DASAR-DASAR

GENETIKA IKAN

■Abdul Rahem Faqih

 GARIS BESAR MATERI PERKULIAHAN
I. Pendahuluan
II. Materi Genetik OC (5x)
III. Transmisi Materi Genetik
IV. Ekspresi Gen dan Perubahan Hereditas
DTS (2x)
V. Pola Pewarisan Sifat
-------- UTS
VI. Seleksi dan Breeding DTS (2x)
VII. Rekayasa Bioteknologi (kromosom, DNA)
dan Sex-Reversal pada ikan ALD (4x)
VIII. Metode Karakterisasi Genetik
-------- UAS, tugas (paper/seminar)
 PENILAIAN
■ KOMPONEN PENILAIAN:
Ujian (UTS + UAS) : 70%
Praktikum : 20%
Tugas (Paper/Seminar/Kuis): 10%

■ NILAI ANGKA (HURUF):

  80 (A)
 70 – 79 (B)
 60 – 69 (C)
 50 – 59 (D)
  50 (E)
 KONTRAK PERKULIAHAN

■ Materi Perkuliahan diberikan dalam 14x pertemuan,

selama 100 menit/pertemuan.
■ Mahasiswa wajib datang tepat pada waktu pertemuan
yang sudah ditetapkan sesuai jadwal, dan
menandatangani buku absensi yang sudah disediakan.
■ Persentasi kehadiran yang memenuhi persyaratan tidak
boleh kurang dari 80%. Ketidakhadiran mahasiswa harus
disertai dengan surat keterangan yang syah dan akurat.
■ Mahasiswa wajib berpakaian sopan dan rapi pada waktu
mengikuti perkuliahan.
BAPAK GENETIKA

Gregor Mendel
 DASAR-DASAR
GENETIKA IKAN

Oleh: ABDUL RAHEM FAQIH

LABORATORIUM PENGEMBANGBIAKAN DAN GENETIKA IKAN

DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN
FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
UNIVERSITAS BRAWIJAYA
2010
 Detail Mata Kuliah

■ DESKRIPSI: Mata kuliah ini memberikan pemahaman tentang

pentingnya aspek genetik sebagai salah satu komponen yang
berpengaruh terhadap proses produksi dalam budidaya ikan,
pendekatan rekayasa genetik, teknik rekayasa genetik dan evaluasi
karakter genetik pada ikan.

■ TUJUAN INSTRUKSIONAL UMUM: Mahasiswa diharapkan dapat

mendeskripsikan tentang peran materi genetik dalam mengontrol
karakter fenotipe dan beberapa aplikasi rekayasa genetik dalam rangka
meningkatkan produktivitas akuakultur.
 GARIS BESAR MATERI PERKULIAHAN
I. Pendahuluan

II. Materi Genetik

III. Transmisi Materi Genetik

IV. Ekspresi Gen dan Perubahan Hereditas

V. Pola Pewarisan Sifat

VI. Seleksi dan Breeding

VII. Rekayasa Bioteknologi (kromosom, DNA) pada Ikan

VIII. Metode Karakterisasi Genetik

 DAFTAR PUSTAKA ACUAN
• Kirpichnikov, V.S. 1981. Genetic Bases of Fish Selection. Springer-
Verlag. Berlin. 410 p.
• Tave, D. 1986. Genetics for Fish Hatchery Manager. AVI Pub.
Company. Inc. Westport Connecticut. 299p.
• Thorgaard, G.H. 1983. Chromosome Set Manipulation and Sex
Control in Fish. In Fish Physiology (W.S. Hoar, D.J. Randall, and E.M.
Donaldson, eds) Vol IXB. pp. 405-434. Academic Press, New York.
• Rex A Dunham. 2004. Aquaculture and Fisheries Biotechnology:
genetic approach. Pages 85-101; 141-159; 160-190.
• Bernard R. Glick & Jack J. Pasternak. 2003. Molecular
Biotechnology: principle and applications of recombinant DNA. Third
Edition. Pages 3-10; 38-42; 47-86; 91-115; 594-626.
• Thomas M Devlin. 2002. Biochemistry. Fifth Edition. Pages 214-230;
279-318; 329-360.
• Henry A. Erlich. 1989. PCR Technology: principle and applications for
DNA amplification.
• T.A. Brown. 1990. Gene cloning: an introduction.
 Minggu Ke-1/14

I. PENDAHULUAN

Kebebasan adalah kemampuan untuk bertahan dan

mengatasi batasan-batasan dari lingkungan. Kemampuan
itu adalah sesuatu yang disediakan melalui seleksi alami,
karena sifatnya yang adaptatif……….
 GOALS Budidaya, tools?

