APLIKASI PEMANFAATAN GEN KASEIN SUSU PADA

PROGRAM PEMULIAAN SAPI PERAH FRIESIAN

HOLSTEIN BERKADAR PROTEIN SUSU TINGGI

Dr. Santiananda Arta Asmarasari, SPt, MSi

Prof Dr Ir Cece Sumantri, MSc
Prof Dr Asep Gunawan SPt, MSc
Dr Epi Taufik, SPt, MVPH, MSi
Dr Ir Anneke Anggraeni, MSc

Disampaikan pada Seminar Berkala

Inovasi Teknologi Peternakan (TPV) Puslitbang Peternakan
28 Juli 2021
PENDAHULUAN

❑ Populasi sapi perah 561.061 ekor

❑ Produksi susu 997.35 ribu ton
❑ Populasi sapi FH tersebar di Jatim (46%),
Jabar (25.2%) dan Jateng 24.9%)
❑ Konsumsi masyarakat 16.23
kg/kapita/tahun
❑ Kebutuhan susu nasional 4.3 jt ton
❑ Hanya memenuhi 22%
❑ Kebutuhan susu dipenuhi melalui impor

Upaya peningkatan populasi, produksi susu dan

perbaikan genetik
 PENDAHULUAN
• Pendapatan usaha sapi perah sangat ditentukan oleh produksi susu dan kualitas susu (protein,
lemak, SNF, TPC)
• GKSI menginformasikan bahwa IPS mulai membutuhkan susu segar
berkadar protein tinggi sebagai bahan baku untuk diolah menjadi produk berkualitas.

• Susu berkadar protein tinggi dapat mendukung industri persusuan nasional (keju, milk designer
untuk terapi kesehatan dan pangan sehat asal ternak.

• Perbaikan genetik sapi FH selain diprioritaskan untuk meningkatkan jumlah produksi susu, perlu
juga dilakukan seleksi terhadap sifat protein susu.

• Seleksi dengan keunggulan kadar protein susu ini sangat mungkin dilakukan seiring dengan
meningkatnya konsumsi susu masyarakat sebagai minuman sehat.
 PENDAHULUAN

Gambar 1. Tipe utama protein susu sapi perah Farrel et. al. (2004)
 STRUKTUR FISIK GEN KASEIN SUSU
• Protein susu dikontrol oleh gen major, diantaranya adalah gen kasein susu
Aplikasi Seleksi Genomik berbasis SNPs

SNPs (Polimorfisme Nukleotida Tunggal) merupakan variasi materi

genetik yang ditunjukkan oleh perbedaan nukleotida tunggal (A, G,
C, T) di dlm susunan rangkaian DNA

Single nucleotide polymorphisms (SNPs) di dalam genom sapi

sangat banyak, lebih dari 2,3 juta SNPs telah diidentifikasi.

Studi ttg SNPs telah digunakan secara luas pada bbrp kajian (
pemetaan total genom, seleksi genom dan studi asosiasi
(GWAS/teknologi asosiasi lintas genom)

Marka SNPs telah dikembangkan utk pemetaan positional gen-gen

dari sifat QTL.
KANDIDAT MAS
Gen CSN1S1, CSN1S2, CSN2, dan CSN3

Gen CSN1S1 Gen CSN1S2 Gen CSN2 Gen CSN3

• Berperan dalam • Berperan dalam • Berperan penting • Kappa kasein
kapasitas susu kapasitas susu dalam penentuan menstabilkan
untuk mengangkut untuk mengangkut sifat permukaan pembentukan
kalsium fosfat. kalsium fosfat. misel kasein. misel, mencegah
pengendapan
kasein dalam susu.
 TUJUAN PENELITIAN

1 Mensintesis data fenotipik kadar protein dan komponen

susu lainnya dari sapi FH pada berbagai periode laktasi.

2 Memvalidasi keragaman Single Nucleotide Polymorphism

(SNP) dari famili gen kasein susu (CSN1S1, CSN2, CSN1S2 dan
CSN3) pada sapi perah FH.

3 Menganalisis hubungan keragaman SNP dari family SNP gen

kasein susu (CSN1S1, CSN2, CSN1S2 dan CSN3) terhadap sifat
protein susu dan komponen susu lainnya.

