ISOLASI MIKROBA DARI LINGKUNGAN

LAPORAN MINGGUAN

DISUSUN OLEH:
BIOLOGI

NAMA NIM
HILDIANA APRILIANI D.D 2007026040

PROGRAM STUDI BIOLOGI

LABORATORIUM MIKROBIOLOGI DAN GENETIKA MOLEKULER
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS MULAWARMAN
SAMARINDA
2021
 BAB 1
PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Dalam kehidupan sehari-hari, manusia tentu terhubung dengan banyak sekali
mikroorganisme, sebab organisme yang satu ini sangat mudah kita temui baik di
dalam tanah, air, makanan, pakaian, alat-alat rumah tangga, bahkan ada didalam
tubuh kita. Mikroorganisme adalah makhluk hidup tertua yang ukurannya sangat
kecil dan tidak bisa dapat dilihat dengan mata langsung sehingga memerlukan alat
bantu canggih bernama mikroskop untuk melihatnya. Ilmu yang mempelajari tentang
mikroorganisme ini disebut dengan mikrobiologi. Dalam mikrobiologi istilah
penyamplingan sampel dan serial dilution/plating tentunya sudah tidak asing lagi.
Penyamplingan dalam mikrobiologi adalah tahap dimana sampel-sampel yang
berasal dari data hasil karakterisasi suatu spesimen dikumpulkan untuk ditelaah.
Inilah yang menyebabkan hanya sedikit dari sebagian besar spesimen yang diambil,
dan sedikit bagian ini haruslah dapat mewakili karakteristik keseluruhan dari
spesimen yang ingin diteliti. Dalam setiap pengujian sampel artinya akan berdampak
dan berpengaruh pada keseluruhan spesimen, maka proses penyamplingan sampel
termasuk dalam tahap yang krusial dan penting dalam suatu penelitian. Untuk
mengambil mikroba digunakan teknik isolasi. Isolasi adalah teknik pemisahan
mikroba dari lingkungan atau medianya agar didapatkan kultur murni. Kultur murni
adalah kultur yang dimana sel-sel mikroorganismenya berasal dari pembelahan
organisme uniseluler. Beberapa cara untuk mengisolasi mikroba yaitu cara goresan
(streak plate), cara taburan/tuang (pour plate), cara sebar (spread plate), cara
pengenceran (dilution plate) dan micromanipulator.
Oleh karena itu, dilaksanakannya praktikum penyamplingan dan serial
dilution/plating sampel yaitu bertujuan untuk mengetahui fungsi isolasi mikroba,
untuk mengetahui teknik isolasi mikroba dan untuk mengetahui fungsi dari
pengidentifikasian sampel
1.2 Rumusan Masalah
- Bagaimana teknik dalam mengisolasi mikroba?
- Apa fungsi dari isolasi mikroba?
- Apa fungsi dari pengidentifikasian sampel hasil biakkan murni?

1.3 Tujuan Praktikum

- Untuk mengetahui teknik dalam mengisolasi mikroba.
- Untuk mengetahui hasil pada media NA 4
- Untuk mengetahui hasil pada media NA 5

1.4 Manfaat Praktikum

- Agar dapat mengetahui teknik dalam mengisolasi mikroba.
- Agar dapat mengetahui fungsi dari isolasi mikroba.
- Agar apat mengetahui fungsi dari pengidentifikasian sampel hasil biakkan
murni.
 BAB 2
TINJAUAN PUSTAKA

