Tugas Mikrobiologi Industri

Kevin Nataniel Sutanto : Mengambil laptop di rumah, dan mengerjakan bagian di classification bagian
klasifikasi eukariot, dan klasifikasi mikroorganisme secara umum

Gladys Elvina Antou &Wafanda Aina : Mengambil laptop di kos, dan mengerjakan classification pada
bagian 273 - 278

CLASSIFICATION OF MICROORGANISMS
Sebelum kehidupan dari mikroba diketahui, semua organisme dikelompokan hanya dalam 2 bagian
yaitu kingdom animal dan plantae. Kemudian dalam 1978 Carl Woose menciptakan system klasifikasi
berdasarkan organisasi seluler dari organisme. Pembagian grupnya dibagi dalam 3 domain yaitu:
1. Bacteria : dinding sel mengandung kompleks protein – karbohidrat yang disebut peptydoglycan)
2. Archaea : dinding sel, jika ada sangat minimal dalam peptydoglycan
3. Eukarya : dibagi lagi dalam beberapa subdomain seperti berikut
a. Protists
b. Fungi
c. Plants
d. Animals

Hewan, tumbuhan, jamur, dan protista adalah kerajaan di Domain Eukarya. Bakteri berada dalam
domain yang mencakup semua prokariota patogen serta banyak prokariota non-patogen yang ditemukan di
tanah dan air. Prokariota photoautotrophic juga ada di domain ini. Domain Archaea termasuk prokariota
yang tidak memiliki peptidoglikan di dinding sel mereka dan sering hidup di lingkungan yang ekstrim dan
melakukan proses metabolisme yang tidak biasa.

Studi Hubungan filogenetik

Pada tahun 2001, sebuah proyek internasional bernama All Species Inventory diluncurkan.
Tujuan proyek ini adalah untuk mengidentifikasi dan merekam setiap spesies kehidupan di Bumi dalam 25
tahun ke depan. Para peneliti ini telah melakukan tujuan yang menantang: sedangkan para ahli biologi telah
mengidentifikasi lebih dari 1,7 juta organisme yang berbeda sejauh ini, diperkirakan bahwa jumlah spesies
hidup berkisar antara 10 hingga 100 juta.
Di antara banyak dan beragam organisme ini, ada banyak kesamaan. Sebagai contoh, semua
organisme terdiri dari sel-sel yang dikelilingi oleh membran plasma, menggunakan ATP untuk energi, dan
menyimpan informasi genetik mereka dalam DNA. Kesamaan ini adalah hasil dari evolusi, atau keturunan
dari nenek moyang yang sama. Pada 1859, naturalis Inggris Charles Darwin mengusulkan bahwa seleksi
alam bertanggung jawab atas kesamaan dan juga perbedaan di antara organisme. Perbedaan tersebut dapat
dikaitkan dengan kelangsungan hidup organisme dengan sifat-sifat yang paling cocok untuk lingkungan
tertentu
Dari zaman Aristoteles, organisme hidup dikategorikan hanya dalam dua cara, baik sebagai
tanaman atau hewan. Pada 1735, ahli botani Swedia, Carolus Linnaeus, memperkenalkan sistem formal
klasifikasi yang membagi organisme hidup menjadi dua kerajaan, Plantae dan Animalia. Pada 1857, Carl
von Nageli, seorang kontemporer dari Pasteur, mengusulkan agar bakteri dan jamur ditempatkan di kerajaan
tumbuhan. Pada tahun 1866, Ernst Haeckel mengusulkan Kerajaan Protista, untuk memasukkan bakteri,
protozoa, ganggang, dan jamur. Karena ketidaksepakatan mengenai definisi protista, selama 100 tahun
berikutnya para ahli biologi terus mengikuti penempatan bakteri dan jamur von Niigeli di

Tiga Domain

Archaea dianggap sebagai kelompok yang paling primitif, sedangkan bakteri diasumsikan lebih
terkait erat dengan eukariota. Namun studi rRNA menunjukkan bahwa leluhur universal terpecah menjadi
tiga garis keturunan. Sehingga menyebabkan Archaea, Bakteri, dan apa yang akhirnya menjadi
nukleoplasma eukariota. Fosil tertua yang diketahui berasal dari sisa-sisa prokariota yang hidup lebih dari
3,5 miliar tahun yang lalu. Sel eukariotik berkembang lebih baru, sekitar 1,4 miliar tahun yang lalu.
Archaea termasuk tiga kelompok utama:
 1. Para metanogen, anaerob ketat yang menghasilkan metana (CH.) Dari karbon dioksida dan
hidrogen.
2. Halofil ekstrem, yang membutuhkan garam konsentrasi tinggi untuk bertahan hidup.
3. Hyperthermophiles, yang biasanya tumbuh di lingkungan yang sangat panas.

