KOASISTENSI VIROLOGI

Infectious Bronchitis

Oleh :
Paulina Jolanda Naif, S. KH
NIM. 1309012029
 ETIOLOGI

virus yang termasuk ke dalam famili Coronaviridae dan hanya memiliki satu genus, yaitu
Coronavirus. Virus IB memiliki lebih dari 60 serotip atau varian IBV di seluruh dunia.
Virus IB berbentuk pleomorphic, memiliki envelop (selaput luar), berat molekul 8 x 106
base pair.
3 macam protein struktural, yaitu protein nucleocapsid (N) yang berhubungan dekat
dengan virus RNA, glikoprotein membran (M) dan glikoprotein spike (S) yang terletak
pada permukaan virion. Protein S terdiri dari dua atau tiga kopi yang masing-masing
mempunyai dua glikopolipeptida S1 dan S2 (berturut-turut sekitar 520-620) asam amino.
virus IB sangat labil dan sensitif terhadap bahan-bahan yang bersifat lipolitik (seperti ether
dan chlorofrom), panas, dan berbagai bahan disinfektan
 KOLEKSI SAMPEL

Spesimen : organ trachea dan paru-paru pada infeksi akut

Swab kloaka, tonsil dan caecum Infeksi kronis
Termostabilitas virus terbatas harus dilakukan
pembekuan spesimen sampai 4 C segera setelah koleksi.
Jika isolasi virus dilakukan dalam sehari tidak diperlukan
tindakan penyimpanan lainnya. Untuk penyimpanan yang
lebih lama, sampel harus dibekukan di bawah suhu -20C
sesegera mungkin.
Jika pembekuan tidak memungkinkan, jaringan harus
ditempatkan dalam media khusus yang mengandung
gliserin/NaCl bertahan beberapa hari saja
FAKTOR KEBERHASILAN DIAGNOSA

Waktu antara Onset Infeksi dan Pengambilan Sampel

Infeksi akut trakea tertinggi 3-5 hari pasca
infeksi
Infeksi kronis intestinal
Level Imunitas Unggas pada Saat Infeksi
Jumlah dan Kualitas Organ Sampel
 METODE DIAGNOSA

1. Uji Serologis
Agar Gel Immunodiffusion (AGID)
Immunofluorescent Assay (IFA)
Immunoperoxidase Assay (IPA)
Virus Netralisasi
Enzyme Linked Immunosorbent Assay (ELISA)
 . Metode Diagnosa

2. Kultur cincin trakea

3. Deteksi Genom Antigen IBV dengan RT PCR
Replikasi virus dengan Kultur virus pada TAB
pengamatan efek sitopatik 7-9 hari jumlah
virus lebih banyak
RT-PCR
RT PCR IBV
KOASISTENSI VIROLOGI
Rinderpest

Oleh :
Paulina Jolanda Naif, S. KH
NIM. 1309012029
 ETIOLOGI

Genus morbillivirus famili paramyxoviridae.

Satu serotipe namun banyak strain yang berbeda bervariasi dalam patogenisitasnya.
Diameter virion 1200 sampai 3000 angstrom. Memiliki kapsul bulat dan beramplop.
Molekul genom RNA 15.881 pasangan basa (base pair). Genom ini mengkode delapan
protein
Sangat stabil pada suhu 4C dan pH 7,2 sampai 7,9.
Diinaktivasi pada pH kurang dari 5,6 atau lebih dari 9,6.
sangat rentan terhadap banyak disinfektan yang bersifat lipidsolven karena memiliki
amplop dan rentan terhadap kondisi asam dan basa.
Koleksi dan Pengangkutan Spesimen

Sampel untuk isolasi virus dan deteksi antigen atau genom virus
idealnya dikumpulkan saat terjadi demam tinggi dan lesi pada
mukosa oral berupa Serum, swab cairan lakrimal, jaringan nekrotik
dari lesi oral, dan biopsi kelenjar getah bening superfisial
Deteksi antigen pada hewan hidup serum
Serum disimpan pada suhu 4 C apabila pemeriksaan dilakukan
dalam jangka waktu pendek atau pada suhu -20C untuk
penyimpanan jangka panjang
RT-PCR kelenjar getah bening, tonsil atau darah. Limpa jarang.
Transportasi : dingin tapi tidak beku
Spesimen disimpan dalam media pengangkutan (phosphate buffer
saline pH 7,6) yang mengandung antibiotik dan antijamur tetapi
tidak mengandung gliserol
 METODE DIAGNOSA

1. Identifikasi Antigen
Isolasi virus
Agar Gel Immunodiffussion
Histopatologi dan Imunohistokimia
Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-
PCR)
2. Serologis
Competitive Enzim Linked Immunosorbent Assay (ELISA
kompetitif)
Netralisasi virus
 RT PCR RINDERPEST

Primer gen P dan N adalah "primer universal" untuk

semua morbillivirus Primer universal mampu
mengenali semua spesies morbillivirus dan didasarkan
pada urutan gen P dan N
Gen P dan N daerah konservatif virus
Daerah gen protein F merupakan daerah moderat
konservatif digunakan untuk membedakan PPRV
dan RPV
 Target Sense/
Amplicon Primer sequence (53) Ukuran
gen antisense

Regular P P1: 5-ATG TTT ATG ATC ACA GCG GT-3 429 bp S
universal (UP) (forward)
AS
P2: 5-ATT GGG TTG CAC CAC TTG TC-3 (reverse)

Regular N N1: 5-ACA AAC CCA GGA TTG CTG AAA TGA T-3 238 bp S
universal (N) (forward)
AS
N2: 5-CTG AAT TTG TTC TGA ATT GAG TTC T-3 (reverse)

Regular RP F F3: 5-GGG ACA GTG CTT CAG CCT ATT AAG G-3 372 bp S
specific (forward)
AS
F4: 5-CAG CCC TAG CTT CTG ACC CAC GAT A-3 (reverse)

Nested RP Bagian F3A: 5-GCT CTG AAC GCT ATT ACT AAG-3 235 bp S
specific genom (forward)
protein F AS
F4A: 5-CTG CTT GTC GTA TTT CCT CAA -3 (reverse)

Carillo et al., 2010

 Gen virus Posisi gen Primer sequence (53) Fungsi
H 7315 GAA CAC TCG GGT GGT TCT TAA TAA A Forward primer
7426 TGC GAT AGC TAA TAG CCC GAC Reverse primer
ACG GTG TTG TTT GTC ATG T Probe

F 6956 TGA TTG CAG TAG TGG GTA TCC TCA Forward primer
7092 TGA CCG TAC GTA GGA TTT GGA TG Reverse primer
ACC TGT TGC TGT AGG AAG Probe

N 1020 TGG GTG AAC TGG CTC C Forward primer

1120 CCC ATA GCA TAG CTC CA Reverse primer
TTC AGT GCA GGA GCA Probe

L9 157 GCAACATACAAACGGCTACCAA Forward primer

9303 TGGCAACCAGCTTGTTAGTCA Reverse primer
CTG TAT TTC ACC ATG GAC TC Probe

L10 10376 RAT GAA AGG WCA TGC CAT ATT Forward primer
10450 GGT GGC CAG CTC C Reverse primer
ATC ATC AAC GGG TAT CG Probe

Carillo et al., 2010

 SEKIAN
DAN
TERIMA KASIH