pembersihan minyak mentah mungkin akan
melepaskan banyak strain bakteri, masing-masing dengan
kemampuan degradasi yang berbeda senyawa dalam minyak.
2.4.2 Teknik E.coli untuk Membersihkan Logam Berat
 Logam berat termasuk tembaga, timah, kadmium, kromium,
dan merkuri dapat secara kritis membahayakan manusia dan
margasatwa. Merkuri adalah logam yang sangat beracun yang bisa
mencemari lingkungan. Merkuri, dan senyawa terkait yang disebut
methylmercury (MeHg), dapat terakumulasi dalam organisme
melalui proses yang disebut bioakumulasi. Dalam bioakumulasi,
organisme lebih tinggi pada rantai makanan mengandung konsentrasi
yang lebih tinggi bahan kimia dari organisme yang lebih rendah pada
rantai makanan. Karena merkuri beracun pada dosis yang sangat
rendah, sebagian besar strategi saat ini untuk menghilangkan merkuri
persediaan air yang terkontaminasi tidak cukup mengeluarkan itu
untuk memenuhi standar yang dapat diterima.
Para ilmuwan memilikinya mengembangkan strain E. coli
yang direkayasa secara genetik yang mungkin berguna untuk
membersihkan merkuri dan logam berat lainnya. Mereka juga telah
mengidentifikasi secara alami terjadi protein pengikat logam pada
tumbuhan dan organisme lain. Dua tipe yang paling berkarakter
protein-metallothioneins dan phytochelatins-memiliki kapasitas
tinggi untuk mengikat logam. Untuk ini protein berfungsi,
bagaimanapun, logam harus masukkan sel. Para ilmuwan telah
merekayasa E. coli untuk mengekspresikan protein transpor yang
memungkinkan untuk cepat pengambilan merkuri ke dalam
sitoplasma sel bakteri, di mana merkuri dapat mengikat ikatan logam
protein.
Beberapa dari bakteri yang diubah secara genetik ini dapat
menyerap merkuri secara langsung; bakteri lain yang mengikat
merkuri bisa ditanam pada biofilm untuk bertindak sebagai spons
untuk menyerap merkuri dari persediaan air. Biofilm harus diubah
secara berkala untuk menghapus yang mengandung merkuri bakteri.
Demikian pula, rekayasa genetika tunggal alga yang mengandung
gen metallothionein dan bakteri yang disebut Cyanobacteria telah
menunjukkan harapan kemampuan mereka untuk menyerap
 kadmium, yang lain sangat beracun logam berat diketahui
menyebabkan banyak kesehatan yang serius masalah pada manusia.

2.4.3 Biosensor
Para peneliti telah mengembangkan rekayasa genetika strain
dari bakteri Pseudomonas fluorescens, yang dapat secara efektif
menurunkan struktur karbon yang kompleks dan hidrogen disebut
Hidrokarbon Aromatik Polisiklik (PAH) dan bahan kimia beracun
lainnya. Menggunakan rekombinan Teknologi DNA, para ilmuwan
telah mampu splice gen bakteri yang mengkode enzim spesifik (yang
dapat memetabolisme kontaminan ini) menjadi gen reporter seperti
gen lux dari bioluminescent bakteri laut. Gen lux sering kali digunakan
sebagai gen reporter karena mereka mengkodekan lightreleasing
enzim luciferase. Karena PAH terdegradasi, bakteri melepaskan
cahaya yang dapat digunakan untuk memantau biodegradasi tarif.
Teknik serupa sedang digunakan untuk mengembangkan biosensor
dari bakteri rekombinan mengandung gen lux. Biosensor semacam itu
telah terbukti berharga dalam penilaian polutan lingkungan seperti
logam berat.