2.1 Isolasi
Mikroorganisme bisa diperoleh menurut lingkungan air, tanah, udara, substrat
yg berupa bahan pangan, tanaman, & hewan. Jenis mikroorganismenya bisa berupa
bakteri, khamir, kapang, & sebagainya. Populasi menurut mikroba yang terdapat pada
lingkungan ini sangatlah beraneka ragam sebagai akibatnya pada mengisolasi
diperlukan beberapa termin penanaman sebagai akibatnya berhasil diperoleh koloni
yg tunggal. Koloni yg tunggal ini lalu yang akan diperbanyak buat suatu tujuan
penelitian contohnya buat mengisolasi DNA mikroba yang bisa mendeteksi mikroba
yang sudah resisten terhadap suatu antibiotik. Teknik isolasi mikroorganisme
merupakan suatu bisnis buat menumbuhkan mikroba di luar menurut lingkungan
alamiahnya. Pemisahan mikroorganisme menurut lingkungan ini bertujuan buat
memperoleh biakan bakteri yang telah nir bercampur lagi menggunakan bakteri
lainnya dan dianggap biakan murni. Prinsip menurut isolasi mikroba merupakan
pemisahan satu jenis mikroba menggunakan mikroba lainnya yang asalnya dari
beragam habitat mikroba. Hal ini bisa dilakukan menggunakan menumbuhkannya
pada media padat, sel-sel mikroba akan menciptakan koloni sel yang permanen dalam
tempatnya (Putri dkk, 2017).
Mikroorganisme di Lingkungan alam merupakan populasi dari campuran
berbagai jenis, baik mikroorganisme di tanah, air, udara, makanan, maupun yang
terdapat di dalam tubuh hewan dan tumbuhan. Pemisahan bakteri diperlukan untuk
menentukan spesies, kultur studi, morfologi, fisiologi. Karakteristik teknik pemisahan
disebut isolasi untuk memurnikan. Pengertian isolasi bakteri adalah suatu proses
penghilangan bakteri dari tanah atau lingkungan asalnya kemudian ditumbuhkan pada
media buatan untuk mendapatkan hasil biakan yang pasti murni. Prinsip isolasi
mikroba adalah yang memisahkan satu jenis mikroba dari mikroba lain yang berasal
dari campuran berbagai mikroba. Hal ini dapat dilakukan dengan menumbuhkannya
di media padat, sel mikroba akan membentuk koloni sel yang tetap pada tempatnya.
Berbagai cara atau metode untuk memperoleh kultur murni dari kultur campuran.
Dua dari yang paling sering digunakan adalah metode plat gores dan metode plat
yang didasarkan pada prinsip pengenceran untuk mendapatkan spesies tunggal
dengan hipotesis bahwa setiap koloni dapat dipisahkan oleh jenis sel yang dapat
diamati (Sabbathini, 2017).

2.2 Identifikasi
Dalam mengidentifikasi biakan murni bakteri hasil isolasi, terlebih dahulu
harus diamati morfologi sel secara mikroskopis dengan pewarnaan atau pewarnaan,
salah satunya dengan pewarnaan gram. Pewarnaan gram adalah salah satu metode
yang paling umum digunakan untuk mengkarakterisasi banyak bakteri. Sifat gram,
bentuk sel dan susunan sel. Pewarnaan gram, atau metode gram, adalah metode
empiris untuk membedakan dua jenis bakteri (Putri, 2017).
Proses identifikasi bakteri didasarkan pada karakter fenotipik bakteri seperti
pewarnaan gram, morfologi koloni dan aktivitas enzim seringkali tidak statis dan
dapat berubah dengan evolusi kesalahan identifikasi itu sering terjadi karena adanya
bakteri yang tidak biasa karakteristik fenotipe atau kurangnya pengalaman dalam
menafsirkan data fenotipe. Hal ini menyebabkan munculnya metode identifikasi
molekuler untuk menggunakan gen 16S rRNA. Ini juga mengurangi bias dalam
interpretasi dan menghilangkan kebutuhan untuk kemungkinan "plates" mengenai
klasifikasi organisme untuk pemeriksaan langsung dan pemilihan database. Proses
identifikasi bakteri konvensional berdasarkan dan aktivitas enzim seringkali tidak
statis dan dapat berubah selama evolusi. Biasa atau tidak berpengalaman dalam
menafsirkan data fenotip. Hal ini menyebabkan pengenalan metode identifikasi
molekuler untuk menggunakan gen 16S rRNA. Ini juga mengurangi bias penafsiran
dan menghilangkan kebutuhan untuk kemungkinan "pengujian awal" klasifikasi
mikroorganisme untuk pemeriksaan langsung dan pemilihan database. Gen 16S
rRNA adalah gen yang digunakan pada untuk menentukan taksonomi filogenetik dan
molekuler bakteri Penggunaan sekuensing gen 16S rRNA di laboratorium klinis telah
menjadi umum bagi untuk mengidentifikasi bakteri yang tidak diketahui secara
biokimia atau untuk memberikan referensi tidak biasa tegangan. Penggunaan gen 16S
rRNA dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) memungkinkan identifikasi
cepat dan spesifik dari bakteri amilolitik PCR adalah metode enzimatik untuk
dengan mengalikan secara eksponensial urutan nukleotida spesifik secara in vitro
(Sabbathini, 2017).