Dibawah ini merupakan tabel dari Karakteristik Archae, Bakteri, dan Eukarya:

Tabel 1. Karakteristik Archae, Bakteri, dan Eukarya

Perbandingan Sel Prokariot dan organel Eukariot dapat dilihat pada tabel di bawah ini:

Tabel 2. Perbandingan Sel Prokariot dan Organel Eukariot

 Ahli mikrobiologi Karen Nelson telah menemukan bahwa spesies Thermotoga maritima
memiliki gen yang mirip dengan anggota Bakteri Domain dan Archaea Domain. Temuannya menunjukkan
bahwa Thennologa adalah salah satu sel paling awal. Karena alasan ini, Thermotoga disebut sebagai salah
satu "genera yang bercabang dalam", yaitu, dekat dengan asal atau "akar" pohon evolusi.
Dalam hierarki filogenetik, pengelompokan organisme menurut sifat-sifat umum menyiratkan
bahwa sekelompok organisme berevolusi dari nenek moyang yang sama; masing-masing spesies
mempertahankan beberapa karakteristik leluhur. Beberapa informasi yang digunakan untuk
mengklasifikasikan dan menentukan hubungan filogenetik pada organisme tingkat tinggi berasal dari fosil.
Tulang, cangkang, atau buritan yang mengandung bahan mineral atau meninggalkan bekas di batu yang
dulunya lumpur adalah contoh fosi
Struktur sebagian besar mikroorganisme tidak siap menjadi fosil. Beberapa pengecualian adalah
sebagai berikut:
1. Protista laut yang koloninya membatu membentuk White Cliffs of Dover, Inggris.
2. Stromatolit, sisa-sisa fosil dari bakteri dan sedimen berfilamen yang berkembang antara 0,5 dan 2
miliar tahun yang lalu
3. Fosil mirip-cyanobacteria ditemukan di bebatuan di Australia barat yang berusia 3,0 hingga 3,5
miliar tahun. Ini secara luas diyakini sebagai fosil tertua yang diketahui.
Setiap organisme diberi dua nama, atau binomial. Nama-nama ini adalah nama genus dan julukan
khusus (spesies), dan kedua nama dicetak bergaris bawah atau dicetak miring. Nama genus selalu ditulis
dengan huruf besar dan selalu menjadi kata benda. Nama spesies adalah huruf kecil dan biasanya
merupakan kata sifat. Karena sistem ini memberikan dua nama untuk setiap organisme, sistem ini disebut
nomenklatur binomial. Aturan untuk menetapkan nama untuk protozoa dan cacing parasit diterbitkan dalam
Kode lmematiollal Zoological Nomellelatllre. Aturan untuk menetapkan nama untuk jamur dan ganggang
diterbitkan dalam Kode Internasional Botani Nome / lelatur. Aturan penamaan prokariota yang baru
diklasifikasikan dan untuk menetapkan prokariota ke taksa ditetapkan oleh Komite Internasional tentang
Sistematika Prokariota dan diterbitkan dalam Kode Bakteriologis.
 Gambar 2. Hirarki taksonomi

Semua sel dalam klon harus identik. Namun, dalam beberapa kasus, kultur murni dari spesies
yang sama tidak identik dalam semua hal. Setiap kelompok semacam itu disebut strain. Strain diidentifikasi
oleh angka, huruf, atau nama yang mengikuti julukan tertentu.
Klasifikasi Eukariot
Dalam 1969, sebagian besar eukariot uniseluler dikelompokkan dalam suatu kelompok yang
dinamakan Kingdom Protista. Kurang lebih 200000 spesies Protista telah diidentifikasi selama ini,
organisme ini sangat berbeda secara nutrisi maupun bentuk.
Fungi, plantae, dan animalia merupakan 3 kingdom yang lebih kompleks dari organisme eukariot.
Sebagian besar dari 3 kingdom ini merupakan multiseluler

Kingdom Fungi mencakup organisme ragi uniseluler, mold multiseluler, dan spesier makroskopis
seperti jamur. Untuk berfungsi dan mendapatkan bahan pokok untuk bertahan hidup, fungi umumnya
menyerap bahan organic yang telah larut melalui membrane plasma. Sel dari fungi multiseluler umumnya
bergabung untuk membentuk selubung selubung kecil yang disebut hyphae. Fungi berkembang biak dari
spora atau dari pecahan pecahan hyphae yang lebih kecil.

