KIMIA MEDISINAL
HUBUNGAN KUANTITATIF STRUKTUR AKTIVITAS
BIOLOGIS OBAT
OLEH
NIM : 821415065
Dewi Wijayanti
BAB I
PENDAHULUAN
I.1 Latar Belakang
Perkembangan kimia komputasi menawarkan sebuah solusi dalam
desain senyawa obat baru. Salah satu metode kimia komputasi yang
populer dalam desain obat adalah Hubungaan Kuantitatif Struktur-
Aktivitas (HKSA). Hubungan kuantitatif struktur dan aktivitas biologis
obat (HKSA) merupakan bagian penting rancangan obat, dalam usaha
mendapatkan suatu obat baru dengan aktivitas yang lebih besar,
keselektifan yang lebih tinggi, toksisitas atau efek samping sekecil
mungkin dan kenyamanan yang lebih besar. Selain itu dengan
menggunakan model HKSA, akan lebih banyak menghemat biaya atau
lebih ekonomis, karena untuk mendapatkan obat baru dengan aktivitas
yang dikehendaki, faktor coba-coba ditekan sekecil mungkin sehingga
jalur sintesis menjadi lebih pendek.
Dalam mempelajari aktivitas suatu obat dengan metode
Quantitative Structure Activity Relationship (QSAR) atau Hubungan
Kuantitatif Struktur Aktivitas (HKSA), diperlukan parameter-parameter
fisika kimia tertentu yang berkaitan, sehingga dapat digunakan untuk
memprediksi molekul obat baru yang lebih potensial. Ada tiga macam
parameter fisika kimia, yaitu parameter hidrofobik, efek elektronik, dan
efek sterik.
Sampai saat ini ,hubungan kuantitatif antara aktivitas biologis dan
parameter yang menggambarkan perubahan sifat kimia fisika, yaitu
parameter hidrofobik, elektronik dan sterik, pada suatu seri molekul, mulai
dikembangkan secara lebih intensif. Pengembangan atau adanya
Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktivitas (HKSA) ini dapat menunjang
interaksi obat-reseptor dan meramalkan jalur sintesis obat yang lebih
menguntungkan.
I.2 Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang yang ada, maka perumusan masalah
dalam makalah ini adalah sebagai berikut:
1. Apa pengertian dari Quantitative Structure Activity Relationship
(QSAR) atau Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas (HKSA) ?
2. Apa saja metode yang digunakan dalam kajian HKSA ?
3. Bagaimana pendekatan dalam model HKSA ?
4. Bagaimana analisis statistik menggunakan HKSA ?
I.3 Tujuan
Dalam penulisan makalah ini terdapat beberapa tujuan yang ingin
didapat, antara lain:
1. Mahasiswa dapat mengetahui pengertian tentang Hubungan Kuantitatif
Struktur-Aktifitas (HKSA) atau Quantitative Structure Activity
Relationship (QSAR)
2. Mahasiswa dapat mengetahui metode yang digunakan dalam
Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktifitas
3. Mahasiswa dapat mengetahui pendekatan dalam model Hubungan
Kuantitatif Struktur-Aktifitas dan dapat memberikan contoh
penggunaan pemodelan molekul dalam menentukan Hubungan
Kuantitatif Struktur dan Aktivitas (HKSA) obat dengan sifat suatu
senyawa
4. Mahasiswa dapat mengetahui bagaimana analisis statistik
menggunakan Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktifitas.
BAB II
TINJAUAN PUSTAKA
II.1 Pengertian
Hubungan Kuantitatif Struktur Aktivitas (HKSA), merupakan salah
satu bidang kajian kimia yang meng-hubungkan sifat struktur dengan
aktivitas obat suatu senyawa. Kimia komputasi dapat digunakan sebagai
data prediktor teoritis seperti muatan atom, dipol dan spektra senyawa
untuk digunakan sebagai masukan dalam menghasilkan persamaan HKSA.
Jika persamaan HKSA telah dihasilkan, maka dapat didesain suatu
senyawa dengan aktivitas tertentu dan memberikan prediksi tersebut
kepada ilmuwan sintesis untuk mensintesis senyawa tersebut. Berikut
beberapa pengertian HKSA menurut beberapa ahli :
1. Menurut Crum, Brown, dan Fraser (1869)
Hubungan Kuantitatif Struktur-Aktifitas adalah aktivitas
biologis alkaloida alam, seperti striknin, brusin, tebain, kodein, morfin
dan nikotin akan menurun atau hilang bila direaksikan dengan matil
iodida è efek biologis suatu senyawa (ɸ) merupakan fungsi dari
struktur kimianya (C).
2. Menurut Overton (1897) dan Mayer (1899)
Hubungan Kuantitatif Struktur Aktifitas adalah efek narkosis
senyawa-senyawa yang mempunyai struktur kimia bervariasi
berhubungan dengan nilai koefisien partisi lemak/air.
3. Menurut Ferguson (1939)
Hubungan Kuantitatif Struktur Aktifitas adalah aktivitas
bakterisid turunan fenol mempunyai hubungan linier dengan kelarutan
dalam air.