4 Merancang desain perkawinan untuk menghasilkan sapi FH

bibit pembawa kadar protein susu tinggi.
 MANFAAT PENELITIAN

Menghasilkan paket teknologi berbasis molekuler untuk

mengidentifikasi marka genetik gen (CSN1S1, CSN2, CSN1S2,
dan CSN3) pada sapi FH sebagai salah satu upaya dalam
menentukan strategi pemuliaan sapi FH.
TAHAP PENELITIAN

Identifikasi keragaman SNP gen – gen CSN1S1 (2 SNP),

CSN1S2 (1 SNP), CSN2 (3 SNP), dan CSN3 (1 SNP)

Asosiasi keragaman SNP gen CSN1S1, CSN2, CSN1S2 dan

CSN3 terhadap protein dan komponen susu lainnya
serta produksi susu
TAHAP 02

Asosiasi diplotipe gen CSN1S1 dan gen CSN2 terhadap

kadar protein dan lemak susu serta penentuan haplotipe
pada gen CSN2 exon 7
Tahap Pertama
Identifikasi Keragaman SNP Gen CSN1S1, CSN1S2, CSN2 dan CSN3
pada Sapi perah FH
Waktu dan Tempat Prosedur
Oktober 2017 s/d April 2018 ❑ Ekstraksi DNA : Metode GE Health Care - DNA
Balai Penelitian Ternak dan Laboraturium Isolation Kit.
Genetika Molekuler Ternak, Fapet IPB ❑ Desain primer menggunakan Primer Express 3.0
❑ Amplifikasi DNA menggunakan Real Time
Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) - Applied
Materi BiosistemsTM 7500 Fast
❑ Direct sequencing
No. Rumpun Jenis kelamin Jumlah sampel
1 Sapi FH betina 98 ekor
2 Sapi FH jantan 17 ekor
 Tabel 1 Primer RT-Polymerase Chain Reaction (PCR)
GEN POSISI SNP NO. SEKUENS PRIMER (5’ – 3’) PANJANG
GENBANK PRODUK (bp)
CSN1S1 Intron 3
X59856.2 F : GCC GAA TAA ACA TCC TGT CAA CT
g.14168T>C 140
Kromosom 6 R : CCC CTA AAC AAC CAG AGA GAT TCA

CSN1S1 Exon 17 X59856.2 F : CCA TCA TTC TCT GAC ATC C

110
c.192A>G Kromosom 6 R : AGG CAA CAA TAT GCA GTC
F : GCCGAATAAACATCCTGTCAACT
CSN1S2 Intron 13 M94327.1
R : CCC CTA AAC AAC CAG AGA GAT TCA 75
g.13231A>T Kromosom 6
CSN2 Intron 8 M55158.1 F: CTT ATG CAC AAT TAT TTC ACC ACA TG 120 bp
g.9215G>T Kromosom 6 R:TCA GTA TTT TTC CCT CAT ATG CTC AT

CSN2 Intron 4 M55158.1 F : CAG GAT GAT TGA GAG ACA TGT ATG C 75 bp
g.6334A>G Kromosom 6 R: ACA GTC CAT AGG GTC ATA CAG AGT TG

CSN2 Ekson 7 M55158.1 F: CTT ATG CAC AAT TAT TTC ACC ACA TG 120 bp
c.67A>C Kromosom 6 R:TCA GTA TTT TTC CCT CAT ATG CTC AT
CSN3 Intron 4 AY380228.1 F : GAA GAG GTT AAA CAG AAA GAT CAA TAA GAT 134 bp
g.13975T>G AG
R : GACCAAAAATCATGTAGACAGTGTG
Ilustrasi posisi SNP pada Gen CSN1S1 dan CSN2

Gen CSN1S1 c.192A>G atau

g. 26181A>G di exon 17

Gen CSN2 c.67A>C

atau g.8101 A>C di Exon 7
Tahap Pertama
Real-Time Polymerase Chain Reaction (PCR)

1.0 ul PROSES SUHU WAKTU

Custom
Taqman Pre Denaturation 95oC 20 menit
SNP 12.5 ul (Taqman Denaturation 95oC 3 detik
Genotypin GTXpress master
g Assays mix) Annealing 60oC 30 detik 40 x
Extension 72oC 2 menit
5 ul DNA Final Extension 72oC 7 menit
6.5 ul PCR
grade water

