METODE DAN TEKNIK KULTIVASI MIKROBA UNTUK MENGATASI

PENCEMARAN LINGKUNGAN

Mata Kuliah : Bioteknologi Lingkungan

Dosen : Panca Nugrahini F.N., S.T., M.T.

Kelompok 1 :

Adhitia Yulianto (1615041028)

Fransiska Salsalina Bangun (1615041049)

JURUSAN TEKNIK KIMIA

FAKULTAS TEKNIK

UNIVERSITAS LAMPUNG

2018
 BAB I
PENDAHULUAN

1. Latar Belakang
Dewasa ini, permasalahan pencemaran lingkungan yang terjadi menjadi perhatian banyak pihak. Perhatian
tersebut tentunya sangat penting karena kelangsungan makhluk hidup di bumi tergantung pada keseimbangan
lingkungan. Berbagai pencemaran yang terjadi saat ini tidak lain adalah karena tingkah laku manusia itu sendiri yang
sering mengabaikan aspek keseimbangan lingkungan.

Berbagai kegiatan manusia seperti pemakaian pupuk anorganik yang berlebihan dan terus menerus tanpa
disadari akan semakin mengurangi kesuburan tanah itu sendri. Selain itu aktifitas manusia dalam kegiatan industri
yang juga menghasilkan limbah, juga akan menimbulkan dampak buruk bagi manusia dan makhluk hidup yang lain.

Berbagai usaha pun dilakukan untuk mengurangi pencemamaran. Kemajuan ilmu pengetahuan dan teknologi
semestinya juga dimanfaatkan untuk mengembalikan kelestarian lingkungan yang sudah tercemar. Salah satunya
adalah dengan memanfaatkan bantuan mikroorganisme yang berperan sebagai decomposer.

2. Tujuan Umum

Adapun tujuan umum dari dibuatnya makalah ini adalah untuk mengetahui metode dan teknik kultivasi mikroba untuk
mengatasi pencemara lingkungan.

3. Tujuan khusus

Adapun tujuan khusus dari dibuatnya makalah ini adalah

1. Untuk mengetahui metode yang dapat digunakan pada mikroba yang dapat mengatasi pencemaran
lingkungan
2. Untuk mengetahui macam-macam teknik kultivasi pada mikroba yang dapat mengatasi pencemaran
lingkungan.
3. Untuk mengetahui metode dan teknik kultivasi mikroba yang benar dan aplikasinya.
 BAB II

PEMBAHASAN

1. Pengertian

Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari tentang mikroba, meliputi: bakteri, virus dan ganggang jamur.
Berdasarkan akar kata mikrobiologi dapat diuraikan sebagai mikros berarti kecil, bios berarti hidup, dan logos berarti
ilmu Kajian meliputi makhluk hidup yang termasuk dalam Eukariotik seperti kerajaan Protista (protisata algae) dan
fungi, dan prokariot yang termasuk kerajaan Monera (bakteri dan archae), serta virus meskipun virus tidak terlau tepat
dis ebut makhluk hidup.

Sedangkan bagi manusia, lingkungan adalah segala sesuatu yang ada disekitarmya, baik berupa benda hidup,
benda mati, benda nyata ataupun abstrak, termasuk manusia lainnya, serta suasana yang terbentuk karena terjadinya
interaksi diantara elemen-elemen tersebut.

2. Peran Mikroorganisme di Alam

Meskipun ada jenis-jenis mikroorganisme yang bersifat patogen dan merungikan bagi manusia, akan tetapi
mikroorganisme yang lain berperan sangat penting bagi keseimbangan lingkungan, peranan penting tersebut antara
lain:

1. Untuk mendekomposisi dan mengurai bahan organik berupa sisa-sisa tumbuhan, bangkai hewan
sampai buangan manusia yang tertumpah dan terkumpul di permukaan bumi. Contohnya adalah Tricoderma,
Gliocladium danpenicillium,Sreptomyces dan Aspergillus sebagai inouklan kompos atau dekomposer. Hidrolisis
makromolekul tersebut oleh aktivitas mikroorganisme dengan kerja enzimnya memberikan suplai dan pengisian
kembali unsur-unsur hara ke dalam tanah, seperti unsur karbondioksida , nitrat, nitrit,nitrogen dan unsur hara lainnya.

2. Berbagai jenis dan spesies mikroorganisme tanah memerankan peranan yang penting dalam memutar
siklus unsur seperti karbon, nitrogen, fosfor dan belerang. Siklus yang sama juga terjadi dalam skala lebih luas di
seluruh dunia dan dikenal sebagai siklus biogeokimia. Salah satu contohnya adalah bakteri Aztobacter sp, Azoprillum
sp, Clostridium Sp, Klebsella sp sebagai penambat N yang signifikan.

