IDENTIFIKASI JENIS KIMA KERING YANG DIPERDAGANGKAN DI PASAR

BERINGIN KOTA TARAKAN MENGGUNAKAN KARAKTER MOLEKULER

Siti Aminah1), Syamsidar Gaffar2)

1) Mahasiswa Program Studi Manajemen Sumberdaya Perairan
2) Staf Pengajar Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
Universitas Borneo Tarakan (UBT) Kampus Amal Lama Gedung E
E-mail: nurlailaxiipia2018@gmail.com

ABSTRAK
Kima merupakan bivalvia laut yang berperan penting sebagai biofilter alami dan saat ini banyak
diambil kemudian diperdagangkan sebagai hewan akuarium, makanan lauk (seafood), dan
sovenir. Informasi biologi dan molekuler merupakan salah satu tahapan dasar dalam upaya
konservasi kima. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi spesies dan karakter molekuler
kima kering yang diperdagangkan di Pasar Beringin Kota Tarakan. Tahapan penelitian dilakukan
dengan menganalisis karakter molekuler kima kering. Pada tahapan prosedur molekuler
dilakukan dengan metode DNA Barcoding melalui proses ekstraksi DNA, amplifikasi DNA,
elektroforesis dan sekuensing. Hasil sekuensing yang dicocokkan dengan data NCBI,
menunjukkan bahwa kima kering dari Pasar Beringin Kota Tarakan merupakan spesies kima sisik
(Tridacna squamosa) dengan tingkat kemiripan antara 98,85-100% dan masih satu clade dengan
T. squamosa dari perairan lain dengan jarak genetik kurang dari 3%.

Kata kunci: DNA Barcoding, Karakter molekuler, Kima, Kota Tarakan, Tridacna
squamosal

IDENTIFICATION OF TYPES OF DRY CHEMICALS TRADED IN THE BANKING

MARKET IN TARAKAN CITY USING MOLECULAR CHARACTERISTICS
ABSTRACT

Kima is a double-shelled mollusk that lives in tropical waters. Chemicals function as a natural
biofilter and are currently widely taken and traded as aquarium animals, seafood, souvenirs, and
so on. Biological and molecular information is one of the basic steps in chemical conservation
efforts. This study aims to identify the species and molecular characters of dried clams that are
traded in the Beringin Market, Tarakan City. The stages of the research were carried out by
analyzing the molecular characters of dry clams. At the molecular procedure stage, the DNA
Barcoding method is carried out through the process of DNA extraction, DNA amplification,
electrophoresis and sequencing. The sequencing results matched with NCBI data, showing that
dried clams from Pasar Beringin Tarakan City are a species of clam clam (Tridacna squamosa)
with a similarity level of 98.85-100% and are still in the same clade as T. squamosa from other
waters with less genetic distance of 3%.

