GENE THEORY IN

MICROBIOLOGY

Afifa Khairinnisa (131620190005)

Dosen Pengampu : Dr. Sunarjati Sudigdo Adi, dr, MS,

Sp.MK(K)
 DEFINISI
• ilmu yang mempelajari mengenai keturunan (heredity) dan
Genetik variasi sifat yang diturunkan

• ilmu yang mempelajari tentang gen dan fungsinya  bagaimana

gen membawa informasi, bagaimana cara gen bereplikasi dan
diturunkan ke generasi selanjutnya serta bagaimana gen
Genomik
mempengaruhi karakteristik dari suatu organisme.

• Unit dasar fungsional yang diturunkan dan merupakan fragmen

DNA yang mengkode pembentukan produk fungsional (rRNA,
Gen tRNA dan protein)
 • Rantai polimer panjang yang merupakan rangkaian dari jutaan
nukleotida
• Nukleotida : subunit penyusun asam nukleat (DNA/RNA), terdiri dari :
DNA gugus fosfat, gula pentosa dan basa nitrogen

• Struktur sel yang terdiri dari rangkaian DNA yang membawa

informasi yang diturunkan
Kromosom

• Keseluruhan molekul mulai dari gen sampai genom disebut dengan

materi genetik
Materi • Dua fungsi utama : replikasi dan ekspresi
genetik
STRUKTUR MATERI GENETIK
 MIKROBIOLOGI
 ilmu yang behubungan dengan pembahasan mengenai organisme yang
tidak dapat dilihat dengan mata telanjang  membutuhkan bantuan alat
seperti mikroskop untuk memperbesar organisme yang dilihat
 mikroorganisme tersebut biasa disebut dengan mikroba
 Ranah studi mikrobiologi bakteri, jamur, protozoa, alga, parasit dan
virus (setiap mikroba menjadi fokus utama studi)

 Genetik mikrobial (microbial genetics) studi mengenai

mekanisme penurunan informasi genetik pada mikoorganisme atau
mikroba  prokariota (bakteri dan archaea), virus, termasuk virus yang
menginfeksi bakteri (bakteriofaga) dan eukariota (sel ragi, jamur, alga
dan protozoa)
TEORI GENETIK PADA
BAKTERI
 STRUKTUR GENOM BAKTERI

 Struktur genetik utama pada bakteri  kromosom dan plasmid 

mengandung molekul DNA
 Struktur DNA bakteri :
 Rantai nukleotida (double stranded)  bentuk heliks dan
memutar berlawanan dari sumbu heliksnya/ antipararel 5’ – 3’
 Nukleotida : gula deoksiribosa, gugus fosfat dan basa nitrogen
(purin : A &G; Pirimidin : C&T)
 Ikatan hidrogen antar basa  stabilisasi rantai heliks ganda DNA
 Pasangan basa komplementer :
 A-T
 • Haploid, tdd dr salinan tunggal DNA
• Berada pada nukleoid, tidak dikelilingi o/membran

Kromosom
• sirkuler, tunggal
• Kromosom multipel  Brucella, Leptospira interrogans, Vibrio
cholerae dan Burkholderia.
• Kromosom linier Borrelia dan Streptomyces

• Struktur DNA ekstrakromosomal

• Bereplikasi independen dari kromosom
• Struktur genetik non-esensial u/bakteri
• Membawa gen yang penting u/menentukan fenotip selnya
• Biasanya disebut sebagai “faktor” berdasarkan informasi
genetik yang dikandungnya :
• Faktor F  membawa gen Fertiliitas yg dibutuhkan sel utk

Plasmid •
transfer DNA
Faktor R  membawa gen yang menyebabkan sel resisten
thdp antibiotik
• Faktor bakteriosin  membawa gen untuk produksi toksin
yang akan membunuh bakteri lain yang bersaing untuk nutrisi
dan tempat hidup dalam sel inang.
• Plasmid virulen  membawa gen yang menyebabkan
bakteri non-patogen menjadi patogen
 REPLIKASI BAKTERI

 Proses duplikasi DNA yang identik (replikasi DNA)  bersifat

semikonservatif  dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru disintesis
dengan prinsip komplementasi masing-masing rantai DNA lama, yang
akhirnya dihasilkan dua rantai DNA baru yang masing-masing mengandung
satu rantai cetakan molekul DNA lama dan satu rantai baru hasil sintesis.