Total volume 20 ul
Tahap Pertama
Sekuensing

Desain primer untuk sekuensing PROSES SUHU WAKTU

Nama Coding Sekueuns Primer Tm Produk PCR Pre Denaturation 95oC 5 menit
Gen region (5’->3’)
CSN2 Exon 7 F: TCCAGGATGAACTCCAGGAT 57.42 607 bp
Denaturation 95oC 10 detik
R: 35 x
TTTTGGAACCATTCATTATTCA
52.22 Annealing 60oC 20 detik
Extension 72oC 5 menit
Final Extension 72oC 7 menit
0.5 ul 5 ul 2x Taq master
primer mix (kappa)
forward 0.5 ul primer
reverse
3 ul DNA
1 ul PCR
grade water

Total volume 10 ul
Tahap Pertama
Analisis Data

Analisa SNP Penentuan haplotype

Genotyping (7 SNP) gen CSN2 dengan
dengan RT-PCR sekuensing

Frekuensi genotype
dan alel, Analisis sekuen DNA
keseimbangan hardy
weinberg

Software :
Software :
BioEdit, Finch TV 1.4
Popgene 3.2
MEGA7
Tahap Kedua
Phenotyping : Pengumpulan data fenotipe sapi FH betina

• Produksi harian (pagi & sore)

Produksi susu • Sejak beranak sampai kering
kandang.

• Analisa uji harian setiap 1 bulan

• Protein, lemak, BK, BKTL, laktosa, BJ,
Kualitas Susu pH, dan temperatur
• Sejak beranak sampai kering kandang

Reproduksi • Tanggal kawin dan beranak,

• periode laktasi dan bulan laktasi
Tahap Pertama
Analisis Data

❑ Studi asosiasi antara individual SNP gen-gen kasein (CSN1S1, CSN1S2, CSN2 dan
CSN3) terhadap kadar protein dan komponen susu lainnya menggunakan
analisis General Liniear Model (GLM) dengan program software SAS versi 9.1.
❑ Model matematik sbb :

Yijkl = µ + Gi + Lj + MBk + TBl + eijkl

Yijkl = Nilai pengamatan kualitas susu

µ = Nilai rataan umum untuk masing-masing sifat
Gi = Pengaruh genotipe ke-i (ex. AA, AB, CC)
Lj = Pengaruh Laktasi ke-j (1,2,3)
MBk = Pengaruh musim beranak ke-j (1,2,3,4)
TBl = Pengaruh tahun beranak ke-k (2013, 2014...2015)
eijkl = Pengaruh galat
Hasil dan Pembahasan
Amplifikasi DNA dan penentuan genotipe
menggunakan RT - PCR

PCR vs Real Time -PCR

PCR adalah proses penggandaan
(amplifikasi) sekuen DNA spesifik secara
in vitro.

Real-Time PCR merupakan perpaduan

antara sistem PCR konvensional dengan
sistem detektor optik dan software
deteksi.

(a) Allelic Discrimination Plot

Hasil dan Pembahasan
Amplifikasi DNA dan penentuan genotipe
menggunakan RT - PCR

(b) Amplification Plot

Hasil dan Pembahasan

Tabel 2 Frekuensi genotipe dan alel gen CSN1S1, CSN2, CSN1S2 dan CSN3
Jumlah Frekuensi Genotipe Frekuensi
0.06 Alel 0.07
SNP Populasi (χ2)
0.2 Sampel CC CT TT C T
g.14168T>C Balitnak 98 0.23 0.47 0.30 0.47 0.53 1.570tn 0.2
CSN1S1 BBIB Lembang 17 0.35 0.29 0.36 0.50 0.50 2.001tn Suatu populasi
AA AG GG A G ternak dikatakan
1 1 Balitnak
0.8 1 98 0.23
1 0.66 1 - 0.66
0.94 0.34 1 * 0.73 berada 1dalam
c.192G>A 17 keseimbangan jika
BBIB Lembang 0.48 0.47 0.05 0.71 0.29 1.007tn
CSN1S1 nilai hitung chi-
TT TA AA T A square (χ2 ) lebih
c.13231A>T Balitnak 98 0.84 0.14 0.02 0.91 0.09 2.517tn
kecil dibandingkan
CSN1S2 BBIB Lembang 17 0.60 0.27 0.13 0.73 0.27 2.006tn
dengan Tabel chi-
AA AG GG A G
square (χ2 ).
g.6334A>G Balitnak 98 0.25 0.44 0.31 0.47 0.53 1.365tn
CSN2 BBIB Lembang 17 0.24 0.24 0.53 0.35 0.65 *
Hasil dan Pembahasan