3. Mikroorganisme terutama algae memegang peranan penting dalam ranati makanan lingkungan
akuatik.contohnya adalah fitoplankton.

3. Pemanfaatan Mikrobiologi Bagi Lingkungan

Dalam pemanfaatan mikrobiologi bagi lingkungan dikenal istilah bioremediasi.Bioremediasi merupakan

penggunaan mikroorganisme untuk mengurangi polutan di lingkungan. Saat bioremediasi terjadi, enzim-enzim yang
diproduksi oleh mikroorganismememodifikasi polutan beracun dengan mengubah struktur kimia polutan tersebut,
sebuah peristiwa yang disebut biotransformasi. Pada banyak kasus, biotransformasi berujung padabiodegradasi,
dimana polutan beracun terdegradasi, strukturnya menjadi tidak kompleks, dan akhirnya menjadi metabolit yang tidak
berbahaya dan tidak beracun.

Sejak tahun 1900an, orang-orang sudah menggunakan mikroorganisme untuk mengolah air pada saluran air.
Saat ini, bioremediasi telah berkembang pada perawatan limbah buangan yang berbahaya (senyawa-senyawa kimia
yang sulit untuk didegradasi), yang biasanya dihubungkan dengan kegiatan industri. Yang termasuk dalam polutan-
polutan ini antara lain logam-logam berat, petroleum hidrokarbon, dan senyawa-senyawa organik terhalogenasi
seperti pestisida, herbisida, dan lain-lain.

Banyak aplikasi-aplikasi baru menggunakan mikroorganisme untuk mengurangi polutan yang sedang
diujicobakan. Bidang bioremediasi saat ini telah didukung oleh pengetahuan yang lebih baik mengenai bagaimana
polutan dapat didegradasi oleh mikroorganisme, identifikasi jenis-jenis mikroba yang baru dan bermanfaat, dan
kemampuan untuk meningkatkan bioremediasi melalui teknologi genetik. Teknologi genetik molekular sangat
penting untuk mengidentifikasi gen-gen yang mengkode enzim yang terkait pada bioremediasi.

Karakterisasi dari gen-gen yang bersangkutan dapat meningkatkan pemahaman kita tentang bagaimana
mikroba-mikroba memodifikasi polutan beracun menjadi tidak berbahaya.Strain atau jenis mikroba rekombinan yang
diciptakan di laboratorium dapat lebih efisien dalam mengurangi polutan. Mikroorganisme rekombinan yang
diciptakan dan pertama kali dipatenkan adalah bakteri "pemakan minyak". Bakteri ini dapat mengoksidasi
senyawahidrokarbon yang umumnya ditemukan pada minyak bumi. Bakteri tersebut tumbuh lebih cepat jika
dibandingkan bakteri-bakteri jenis lain yang alami atau bukan yang diciptakan di laboratorium yang telah
diujicobakan. Akan tetapi, penemuan tersebut belum berhasil dikomersialkan karena strain rekombinan ini hanya
dapat mengurai komponen berbahaya dengan jumlah yang terbatas. Strain inipun belum mampu untuk mendegradasi
komponen-komponen molekular yang lebih berat yang cenderung bertahan di lingkungan.

Mikroba pemakan minyak telah ditemukan oleh ilmuwan ketika sedang meneliti dispersi bawah laui pada
terjadinya pertumpahan minyak di teluk meksiko. Mikroba tersebut memakan minyak tanpa menghabiskan oksigen
dalam air. Mikroba tersebut menstimuli bakteri suhu dingin yang terkait erat dengan degradasi minyak bumi dan
meresap kedalam minyak.

Minyak terbukti menjadi pencemar lautan nomor satu. Separuhnya dihasilkan dari aktivitas industri.
Selebihnya akibat kegiatanpelayaran hingga kecelakaan kapal tanker. Lautan Indonesia sebagai jalur kapal tanker
internasional pun rawan tercemar limbah minyak. Namun laut ndonesia juga memiliki mekanisme tersendiri untuk
menetralisasi pencemaran. LautIndonesia kaya mikroba pengunyah minyak yang mampu meremediasi kawasan
tercemar.

Mikroba itu perlu diberdayakan untuk mengurangi pencemaran laut. Dengan menguasai teknologi
penanganan limpahan minyak, bila terjadi kasus pencemaran minyak, akan lebih mudah mengatasinya. Yaitu
menggunakan bakteri pengunyah limbah yang akan mengubah minyak menjadi senyawa lain yang tidak berbahaya.
Penelitian itu memang bertujuan mengisolasi dan mengarakterisasi bakteri pendegradasi minyak di laut tropis,
terutama wilayah jalur tanker dari negara produsen minyak ke Jepang melalui Indonesia.Telah dikoleksi 53 jenis
mikroba pendegradasi senyawa minyak di laut.

