Virologi Umum Oleh : M Amin Romas

Sifat-sifat Virus: -hanya hidup dlm media hidup -yang terkecil : 20 nm-300 nm -Yang terbesar : 300x 500 nm =Rickettsia dan Chlamydia -punya salah satu asam nucleat DNA/RNA -tidak mengenal binary fission -tahan thd antibiotika -peka thd interferron -tidak punya ribosome -diluar sel bersifat innert/diam

Sifat-sifat mikroorganisme
Med mati DNA RNA Ribos Antibio INF 1.Bakteri + + + + + 2.Micopl + + + + + 3.Fungi + + + + + 4.Ricketts + + + + 5.Chlamy + + + + 6.Virus + + 7.Virus + + Catatan :med=media , ribos =ribosom, INF=interferon

Istilah dalam virologi

1.Kapsid: bag protein yang melindungi DNA/RNA 2.Kapsomer : unit khas, pd kapsid, jumlah utk masingmasing ( 60, 72, 162 ,252 dll ) utk virus icosahedral 3.Envelope: lap. lipid yang selubungi/ bungkus virus 4.Nucleocapsid: komplex protein dan asam nucleat 5.Virion : partikel virus lengkap 6.Icosahedral: bentuk simetri yang tersusun dr tata ruang yang dibatasi 20 segitiga sama-sisi 7.Virus lemah: tidak lengkap

Morfologi virus
-bentuk dan ukuran sangat khas -hanya DNA/RNA saja -hanya dapa dilihat dg ME (micrsoskop electron) -menurut hospes : -virus manusia/khewan -virus tumbuhan -virus bacteri/bacteriophaga

Klassifikasi virus
1.Morfologi virion: ukuran, bentuk, jenis asam nukleat,envelop d 2.Fisikokimia virion : jml molkul, BD, pH, suhu, sifat thd ether, detergen ,pelarut, ion Mg & Mn dll 3.Bag gen virus :jenis as nucleat, ukuran gen dlm KB, untaian tunggal/ganda, linier/circel, isi (G+C) atau (A+T), deretan nucleotida dll 4.Bag.prot virus: jml, ukuran, aktifitas, deretan as.amino, modifikasi, fungsi, urutan asam amino dll 5.Organisasi dan replikasi : jenis gen, jumlah, strategi replikasi sifat transkripsi ,translasi dan tempat perakitan virion dll 6.Bag.antigen : permukaan, alat tambahan , inti dll 7.Bag.biologi : macam hospes, cara penularan, patogenitas, hubungan dg vektor, distribusi geografik dll

Skema virion
Bentuk kubik/icosahedral B. Bentuk helix Bagian-bagian: -kapsomer -inti as nucleat -kapsid -envelope -duri glycoprotein -nucleocapsid -matrix protein - ss (single strand)/ds (double s )
A.

Systematika virus (Linneause )

Phylum : Vera ( racun ) Sub-phylum 1 :Deoxyvera (DNA) Classis 1 :Deoxyhelica (helix) Ordo : Chitovirales (chiton=envelp Familia : Poxviridae Genus : Poxvirus

Subphylum 2 : Ribovira (RNA) Classis 1 : Ribohelica Ordo : Rhabdovirales Familia : Rhabdoviridae Genus : Rhabdovirus
Classis 2 Classis 3 :---: ---- dst

Virus DNA (manusia dan khewan)

Bentk Envel Ether Capso Ukuran Familia nm(ss,ds) -viridae ------------------------------------------------------------------1.Icos R 32 18-26 ss ParvoR 72 45-56 c ds PapovaR 252 80-110 ds Adeno+ S 180 40-48 c ds Hepadna+ S 162 150-200 ds Herpes2.Cmplex + R - 230-400 ds Pox------------------------------------------------------------------Catatan: R=resis; S=sensit; ss=single standed ds=double stranded; icos=icosahedral c=circuler

Virus RNA
Bentuk Envel Ether Capso Ukuran Familia ----------------------------------------------------------1.Icos R 32 28-30 ss Picorna R 28-30 ss AstroR 32 27-38ss ColiciR 132 s60-80ds Reo+ S 42 50-70 ss Toga----------------------------------------------------------Catatan: s=segmen