Tabel 2 Frekuensi genotipe dan alel gen CSN1S1, CSN2, CSN1S2 dan CSN3
Jumlah Frekuensi Genotipe Frekuensi
0.06 Alel 0.07
SNP Populasi (χ2)
0.2 Sampel AA AC CC A C
c.67A>C Balitnak 98 0.22 0.43 0.35 0.44 0.56 1.651tn 0.2
CSN2 BBIB Lembang 17 0.18 0.24 0.58 0.29 0.71 3.192tn
GG GT TT G T
1 c.13975G>T
1 Balitnak
0.8 1 98 0.84
1 0.14 1 0.02 0.91
0.94 0.09 1 2.517tn 0.73 1
CSN3 BBIB Lembang 17 0.60 0.27 0.13 0.73 0.27 2.006tn

n = jumlah sampel, χ2 = nilai keseimbangan Hardy-Weinberg α 5%=3.841,α 1%=6.640), tn =tidak

nyata % (χ2 hitung < χ2 Tabel), * = berbeda signifikan pada taraf 5% (χ2 hitung > χ2 Tabel), ** =
berbeda sangat signifikan pada taraf 1% (χ2 hitung > χ2 Tabel).
HASIL DAN PEMBAHASAN
DESKRIPSI UMUM PRODUKSI SUSU

Tabel 3 Produksi susu kumulatif sapi FH di Balai Penelitian Ternak

25
Produksi susu Jumlah Produksi susu
Stdev Minimum Maximum
kumulatif (hari) ternak (Liter)
20
30 61 294.65 41.37 138.70 393.30
60 60 619.53 88.46 336.80 829.80

Produksi susu (Liter)

90 59 919.27 126.94 560.50 1242.90 15

120 59 1198.81 161.08 744.20 1611.40

Min
150 59 1475.58 266.59 913.60 2873.30 10 Rataan
180 58 1685.80 319.03 745.90 3087.80 Max

210 57 1885.93 341.52 931.60 3260.80

5
240 56 2102.68 434.54 1107.20 4004.17
270 55 2328.70 496.70 1334.30 4192.77
300 53 2517.18 504.82 1549.10 4366.57 0

15 hr
30 hr
45 hr
60 hr
75 hr
90 hr

255 hr
105 hr
120 hr
135 hr
150 hr
165 hr
180 hr
195 hr
210 hr
225 hr
240 hr

270 hr
285 hr
300 hr
305 hr
305 53 2546.44 506.02 1585.37 4391.00
Hari ke
 HASIL DAN PEMBAHASAN

Tabel 4 Kualitas susu sapi FH (protein, lemak, solid non fat dan laktosa) pada berbagai periode laktasi

Protein Lemak Solid Non Fat Laktosa

Bulan Laktasi ke- Rataan Laktasi ke- Rataan Laktasi ke- Rataan Laktasi ke- Rataan
ke 1 2 3 1 2 3 1 2 3 1 2 3

2 Mean 3.15 2.87 3.01 3.01 3.50 3.46 3.50 3.49 7.45 7.28 6.56 7.10 4.95 4.54 4.72 4.74

SE 0.40 0.42 0.13 0.31 0.31 0.38 0.13 0.27 0.09 0.16 0.11 0.12 0.07 0.11 0.09 0.09

4 Mean 3.36 2.74 3.05 3.05 3.66 3.37 3.54 3.52 7.73 6.77 6.60 7.04 5.17 4.38 3.75 4.43

SE 0.24 0.29 0.09 0.20 0.19 0.43 0.09 0.24 0.09 0.09 0.12 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08

