KIMIA MEDISINAL

Sekolah Tinggi Farmasi

Muhammadiyah Tangerang

Junaidin, S.Farm., M.Si., Apt.

HUBUNGAN KUANTITATIF
STRUKTUR AKTIVITAS
Pendahuluan
Konsep bahwa aktivitas biologis suatu senyawa
berhubungan dengan struktur kimia

Crum, Brown, dan Fraser (1869)

Postulat bahwa efek biologis suatu senyawa (Ø) merupakan fungsi dari
struktur kimianya (C)

Ø = f (C)
Cont’
 Richet (1893) melakukan studi toksisitas turunan eter, alkohol,
aldehid, dan keton, kemudian menyimpulkan bahwa ada hubungan
antara derajat aktivitas dari turunan senyawa diatas dengan
kelarutan dalam air

 Overton (1897) & Meyer (1899) melakukan studi terhadap

beberapa senyawa yang mempunyai struktur kimia bervariasi dan
menyimpulkan bahwa efek narkosis dari senyawa-senyawa tersebut
berhubungan dengan nilai koefisien partisi lemak/air

 Ferguson (1939) menunjukkan bahwa aktivitas bakterisid turunan

fenol mempunyai hubungan linear dengan kelarutan dalam air, dan
memberikan postulat bahwa aktivitas biologis obat yang
berstruktur tidak spesifik tergantung pada aktivitas termodinamik
HKSA/ QSAR
 QSAR (Quantitative Structure Activity Relationship)

 Merupakan hubungan antara struktur kimia dengan aktivitas

biologis.

 QSAR melibatkan penurunan rumus matematis yang berhubungan

dengan aktivitas biologis dari suatu komponen melalui pengukuran
parameter fisikokimia. Parameter tersebut memiliki pengaruh
besar terhadap aktivitas obat.
 Secara singkanya perhitungan QSAR :

Aktivitas biologis = fungsi (parameter)

 Aktivitas dinyatakan sebagai log (1/C). C merupakan konsentrasi

minimum yang diperlukan untuk dapat menyebabkan respon
biologis tertentu.
Cont’
 Pendekatan HKSA mulai berkembang dengan pesat
setelah tahun 1600-an, dengan dipelopori oleh Corwin
Hansch dan kawan-kawan yang menghubungkan
struktur kimia dan aktivitas biologi obat melalui sifat-
sifat kimia fisika umum seperti kelarutan dalam lemak,
derajat ionisasi, atau ukuran molekul

 Hubungan kuantitatif antara aktivitas biologis dan

parameter yang menggambarkan perubahan sifat kimia
fisika, yaitu parameter hidrofobik, elektronik, dan sterik
pada suatu seri molekul mulai dikembangkan secara
lebih intensif
Model QSAR
Klasifikasi HKSA/QSAR

• Hansch Analysis
1D-QSAR • Free-Wilson Method

2D-QSAR • Analisis Pengenalan Pola

• Deskripsi Molecular Properties

3D-QSAR dengan menggunakan Field
HKSA-1D
Ada beberapa model pendekatan HKSA

HKSA 1D

Model Free-Wilson Model Hansch

Model Pendekatan Free-Wilson
 Metode analisis Free-Wilson merupakan prosedur alternatif dari analisis analisis Hansch
(Free and Wilson, 1964).
 Metode analisis yang juga disebut teori kontribusi gugus atau metode de novo ini
didasarkan pada asumsi bahwa sumbangan variasi substitusi gugus-gugus dalam struktur
senyawa induk memberikan kontribusi secara linier terhadap aktivitas biologis.
 Respon biologis merupakan sumbangan aktivitas dari gugus-gugus substituen terhadap
aktivitas biologis senyawa induk
Con’t
 Pada subtitusi bermacam-macam gugus pada daerah/ zona yang berbeda dalam struktur
senyawa induk, maka

 Jumlah senyawa yang disintesis merupakan hasil kali jumlah substituen pada tiap-tiap zona
dari senyawa induk
Contoh Model Free-Wilson
Potensi Penghambatan in vitro beberapa turunan 6-deoksitetrasiklin
terhadap Staphylococcus aureus

