Keanekaragaman

Mikroorganisme
DRA. RISCO B. GOBEL, MS
 PENDAHULUAN

Bermacam-macam jenis mikroorganisme hidup

menempati dunia ini dan masing-masing akan
menunjukkan sifat beda yang mencirikan kelompok
jenisnya. Menurut suatu teori, organisme yang ada
pada saat ini merupakan suatu produk akhir dari
suatu proses yang disebut evolusi suatu
rangkaian / seri perubahan yang terjadi pada suatu
populasi selama beberapa generasi. Perubahan-
perubahan ini hasil atau proses seleksi alam.
 Faktor-faktor yang dibutuhkan untuk terjadinya
suatu produk dari seleksi alam :

1. Adanya populasi yang mampu melakukan

reproduksi
2. Adanya perbedaan sifat genetik yang dapat
diturunkan di antara masing-masing individu
3. Adanya faktor lingkungan yang mendukung
kelangsungan hidup serta reproduksi dari
organisme yang memiliki gen-gen yang
memungkinkan diwariskan kepada
keturunannya.
Kehidupan dari seluruh organisme umumnya
dikategorikan ke dalam kelompok besar yang disebut
Kingdom, yang merupakan tingkat pembagian yang
terbesar dan merupakan kategori tingkat I dari organisme
yang terdiri dari berbagai jenis (spesies) organisme.
Spesies adalah satuan atau kelompok dasar dalam semua
sistem klasifikasi organisme, termasuk mikroorganisme.

Abad 18 klasifikasi organisme hidup menempatkan

semua mahluk hidup ke dalam salah satu dunia, yaitu :
1. Dunia tumbuhan (Plantae)
2. Dunia hewan (Animalia)
Namun pembagian ini dirasakan tidak cocok
lagi karena adanya penemuan-penemuan jenis
organisme terutama mikoorganisme yang baru
dengan sifat-sifat yang tidak mungkin
dimasukkan ke dalam salah satu kingdom
tersebut.
Beberapa mikroorganisme mempunyai ciri-
ciri struktural dan/atau fungsional yang sangat
berbeda dengan yang ada pada hewan atau
pada tumbuhan.
Dunia Protista

E.H. Haeckel, (1866) Dunia ketiga yang meliputi

mikroorganisme. Dinamakannya organisme itu protista
(“kehidupan pertama”) dan membentuk dunia ketiga
yaitu Protista yang secara umum mencakup :
- Bakteri
- Algae
- Cendawan
- Protozoa
- Bakteri dinamakan juga Protista tingkat rendah, yang
dicirikan sebagai sel prokariotik ( bahan inti tidak
terbungkus di dalam suatu membran)
- Algae, Cendawan dan Protozoa, disebut Protista tingkat
tinggi, dicirikan sebagai sel eukariotik (bahan inti
terbungkus dalam membran atau disebut berinti sejati)
 Sistem lima dunia menurut Whittaker
R.H. Whittaker (1969) mengemukakan sistem
klasifikasi yang lebih mutakhir, yaitu terdiri dari lima dunia yang
mencakup :
- dunia Monera
- dunia Protista
- dunia Cendawan
- dunia Tumbuhan
- dunia Hewan
Dalam sistem klasifikasi ini, mikroorganisme terdapat pada tiga
di antara ke lima dunia tsb yaitu ;
- Dunia Monera yang menghimpun bakteri dan sianobakteri
(ganggang hijau biru)
- Dunia Protista, meliputi ganggang mikroskopik dan protozoa
- Dunia Cendawan (Fungi), meliputi kapang dan khamir.
Bergeys Manual of Determinative Bacteriology

Merupakan acuan baku untuk taksonomi

bakteri (klasifikasi), mengakui dunia
Monera yang diajukan Whittaker tetapi
menamakannya dunia Prokariota karena
semua sel prokariotik adalah juga sel
monera.
Catatan : Virus karena non seluler tidak
dimasukkan dalam sistem klasifikasi ini.
 Dalam bidang mikrobiologi, ada 5 kelompok
mikroorganisme yang dipelajari:
- Virus Jasad aseluler
- Bakteri
- Fungi Jasad seluler
- Algae
- Protozoa