Dari hasil isolasi, bakteri tertentu dinyatakan dominan dan relatif memiliki kemampuan mendegradasi minyak
yangsignifikan (tinggi), yaitu Marinobacter, Oceanobacter, Alcanivorax, Stappia, Bacillus, Novospingobium,
Pseudomonas, Spingobium dan Rhodobacter.

Prosesnya, sebelum makan minyak, bakteri menghasilkan surfactan. Yaitu sejenis enzimyang dapat
menyatukan minyak dengan air. Setelah minyak dan air menyatu, mulailahbakteri makan minyak. Ditandai dengan
terpecah-pecahnya gumpalan minyak menjadikecil-kecil. Akhirnya minyak diubah menjadi senyawa lain yang tidak
berbahaya.
 Jenis-jenis bioremediasi adalah sebagai berikut:

• Biostimulasi

Nutrien dan oksigen, dalam bentuk cair atau gas, ditambahkan ke dalam air atau tanah yang tercemar untuk
memperkuat pertumbuhan dan aktivitas bakteri remediasi yang telah ada di dalam air atau tanah tersebut.

• Bioaugmentasi

Mikroorganisme yang dapat membantu membersihkan kontaminan tertentu ditambahkan ke dalam air atau tanah yang
tercemar. Cara ini yang paling sering digunakan dalam menghilangkan kontaminasi di suatu tempat. Namun ada
beberapa hambatan yang ditemui ketika cara ini digunakan. Sangat sulit untuk mengontrol kondisi situs yang tercemar
agarmikroorganisme dapat berkembang dengan optimal. Para ilmuwan belum sepenuhnya mengerti seluruh
mekanisme yang terkait dalam bioremediasi, dan mikroorganisme yang dilepaskan ke lingkungan yang asing
kemungkinan sulit untuk beradaptasi.

• Bioremediasi Intrinsik

Bioremediasi jenis ini terjadi secara alami di dalam air atau tanah yang tercemar.

Di masa yang akan datang, mikroorganisme rekombinan dapat menyediakan cara yang efektif untuk
mengurangi senyawa-senyawa kimiawi yang berbahaya di lingkungan kita. Bagaimanapun, pendekatan itu
membutuhkan penelitian yang hati-hati berkaitan dengan mikroorganisme rekombinan tersebut, apakah efektif dalam
mengurangi polutan, dan apakah aman saat mikroorganisme itu dilepaskan ke lingkungan.

3. Perhitungan Bakteri

Perhitungan jumlah suatu bakteri dapat melalui berbagai macam uji seperti uji kualitatif koliform yang secara
lengkap terdiri dari tiga tahap yaitu uji penduga (uji kuantitatif, bisa dengan metode MPN), uji penguat dan uji
pelengkap. Waktu, mutu sampel, biaya, tujuan analisis merupakan beberapa faktor penentu dalam uji kualitatif
koliform. Bakteri koliform dapat dihitung dengan menggunakan metode cawan petri (metode perhitungan secara tidak
langsung yang didasarkan pada anggapan bahwa setiap sel yang dapat hidup akan berkembang menjadi satu koloni
yang merupakan suatu indeks bagi jumlah organisme yang dapat hidup yang terdapat pada sampel) seperti yang
dilakukan pada percobaan ini (Penn, 1991).

Beratus-ratus spesies dapat menghuni bermacam-macam bagian tubuh kita, termasuk mulut, saluran
pencernaan, dan kulit (Pelczar & Chan, 1986). Koliform merupakan kelompok bakteri yang digunakan sebagai
indikator adanya polusi kotoran dan kondisi sanitasi yang tidak baik terhadap air, makanan dan produk-produk susu.
Bakteri koliform dapat dibedakan atas dua kelompok yaitu koliform fekal (Escherchia coli) dan koliform non fekal
(Enterobacter aerogenes) (Fardiaz, 1996).

E. coli adalah bakteri koliform yang ada pada kotoran manusia, maka E. coli sering disebut sebagai koliform
fekal. Pengukuran kuantitatif populasi mikroorganisme sangat diperlukan untuk berbagai macam penelaahan
mikrobiologis. Berbagai macam cara dapat dilakukan untuk menghitung jumlah mikroorganisme, akan tetapi secara
mendasar, ada dua cara yaitu secara langsung dan secara tidak langsung. Ada beberapa cara perhitungan secara
langsung, antara lain adalah dengan membuat preparat dari austu bahan (preparat sederhana diwarnai atau tidak
diwarnai) dan penggunaan ruang hitung (counting chamber). Sedangkan perhitungan cara tidak langsung hanya untuk
mengetahui jumlah mikroorganisme pada suatu bahan yang masih hidup saja (viabel count). Dalam pelaksanaannya,
ada beberapa cara yaitu : perhitungan pada cawan petri (total plate count / TPC), perhitungan melalui pengenceran,
perhitungan jumlah terkecil atau terdekat (MPN methode), dan kalorimeter (cara kekeruhan atau turbidimetri)
(Sutedjo, 1991).