2.4.4 Tanaman yang Dimodifikasi Secara Genetik dan Fitoremediasi

Dalam beberapa tahun terakhir para ilmuwan telah bekerja
secara genetic memodifikasi tanaman untuk meningkatkan
kemampuan fitoremediasi mereka. Saat ini, menggunakan
fitoremediasi untuk membersihkan methylmercury (MeHg) adalah
sangat aktif bidang penelitian. Tumbuhan yang direkayasa
mengandung detoksifikasi merkuri gen dari bakteri telah
menunjukkan beberapa potensi untuk mengakumulasi MeHG;
akhirnya mereka dapat digunakan untuk fitoremediasi.
Bidang lain yang menjanjikan dari penelitian ini adalah agar
pengembangan tanaman yang bisa menghilangkan bahan kimia dari
bahan peledak militer dan penembakan senjata rentang yang
mengkontaminasi tanah dan air tanah. Hexahydro-1,3,4-trinitro-
1,3,5-triazine (umumnya disebut peledakan pembongkaran kerajaan,
atau RDX) dan 2,4,6-trinitrotoluene (TNT) adalah yang paling
banyak kontaminan kimia umum yang dihasilkan dari produksi,
penggunaan, dan pembuangan bahan peledak. Ini bahan kimia
mudah berpindah melalui tanah dan mencemari air tanah. RDX dan
TNT keduanya sangat tinggi toksik bagi sebagian besar organisme
dan menimbulkan kesehatan yang signifikan ancaman terhadap
satwa liar dan manusia.
Beberapa bakteri dan tanaman telah terbukti mendegradasi
TNT dengan efisiensi rendah; degradasi RDX bahkan kurang efektif
karena bahan kimianya struktur. Namun, dalam beberapa tahun
terakhir, para ilmuwan telah menggunakan rekayasa genetika untuk
membuat transgenic tanaman yang ternyata sangat efektif untuk
fitoremediasi TNT dan RDX. Strain transgenic tembakau yang
mengandung gen nitroreduktase dari Enterobacter cloacae secara
efektif mengubah TNT menjadi kurang toksik bahan kimia (Gambar
16). Baru-baru ini, para ilmuwan dimasukkan gen yang disebut xplA
dari bakteri Rhodococcus rhodochrous ke Arabidopsis thaliana. Gen
xplA menghasilkan enzim yang menurunkan RDX yang disebut
sitokrom P450, yang dapat menurunkan RDS begitu diserap
tanaman (lihat Gambar 16).
2.5.[2.4.] Environmental Disaster : Case Studies in Bioremediation
2.5.1 The Exxon Valdez Oil Spill
Tumpahan minyak Exxon Valdez adalah bencana buatan yang terjadi
ketika Exxon Valdez, kapal tanker minyak yang dimiliki oleh Exxon
Shipping Company, menumpahkan 11 juta galon minyak mentah ke
selat Prince William di Alaska pada 24 Maret 1989. ini adalah
tumpahan minyak terburuk di Sejarah AS sampai tumpahan minyak
Deepwater Horizon pada tahun 2010. Minyak Exxon Valdez menutupi
1.300 mil garis pantai dan menewaskan ratusan ribu seabirds, berang-
berang, anjing laut dan paus. Hampir 30 tahun kemudian, kantong
minyak mentah tetap ada di beberapa lokasi. Setelah tumpahan, Exxon
Valdez kembali ke beroperasi dengan nama yang berbeda, beroperasi
selama lebih dari dua dekade sebagai kapal tanker minyak dan
pengangkut bijih. Sebagai langkah pertama dalam proses
bioremediasi, pupuk nitrogen dan fosfor diterapkan pada garis pantai
untuk merangsang bakteri pengurai minyak (Sebagian besar strain
Pseudomonas) yang tinggal di pasir dan batu. Seiring jalannya waktu,
tes kimia pada minyak dari tanah garis pantai menunjukkan perubahan
signifikan dalam bahan komposisi kimia, menunjukkan degradasi
alami oleh Bakteri bekerja. Namun, minyak meresap ke dalam
sedimen dan lapisan rendah oksigen lainnya di bawah batuan garis
pantai, di mana biodegradasi berjalan relatif lambat. Mungkin butuh
ratusan tahun untuk tumpahan minyak oleh Exxon Valdez sepenuhnya
dibersihkan, dan beberapa daerah lingkungan Alaska mungkin tidak
akan pernah kembali ke bentuknya semula sebelum tumpahan.