Kingdom Plantae mencakup sebagian algae, dan semua moss, fern, konifer, dan tumbuh –
tumbuhan berbunga. Semua anggota dari kingdom plantae adalah multiseluler. Untuk mendapatkan energi
supaya dapat bertahan hidup, kingdom plantae ini menggunakan fotosintesis yang mengkonversi karbon
dioksida dan air menjadi molekul organic yang digunakan sel sel untuk berfungsi.

Kingdom Animalia, kingdom ini juga disebut kingdom dari organisme multiseluler yang
mencakup spons, cacing, dan vetebrata (binatang dengan tulang belakang). Kingdom ini mendapatkan
energi untuk bertahan hidup dengan cara medigesti atau memakan bahan – bahan organic dari mulut atau
sejenisnya.

VIRUS
Virus tidak termasuk dalam 3 klasifikasi domain. Virus tidak terdiri dari sel – sel dan virus
menggunakan mesin anabolic dalam sel – sel makhluk hidup sebagai biang (host) untuk berkembang biak
dengan cara multiplikasi atau duplikasi.
Virus merupakan parasite intraseluler obligat, sehingga mereka harus berevolusi setelah sel inang yang
sesuai berevolusi. Ada dua hipotesis tentang asal usul virus:
1. Mereka muncul dari replikasi untai asam nukleat (seperti plasmid), dan
2. Mereka berkembang dari sel degeneratif yang, melalui banyak generasi, secara bertahap kehilangan
kemampuan untuk bertahan hidup secara mandiri. tetapi bisa bertahan bila dikaitkan dengan sel
lain
Metode Klasifikasi dan Identifikasi Mikroorganisme
Mikroorganisme diidentifikasi untuk tujuan praktis - misalnya, untuk menentukan perawatan
yang tepat untuk infeksi. Protozoa, cacing parasit, dan jamur biasanya dapat diidentifikasi secara
mikroskopis. Kebanyakan organisme prokariotik tidak memiliki ciri morfologi yang membedakan atau
bahkan banyak variasi dalam ukuran dan bentuk. Akibatnya, ahli mikrobiologi telah mengembangkan
berbagai metode untuk menguji reaksi metabolisme dan karakteristik lain untuk mengidentifikasi
prokariota.
Pada tahun 1923 Bergey's Manllal of Determinative Bacteriology telah menjadi referensi
Bergey's Manllal of Detemlililltive Bacteriology tidak mengklasifikasikan bakteri berdasarkan keterkaitan
evolusioner tetapi sebagai gantinya menyediakan skema identifikasi (determinatif) berdasarkan kriteria
seperti komposisi dinding sel, morfologi, pewarnaan diferensial, persyaratan oksigen, dan pengujian
biokimia. * Mayoritas Bakteri dan Archaea belum dibiakkan, dan para ilmuwan memperkirakan bahwa
hanya 1% dari mikroba ini telah ditemukan

Karakteristik Morfologi
Karakteristik morfologis (struktural) telah membantu ahli taksonomi mengklasifikasikan
organisme selama 200 tahun. Organisme yang lebih tinggi sering diklasifikasikan menurut rincian anatomi
yang diamati. Tetapi banyak mikroorganisme terlihat terlalu mirip untuk diklasifikasikan oleh strukturnya.
Melalui mikroskop, organisme yang mungkin berbeda dalam sifat metabolik atau fisiologis mungkin
terlihat sama. Secara harfiah ratusan spesies bakteri adalah batang kecil atau kokus kecil.
Morfologi sel sedikit memberi tahu kita tentang hubungan filogenetik. Namun, karakteristik morfologis
masih berguna dalam mengidentifikasi bakteri. Misalnya, perbedaan dalam struktur seperti endospora atau
flagela dapat membantu

