Armada Spanyol yang semula berangkat dari negerinya kea rag barat ternyata akhirnya sampai juga ke dunia Timur. Mereka pada tahun 1521 sampai di Filipina dan kemudian sampai pula di kepulauan Maluku, yakni di Tidore pada tahun 1522. Tanpa terduga sebelumnya, armada spanyol dan Portugis yang semula berlayar bertentangan arah ternyata bertemu di Maluku. Agar tidak timbul perselisihan yang berkepanjangan akhibat perebutan wilayah kekuasaan anatara kedua bangsa itu. Maka kemudian di adakan perjanjian Saragosa pada tanggal 22 April 1529. Berdasarkan perjanjian itu, Portugis menguasai wilayah Nusantara sampai ke Irian, sedangkan wilayah kekuasaan Spanyol adalah dari sebelah timur Irian termasuk juga Filipina terus ke timur. Dengan perjanjian itu, maka spanyol harus keluar dari wilayah Indonesia dan wilayah Nusantara ini kemudian sepenuhnya berada di bawah kekuasaan Portugis.
3. Penjajahan Belanda ( 1596 – 1942 )
Armada dagang Belanda di bawah pimpinan Cornelis de Houtman pertama kali sampai ke kepulauan Nusantara pada tahun 1596 ketika mereka berlabu di Banten yang pada saat itu merupakan sebuah kerajaan besar. Kedatangan Belanda ke tanah air ini pada mulanya adalah untuk mencari barang – barang dagangan ( rempah – rempah ) yang akan dijual ke pasar Eropa. Seperti halnya Portugis ternyata Belanda kemudian bukan sekedar ingin berdagang biasa, melainkan ingin menguasai dan menjajah Indonesia. Kedatangan Belanda pada tahun 1596 itu sebagai awal penjajahan Belanda di Indonesia yang berlangsung kurang lebih 350 tahun. Dalam rangka mengurus kepentingan dagang dan agar terjadi persaingan di antara para pedagangnya sendiri, maka Belanda kemudian mendirikan persekutuan dagang yang bernama VOC ( Vereeningde Oost – Indische Compagnie Persatuan dagang India – Timur ) atau yang lebih di kenal dengan nama Kompeni yang dibantu oleh Pemerintah Belanda. VOC inilah yang kemudian menguasai dan mengeksploitasi ekonomi di Indonesia dari tahun 1602 – 1799. VOC ini selain memiliki kekuasaan untuk memonopoli perdagangan saja tapi mereka juga memiliki kekuatan militer untuk menghadapi perlawanan dan persaingan dagang. Ketika terjadi perselisihan antara Pangeran Jayakarta dan Banten dengan Belanda pada tahun 1619, kota Jayakarta dibakar oleh Belanda di bawah pimpinan Jan Pieterzoon Coen. Pada tahun 1619 itu Belanda kemudian membangun kota di atas puing – puing Jayakarta yang diberi nama Batavia. Kekuasaan Belanda atas Indonesia pada tahun 1799 di ambil alih Pemerintah Belanda dari VOC. Hal itu karena VOC mengalami kerugian yang besar yang menyebabkan ia bangkrut dan dibubarkan. Jadi jika sebelumnya penjajahan Belanda atas Indonesia dilakukan oleh sebuah perkumpulan dagang ( VOC ), maka sejak tahun 1799 secara resmi dilakukan oleh Pemerintah Belanda.