Virus RNA
Bentuk Envel Ether Capso Ukuran Familia ----------------------------------------------------------2.Compl + S - 40-60 ss Flavi+ S - s 50-300 ss Arena+ S - 80-220 ss Corona + S - d 80-110 ss Retro----------------------------------------------------------Catatan : s=segmen ; d=diploid

Virus RNA
Bentuk Envel Ether Capso Ukuran Familia ----------------------------------------------------------3.Helix + S - s 80-120ss Bunya+ S - s 80-120ss Orthomyxo + S - 150-300ss Paramyxo + S - 75-180ss Rhabdo+ S - 80-125ss Borna+ S - 80-100ss Filo------------------------------------------------------------------Catatan: s=segmen

Struktur DNA (deoxyribose nucleic acid )

-tdr dari monomer : nucleotida/polynucleotida -nucleotida : as fosfat, gula, deoxyribose, N-base -N base 4 macam:purin (A,G), pyrimidin (T,C) -perbandingan purin :pyrimidin = 1:1 -jumlah A=T dan G=C -perbandingan (A+T) /(G+C) brvariasi, tetapi punya nilai tetap masing masing species -misal Cl.botulinum 71 % (A+T)

Struktur RNA (ribose nucleic acid)

-hampir sama dengan DNA -ada 3 perbedaan penting -pentosa DNA (deoxyribose), RNA (ribosa) -purin DNA dan RNA sama : A,G -pyrimidin DNA (C,T) dan RNA ( C,U) -DNA ( ds ) dan RNA (ss) -Dikenal : mRNA, rRNA, tRNA

Cara mengukur virus

1.Dengan ME: -dibuat preparat jaringan -sel terinfeksi -perkiraan ukuran partikel 2.Menggunakan ultracentrifuge 3.Dengan perbandingan: -Staphylococcus : 1000 nm -Bacteriophaga : 10- 100 nm -Mol protein: -serum albumin 5 nm -globulin 7 nm -hemocyanin 23 nm

Macam virus
1.

2.

3.

Virus tumbuhan (plant virus ) Virus bakteria ( bacteriophaga ) -penting dalam kedokteran -masing masing bakteria spesifik -untuk diagnosa Virus khewan /manusia: -virologi kedokteran -virologi veteriner

Media virus
1 .Khewan hidup a. marmut/cavia :-rabies (anjing gila) -dlm sel otak b. mencit/tikus putih: -umur 1-2 hr -inoculasi virus Dengue -secara intracerebral d. nyamuk: -A. aegypti :DHF -A. albopictus :chicungunya

2.Embryo telur: a.Virus influenza: -dlm membrana dan cairan chorioallantoi -dlm amnion dan cairannya b.Vrus cacar: -membrana chorioallantois c.Virus parotitis epidemica: -dlm saccus vitellinus

3.Biakan jaringan (tissue culture) Bahan yang diperlukan spy sel ttp hidup: -serum binatang (sapi,kuda ,kambing dll) -asam amino (macam2) -mineral/elektrolit : NaCl, KCl,MgSO4 dll -vitamin : ext ragi (vit B complex ) -antibiotica: -untuk bunuh bakteria -penicillin G, strepyomycin dll

Jenis biakan jaringan

1.Biakan organ: -ginjal, paru, trachea, kel. thyroid dll -dalam medium khusus 2.Biakan fragmen organ: -dibuat irisan tipis dlm medium 3.Biakan sel jaringan: -organ dicacah dengan trypsin -sel terpisah -mis ovarium,testis,ginjal dll

Jenis biakan sel

1.Kultur primer dari ginjal embryo manusia atau kera. Keduanya mempunyai broad viral spectrum, krn mengandung berbagai differensiasi sel. Kebanyakan digunakan utk virus RNA, terutama paramyxovirus dan enterovirus. 2.Continous malignant human epithelial sel line Mis : sel HeLa atau Hep-2 yang sering digunakan untuk menumbuhkan adenovirus,rhinovirus dan respiratory syncytial virus 3.Strain sel diploid dari fibroblast embrionik manausia dan kera ,yang mempunyai spektrum yg luas yang sangat efektif untuk kultur rhinovirus,virus varicella, cytomegalovirus dan enterovirus