6 Mean 3.34 2.86 3.01 3.07 3.67 3.55 3.50 3.58 7.79 6.85 6.49 7.04 5.19 4.56 4.65 4.8

SE 0.32 0.21 0.10 0.21 0.20 0.27 0.10 0.20 0.09 0.13 0.09 0.10 0.06 0.05 0.07 0.06

8 Mean 3.36 3.00 3.10 3.15 3.66 3.59 3.56 3.60 7.83 7.05 6.77 7.22 5.19 4.7 4.81 4.90

SE 0.27 0.31 0.17 0.25 0.19 0.39 0.13 0.24 0.05 0.11 0.19 0.12 0.04 0.06 0.09 0.06

10 Mean 3.31 3.01 3.01 3.11 3.63 3.69 3.54 3.62 7.96 7.05 6.90 7.30 5.27 4.75 4.92 4.98

SE 0.01 0.06 0.70 0.26 0.15 0.40 0.12 0.22 0.04 0.17 0.20 0.14 0.03 0.08 0.11 0.07
 HASIL DAN PEMBAHASAN

Kualitas susu sapi FH (protein, lemak, solid non fat dan laktosa) pada berbagai periode laktasi

Protein Lemak
3,7 3,8

3,5 3,7

3,6

Lemak (%)
3,3
Protein (%)

3,5 1
3,1 1
2
2 3,4
2,9 3
3
3,3
2,7
3,2
2,5 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 Bulan Laktasi
Bulan Laktasi

Gambar 1 Rataan protein susu sapi perah Gambar 2 Rataan lemak susu sapi FH pada
Friesian Holstein (FH) pada berbagai berbagai periode laktasi selama
periode laktasi selama 10 bulan 10 bulan pengamatan
pengamatan
HASIL DAN PEMBAHASAN

Kualitas susu sapi FH (protein, lemak, solid non fat dan laktosa) pada berbagai periode laktasi

SNF Laktosa
8,5
5,75

8
5,25

7,5

Laktosa (%)
SNF (%)

4,75
1
1
7 2
4,25 2
3
3
6,5 3,75

6 3,25
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
Bulan laktasi Bulan Laktasi

Gambar Rataan solid non fat (SNF) susu sapi FH pada berbagai periode Gambar 5.2 Rataan laktosa susu sapi FH pada berbagai periode laktasi
laktasi selama 10 bulan pengamatan. selama 10 bulan pengamatan
Hasil dan Pembahasan
Tabel 6 Asosiasi keragaman gen CSN1S1, CSN1S2, CSN2, dan CSN3 terhadap kandungan protein susu (%) pada sapi FH
Genotipe

Bulan ke- g.9215G>T gen CSN2 g.6334A>G gen CSN2 c.192 gen CSN1S1 g.14618 gen CSN1S1 g.13231 CSN1S2 c.67 gen CSN2 g.13975 gen CSN3
0.06 0.07
CG GT TT Sig AA GA GG Sig AA AG Sig CC CT TT Sig AA TA TT Sig AA AC CC Sig CG GT TT Sig
0.2
Mean
3.52 3.64 3.65 NS 3.54 3.54 3.37 NS 3.63 3.37 * 3.58 3.48 3.39 NS 3.89 3.62 3.47 NS 3.56 3.48 0.2
3.46 NS 3.71 3.46 3.67 NS
(%)
2
SE 0.53 0.44 0.45 0.09 0.08 0.07 0.09 0.07 0.10 0.07 0.08 0.47 0.12 0.06 0.1 0.08 0.08 0.22 0.45 0.46

Mean
1 (%) 3.531 3.55 3.59 NS
0.8 3.59 3.54 3.56
1 NS 3.61 3.53
1 NS 3.55 13.54 3.6 NS 0.94. 3.52 3.55 NS 3.57 3.51 3.59 NS 3.57 3.47 3.45 NS
1 0.73 1
4
SE 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 . 0.07 0.03 0.04 0.04 0.04 0.18 0.09 0.10

Mean
3.55 3.57 3.56 NS 3.55 3.52 3.59 NS 3.6 3.55 NS 3.53 3.57 3.55 NS . 3.49 3.56 NS 3.54 3.56 3.59 NS 3.54 3.63 3.62 NS
(%)
6
SE 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.04 0.06 . 0.07 0.04 0.04 0.04 0.04 0.16 0.07 0.07