Pada pembahasan ini hanya diketengahkan

tentang virus, bakteri dan fungi (kelompok
lainnya akan dibahas tersendiri).
 1. VIRUS
Sifat-sifat virus yang penting diketahui :
1. Bukan suatu sel ----- aseluler, karena tidak memiliki
kriteria yang umum dimiliki oleh sebuah sel (seluler)
2. Bersifat statis dan tidak mampu mengubah atau
mengganti bagian-bagian dari partikel “tubuh”nya
3. Dikategorikan sebagai partikel hidup, bila berasosiasi
dengan sel hidup (inang) -------- parasit obligat
intraseluler
4. Materi genetik yang dikandung hanya satu macam
asam nukleat yaitu DNA atau RNA.
- Genom DNA, mempunyai struktur berserat tunggal
(single- stranded) atau berserat rangkap (double-
stranded)
- Genom RNA, mempunyai struktur berserat tunggal
(single-stranded)
5. Genom viral di selubungi oleh lapisan pelindung
yang terdiri dari protein dan lipida.
6.Tidak memiliki ribosom, sitoplasma, membran
sel dll
7.Tidak mempunyai sistem enzim yang
berhubungan dengan metabolisme dan secara
keseluruhan tergantung dari sel hospes dalam
proses biosintesis makromolekul
8. Tidak sensitif terhadap antibiotik
 Pengelompokkan Virus.

Secara sederhana Virus dikelompokan sbb:

. Virus bakteri, biasanya ditemukan pada hampir
semua golongan bakteri dan disebut
bakteriofage (fage), contoh fage E. coli
. Virus tanaman, adalah virus yang menginfeksi
tanaman, contoh : TMV
. Virus hewan, adalah virus yang menginfeksi
hewan, contoh : virus Rabies
 Pengelompokkan berdasarkan genom

1. Virus DNA, golongan virus yang mengandung

genom DNA.
contohnya : Adenovirus,

2. Virus RNA, Golongan virus yang mengandung

genom RNA.
contohnya : virus Reoviridae
 Struktur Virus
- Secara umum setiap partikel virus (virion) tersusun atas
protein dengan pusat utamanya asam nuleat
- Struktur protein yang menyelubungi asam nukleat (DNA /
RNA) partikel virus disebut : kapsid, yang terdiri dari
banyak sub unit struktural yang berulang-ulang dan
tersusun rapih, yaitu :
- Protomer, merupakan komponen struktural yang paling
sederhana dari suatu molekul protein
- Kapsomer, merupakan unit struktural dasar dari virus
yang terbentuk dari protomer.
- Beberapa jenis virus memiliki struktur tambahan berupa
selubung (envelop) yang membungkus partikel virus
 Reproduksi Virus
Virus hanya dapat bereproduksi bila berhasil menginfeksi sel
/jaringan inangnya (hospes). Tahapan-tahapan infeksi virus sbb:

1. Adsorbsi (pelekatan).
Partikel virus akan melekat pada sel inangnya. Mekanisme
pelekatan ini membutuhkan ikatan kimiawi yang spesifik.
1. Penetrasi
Kebanyakan V. hewan dan beberapa V. tumbuhan, memasuki
sel inang melalui sistem fagositosis. Pada kebanyakan V.
tumbuhan masuk ke dalam sel melalui perantara serangga yang
merusak jaringan tumbuhan sehingga partikel virus mudah
kontak dengan sel inangnya. Setelah penetrasi, virus akan
memasukkan materi genetiknya ke dalam sel inangnya.
1. Replikasi
Tergantung pada materi genetik yang dimilki virus.
Setelah asam nukleatnya (DNA/RNA) memasuki sel
inang, virus akan mengambil alih perlengkapan metabolik
sel inang sehingga menyebabkan terjadinya replikasi
as.nukleat virus, yang membawa informasi yang
diperlukan bagi sintesis partikel-partikel virus baru
1. Perakitan dan Pematangan.
Setelah terjadi sintesis bagian-bagian partikel virus,
selanjutnya proses perakitan sehingga terbentuk suatu
partikel virion yang utuh. Lalu diikuti dengan proses
pematangan sehingga terbentuk virion yang baru
1. Pelepasan
Virion-virion baru akan dilepaskan dengan cara melisis
dinding sel atau dengan cara “budding” tanpa merusak
dinding sel inang menginfeksi sel-sel lainnya
 II. Bakteri
Bakteri dan Sianobakteri kelompok
prokariotae, karena inti selnya tidak terbungkus
oleh membran inti.
Sel prokariota pada dasarnya memiliki ciri-ciri
khas a.l :
- Materi genetiknya tidak terbungkus oleh
membran
- Komposisi dinding selnya tersusun dari
senyawa makromolekul peptidoglikan
- DNA tidak terikat oleh histon
- Bersifat uniseluler
 Ukuran sel bakteri
- Satuan ukuran sel bakteri ialah mikrometer, pada umumnya berkisar 0,5 – 1,0 x 2,0 – 5,0 mikrometer
- Dipengaruhi oleh :umur biakan, komposisi media dan faktor lingkungan seperti pH, tekanan osmotik, suhu )

Bentuk dasar bakteri :

1. Bulat (Coccus)
2. Batang (Bacillus)
3. Lengkung (Spiral) : - Bentuk koma (Vibrio)
- Bentuk spiral, dibdakan atas:
- Spirochaeta
contoh : Treponema pallidum
- Spirillum : Spirillum volutans

Selain bentuk-bentuk ini dikenal pula bentuk :

- Involusi, bentuk ini disebabkan karena faktor-faktor yang tidak menguntungkan. Contoh; bakteri asam cuka
(Acetobacter)…… bentuknya spt gada, tak teratur, atau bentuk benang.
- pleomorfi, bentuk beragam dan teratur pada satu bakteri meskipun ditumbuhkan pada syarat pertumbuhan
yng sesuai, cth: Corynebacterium diphtheriae……. Bentuk selnya dapat berubah ke bentuk lain pada syarat
tertentu.
Bentuk lain menurut penataannya :
1. Bentuk bulat (Coccus):
- mikrokokus – bulat, satu-satu :Leuconostoc sp
- diplokokus – berpasangan : Diplococcus pneumoniae
- streptokokus- berantai : Streptococcus pyogenes
- tetrakokus/gaffya- bujur sangkar: Pediococcus cerevisiae
- sarsina – kubus : Sarsina ventriculli
-staphylokokus – bergerombol : Staphylococcus aureus
1. Bentuk batang (Bacillus):
- mikrobacillus – batang, satu-satu: Salmonella sp
- diplobacillus – berpasanngan : Bacillus lutea
- sterptobacillus – berantai :Bacillus cereus
- palisade – lapisan pagar : Corynebacterium diphtheriae
- roset –penataan roset : Caulobacter vibrioides
 STRUKTUR SEL PROKARIOT

Bakteri dan Cyanobakteri sel prokariot

Secara umum struktur sel bakteri :
1. Kapsul
- merupakan hasil metabolit sekunder , berupa
senyawa polimer karbohidrat yang kompleks
(dekstran), asam organik ( hyaluronic acic), atau suatu
bentuk protein (glutamic acid)
Kapsul dibedakan atas 3 macam:
1. Makrokapsul (negatif staining)
2. Mikrokapsul (serologika staining)
3. Slime (tidak melekat pada sel)
- Beberapa bakteri mengeluarkan suatu senyawa yang
disebut : glikokaliks berupa benang-benang fibril dari
polisakarida, yang membentuk jalinan yang renggang
seperti jala Streptococcus mutans, merupakan penyebab
timbulnya “plaque” pada permukaan gigi yang erat
kaitannya dengan caries gigi.
- Fungsi Kapsul :
- pelindung sel terhadap serangan fagositosis dan virus
- mencegah sel dari kekeringan
- berperan dalam pengikatan ion-ion yang esential

