SISTEMATIKA DAN

TAKSONOMI
MIKROORGANISME
Sistematika adalah:
ilmu yang mempelajari keragaman organisme dan hubungan
antar organisme.

Sistematika berhubungan dengan pilogeni (ilmu yang

mempelajari tentang sejarah evolusi suatu organisme) dan juga
taksonomi.
Taksonomi

 Ilmu yang mempelajari klasifikasi mikroorganisme

 Untuk menunjukkan hubungan di antara
mikroorganisme – seberapa persamaan antara
mikroorganisme yang berkerabat dekat atau seberapa
perbedaan antara mikroorganisme yang berhubungan
jauh.
 Cara untuk memperoleh identifikasi universal dari
satu organisme
Taksonomi terdiri dari :
 Klasifikasi
 Nomenklatur
 Identifikasi
 Taksonomi/Sistematika dapat dianalogikan seperti :
 Klasifikasi:  Nomenklatur:
Organisasi menjadi kelompok: - Memberi nama formal:
- Mobil - Genus & Spesies
- Truk - Toyota Inova
- SUV - Honda Civic
- Van - Nissan Livina

 Identifikasi :
Membedakan jenis-jenis:
- Ukuran mesin
- Jumlah penumpang
- Jenis transmisi
 Mengapa sangat
penting
mengklasifikasikan
suatu organisme?

 Pneumocystis
jirovecii awalnya
diidentifikasi sebagai
protozoa hingga analisa
DNA menunjukkannya
sebagai jamur.


Dari lebih 2600 spesies yang telah
diidentifikasi

• Hanya lebih kurang 250 atau

10% yang merupakan patogen
KLASIFIKASI
Klasifikasi:
Pembagian sistematika dari suatu organisme menjadi
taksa tertentu berdasarkan karakteristik yang sama
 Klasifikasi secara konvensional
Karakteristik utama yang digunakan adalah:

• Bentuk sel  Bahan penyusun dinding sel

• Ukuran sel
• Morfologi koloni
• Karakteristik ultrastruktur
• Kebiasaan pewarnaan
• Mekanisme pergerakan
• Isi sel
• Sumber karbon & nitrogen
• Karakteristik biokimia
 Sumber energi
 Hasil Fermentasi
 Suhu pertumbuhan
optimum & kisarannya
 Toleransi osmosis
 Hubungan oksigen
 pH optimum & kisaran
pertumbuhan
 Sensitivitas terhadap
metabolic inhibitors &
antibiotika
Contoh Bentuk Sel
Contoh Morfologi Koloni
Table 16.2 Some phenotypic characteristics of taxonomic value

Category Characteristics

Morphology Colony morphology; Gram reaction; cell size and shape; pattern of flagellation; presence of spores, inclusion bodies
(e.g., PHB,a glycogen, or polyphosphate granules, gas vesicles, magnetosomes); capsules, S-layers or slime layers;
stalks or appendages; fruiting-body formation

Motility Nonmotile; gliding motility; swimming (flagellar) motility; swarming; motile by gas vesicles

Metabolism Mechanism of energy conservation (phototroph, chemoorganotroph, chemolithotroph); utilization of individual

carbon, nitrogen, or sulfur compounds; fermentation of sugars; nitrogen fixation; growth factor requirements

Physiology Temperature, pH, and salt ranges for growth; response to oxygen (aerobic, facultative, anaerobic);
presence of catalase or oxidase; production of extracellular enzymes

Cell lipid Fatty acidsb; polar lipids; respiratory quinones

chemistry
Cell wall Presence or absence of peptidoglycan; amino acid composition of cross-links; presence or absence of
chemistry cross-link interbridge

Other traits Pigments; luminescence; antibiotic sensitivity; serotype; production of unique compounds, for example,
antibiotics

Madigan et al. (2012)