Mean
3.76 3.79 3.83 NS 3.76 3.69 3.66 NS 3.67 3.71 NS 3.67 3.76 3.62 NS 3.61 3.7 3.71 NS 3.75 3.68 3.73 * 3.89 3.73 3.67 NS
(%)
8
SE 0.37 0.31 0.42 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.19 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.12 0.05 0.05

Mean
3.81 3.80 3.90 NS 3.87 3.82 3.80 NS 3.86 3.81 NS 3.86 3.8 3.71 NS . 3.81 3.84 NS 3.87 3.81 3.82 NS 3.85 3.77 3.8 NS
(%)
10
SE 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 . 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.17 0.09 0.09
Hasil dan Pembahasan
Tabel 7 Frekuensi genotype SNP c.67A>C gen CSN2 berdasarkan klasifikasi kadar protein susu tinggi,
dan rendah pada sapi FH di Balitnak.

0.06 0.07
Jumlah
0.2
Kadar (ekor) c.67A>C gen CSN2 Frekuensi genotipe
0.2

protein AA AC CC AA AC CC
1 1 0.8 1 1 1 0.94 1 1
0.73
Tinggi 42 12 14 16 0.29 0.33 0.38

Rendah 25 7 9 9 0.28 0.36 0.36

Total 67 19 23 25
Keterangan : Pengelompokan kadar protein, ke dalam klasifikasi tinggi, dan rendah berdasarkan nilai rataan
populasi (3.20). Kadar protein susu tinggi adalah diatas 3.20%; rendah dibawah 3.20%.
Hasil dan Pembahasan
Tabel 8 Asosiasi keragaman gen CSN1S1, CSN1S2, CSN2, dan CSN3 terhadap kandungan lemak susu (%) pada sapi FH
Genotipe
Bulan c.192 gen g.14618 gen g.13231 gen
Ke- g.9215 gen CSN2 g.6334 gen CSN2 CSN1S1 CSN1S1 CSN1S2 c.67 gen CSN2 g.13975 gen CSN3
0.06 0.07
CG GT TT Sig AA 0.2
GA GG Sig AA AG Sig CC CT TT Sig AA TA TT Sig AA AC CC Sig CG GT TT Sig
Mea 0.2
2 n 3.43 3.52 3.54 NS 3.48 3.49 3.35 NS 3.31 3.54 ** 3.44 3.45 3.37 NS . 3.67 3.49 NS 3.45 3.46 3.36 NS 3.29 3.37 3.36 NS

SE 0.36 0.30 0.31 0.06 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.05 0.06 . 0.34 0.35 0.07 0.06 0.06 0.20 0.08 0.08
Mea
n
1 1
3.48 3.58 3.54 NS 3.500.8
3.56 3.49 NS 13.53 3.53 NS 1 3.54 3.50 3.531 NS . 0.94
3.49 3.53 NS 1 3.56 3.500.73
3.49 NS 3.39 3.37 1 3.47 NS
4
SE 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 . 0.07 0.03 0.06 0.04 0.05 0.20 0.10 0.11
Mea
6 n 3.55 3.61 3.60 NS 3.59 3.54 3.60 NS 3.57 3.60 NS 3.60 3.57 3.57 NS . 3.51 3.60 NS 3.58 3.61 3.56 NS 3.45 3.62 3.65 NS

SE 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.06 . 0.07 0.03 0.04 0.04 0.04 0.15 0.07 0.07
Mea
7 n 3.55 3.55 3.66 NS 3.66 3.55 3.54 NS 3.49 3.60 * 3.62 3.57 3.52 NS 3.47 3.60 3.60 NS 3.66 3.55 3.56 NS 3.69 3.56 3.57 NS

SE 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.39 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.20 0.06 0.03 0.04 0.03 0.03 0.09 0.03 0.03
Mea
8 n 3.57 3.63 3.72 NS 3.70 3.60 3.54 NS 3.58 3.64 * 3.61 3.65 3.53 NS 3.48 3.66 3.61 NS 3.71 3.60 3.59 NS 3.76 3.64 3.65 NS

SE 0.25 0.35 0.16 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.07 0.27 0.09 0.06 0.07 0.06 0.05 0.17 0.07 0.08
Mea
10 n 3.34 3.30 3.28 NS 3.26 3.32 3.36 NS 3.33 3.36 NS 3.29 3.37 3.25 NS . 3.32 3.35 NS 3.25 3.30 3.36 NS 3.49 3.41 3.25 NS