Keberadaan kapsul sering berkaitan erat dengan tingkat

keganasan sel (virulensi), contohnya: Streptococcus
pneumoniae, dikenal ada dua tipe :
1. Tipe S (smooth) bakteri berkapsul------ ganas
2. Tipe R (rough) bakteri tak berkapsul ----- tidak ganas
2. Dinding Sel
-Dinding sel prokariot (bakteri) tersusun dari : senyawa
heteropolimer yang terdiri atas: 2 macaam gula yaitu, N-
asetylglucosamine dan asam N-acetylmuramat serta 4
macam as.amino (tetrapeptida) yang membentuk suatu
rantai yang berurutan sbb : L-alanin, D- glutamic acid,
Diaminopimelic acid atau L-lysin dan D-alanin.
-Kedua molekul gula NAG dan NAM berikatan melalui
ikatan Beta 1,4 glukosida.
-Untaian glikan tersusun 10 – 65 senyawa gula,yang
berikatan dengan tetrapeptida pada molekul NAM,
membangun struktur yang disebut glikan tetrapeptida.
-Untaian glikan tetrapeptida berhub. Dengan untaian
glikan tetrapeptida ikatan jembatan silang
interpeptida.
-Pada bakteri gram negatif, ikatan terjadi antara D-alanin
pada posisi 4 dengan DPA pada posisi 3 dari
tetrapeptida rantai tetangganya.
- Pada bakteri gram positif, melalui ikatan pentaglisin yang
menghubungkan L-lysin (posisi 3) dan D-alanin (posisi 4)
dari rantai yang berbeda.
- Ikatan glikan tetrapeptida demikian akan membentuk
struktur peptidoglikan yang sangat kuat, rigit dan kaku.
- Pd bakt. Gram positf, selain peptidoglikan masih
dijumpai as. teikoat senyawa polimer larut dlm air
------ rantai berulang dari senyawa ribitol dan gliserol
yang dihubungkan melalui ikatan phosphodiester.
Dikenal ada 2 macam as. Teikoat :
-As. Teikoat membran sel (asam lipoteikoat)-----
berikatan kovalen dengan membran glikolipid.
- As. teikoat dinding sel ----- berikatan kovalen dgn NAM
- Pd bakt. Gram negatif, as. teikoat tidak dijumpai
meskipun demikan strukturnya lebih kompleks, karena
sebelah luar lap. Peptidoglikan dijumpai :
1. Lipoprotein, berikatan kovalen dengan peptidoglikan
2. Phospolipid bilayer dan sebelah luarnya berikatan dgn
3. Lipopolisakarida
- Dinding sel bakteri dapat dirusak/dihilangkan oleh senyawa
seperti enzim, antibiotika dsb. Suatu bakteri tanpa dinding
sel disebut : speroflast

Membran sel
-Terdapat langsung dibawah dinding sel
-Juga disebut membran plasma atau membran plasma
Fungsi : - Bersifat selektif dalam transportasi nutrisi
- Mengorganisir sintesa dinding sel
- Tempat pelekatan flagela
- Tempat pelekatan DNA selama pembelahan sel
 Sitoplasma
- mengandung komponen-komponen sel yang dibungkus oleh
membran plasma, kecuali inti
- tersusun atas air 80% dan senyawa-senyawa lainnya seperti : as.
Nukleat, protein, karbohidrat lipid, dan berbagai senyawa anorganik.

Ribosom
- merupakan tempat sintesis protein
- berukuran 70 S (S = Svedberg --- satuan cofisien sedimentasi
- tersusun oleh RNA dan protein
- jumlah ribosom erat hubungannya dgn laju aktivitas
metabolisme sel
 Mesosom
- Tidak dijumpai pada sel eukariotik
- Merupakan invaginasi dari membran sel
- Erat hubungannya dengan pembentuk dinding sel pada
saat pembelahan sel
- Tempat kegiatan bioenergi, setara dengan mitokondria
- Merupakan penghubung membran sel ---- nukleoid
- Pada prokariot fotosintetik, dijumpai struktur tilakoid
yang menyerupai mesosom