Keywords: DNA Barcoding, Molecular character, Chemistry, Tarakan City, Tridacna squamosa
PENDAHULUAN
Kima merupakan kelompok moluska ukuran yang besar, sehingga biota ini sering
bercangkang ganda yang hidup di perairan disebut dengan kerang raksasa (giant clam)
tropis (Setiawan dkk, 2022). Kima memiliki kima cenderung hidup menetap (tidak
berpindah tempat) dan ditemukan pada
perairan kedalaman 1-20 meter, terutama
pada ekosistem terumbu karang dengan
kondisi yang cerah (Rabiyanti dkk, 2019).
Perairan yang cerah dan jernih merupakan
faktor utama dari habitat kima, karena
sedikit saja yang menyebabkan kekeruhan,
maka dapat mempengaruhi pertumbuhan
kima sampai batas tertentu, jika melewati
batas toleransi maka kima akan mati, hanya
cangkangnya yang tertinggal dkk, 2019).
Kima merupakan biota laut yang
berperan penting dalam membersihkan
mikroorganisme yang berlebihan, sehingga
air laut menjadi lebih sehat (Setiawan dkk,
2022). Setiap ekor kima mampu
membersihkan berton-ton air laut setiap hari.
Kemudian, kima berfungsi sebagai biofilter
alami karena, mampu menyaring nutrien
terlarut. Selain itu, kima juga menyerap
berbagai zat berbahaya bagi laut seperti zat
nitrogen dan fosfat (Soo dan Todd, 2014).
Kima merupakan salah satu komoditas
perdagangan internasional yang bernilai
ekonomis tinggi. Daging kima segar maupun
yang kering dapat digunakan sebagai bahan
makanan sesuai selera sedangkan
cangkangnya dapat digunakan sebagai bahan
bangunan kerajinan tangan (Setiawan dkk,
2022) dan kima yang masih hidup menjadi
salah satu komoditas dalam perdagangan
akuarium hias (Indah dkk, 2020). Selain
memiliki manfaat untuk dikonsumsi, kerang
kima juga memiliki potensi ekonomi dan
merupakan biota dengan harga jual yang
tinggi (Saputra dkk, 2016).
Tingginya nilai jual dan permintaan
pasar dari seluruh penjuru dunia
mengakibatkan terjadinya eksploitasi yang
berlebihan. Eksploitasi yang berlebihan
menyebabkan keberadaan kima semakin
terancam. Spesies kima besar seperti
Tridacna gigas telah mengalami kepunahan
di sebagian besar wilayah perairan
Indonesia, terutama di perairan Indonesia
bagian barat (Setiawan dkk, 2022).
Berdasarkan laporan tersebut, kerang kima
telah dimasukan ke dalam daftar Convention
on International Trade Endangered Spesies
of Wild Fauna and Flora (CITES) apendiks
II (Setiawan dkk, 2022). Pemerintah
Indonesia turut mengeluarkan peraturan
dalam upaya perlindungan secara hukum
melalui Surat Keputusan Menteri Kehutanan
No.12/Kpts- II/1987 dan Peraturan
Pemerintah No.7/ Tahun 1999 yang
menyatakan bahwa kima termasuk biota
yang dilindungi (Lestari dkk, 2020). Oleh
sebab itu, upaya konservasi terhadap biota
yang dilindungi perlu dilakukan agar
populasinya tidak berkurang di alam.
Informasi biologi mengenai identitas
spesies dan informasi molekuler merupakan
tahapan dasar dalam upaya konservasi kima
(Triandiza dkk, 2020). Selama ini untuk
mengidentifikasi spesies kima biasanya
dilakukan dengan pendekatan morfologi
yaitu melihat karakteristik morfologinya
(Martiansyah, 2021) . Namun, kita akan
kesulitan jika ingin mengidentifikasi spesies
kima yang sudah kering karena bentuknya
sudah tidak utuh. Oleh karena itu, diperlukan
kombinasi pendekatan lain dengan
menggunakan identifikasi secara molekuler
yakni menggunakan DNA Barcoding
(Martiansyah, 2021). DNA Barcoding adalah
metode molekuler untuk mengidentifikasi
spesies yang mampu memberikan kecepatan
dan keakuratan dalam mengidentifikasi jenis
spesies (Jeon dkk, 2012). DNA Barcoding
memiliki tujuan yaitu mengidentifikasi
molekuler pada spesies yang sudah
terdeskripsikan atau spesies yang belum
terdeskripsikan (Fahmi dkk, 2017).
Kelebihan DNA Barcode dapat digunakan
untuk mengidentifikasi semua bentuk
tingkatan kehidupan mulai dari telur, larva,
pupa sampai dewasa bahkan dapat
mengidentifikasi berbagai spesies yang sulit
dibedakan secara morfologi ataupun spesies
yang morfologinya sudah tidak utuh lagi
(Jannah dan Rahayu, 2019).
Penelitian terhadap jenis kima sudah
banyak dilakukan di Indonesia, diantaranya
yaitu aspek keanekaragaman jenis Family
Tridacnidae di Perairan Pulau Karang
Congkak (Rizkevina, 2014), studi kepadatan
zooxanthella pada Tridacna squamosa dan
Hippopus hippopus di Perairan Desa Toli-
toli dan Desa Sawapudo Sulawesi Tenggara
(Ira dkk, 2014), kandungan logam berat
timbal (pb) kima sisik (Tridacna squamosa)
di perairan Bulukumba (Nur dan Karneli,
2015), analisis kesesuaian wisata bahari
berbasis kima di Perairan Negeri Morella,
Maluku Tengah (Rabiyanti dkk, 2019), dan
kepadatan pola distribusi kima di Perairan
laut Desa Sepempang (Indah dkk, 2020).
Adapun penelitian mengenai molekuler kima
di Indonesia pernah dilakukan yang
berkaitan seperti, Keragaman Genetik Kima
Kecil (Tridacna maxima) Di Pulau Kur,
Pulau Biak Dan Manado (Triandiza dkk,
2020), Penilaian Profil Genetik Genus
Kerang Raksasa Tridacna Sebagai Dasar
Pengelolaan Sumber Daya Perairan Taman
Nasional Wakatobi (Findra dkk, 2017).
Namun, informasi mengenai identifikasi
spesies kima kering menggunakan karakter
molekuler belum pernah dilaporkan dari
perairan Kalimantan Utara. Oleh karena itu,
penelitian ini perlu dilakukan sebagai bagian
dari upaya pengumpulan informasi dasar
(baseline) yang dapat digunakan dalam
penyusunan strategi manajemen pengelolaan
dan konservasi populasi kima dan
habitatnya. Tujuan dari penelitian ini untuk
mengidentifikasi spesies dan karakter
molekuler kima kering yang diperdagangkan
di Pasar Beringin Kota Tarakan.
METODE PENELITIAN
Penelitian dilaksanakan dari bulan
Mei sampai dengan bulan Desember 2022.
Penelitian dilakukan dua tahap yaitu
pengambilan sampel di lapangan dan
menganalisis sampel kima kering di
laboratorium. Pengambilan sampel
dilakukan di Pasar Beringin, Kota Tarakan
sementara tahapan ekstraksi DNA dan PCR
dilakukan di ruang Lab. Zoologi
Laboratorium Sentral Ilmu Hayati,
Universitas Borneo Tarakan (LSIH UBT).
Adapun tahapan sekuensing dilakukan
dengan mengirim sampel hasil PCR ke Jasa
Sekuensing 1st Base Singapore.
Pengambilan sampel dilakukan di
Pasar Beringin, Tarakan. Sampel kima yang
digunakan berupa sampel kima kering yang
dibeli langsung dari pedagang kima di Pasar
Tradisional Tarakan. Sampel untuk DNA
Barcoding diambil dari spesimen pada
jaringan mantel (Triandiza dkk, 2020),
kemudian dipreservasi menggunakan cairan
alkohol 70% sebelum dilakukannya proses
DNA Barcoding (Fitrian dan Madduppa,
2021).
Isolasi dan ekstraksi DNA dilakukan
bertujuan untuk memisahkan DNA dari
bahan lain selain DNA seperti karbohidrat,
protein, dan lemak. Ekstraksi mtDNA
sampel menggunakan Genomic Mini kit
(Zuhdi dan Madduppa, 2020). Ekstraksi
DNA berasal dari potongan kecil tubuh kima
kering. Pemecahan (Lisis) merupakan tahap
awal untuk melakukan proses isolasi DNA,
jaringan otot dihancurkan menggunakan
micropestle, lalu menambahkan larutan GT
buffer 200 μl, proteinase K sebanyak 20 μl
kemudian sampel dihomogenkan dengan
menggunakan vortex kurang lebih 30 detik.
Setelahnya, sampel diinkubasi dengan
menggunakan suhu 60°C selama 30 menit,
dan setiap 5 menit dihomogenkan, lalu
menambahkan 200 μl GT buffer dan
diinkubasi selama 20 menit serta setiap 5
menit sekali dihomogenkan. Pengikatan
DNA (DNA Binding) merupakan tahapan
kedua setelah ekstraksi, ditahapan ini yang
perlu dilakukan adalah menambahkan
larutan etanol absolut sebanyak 200 μl
setelah prosesi inkubasi, kemudian divortex.
Setelah itu, tempatkan GS Column kedalam
tabung collection tube 2 ml, lalu pindahkan
campuran (termasuk endapan apapun) ke