2.3 Media Nutrient Agar (NA)

Mikroorganisme bisa diperoleh menurut lingkungan air, tanah, udara, substrat
yang berupa bahan pangan, tanaman, dan hewan. Jenis mikroorganismenya bisa
berupa bakteri, khamir, kapang, & sebagainya. Populasi menurut mikroba yang
terdapat pada lingkungan ini sangatlah beraneka ragam sebagai akibatnya pada
mengisolasi diperlukan beberapa termin penanaman sebagai akibatnya berhasil
diperoleh koloni yang tunggal. Koloni yang tunggal ini lalu yang akan diperbanyak
buat suatu tujuan penelitian contohnya buat mengisolasi DNA mikroba yang bisa
mendeteksi mikroba yang sudah resisten terhadap suatu antibiotik. Teknik isolasi
mikroorganisme merupakan suatu bisnis buat menumbuhkan mikroba di luar menurut
lingkungan alamiahnya. Pemisahan mikroorganisme menurut lingkungan ini
bertujuan buat memperoleh biakan bakteri yang telah bercampur lagi menggunakan
bakteri lainnya & dianggap biakan murni. Prinsip menurut isolasi mikroba
merupakan memisahkan satu jenis mikroba menggunakan mikroba lainnya yang asal
menurut adonan beragam mikroba. Hal ini bisa dilakukan menggunakan
menumbuhkannya pada media padat, sel-sel mikroba akan menciptakan koloni sel yg
permanen dalam tempatnya (Putri, 2017).
Mikroorganisme di lingkungan alam merupakan populasi dari campuran
berbagai jenis, baik mikroorganisme di tanah, air, udara, makanan, maupun yang
terdapat di dalam tubuh hewan dan tumbuhan. Pemisahan bakteri diperlukan untuk
menentukan spesies, kultur studi, morfologi, fisiologi. Karakteristik teknik pemisahan
disebut isolasi untuk memurnikan. Pengertian isolasi bakteri adalah suatu proses
penghilangan bakteri dari tanah atau lingkungan asalnya kemudian ditumbuhkan pada
media buatan untuk mendapatkan hasil biakan yang pasti murni. Prinsip isolasi
mikroba adalah yang memisahkan satu jenis mikroba dari mikroba lain yang berasal
dari campuran berbagai mikroba. Hal ini dapat dilakukan dengan menumbuhkannya
di media padat, sel mikroba akan membentuk koloni sel yang tetap pada tempatnya,
berbagai cara atau metode untuk memperoleh kultur murni dari kultur campuran. Dua
dari yang paling sering digunakan adalah metode pelat gores dan metode pelat yang
didasarkan pada prinsip pengenceran untuk mendapatkan spesies tunggal dengan
hipotesis bahwa setiap koloni dapat dipisahkan oleh jenis sel yang dapat diamati
(Sabbathini, 2017).
 BAB 3
METODOLOGI PERCOBAAN

3.1 Waktu dan Tempat

Dilakukan praktikum Mikrobiologi Dasar mengenai percobaan “Isolasi
Mikroba dari Lingkungan”, pada hari Kamis 14 Oktober 2021, pukul 16.45–17.45
WITA. Bertempat di rumah masing – masing dengan menggunakan aplikasi Zoom
Meeting.

