Klasifikasi Mikrobia

Sejarah klasifikasi jasad hidup

Sistematika Mikrobia: keanekaragaman
dan hubungan (fenetik & filogenetik)
Klasifikasi mikrobia
Tatanama Mikrobia
Identifikasi Mikrobia

Sistematika Mikrobia
Sistematika: ilmu yang mempelajari keanekaragaman mahluk hidup
serta hubungan kekerabatan antar sesamanya.
Tiga bidang kajian sistematika:
Klasifikasi
Tatanama (Nomenklatur)
Identifikasi

Taksonomi : ilmu yang mempelajari teori klasifikasi yang mencakup dasar,

prinsip serta aturan klasifikasi.
Klasifikasi : praktek taksonomi yaitu proses penataan organisme ke dalam
suatu kelompok (takson) berdasarkan hubungan kemiripan
(similaritas) atau hubungan kekerabatan (evolusioner).
Identifikasi: proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang
belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah
diketahui sebelumnya atau bukan.
Tatanama: cara pemberian nama ilmiah mahluk hidup menurut kode
tatanama.

Sejarah klasifikasi mahluk hidup:

Aristoteles (- mid 1800-san) : Dunia Plantae;
Dunia Animalia
E. Haeckel (1866)

: Dunia Plantae;
Dunia Animalia;
Dunia Protista

E. Chatton (1937) : Prokaryotae;

Eukaryotae
R.H. Whittaker (1969): Dunia Monera
Dunia Protista
Dunia Fungi
Dunia Plantae
Dunia Animalia
Carl Woese (1978): Domain Bakteria
Domain Arkhaea
Domain Eukarya
Carol J. Bult (1996) : selesai sequencing genom
Methanococcus janashii (Arkhaea)
Solomon et al. (1999 - 2002): Dunia Bakteria
Dunia Arkhae(bakteria)
Dunia Protista
Dunia Fungi
Dunia Plantae
Dunia Animalia

Five Kingdom & Three Domain

Tree of Life: Three Domain

Dasar klasifikasi:
Aristoteles ( 400 SM 1800-an) : kenampakan morfologi luar
E. Haeckel (1866): morfologi (mikroskopis) dan fisiologi

E. Chatton (1937) : struktur organisasi interna sel (prokaryotik &

eukaryotik)
R.H. Whittaker (1969) : organisasi internal sel;
nutrisi; struktur
organisasi selular
Carl. Woese (1978) : molekul RNA ribosomal (biologi molekular)
16S rRNA (Arkhaea & Bakteria)
18S rRNA (Eukarya)

Sistem klasifikasi:

Fenetik: berdasarkan kemiripan sifat

Filogenetik: berdasarkan hubungan

evolusi

Pendekatan/Metode klasifikasi:
Klasifikasi klasik monotetik
Klasifikasi numerik-fenetik- politetik

(berdasarkan kesamaan morfologi)

Klasifikasi kimiawi (khemotaksonomi)
Klasifikasi molekular (taksonomi
molekular)
Klasifikasi polifasik

Klasifikasi dan Hierarki Taksonomis:

Hierarki Taksonomis
Dom ain

Eukarya

Bakteria

Arkhaea

Dunia

Plantae

Bakteria

Arkhaea

Phylum

Anthophyta

Proteobacteria

Crenarcheota

Classis

Monocotyledoneae

Gamma Proteobacteria

Thermoprotei

Ordo

Commelinales

Enterobacteriales

Sulfolobales

Familia

Poaceae

Enterobacteriaceae

Sulfolobaceae

Genus

Zea

Salmonella

Sulfolobus

Species

Zea mays

S. dysenteriae

Slf. Metallicus

Tatanama (Nomenklatur):

International Code of Bacterial Nomenclature (Sneath,

1992).
International Code of Botanical Nomenclature (Greuter et al.,
1994)
International Code of Zoological Nomenclature (Ride et al.,
1985)
Sistem binomial: nama spesies terdiri dari dua kata
Bahasa Latin atau diperlakukan sebagai bahasa Latin
Nama genus : diawali dengan huruf kapital e.g.
Bacillus
Penunjuk spesies : ditulis dengan huruf kecil e.g.
subtilis
Nama spesies : Bacillus subtilis