dalam GS Column untuk disentrifugasi
selama 2 menit dengan kecepatan 14.000-
16.000 rpm. Setelah itu, buang tabung
collection tube 2 ml lalu transfer kolom GS
Column ke tabung collection tube 2 ml baru.
Washing merupakan tahapan ketiga setelah
mengikat DNA, didalam tahapan ini W1
buffer dipakai sebanyak 400 μl, lalu sampel
uji disentrifugasi lagi selama 30 detik
dengan kecepatan 14.000-16.000 rpm.
Setelah itu, hasil sentrifugasi terdapat cairan
yang mengendap didasar tabung collection
tube akan dibuang lalu letakkan GS Column
kembali tabung collection tube 2 ml, dan
tambahkan Wash buffer sebanyak 600 μl,
kemudian dilakukan lagi sentrifugasi lagi
selama 30 detik dengan kecepatan 14.000-
16.000 rpm. Hasil sentrifugasi berupa cairan
yang terdapat di bagian bawah dalam tabung
collection tube 2 ml dibuang, lalu letakkan
kembali GS Column ke dalam collection
tube 2 ml baru. Kemudian, sampel uji akan
disentrifugasi lagi selama 3 menit dengan
kecepatan 14.000-16.000 rpm untuk
mengeringkan matriks kolom. Elution
tahapan ini bertujuan untuk memisahkan
fragmen DNA target dari pengotornya. DNA
elution dilakukan sebanyak 2 kali, yang
pertama GS Column akan dipindahkan
kedalam elution buffer atau TBE yang telah
dipanaskan sebelumnya ke pusat matriks
kolom 100 μl, lalu sampel uji didiamkan
kurang lebih 5 menit untuk memastikan
elution buffer atau TBE benar-benar
terserap. Setelah itu, disentirufugasi lagi
selama 30 detik untuk menghindari DNA
yang dimurnikan dengan kecepatan 14.000-
16.000 rpm.Uji konsentrasi adalah tahapan
terakhir dalam ekstraksi yaitu, mengukur
konsentrasi DNA dan melihat kemurnian
DNA dengan menggunakan
Nanophotometer C40. Konsentrasi sampel
DNA diukur nilai absorbansinya pada
panjang gelombang (λ) 260 nm, sedangkan
kemurnian DNA dari kontaminasi ditentukan
dengan perbandingan hasil absorbansi pada λ
260/280 dan λ 260/230 (Syafaruddin dan
Tri, 2011).
Amplifikasi DNA adalah suatu
metode enzimatis untuk melipat gandakan
secara eksponensial gen COI target.
Amplifikasi gen COI dari genom
mitokondria diamplifikasi menggunakan
dua primer yaitu LCO dan HCO. DNA
diamplifikasi menggunakan metode PCR
dengan pereaksi 2x MyTaq HS Red Mix
(Bioline). Total volume yang digunakan
untuk amplifikasi yaitu 20μl, yang terdiri
atas PCR Mix 10μl , F1= 1μl dan R1= 1μl,
Templet DNA 2μl, kemudian Nucliese Free
Water nya menyesuaikan mengikuti total
volume dari masing-masing primer. Sekuen
mtDNA target diamplifikasi menggunakan
Mastercycler X50s. Proses amplifikasi DNA
dilakukan dengan menggunakan metode
PCR (Polimerase Chain Reaction). Secara
umum pada proses PCR terdiri atas 3 tahap
yakni denaturasi, annealing, dan extension.
Selain 3 tahapan ini, proses PCR juga
dilengkapi dengan proses predenaturasi
selama 2 menit, dan post extension waktu
selama 5 menit (Zuhdi dan Madduppa,
2020).
Media agar yang digunakan berupa gel
agarose. Gel agarose peratama ditimbang
sebanyak 0,6 mg agarose bubuk ke dalam
gelas beaker dan melarutkan dengan 50 ml
TBE 1x. Kemudian memanaskan dan
sekaligus mengaduk diatas hot plate sampai
larutan gel agarose mendidih dan berwarna
bening. Kemudian ditambahkan Florosafe
DNA Stain sebanyak 5 μl setelah mendidih
dan menghomogenkannya. Kemudian
dituangkan ke dalam cetakan agar dapat
dibentuk dibentuk sumur gel dengan
menggunakan sisir gel. Membiarkan gel
agarose mengeras atau membeku, dan sisir
diambil dengan hati-hati. Gel agarose
kemudian dipindahkan ke mesin
elektroforesis, kemudian ditambahkan TBE
1x hingga gel agarose terendam dengan
posisi sumur berada dikutub negatif.
Kemudian masukkan larutan sampel ke
dalam sumur, lalu dielektroforesis dengan
running buffer TBE 1x pada tegangan volt
120 selama 30 menit. Kemudian setelah
dielektoroforesis, gel agarose dimasukkan
ke dalam mesin Enduro gel untuk melihat
DNA-nya (Kusumaningrum dkk, 2014).
Sekuensing DNA adalah teknik untuk
mengurutkan nukleotida yang terdapat dalam
DNA (Akbar dkk, 2018). Produk PCR
disekuensing dengan metode Sanger
(bidirectional sequencing) dengan
menggunakan jasa perusahaan genetika 1st
Base Singapore (Gaffar dkk, 2021).
Sekuen nukleotida hasil sekuensing
diedit pada aplikasi Mega XI untuk
mengecek gap basa nukleotida. Hasilnya lalu
disimpan dan divalidasi pada website NCBI.
Validasi basa nukleotida dilakukan
menggunakan program BLAST-n. BLAST-n
(Basic Local Alignment Search Tool–
Nucleotide) adalah algoritma untuk
membandingkan informasi urutan basa
nukleotida hasil sequencing dengan database
yang disimpan pada situs National Centre
for Biotechnology Information (NCBI).
BLAST-N digunakan untuk
mengidentifikasi spesies bedasarkan
kecocokan urutan basa nukleotida hasil
sequencing. Data urutan basa nukleotida
hasil sequencing diunggah ke dalam situs
NCBI, kemudian situs akan mencocokkan
data yang diunggah dengan database yang
tersimpan. Selanjutnya, situs akan
menampilkan spesies yang tersimpan pada
database yang memiliki karakteristik basa
nukelotida paling mendekati basa nukleotida
hasil sekuensing yang diunggah (Sari, 2021).
Metode yang digunakan untuk
menentukan jarak genetik yatu metode
Pairwise Distance. Metode ini menganalisis
Gambar 4. Urutan basa nukleotida kima sisik (T. squamosa)
seluruh pasangan basa nukleotida dan
mengubah perbedaan antara kedua basa yang
dipasangkan menjadi suatu “jarak” (Dailami
dkk, 2019). Hasil perhitungan jarak genetik
disajikan dalam bentuk matriks data yang
dapat digunakan untuk analisis hubungan
kekerabatan antar spesies berdasarkan pohon
filogenik.
Analisis filogenetik dilakukan dengan
metode jarak genetik Pairwise Distance
berdasarkan prinsip pendekatan substitusi
nukleotida. Konstruksi pohon filogenetik
menggunakan metode Neighbor-Joining.
Prinsip metode ini adalah menemukan
pasangan dari unit taksonomi operasional
yang meminimalisir total cabang lengan
pada setiap tingkat kluster unit taksonomi
operasional yang dimulai dari pohon
filogenetik yang berbentuk bintang (Akbar
dkk, 2018). Metode ini dapat dilakukan pada
aplikasi MEGA X dengan jumlah bootsrap
yang digunakan sebanyak 1000 kali
pengulangan (Ihsan dkk, 2020)
HASIL DAN PEMBAHASAN
Berdasarkan hasil penelitian sampel
kima kering berupa sekuen nukleotida yang
diperoleh memiliki panjang DNA yaitu
598bp (base pairs), lalu diunggah ke dalam
situs National Center For Biotechnology
(NCBI) untuk dibandingkan atau dicocokkan
dengan data yang terdapat dalam database
yang tersimpan pada situs NCBI untuk
mengetahui kepastian spesies T. squamosa.
Urutan basa kima sisik T. squamosa yang
diperoleh dalam peneletian ini ditampilkan
pada Gambar 4.
 Sekuen yang telah dicocokkan
persentase kemiripannya pada GenBank
NCBI yaitu ada 97 sekuen yang memiliki
kemiripan dengan kisaran 98,85 - 100%
dengan Tridacna squamosa dan hanya 9 saja
yang diambil dari masing-masing sekuen
untuk mewakili setiap perairan dan kode
akses. Kolondam dkk, (2012) mengatakan
bahwa sekuen DNA dikatakan mirip jika
memiliki tingkat kemiripan diatas 98% maka
dari itu, semakin tinggi nilai persentase
diatas 98% maka dikatakan satu spesies.
Oleh karena itu, sampel dalam penelitian ini
disimpulkan adalah spesies T. squamosa.
Diketahui bahwa BLASTn juga mampu
memberikan informasi serta memverifikasi
biota atau organisme yang mempunyai
kesamaan urutan DNA dengan sampel DNA
yang kita teliti dan yang dibandingkan.
Berdasarkan informasi hasil wawancara
kima kering yang diperdagangkan berasal
dari Pulau Derawan, Kalimantan Timur.
Berikut hasil BLAST basa Nukleotida pada
GenBank NCBI sampel kima T. squamosa
dapat lihat pada (Tabel 1)