Nukleoid
- Materi DNA tidak terbungkus oleh membran inti -----
disebut Nukleoid
- DNA bakteri ------ suatu molekul tunggal yang panjang
 Plasmid
- merupakan ekstra kromosom
- dapat mereplikasi sendiri dan bersifat otonom karena
nya mampu mengkode senyawa-senyawa protein
tertentu, berbentuk sirkuler tertutup dan berikatan
kovalen
- perannya menjaga kelangsungan hidup sel inangnya
dalam kondisi lingkungan yang buruk dan berperan
dalam peristiwa konyugasi, menimbulkan problem pada
resistensi antibiotik
- berperan pada rekayasa genetika sebagai vektor

Flagela,
- berpangkal pada protoplast, tersusun atas senyawa
sejenis protein yang disebut : flagelin
- mudah rusak dan lepas oleh pengaruh mekanik da
panas
 Tipe –tipe flagela :
1. Atrikh : tidak mempunyai flagela
2. Monotrikh : flagelum tunggal pada salah satu ujung
sel, contoh : Pseuddomonas aeruginosa
1. Lofotrikh : sekelompok flagela pada salah satu ujung sel,
contoh : Pseudomonas fluorescens
2. Amfitrikh : flagela baik sekelompok maupun tunggal
pada kedua ujung sel, contoh: Spirillum serpens
1. Peritrikh: flagela disekeliling sel : Salmonella typhi

Fillus
- Terdapat pada bakt. Gram negatif, berupa benang-
benang halus
- Berperan pada saat konyugasi
 Fungi
- Mikroorganisme Kelompok Eukariotik
- Tidak berklorofil, berspora, reproduksi seksual atau
aseksual, umumnya berbentuk filamen dan dinding sel
tersusun atas selulosa atau khitin
- Heterotrof, dibedakan atas saprofit dan parasit
- Bersifat uniseluler :Sacch. cerevisiae dan berbentuk
filamen seperti: Rhizopus oryzae dan berbentuk hifa
palsu (pseudohifa) seperti: Candida albicans
- Bentuk dan ukuran sel khamir beragam
- Fungi multiseluler tampak sebagai benang-benang
halus sekelompok sel somatik (hifa) yang
membentuk jaringan padat yang disebut : miselium.
- Hifa ada yang bersepta (septate) dan ada yang tidak
(aseptate) dan bila bila berisi sitoplasma dengan inti yang
banyak, disebut coenocyt.
 Nutrisi dan Pertumbuhan
- bersifat heterotrof, artinya menyerap makanan yang
telah jadi dari lingkungannya
- Bila ada sbr C organik spt: glukosa, sukrosa/maltosa
maka sebgn besar fungi mampu mesintesis protein
dengan memanfaatkan sumber N organik dan anorganik
- Memerlukan suplai biotik, thiamine dari luar
- Kelebihan makanan disimpan glikogen atau minyak
- pH medium pertumbuhan 5,5 – 6 (asam)
- Suhu pertumbuhan optimum 20 – 30 derajat Celsius
Reproduksi
- Secara aseksual = reproduksi somatik = repr. Vegetatif
- Repr. Aseksual dapat terjadi melalui :
1. fragmentasi sel somatik (hife)------ arthrospora
2. “budding” --- tunas disebut blastospora
3. Hifa membentuk bulatan berdinding tebal ----
chlamidospora
4. pembentukan sporangiospora dan konidiospora
 - Secara seksual
- ditandai adanya peleburan 2 plasma sel (plasmogami)
kemudian diikuti oleh peleburan 2 inti (karyogami)
sehinnga terbentuk dikariotik, selanjutnya mengalami
pembelahan meiosis yang akan mereduksi jumlah
kromosom sehingga terbentuk sel haploid kembali.
- beberapa fungi membentuk suatu organ seksual yang
disebut gametangia, dimana gametangia jantan
disebut antheridium dan betina disebut oogonium
- Gametangia akan menghasilkan sel kelamin yang
disebut gamet.