Struktur Umum

 Aktivitas antibakteri
ditentukan dengan metode
kekeruhan
 Ativitas biologis (log 1/C)
diatas dibandingkan dengan
aktivitas tetrasiklin
Model Pendekatan HANSCH
 Metode Hansch di kembangkan oleh corwin hansch pada tahun 1964.
 Metode Hansch mengemukakan suatu konsep bahwa hubungan struktur kimia
dengan aktivitas biologis (log 1/C) suatu turunan senyawa dapat dinyatakan
secara kuantitatif melalui parameter-parameter sifat kimia fisika dari substituen
yaitu parameter hidrofobik, elektronik, dan sterik
 Model pendekatan ini disebut juga model hubungan energi bebas linier (LEFR)
 Pendekatan hubungan struktur-aktivitas melalui parameter sifat kimia fisika oleh
Hansch dinyatakan melalui persamaan regresi linier dibawah ini:

log 1/C = a Σ π + b Σ σ + c Σ ES + d
Ket:
C = kadar untuk respon biologis baku
Σ π, Σ σ, Σ ES = sumbangan sifat lipofilik, elktronik, dan sterik dari gugus-gugus
terhadap sifat-sifat senyawa induk yang berhubungan dengan aktivitas biologis
A, b, c, d = bilangan (tetapan) yang didapat dari perhitungan analisis regresi
linier
Con’t
 Contoh HKSA model Hansch yaitu hubungan struktur dan aktivitas turunan
kloramfenikol terhadap staphylococcus aureus
Free-Wilson VS Hansch
Dalam hubungan struktur aktivitas, model Hansch lebih berkembang dan
lebih banyak digunakan dibanding model de novo Free-Wilson oleh karena:

Lebih sederhana

Konsepnya secara langsung berhubungan dengan prinsip

kimia fisika organik yang sudh ada

Data parameter sifat kimia fisika substituen sudah banyak

tersedia dalam tabel-tabel

Model Hansch sudah banyak menjelaskan HSA suatu turunan

obat
Con’t
Model de novo Free-Wilson kurang populer dibanding model Hansch oleh
karena:

Keterbatasan untuk dapat menarik kesimpulan

secara umum

Memerlukan turunan senyawa yang banyak

untuk menarik kesimpulan

Tidak dapat digunakan untuk HSA yang bersifat

tidak linier
Free-Wilson VS Hansch
 Keuntungan penggunaan model Free-Wilson dibanding model Hansch
dalam studi HKSA antara lain adalah pengerjaannya yang cepat,
sederhana dan murah; tidak memerlukan informasi tentang tetapan
substituen seperti π, σ dan Es; lebih efektif terutama jika uji biologis
lebih lambat dibanding sintesis senyawa turunan, dan jika tidak terdapat
tetapan substituen (Seydel,1990).

 Kelemahan
 Model de novo ini kurang berkembang karena tidak dapat digunakan
bila efek substituen bersifat tidak linear/ bila ada interaksi antar
substituen
 Model ini memerlukan banyak senyawa dengan kombinasi substituen
yang bervariasi untuk dapat menarik kesimpulan yang benar
Analisis Statistik dalam HKSA
Model Hansch
 Perhitungan statistik yang sering digunakan dalam HKSA
melalui parameter-parameter kimia fisika adalah
analisis regresi linier dan non-linier
 Perhitungan statistik dengan bantuan komputer dapat
menggunakan program QSAR, Microsat, Statistica, dan
SPSS
Regresi Linier
 Perhitungan regresi linier digunakan untuk mencari hubungan
antara aktivitas biologis dengan satu parameter kimia fisika/ lebih

Y= aX + b
Ket: Y = aktivitas biologis
X = parameter kimia fisika
a, b = koefisien regresi

 Regresi linier untuk dua dan tiga parameter kimia fisika dapat dinyatakan
melalui persamaan berikut:
Y = aX1 + bX2 + c
Y = aX1 + bX2 + cX3 + d
Regresi Non-Linier
 Regresi non-linier untuk satu parameter kimia fisika dapat dinyatakan
melalui persamaan berikut:
Y = a(X)2 + bX + c

 Regresi non-linier untuk dua dan tiga parameter kimia fisika dapat
dinyatakan melalui persamaan berikut:

Y = -a(X1)2 + bX1 + cX2 + d

Y = -a(X1)2 + bX1 + cX2 + dX3 + e
Kriteria Statistik
Keabsahan persamaan yang diperoleh dan arti perbedaan parameter yang digunakan
dalam hubungan struktur aktivitas model Hansch

Kriteria
statistik

Nilai r Nilai r2 Nilai f Nilai t Nilai s

Nilai r
 Nilai r (koefisien korelasi) menunjukkan tingkat hubungan antara data
aktivitas biologis pengamatan percobaan dengan data hasil perhitungan
berdasarkan persamaan yang diperoleh dari analisis regresi.
 Koefisien korelasi adalah angka yang bervariasi mulai dari 0 sampai 1.
 Semakin tinggi nilainya semakin baik hubungannya.
 Semakin banyak jumlah data penelitian semakin rendah koefisien
korelasi yang dapat diterima. Dalam penelitian hubungan struktur-
aktivitas dicoba dicapai suatu nilai r yang lebih besar dari 0,9
Nilai r2
 Nilai r2 menunjukkan berapa % aktivitas biologis yang dapat dijelaskan
hubungannya dengan parameter sifat kimia fisika yang digunakan

 Contoh: suatu hubungan yang mempunyai koefisien korelasi (r) = 0,990

berarti dapat menjelaskan (0,990)2 x 100% = 98% dari variasi antar data
Nilai F
 Nilai F menunjukkan kemaknaan hubungan bila dibandingkan dengan
tabel F. Makin besar nilai F makin besar derajat kemaknaan hubungan.