Identifikasi dan Konsep spesies:

Nomenspecies:

share the same type strain

: similarity index 70
(numerical taxonomy)
Genospecies: genetic exchage
Taxospecies

Genomic species: DNA relatedness value

70%

Modern Systematics

Identification : microbial ecology, industrial

biotechnology, diagnostic
hospital microbiology
Current trends : Modern microbial
systematics
Chemistry: chemosystematics
Molecular biology: molecular systematics
Data handling: numerical phenetic
systematics

Numerical phenetic taxonomy

Numerical phenetic taxonomy: phenotypic test &

computer analysis
Cultural : colonial morphology, pigmentation
Morphological : cell shape, staining reaction, motility
Physiological : growth temp., anaerobic growth
Biochemical : acid from carbohydrates, nitrate reduction
Nutritional : carbon sources
Chemotaxonomic: amino acids, cell wall, membrane lipids
Inhibitory tests: sensitivity to antibiotics
Serological : agglutination
Genomic : mol % GC, DNA-DNA reassociation

Chemotaxonomy
1. Chemotaxonomy: amino acids, lipids,

polysacharides, proteins, enzymes,

whole-cell
GC
HPLC
PyMS (Pyrolysis Mass Spectrometry)
Electrophoresis

Molecular systematics
Molecular systematics (phylogenetic):

nucleic acids analysis (evolutionary

relationships: phylogeny tree)
DNA sequencing (16S, 18S rDNA)
DNA-DNA hybridisation
Molecular fingerprinting

Identifikasi Mikrobia

Identifikasi : proses & hasil penentuan benar tidaknya

suatu strain yang diteliti merupakan anggota takson
yang sudah dikenal sbelumnya
Penentuan identitas strain mikrobia
Strain baru (isolate) tidak dapat diidentifikasi jika strain
yang serupa belum pernah dikarakterisasi, diklasifikasi
dan diberinama.
Identifikasi : aplikasi klasifikasi dan tatanama
Tujuan identifikasi: memberi nama strain dengan cara
memasukkannya ke dalam suatu takson (genus&
spesies) yang sudah ada sebelumnya, berdasarkan
sejumlah kecil karakter yang dipilih.
Pada hakekatnya, identifikasi tidak pernah dicapai
secara mutlak tetapi bersifat probabilitas karena
seungguhnya tidak ada strain yang identik.

Kegagalan identifikasi:
(i) kekurang akuratan deskripsi publikasi yang dipakai
sebagai dasar
(ii) kekeliruan dalam mengkarakterisasi strain yang diteliti
kurang memadainya sistem klasifikasi yang dipakai
sebagai dasar identifikasi
(iii) kurang memadainya karakterisasi strain yang diteliti
penemuan strain yang atypical dalam takson terkait
(iv) penemuan strain yang merupakan anggota novel taxon

Faktor (i) dan (ii) dapat ditanggulangi dengan

menerapkan teknik karakterisasi yang
terstandardisasi dan reproducible (handal).
Pengalaman sangat menentukan dalam
keberhasilan identifikasi !

Sistem Identifikasi
Sistem identifikasi yang baik memiliki

cirri sebagai berikut:

Handal
Nyaman digunakan
Cepat
Jumlah pengujian relative sedikit
Fleksibel
Relatif murah

Strategi Identifikasi:

Tidak ada metode yang berlaku universal untuk semua

mikrobia
Bervariasi teknik yang telah dikembangkan untuk
masing-masing kelompok mikrobia
Strain yang diteliti harus terjamin sebagai kultur murni
Gunakan semua informasi yang tersedia terkait dengan
strain yang diteliti
Gunakan selalu kontrol positif dan kontrol negative
dalam setiap pengujian
Kesimpulan ditemukannya strain anggota novel taxon
baru dapat dilakukan setelah melalui pengujian yang
menunjukkan tidak teridentifikasinya strain secra
meyakinkan.