Jumlah masing-masing cawan diamati setelah inkubasi, cawan yang dipilih untuk penghitungan koloni ialah
yang mengandung antara 30 sampai 300 koloni, karena jumlah mikroorganisme dalam sampel tidak diketahui
sebelumnya, maka untuk memperoleh sekurang-kurangnya satu cawan yang mengandung koloni dalam jumlah yang
memenuhi syarat tersebut maka harus dilakukan sederetan pengenceran dan pencawanan. Jumlah organisme yang
terdapat dalam sampel asal ditentukan dengan mengalikan jumlah koloni yang terbentuk dengan faktor pengenceran
pada cawan yang bersangkutan (Penn, 1991). Metode perhitungan MPN sering digunakan dalam pengamatan untuk
menghitung jumlah bakteri yang terdapat di dalam tanah seperti Nitrosomonas dan Nitrobacter. Kedua jenis bakteri
ini memegang peranan penting dalam meningkatkan pertumbuhan dan produksi tanaman, sehubungan dengan
kemampuannya dalam mengikat N2 dari udara dan mengubah amonium menjadi nitrat (Sutedjo, 1991).

4. Pemindahan biakan

Identifikasi biakan mikroorganisme seringkali memerlukan pemindahan ke biakan segar tanpa terjadi
pencemaran. Pemindahan mikroorganisme ini dilakukan dengan teknik aseptik untuk mempertahankan kemurnian
biakan selama pemindahan berulangkali. Mikroorganisme dapat ditumbuhkan dalam biakan cair atau padat.
Kekeruhan dalam kaldu menunjukkan terjadinya pertumbuhan mikroorganisme. Bila mikroorganisme menumpuk
pada dasar tabung maka akan membentuk sedimen, sedangkan pada permukaan kaldu pertumbuhannya terlihat
sebagai pelikel (Lay, 1998). Pertumbuhan mikroorganisme dalam kaldu seringkali menggambarkan aktivitas
metabolismenya. Mikroba aerob obligat berkembang biak pada lapisan permukaan karena pada bagian ini kandungan
oksigen tinggi. Selain dalam media cair, mikroorganisme juga memperlihatkan pertumbuhan dengan ciri tertentu
dalam biakan padat seperti agar miring atau lempengan agar. Agar miring lazimnya digunakan untuk menyimpan
biakan murni sedangkan agar lempengan lazimnya digunakan untuk memurnikan mikroorganisme (Lay, 1998).

5. Inokulasi

Penanaman bakteri atau biasa disebut juga inokulasi adalah pekerjaan memindahkan bakteri dari medium
yang lama ke medium yang baru dengan tingkat ketelitian yang sangat tinggi. Untuk melakukan penanaman bakteri
(inokulasi) terlebih dahulu diusakan agar semua alat yang ada dalam hubungannya dengan medium agar tetap steril,
hal ini agar menghindari terjadinya kontaminasi (Dwijoseputro, 1998). Ada beberapa tahap yang harus dilakukan
sebelum melakukan teknik penanaman bakteri (inokulasi) yaitu :

1. Menyiapkan ruangan

Ruang tempat penanaman bakteri harus bersih dan keadannya harus steril agar tidak terjadi kesalahan dalam
pengamatan atau percobaaan .dalam labotarium pembuataan serum vaksin dan sebagainya. Inokulasi dapat dilakukan
dalam sebuah kotak kaca (encast) udara yang lewat dalam kotak tersebut dilewatkan saringan melalui suatu jalan agar
tekena sinar ultraviolet (Pelczar, 1986).

2. Pemindahan dengan dengan pipet

Cara ini dilakukan dalam penyelidikan air minum atau pada penyelidikan untuk diambil 1 ml contoh yang akan
diencerkan oleh air sebanyak 99 ml murni (Pelczar, 1986).

3. Pemindahan dengan kawat inokulasi

Ujung kawat inokulasi sebaliknya dari platina atau nikel .ujungnya boleh lurus juga boleh berupa kolongan yang
diametrnya 1-3mm. Dalam melakukuan penanaman bakteri kawat ini terlebih dahulu dipijarkan sedangkan sisanya
tungkai cukup dilewatkan nyala api saja setelah dingin kembali kawat itu disentuhkan lagi dalam nyala (Pelczar,
1986).

