Sejarah desa Wonokerto tidak terlepas dari sejarah Malang Selatan. Sekitar abad ke- 16, sekelompok orang menemukan suatu daerah yang terletak di sebelah selatan sungai Lesti. Daerah tersebut diapit oleh bukit yang disebut Gunung Kendeng. Daerah tersebut berupa hutan belantarayang di tengahnya terdapat banyak pohon kelapa. Kemudian hutan tersebut ditebang dan dipergunakan sebagai pemukiman. Daerah tersebut dinamakan Wonolopo, dari susunan kata “Wono” yang berarti hutan dan “Lopo” yang berarti kelapa. Dengan demikian, Wonolopo dapat diartikan dengan hutan kelapa. Di daerah Wonolopo terdapat empat dusun. Pertama, dusun krajan sebagai pusat pemerintahan saat itu. Kedua, dusun Wonogiri yang berasal dari kata “Wono” yang artinya hutan dan “Giri” yang artinya gunung. Maka, Wonogiri berarti hutan di pegunungan. Ketiga, dusun Gampingan yang berasal dari kata “Gamping” yang dikaitkan dengan keberadaan Pegunungan Batu Kapur. Pegunungan tersebut berada di sebelah selatan dusun Gampingan. Dalam istilah jawanya disebut Batu Gamping. Keempat, dusun Gumukmojo yang berasal dari kata “Gumuk yang berarti gunung kecil dan “Mojo” yang artinya hutan mojo. Mojo adalah nama buah yang tumbuh di daerah hutan tersebut. Daerah Wonolopo sekian lama semakin bertambah penduduknya. Daerah tersebut dianggap telah memenuhi syarat sebagai sebuah desa. Maka secara formal, pada tahun 1870 dibentuk menjadi desa. Masyarakat yang menempati daerah tersebut bersepakat memberi nama desa itu Wonokerto. Nama tersebut berasal dari kata “Wono” yang artinya hutan dan “Kerto” yang berarti ramai. Maka, Wonokerto berarti hutan yang ramai. Tetapi, sampai sekarang masih banyak sekali orang di luar daerah. Terutama yang usianya sudah tua masih menyebut desa Wonokerto dengan sebutan Wonolopo. Atau dengan kata lain, popularitas Wonolopo masih melekat sampai saat ini. Ini dibuktikan juga saat kita akan naik angkutan umum menuju desa Wonokerto. Para penumpang atau kenek dan sopir masih menyebut Wonokerto dengan sebutan Nolopo atau Wonolopo. Demikian desa ini sejak awal bernama desa Wonolopo dengan Kepala Desa yang masa jabatannya masih belum baku. Setelah diterapkannya UU No. 5 Tahun 1979, sistem pemerintahannya disesuaikan dengan UU dan Peraturan yang berlaku. Adapun kepemimpinan kepala desa yang pernah menjabat antara lain, Kyai Kasan Mustar (1870); Semono; H. Nursidik; Djamad (1930-1947); Djojodinomo (1947-1967); Saleh (1967-1972) S.Rachmad (1972-1978); H. M. Kastari (1978-1999); H. Ali Mas’ud (1999-2007); H. Mudjiono (2007- 2013); H. Ali Mas’ud ( 2013-2019).