Tabel 1. Hasil BLAST basa Nukleotida pada GenBank NCBI

No Jenis Kima Pers kemrp Kode Akses Lokasi
1 Tridacna squamosa 100% MH018157.1 Malaysia, Terengganu
2 Tridacna squamosa 99,83% MG700637.1 Malaysia,Pasir Pengalau,
3 Tridacna squamosa 99,64% MW599769.1 Malaysia, Perhentian Island
4 Tridacna squamosa 98,85% KY769523.1 Indonesia, Wakatobi Sul-tenggara
5 Tridacna squamosa 99,60% MF969178.1 China, Hainan
6 Tridacna squamosa 99,58% MT499028.1 Malaysia, Peninsular
7 Tridacna squamosa 99,79% JN392020.1 Singapura
8 Tridacna squamosa 99,78% EU346361.1 Indonesia
9 Tridacna squamosa 99,77% KF446582.1 Indonesia, Raja Ampat

Informasi biologi dari suatu spesies mengindentifikasi berbagai spesies yang

atau biota kima dibutuhkan dalam penentuan
strategi pengelolaan berkelanjutan. Informasi
tersebut yaitu identifikasi spesies merupakan
tahap awal yang penting (Aisyah dkk, 2021).
Dengan menggunakan DNA barcoding
diketahui bahwa metode molekuler ini dapat
sulit dibedakan secara morfologi atau spesies
yang morfologinya sudah tidak utuh, bahkan
spesies dalam bentuk kering pun dapat
terindentifikasi (Jannah dan Rahayu, 2019).
Berikut gambar kima T. squamosa kering
dapat di lihat pada gambar (5).

Gambar 5. Kima sisik (Tridacna squamosa) (A). Tampak depan dan (B).Tampak belakang
Informasi mengenai validasi genetik kima dengan didukung kajian aspek biologi,
kima digunakan untuk memastikan identitas dan aspek ekologi dalam menentukan
strategi pengelolaan serta pengembangan
yang tepat dalam perikanan kima sisik
T.squamosa (Tindi dkk, 2017). Oleh karena
itu, penentuan strategi pengelolaan dan
pengembangan sangat dibutuhkan dalam
menjaga kelestarian sumberdaya kima
diperairan (Yolanda, 2019). Penangkapan
dan perdagangan kima telah banyak
dilakukan sebagai bahan makanan secara
tradisional yang bernilai ekonomis tinggi
(Rabiyanti dkk, 2019), bahkan kima yang
masih hidup juga menjadi salah satu
komoditas dalam perdagangan akuarium hias
(Wynsberge dkk, 2016)). Peningkatan hasil
tangkapan dan perdagangan dapat
mengancam kelestarian sumberdaya kima
diperairan. Rabiyanti dkk, (2019)
mengatakan bahwa tingginya nilai jual dan
ancaman permintaan pasar diseluruh penjuru
global mengakibatkan terjadinya ekspolitasi
yang cenderung berlebihan (over
exploitation). Ekspolitasi yang berlebihan
menyebabkan keberadaan kima semakin
terancam punah.
Jarak genetik adalah salah satu
pendekatan yang dilakukan untuk
mengetahui hubungan kekerabatan suatu
organisme (Fahmi dkk, 2016). Jarak genetik
ini dihitung dengan menggunakan metode
Kimura 2 parameter yang dianalisis
menggunakan software MEGA–XI. Analisis
jarak genetik ini adalah analisis yang
berdasarkan perhitungan matriks dari “jarak”
antar pasangan basa antara sekuen yang
mendekati jarak evolusioner (Hasibuan dkk,
2017). Berikut pada tabel (2) jarak genetik
gen COI antar sekuen T. squamosa (1-10)
dan T. derasa yang menggambarkan
hubungan kekerabatan antar spesies,
disajikan pada (Tabel 2).

Tabel 2. Jarak genetik gen COI antar sekuen T. squamosa (1-10) dan T. derasa (11)
berdasarkan model subtitusi kimura 2 parameter (K2P).
Sekuen
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11
1
2 0.000
3 0.002 0.002
4 0.005 0.005 0.002
5 0.007 0.007 0.005 0.007
6 0.005 0.005 0.002 0.000 0.007
7 0.005 0.005 0.002 0.000 0.007 0.000
8 0.002 0.002 0.000 0.002 0.005 0.002 0.002
9 0.002 0.002 0.000 0.002 0.005 0.002 0.002 0.000
10 0.002 0.002 0.002 0.005 0.007 0.005 0.005 0.002 0.002
11 0.185 0.185 0.188 0.185 0.195 0.185 0.185 0.188 0.188 0.188

Keterangan :