Pewarnaan Diferensial
Langkah pertama dalam mengidentifikasi bakteri adalah pewarnaan diferensial. Sebagian besar
bakteri bersifat gram positif atau gram negatif. Pewarnaan diferensial lainnya, seperti pewarna tahan asam,
dapat berguna untuk kelompok mikroorganisme yang lebih terbatas. Pemeriksaan mikroskopis dari noda
Gram atau noda asam-cepat digunakan untuk mendapatkan informasi dengan cepat di lingkungan klinis.
Tes Biokimia
Kegiatan enzimatik banyak digunakan untuk membedakan bakteri. Bahkan bakteri yang
berkaitan erat biasanya dapat dipisahkan menjadi spesies yang berbeda dengan menundukkan mereka ke
tes biokimia, seperti seseorang untuk menentukan kemampuan mereka untuk memfermentasi berbagai
macam karbohidrat yang dipilih. Untuk satu Selain itu, tes biokimia dapat memberikan wawasan tentang
niche spesies dalam ekosistem.
Bakteri enterik, gram negatif adalah kelompok mikroba heterogen besar yang habitat aslinya
adalah saluran usus manusia dan hewan lainnya. Keluarga ini mengandung beberapa patogen yang
menyebabkan penyakit diare. Sejumlah tes telah dikembangkan sehingga teknisi dapat dengan cepat
mengidentifikasi patogen, dokter kemudian dapat memberikan pengobatan yang tepat, dan ahli
epidemiologi dapat menemukan sumber penyakit. Semua anggota keluarga Enterobacteriaceae adalah
oksidase-negatif. Di antara bakteri enterik adalah anggota dari genera Escherichia, Ellterobacter, Shigclla,
Citrobacter, dan Salmonella. Escherichia, Enterobacter, dan Citrobacter, yang memfermentasi laktosa
untuk menghasilkan asam dan gas, dapat dibedakan dari Salmonella dan Shigella, yang tidak.
Waktu yang dibutuhkan untuk mengidentifikasi bakteri dapat dikurangi dengan menggunakan media
selektif dan diferensial atau dengan metode identifikasi cepat.
Serangkaian uji biokimia spesifik telah dikembangkan untuk identifikasi cepat di laboratorium
rumah sakit. Sistem uji cepat telah dikembangkan untuk ragi dan jamur lain, serta bakteri. Interpretasi
terkomputerisasi dari hasil uji simultan sangat penting dan disediakan oleh pabrikan. Keterbatasan
pengujian biokimia adalah bahwa mutasi dan akuisisi plasmid dapat menyebabkan strain dengan
karakteristik yang berbeda. Kecuali jika sejumlah besar tes digunakan, suatu organisme dapat diidentifikasi
secara tidak benar.

Serologi
Serologi adalah ilmu yang mempelajari respons serum dan imun yang terbukti dalam serum.
Mikroorganisme bersifat antigenik; yaitu, mikroorganisme yang masuk ke tubuh hewan merangsangnya
untuk membentuk antibodi. Antibodi adalah protein yang bersirkulasi dalam darah dan bergabung dengan
cara yang sangat spesifik dengan bakteri yang menyebabkan produksinya. Sebagai contoh, sistem
kekebalan kelinci yang disuntik dengan bakteri tipus (antigen) yang terbunuh merespons dengan
memproduksi antibodi terhadap bakteri tipus. Solusi dari antibodi tersebut yang digunakan dalam
identifikasi banyak mikroorganisme yang penting secara medis tersedia secara komersial; solusi semacam
itu disebut antiserum (jamak: antisera). Jika bakteri yang tidak diketahui diisolasi dari pasien, ia dapat diuji
terhadap antiserum yang diketahui dan sering diidentifikasi dengan cepat.
Dalam prosedur yang disebut uji aglutinasi slide, sampel bakteri yang tidak diketahui
ditempatkan dalam setetes saline pada masing-masing beberapa slide. Kemudian antiserum dikenal yang
berbeda ditambahkan ke setiap sampel. Bakteri menggumpal (rumpun) ketika dicampur dengan antibodi
yang diproduksi sebagai respons terhadap spesies atau strain bakteri tersebut; tes positif ditunjukkan dengan
adanya aglutinasi. Tes aglutinasi slide positif dan negatif ditunjukkan pada gambar dibawah ini:

Gambar 3. Tes aglutinasi slide positif dan negatif

Pengujian serological dapat membedakan tidak hanya di antara spesies mikroba, tetapi juga di
antara strain dalam spesies. Strain dengan antigen yang berbeda disebut serotypes, serovars, atau
biovars.

