Seleksi adalah prosedur pemuliaan yang meliputi identifikasi dan
perbanyakan suatu genotip atau populasi campuran atau populasi segregasi hasil hibridisasi.
Salah satu metode seleksi pada keturunan hasil persilangan menyerbuk
sendiri adalah seleksi pedigree atau seleksi silsilah. Metode ini paling sering digunakan khususnya untuk generasi F2. Pencatatan setiap anggota populasi bersegregasi hasil persilangan merupakan ciri dari seleksi silsilah. Pencatatan berguna untuk mengetahui silsilah atau hubungan tetua dengan turunannya. Jika dibandingkan metode lain, metode ini memerlukan bakat/talenta/kemampuan dari pemulia.
Metode ini dikatakan silsilah (pedigree) karena pencatatan dilakukan pada
setiap anggota populasi bersegregasi dari hasil persilangan. Seleksi pedigree diperlukan untuk menyatakan dua galur tersebut serupa dengan mengkaitkan terhadap individu tanaman generasi berikutnya. Seleksi pegidree dapat diterapkan bila sifat yang diseleksi memiliki nilai heritabilitas yang tinggi dan diseleksi pada populasi yang bersegregasi. Karakter-karakter yang memenuhi kriteria tersebut adalah karakter kualitatif. Sedangkan, untuk karakter kuantitatif umumnya memiliki nilai heritabilitas rendah sehingga kurang efektif dilakukan perbaikan dengan menggunakan seleksi pedigree. Seleksi pedigree untuk perbaikan sifat- sifat kuantitatif biasanya dilakukan secara tidak langsung. Dalam hal ini seleksinya dilakukan pada karakter lain yang nilai heritabilitasnya tinggi dan berkorelasi positif serta berkaitan erat dengan hasil. Dalam hal ini kemajuan seleksi (KS) merupakan perbandingan lurus antara intensitas seleksi yang dibakukan (i), akar kuadrat heritabilitas karakter yang diseleksi (h) dan korelasi genetik sifat yang diseleksi dengan hasil (rg) dapat ditulis dengan rumus:
KS = I h rg
Tujuan metode seleksi pedigree adalah untuk memperoleh varietas baru
dengan mengkombinasikan gen-gen yang diinginkan yang ditemukan pada 2 genotipe atau lebih. Rekombinasi dari dua genotype atau lebih tersebut diharapkan menghasilkan keturunan yang lebih baik dan lebuh unggul dibandingkan rata-rata tetuanya. Tetua yang dipilih harus memiliki karakter yang diinginkan, diatur oleh gen yang memiliki potensi untuk digabungkan. Secara umum, salah satu tetua dipilih karena sudah bradaptasi dan diterima oleh masyarakat, karakter komponen yang tidak dimiliki oleh tetua lain, missal ketahanan terhadap penyakit. Pada saat melakukan persilangan, hal-hal yang harus diperhatikan yaitu 1. Ukuran populasi, untuk memperkirakan berapa F1 yang akan dihasilkan dan berapa F2 yang diinginkan. Hal ini berkaitan dengan berapa gen yang mengontrol karakter tersebut, 2. Tergantung pada kombinasi persilangan yang akan membentuk beberapa famili, 3. Persilangan dapat dilakukan di lapang atau rumah kaca, 4. Luas lahan yang tersedia, dan 5. Kemampuan pelaksana lapang.