Unmerbaya tumbuh dan berkembang melalui serangkaian proses, prakarsa pendiriannya dilandaskan pada hasrat yang luhur untuk ikut serta mencerdaskan kehidupan Bangsa dan Negara seperti yang diamanatkan dalam pembukaan Undang-Undang Dasar 1945 dan semangat perjuangan yang berorientasi pada cita-cita Pembangunan Nasional. prinsip yang mendasari upaya mewujudkan Hasrat dan Semangat Perjuangan tersebut adalah ilmu amaliyah dan amal ilimiah, yaitu pengembangan ilmu dan tekhnologi untuk diabdikan pada kehidupan berbangsa dan bernegara Dengan dasar hasrat semangat perjuangan itulah, maka pada tahun 1963 didirikan Universitas Bung Karno (UBK) yang dibentuk dibawah Pembinaan Pangdam VIII/Brawijaya, Bapak Mayjend. Basuki Rachmat yang kemudian berubah menjadi Universitas Hati Nurani Rakyat (HANURA), dengan Rektor pada waktu itu Kol. Dr. Sarnanto serta Sekretaris Djoko Darmono, BSc. Berdasarkan Akte Notaris No. 5a tanggal 15 Juni 1964 dibentuk suatu Yayasan Perguruan Tinggi Bung Karno, yang berinduk pada Slagorde Kodam VIII/Brawijaya dengan Surat Keputusan Pangdam VIII/Brawijaya Nomor : SKEP/17/VI/1968 tanggal 17 Desember 1968, dan selanjutnya diubah / diganti Akte pendiriannya dengan Akte Notaris Nomor 32/1972. Berdasarkan Surat Perintah Pangdam VIII/Brawijaya Nomor Print. 437/III/5/1972, Universitas HANURA di intergrasikan dengan Universitas Merdeka Pusat Malang, dengan perubahan nama menjadi Universitas Merdeka Koordinatorat Surabaya dengan Rektor Letkol. A. Soetrisno, SH, BcHK.Mil, dan Sekretaris Djoko Darmono, BSc, dibawah pembinaan Pangdam VIII/Brawijaya waktu itu Bapak Mayjend. Widjojo Soejono. Berdasarkan Surat Keputusan Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Pusat Malang Nomor : SKEP/01/YPTM/1983 tanggal 18 November 1983, Surat Telegram Pangdam V/Brawijaya (Kodam VIII berubah menjadi Kodam V Brawijaya) Nomor : STR/220/1983 tanggal 25 November 1983 dan Surat Keputusan Danrem 084/Bhaskara Java Nomor : SKEP/18/XII/1983 Tanggal 5 Desember 1983, maka Universitas Merdeka Koordinatorat Surabaya dilepaskan oleh Universitas Merdeka Pusat Malang, dan dibentuk Yayasan Universitas Merdeka Surabaya dengan Akte Notaris R. Soebiono Danoesastro Nomor : 26 tanggal 6 Juni 1984 dengan Ketua Yayasan Kol. Purn. F. H. Soerodjo. Pada bulan April 1995 terjadi pergantian Ketua Yayasan dari Kol. Purn. Dr. H. Poernomo Kasiadi kepada Kol. Inf. Sunarto Sumoprawito dengan Surat Keputusan Pangdam V/Brawijaya Nomor : SKep/58/IV/1995 tanggal 10 April 1995, dan berdasarkan Akte Notaris Wahyudi Suyanto, SH Nomor 023 tanggal 3 Desember 1997 diadakan perubahan nama Yayasan Universitas Merdeka Surabaya menjadi Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Surabaya dengan Pembina Utama Pangdam V/Brawijaya, dan Pembina Harian Danrem 084/Bhaskara Jaya Surabaya. Pada Bulan April 2008 terjadi pergantian Ketua Umum Yayasan Perguruan Tinggi Merdeka Surabaya dari Kol. (Purn). M. Muchtar, SIP, MBA kepada Letkol. (Purn) H. Djoko Agus S, SH, MBA, sesuai dengan keputusan Pangdam V/Brawijaya No. Kep/60/IV/2008 tanggal 4 April 2008. Pada tahun 2009 Universitas Merdeka Surabaya membuka Fakultas baru, yaitu Fakultas Ilmu Kesehatan dengan Program Studi Keperawatan untuk S-1, dan Kebidanan Untuk D-3, hingga pada saat ini Universitas Merdeka Surabaya Memiliki 5 (lima) Fakultas dengan 7 (tujuh) Program studi, Yaitu : (1) Fakultas Hukum dengan Program Studi Ilmu Hukum ; (2) Fakultas Ekonomi dengan Program Studi Manajemen dan Akuntansi. ; (3) Fakultas Teknik dengan Program Studi Arsitektur ; (4) Fakultas Pertanian dengan Program Studi Agroteknologi ; (5) Fakultas Ilmu Kesehatan dengan Program Studi Keperawatan dan Kebidanan.