Regulation of Gene Expression (CAB)

Ekspresi gen adalah suatu proses biologis seperti transkripsi dan translasi yang
akan menghasilkan suatu produk dari gen, dan hanya dilakukan sewaktu
dibutuhkan saja (ga buang-buang tenaga)
Regulasi ekspresi gen:

Repressible : gen yg tidak diekspresikan bila ada repressor (faktor respresi)

Mekanisme pada Ekspresi gen konstitutif :
Upregulated : produk ekspresi gen konstitutif yg dihasilkan lebih banyak dari
yg seharusnya dihasilkan dalam kondisi normal.
Downregulated : ekspresi gen konstitutif diatur biar lebih sedikit dari kondisi
normal
Housekeeping gen : gen yg diproduksi secara konstitutif, umumnya digunakan
sbg enzim dalam central metabolic pathways.
Modulator Transkripsi :
Specificity factor : sbg promotor (tempat) penempelan RNA polimerase ke
gen. Contoh :
factor ( 70 dan 32) dan TBPs.
Promotor standard pada housekeeping gene : dikenali 70
Promotor heatshock pada heatshock gene: dikenali 32
Repressor : memediasi/memerantarai regulasi gen negatif (penonaktifan) dg
cara menghambat pertemuan RNA polimerase dengan promotor. Repressor
butuh efector untuk berfungsi.

Activator : memerantarai regulasi positif (proses ekspresi gen) dg cara

memerantarai penempelan RNA polimerase ke promotor.
Penjelasan : Replikasi DNA itu proses duplikasi DNA dibantu DNA polymerase.
Transkripsi itu pembentukan mRNA dg menggunakan DNA sbg template. Kalau
mRNA didegradasi (reverse transcription) nanti jadi DNA lagi. Tranlasi itu
membentuk rangkaian asam amino dg mRNA sbg template, terus asam amino
dirangkai jadi protein. Tapi kalau protein didegradasi, itu ga akan bisa jadi mRNA,
tapi protein inaktif aja. Yg bisa kita tau itu cuma asam amino apa aja yg nyusun, dg
tau asam aminonya, kita jadi tau sekuens mRNAnya
Bingung? Podho.
Macam-macam gen dalam regulasi ekspresi:
Konstitutif : gen yg selalu diekspresikan di semua kondisi (selalu
dibutuhkan)
Inducible : gen yg diekspresikan hanya jika ada induktor (faktor penginduksi)

Perbedaan ekspresi gen di eukariot dan prokariot

Prokariota : dalam satu sekuens gen, ada banyak gen yg diekspresikan dalam
waktu yg bersamaan (polycistronic)
Eukariota : dalam satu sekuens gen, hanya satu gen yang diekspresikan
dalam satu waktu (monocistronic)
Operons : suatu gen yg terdiri atas promotor dan sekuens gen lain yg berdekatan
dimana produk ekspresinya memiliki fungsi yang saling bergantungan. Umumnya

berisi 2-6 gen (bisa sampe 20), diekspresikan secara polycistronic, jadi
kebanyakan ada di sel prokariota.
CONTOH :
Lactose (lac) operon
Regulasinya : mengekspresikan enzim betagalactosidase (hanya ketika ada laktosa
saja!) untuk memecah laktosa menjadi glukosa dan galaktosa.

Lac Z : penyandi betagalactosidase

Lac A : penyandi thiogalactidase transacetylase
Lac Y : penyandi galactosidase permease
Lac I : produksi lac repressor yg diekspresikan ketika tidak ada laktosa untuk
menghambat ikatan RNA polimerase dengan promotor lac operon (P)
Pi : promotor buat Lac I (kalau RNA polimerase nempel disini, lac repressor
diekspresikan)
P : promotor Lac operon (kalau RNA polimerase nempel disini,
betagalactosidase diekspresikan)
Q1 :operator (tempat nempel RNA pol)
Q2 dan Q3 : pseudo operator

Tapi lac operon juga punya inducer, yaitu ALLOLACTOSA

Yaitu produk turunan dari laktosa yang dipecah oleh enzim betagalactosidase kalau
fungsinya sudah tidak diperlukan.
Regulasinya :
Allolactosa menempel pada repressor yg dihasilkan lac I agar repressor lepas
dari promotor (P) dan RNA polimerase bisa nempel di promotor (P) dan
ekspresi lac operon menghasilkan betagalactosidase berlangsung trus proses
pemecahan laktosa berlangsung sampai laktosa habis.
Kalau sudah selesai (laktosa habis), allolactosa akan lepas dari promotor (P)
dan dimetabolisme oleh betagalactosidase sehingga repressor bisa kembali
menempel pada promotor (P) dan menghentikan proses ekspresi.
Kalau kondisinya ada laktosa dan glukosa juga, apakah ekspresi lac operon
masih terjadi?
Tidak! Karena walaupun ada laktosa, ternyata glukosa akan menghambat
proses metabolisme laktosa dengan ara menghambat enzim adenylate cyclase
yg memproduksi cAMP yg gunanya untuk mengaktivasi/mengikat CAP yg
fungsinya unt menstimulasi penempelan RNA polimerase dg promotor (P).
Skemanya : High glucose -> low cAMP -> low kompleks CAP-cAMP -> low
transcription -> lactose not used.

