Contoh: Tranil sipromin, senyawa penghambat monoamine oksidase (MAO) yang poten
diubah menjadi amfetamin, senyawa perangsang sistem saraf pusat yang poten, dengan
aktivitas penghambat MAO seper lima ribu dari aktivitas transilpiromin.
Transilpiromin Amfetamin
3. Mengganti bagian yang kurang penting dan mempertahankan gugus fungsi yang ada.
Prinsip dari modifikasi struktur yaitu mempertahankan gugus farmakofor yang ada,
sehingga modifikasi dilakukan pada gugus yang jauh dari gugus farmakofor, dan ini pada
umumnya berhubungan dengan sifat lipofilik yang akan mempengaruhi proses distribusi
senyawa dalam tubuh.
Contoh: pengembangan senyawa morfin sebagai analgesik narkotik.
Gugus fungsi dari turunan analgesik narkotik ada empat yaitu: cincin aromatic, cincin
piperidin, atom N tersier bermuatan positif, dan atom C kuartener( tidak mengikat atom
H). Dalam modifikasi struktur morfin keempat gugus farmakofor diatas harus
dipertahankan dan modifikasi dilakukan di posisi yang berjauhan dengan gugus tersebut.