SE 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.11 0.11 0.09 0.10 0.11 0.12 . 0.11 0.10 0.12 0.11 0.10 0.22 0.12 0.12
Hasil dan Pembahasan
Tabel 10 Diplotipe Gen CSN1S1 dan CSN2

Komponen susu Komponen susu

Frekuensi
Diplotipe Frekuensi Lemak Protein Diplotipe 0.06 Lemak Protein0.07
0.2 (%) (%) (%) (%) Diplotipe
CSN1S1 CSN2 0.2
dinyatakan sebagai
TTAA (D1) 0.18 3.58 NS 3.13 NS CCGGGG 0.31 3.55 NS 3.29* pasangan kluster
(D1)
ACGAGT haplotipe.
1 TTAG (D2) 1 0.16 0.8 3.54 NS 1 3.15 NS 1 1
0.25
0.94
3.57 NS
1
3.21 NS
(D2) 0.73
CCAG (D3) 0.10 3.52 NS 3.11 NS ACGATT 0.01 3.68 NS 3.22 NS
(D3)
CTAA (D4) 0.14 3.52 NS 3.14 NS AAAATT 0.26 3.60 NS 3.22 NS Terdapat 6
(D4) kombinasi
CTAG (D5) 0.34 3.57 NS 3.11 NS CCGAGT 0.02 3.52 NS 3.25 NS
(D5)
diplotipe pada
CCAA (D6) 0.08 3.60 NS 3.25 NS CCGAGG 0.08 3.54 NS 3.07 NS gen CSN1S1
(D6) dan 7
ACGGGG 0.07 3.46 NS 3.09 NS diplotipe pada
(D7)
SEM 1.00 0.023 0.018 SEM 1.00 0.026 0.02 gen CSN2
p-value 0.747 0.279 p-value 0.242 0.033
Hasil dan Pembahasan

Tabel 11 Perubahan nukleotida diantara haplotipe coding region Gen CSN2 exon 7 pada sapi perah FH

Haplotipe Posisi di coding region Gen CSN2 exon 7

Codon c.237 A>G c.245 c.322 c.411
Nuklotida g.8093 g.8101 g.8178 0.06 g.8267 0.07
Asam 0.2 -
H>P M>L S>R 0.2
amino
Ref* A A A C
H1 G A A C
1 H2 1 0.8 G 1
A
1 1
A
0.94
S*
1
H3 G C A C 0.73
H4 G C M* C
Hasil dan Pembahasan

• Hasil analisis sekuen gen CSN2 di ekson 7 ditemukan adanya 4 haplotipe ;

Haplotipe 1 : GAAC
Haplotipe 2 : GAAS 0.06 0.07
0.2
Haplotipe 3 : GCAC 0.2
Haplotipe 4 : GCMC

• 1posisi g.8093(dihitung
1 0.8 dari start
1 kodon 1ATG) dari total genom
0.94 gen CSN2
1 0.73 1
• Keterangan :
M = nukleotida A atau C
S = nukleotida G atau C
• Hasil analisis sekuens gen CSN2 terdapat 3 mutasi non-synonimous : menyebabkan
perubahan sekuen asam amino dari sebuah protein. Histidine menjadi Prolin pada posisi
c.245, Metionine menjadi Lysin pada posisi c.322, Serine menjadi Arginine pada posisi
c.411.
 Tabel 12 Asosiasi keragaman SNP C.67 A>C Gen CSN2 terhadap produksi susu (liter)

Hari laktasi AA AC CC SEM P-value

30 284 300 290 5.33 0.525 NS
60 593 639 605 11.60 0.266 NS
90 867 950 905 16.68 0.151 NS
120 1131 1240 1187 21.01 0.135 NS
150 1482 1493 1452 35.78 0.881 NS
180 1687 1724 1645 43.21 0.734 NS
210 1861 1912 1852 46.43 0.847 NS
240 2074 2087 2114 60.31 0.965 NS
270 2248 2359 2337 69.93 0.830 NS
300 2421 2542 2552 72.44 0.764 NS
305 2449 2573 2582 75.58 0.758 NS