6. Teknik Inokulasi

Secara kebetulan seorang peneliti Jerman melihat bahwa koloni yang tumbuh pada kentang yang telah direbus
pada akhirnya dapat menemukan jalan untuk memisah menjadi individu-individu. Caranya; mereka mengembangkan
media spesifik untuk menumbuhkan mikroorganisme. Media adalah substansi yang memenuhi kebutuhan nutrisi
mikroorganisme. Koch dan koleganyanya juga menunjukkan bahwa senyawa dari alga yang disebut agar dapat
membuat media menjadi padat. Richard J.Petri (1852 – 1921) membuat piringan kaca bertutup untuk menempatkan
media agar alat tersebut selanjutnya disebut Petri dish yang masih digunakan sampai sekarang. Pada tahun 1892,
dengan menggunakan teknik biakan murni Koch dan anggotanya menemukan agen-agen penyebab typus,
difteri,tetanus, pneumonia dan lain sebagainya. Koch mengenalkan penggunaan binatang model untuk penyakit
manusia dengan cara menginjeksikan bakteri ke dalam mencit,kelinci, babi atau domba. Ia bahkan menempelkan
kamera pada mikroskopnya untuk mengambil gambar dan menggunakannya sebagai bukti untuk menghilangkan
keraguan. Membiakkan bakteri dapat dilakukan dengan berbagi cara, salah satunya pengembangbiakan dalam media
cawan petri. Pengembangbiakan dalam cawan ini ada beberapa metode, yaitu :

Ada beberapa metode yang digunakan untuk mengisolasi biakan murni mikroorganisme yaitu :

1. Metode gores

Metode cawan gores cukup sulit bagi pemula, terutama mahasiswa semester awal yang baru mengambil mata
praktikum mikrobiologi. Kesulitan dari metode ini, yaitu proses penggoresan yang cukup lama dan sulit, sehingga
memudahkan terjadinya kontaminasi dan kegagalan. Prinsip metode ini, yaitu mendapatkan koloni yang benar-benar
terpisah dari koloni yang lain, sehingga mempermudah proses isolasi.

Cara ini dilakukan dengan membagi cawan petri menjadi 3-4 bagian. Ose steril yang telah disiapkan dilekatkan pada
sumber isolat, kemudian menggoreskan ose tersebut pada cawan berisi media steril. Goresan dapat dilakukan 3-4 kali
membentuk garis horisontal di satu sisi cawan. Ose disterilkan lagi dengan api bunsen, setelah kering ose tersebut
digunakAn untuk menggores goresan sebelumnya pada sisi cawan kedua. Langkah ini dilanjutkan hingga keempat
sisi cawan tergores.

Pada metode ini, goresan di sisi pertama diharapkan koloni tumbuh padat dan berhimpitan, sedangkan pada goresan
sisi kedua, koloni mulai tampak jarang dan begitu pula selanjutnya, sehingga didapatkan koloni yang tampak tumbuh
terpisah dengan koloni lain. Seluruh tahap hendaknya dilakukan secara aseptik agar tak terjadi kontaminasi.

Ada beberapa teknik dalam metode goresan, yakni :

 2. Metode sebar

Pada metode cawan sebar, 0.1 ml suspensi bakteri yang telah diencerkan (metode 3) disebar pada media penyubur
steril yang telah disiapkan. Selanjutnya, suspensi dalam cawan diratakan dengan batang drygalski agar koloni tumbuh
merata pada media dalam cawan tersebut, kemudian diletakkan dalam inkubator (37oC) selama 1-2 hari. Metode ini
cukup sulit terutama saat meratakan suspensi dengan batang drygalski. Alih-alih koloni tumbuh merata, biakan justru
terkontaminasi. Oleh karena itu, batang drygalski harus benar-benar steril, yaitu dengan mencelupkannya terlebih
dahulu dalam alkohol kemudian dipanaskan dengan api bunsen. Perlu diingat, batang drygalski, yang masih panas
akibat pemanasan dengan api bunsen, dapat merusak media agar, sehingga harus didinginkan terlebih dahulu dengan
meletakkannya di sekitar api bunsen (±15 cm) dengan metode ini, satu sel bakteri akan tumbuh dan berkembang
menjadi satu koloni bakteri. Satu koloni bakteri yang terpisah dengan koloni lainnya dapat diamati tipe pertumbuhan
pada masing-masing media, diantaranya dilakukan terhadap konsistensi, bentuk koloni, warna koloni dan permukaan
koloni.