 Penggandaan dari setiap molekul DNA (replikon) dimulai pada titik awal
tertentu yang disebut dengan origin dari replikasi berlanjut disekitar
kromosom sampai dua enzim polimerase bertemu

 Pilinan yang berada pada rantai yang dipisahkan oleh aktivitas enzim
helicase di longgarkan oleh enzim topoisomerase  dengan memotong
bagian yang terpilin/lilitan dan menggabungkan kembali dengan arah yang
berlawanan dari superkoilnya.
REPLIKASI BAKTERI
 TRANSKRIPSI
 Proses penyalinan rantai sense DNA mRNA
 Terdiri dari 3 fase : rekognisi promotor, elongasi, terminasi
 Regio promotor tempat RNA polimerase mulai membaca sequence DNA
 Operon  kumpulan gen pengkode protein yg berhubungan secara fungsional
u/ tujuan tertentu (sebagai contoh protein yang berperan bersama untuk
mengkatalisis tahap metabolik tertentu) dan disusun secara berurutan pada
lokasi spesifik pada kromosom atau plasmid.
 Faktor sigma  salah satu faktor yang mengendalikan transkripsi operon
faktor sigma yang berikatan dengan RNA polimerase  menyebabkan faktor
tersebut mengenali dan lebih mudah berikatan dengan promotor tertentu.
 mRNA yang disintesis melalui transkripsi dari operon  polisistronik
(mengandung suatu sequence informasi dari beberapa gen).
 Sequence informasi dipisahkan oleh regio intersistronik. Setiap sistron
memiliki start dan stop kodon sendiri pada mRNA
 Transfromasi dari sequence nukleotida yang
dibawa oleh mRNA  sequence asam amino
polipeptida oleh ribosom 70S.

 translasi
eukariot dan prokariot sama baik
enzim dan faktor lain yang terlibat pun sama
 berbeda secara struktural sehingga dapat
dihambat secara selektif oleh antibiotik

TRANSLASI
 REGULASI EKSPRESI GEN PADA
BAKTERI
 Regulasi yang paling penting : inisiasi transkripsi dengan cara
aktivasi atau represi (tidak terjadi pada sel eukariotik)

Operon :
 gen struktural yang diekpresikan bersama-sama dengan suatu
promotor yang sama
 Peranan penting dalam regulasi ekspresi gen dan sintesis protein
bakteri
 Mekanisme yang telah sepenuhnya telah ditelusuri  regulasi
transkripsi pada jalur katabolik dan anabolik operon oleh
aktivator dan represor pada operon lac dan operon trp
 perubahan DNA bakteri yang disebabkan karena mekanisme molekular
atau interseluler
 Tjd karena adanya transfer materi genetik secara horizontal
 Mekanisme molekuler tdd dr : Mutasi spontan, rekombinasi dan
transposisi
 Mekanisme interseluler tdd dr : transduksi, transformasi dan konjugasi
 bakteri tidak memiliki pewarisan seksual  tetapi memiliki mekanisme
yang memungkinkan untuk terjadinya perpindahan DNA interseluler 
melibatkan perpindahan informasi genetik secara horizontal dari sel donor
VARIABILITAS GENETIK PADA
menuju sel resipien paraseksualitas.

BAKTERI
MUTASI
Homolog Site-spesific

REKOMBINASI
 Sequence DNA dari kromosom
bakteri (transposon) 
diinsersikan pd plasmid
menyebabkan perubahan pada
informasi genetik (genom) plasmid

TRANSPOSISI
MEKANISME INTERSELULER PADA VARIABILITAS GENETIK BAKTERI
 TRANSFORMASI
 . Langkah-langkah proses transformasi
:
1. Bakteri pendonornya mati dan di
degradasi
2. Fragmen DNA dari donor bakteri yang
mati berikatan dengan DNA binding
protein pada dinding sel bakteri
resipien yang hidup
3. Enzim nuklease kemudian memotong
DNA yang terikat menjadi fragmen-
fragmen
4. Satu rantai DNA dihancurkan dan
rantai lainnya menembus bakteri
resipien
5. Protein Rec A  katalisis pertukaran
genetik (rekombinasi) antara fragmen
dari DNA donor dan DNA resipien.
TRANSDUKSI - BAKTERIOFAGA
 TRANSDUKSI
tahapan transduksi yang melibatkan faga litik :
Siklus Litik
1. Bakteriofaga menempel pada permukaan bakteri
donor
2. Genom bakteriofaga memasuki bakteri. DNA faga
memerintah organel metabolik bakteri untuk
membuat komponen dan enzim bakteriofaga
3. Selama maturasi/perakitan bakteriofaga baru, DNA
faga di dalam kapsid bergabung dengan fragmen
dari kromosom bakteri donor atau plasmid 
genom faga
4. Bakteriofaga baru dikeluarkan dengan lisis pada sel
bakteri
5. Bakteriofaga yang membawa DNA bakteri donor
akan terintegrasi ke dalam bakteri resipien lainya.
6. Bakeriofaga memasuki DNA bakteri donor dan
membawanya menuju bakteri resipien
7. Rekombinasi kemudian terjadi, menghasilkan sel
rekombinan dengan genotip yang berbeda dari sel
resipien maupun sel donor
 TRANSDUKSI