Karakterisasi:

Kultural
Morfologi sel dan koloni
Fisiologis
Biokimiawi
Nutrisional
Khemotaksonomis
Serologis
Uji penghambatan
Genotipik

Metode Tradisional:

Uji biokimiawi, nutrisional, fisiologis dilakukan dalam

botol atau tabung berisi medium cair atau padat atau
plate
Murah tetapi dapat kurang nyaman melakukannya, sulit
distandardisasi dan diinterpretasikan, kurang
repordusibel, dan lambat
Satu-satunya metode yang ada untuk kelompok
mikrobia tertentu yang belum terklasifikasi dengan baik
karena kurang terkait dengan masalah medis dan
industri. Jadi belum ada teknik modern yang komersial
Masih bermanfaat, khususnya pada tahap awal
walaupun sudah tersedia teknik modern yang cepat,
khususnya jika dilakukan oleh pakar yang
berpengalaman.

Media komposit:

Menggunakan media yang dapat menguji kemunian

strain
Media selektif dan diferensial tersedia bagi mikrobia
yang penting dalam bidang medis dan pangan,
misalnya: medium Polymyxin egg-yolk mannito
bromothymol blue agar dapat membedakan antara strain
anggota Bacillus cereus dan strain anggota spesies yang
lain dalam genus Bacillus berdasarkan reaksi terhadap
egg-yolk dan ketidak mapuan memfermentasi mannitol.
Medium Kligler iron agar, triple sugar iron agar dan
Kohns two tubes medium masih digunakan untuk
identifikasi strain anggota Familia Enterobacteriaceae
berdasarkan frementasi karohidrat, produksi H2S,
motilitas dan produksi indol.

Micromethods:
Medium volume kecil yang bersifat

khromogenik atau fluorogenik yang

diinokulsi dengan sejumlah besar
inokulum
Berdasarkan akativitas enzim tertentu

Commercial
Identification
kits:
Commercial miniaturized
kits, dapat disimpan

lama, terstandardisasi, cepat, mudah

dilaksanakan dan memberi hasil yang konsisten.
Biasa digunakan secara rutin di laboratorium
klinis karena dianggap nyaman melakukannya
dan memerlukan tenaga yang lebih sedikit
Semula kit dibuat untuk mengidentifikasi
anggota Enterobacteriaceae, tetapi selanjutnya
juga dikembangkann kit untuk anggota genus
Bacillus, Lactobacillus, Nesisseria,
Staphylococcus dab Streptococcus.
Kit API 20E: untuk identifikasi anggota strain
Enterobacteriaceae

Chemotaxonomic methods:

Untuk bakteri anaerob, analisis produk

fermentasi berupa asam volatile dan non-volatil
dengan GLC
Analaisis whole-organism fatty acids dengan
GLC
Analisis isoprenoid quinines sangat bermanfaat
dalam mengidentifikasi strain anggota spesies
dalam genus Legionella.
Pyrolysis Mass Spectrometry (PyMS)
bermanfaat bagi identifikasi Mycobacterium dan
aktinomisetes yang lain.
Fourier-transformed infrared spectrometry dan
Ultraviolet Resonance Raman spectrometry.

Serological tests:

Cepat, mudah, spesifik dan sensitive

Terseia kita bagi berbagai kelompok

mikrobia
Latex particle agglutination, coagulation,
immunofluorescence dan ELISA (EnzymeLinked Immunosorbent Assay)

Inhibitory tests:
Sensitivitas

Streptococcus pyogenes
terhadap bacitracin dan strain anggota
genus Vibrio terhadap 0/129.
Sistem identifikasi untuk Enterobacteria
dan Bakteri Gram negative batang nonfermentatif atas dasar sifat pertumbuhan
dalam natibiotik.

Genotypic methods:
Hibridisasi asam nukleat dan

molecular
fingerprinting (RFLP, ARDRA, RAPD)
Rumit dan relative lebih lambat
Nucleic acid probe: deteksi gen tertentu
dalam mikrobia yang diteliti
Digunakan dalam klinik dan industri
Menggunakan teknik PCR:
Mycobacterium (tumbuh lambat)

Praktek Identifikasi:
Isolat (kultur murni)

Karakterisasi (identifikasi awal)-Generic

Assignment
(Bergeys manual of Determinative/Systematic
Bacteriology)

Strain Acuan (Type strain)

Identifikasi

Kesimpulan

Morfologi sel bakteri

Morfologi sel bakteria

Organisasi sel