1. Tridacna_squamosa_Pasar_Beringin_ Kota Tarakan

2. MH018157.1_Tridacna_squamosa_voucher_GCPR13_Malaysia: Terengganu
3. MG700637.1_Tridacna_squamosa_voucher_GCPP06_Malaysia: Pasir Pengalau
4. MW599769.1_Tridacna_squamosa_voucher_GCLH02_ Malaysia: Perhentian Island
5. KY769523.1_Tridacna_squamosa_isolate_TsW_1_Indonesia: Wakatobi Sulawesi.Tenggara
6. MF969178.1_Tridacna_squamosa_voucher_DZD-2-016Te_China: Hainan
7. MT499028.1_Tridacna_squamosa_isolate_7_Malaysia: Peninsular
8. JN392020.1_Tridacna_squamosa_isolate_NML_53_Singapura
9. EU346361.1_Tridacna_squamosa_isolate_TSD_50_Indonesia
10. KF446582.1_Tridacna_squamosa_clone_2608.22_Indonesia: Raja Ampat
 11. KJ202112.1_Tridacna_derasa_voucher_Td1_Filipina
Hasil sekuen T. squamosa yang berasal
dari Pasar Beringin Kota Tarakan kemudian
dibandingkan dengan hasil data sekuen in
group lain pada GenBank NCBI yang
memiliki kisaran 0.000-0.007. Dari sekuen
yang didapatkan di NCBI jarak genetik
terdekat yaitu 0.000 antara sekuen T.
squamosa yang ditemukan pada penelitian
ini dengan sekuen T. squamosa lain dari data
yang dikumpulkan di NCBI yaitu dari
perairan Malaysia (Terengganu), Tabel 2.
Hal ini menunjukkan bahwa sekuen tersebut
memiliki hubungan kekerabatan yang dekat
karena merupakan spesies yang sama.
Terkait dengan sekuen T. derasa dari
perairan Filipina sebagai out group
pembanding dengan sekuen T. squamosa
sebagai in group dari perairan lainnya, dan
ketika dibandingkan dengan sekuen T.
squamosa dari pasar Beringin Kota Tarakan,
data yang telah dikumpulkan di NCBI jarak
genetiknya adalah 0.185 artinya dari 100
sekuen rantai basa terdapat perbedaan 18
sekuen basa yang berbeda dari sekuen T.
derasa ke sekuen T. squamosa dari pasar
beringin Kota Tarakan, dan jarak genetik
antara in group lain dengan T. derasa yang
terbesar adalah dari sekuen T. squamosa
yang berasal dari perairan Indonesia
(Wakatobi, Sulawesi Tenggara) dengan nilai
0.195, artinya terdapat 19 perbedaan dari
100 urutan rantai basa. Kima selatan (T.
derasa) sebagai sekuen pembanding maka
jarak genetik nya juga semakin jauh dari
jarak genetik in group (Achmad dkk, 2019).
Menurut Fahmi dkk, (2016) nilai jarak
genetik kurang dari 3% maka dikatakan satu
spesies karena hubungan kekerabatannya
lebih dekat sementara, nilai jarak genetik
lebih dari 3% maka spesiesnya berbeda
dengan kekerabatan yang jauh.
Struktur genetik yang telah diperoleh
untuk kima sisik (T. squamosa) dalam
penelitian ini dapat dilakukan penelitian
lebih lanjut, misalnya mengenai keragaman
genetik populasi dalam rangka menunjang
pengelolaan sumberdaya yang tepat terhadap
kima sisik (T. squamosa). Keragaman
genetik yang tinggi dalam suatu populasi
organisme mengindikasikan bahwa
ketersediaan stok kima masih relatif tinggi
dan pengambilan biotanya pun masih
tergolong selektif dalam kondisi masih hidup
dan dapat dijadikan sebagai bahan pangan
(Setiawan dkk, 2022). Sebaliknya apabila
keragaman genetik rendah pada suatu
organisme mengindikasikan bahwa
ketersediaan stok kima berkurang akibat
tingkat eksploitasi yang berlebihan tanpa
memperhatikan jenis dan ukuran kima.
Filogenetik merupakan salah satu
metode yang dapat digunakan untuk
mengetahui hubungan kekerabatan pada
suatu taksa atau sekuen (Abdullah dkk,
2019). Dalam kelompok filogenetik,
organisme dengan ciri dan sifat yang mirip
dianggap berkerabat sangat dekat, sehingga
kesamaan tersebut dianggap sebagai
keturunan dari satu induk (nenek moyang)
dan membentuk kelompok filogenetik
(Astarini dkk, 2021). Konstruksi pohon
filogenetik pada spesies T. squamosa dan T.
derasa ditampilkan pohon filogenetik dengan
menggunakan metode Neighbor- Joining
Tree dengan model perhitungan Kimura-2
parameter (bootstrap) 1000 kali
pengulangan (Mustikasari & Agustiani,
2021). Pohon filogenetik sekuen DNA COI
(T. squamosa), disajikan pada (Gambar 6).
 Gambar 6. Pohon filogenetik sekuen DNA COI (T. Squamosa)
Berdasarkan hasil analisis pohon
filogenetik sekuen nukleotida T. squamosa
dari pasar Beringin Kota Tarakan dengan
sekuen T. squamosa yang ada pada BLAST
memiliki hubungan kekerabatan yang erat.
Penambahan data sekuens T. squamosa dari
BLAST digunakan untuk menentukan
keterkaitan sekuens T. squamosa yang
diperoleh dari Pasar Beringin Kota Tarakan
berdasarkan gen COI.
Hasil analisis filogenetik pada kima T.
squamosa terdiri dari 2 kelompok in group
dan out grup. In group yang membentuk
kelompok besar atau clade yang terdapat
dari 10 spesies T. squamosa dari perairan
yang berbeda seperti Malaysia, Indonesia,
China, Singapura dan 1 spesies sekuen pada
penelitian ini dari pasar Beringin Kota
Tarakan (Gambar 6). Jenis-jenis tersebut
disatukan oleh banyaknya urutan sekuen
yang memiliki kemiripan yang sama, dari
sekuen penelitian ini dan sekuen lain dari
GenBank NCBI, kemudian dalam kelompok
besar atau clade secara umum menunjukkan
bahwa terdapat dua percabangan, pada
percabangan 1 terdapat 8 spesies yang
memiliki hubungan yang dekat dan memiliki
satu percabangan dengan nilai bootstrap 51
yaitu dari perairan Indonesia (Wakatobi
Sulawesi Tenggara), Singapura, Malaysia
(Pasir Pengalau), Indonesia, Indonesia (Raja
Ampat), Malaysia (Perhentian Island), China
(Hainan), Malaysia (Peninsular) dan,
kemudian cabang kecil yang ke II sekuen
penelitian ini dari Pasar Beringin Kota
Tarakan dengan Malaysia (Terengganu)
yang berdekatan dengan nilai bootstrap 41.
Jadi sekuen penelitian ini dengan sekuen lain
di GenBank memiliki spesies yang sama dan
dapat disimpulkan bahwa pohon filogenetik
sekuen dari penelitian ini adalah spesies T.
squamosa.
Terkait dengan pohon filogenetik juga
