A simple regression method for mapping quantitative trait loci in line

crosses using flanking markers

C. S. HALEY & S. A. KNOTT*

AFACInstitute of Animal Physiology and Genetics Research, Edinburgh Research Station,
Roslin, Midlothian EH25 9PS, and */nstitute of Cell, Animal and Population Biology,
University of Edinburgh, King's Buildings, West Mains Road, Edinburgh EH9 3JT, U.K.

Pengembangan pemetaan genetik penanda berbasis pada polimorfisme DNA mulai

memberikan ahli genetika eksperimental serta peternak tumbuhan dan hewan untuk
mempelajari variasi genetik kuantitatif dengan alat yang ampuh. Penggunaan penanda
(markers) untuk mendeteksi lokus individu yang bertanggung jawab atas variasi kuantitatif
genetik (lokus sifat kuantitatif atau QTL) menyediakan kekuatan yang jauh lebih besar
daripada analisis segregasi tanpa informasi penanda.

Tujuan dari penelitian yang ditulis oleh Haley dan Knott adalah mengembangkan metode
untuk pemetaan Quantitative Trait Loci (QTL) berdasarkan regresi berganda yang dapat
diterapkan secara umum menggunakan alat statistik apapun. Pada penelitian ini, Haley dan
Knott menggunakan contoh pemetaan dalam populasi F2 dan menunjukkan bahwa hasil dari
metode regresi ini sangat mirip dengan hasil yang diperoleh dengan menggunakan
maksimum likelihood. Kesederhanaan relatif dari metode regresi berarti bahwa model dengan
lebih dari satu QTL dapat dieksplorasi. Haley dan Knott kemudian memberikan contoh
mengenai dua lokus terkait dan dua lokus yang berinteraksi. Penggunaan dari sepasang
flanking markers untuk 'pemetaan interval' menggunakan analisis data maksimum likelihood
memberikan sedikit kekuatan dalam mendeteksi QTL yang mendekati markers tetapi
memberi banyak estimasi parameter yang lebih akurat daripada analisis yang menggunakan
single marker.

Pada penelitian ini, Haley dan Knott mengembangkan metode regresi yang dapat
diimplementasikan dalam alat statistik komputer untuk melakukan analisis flanking markers
untuk mendeteksi QTL. Penulis menunjukkan bahwa metode ini dapat digunakan dengan
cara yang sama seperti metode maksimum likelihood dan memberikan perkiraan yang sangat
mirip. Penulis juga menunjukkan bagaimana metode regresi dapat digunakan untuk
menganalisis data di mana terdapat dua QTL yang terhubung atau berinteraksi.

Haley dan Knott menyimpulkan bahwa metode regresi menyediakan cara yang relatif
sederhana untuk memasang flanking markers pada model untuk data yang berasal dari
persilangan garis inbrida. Melalui demonstrasi telah ditunjukkan penggunaan metode yang
mengacu pada generasi segregasi atau kumpulan galur inbrida rekombinan yang diturunkan
dari persilangan antar galur inbrida. Penggunanaan metode maksimum likelihood hanya
memiliki sedikit keuntungan dalam analisis untuk jenis data seperti ini. Kesederhanaan relatif
dan kecepatan komputasi dari metode regresi lebih mudah disesuaikan untuk model dengan
dua atau lebih QTL yang terkait dan/atau berinteraksi, selain itu juga dapat memberikan
perkiraan yang baik dari efek QTL. Semua langkah analisis regresi dapat dilakukan dengan
menggunakan alat statistik sederhana, tanpa perlu menggunakan perangkat lunak khusus,
kemudian menempatkan ahli genetika kuantitatif mana pun untuk melakukan analisis.