Koloni yang tumbuh terpisah ditumbuhkan kembali untuk mendapatkan isolat murni. Isolasi murni dilakukan
dengan mengoleskan ose steril pada koloni dalam kultur campuran yang benar-benar terpisah satu sama lain. Olesan
tersebut digores pada media padat agar miring dalam tabung reaksi. Koloni yang tumbuh dalam media ini merupakan
isolat murni, yang hanya berasal dari satu jenis bakteri saja. Koloni yang tumbuh dapat dikarakerisasi berdasarkan
tipe pertumbuhannya pada media agar miring.

Seluruh kultivasi atau penanaman sebaiknya dilakukan di dalam laminar air flow yang tertutup, untuk
mengurangi resiko kontaminasi. LAF dilengkapi dengan lampu fluorescent, sinar UV dan kipas angin. Lampu
fluorescent digunakan apabila kondisi cahaya di dalam LAF dan kamar isolasi kurang memadai. Sinar UV bersifat
germisida yang dapat membunuh bakteri yang tidak diinginkan, sehingga dapat menurunkan resiko kontaminasi.
Sebelum penanaman (kultivasi), alat2 yang digunakan sebaiknya dikenai sinar UV selama 5 menit (ingat, hanya alat2,
seperti lampu bunsen, ose, pipet, dll).
 3. Metode tuang

Metode cawan tuang sangat mudah dilakukan karena tidak membutuhkan keterampilan khusus dengan hasil
biakan yang cukup baik. Metode ini dilakukan dengan mengencerkan sumber isolat yang telah diketahui beratnya ke
dalam 9 ml garam fisiologis (NaCl 0.85%) atau larutan buffer fosfat. Larutan ini berperan sebagi penyangga pH agar
sel bakteri tidak rusak akibat menurunnya pH lingkungan. Pengenceran dapat dilakukan beberapa kali agar biakan
yang didapatkan tidak terlalu padat atau memenuhu cawan (biakan terlalu padat akan mengganggu pengamatan).

Sekitar 1 ml suspensi dituang ke dalam cawan petri steril, dilanjutkan dengan menuangkan media penyubur
(nutrien agar) steril hangat (40-50oC) kemudian ditutup rapat dan diletakkan dalam inkubator (37oC) selama 1-2 hari.

Penuangan dilakukan secara aseptik atau dalam kondisi steril agar tidak terjdi kontaminasi atau tumbuh atau
masuknya organisme yang tidak diinginkan (di laboratorium, kontaminasi biasanya terjadi akibat tumbuhnya kapang,
seperti Penicilium dalam biakan). Media yang dituang hendaknya tidak terlalu panas, karena selain mengganggu
proses penuangan (media panas sebabkan tangan jadi panas juga), media panas masih mengeluarkan uap yang akan
menempel pada cawan penutup, sehingga mengganggu proses pengamatan. pada metode ini, koloni akan tumbuh di
dalam media agar. Kultur diletakkan terbalik, dimasukkan di dalam plastik dengan diikat kuat kemudian diletakkan
dalam incubator.

4. Metode tusuk

Metode tusuk yaitu dengan dengan cara meneteskan atau menusukan ujung jarum ose yang didalamnya terdapat
inokolum, kemudian dimasukkan ke dalam media (Winarni, 1997).
7. Perbedaan Inokulasi Jamur dan Bakteri

Perbedaan Inokulasi Jamur dan Bakteri adalah :

1. Inokulasi jamur menggunakan jarum ose bentuk batang. Hifa yang berbentuk seperti benang mudah
diambil dengan jarum ose batang dan mudah sekali tumbuh di dalam suatu media.

2. Inokulasi bakteri menggunakan jarum ose bentuk bulat. Pada ujung jarum ose yang berbentuk bulat, bakteri
akan dapat terambil dalam jumlah yang relatif banyak (Rohimat, 2002).

8. Cara menyelidiki Piaraan Murni

Dalam keadaan sebenarnya ( di alam bebas ) boleh dikatakan tidak ada bakteri yang hidup tersendiri terlepas dari
spesies lainnya. Kerapkali bakteri patogen kedapatan bersama-sama bakteri saproba. Untuk menyendirikan suatu
spesies ada dikenal beberapa cara, yaitu :

1. Dengan pengenceran

Suatu sampel dari suatu suspensi yang berupa campuran bermacam-macam spesies diencerkan dalam suatu
tabung tersendiri. Dari enceran inii kemudian diambil sampel 1 ml untuk diencerkan lebih lanjut. Jika dari
pengenceran yang ketiga ini diambil 0,1 ml untuk disebarkan pada suatu koloni tumbuh dalam medium tersebut, tetapi
mungkin juga kita hanya memperoleh satu koloni saja. Dalam hal yang demikian ini kita memperoleh satu koloni
saja. Dalam hal yang demikian ini kita memperoleh satu koloni murni. Kalau kita belum yakin, bahwa koloni tunggal
yang kita peroleh itu murni, kita dapat mengulang pengenceran dengan menggunakan koloni ini sebagai sampel
(Waluyo, 2005).
 2. Dengan Penuangan