ditampilkan out group sebagai pembanding.
Out group diambil dari spesies yang
memiliki hubungan kekerabatan yang jauh
dari spesies yang diteliti dalam penelitian
ini, salah satu kelompok spesies yaitu T.
derasa yang diambil sebagai out group
karena out group sangat penting untuk
menentukan titik awal pembentukan pohon
filogenetik. Pangestika dkk, (2015)
menyatakan bahwa semakin panjang cabang
pohon filogenetik maka semakin besar pula
perubahan evolusi dan semakin jauh
hubungan kekerabatannya. Out group yang
digunakan menunjukkan perbedaan urutan
rantai DNA yang signifikan, tetapi korelasi
taksonomi dengan spesies yang diuji masih
ada (Pramarta dkk, 2017).
Pohon filogenetik pada Gambar 6 yang
membentuk 2 clade besar dengan nilai
bootstrap. Bootstrap adalah proses
pengulangan yang membentuk percabangan
dari suatu clade. Menurut Rejeki dan
Parwadani, (2021) semakin tinggi nilai
bootstrap yang dihasilkan, semakin baik
rekonstruksi pohon filogenetik. Tamura dkk,
(2013) dan Saleky dkk, (2020) menyatakan
bahwa nilai bootstrap lebih dari 80
menunjukkan bahwa percabangan tersebut
stabil, sebaliknya jika nilai bootstrap kurang
dari 80 menunjukkan bahwa percabangan
tersebut dapat mengalami perubahan, yang
disebabkan adanya dominasi basa yang sama
antara sekuen. Rejeki dan Parwadani, (2021)
menyatakan bahwa hubungan kekerabatan
suatu spesies dapat diketahui melalui
rekonstruksi pohon filogenetik, dan analisis
jarak genetik untuk melihat kekerabatan
diberbagai lokasi dapat menunjukkan bahwa
terjadinya percampuran individu antar
populasi yang berbeda sehingga
menghasilkan individu baru. Selain itu,
pohon filogenetik juga dapat menjelaskan
mengenai percampuran antar populasi secara
keseluruhan. Sehingga memiliki kedekatan
yang sangat erat dan masih dalam nenek
moyang sama (Pangestika dkk, 2015).
Kesamaan urutan basa nukleotida gen COI
pada T. squamosa dapat dikatakan masih
dalam populasi yang sama dan dapat
dilakukan pengelolaan yang sama.
Berdasarkan studi literatur, belum ada
penelitian mengenai identifikasi kima atau
kima kering yang berasal dari perairan
Tarakan, Kalimantan Utara. Sementara stok
yang diperdagangkan berdasarkan informasi
kima yang diteliti dalam penelitian ini
berasal dari Pulau Derawan, Kalimantan
Timur. Oleh karena itu, hasil penelitian ini
dapat digunakan sebagai informasi dasar
dalam pengelolaan dan konservasi spesies,
misalnya sebagai informasi genetik, agar
populasi kima tetap terjaga. Oleh karena itu,
kajian ini penting sebagai data tindak lanjut
dalam hal pengelolaan dan konservasi
perikanan berkelanjutan. Penelitian dengan
menggunakan DNA barcoding ini sangat
mendukung dalam proses pengelolaan
karena informasi, keakuratan spesies yang
diperoleh ini memberikan kepastian terkait
dengan spesies yang akan dilindungi. Maka
perlu dilakukan penelitian sebagai dasar
perlindungan biota-biota yang dilindungi
ataupun yang tidak dilindungi berhubung
kima ini sudah masuk dalam apendiks II
(CITES) Convention on International Trade
Endangered Spesies of Wild Fauna and
Flora (Setiawan dkk, 2022). Peraturan
Menteri Lingkungan Hidup dan Kehutanan
Nomor P.20/MENLHK/SETJEN/
KUM.1/6/2018 tentang jenis tumbuhan dan
satwa yang dilindungi penuh di Indonesia
ada 2 jenis kima yang dilindungi yaitu kima
pasir (Hippopus hippopus), dan kima cina
(H. porcellanus). Namun, demekian
meskipun kima sisik T. squamosa tidak
masuk dalam biota yang dilindungi menurut
aturan tersebut jika penangkapan dan
perdagangan kima terus dilakukan tanpa
adanya penerapan kontrol (pengawasan)
yang ketat lama kelamaan biota ini atau
kima sisik (T. squamosa) yang awalnya tidak
masuk dalam kelompok yang dilindungi bisa
jadi masuk ke dalam daftar biota yang
dilindungi di Indonesia karena, keberadaan
dan populasinya sudah semakin berkurang di
alam dan bahkan jika semakin parah tingkat
eksplotasi dan perdagangan maka
populasinya akan terancam punah.
KESIMPULAN
Berdasarkan hasil identifikasi molekuler
pada penelitian ini diketahui bahwa kima
merupakan spesies Tridacna squamosa.
Hasil sekuen kima T. squamosa yang
dicocokkan dengan data NCBI memiliki
kemiripan 98,85-100% dengan T. squamosa
dari perairan lain. Jarak genetik T. squamosa
pada penelitian ini dengan T. squamosa dari
perairan lain yaitu 0,000 yang menunjukkan
bahwa sampel penelitian ini memiliki
kekerabatan yang erat dengan T. squamosa
dari perairan Malaysia(Terengganu). Hal ini
ditunjukkan dengan rekonstruksi filogenetik
yang masih satu clade dengan T. squamosa
dari perairan lain dan masih dengan nenek
moyang yang sama.
DAFTAR PUSTAKA
Abdullah, A., Sativa, H. A., Nurhayati, T., &
Nurilmala, M. (2019). Pemanfaatan
DNA Barcoding untuk Ketulusuran
 Label Surimi-Based Products. Jurnal
Pengolahan Hasil Perikanan Indonesia,
22(3), 508–519.
Achmad, M. J., Djamhur, M., Fabanyo, M.
A., & Akbar, N. (2019). DNA
barcoding application of garfish
(Hemirhampus sp.) in North Maluku
Sea. Jurnal Iktiologi Indonesia, 19(3),
463.
https://doi.org/10.32491/jii.v19i3.506
Aisyah, S., Thania, O. S., & Syarif, A. F.
(2021). Identifikasi Molekuler Sirip
Ikan Hiu Menggunakan Gen
Mitokondria Cytochrome C Oxydase
Subunit I (Coi) Yang Didaratkan Di
Pesisir Kabupaten Bangka Selatan.
Jurnal Enggano Vol, July.
Astarini, I. A., Ardiana, S. A., Putra, I. N.
G., Pertiwi, P. D., Sembiring, A.,
Yusmalinda, A., & Al Malik, D. (2021).
Genetic Diversity and Phylogenetic of
Longtail Tuna (Thunnus tonggol)
Landed in Pabean Fish Market,
Surabaya. Musamus Fisheries and
Marine Journal, 3(2), 107–115.
https://doi.org/10.35724/mfmj.v3i2.337
5 Kabupaten Kaimana, Provinsi Papua