Phage Typing
Seperti pengujian serologi, pengetikan mencari kesamaan di antara bakteri. Kedua teknik
ini berguna dalam menelusuri asal-usul dan tentu saja wabah penyakit. Mengetik phage adalah tes
untuk menentukan phages bakteri mana yang rentan. Bakteriophages (phages) adalah virus bakteri
dan bahwa mereka biasanya menyebabkan lisis sel bakteri yang mereka infeksi. Mereka sangat
khusus, biasanya yang diinfeksi hanya anggota dari spesies tertentu, atau bahkan strain tertentu
dalam spesies. Satu strain bakteri mungkin rentan terhadap dua phages yang berbeda, sedangkan
strain lain dari spesies yang sama mungkin rentan terhadap kedua phages ditambah phage ketiga.
Sumber infeksi yang berhubungan dengan makanan dapat ditelusuri dengan mengetikkan. Salah
satu versi dari prosedur ini dimulai dengan sebuah piring yang ditutupi dengan bakteri yang
tumbuh pada agar-agar. Setetes masing-masing jenis yang berbeda untuk digunakan dalam tes ini
kemudian ditempatkan pada bakteri. Dimanapun phages mampu menginfeksi dan lyse sel bakteri,
clearance dalam pertumbuhan bakteri (disebut plak) muncul seperti pada gambar berikut :
 Seperti tes mungkin menunjukkan, misalnya, bahwa bakteri terisolasi dari luka bedah
memiliki pola yang sama sensitivitas seperti yang terisolasi dari operasi bedah atau perawat bedah.
Hasil ini menetapkan bahwa dokter bedah atau perawat adalah sumber infeksi.

Profil asam lemak

Bakteri mensintesis berbagai macam asam lemak, dan secara umum, asam lemak ini adalah
konstan untuk spesies tertentu. Sistem komersial telah dirancang untuk memisahkan asam lemak
selular untuk membandingkannya dengan asam lemak profil organisme yang dikenal. Profil asam
lemak, disebut FAME (fotty acid Methyl Ester), secara luas digunakan di Laboratorium Kesehatan
klinis dan publik.

Aliran Cytometry

Aliran cytometry dapat digunakan untuk mengidentifikasi bakteri x sampel tanpa

mengkultur bakteri. Dalam sebuah cytometer aliran, cairan bergerak yang mengandung bakteri
dipaksa melalui lubang kecil. Metode yang paling sederhana mendeteksi adanya bakteri dengan
mendeteksi perbedaan dalam konduktivitas listrik antara sel dan media sekitarnya. Jika cairan
melewati bukan diterangi oleh laser, hamburan cahaya memberikan informasi tentang ukuran sel,
bentuk, kepadatan, dan permukaan, yang dianalisis oleh komputer. Fluoresensi dapat digunakan
untuk mendeteksi sel fluorescent secara alami, seperti Pseudomonas, atau sel yang ditandai dengan
pewarna fluorescent. Susu dapat menjadi kendaraan untuk transmisi penyakit. Sebuah tes yang
diusulkan yang menggunakan aliran cytometri untuk mendeteksi listeria dalam susu bisa
menghemat waktu karena bakteri tidak perlu dikultur untuk identifikasi. Antibodi terhadap listeria
dapat diberi label dengan pewarna fluorescent dan ditambahkan ke susu untuk diuji. Susu
dilewatkan melalui cytometer aliran, yang mencatat fluoresensi sel berlabel antibodi.

Komposisi dasar DNA

Ahli taksonomi dapat menggunakan komposisi dasar DNA organisme untuk menarik
kesimpulan tentang keterkaitan. Komposisi dasar ini biasanya dinyatakan sebagai persentase
guanina ditambah Sitosina (G + C). Komposisi dasar spesies tunggal secara teoritis merupakan
properti yang dipicu. Perbandingan konten G + C dalam spesies yang berbeda dapat
mengungkapkan tingkat keterkaitan spesies. Masing-masing guanina (G) dalam DNA memiliki
Sitosina pelengkap (C). Demikian pula, setiap adenin (A) dalam DNA memiliki Timina
komplementer (T). Oleh karena itu, persentase dasar DNA yang pasangan GC juga memberitahu
kita persentase yang pasangan AT (GC + AT = 100%), dua organisme yang terkait erat dan
karenanya memiliki banyak gen identik atau serupa akan memiliki jumlah yang sama dari berbagai
basa dalam DNA mereka. Jika ada perbedaan lebih dari 10% dalam persentase mereka dari
pasangan GC (misalnya , jika satu DNA bakteri mengandung 40% GC dan bakteri lain memiliki
60% GC), maka kedua organisme ini mungkin tidak terkait.