SISTEMATIKA MIKROBA

QUIZ 2 (15 MENIT)

1. Jelaskan tentang proses pembentukan biofilm?
2. Jelaskan tentang nilai penting asosiasi mikoriza
bagi produksi pertanian?

PENGANTAR SISTEMATIKA MIKROBIA

Sistematika: ilmu yang mempelajari keanekaragaman mahluk
hidup serta hubungan kekerabatan antar sesamanya
Tiga bidang kajian sistematika:
Klasifikasi
Tatanama (Nomenklatur)
Identifikasi

 Taksonomi : ilmu yang mempelajari teori klasifikasi yang mencakup dasar,

prinsip serta aturan klasifikasi
Klasifikasi : praktek taksonomi yaitu proses penataan organisme ke dalam
suatu kelompok (takson) berdasarkan hubungan kemiripan
(similaritas) atau hubungan kekerabatan (evolusioner).
Identifikasi: proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang
belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah
diketahui sebelumnya atau bukan.
Tatanama: cara pemberian nama ilmiah mahluk hidup menurut kode
tatanama.

SEJARAH KLASIFIKASI MAHLUK HIDUP:

Dasar Klasifikasi
Aristoteles (- mid 1800-san) :

Dunia Plantae;

Kenampakan morfologi luar

Dunia Animalia
E. Haeckel (1866)

: Dunia Plantae;

morfologi (mikroskopis) dan fisiologi

Dunia Animalia;
Dunia Protista
E. Chatton (1937) : Prokaryotae;

struktur organisasi internal sel (prokariotik & eukariotik)

Eukaryotae
R.H. Whittaker (1969): Dunia Monera
Dunia Protista
Dunia Fungi
Dunia Plantae
Dunia Animalia

organisasi internal sel; nutrisi,

struktur organisasi selular

Carl Woese (1978): Domain Bakteria

Domain Arkhaea

molekul RNA ribosomal (biologi molekular),

16S rRNA (Arkhaea & Bakteria), 18S rRNA (Eukarya)

Domain Eukarya
Carol J. Bult (1996) : selesai sequencing genom
Methanococcus janashii (Arkhaea)
Solomon et al. (1999 - 2002): Dunia Bakteria
Dunia Arkhae(bakteria)
Dunia Protista
Dunia Fungi
Dunia Plantae
Dunia Animalia

SISTEM KLASIFIKASI
Fenetik: berdasarkan kemiripan sifat
Filogenetik: berdasarkan hubungan evolusi

DASAR (PENDEKATAN) SISTEM

KLASIFIKASI:
Klasifikasi klasik monotetik
Klasifikasi numerik-fenetik-politetik
Klasifikasi kimiawi (khemotaksonomi)
Klasifikasi molekular (taksonomi molekular)
Taksonomi polifasik

KLASIFIKASI DAN HIERARKI TAKSONOMIS:

Hierarki Taksonomis
Dom ain

Eukarya

Bakteria

Arkhaea

Dunia

Plantae

Bakteria

Arkhaea

Phylum

Anthophyta

Proteobacteria

Crenarcheota

Classis

Monocotyledoneae

Gamma Proteobacteria

Thermoprotei

Ordo

Commelinales

Enterobacteriales

Sulfolobales

Familia

Poaceae

Enterobacteriaceae

Sulfolobaceae

Genus

Zea

Salmonella

Sulfolobus

Species

Zea mays

S. dysenteriae

Slf. Metallicus

TATANAMA (NOMENKLATUR)
International Code of Bacterial Nomenclature (Sneath,

1992).

International Code of Botanical Nomenclature (Greuter et al., 1994)

International Code of Zoological Nomenclature (Ride et al., 1985)
Sistem binomial: nama spesies terdiri dari dua kata
Bahasa Latin atau diperlakukan sebagai bahasa Latin
Nama genus : diawali dengan huruf kapital e.g. Bacillus
Penunjuk spesies : ditulis dengan huruf kecil e.g. subtilis
Nama spesies : Bacillus subtilis

KONSEP SPESIES:
Nomenspecies: share the same type strain
Taxospecies : similarity index 70 (numerical taxonomy)
Genospecies: genetic exchage
Genomic species: DNA relatedness value 70%

MICROBIAL SYSTEMATICS: MICROBIAL

DIVERSITY & RELATIONSHIP

Classificassion:
Nomenclature:
Identification:

CLASSIFICATION

Classification: process & product

Taxonomy : theoritical study of
classification
Artificial classification : special purpose
Phenetic classsification:
Phylogenetic (phyletic) classification:

NOMENCLATURE
Bacteria & Archaea:
International Code of Nomenclature for Bacterial

Approved List of Bacterial Name 1 January 1980.

Valid publication (IJSB --- IJSEM (2000)

Type strain must be designated

Fungi & Algae:

International Code of Botanical Nomenclature
Protozoa:
International Code of Zoological Nomenclature :

MODERN SYSTEMATICS

Identification : microbial ecology, industrial

biotechnology, diagnostic
hospital microbiology
Current trends : Modern microbial
systematics
Chemistry: chemosystematics
Molecular biology: molecular systematics
Data handling: numerical phenetic
systematics

CHEMOTAXONOMY
Chemotaxonomy: amino acids, lipids, polysacharides, proteins,
enzymes, whole-cell

GC

HPLC

PyMS (Pyrolysis Mass Spectrometry)

Electrophoresis

NUMERICAL PHENETIC TAXONOMY

Numerical phenetic taxonomy:

phenotypic test &

computer analysis
Cultural : colonial morphology, pigmentation
Morphological : cell shape, staining reaction, motility
Physiological : growth temp., anaerobic growth
Biochemical : acid from carbohydrates, nitrate reduction
Nutritional : carbon sources
Chemotaxonomic: amino acids, cell wall, membrane lipids
Inhibitory tests: sensitivity to antibiotics
Serological : agglutination
Genomic : mol % GC, DNA-DNA reassociation

POLYPHASIC SYSTEMATICS

Polyphasic systematics: integrated use of genotypic and

phenotypic data

Congruence: chemotaxonomic, numerical phenetic and

molecular systematics

FIVE KINGDOM & THREE DOMAIN

TREE OF LIFE: THREE DOMAIN