BROODFISH PRODUCTION FISH

(=pembenihan) (=pembesaran)

 Produksi telur  Rearing

 Broodstock  Produksi
(Calon induk) (komersial)

 Identifikasi Sumber Genetik Stock improvement

(Fenotipe, Genotipe)
 Kegiatan Budidaya
(Seleksi, Breeding, Rekayasa)
 Meningkatkan PRE
(Restocking).
 Memperbaiki reproduksi
 Pelestarian gen asli
 Introduksi spesies asing

Perubahan Potensi Genetik Revitalisasi

 Ilmu Genetika sebagai Tools dalam Akuakultur

■ STOCK ASSESEMENT:
 Penyediaan Database Sumber Genetik (DNA, Gen, Kromosom).
 Penelusuran Pola Pewarisan Gen Mendelien.
 Analisis Perubahan Hereditas dan Genetika Populasi.

■ PROGRAM SELEKTIF BREEDING DAN REKAYASA GENETIK:

 Plan selektif breeding sesuai dengan tujuan:
stock improvement, konservasi, pemurnian, dll.
 Rekayasa untuk tujuan khusus:
- monoseks : all-male or -female
- sterilisasi : 3N
- transgenik : pertumbuhan, ketahanan penyakit, pola warna,dll.
 3 Komponen Peubah Sumber Daya Genetik
1. Polusi: meningkatkan mortalitas Populasi Reproduksi Efektif (PRE)
menjadi terbatas inbreeding meningkat abnormalitas  predasi
meningkat  ukuran individu kecil  propagasi terhambat.
2. Eksploitasi/predasi: overfishing atau perubahan ekosistem  populasi
menurun (terisolir) PRE terbatas (populasi terisolir)propagasi
terhambat atau inbreeding meningkat→reduksi ragam genetik.
3. Introduksi, migrasi spesies asing: hibridisasi introgresi genetik
fiksasi gen asing pemunahan native stocks (gen asli) komunitas
baru atau peningkatan ragam genetik→perubahan taksonomi.

+ MUTASI Evolusi
(proses adaptasi, terus menerus)
+ SELEKSI
+ CROSSING-OVER
+ NONDISJUNCTION Strukturasi Genetis→
Perubahan Taksonomi
 Minggu Ke-2/14

II. MATERI GENETIK

 GENETIC
MATERIALS
(MATERI GENETIK)

GENOM
KROMOSOM KROMOSOM

GEN GEN GEN GEN

DNA DNA DNA DNA DNA DNA

 SEKILAS TENTANG GENOM

■ Genom dapat diibaratkan sebuah buku.

■ Seperti buku ini, berisi 8 bab yang disebut KROMOSOM.

■ Tiap bab berisi beberapa ribu cerita, yaitu disebut GEN.

■ Tiap cerita tersusun dari paragraf atau poin-poin penting, disebut

EKSON yang diselang-seling dengan gambar ilustrasi, disebut
INTRON.

■ Tiap paragraf terbentuk dari kata-kata, disebut KODON.

■ Tiap kata ditulis dalam huruf-huruf yang disebut BASA.

 CIRI-CIRI MATERI GENETIK ?

■ Mempunyai kemampuan menyimpan informasi genetik dengan cara

menyalin (REPLIKASI) dan menjaga stabilitas fisika-kimiawinya
sehingga informasi tidak hilang.

■ Mempunyai kemampuan memindahkan informasi genetik

(PEWARISAN) pada sel yang sesuai dari generasi ke-generasi.

■ Mempunyai kemampuan mengekspresikan informasi genetik dengan

cara membaca dirinya sendiri (TRANSKRIPSI) yang diikuti dengan
penerjemahan (TRANSLASI) dalam mekanisme sintesa protein.
 BAHAN MATERI GENETIK ?
■ Asam nukleat: Molekul DNA (RNA pada makluk tak berinti: virus,dll.)
■ Molekul DNA (RNA) terdiri dari gula pentosa (5 atom C), gugus basa
khas pada C1 dan phosphat berikatan ester dengan C5, dimana:

Hydrogen pada C2 membentuk deoxyribosa Hydroxyl pada C2 membentuk ribosa (RNA)

(DNA)
Gugus basa khas pada DNA: purin (Adenin, Gugus basa khas pada RNA: purin (Adenin,
Guanin), pirimidin (Citosin,Timin) Guanin), pirimidin (Citosin, Urasil)