3.2 Alat dan Bahan

3.2.1 Alat
Adapun alat yang digunakan pada percobaan ini adalah rak tabung, labu
erlenmeyer, gelas kimia, gunting, autoclave, cawan Petri, hot plate, mikropipet,
tabung reaksi, tip (blue/yellow), pinset, vortex, cotton bud, neraca analitik, mangkok
kecil, gelas ukur, lampu bunsen, corong kaca, rak pipet tip, incubator, labu
erlenmeyer, sendok kimia, inkubator, rak pipet tip dan laminar air flow, rak tabung
reaksi, spatula, gelas beaker,

3.2.2 Bahan
Adapun bahan yang digunakan dalam percobaan ini yaitu agar-agar,
aluminium foil, beef extract, larutan aquades, pepton, dan tissue, kapas, daun

3.3 Prosedur Percobaan

3.3.1 Pembuatan Media NA (Nutrient Agar)
Mula-mula ditimbang agar sebanyak 3 g. Kemudian ditimbang 1 g pepton.
Lalu ditimbang 0, 6 g beef extract, setelah itu dicampurkan bahan yang telah
ditimbang ke dalam erlenmeyer dan ditambahkan aquades hingga mencapai 200
mL. Kemudian erelenmeyer ditutup menggunakan kapas dan aluminium foil. Lalu,
disterilisasi menggunakan autoclave.
3.3.2 Isolasi Mikroba dari Lingkungan
Mula-mula disiapkan cawan petri, lalu diambil sampel dan dimasukkan ke
dalam cawan Petri.
3.3.3 Persiapan Pengenceran
Mula-mula disiapkan 5 tabung reaksi.Selanjutnya dimasukkan aquades ke
masing-masing tabung reaksi sebanyak 9 mL menggunakan mikropipet. Lalu
tabung reaksi ditutup dan disterilisasi dengan menggunakan autoclave.
3.3.3.1 Pengenceran
Dilakukan dengan menggunakan laminar. Mula-mula diambil cotton bud
menggunakan pinset dan dimasukkan ke dalam tabung reaksi 10 -1. Kemudian
dioleskan cotton bud pada sampel dan hingga endapan tanah menempel pada
cotton bud. Selanjutnya dimasukkan ke dalam tabung reaksi 10-2 dan
dihomogenkan menggunakan vortex. Setelah itu, diambil larutan dari dalam
tabung reaksi 10-2 menggunakan mikropipet sebanyak 1 mL dan dimasukkan ke
dalam tabung reaksi 10-3 lalu dihomogenkan menggunakan vortex. Cara ini
diulang hingga mencapai tabung 10-5.
3.3.3.2 Pour Plate
Mula-mula disiapkan cawan petri yang telah disterilisasi. Lalu diteteskan
1 mL suspensi sampel dari tabung reaksi 10 -4 dan tabung reaksi 10-5 ke dalam
cawan petri kosong yang steril. Kemudia dituangkan media agar (NA) ke dalam
cawan petri dan ihomogenkan campuran media dengan suspensi dengan cara
diputar cawan petri secara perlahan membentuk angka 8 dalam kondisi aseptis.
Selanjutnya, cawan petri didiamkan hinggar agar memadat. Setelah agar
memadat cawan Petri diinkubasi dengan posisi terbalik pada suhu kamar ataupun
inkubator selama 24 jam.
 BAB 4
HASIL DAN PEMBAHASAN

4.1 Hasil Pengamatan

Dari hasil pengamatan yang telah dilakukan, didapatkan hasil sebagai berikut :
No Gambar Keterangan

1. Sampel daun pada media NA (-4) sp 1

Jumlah koloni : 1
Warna : Putih
Form : Bulat
sp 2
Jumlah koloni : 1
Warna : Putih
Form : Bulat
sp 1 sp 2