Robert koch ( 1943-905 ) mempunyai metode yang lain, yaitu dengan mengambil sedikit sampel campuran
bakteri yang sudah diencerkan, dan sampel ini kemudiandisebarluaskan di dalam suatu medium dari kaldu dan gelatin
encer. Dengan demikian diperoleh hanyalah suatu piaraan adukan. Setelah medium itu mengental, maka selang
beberapa jam kemudian nampaklah koloni – koloni yang masing – masing dapat dianggap murni. Denagn mengulang
pekerjaan seperti di atas, maka akhirnya akan diperoleh piaraan murni yang lebih terjamin (Waluyo, 2005).

3. Dengan Penggesekan

Metode ini sekarang banyak digunakan, karena tidak begitu memakan waktu, hanya sayang, dengan cara ini maka
bakteri anaerob tidak dapat rumbuh. Jika ujung kawat inokulasi dibengkokan, kemudian ujung kawat inokulasi itu
setelah disentuhkan suatu koloni lalu digesekkan pada permukaan medium padat, maka beberapa waktu kemudian
(kurang lebih 12 jam) akan nampaklah koloni-koloni yang letaknya tersebar di permukaan medium. Jika diadakan
pemindahan sampel dari suatu koloni yang letaknya terpencil, maka akan diperoleh suatu piaraan murni (Waluyo,
2005).

4. Dengan Mengucilkan Satu Sel ( Single Cell Isolation )

Mikropipet adalah alat yang dapat memungut satu bakteri dari sekian banyak, dengan tiada ikut sertanya bakteri lain.
Mikropipet ditempatkan pada tangan – tangan suatu mikromanipulator. Dengan mikropipet dibuat beberapa tetesan
bergantung pada suatu kaca penutup. Pekerjaan ini dilakuan di bawah obyektif mikroskop. Jika tampak suatu tetesan
hanya mengandung satu bakteri, maka dengan lain mikropipet, tetesan tersebut dipindahkan ke medium encer dengan
maksud supaya bakteri tersebut berkembang biak dulu. Kemudian dari sini dapat diperoleh piaraan murni. Meode ini
sangat memerlukan kesabaran, lagipula mikromanipulator sangat mahal (Waluyo, 2005).
 5. Dengan Inokulasi Hewan

Metode ini didasarkan atas suatu kenyataan, bahwa tidak semua bakteri dapat tumbuh di dalam tubuh seekor hewan.
Misal kita ambil dahak dari seseorang yang disangka menderita tbc. Jika dahak ini disuntikkan ke dalam tubuh tikus
putih, maka bakteri – bakteri aprobe yang ikut serta itu tidak akan bertahan, sehingga kemudian kita peroleh semata
– mata hasil tbc saja. Piaraan pneumococcus murni dapat diperoleh dengan jalan demikian juga. Bakteri yang
ketinggalan dalam tubuh tikus yang sakit atau mati akhirnya dapat dipindahkan ke dalam medium yang sesuai.
Inokulasi dapat dilakukan di dalam kulit ( intracutaneous ), dapat di bawah kulit ( subcutaneous), dapat di dalam otot
( intramuscular), dapat di rongga tubuh atau lain-lain tempat lagi (Waluyo, 2005).

9. Teknik Aseptik

Sebelum benar-benar dilakukan proses kultur mikroorganisme, pertama kali kita harus mempertimbangkan
bagaimana agar tidak terjadi kontaminasi. Mikroorganisme ada dimana-mana. Karena ukurannya yang sangat kecil,
mereka mudah lepas dalam udara dan permukaan. Maka dari itu, kita harus mensterilisasikan medium kultur
secepatnya setelah preparasi untuk pemindahan mikroorganisme siap dikontaminasikan, ini biasanya terbunuh.
Bagaimanapun, itu sama pentingnya untuk tindakan pencegahan sampai penanganan berikutnya mediun kultur harus
tetap steril. Demikian materi yang lain yang akan kontak juga harus tetap terjaga kesterilannya (Cappuccino, 1983).
Teknik yang digunakan dalam pencegahan kontaminasi hingga kultur manipulasi dan media kultur steril disebut
teknik aseptik. Keunggulan itu dibutuhkan keberhasilan dalam laboratorium mikrobiologi, dan salah satu cara belajar
dengan pendamping mikrobilogi. Kontaminasi udara paling sering menjadi masalah karena udara selalu kontak
dengan partikel debu dan umumnya banyak komunitas mikroorganisme didalamnya. Ketika wadah dibuka maka
segera ditangani agar tidak terkontaminasi dengan udara sekitar. Transfer aseptik pada kultur dari salah satu medium
ke medium yang lain harus lihai dengan loop inokulasi atau jarum harus disterilkan oleh pembakaran pada nyala api.

