IDENTIFIKASI BAKTERI ASAL SALURAN

CERNA KERBAU (Bubalus bubalis)

MELALUI ANALISIS SEKUEN 16s rRNA
Rezky Syaftriani
F1C415009

Dosen pembimbing : Fitratul Aini,S.Si.,M.Si

Pembimbing lapangan : Sugiyono Saputra,M.Sc.,PhD

PROGRAM STUDI BIOLOGI

FAKULTAS SAINS & TEKNOLOGI
UNIVERSITAS JAMBI
2018
 LATAR BELAKANG

Program Magang

Identifikasi Lembaga Ilmu

Sekuen 16s Pengetahuan
rRNA Indonesia

Bakteri Asal Puslit Biologi

Saluran Cerna
Kerbau ( Bubalus (Bidang
bubalis ) Mikrobiologi)
 TUJUAN
1.
Memenuhi salah satu syarat kelulusan pendidikan S1
Program Studi Biologi Fakultas Sains dan Teknologi
Universitas Jambi.

2.

Mengetahui teknik serta metode identifikasi bakteri

melalui analisis sekuensing 16s rRNA

3.
Mengetahui hasil identifikasi bakteri saluran cerna melalui
analisis sequen 16s rRNA yang di akhiri dengan pembuatan
pohon filogenetik untuk diketahui hubungan kekerabatan
antar bakteri.
 MANFAAT
• Memperoleh pengalaman bekerja di laboratorium yang
telah menerapkan sistem mutu sesuai SNI ISO/IEC
1.

• Menambah pengetahuan baru mengenai teori serta

alat-alat di laboratorium industri
2.
• Menjalin hubungan yang baik antara Fakultas Sains
dan Teknologi program studi Biologi Universitas Jambi
dengan Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI)
3. khususnya bidang mikrobiologi
 GAMBARAN UMUM
INSTANSI
Wilayah Sarana
SEJARAH
Kerja Pendukung
• InaCC diresmikan • Ruang
pada tanggal 1
September 2014 Inokulasi dan
database
oleh Wakil Presiden
Republik Indonesia
• Dalam mikroba
Prof. Dr.
Boediono,.M.Ec.
dan luar • Laboratorium
Mikrobiologi
InaCC sendiri
memiliki fungsi
negeri • Dapur
sebagai microbial Laboratorium
resources center
STRUKTUR ORGANISASI
Kepala LIPI
Dr. Laksana Tri Handoko,
M.Sc.

Kepala Puslit Biologi :

Dr. Ir. Witjaksono,
M.Sc.

Kepala Bidang Kepala Bidang Kepala Bidang Botani :

Zoologi : Mikrobiologi : Dr. Joeni Setijo
Dr. Hari Sutrisno Dr. Atit Kanti, M.Sc. Rahajoe

Kepala Laboratorium
Mikrobiologi Industri :
Dr. Heddy Julistiono
METODE PELAKSANAAN
Bidang
Mikrobiologi,
Puslit Biologi
LIPI berlokasi di
Jl.Raya Jakarta-
Bogor KM 46
Cibinong, Bogor,
Provinsi Jawa
Barat.

Pelaksanaan
Magang
Prosedur Pelaksanaan
Sterilisasi Alat

• Sterilisasi alat dengan autoclave dengan suhu 1210C bertekanan 2 atm

Pembuatan media

• 6 gr Pure Agar dan ditambahkan 3.7 gr media Nutrien Broth ditambah

dengan 300 mL aquades. Dipanaskan dengan microwave +-10 menit

Inokulasi bakteri

• 1 ose isolat bakteri di streak pada media NB dan diinkubasi selama 48

jam.

Polymerase Chain Reaction

• menggunakan primer universal GoTaq Green Master Mix B27F dan

U1492R

Elektroforesis

• 3 μL sampel diambil kemudian dimasukkan ke dalam sumur

elektroforesis yang telah dicampurkan buffer TAE 1x. Elektroforesis
dilakukan dengan tekanan 100 volt selama 15 menit
 PROSEDUR PELAKSANAAN

Inokulasi Peremajaan Pembuatan

Bakteri Isolat RS primer
01&02

Proses Polymerase
Elektroforesis Chain Reaction Kultur
Isolat
 LANJUTAN...
• sekuensing dengan
Sekuensing menggunakan metode first
base.
dan • pengurutan basa
analisis gen nukleotida melalui aplikasi
BioEdit versi 7.0.5.3.
16s rRNA • Blasting

• Analisis
Analisis kekerabatan
filogenetik melalui
pohon situs online
filogenetik www.phylogeny.fr
 HASIL
1. Identifikasi Bakteri Melalui Karakteristik Morfologi Koloni

Isolat Isolat
RS 03 RS 04

Tabel 1. Karakteristik morfologi koloni bakteri asal saluran cerna

No Isolat Pertumbuhan Warna Karakteristik Bentuk Permukaan Margin

pada cawan optik

1. RS 03 Moderate Putih Tidak tembus Circular Halus Lobate

susu cahaya mengkilap

2. RS 04 Small Putih Tidak tembus Spindle Halus Lobate

susu cahaya mengkilap
HASIL...
Analisis molekuler gen 16s rRNA isolat bakteri
2.
saluran cerna kerbau (Bubalus bubalis)

Gambar.1 Hasil polymerase chain reaction (A dan B) gen 16s rRNA isolat
bakteri saluran cerna kerbau (Bubalus bubalis) dengan primer B27F dan
U 1492R (Doc pribadi, 2018)
HASIL....

Gambar.2 Hasil elektroforegram isolat bakteri saluran cerna

kerbau (Bubalus bubalis)
LANJUTAN..
Tabel.2 Hasil blast sekuen kedua isolat RS 03 bakteri saluran
cerna kerbau (Bubalus bubalis)
LANJUTAN

Tabel.3 Hasil blast sequen kedua isolat RS 04 bakteri saluran

cerna kerbau (Bubalus bubalis)
3. Analisis Pohon Filogenetik
 Solusi :
1. Lebih teliti
dalam
pengujian
yang akan
agar hasil
yang didapat
maksimal
2. Media
memadat
dengan
sempurna
 KESIMPULAN SARAN

Teknik serta metode

yang dilakukan dalam
identifikasi bakteri Perlu dilakukan
saluran cerna adalah
melalui tahapan
penelitian
amplifikasi & lanjutan untuk
sekuensing gen 16s analisis sekuen
rRNA
Analisis sekuen 16s 16S rRNA secara
rRNA dan pohon keseluruhan
filogenetik pada kedua
isolat menunjukkan
dengan
homologi 100% dengan menggunakan
beberapa isolat dari beberapa primer
genus Bacillus seperti
Bacillus safensis, dalam proses
B.vallismortis sekuensing.
B.pumilus serta
B.stratophericus
TERIMAKASIH