Pada saat ini telah berkembang bbp macam sel kultur baru misalnya ginjal bayi hamster (BHK-21 ) ginjal kelinci (RK-13 ) dan ginjal kera hijau (Vero). Sel-sel tsb sangat baik untuk kultur togaviridae termasuk virus rubella.Ada juga: LLC-MK dr ginjal monyet ,J-III dari leukemia manusia dll Kultur virus biasanya dipelihara dlm petri plastik Bervolume kecil,mengandung sel lapis tunggal diincubasi pada incubator CO2,suhu 37 C (kecuali rhinovirus dan coronavirus diperlukan suhu 33 C, sesuai dengan suhu nasal).Kultur diamati dlm 1-2 hari atau lebih untuk melihat adanya CPE

Catatan: Poliovirus dan herpes simplex virus mempunyai periode latent pendek sehingga CPE dapat diamati.Setelah 24 jam ( dalam waktu 3 hari ),sedang cytomegalovirus, rubella dan adenovirus dapat diamati CPE setelah 1-4 minggu. Koleksi sampel utk isolasi virus: Harus dikoleksi pada waktu yang tepat secepat mungkin.Sifat virus sangat labil. Untuk itu harus diamsukkan dalam 2-5 ml larutan isotonik, bufer spt thyrose fosfat broth, yang mengandung gelatin atau bovine serum albumin ditambah100 u penicillin, strep 100 u dan nystatin 50 u per ml.Untuk fekal dosis antibiotik lebih tinggi (bunuh bakteri,rickettsia,mycoplasma dll)

Sifat fisik dan kimia

I. Fisik 1.Pemanasan -suhu 40-50 C 30` inaktif/rusak -tahan panas:HAV,HBV,HCV dll -non-envelope : lebih tahan panas -envelope :tak tahan panas ( lipid mudah hancur ) -suhu 4 C tahan bbp bulan/tahun aktif kembali mis : rotavirus -suhu -70 C/lebih rendah stabil bbp tahun

2.Radiasi a.Sinar X:- putusnya benang as,nukleat - ss virus lebih sensitif dari ds b.Sinar UV:-merubah susunan as.nukleat -1)ikatan kovalen antar mol pyrimidin dimer pyrimidin hambat proses replikasi, transkripsi, translasi -sifat reversibel kembali normal 2)terjadi ikatan silang antar as.nukleat 3)terjadi penambahan mol air pada DNA/ RNA kerusakan berat

3.Fotodinamik: -zat warna organik pada tempat gelap tidak ada pengaruhnya -tapi jika diberi sinar putih +O2 ---inaktif -methylen blue,acridin,merah netral--- punya efek fotodinamik --- dugaan terjadinya penyisipan antara ikatan hydrogen pasangan basa nukleotida

II. Kimia 1.Enzym :merusak virion inaktif a.Nuclease merusak virus nonkapsid b.Enzym proteolytik: merusak tonjolan glycoprotein kemampuan infeksi<< 2.Detergen: -larutkan lipid envelope dan lepasnya glycoprotein -lepaskan/urai capsomer polypeptida

3.Pelarut protein Guanidin,urea dan phenol pelarut kuat uraikan capsomer jadi polypeptida 4. Formaldehyda -bereaksi dengan gugusan as.amino pada adenin,guanin,cytocin yang tak membentuk ikatan hydrogen -virus ss lebih peka thd bahan ini dari ds 5.Aether: ada yang sensitif dan resisten

Perubahan dlm sel / jaringan

1.Reaksi haemadsorbsi/hemagglutinasi -Biakan virus + erythrocyt (domba,angsa dll ) erythrocyt menempel pada membrana sel hemagglutinasi -Biakan jaringan kontrol + erythrocyt tak menempel ( hemagglutinasi negatif ) 2.Cytopathic effect (CPE) Sebelum sel rusak, terlihat perubahan pathologik yang mungkin terjadi :

a.Terbentuknya bangunan inclusion bodies (IB) dlm cytoplasma ( virus campak), dlm nucleus (adenovirus ). IB dapat mengikat zat warna asam:eosin, fuchsin. b.Ada perubahan struktur nucleus piknosis c.Perubahan bentuk sel membesar polygonal membulat spt bola/ balon d.Pembentukan syncitium Membrana sel saling fusi dengan sel dekatnya syncitium /sel raksasa (giant sel) dengan banyak nucleus. Mis: Paramyxovirus campak, herpes, parotitis epidemica dan respiratory syncitial virus. e.Rangsangan pertumbuhan sel (ongcogen)