Siklus Lisogenik

DNA faga akan bergabung

dengan kromosom bakteri, disebut
dengan profaga dan profaga
berprilaku seolah-olah bagian dari
kromosom bakteri. Proses ini dikenal
dengan konversi lisogenik dan
bakterinya disebut dengan bakteri
lisogenik. Gen yang terdapat pada
DNA faga juga diekspresikan pada
bakteri.
 KONJUGASI

 konjugasi : hubungan antara dua sel bakteri

melalui perlekatan seks pili. (Bakteri donor
Gram positif menghasilkan adhesin yang
menyebabkan bakteri-bakteri tersebut
menempel pada sel resipien)
 Mobilisasi dan perpindahan plasmid :
enzim endonuklease akan memotong satu
ikatan dari rantai ganda DNA sirkuler pada
titik spesifik. Rantai tunggal DNA dengan
“leader region” memasuki sel resipien
 Sintesis : resipien akan mensintesis rantai
DNA komplementer  plasmid positif yang
disebut dengan transkonjugat
TEORI GENETIK PADA
VIRUS
 DEFINISI
 Virus  partikel hidup non-seluler, ultramiroskopis, parasit obligat intraseluler yang
hanya mengandung satu jenis asam nukleat ( RNA atau DNA) yang dikelilingi oleh
mantel protein yang disebut dengan kapsid
 Hal yang membedakan virus dengan mikroorganisme lain :
1. Tidak memiliki struktur seluler strukturnya sangat sederhana  terdiri dari protein dan
satu jenis asam nukleat (DNA atau RNA) yang dikelilingi oleh mantel protein (kapsid) 
suatu unit virus disebut dengan “partikel virus” bukan “sel virus”.
2. Tidak memiliki sistem metabolik sendiri  metabolismenya tergantung pada
mekanisme sintesis dari sel inang yang hidup  memanfaatkan metabolisme sel normal
dengan memberikan informasi genetik mereka (asam nukleat) kepada sel inang
3. Berukuran ultra-mikroskopis dan hanya dapat dilihat dengan mikroskop elektron
4. Ukuran virus tidak akan membesar
5. Virus disebut sebagai virus DNA atau virus RNA, tergantung pada kandungan asam
nukleatnya (DNA atau RNA)Virus tidak dapat memiliki kedua DNA dan RNA.
STRUKTUR VIRUS
 REPLIKASI VIRUS

1. Adsorspsi/penempelan virus  Protein permukaan pada virus berinteraksi dengan

reseptor spesifik pada pemukaan sel inang protein pada kapsid/amplop virus akan
menempel pada membrane sel
2. Penetrasi  penetrasi ke dalam sel dengan cara endositosis (viropeksis).
3. Uncoating/pelepasan  pelepasan kapsid yang melindungi asam nukleat  Proses
ini membuat asam nukleat dapat ditranskripsi dengan tujuan multiplikasi dari virus
4. Transkripsi dan translasi  Pada tahap ini, virus mengkode sintesis untuk protein
kapsid atau non-kapsid dan replikasi dari asam nukleat oleh enzim pada virus dan sel
(membentuk mRNA)
5. Perakitan dan pelepasan virus proses perakitan virion melibatkan asam nukleat
yang telah direplikasi dan protein struktural untuk membentuk nukleokapsid virus
 virus yg nukleokapsid dilapisi o/envelope pelepasan virus dng cara “budding”dr
membrane sitoplasma keluar dr sel inang
 Virus yang tidak dilapisi envelope  keluar dng cara lisis sel terinfeksi/eksositosis
partikelvirus
PROSES PEMBENTUKAN MRNA PADA VIRUS
RNA
 REPLIKASI VIRUS RNA
 Virus RNA  memproduksi mRNA dng cara yang berbeda-beda
 Virus RNA  terdiri dari virus RNA rantai tunggal (ssRNA) dan virus RNA rantai ganda
(dsRNA)
 Virus RNA rantai ganda satu rantai yang pertama ditranskripsikan oleh enzim
polimerase virus menjadi mRNA
 rantai yang kedua berfungsi sebagai template untuk sintesis rantai
antisense RNA.
 Sel eukariotik yang berperan sebagai sel inang tidak memiliki enzim untuk replikasi virus
RNA  virus harus menyediakan RNA polimerase dependen RNA (replikase)  terdapat
pada beberapa virus yang mengkode protein dan beberapa kasus merupakan komponen
dari partikel virus.
 mRNA yang sudah terbentuk translasi di sitoplasma sel inang dng bantuan ribosom 
protein
 Pembentukan protein :
 Fase awal  protein u/replikasi asam nukleat (enzim dan protein regulator)
 Fase akhir  protein u/membentukan kapsid
PELEPASAN VIRUS RNA BER-ENVELOPE (VIRUS INFLUENZA) DENGAN
BUDDING MELALUI MEMBRAN SEL INANG.
 REPLIKASI VIRUS DNA