Dalam pertumbuhan kultur dibutuhkan tempat yang mudah dipindahkan ke permukaan agar datar, dimana
pertumbuhan suatu koloni berasal dari pertumbuhan dan pembelahan sel tunggal (Cappuccino, 1983).
10. Escherichia coli

Menurut Kenneath tahun (2008), Escherichia coli termasuk dalam family Enterobacteraceae yang termasuk
gram negatif dan berbentuk batang yang fermentatif. E. coli hidup dalam jumlah besar di dalam usus manusia, yaitu
membantu sistem pencernaan manusia dan melindunginya dari bakteri patogen. Akan tetapi pada strain baru dari
E.coli merupakan patogen berbahaya yang menyebabkan penyakit diare dan sindrom diare lanjutan serta hemolitik
uremic (hus). Peranan yang mengguntungkan adalah dapat dijadikan percobaan limbah di air, indikator pada level
pencemaran air serta mendeteksi patogen pada feses manusia yang disebabkan oleh Salmonella typhi. (Mikrolibrary,
2008).

Klasifikasi

Kingdom : Bakteria

Filum : Proteobacteria

Kelas : Gamma Proteobacteria

Order : Enterobacteriales

Famili : Enterobacteriaceae

Genus : Escheriachia

Spesies : E. coli

Escherichia coli biasanya hidup di dalam intestinum pada manusia ataupun hewan, memiliki gram negative,
dan fakultatif anaerob. Merupakan makhluk prokariot. Pada kondisi tertentu bisa menjadi pathogen atau dapat
menyebabkan penyakit. Dan bakteri ini juga dapat menyebabkan keracunan makanan, dan yang paling sering adalah
dapat menyebabkan diare serta beberapa penyakit yang sejenis (Anonim, 2008). Escherichia coli memproduksi racun
yang berbahaya di lapisan intestinum. Bila terjadi desakan pada intestinum maka akan menghasilkan racun tersebut
untuk menkontaminasi daging dan susu. Escherichia coli merupakan mikroorganisme normal yang berasal dari
kotoran hewan atau manusia baik dalam kondisi sehat maupun sakit. Oleh karena itu, dikenal juga dengan istilah koli
tinja. Morfologi sel bakteri Escherechia coli berupa batang pendek (0,5-1,0 X 1,0-3,0 μm), serta motil (sel-selnya
peritrikus, yaitu flagela secara merata tersebar diseluruh permukaan sel) dan ada juga yang non motil. Ciri-ciri
biokimiawinya adalah banyak sekali terjadi perubahan pada substrat. Keterangan ini memberikan cara-cara dasar
untuk membedakannya dengan yang lain. Habitatnya pada lingkungan aquatik, tanah, makanan, air seni dan tinja
(Pelczar, 1986).
 BAB III

KESIMPULAN

A. Mikrobiologi adalah ilmu yang mempelajari tentang mikroba, meliputi: bakteri, virus dan ganggang jamur.
Sedangkan bagi manusia, lingkungan adalah segala sesuatu yang ada disekitarmya, baik berupa benda hidup, benda
mati, benda nyata ataupun abstrak, termasuk manusia lainnya, serta suasana yang terbentuk karena terjadinya
interaksi diantara elemen-elemen tersebut.

B. Peran Mikroorganisme di Alam yaitu sebagai dekomposer atau mengurai bahan organik berupa sisa-sisa
tumbuhan, bangkai hewan sampai buangan manusia yang tertumpah dan terkumpul di permukaan bumi. Serta
berperan pada siklus biogeokimia dan penyedia makanan pada lingkungan aquatik.

C. Dalam pemanfaatan mikrobiologi bagi lingkungan dikenal istilah bioremediasi. Bioremediasi merupakan
penggunaan mikroorganisme untuk mengurangi polutan di lingkungan. Salah satu contonhya adalah ditemukannya
bakteri pemakan minyak yang berfungsi penting dalam mengatasi pencemaran minyak di laut.
 DAFTAR PUSTAKA

https://www.scribd.com/doc/18656107/teknik-inokulasi-mikroorganisme

https://fa.itb.ac.id/wp-content/uploads/sites/168/2016/09/Modul-04-Teknik-kultivasi.pdf.

staff.ui.ac.id/system/files/users/endang.../handoutkuliahbioteknologi-esaepudin.pdf

http://staff.uny.ac.id/sites/default/files/Diaktat%20Bioteknologi.pdf.