2.5.2 Oil Fields of Kuwait
Gurun Kuwait adalah laboratorium untuk mempelajari
bioremediasi. Sepuluh tahun setelah Perang Teluk, sebagian besar
wilayah gurun Kuwait tetap dibasahi dalam minyak. Selama
pendudukan Irak di Kuwait dari 1990 hingga 1991, ladang minyak
yang tak terhitung jumlahnya dihancurkan dan dibakar, melepaskan
 sekitar 950 juta liter minyak ke dalam gurun, lebih dari 20 kali lipat
jumlah minyak yang tumpah pada kecelakaan Exxon Valdez. Ilmuwan
Kuwait yang mempelajari tumpahan ini telah menemukan bahwa
minyak yang tumpah telah sangat mempengaruhi tanaman dan
kehidupan binatang di banyak daerah yang terkontaminasi. Beberapa
tanaman spesies telah sepenuhnya hilang, dan dampak biologis jangka
panjang tidak akan diketahui bertahun-tahun lagi. Berbeda dengan
tumpahan di Alaska, tidak ada ombak untuk membantu memecah dan
melarutkan minyak. Kondisi tanah kering gurun juga cenderung
mengandung lebih sedikit bahan metabolisme mikroba minyak, dan
adhesi minyak ke pasir dan batu memperlambat proses degradasi
alami. Studi sebelumnya menunjukkan bahwa strain baru bakteri
pendegradasi minyak perlahan bekerja untuk memecah minyak di
bawah permukaan pasir. Sebelumnya tidak ada yang mempelajari ini
untuk digunakan sebagai model dalam membersihkan lingkungan
gurun yang kering, jadi ilmuwan bioremediasi dari seluruh dunia
sedang mempelajari Gurun Kuwait dengan harapan mengembangkan
strategi untuk membersihkan pasir berlumuran minyak ini. Informasi
yang akan dipelajari para ilmuwan dari mempelajari wilayah ini tentu
bermanfaat untuk mengobati tumpahan minyak di lingkungan
berpasir.
2.5.3 The Deepwater Horizon Oil Spill
Pada 20 April 2010, pengeboran minyak British Petroleum (BP)
Deepwater Horizon meledak, melepaskan jutaan galon minyak mentah
ke Teluk Meksiko sekitar 65 kilometer di lepas pantai Louisiana.
Meskipun perkiraan aliran minyak sudah menyebar kemana-mana,
lebih dari 600 juta liter (4 juta barel) dilepaskan ke Teluk Meksiko
sebelum sumber yang pecah ditutup pada pertengahan Juli,
menghasilkan tumpahan minyak laut terbesar dalam sejarah dan
diprediksi bahwa itu akan menyebabkan bencana lingkungan terbesar
di dunia. Namun, mengingat jumlahny tumpahan, jauh lebih sedikit
minyak daripada yang diperkirakan banyak orang. Minyak yang tidak
 dihilangkan dengan pembersihan dipecahkan oleh gelombang dan
melalui penggunaan dispersan kimia yang memecah lapisan minyak.
Pembakaran terkontrol dan penguapan minyak permukaan dari bahan
volatil seperti PAH juga berkontribusi untuk pembersihan minyak,
tetapi bioremediasi memainkan peran besar dalam degradasi sekitar
50% dari minyak yang dilepaskan. Studi oleh ahli kelautan dari
Woods Hole Lembaga Oseanografi di Massachusetts melaporkan
bahwa selama 5 hari pertama setelah tumpahan, mikroba tidak secara
signifikan menurunkan minyak. Seiring waktu, sebuah underwater
plume of oil yang setidaknya 22 miles berkembang. Dalam beberapa
minggu, mikroba muncul, bereplikasi dengan cepat, sehingga Bakteri
dua kali lebih banyak di dalam plume dibandingkan di luar plume.
Penelitian tentang mikroba di plume itu mengungkap 1.500 gen
pengkode protein yang dirancang untuk mendegradasi hidrokarbon.
Mikroba pengurai hidrokarbon sangat banyak dalam plume, dan
mikroba ini secara aktif memecah minyak. Itu juga menegaskan
bahwa mikroba mendegradasi sekitar 200.000 ton metana yang
dimuntahkan ke Teluk Meksiko selama tumpahan. Etana dan propana
juga hidrokarbon utama yang dilepaskan dan ini juga terdegradasi
oleh mikroba.