Akbar, N., Aris, M., Irfan, M., Tahir, I., &
Baksir, A. (2018). Kajian Filogenetik
Ikan Tuna (Thunnus Spp) Sebagai Data
Pengelolaan Di Perairan Sekitar
Kepulauan Maluku, Indonesia. Jurnal
Kelautan: Indonesian Journal Of
Marine Science And Technology, 11(2),
120.
Https://Doi.Org/10.21107/Jk.V11i2.345
9 12(1),
Artati, D. (2013). Sensitivitas gel red sebagai
pewarna DNA pada gel elektroforesis.
Buletin Teknik Litkayasa Akuakultur,
11(1), 11–14.
Bagaskoro, B. (2018). Identifikasi Morfologi
Dan Molekuler Pada Gurita (Genus
Octopus Cuvier, 1798) Yang Ditangkap
Di Palabuhanratu, Sukabumi, Jawa
Barat. Bogor Agricultural University
(IPB)
Http://Repository.Ipb.Ac.Id/Handle/123
456789/93452
Baslan, T., Kendall, J., Ward, B., Cox, H.,
Leotta, A., Rodgers, L., Riggs, M.,
Italia, S. D., Sun, G., Yong, M.,
Miskimen, K., Gilmore, H.,
Saborowski, M., Dimitrova, N.,
Krasnitz, A., Harris, L., Wigler, M., &
Hicks, J. (2015). Optimizing sparse
sequencing of single cells for highly
multiplex copy number profiling. 714–
724.
https://doi.org/10.1101/gr.188060.114.
Dailami, M., Santi, D., Murtihapsari, .,
Abubakar, H., & Toha, A. H. A. (2019).
Genetic analisys of cytochrome oxidase
sub unit 1 gene fragment from
Cirrhilabrus cf. ryukyuensis (Labridae)
from Cenderawasih Bay and Raja
Ampat. Jurnal Iktiologi Indonesia,
18(3), 209.
https://doi.org/10.32491/jii.v18i3.347
Defy, P. N., Boneka, F. B., & Mamangkey,
G. F. (2013). Identifikasi Dan Aspek
Ekologi Kerang Tridacninae Di
Perairan Sekitar Pulau Venu,
Barat. Jurnal Ilmiah Platax, 1(2), 45.
https://doi.org/10.35800/jip.1.2.2013.12
44.
Diah Mustikasari, & Rina Dwi Agustiani.
(2021). DNA Barcoding Ikan Kepala
Timah Dan Betok Berdasarkan Gen
COI sebagai Ikan Pioneer di Kolong
Pascatambang Timah, Pulau Bangka.
Samakia : Jurnal Ilmu Perikanan,
86–95.
https://doi.org/10.35316/jsapi.v12i1.100
5.
Elvyra, R., & Solihin, D. D. (2018). Kajian
Penanda Genetik Gen Sitokrom b DNA
Mitokondria Ikan Lais dari Sungai
Kampar Riau. Jurnal Natur Indonesia,
10(1), 6.
https://doi.org/10.31258/jnat.10.1.6-12
Fahmi, M. R., Kusumah, R. V., Ardi, I.,
Sinansari, S., & Kusrini, E. (2017). Dna
 Barcoding Ikan Hias Introduksi. Jurnal
Riset Akuakultur, 12(1), 29.
https://doi.org/10.15578/jra.12.1.2017.2
9-40
Fahmi, M. R., Prasetio, A. B., Kusumah, R.
V., Hayuningtyas, E. P., & Ardi, I.
(2016). Barcoding Dna Ikan Hias Lahan
Gambut. Jurnal Riset Akuakultur,
11(2), 137.
https://doi.org/10.15578/jra.11.2.2016.1
37-145
Findra, M. N., Setyobudiandi, I., Butet, N.
A., & Solihin, D. D. (2017). Penelitian
Profil Genetik Kerang Raksasa Genus
Tridacna Sebagai Dasar Pengelolaan
Sumberdaya Perairan Taman Nasional
Wakatobi. Jurnal Ilmu Kelautan
Indonesia, 22(2), 67–74.
https://doi.org/10.14710/ik.ijms.22.2.67
-74
Fitrian, T., & Madduppab, H., (2021).
Penentuan Jenis Ikan Layang
( Decapterus Macrosom A )
Menggunakan Metode Analisis
Morfologi Dan Dna Barcoding Dari
Pasar Ikan Muara Baru Jakarta Utara.
12(3), 127–135. http://ejournal-
balitbang.kkp.go.id/index.php/bawal
Gaffar, S., Sumarlin, S., Haryono, M. G., &
Pidar, H. (2021). Penentuan Jenis dan
Status Konservasi Pari Layang-Layang
yang Didaratkan Di TPI Gunung
Lingkas Kota Tarakan Dengan
Pendekatan Molekuler. Biotropika:
Journal of Tropical Biology, 9(1), 80–
87.
https://doi.org/10.21776/ub.biotropika.
2021.009.01.09
Hasibuan, F. E. B., Mantiri, F. R., &
Rumende, R. R. . (2017). Kajian
Variasi Sekunes Intraspesies Dan
Filogenetik Monyet Hitam Sulawesi
(Macaca Nigra) Dengan Menggunakan
Gen Coi. Jurnal Ilmiah Sains, 17(1),
59.
Https://Doi.Org/10.35799/Jis.17.1.2017
.15558
Ihsan, Y. N., Fellatami, K., Permana, R.,
Mulyani, Y., & Pribadi, T. D. K.
(2020). Analisis Bakteri Pereduksi
Konsentrasi Logam Timbal
Pb(Ch3coo)2 Menggunakan Gen 16s
Rrna. Jurnal Kelautan: Indonesian
Journal of Marine Science and
Technology, 13(2), 151–162.
https://doi.org/10.21107/jk.v13i2.7285
Indah, T. N., Apriansyah, S. I. N. (2020).
Kepadatan dan Pola Distribusi Kima
( Tridacnidae ) di Perairan laut Desa
Sepempang Kecamatan Bunguran
Timur Kabupaten Natuna.. Jurnal Laut
Khatulistiwa, 3(1), 31–39.
Ira, Sarita, A. H., & Afu, A. (2014). Studi
Kepadatan Zooxanthella Pada Tridacna
squamosa dan Hippopus hippopus di
Perairan Desa Toli-Toli dan Desa
Sawapudo Sulawesi Tenggara.
Aquasains, 3(1), 233–237.
http://jurnal.fp.unila.ac.id/index.php/JP
BP/article/view/459
Jannah, M., & Rahayu, D. A. (2019). Dna
Barcode Hewan Dan Tumbuhan
Indonesia.
https://www.researchgate.net/publicatio
n/354172865
Jeon, H.-B., Choi, S.-H., & Suk, H. Y.
(2012). Exploring the Utility of Partial
Cytochrome c Oxidase Subunit 1 for
DNA Barcoding of Gobies. Animal
Systematics, Evolution and Diversity,
28(4), 269–278.
https://doi.org/10.5635/ased.2012.28.4.
269
Juniar, A. E., Ambarwati, R., & Rahayu, D.
A. (2021). Genetic identification of
clithon oualaniense (Gastropoda:
Neritidae) from Madura, Indonesia.
AACL Bioflux, 14(2), 1046–1056
Kolondam, B. J., Lengkong, E., J. Polii, M.,
Pinaria, A., & Runtunuwu, S. (2012).
Barcode DNA berdasarkan Gen rbcL
dan matK Anggrek Payus Limondok
(Phaius tancarvilleae) (DNA Barcode of
Payus Limondok Orchid (Phaius
 tancarvilleae) Based on the rbcL and
matK genes). Jurnal Bios Logos, 4(2).
https://doi.org/10.35799/jbl.2.2.2012.10
41
Kress, W.J., Garcıa-Robledo, C., Uriarte,
M., & Erickson, D.L. (2015). DNA
barcodes for ecology, evolution and
conservation. Trends in Ecology and
Evolution, 30, 25–35. doi:
10.1016/j.tree.2014.10.008
Lestari, D. T., Arief, I. A., & Arjunita
Saputri, S. (2020). Peran LSM
‘Konservasi Kima Toli-Toli – Labengki’