Tabel 4.5. Frekuensi genotipe dari SNP c.67A>C gen CSN2 berdasarkan klasifikasi rataan produksi susu tinggi dan rendah sapi FH di
Balitnak
Rataan Produksi Susu c.67A>C gen CSN2 Frekuensi genotipe
Jumlah (Ekor) CC AC AA CC AC AA
Tinggi 17 9 7 1 0.53 0.41 0.06
Rendah 33 10 12 11 0.30 0.36 0.33
Total 50 19 19 12
Keterangan : Rataan produksi susu harian tinggi di atas 8.32 liter/eko r/hari, sementara itu, rendah di bawah 8.32 liter/ekor/hari.
Pembahasan Umum
Implementasi Hasil Penelitian

• Desain perkawinan untuk menghasilkan sapi FH pembawa kadar protein susu tinggi adalah
dengan melakukan pola perkawinan antara pejantan hasil seleksi jantan dan induk betina yang
keduanya memiliki genotype AA dari SNP c.192G>A gen CSN1S1 0.07
0.06atau c.67 A>C gen CSN2
0.2
0.2
Genotipe AA Genotipe AA 100% Genotipe AA

1 1 0.8 1 1 1 0.94 1
0.73
Genotipe AA Genotipe AG 50% Genotipe AA

Seleksi dan
perbanyakan sapi Genotipe AA Genotipe AC 50 % Genotipe AA
FH

Genotipe AG Genotipe AG 25 % Genotipe AA

Genotipe AC Genotipe AC 25 % Genotipe AA

Pembahasan Umum
Implikasi Kebijakan

❑ Dapat dijadikan referensi dalam melakukan perkawinan sapi perah

0.06 FH dalam rangka menghasilkan
0.07 bibit
pembawa sifat protein susu tinggi sebagai upaya untuk mendukung pengembangan industri persusuan
nasional (BBPTU Baturraden maupun swasta). 0.2

❑ Bagi pemerintah hasil penelitian ini dapat diimplikasikan dalam suatu kebijakan yang terkait dengan visi
1 1 0.8 peternakan sapi perah di masa1 depan bahwa
0.94 kadar protein susu
pembangunan industri dapat dijadikan
0.73 1
sebagai salah satu indikator kualitas susu sapi segar yang berdampak terhadap nilai ekonomis.

❑ Hasil penelitian ini dapat dijadikan model desain perkawinan, seperti diantaranya dengan mengeluarkan
petunjuk teknis perkawinan sapi perah FH di Indonesia agar menghasilkan keturunan yang menghasilkan
susu segar dengan kandungan protein susu yang tinggi.
 KESIMPULAN

• Keragaman gen CSN1S1 SNP g.14168T>C, gen CSN1S1 SNP c.192G>A, gen CSN1S2 SNP
g.13231A>T, gen CSN2, SNP g.6334A>G, gen CSN2 SNP c.67A>C, gen CSN2 SNP g.9215G>T, gen
CSN3 SNP g.13975G>T bersifat polimorfik pada sapi FH.
• Hasil sekuensing menemukan 4 kandidat SNP baru di exon 7 gen CSN2 yaitu posisi : g.8093A>G,
c.245A>C, c.-322A>M dan c.411C>S yang berpotensi untuk dilihat keragamannya dan
dilanjutkan dengan asosiasi kadar protein susu dan komponen susu lainnya.
• SNP c.-192G>A pada Gen CSN1S1 berpengaruh signifikan terhadap kadar protein susu dan lemak
susu sapi FH dimana sapi-sapi yang bergenotipe AA memiliki kadar protein dan kadar lemak lebih
tinggi dibandingkan genotipe lain.
• SNP c.67A>C pada gen CSN2 berpengaruh signifikan terhadap kadar protein susu, solid non fat
dan laktosa susu.
• SNP c.192G>A pada gen CSN1S1 dan SNP c.67A>C pada gen CSN2 berpotensi sebagai kandidat
marka genetik sifat protein susu tinggi.
 SARAN

• Perlu ditambahkan jumlah sampel yang akan diasosiasikan agar perwakilan

data fenotipe per genotipe terpenuhi dan lebih mewakili populasi yang ada.

• 4 SNP yang ditemukan pada gen CSN2 exon 7 perlu divalidasi keragamannya
dan asosiasinya terhadap kualitas susu pada sapi FH.
PUBLIKASI ILMIAH
Terima Kasih