3.Pembentukan plaque Sel alami lytik lepaskan virion masuk sel lainnya dst. Pada biakan terlihat bercak plaque dpt dilihat secara makroskopis 4.Pembentukan pock Proses lytik tjd nekrotik jaringan pada membrana chorioallantois ayam pock + terjadi bercak nekrotik. Mis: Pada variola ( cacar )

Golongan atas dasar tropisme dan cara penularan 1.Virus enterik : Rotavirus,Reovirus, Enterovirus, Coronavirus, Calcivirus dan Adenovirus dll 2.Virus hepatotropik : Hepatitis, Yellow fever dll 3.Virus pernafasan : Orthomyxo, Paramyxo, Pneumo, Rhino dan Adeno dll. 4.Virus tumor : Epstein-Barr , Hepatitis B dan C, Herpes, Adeno , human T sel lymfotropik virus I dan II dll 5.Virus neurotropik : poliomyelitis, Japaneese encephalitis dll 6.Virus dermatotropik : Hepes, Papova, Pox, Adeno dll

Pemeriksaan virus influenza A.Identifikasi virus Untuk diagnosa diperlukan identifikasi dan pemeriksaan serologik.Identifikasi dilakukan dengan inokulasi spesimen pada embryo ayam yang berumur 9 hr. Kemudian dilanjutkan dengan uji hemaaglutinsi dan hambatan hemagglutinasi ( hemagglutination inhibition) terhadap erythrocyt ayam secara serologik. Diagnosa didasarkan akan kenaikan titer Ab terhadap salah satu Ag. Virus ini punya 4 Ag : protein matrix (protein M ), nucleoprotein (NP),neuraminidase (NA) dan hemagglutinin (HA).Yang sering dilakukan untuk mencari HA dengan uji hambatan hemagglutinasi (uji HI )

Penyebab influ : familia Orthomyxoviridae(RNA) Ada 3 tipe virus Influ A ,B(wabah) danC(non wbh) Yang tipe virus Influ A ada subtipe H 1-15 dan N 1-9 ,dengan kemungkinan 135 variasi H-N. Dari variasi tsb yang sangat dikenal terakhir ada 2 kasus penting: avian flu (flu burung) dan swine flu ( hog flu, pig flu, flu babi ). -Avian influ ( AI ) : utama oleh H5N1, lain H5N2. -Swine influ ( SI ) : utama oleh H1N1, yang lain dpt H1N2, H2N3 dan H3N1.

B.Bahan yang diperiksa : -Bahan kumur/cucian rongga mulut dll dimasukkan dlm larutan Henk`s saline. -Tambahkan antibiotika /gentamycin 5 ugr/ml dan dibiarkan selama 1 jam untuk mebunuh kontaminan. -Ambil 0.1-0.2 ml sampel disuntikkan pada telur yang tlh dilubangi dengan jarum kedalam rongga amnion dan atau chorioallantois -Tutup kembali dg paraffin dan dieramkan selama 2- 3 hr dan kemudian dibaca hasilnya.

C. Uji hemagglutinasi Bahan: cairan embryo, suspensi erythrocyt ayam 10% dan salin/buffer fosfat salin. Cara sbb: -Tabung no: 1 2 3 4 5 6 7 8 .. Contr -Saline :0.5 .0.5 ml -Ag (virus) :0.5 dilusi -Susp.erythr:0.5 ..0.5 ml -------------------------------------------------------------Hasil : + + + + - - - - Concentr : 1/3 1/9 1/27 1/81 - - - - Titer : 1/81

D. Uji hemagglutinasi hambatan Cara sama dg diatas ditambah dg serum penderita -Tabung no : 1 2 3 4 5 6 7 8 Cont -Saline : 0.25 0.25ml -Serum pdt : 0.25 dilusi (akhir dibuang) -Ag (virus) : 0.25 0.25ml -Susp eryth : 0.25 0.25ml --------------------------------------------------------------Conc : 1/4 1/16 1/64 1/256 Hasil : + + + + Titer : 1/64