2. Sampel daun pada media NA (-5) sp 1

Jumlah koloni : 1
Warna : Putih
kekuningan
Form : Bulat
sp 2
Jumlah koloni : 1
Warna : Putih
kekuningan
sp 3 sp 1 sp 2
Form : Bulat
sp 3
 Jumlah koloni : 1
Warna : Putih
kekuningan
Form : Bulat

4.2 Pembahasan
Isolasi adalah proses pengambilan mikroorganisme dari lingkungan aslinya lalu
membiakkannya pada media buatan dengan tujuan mendapatkan kultur bakteri yang
murni, untuk kepentingan pengamatan karakteristik morfologi sifat dan dan
kemampuan biokimianya. Proses isolasi berarti memindahkan median
mikroorganisme sehingga harus dilakukan dengan cara yang klinis dan steril agar
hasil yang diinginkan dapat tercapai dengan baik sesuai hipotesis. Metode isolasi
sangat krusial dilakukan untuk melindungi bakteri dari cemaran mikroorganisme
lainnya (Ihsan, 2021).
Proses identifikasi bakteri didasarkan pada karakter fenotipik bakteri seperti
pewarnaan gram, morfologi koloni dan aktivitas enzim seringkali tidak statis dan
dapat berubah dengan evolusi kesalahan identifikasi itu sering terjadi karena adanya
bakteri yang tidak biasa karakteristik fenotipe atau kurangnya pengalaman dalam
menafsirkan data fenotipe. Proses identifikasi bakteri konvensional berdasarkan dan
aktivitas enzim seringkali tidak statis dan dapat berubah selama evolusi (Sabbathini,
2017).
Berdasarkan hasil percobaan penyamplingan sampel dan serial dilution/plating
pada pembuatan media NA yaitu pada tahap pertama ditimbang agar sebanyak 3
gram menggunakan neraca analitik yang berfungsi untuk menghitung berat massa
bahan-bahan berupa 1 gram pepton, lalu ditimbang beef extract sebanyak 0, 6 gram.
Dicampurkan bahan yang telah ditimbang ke dalam erlenmeyer yang fungsinya
sebagai wadah bagi sampel. Ditambahkan aquades yang fungsinya sebagai bahan
media atau tempat biakkan, hal ini karena aquades mengandung cukup air hingga
mencapai 200 ml. Lalu ditutup erlenmeyer menggunakan alumunium foil dan kapas
yang fungsinya menutupi erlenmeyer agar cairan di dalam erlenmeyer tidak menguap.
Dilakukan sterilisasi menggunakan autoclave yang fungsinya untuk mensterilkan alat
dan bahan. Selanjutnya tahap kedua, masuk dalam tahap isolasi media NA dimana
disiapkan alat cawan Petri yang fungsinya sebagai tempat menaruh media, lalu
diambil sampel dan dimasukkan sampel kedalam cawan Petri yang sebelumnya sudah
disiapkan. Selanjutnya tahap ketiga, masuk ke tahap persiapan pengenceran media
NA dimana disiapkan 5 buah tabung reaksi yang fungsinya menaruh larutan, lalu
dimasukkan aquades sebanyak 9 ml menggunakan mikropipet yang fungsinya untuk
mengambil cairan, lalu tabung reaksi ditutup menggunakan aluminium foil dan
disterilisasi menggunakan autoclave. Selanjutnya tahap keempat, yaitu pengenceran,
diambil cotton bud yang fungsinya untuk mengambil sampel endapan tanah pada
daun menggunakan pinset lalu dimasukkan kedalam tabung reaksi 10 -1 Setelah itu
cotton bud dioleskan pada sampel daun hingga endapan tanah menempel pada cotton
bud, kemudian dimasukkan kedalam tabung reaksi 10-2 dan dihomogenkan
menggunakan vorteks yang berfungsi untuk mencampurkan bahan, kemudian diambil
larutan dalam tabung reaksi reaksi 10 -2 dengan menggunakan mikropipet sebanyak 1
ml dan dimasukkan kedalam tabung reaksi 10 -3 Setelah itu, dihomogenkan dengan
menggunakan vortex. Lakukan cara ini seterusnya hingga mencapai tabung reaksi 10 -
5
. Tahap terakhir ialah tahap pour plate, dimana disiapkan cawan Petri yang telah
disterilisasi, kemudian diteteskan 1 ml suspensi sampel dari tabung reaksi 10 -4 dan
tabung reaksi 10-5 kedalam cawan Petri kosong yang steril, kemudian dituangkan
media agar NA ke dalam cawan Petri, lalu dihomogenkan campuran media dan
suspensi dengan cara memutar cawan Petri secara perlahan membentuk angka
delapan dalam kondisi aseptis. Setelah itu, didiamkan cawan Petri hingga agar
memadat, setelah agar memadat cawan Petri diinkubasi dengan posisi terbalik pada
suhu kamar ataupun inkubator selama 24 jam dan didapatkan hasil berupa pada
cawan petri NA (-4) 2 jenis sp yakni sp. 1 dan sp. 2 dimana sp. 1 jumlah koloninya 1
dengan bentuk tubuh yang bulat, berwarna putih, dan juga pada sp. 2 jumlah
koloninya 1 dengan bentuk tubuh bulat, berwarna putih.
 BAB 5
PENUTUP