2.6.[2.5.] Challenger for Bioremediation

2.6.1 Recovering Valuable Metals
Pengolahan logam berharga seperti tembaga, nikel, boron, dan
emas adalah cakupan lain dari bioremediasi yang belum mencapai
potensi penuhnya. Melalui oksidasi Reaksi, banyak mikroba dapat
mengkonversi produk logam menjadi zat yang tidak larut, yang
disebut logam oksida atau ores, yang akan terakumulasi dalam sel
bakteri atau menempel di permukaan sel bakteri. Beberapa bakteri
yang hidup di hidrotermal laut dalam juga telah menunjukkan
potensinya dalam mengendapkan logam mulia. Menggunakan bakteri
sebagai cara untuk mengolah logam berbahaya sebagai bagian dari
 proses manufaktur industri adalah salah satu potensi
pengaplikasiannya, tetapi para ilmuwan tertarik untuk menemukan
cara di mana bakteri ini dapat digunakan untuk mengolah logam mulia
yang berharga. Misalnya, banyak manufaktur proses menggunakan
teknik pelapisan perak dan emas; proses ini menghasilkan solusi
limbah dengan partikel perak dan emas yang tersuspensi. Mikroba
mungkin digunakan untuk mengolah beberapa logam ini dari limbah.
Demikian pula mikroba dapat digunakan untuk mendapatkan partikel
emas dari persediaan air bawah tanah dan air gua yang ditemukan di
tambang emas. Banyak strain bakteri yang hidup di lingkungan seperti
itu sedang dipelajari untuk tujuan ini. Tanaman juga dapat
menyediakan cara untuk memanen logam dari lingkungan. Mustard,
Thlaspi goesingense, asli Pegunungan Alpen Austria, diketahui
mengakumulasi logam dalam vakuolanya.
2.6.2 Bioremediation of Radioactive Waste
Beberapa penelitian yang melibatkan pendekatan bioremediasi
untuk menghilangkan radioaktif bahan dari lingkungan. Uranium,
plutonium, dan senyawa radioaktif lainnya ditemukan pada air bekas
tambang di mana uranium ada secara alami sedang diproses. Limbah
radioaktif dari tenaga nuklir pabrik juga menghadirkan masalah
pembuangan di seluruh dunia. Departemen Of Energy (DOE) telah
mengidentifikasi 100 tempat di 30 negara bagian yang telah
terkontaminasi akibat produksi senjata dan pengembangan reaktor
nuklir. Limbah radioaktif memiliki campuran kompleks unsur
radioaktif seperti plutonium, cesium, dan uranium bersama dengan
campuran berat logam dan polutan organik seperti toluena. Meskipun
sebagian besar bahan radioaktif membunuh mayoritas mikroba,
beberapa strain bakteri telah menunjukkan potensi untuk menurunkan
zat kimia radioaktif. Contohnya, peneliti di University of
Massachusetts telah menemukan bahwa beberapa spesies Geobacter
dapat mengurangi uranium yang larut dalam air tanah menjadi
uranium yang tidak larut, secara efektif melumpuhkan radioaktivitas.
 Bagaimanapun, tidak ada bakteri yang ditemukan dapat sepenuhnya
memetabolisme elemen radioaktif menjadi produk yang tidak
berbahaya.
Satu strain bakteri, yang disebut Deinococcus radioduran sangat
menarik. namanya secara harfiah berarti "berry aneh yang tahan
radiasi." Dinamakan bakteri terkuat di dunia oleh Guinness Book of
World Records, D. radioduran pertama kali diidentifikasi dan
diisolasi sekitar 50 tahun yang lalu dari kaleng daging sapi giling yang
sudah busuk, meski itu telah disterilkan dengan radiasi. Selanjutnya,
para ilmuwan menemukan bahwa D. radioduran dapat bertahan pada
dosis radiasi lebih dari 3.000 kali lebih tinggi daripada organisme lain,
termasuk manusia. Dosis tinggi radiasi menciptakan kerusakan
struktur DNA beruntai ganda dan menyebabkan mutasi, namun D.
radioduran menunjukkan ketahanan luar biasa terhadap efek radiasi.
Meskipun mekanisme resistensi tidak sepenuhnya diketahui, mikroba
ini jelas memiliki sistem yang rumit untuk melipat genomnya untuk
meminimalkan kerusakan dari radiasi, dan juga menggunakan
mekanisme perbaikan DNA baru untuk mengganti salinan genom
yang rusak. Penyelesaian Peta genom D. radioduran baru-baru ini
diharapkan memberikan wawasan yang berharga dalam gen perbaikan
DNA yang unik.