Untuk Kelestarian Kima Sebagai
Pelindung Ekosistem Laut. Resolusi:
Jurnal Sosial Politik, 3(2), 119–138.
https://doi.org/10.32699/resolusi.v3i2.14
89
Liu, J., & Zhang, H. (2018). DNA barcoding
for species identification in deep-sea
clams (Mollusca: Bivalvia:
Vesicomyidae), Mitochondrial DNA,
Part A. doi:
10.1080/24701394.2018.1424843
Martiansyah, I. (2021). Mini Review:
Pendekatan Molekuler DNA
Barcoding: Studi Kasus Identifikasi dan
Analisis Filogenetik Syzygium
(Myrtaceae). November, 187–195.
http://journal.uin-alauddin.ac.id/index.p
hp/psb
Muhajirah, E., Kamal, M., Butet, N ., &
Wibowo, A. (2021). Keragaman
Genetik Populasi Giant Snakehead
(Channa Micropeltes) Menggunakan
Penanda Random Amplified
Polymorphic DNA Di Perairan Taman
Nasional Sebangau, Kalimantan
Tengah. Journal of Natural Resources
and Environmental Management,
11(11), 141-15.
http://journal.ipb.ac.id/index.php/jpsl.
Nugroho, K., Terryana, R. T., Rijzaani, H.,
& Lestari, P. (2016). DNA Extraction
Method of Jatropha spp. without Liquid
Nitrogen. Jurnal Littri, 22(4), 159–166.
Nur, F., & Karneli. (2015). Kandungan
logam berat timbal (Pb) pada kerang
kima sisik (Tridacna squmosa) di
sekitar Pelabuhan Feri Bira. Seminar
Nasional Mikrobiologi Kesehatan Dan
Lingkungan, 188–192.
Peloa, A., Wullur, S., & Sinjal, C. A. (2015).
Amplifikasi Gen Cytochrome Oxidase
Subunit I (COI) Dari Sampel Sirip Ikan
Hiu Dengan Menggunakan Beberapa
Pasangan Primer. Jurnal Pesisir Dan
Laut Tropis, 3(1), 37.
https://doi.org/10.35800/jplt.3.1.2015.95
77
Pramarta, I. G. R., Temaja, I. G. R. M.,
Nyana, I. D. N., & Suastika, G. (2017).
Identifikasi Spesies Potyvirus Penyebab
Mosaik Pada Tanaman cabai (Capsicum
frutescens L.) Melalui Sikuen
Nukleotida Gen Coat Protein. J. Agric.
Sci. and Biotechnol, 6(1), 27–34.
Rabiyanti, I., Yulianda, F., & Imran, Z.
(2019). Analisis Kesesuaian Wisata
Bahari Berbasis Kima Di Perairan
Negeri Morella, Maluku Tengah.
Jurnal Pariwisata, 6(2), 136–140.
https://doi.org/10.31311/par.v6i2.5669
Rejeki, A., & Parwadani, L. (2021).
Identifikasi Molekular Dan Struktur
Filogenetik Moluska ( Gastropoda Dan
Bivalvia ) Di Perairan Biak , Papua.
13(April), 11–21.
Rizkevina, Q. (2014). Keanekaragaman
Jenis dan Distribusi Family Tridancnae
(Kerang Kima) di Perairan Pulau
Karanf Congkak, Kepulauan Seribu.
repository.uinjkt.ac.id
Sadili, D., Sarmintohadi, Ramli, I.,
Rasdiana, H., Miasto, Y., Prabowo,
Puspitasari, R., Monintja, M., Tery, N.,
& Annisa, S. (2015). Pedoman
Monitoring Populasi Kima (p. 98).
Saputra, A., Karlina, I., & Putra, R. D.
(2016). Pola Sebaran Kima di Perairan
Laut Pulau Berhala Kecamatan Jemaja
Kabupaten Kepulauan Anambas
Provinsi Kepulauan Riau.
 https://www.researchgate.net/publicatio
n/319066573
Sari, M. (2021). Autentikasi Spesies Cumi-
Cumi Di Perairan Belawan Berdasarkan
Biomarka Gen Coi.
https://repository.ipb.ac.id/handle/1234
56789/113
Saleky, D., P.O Leatemia, S., F. Pattiasina,
T., Isma, I., D. Pangaribuan, R., A.
Welliken, M., H.P. Melmambessy, E.,
& Dailami, M. (2020). Analisis Pola
Pertumbuhan dan Pendekatan DNA
Barcoding untuk Identifikasi Turbo
stenogyrus P. Fischer, 1873 (Mollusca:
Gastropoda). Biotropika: Journal of
Tropical Biology, 8(2), 79–86.
https://doi.org/10.21776/ub.biotropika.2
020.008.02.03
Setiawan, R., S, S., Mulyadi, B. P., &
Hamdani, R. H. (2019). Preferensi
Habitat Spesies Kerang Laut (Moluska:
Bivalvia) Di Ekosistem Intertidal
Tanjung Bilik Taman Nasional Baluran.
Natural Science: Journal of Science
and Technology, 8(3).
https://doi.org/10.22487/25411969.201
9.v8.i3.14601
Setiawan, R., Wimbaningrum, R., Siddiq, A.
M., & Saputra, I. S. (2022).
Keanekaragaman Spesies Dan
Karakteristik Habitat Kerang Kima
(Cardidae: Tridacninae) Di Ekosistem
Intertidal Tanjung Bilik Taman
Nasional Baluran. Jurnal Kelautan:
Indonesian Journal of Marine Science
and Technology, 14(3), 254–262.
https://doi.org/10.21107/jk.v14i3.9042
Soo, P., & Todd, P. A. (2014). The
behaviour of giant clams (Bivalvia:
Cardiidae: Tridacninae). Marine
Biology, 161(12), 2699–2717.
https://doi.org/10.1007/s00227-014-
2545-0
Tindi, M., Mamangkey, N. G. F., Wullur, S.
(2017). Dna Barcode dan Analisis
Filogenetik Molekuler Beberapa Jenis
Bivalvia Asal Perairan Sulawesi Gen
Coi. Jurnal Pesisir Dan Laut Tropis. 1,
32–38.
https://www.neliti.com/publications/12
4973
Triandiza, T., Kusnadi, A., Sari, N.,
Pesilette, N. R., Ainarwoman, A.,
Suparmo., & Sapulate, S., (2020).
Keragaman Genetik Kima Kecil
(Tridacna maxima) Pulau Kur, Pulau
Biak , Dan Manado Serta Implikasinya
Untuk Konservasi . 26(September),
167–179. http://ejournal-
balitbang.kkp.go.id/index.php/jppi
Triandiza, T., & Madduppa, H. (2018).
Aplikasi Analisa Morfologi dan DNA
Barcoding pada Penentuan Jenis
Kepiting Porcelain (Pisidia sp.). Jurnal
Sumberdaya Akuatik Indopasifik, 2(2),
81–90.
https://ejournalfpikunipa.ac.id/index.ph
p/JSAI/article/view/51
Wynsberge, V. S., Andrefouet, S., Gaertner-
Mazouni, N., Wabnitz, C. C. C.,
Gilbert, A., Remoissenet, G., Payri, C.,
& Fauvelot, C. (2016). Drivers of
density for the exploited giant clam
Tridacna maxima: a meta-analysis. Fish
and Fisheries, 17(3), 567–584.
https://doi.org/10.1111/faf.12127
Yolanda, Y. A. (2019). Aplikasi DNA
Barcoding dan Metabarcoding Pada
Ikan Kerapu Lumpur ( Epinephelus
coioides ) Dan Jenis Makanannya Dari
Perairan Raja Ampat.
Zuhdi, M. F., & Madduppa, H. (2020).
Identifikasi Caesio cuning berdasarkan
Karakterisasi Morfometrik dan DNA
Barcoding yang didaratkan di Pasar
Ikan Muara Baru, Jakarta. Jurnal
Kelautan Tropis, 23(2), 199–206.
https://doi.org/10.14710/jkt.v23i2.7036