Pada masa revolusi, bentuk Negara Indonesia adalah kesatuan, dengan
bentuk pemerintahan republic dan presiden berkedudukan sebagai
kepala Negara sekaligus kepala pemerintahan. Sistem pemerintahan yang di pakai adalah ssistem presidensial. Dalam periode ini UUD 1945 dijadikan pegangan, walaupun telah berlaku, yang dapat dibentuk hanya presiden, wakil presiden, serta menteri dan gubernur. Sebelum adanya MPR, DPR, DPA segala kekuasaan dijalankan presiden dan dibantu oleh KNIP, ketentuan ini ada pada pasal IV Aturan Peralihan UUD 1945. Kekuasaan yang sangat besar ini diberikan presiden hanya untuk sementara waktu, agar penyelenggaraan Negara dapat berjalan. Pasal IV Aturan Peralihan UUD 1945 dijadikan Belanda untuk menuduh Indonesia sebagai Negara dictator karena kekuasaaan Negara terpusat pada presiden. Untuk melawan propaganda Belanda pada dunia Internasional, pemerintah RI mengeluarkan 3 buah maklumat. Ke 3 maklumat itu memberi pengaruh yang cukup besar, seperti maklumat pemerintah tanggal 14 November 1945 tentang perubahan pemerintahan presidensil menjadi sistem parlementer (yaitu presiden tidak lagi mempunyai rangkap jabatan, presiden hanya kepala Negara, kepala pemerintahan dipegang perdana menteri yang bertanggung jawab kepada DPR yang kekuasaanya dipegang oleh KNIP. Akan tetapi, sistem ini membawa bangsa Indonesia ke dalam keadaan yang tidak stabil. Kabinet parlementer mudah dijatuhkan dengan mosi dari DPR. Sistem parlementer berlaku tanggal 14 November 1945 – 27 Desember 1949. Terjadi beberapa kali pergantian kabinet. Kabinet pertama dipimpin oleh Sutan Syahrir dilanjut dengan Sutan Syahrir II dan Sutan Syahrir III. Sewaktu bubarnya kabinet Sutan Syahrir III pemerintah membentuk Kabinet Presidensial kembali (27 Juni 1947 – 3 Juli 1947). Tetapi atas desakan beberapa partai politik, presiden soekarno kembali membentuk Kabinet Parlementer yaitu Kabinet Amir Syarifudin I, Kabinet Amir Syarifudin II, Kabinet Hatta I, Kabinet Darurat, dan Kabinet Hatta II. Karena kabinet yang dibentuk tidak bertahan lama, kondisi pemerintahan menjadi tidak stabil serta colonial Belanda yang ingin kembali menjajah Indonesia. Periode NKRI berakhir seiring dengan hasil kesepakatan KMB yang mengubah bentuk Negara menjadi serikat pada tangggal 27 Desember 1949 Periode ini ditandai dengan munculnya gerakan separatism dengan tujuan mendirikan Negara baru untuk memisahkan diri dari NKRI diantaranya yaitu a. Pemberontakan PKI Madiun pada tanggal 18 september 1948 yang dipimpin oleh Amir Syarifuddin dan Musso. Tujuan dari pemberontakan PKI adalah ingin mengganti dasar Negara Pancasila menjadi komunis serta ingin mendirikan negara Soviet Republik Indonesia. Pada tanggal 30 September 1948 , pemberontakan PKI berhasil ditumpas oleh TNI dibantu oleh rakyat, dibawah pimpinan Kolonel Gatot Subroto di Jawa Tengah dan Kolonel Sungkono di Jawa Timur. Akhir peristiwa Musso dan Amir Syarifuddin berhasil ditembak mati. b. Gerakan Darul Islam/Tentara Islam Indonesia di daerah Jawa Barat yang dipimpin oleh Sekarmadji Maridjan Kartosuwiryo yang memiliki cita-cita mendirikan Negara Islam Indonesia, diwujudkan melalui Proklamasi pada tanggal 7 Agustus 1949 di Desa Cisayong, Jawa Barat. Untuk mengatasi pemberontakan , pasukan TNI dan rakyat menggunakan Operasi Pagar Betis di Gunung Geber. Akhirnya Kartosuwiryo berhasil ditangkap dan dijatuhi hukumana mati.