2.7.[2.6.] Biofilm
2.7.1 Konsep Dasar Biofilm
Biofilm merupakan lampiran atau penempelan orgainisme ke
permukaan, misalnya lampiran kerang ke lambung kapal dan lapiran
mikroorganisme di permikaan gigi. Biofilm merupakan hasil dari
perkumpulan bakteri di suatu permukaan hingga menyebabkan suatu
perbedaan pada permukaan yang bersangkutan. Biofilm akan banyak
dicontohkan oleh bakteri atau mikroorganisme. Bakteri di alam ada
yang melekat ada pula yang hidup bebas, namun bakteri yang
melekat dan membentuk lampiran biofilm jumlahnya jauh lebih
 banyak. Banyaknya bakteri yang hidup dengan melekat dan
membentuk koloni dipermukaan ini dikarenakan lebih adaptif dari
bakteri yang hidup bebas atau planktonik (Barbara, dkk, 2009).
Tumbuhnya koloni bakteri yang membentuk biofilm
cenderung pada permukaan yang berair. Lampiran suatu organisme
ini dapat terjadi baik di permukaan benda hidup maupun
dipermukaan benda tak hidup. Permukaan benda hidup yang sering
terjadi misalnya pada gigi, yaitu terbentukknya karang gigi,
sedangkan permukkan benda tak hidup misalnya pada permukaan
tangki air, pipa, kapal dan lain-lain. Koloni baktei yang membentuk
biofilm ini menghasilkan zat-zat metabolisme yang dapat
menguntungkan dan dapat pula merugikan (Barbara, dkk, 2009).
Karakteristik biofilm adalah sebaagai berikut:
1. Jarak ketebalan sampai beberapa mikron hingga lebih dari 100
mikron
2. Permukaan tidak rata atau kasar
3. Spesies heterogen
4. Terdiri dari dua bagian yaitu dasar biofil dan permukaan biofilm.
Organisme-organisme yang melekat dipermukaan membentuk
biofilm berada dalam keadaan sesil atau tidak bergerak karena
melekat secara erat di permukaan sehingga tidak mudah lepas
maupun berpindah tempat. Pelekatan ini disertai dengan
penumbukan bahan-bahan organik yang diselubungi oleh matrik
polimer ekstraselular yang dihasilkan oleh bakteri itu sendiri. Matrik
polimer ekstraselular berupa benang-benang yang saling bersilangan
yang mendasi pelekat biofilm (Nugraha, dkk., 2018).
2.7.2 Proses Terbentuknya Biofilm
Bakteri planktonik atau bakteri yang hidup bebas dapat aktif
bergerak. Ciri umum dari bakteri planktonik yaitu memiliki
kepadatan populasi yang rendah. Rendahnya kepadatan populasi
menyebabkan sedikitnya kompetisi antar bakteri dalam tempat,
oksigen, dan faktor pembatas lainya. Bakteri planktonik juga
 memiliki kemungkinan besar untuk melepaskan diri dari
komunitasnya. Dengan demikian ruang gerak dari bakteri planktonik
lebih luas sehingga akan bergerak sangat aktif hingga menyebabkan
selnya kurang nutrisi, sehingga kebanyakan bakteri akan memilih
untuk hidup sesil dengan melekat dipermukaan. Kekurangan nutrisi
pada bakteri seringkali disertai dengan mengecilnya ukuran sel dan
respirasi endogenous, peningkatan hidrofobisitas permukaan sel, dan
meningkatnya pelekatan. Hal ini menyebabkan bakteri cenderung
melekat dipermukaan yang kemungkinan mendapatkan nutrisi jauh
lebih tinggi (Maier, 2009).
Menurut Maier (2009) proses pembentukan biofilm terdapat
5 tahap yaitu sebagai berikut:
1. Tahap pelekatan awal
Bakteri melekat di permukaan benda dengan perantara fili. Pelekatan
terjadi karena hidrofobik membran meningkat dan adanya medan
listrik statik.
2. Tahap pelekatan Permanen
Pelekatan bakteri ke permukaan semakin kuat karena adanya
Extracellular Polymeric Substance (EPS) yang dihasilkan bakteri itu
sendiri. EPS merupakan senyawa kelompok polisakarida yang
dihasilkan bakteri untuk melekatkan diri dengan permukaan.
3. Maturasi I
Pada tahap maturasi I sel baakteri akan tumbuh dan berkembang
dengan terus membelah diri. Pada tahap ini juga terjadi penarikan
bakteri lain membentuk polisakarida ekstraselular. Ketebalan biofilm
pada tahap ini telah mencapai 10μm.
4. Maturasi II
Pada tahap maturasi II ketebalan biofilm telah mencapai 100 mm
dan telah terakumulasi membentuk beberapa lapisan. Bakteri yang
terdapat di lapisan dalam terlindungi oleh bakteri yang diluar. Koloni
bakteri ini memperoleh nutrisi dari bakteri dari koloni tersebut yang
telah mati.
 5. Dispersi
Pada tahap dispersi koloni dalam bifilm yang terbentuk dapat lepas
sebara erosi maupun sloghing. Secara erosi jika pelepasan terjadi
secara berkala karena aliran cairan medium. Sloghing jika terjadi
karena pelepasan secara banyak karena perubahan medium
pertumbuhan.