 Nilai F adalah indikator bilangan untuk menunjukkan bahwa hubungan,

yang dinyatakan oleh persamaan yang didapat, adalah benar atau
merupakan kejadian kebetulan.

 Semakin tinggi nilai F semakin kecil kemungkinan hubungan tersebut

adalah karena kebetulan.
Nilai t & Nilai S
 Nilai t menunjukkan perbedaan koefisien regresi a, b, c, dan d dari
persamaan regresi bila dibandingkan dengan tabel t

 Nilai s (simpangan baku) menunjukkan nilai variasi kesalahan dalam

percobaan
 2D-QSAR

Hubungan aktivitas dan struktur, dimana pengukuran berdasarkan subset

molekul dalam suatu training set (kumpulan beberapa molekul) yang memiliki
aktivitas aktif (full maupun parsial hingga inaktif). Pengukuran dilakukan dengan
test set yang dapat digunakan untuk memvalidasi melalui prediksi algoritma yang
dikembangkan melalui studi training set.

Training set dikarakterisasi melalui berbagai descriptor, antara lain :

1. Geometric descriptors : Panjang ikatan, sudut ikatan, torsi
2. Electronic descriptors : dipole molekul, energi
3. Topological descriptors : indeks teori graph, indeks Ad Hoc
4. Physicochemical descriptors : koefisien partisi, jumlah ikatan hidrogen

Perhitungan dari descriptor tersebut dilakukan menggunakan

MM(Molecular Mechanic) dan QM (Quantum Mechanics).
 3D-QSAR

3D-QSAR diawali dengan suatu seri senyawa yang sudah diketahui

struktur dan aktivitas biologisnya. Langkah-langkah dalam 3D-QSAR :
1. Mensejajarkan (align) struktur molekul.
Dilakukan dengan aligned algorithms yang merotasi dan menerjemahkan
molekul dalam suatu koordinat ruang Cartesian sehingga sejajar dengan
molekul lain. Analog yang paling rigid disejajarkan dengan molekul yang
memiliki konformasi lebih fleksibel, begitu seterusnya. Hasil akhirnya adalah
semua molekul ter”align”.
2. Setelah semua molekul dalam training set ter”align”, selanjutnya dilakukan
perhitungan bidang molekuler (moleculer field) berdasarkan titik grid pada
ruang. Berbagai bidang molekul terdiri dari descriptor field yang mencerminkan
sifat molekul seperti faktor sterik dan potensial elektrostatik.
3. Masing-masing field points kemudian dicocokkan untuk memprediksikan
aktivitas biologisnya. Perhitungan ini dilakukan menggunakan algoritma partial
least-squares (PLS).
 Berdasarkan hasil Perhitungan PLS, dua potongan informasi
disimpulkan untuk setiap daerah pada ruang dalam bidang molekuler
suatu molekul.
Potongan 1 : Menentukan apakah daerah pada ruang berkorelasi
dengan aktivitas biologis ?
Potongan 2 : Menentukan apakah gugus fungsi molekul dalam daerah
pada ruang seharusnya bulky, aromatis, pendonor elektron, penarik
elektron, dll.
Prediksi dari perhitungan bidang molekul ini selanjutnya
divalidasi dengan mengaplikasikan tes set senyawa.
CoMFA (Conformational Molecular Field
Analysis )
• Merupakan salah satu metode 3D QSAR.
• Menyediakan nilai sterik dan elektrostatik selain
parameter cLogP.
• Dalam analisis CoMFA, ligan ditempatkan pada
suatu kisi 3D, kemudian dihitung nilai sterik dan
elektrostatik ligan di berbagai titik grid pada kisi.
• Hasil matriks dianalisis menggunakan PLS (Partial
Least Squares)
CoMSIA (Comparative Molecular
Similarity Indices Analysis)

• Metode 3D QSAR yang memiliki deskriptor lebih baru.

• CoMSIA mulai dikembangkan di Jerman oleh Klebe, dkk.
• Metode ini memperhitungkan : Sterik, elektrostatik, donor hidrogen,
akseptor hidrogen, dan hidrofobik.
• Persamaan untuk menghitung indeks kesamaan :

A = indeks kesamaan pada grid point q (menyimpulkan

keseluruhan atom I pada suatu molekul j)
Wprobe,k = probe atom pada radius 1 Å charge+1, hydrophobicity +1,
hydrogen bond donating +1, hydrogen bond accepting +1.
Wik = Nilai fisikokimia yang sebenarnya (k) dari atom i, riq
merupakan jarak antar atom pada grid point q, dan atom i,
pada molekul yang diuji.
Terima Kasih