 Klasifikasi Pilogeni
 Menunjukkan hubungan evolusioner dan sejarah di
antara organisme.
 Beberapa diperoleh dari data fosil di masa lalu.
 Hanya mungkin dengan menggunakan teknik
molekuler:
- Genetic Homology:
Base composition (GC ratio)
Nucleic acid hybridisation.
Ribosomal RNA (rRNA) sequence analysis
Protein profiles and amino acid sequences
DNA sequence analysis
Contoh Pohon Pilogeni
(Phylogenetic tree)
 Hierarchy

• Merupakan hubungan • Species

revolusioner • Genus
• Spesies adalah kelompok • Family
yang memiliki alat kelamin • Order
produktif
• Class
• Division
• Phylum
• Kingdom (1969)
 Klasifikasi Intraspecies
Biotypes
Biochemical properties

Serotypes
Antigenic features

Phage Types
Bacteriophage susceptibility

Colicin Types
Production of bacteriocins
 Defenisi “Spesies”

Spesies

Taksonomi dari unit dasar, yang mewakili jenis organisme

yang spesifik dan dikenali

Bagi organisme yang bereproduksi secara seksual, definisi

dasar dari spesies adalah yang mampu bereproduksi secara
seksual.

 Definisi ini banyak yang gagal bagi banyak spesies mikroba

(termasuk bakteri), karena mereka tidak bereproduksi secara
seksual.
 Defenisi “Spesies”

“Spesies” di dalam mikrobiologi:

- Koleksi strain mikroba yang berbagi banyak properti dan
berbeda secara nyata dari grup strain lainnya.
- Spesies diidentifikasi dengan membandingkan dengan
“type strains” yang telah diketahui.
“type strain” adalah kultur murni yang telah dikarakterisasi
dengan baik,sebagai referensi untuk identifikasi yang
belum diketahui.
 Defenisi “Spesies”

- Ada beberapa koleksi dari type strain;

Contoh.
American Type Culture Collection (ATCC), Deutsche
Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH
(DSMZ), BCCM/LMG Bacterial Collection (Belgium)
The Three-Domain System
The Three-Domain System
 Bakteri Archaea
 Prokaryota  Prokayota
 Memiliki dinding sel  Tidak memiliki peptidoglycan
peptidoglycan  Hidup pada lingkungan yang
 Binary fission ekstrim
 Menggunakan bahan kimia  Termasuk:
organik/inorganik atau - Methanogens
fotosintesis untuk - Extreme halophiles
memperoleh energi
- Extreme thermophiles
 Jenis-Jenis Eukaryota
Protozoa
• Eukaryota bersel tunggal
• Menyerap bahan kimia organik
• Dapat pindah menggunakan
pseudopods, cilia atau flagella
• Cth. Amoeba
Algae
• Eukaryote bersel
tunggal/banyak
• Memiliki dinding sel
bersellulosa
• Mendapatkan energi melalui
fotosintesis
• Menghasilkan bahan
molekuler and organik
 Jamur
 Eukaryota
 Dinding sel mengandung chitin
 Menggunakan bahan kimia organik untuk
menghasilkan energi
 Lumut dan jamur adalah multiselluler,
mengandung miselia (yang terdiri dari
benang-benang yang disebut hifa)
 Yeasts adalah bersel tunggal (unicellular)
 Klasifikasi virus?

• Tidak ditempatkan di Domain atau Kingdom

• Kenapa?
• Spesies biasanya suatu populasi virus dengan
karakteristik yang sama yang menempati suatu
niche ekologi yang tertentu
Nomenklatur
 Nomenklatur
(Penamaan Ilmiah)