4. Menurut Corwin Hansch dkk (1963)
Hubungan Kuantitatif Struktur Aktifitas adalah
menghubungkan struktur kimia dan aktivitas biologis obat melalui
sifat-sifat kimia fisika è kelarutan dalam lemak (lipofilik), derajat
ionisasi (elektronik), dan ukuran molekul (sterik).
2) Parameter hidrofobik
3) Parameter elektronik
4) Parameter sterik
Harga optimum MR4 (4,7) dan p3 (2,9) didapatkan dari turunan parsial dari
persamaan. Perlu diperhatikan bahwa jumlah senyawa dalam kumpulan data
telah direduksi menjadi 244. Hansch dan Silipo melaporkan peningkatan
harga r dan s dengan menghilangkan 12 senyawa yang tidak dapat diprediksi
dengan aktor 10 atau lebih.
Penggunaan QSAR klasik diperluas selama tahun 1960 yaitu sebagai cara
dalam mempelajari korelasi aktivitas dengan sifat kimia. Namun demikian,
terdapat berbagai bidang yang tidak dapat menerapkan konsep QSAR atau
mereka akan salah dalam menghasilkan korelasi yang ber-manfaat. Hal ini
termasuk situasi yang terjadi karena aktivitas harus didapatkan dengan
penentuan geometri 3-dimensi (3-D), yaitu kumpulan penguji yang jelek dari
senyawa diguna-kan atau sekumpulan senyawa terlalu sedikit atau tidak
cukup terdispersi dan jika aktivitas biologis tidak dapat diukur dengan baik.
Beberapa masalah ini mengarah pada ekstensi metode Hansch dan
membangun pendekatan alternatif pada QSAR.
Ada suatu kasus yang ditandai oleh harga aktivitas biologis yang tidak
dapat secara akurat ditentukan dengan berbagai alasan, misalnya dalam
sensitifitas pada sistem pengujian. Teknik statistik alternatif dapat digunakan
dalam hal ini. Masalah ini disederhanakan pada skema klasifikasi dalam
katagori senyawa dengan label aktif, aktif sebagian, tidak aktif dan lain-lain.
Kumpulan data hasil, kemudian dicari untuk sifat yang diprediksi dengan
kategori tersebut. Metode yang menggunakan cara analisis seperti ini adalah
SIMCA (Soft, Independent Modeling of Class Analogy), ADAPT (Automated
Data Analysis by Pattern Recognation Techniques), CASE (Computer
Automated Struktur Evaluation) dan CSA (Cluster Significance Analysis).
Analisa regresi linier bila dilihat dari jumlah variabel bebas yang
digunakan, terbagi menjadi dua yaitu analisa regresi linier tunggal yang
menggunakan satu variabel bebas dan analisa regresi multi linier
(Multilinier Regresion) yang menggunakan lebih dari satu variabel bebas.
Analisis Regresi multilinier (Multi Linear Regression, MLR) dalam HKSA
menghubungkan satu/lebih variabel bebas X (disebut prediktor/deskriptor)
dengan suatu variabel tak bebas Y (aktivitas biologis). Variabel tak bebas
Y mengandung suku nilai kesalahan (error, e), sedangkan variabel bebas X
disusun untuk tidak mengandung kesalahan apapun.Dalam kenyataannya,
hal ini hanyalah suatu pendekatan saja karena parameter sifat fisikokimia
mengandung kesalahan eksperimental, walau lebih kecil dibanding
kesalahan eksperimental pada aktivitas biologis. Dalam banyak
kasus,kesalahan yang terjadi pada variabel bebas telah diketahui
(terprediksi) atau mempunyai nilai konstan.Perhitungan regresi linier
digunakan untuk mencari hubungan antara aktivitas biologis dengan satu
parameter kimia fisika atau lebih. Ada analisis korelasi antar variabel yang
terjadi, data parameter fisika kimia digunakan sebagai variabel bebas
dikaitkan dengan aktivitas antiradikal biologis sebagai variabel tidak
bebas. Pembahasan korelasi antar variabel digunakan untuk melihat
bagaimana hubungan antar variabel sesungguhnya dari awal. Arah korelasi
positifmenunjukkan bahwa variabel tersebut sebanding dengan aktivitas,
sedangkan arah korelasi negatif menunjukkan pengaruh yang berlawanan.
Analisis statistik yang menggunakan Principal Component Regression
(PCR) Analisis PCR diawali dengan analisis faktor (PCA) dengan analisis
reduksi variabel-variabel bebas. Analisis ini dilakukan dengan
memasukkan seluruh variabel bebas, kemudian akan didapatkan sebuah
komponen matriks baru. Analisis PCA digunakan untuk menentukan
jumlah komponen matrik yang akan digunakan. Bobot dari komponen
yang diperoleh digunakan untuk menghitung nilai variabel laten (sesuai
jumlah komponen) sehingga diperoleh matriks baru.Analisis MLR secara
eksak adalah prosedur perhitungan matematis biasa untuk fitting data.
Teknik fitting data ini akan melakukan minimisasi harga selisih dari nilai
kesalahan total (random error).Analisa regresi nonlinier terdiri dari
Genetic Algorithm dan Neural Network.
3.2 Saran