PO4 Basa khas DNA:

PO4 Basa khas RNA:
terminal 5’ A, G, C, T terminal 5’
C5 O A, G, C, U
C5 O
C4 C1
C4 C1

C3 C2
C3 C2
H
terminal 3’ terminal 3’ OH
 STRUKTUR DAN DIMENSI MATERI GENETIK ?
■ DNA: Rantai paralel berganda (doble helix) dimana pasangan basa saling
berhadapan pada kedua rantai (A-T, G-C).
■ RNA: Serat tunggal, dimana sekuen basa berkomplemen dengan DNA
(A-U, G-C)
 MATERI GENETIK ADA DI PLASMA DAN INTI SEL

DNA inti (>99%)

DNA mitokondria (<1%)

 Tata Letak dan Organisasi Materi Genetik
■ Setiap molekul DNA terdiri dari 500-1500 pasang basa dengan sekuen
(urutan) yang berbeda-beda setiap gen sebagai unit dasar hereditas.
■ Gen terletak secara linier pada lengan kromosom, dimana kromosom
digambarkan berganda saat metafase, disebut sisters-chromatid,
masing-masing mempunyai 2 kromatid (lengan) yang terikat pada 1
sentromer.
Sisters-chromatid

sentromer

Genom
(N kromosom) Untaian Gen DNA
Struktur Organisasi Genom
Sel telur dan sperma, masing-masing membawa
1 copy genom disebut gamet haploid

Kromosom yang membawa 1 copy genom

gen 1, 2, 3, 4, ....., n
(total genom ikan 50.000 gen)

500-1500 pasang basa

1 Gen yang terdiri dari 500-1500 psg basa

A G T C
DNA dengan urut-urutan basa triplet
T C A G
 Ukuran Materi Genetik (Genom) Ikan ?

1gen =1500 bp = 150x3,4 nm

50.000 gen = 50000x150x3,4 nm
= 25.500.000 nm
 Apakah GEN?

■ Gen merupakan unit dasar hereditas yang berisi kode biologi untuk
menghasilkan fenotip (performans).
■ Gen terletak pada tempat kedudukannya dalam kromosom yang
disebut lokus, dimana ribuan gen menyusun genom.
■ Gen mempunyai bentuk-bentuk spesifik sesuai dengan untaian
pasangan basa pada DNA yang menyusunnya, yaitu disebut alel
(allelon=bentuk lain).
■ Macam alel pada setiap gen (gen sealel) bisa tunggal (monomorfik)
atau banyak bentuk (polimorfik).
■ Susunan gen yang mengkode penampilan sifat individual disebut
genotip, dimana bersama-sama dengan faktor lingkungan akan
diekspresikan menjadi fenotip yang dapat dilihat dan diukur.
 Apakah KROMOSOM ?
■ Kromosom merupakan untaian kromatin yang mengandung DNA
(genom) dan berperan membawa informasi genetis dalam
mekanisme pewarisan hereditas dari generasi ke generasi.
■ Kromosom dapat ditemukan dalam plasma dan inti sel.
■ Bagian kromosom tunggal mempunyai 2 kromatid (lengan) yang
terikat pada 1 sentromer (kepala). Ketika sentromer membelah,
maka sisters-chromatid akan memisah menjadi 2 kromosom anak.
■ Kromatid mengandung kromonema yang terdiri dari kromomer
berupa manik-manik tempat kedudukan gen, atau disebut lokus.

1N Kromosom Kromonema
(2 kromatid, 1 sentromer)
Kromomer
Kromatin
Lengan

Sentromer
DNA

Kromonema
 MACAM-MACAM KROMOSOM
metasentrik Akrosentrik

Sub-
3 Set Kromosom non 3 pasang kromosom metasentrik Telosentrik
homolog (N) @ 1 genom homolog (2N) @ 2 genom Bentuk-bentuk Kromosom

■ Macam Kromosom disebut set (PLOIDI) yang mewakili genom, diberi simbol N.
■ AUTOSOM adalah kromosom biasa yang terdapat pada seluruh sel tubuh,
jumlahnya sesuai spesies, masing-masing berpasangan merupakan kromosom
homolog (sebentuk, sama besar dan sama komposisi gennya).
■ GONOSOM adalah kromosom kelamin (=allosom) yang berperan menentukan
jenis kelamin, jumlahnya 1(HOMOGAMETIK) atau 2 ( HETEROGAMETIK).
■ GONOSOM memiliki bagian HOMOLOG (bisa pindah silang gen) dan TIDAK
HOMOLOG (heterokromatin) YANG TIDAK BISA TERCAMPUR antara gen-gen
jantan dan betina.
Jumlah Kromosom (2N=2A+2G) Beberapa Spesies Ikan