Uji netralisasi pada virus Tabung 1 2 3 4 5 6 .. C Salin 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 .. 0.5 Serum 0.5 dilusi yang terakhir dibuang Ag(virus) 1 1 1 1 1 1 .. 1 ----------------------------------------------------------------------Netralisasi - + + .. + Titer 1/8 1/16 1/32 1/64 1/128 Animal im: Hasil <-------- hidup-----sakit/mati ------ s/m Titer :1/32

Replikasi virus
-Prinsip : virus masuk hospes -terjadi perubahan pada virus dan dalam hospes -melalui fase-fase dalam plasma atau nucleus -calon virion menjadi banyak virus dewasa -sel rusak keluar masuk sel baru infeksi -ada 2 tipe siklus replikasi baik DNA maupun RNA

Fase-fase dan proses replikasi:

I.Periode eclips -mulai masuk dalam sel terjadinya calon virus 1.Proses adsorbsi 2.Proses penetrasi 3.Proses uncoating II.Periode sintesa/timbul 1.Stadium awal ( transkripsi replikasi genom ) 2.Stadium akhir

Siklus dan replikasi virus DNA

Virus Envelo Replikasi Formasi Pematangan Lama virus genom nucleocpsid virion jam --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------Parvo N N N u Papova Adeno
Hepadn

N N
N

N N
C

N N
M-E

48 25
u

Herpes

15-72

Pox C C C 20 --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Siklus dan replikasi virus RNA

Virus Bks Replk Forms Pematg Lama virion genom nuccap virion jam -------------------------------------------------------------------------------------------Picorna C C C 6-8 -Reo C C C 15 -Toga + C C M-P 10-24 -Flavi + C C M-E u -Retro + N C M-P u -Bunya + C C M-G 24 -Othomy + N N M-P 15-30 -Paramyx + C C M-P 10-48 -Rhabdo + C C M-P 6-10 ---------------------------------------------------------------------------------------------

Catatan : C=cytoplasma N=nucleus M=membran M-G=membran golgi M-P =membran plasma M-E=membran reticulum endoplasma

Interferensi dan interferon (INF)

1.Interferensi -Virus masuk sel virus lain terhalang,shg tidak dapt replikasi ( virus umumnya ) intrferensi -Kecuali : virus vaccinia, herpes, campak ( measle ) ,poliomyelitis dll -Interferensi terjadi karena a.Virus pertama mengadakan perubahan pada permukaan sel virus kedua tak dpt masuk b.Metabolisme sel telah diubah oleh virus 1 virus kedua terhalang. c.Virus pertama inducer faktor genetik sintesa protein yang hambat virus kedua interferron (INF)

2. Interferron (INF) -merupakan inhibitor virus -sbg respon dari virus yang masuk -dlm waktu 12- 48 jam setelah titer max interferron diproduksi jml besar produksi virus turun dg cepat -INF tidak saja menghambat virus lain, tapi juga virus sendiri autointerferensi

-Bersifat spesifik thd sel yang memproduksi -INF sel mucosa tidak dapat hambat replikasi virus yang menyerang sel syaraf -Diproduksi oleh sel T lebih > dari sel sitem immunitas lain -Produksi INF dihambat oleh corticosteroid ( bersifat immunosupressif )

Beda INF dan Ab (antibodi)

1.INF kerja dlm sel kuratif Ab kerja diluar sel preventif 2.INF dibuat dlm semua sel target dan sel sistem immunitas terutama sel T. Ab diproduksi sel plasma ,terutama sel B 3.INF spesifik thd sel yang memproduksinya, sdg Ab spesifik thd virus (Ag) yang menginduksi

Reaksi immunologi dlm virologi

-Ab terjadi karena adanya virus yang masuk ( Ag =antigen= virus ) -Ag dapat berupa : -komponen virus -enzym -protein non struktural -permukaan virus , inti dll - prot M, HA,NA, NP dll

Setiap strain dlm satu species ada Ag superfisial yg berbeda-beda masing-masing spesifik utk sps. -tapi bagian dlm ( core )virus tidak berbeda dalam satu species Ag species spesifik

Test dlm virologi:

1.Netralisasi 2.Hemagglutinasi 3.Hemagglutinasi inhibisi 4.Tekhnik immunofluorensensi 5.Elisa (Enzym-linked immunosorbent assay ) 6.MAC-Elisa (IgM antibody captured Elisa) 6.Western blot assay