2.7.3[2.7.2] Peranan Biofilm

1. Meranan Menguntungkan
a. Bioremediasi
Biofilm dapat digunakan untuk meremediasi polutan biomasa
miroorganisme yang tinggi dengan kemampuannya
melumpuhkan polutan. Sebagai contoh bakteri bakteri jenis
Bacillus yang membentuk biofilm dapat menyerap Cd, Cr, Cu,
Hg, Ni, dan Zndari dalam air. Saccaromyces serevisae dan
Candida sp. juga memiliki peranan penting dalam ekosistem
perairan, karena dapat meng akumulasi Pb di perairan
(Nugraha, dkk., 2018).
b. Biofiltrasi
Biofiltrasi merupakan metode pemurnian limbah dengan
memanfaatkan agen biologis yaitu mikroba yang memiliki
kemampuan untuk mendegradasi atau mengeiminasi senyawa
polutan. Misalnya biofiltrasi untuk menghilangkan amonia
dengan menggunakan biofilm sebagai penyangga.
c. Bioreaktor
Bioreaktor atau fermentor merupakan metode yang
memanfaatkan organisme untuk mengubah suatu bahan
menjadi prosuk yang diinginkan.
 Gambar 2. komponen komponen bioreaktor
Sumber: Thieman, 2014
2. Peranan Merugikan
Selain dampak positif biofilm juga memiliki dampak
negatif. Dampak negatif biofilm misalnya pada industri makanan.
Kontaminasi bakteri dari bahan mentah industri makanan dapat
menyebabkan pembentukkan biofilm dipermukaan makanan yang
telah jadi. Kelompok bakteri E. coli dan Salmonella sp. dapat
membentuk biofilm pada ternak dan buah-buahan segar yang
menyebabkan keracunan jika dikonsumsi (Mahmoed, dkk, 2008).
Selain di bidang industri pangan, peranan merugikan dari bio film
juga terdapat pada sistem perairan. Biofilm yang tumbuh pada pipa
logam dapat menyebabkan korosi. Dalam tubuh manusia juga
terdapat biofilm yang merugikan, misalnya karang gigi.karang gigi
ini merupakan biofilm dari bakteri Streptococcus (Thieman, 2014).
 BAB III
PENUTUP

3.1. Kesimpulan
3.1.1 Bioremediasi adalah penggunaan organisme hidup seperti bakteri,
jamur, dan tanaman untuk memecah atau mendegradasi senyawa
kimia di lingkungan.Untuk mengetahui dasar bioremediasi.
3.1.2 Dasar bioremediasi meliputi hal yang perlu dibersihkan di lingkungan,
bahan kimia di lingkungan, dasar- dasar pembersihan dengan
menggunakan bioremidiasi
3.1.3 Situs dan strategi bioteknologi meliputi pembersihan tanah, air, dan
air tanah.
3.1.4 Penggunaan strain rekayasa genetik untuk membersihkan lingkungan
meliputi bakteri pemakan minyak bumi, teknik e.coli untuk
membersihkan logam berat, biosensor, tanaman yang dimodifikasi
secara genetik dan fitoremediasi.
3.1.5 Environmental Disaster: Case Studies in Bioremediation meliputi The
Exxon Valdez Oil Spill, Oil Fields of Kuwait, dan The Deepwater
Horizon Oil Spill.
3.1.6 Challenger for bioremediation meliputi recovering valuable metals
dan bioremediation of radioactive waste.
 3.1.7 Biofilm merupakan lampiran atau penempelan orgainisme ke
permukaan, pembentukkannya meliputi tahap penempelan,
penempelan permanen, maturasi I, maturasi II, dan despersi.

DAFTAR PUSTAKA

Thieman, M.A. 2014. Introduction Of Biotechnology Thrid Edition. USA:

Pearson. ISBN 10: 1-292-02761-4.
Barbara, V., Miao, C., Russell, J., Crawford, dan Elena, P. I..,2009,
Bacterial Extracellular Polysaccharides Involved in Biofilm Formation,
Molecules journal, 2535 – 2554; doi :10.3390 / molecules 14072535,
www.mdpi.com.
Maier, R.M., Pepper, I.L., & Gerba, C.P. 2009. Environmental microbiology.
USA: Academic press of Elsevier.
Nugroho, E.D., Rahayu, D.A. 2018. Pengantar Bioteknologi: (Teori dan
Aplikasi). Yogyakarta: Deepublish.