Control of Gene Expression

Kenapa dikontrol? Karena ada beberapa macam gen yg selalu diekspresikan
setiap waktu (housekeeping gene), jadi kan buang-buang energi dan malah bisa
ganggu status sel.
Regulasi sel eukariot
kalo Prokariot kan: respon ke stimulus eksternal (ex: makanan, enzim)
nah kalo Eukariot : respon ke stimulus eksternal dan internal juga (ex:
hormon yg diproduksi sel, growth factor)
Eukariot : dalam satu sekuens gen, hanya satu gen yang diekspresikan dalam
satu waktu
Eukariot : satu sel spesifik hanya mengekspresikan gen tertentu.
Cara mengontrol jumlah produk dari ekspresi gen :
1. Laju transkripsi : makin cepat mRNA dibentuk, makin cepat produk
terbentuk, jadi kudu dihambat.
2. Degradation mRNA : kalau mRNA cepat didegradasi, produk yg dihasilkan
makin sedikit.
3. Processing mRNA : kalau dihambat dan makin lambat kan produknya jadi
makin sedikit.
4. Laju Translasi : kalau dihambat ya makin sedikit produknya.
Titik berat ekspresi gen : ada di transkripsi, karena apabila ada kesalahan dapat
langsung direpair karena belum terbentuk protein dan energi yg digunakan belum
terlalu banyak.
Gene Expression in Bacteria
LAC OPERON : Bakteri itu punya operon, contohnya lac operon (ada di hal
atas). Biar efisien, lac operon hanya diekspresikan bila ada laktosa, alasannya
sama: biar ga buang-buang energi
Mekanismenya :
1. Transkripsi rendah bila tidak ada laktosa
Lac I produksi repressor buat nempel di promotor gen. Repressor itu akan
menghambat penempelan RNA polimerase di promotor gen.

2. Transkripsi meningkat bila ada laktosa

Allolactosa akan menempel pada repressor biar dia lepas dari promotor.
Karena promotor uda bebas hambatan, maka RNA polimerase bisa nempel
dan transkripsi terjadi.
3. Transkripsi berhenti waktu laktosa sudah habis
Kalau sudah habis, allolactosa sendiri akan dimetabolisme oleh
betagalaktosa sehingga repressor bebas kembali menempel di promotor.
4. Transkripsi menurun bila ada laktosa dan glukosa
Glukosa akan menghambat kerja enzim adenylate cyclase yg memproduksi
cAMP. (baca skema di halaman atas)
GEN HUMAN METALLOTHIONEIN : melindungi dari efek paparan logam
berat.
Punya 4 tipe upstream site :
TATA Box : sbg promotor atau tempat dimana RNA polimerase menempel
pada gen.
Upstream Promotor Elements (UPEs) : berupa GC box atau CAAT box yg
akan mengikat protein yg mengaktivasi trasnskripsi.
Enhancer : aktivator dari transkripsi, lebih panjang dari UPEs
Transient Response Element : aktivator transkripsi dalam rentang waktu
tertentu. Pada gen metallothionein, logam berat akan membentuk kompleks
dg protein sehingga mereka bisa berikatan dg metal response element. Ikatan
ini akan memulai pengekspresian dari gen metallothionein.
CONTOH Motif Ikatan DNA (DNA binding protein) :
Helix turn helix
Homeodomain
20 asam amino
Punya 2 alpha helix pendek
Punya DNA recognition helix
Glycine sbg helix breaker
Recognition helix dg alpha helix 2 membentuk sudut 90o
Zinc Fingers
Ex : Cys4, Cys2, Hys2 zinc finger
Tidak berinteraksi dg DNA, tapi dg RNA
Dalam satu baris terdapat banyak zinc finger
Basics domain
Ex : leucine zipper factor (bZIP), Basic helix-loop-helix (bHLH)

regio dasar yg berikatan dg DNA

umumnya berperan sbg dimer atau multimer
struktur alpha helix berupa coiled-coil
salah satu sisi helix punya residu hydrophobic (Leucine)
contoh leucine zipper : Jun dan Fos