5.1 Kesimpulan
- Berdasarkan hasil pengamatan yang telah dilakukan, didapatkan bahwa teknik-
teknik yang digunakan dalam mengisolasi mikroba adalah spread plate method
dengan memindahkan mikroba dari rumah asalnya ke dalam medium buatan
dengan cara disebar di permukaan media, pour plate method yaitu
memindahkan mikroba dari rumah asalnya ke medium buatan dengan cara
dituang ke dalam cawan petri steril, lalu streak plate method dengan menggores
koloni mikroba pada cawan untuk mendapatkan biakan murni.
- Berdasarkan hasil pengamatan yang telah dilakukan, didapatkan hasil pada
media NA (-4 ) yakni berupa 2 jenis sp. yaitu sp.1 dan sp.2 dimana sp.1 dan sp.
2 jumlah koloninya satu, bertubuh bulat dan berwarna putih.
- Berdasarkan hasil pengamatan yang telah dilakukan, didapatkan hasil pada
media NA (-5) yakni berupa 3 jenis sp. yaitu sp.1, sp2. dan sp.3 dimana sp.1
dan sp.2 jumlah koloninya satu, bertubuh bulat dan berwarna putih, sedangkan
pada sp.3 jumlah koloninya satu, bentuk tubuhnya bulat dan berwarna
kekuningan.

5.2 Saran
Sebaiknya untuk praktikum selanjutnya medium nutrient agar dapat diganti
dengan medium nutrient broth agar hasil yang didapatkan lebih bervariasi.
 DAFTAR PUSTAKA

Putri, M. H., Sukini, & Yodong. 2017. Mikrobiologi. Jakarta: Kementrian Kesehatan
Republik Indonesia.
Sabbathini, G. C., Pujiyanto, S., Wijanarka, & Lisdayanti, P. 2017. Isolasi dan
Identifikasi Bakteri Genus Sphingomonas dari Daun Padi (Orzya sativa) di
Area Persawahan Cibinong. Jurnal Biologi, 6(1), 59-64.
Ihsan, B. 2021. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Sumatra Barat: Insan Cendekia Mandiri.
 LAMPIRAN

Lampiran 1.1 Lampiran Hasil

(a) (b)

Keterangan: (a) Media NA (-4), (b) Media NA (-5)

Lampiran 1.2 Lampiran Alat dan Bahan

(c) Cawan petri

(a) Autoclave (b) Mikropipet

(e) Rak tabung reaksi

(d) Erlenmeyer (f) Tabung reaksi
(g) Gelas kimia (h) Pinset (i)Pembakar spiritus

(j) Inkubator (k) Neraca analitik (l) Gelas ukur

(m) Vortex (n) Spatula (o) Agar

(q) Beef extract (r) Aquades

(p) Pepton
(s) Cotton bud (t) Kapas (u) Alumunium foil