 Virus DNA  dapat bereplikasi & mensintesis mRNA baik pada

nukleus ataupun sitoplasma sel inang

REPLIKASI VIRUS DNA DALAM NUKLEUS

 Virus DNA yang bereplikasi pada nucleus  Ex : parvovirus

 Human parvovirus B-19 bereplikasi pada sel yg sedang
membelah t.u pada sel progenitor eritrosit pada sumsum
tulang.
 Adsorpsi, penetrasi dan uncoating
 Parvovirus B-19 berikatan dng P-antigen pada permukaan sel endositosis virion yang
dimediasi oleh α5β1 integrin yang diekspresikan pada progenitor eritrosit (tidak pada eritrosit
yang matur)koreseptor integrin memastikan bahwa virus tidak masuk ke dalam eritrosit matur
(eritrosit tidak memiliki nukleus).
 Setelah masuk ke dalam sel virion keluar dari endolisosom karena peran dari protein kapsid
minor (VP1) Virion-virion parvovirus ditransport secara aktif melalui jaring-jaring
mikrotubular nucleus Virion cukup kecil untuk masuk ke dalam nucleus via kompleks pori
nucleus uncoating (pelepasan kapsid virion) terjadi di dalam nukleus
 Ekpresi Gen dan Replikasi DNA
 Genom DNA rantai tunggal (ssDNA)  DNA rantai ganda (dsDNA) oleh enzim sel inang  Grup
3’OH bebas pada genom ssDNA digunakan sebagai primer untuk sintesis rantai DNA
komplementer.
 salinan rantai positif (positive sense) dan rantai negatif (negative sense) yang di hasilkan dalam
replikasi DNA -->dapat dikonversi menjadi dsDNA  dapat digunakan sbg template untuk
transkripsi gen virus dan memperantarai replikasi genom virus  atau keduanya bergabung
dengan virion.
 Perakitan dan pelepasan Virion
Perakitan virion baru terjadi di nukleus  virion dilepas dengan cara lisis sel inang.
Teori Genetik pada
Fungi
 Fungi  mikroorganisme eukariotik non-motil, dinding sel yang kaku dan nukleus
sel yang klasik.
 Fungi  lebih tinggi tingkat organisasinya dibanding prokarotik.
 Unsur morfologi utama dari fungi berfilamen  hifa dan jalinan pita pada hifa 
miselium
 Fungi yang dapat tumbuh sebagai sel tunggal & hidup bebas  ragi
 Dinding sel fungi terdiri dari hampir 90% karbohidrat (kitin, glukan, manan)
 Membran sel fungi kaya akan jenis sterol yang tidak ditemukan pada membran
biologis lainnya  ergosterol
 Fungi berfilamen  bereproduksi baik secara aseksual (mitosis) dengan
pertumbuhan hifa atau dengan bantuan dari spora aseksual maupun seksual
(meiosis) dengan menghasilkan spora seksual
 Sel ragi bereproduksi  proses pembentukan tunas (budding).
 Fungi imperfecti atau Deuteromycetes  jenis jamur yang struktur
reproduksi seksualnya tidak diketahui atau tidak ada pada spesies patogen dari
jamur
 STRUKTUR GENOM PADA EUKARIOTA

 Genom dalam fungi terdapat pd kromosom, mitokondria,

plasmid/elemen genetik yang dapat berpindah. Setiap gen tersebut
berkontribusi terhadap semua fenotip pada fungi.

 Kromosom pada fungi  sebagian besar haploid dan sulit untuk dihitung
karena strukturnya sangat padat dan membran nukleus yang sulit untuk
untuk ditembus.

 Genom fungi berukuran lebih kecil jika dibandingkan dengan sel eukariot
lainnya. Genom berukuran 3-8 kali lebih besar dibandingkan dengan E.coli,
tetapi 5-30 lebih kecil dibandingkan dengan lalat buah atau manusia.
 yeast  mengandung elemen genetik tambahan  suatu lingkaran 2 µm yang
mampu bereplikasi secara independen dan mengandung DNA  sebagai plasmid.

 Plasmid ini sering ditemukan pada gen eukariota. Ukuran kecil dari plasmid
memudahkan manipulasi genetik  sering digunakan untuk rekayasa genetika.

 >> gen fungi di bawa pada kromosom bakteri dan plasmid gen-gen dengan
fungsi spesifik

 Data susunan genom  menunjukan bahwa >>genom fungi terdiri dari satu
molekul DNA sirkuler , mengandung DNA 580 kbp sampai lebih dari 4600 kbp

 DNA sirkuler (kromosom dan plasmid) yang mengandung informasi genetik di

perlukan untuk respirasi  replicon.
TERIMA KASIH