Organisme Spesies ∑ kromosom

(2N)
MANUSIA Homo sapiens 46
IKAN MAS Cyprinus carpio
100
IKAN MAS KOKI Carassius auratus 100
IKAN NILA Oreochromis sp.
46
IKAN TROUT Salmo gairdneri
100
IKAN PATIN Pangasius hypopthalmus 56
IKAN LELE Clarias batrachus 98
2N : jumlah kromosom diploid
Blue shrimp P. stylirostris
2A : jumlah autosom
92
2G : jumlah kromosom kelamin
Pacific white shrimp L. vannamei 92
 kromosom ikan rainbow
jumlah 2n=48
Homo sapiens 2n= 46

Carassius auratus 2n=100 Cyprinus carpio 3n=150

 GEN MEMBANGUN SIFAT MELALUI SINTESA PROTEIN
G G T T G T C G C C C A
l l l l l l l l l l l l
C C A A C A G C G G G T DNA-template
(kodogen)
G G U A C A C G C G G U RNA-m (kodon)

■ 1 Gen bekerja menumbuhkan 1 ensim untuk mencetak asam amino dalam

sintesa protein guna membangun 1 sifat.
■ DNA mengandung triplet (6 basa berpasangan) yaitu terdiri dari A-T dan G-C
merupakan kode genetis penentu sifat.
■ 2 Tahap pengkodean sintesa protein oleh DNA:
1. Enzim polymerase memisah DNA dobel helix menjadi DNA-template yang
membawa kode genetis (kodogen) untuk mencetak 1 asam amino,
kemudian RNA-m mengkopi informasi (transkripsi) kodogen menjadi
kodon yang merupakan komplementer DNA, lalu ditransfer ke sitoplasma.
2. Penterjemahan (translasi) kodon menjadi urutan asam amino sesuai kode
genetiknya dari urutan 3 basa (triplet), kemudian RNA-t akan
mengantarkan asam amino ke ribosom untuk sintesa protein.
 KODE GENETIK, TRANSLASI KODON, dan
ASAM AMINO YANG DISINTESA
POSISI POSISI KEDUA POSISI
KESATU KETIGA
(5’) U C A G (3’)
UUU UCU UAU UGU U
U Phe Tyr Cys
UUC UCC UAC UGC C
Ser
UUA UCA UAA UGA Term A
Leu Term
UUG UCG UAG UGG Trp G
CUU CCU CAU CGU U
His
CUC Leu CCC CAC CGC C
C CUA CCA
Pro
CAA CGA
Arg
A
Gln G
CUG CCG CAG CGG
AUU ACU AAU AGU U
Ile Asn Ser
AUC ACC AAC AGC C
A AUA ACA
Thr AAA AGA A
*AUG ACG
Lys Arg
Met AAG AGG G
GUU GCU GAU GGU U
Asp
GUC GCC GAC GGC C
G GUA
Val
GCA
Ala
GAA GGA
Gly
A
Glu
*GUG GCG GAG GGG G
 ASAM AMINO ESENSIAL (20)
Phe Phenylalanin Ser Serine

Trp Tryptophan Thr Threonine

Tyr Tyrosine Gln Glutamine
Met Methionine Asn Asparagine
Cys Cysteine Asp Aspartic acid
Ala Alanine Glu Glutamic acid
Leu Leucine His Histidine
Ile Isoleucine Arg Arginine
Pro Proline Lys Lysine
Val Valine Gly Glysine

■ 64 Kombinasi triplet memungkinkan diterjemahkan menjadi asam amino, yaitu

triplet dari 4 macam basa (A,U,G,C): 43 .
■ Beberapa kodon dapat diterjemahkan sebagai asam amino yang sama,
sehingga terdapat 6 kelompok kodon yang mencetak asam amino sama.
Leucine (Leu) Phenylalanin (Phe)
Serine (Ser) 6 Tyrosine (Tyr)
Arginine (Arg) Histidine (His)
Glutamine (Gln) 2
Valine (Val) Asparagine (Asn)
Proline (Pro) Lysine (Lys)
Threonine (Thr) 4 Aspartic acid (Asp)
Alanine (Ala) Glutamic acid (Glu)
Glysine (Gly) Cysteine (Cys)

Methionine (Met)
Isoleucine (Ile) 3 Tryptophan (Try) 1