 Penamaan ilmiah dari suatu mikroorganisme

diatur oleh Peraturan Internasional (The
International Code of Nomenclature of
Prokaryotes).
 Spesies/genus baru divalidasi dan dipublikasi di
The International Journal of Systematic and
Evolutionary Microbiology (former: The
International Journal of Bacteriology)
 Peraturan untuk Penamaan
Mikroorganisme
 Hanya ada 1 nama yang benar untuk 1 organisme
 Nama yang menyebabkan kesalahan harus ditolak
 Binomial nomenclature (Dua nama : nama genus &
nama spesies/ephitet spesifik)
 Semua nama harus ditulis dalam huruf Latin
- Kata pertama (Genus) selalu ditulis dengan huruf besar
- Kata kedua (Species) tidak ditulis dengan huruf besar
- Nama genus dan species  Species, ditulis dengan
digarisbawahi atau dicetak miring
- Nama yang benar dari satu species atau taksa yang lebih
tinggi harus ditentukan oleh publikasi yang sah, dan
dan nanya harus sesuai dengan peraturan penamaan
 Nama Ilmiah
 Mungkin merupakan suatu penghargaan bagi seorang
ilmuwan
 Asal usul dalam bahasa Latin
Contoh. Escherichia coli (E. coli)
- penemu: Theodor Escherich
- menjelaskan tempat hidupnya (habitat)
(colon/intestine)
Contoh. Staphylococcus aureus (S. aureus)
- Clustered (staphylo), spherical (cocci)
- Gold colored colonies (aureus)
Contoh. Ralstonia solanacearum (R. solanacearum)
- penemu : Ericka Ralston
- menginfeksi tanaman famili Solanaceae
Nama umum/nama deskriptif :

Nama-nama mikroorganisme mungkin umum

digunakan, tapi bukan nama secara taksonomi
Contoh:
• Tubercle bacillus / disease = tuberculosis
(Mycobacterium tuberculosis)
• Meningococcus/ disease = meningitis
(Neiserria meningitidis)
• Group A streptococcus
(Streptococcus pyogenes)
Identifikasi
Bergey's Manual
- Metode untuk membedakan dan mengidentifikasi bakteri
yang disusun dalam Bergey's Manual of
Determinative Bacteriology
- Bergey's Manual of Systematic Bacteriology
Menyediakan penjelasan mengenai karakteristik fisik dan kimia
dan sistem identifikasi dari bakteri yang penting
 Bergey’s Manual of Systematic
Bacteriology

• Morphological characteristics
• Presence of various enzymes
• Serological tests (using known antibodies)
• Phage typing
• Fatty acid profiles
• Molecular tests (DNA finger printing, sequence of
ribosomal RNA)
 Metode Identification
• Morphological
characteristics:
Useful for
identifying
eukaryotes
• Differential
staining: Gram
staining, acid-fast
staining
• Biochemical tests:
Determines
presence of
bacterial enzymes A dichotomous key
Contoh Identifikasi Bakteri dengan Menggunakan
Metode Klasik Mikrobiologi
 Uji Biokimia

Uji Enzim Tunggal:

 Catalase test
 Coagulase test
 Pyrase test
 Hyppurate hydrolysis test
 Oxidase test
 Indole test
 Dnase test
 Urease test
Catalase test

Prinsip :
 Enzim katalase mengkatalisa pelepasan air dan oksigen
dari hidrogen peroksida

2H2O2 --------------- 2 H2O + O2  akan muncul gelembung

 Contoh Tes Biokimia Lain
untuk Identifikasi Bakteri

Starch hydrolysis test Utilization of sugar test

API 20 NE test
 Contoh Tes Biokimia
untuk Identifikasi Bakteri

Oxidase test
 Serologi
(ilmu yang mempelajari tentang serum dan respon imun nya)

Combine known antiserum

+ unknown bacterium
Slide agglutination
ELISA
Western blot
Southern Blot
DNA chip
Phage Typing

Menentukan kepekaan suatu strain

terhadap phage atau virus bakteri
tertentu
 Uji Molekuler

1. Polymerase chain reaction (PCR)

2. Hybridization assay
3. Microarrays
4. Southern blotting
5. Northern blotting
6. Fluorescence in situ hybridization (FISH)
7. Sequencing
 Uji Molekuler

Keuntungan menggunakan uji molekuler:

 Target lebih stabil
 Bersifat objektif
 Tidak membutuhkan syarat pertumhuna tertentu
 Lebih mudah untuk dibuat menjadi standar
Contoh DNA sequencing:
Kriteria Identifikasi dengan 16S rRNA gene sequencing
DNA Fingerprinting