TATANAMA MIKROBIA

Tatanama (nomenklatur)q
(Nomenklatur)

1
KELOMPOK 5
 Sela Alifia 01311540000040
 Arbela Putri R.A 01311540000042

Tatanama (nomenklatur)
 Nurul Wulandari 01311540000044
 Yurike Dwi Yulinar 01311540000046

2
 Fungsi Nama

Konsep spesies (Hirarki

Taksonomis)

Genus dan takson

yang lebih tinggi

Tatanama (nomenklatur)
Pemberian nama
Ilmiah
Stabilitas nama
Ilmiah
Kultur tipe (type
3 strain)
Publikasi yang valid dan
publikasi yang efektif
1. FUNGSI NAMA

 Nama harus: jelas, universal dan stabil

 Nama ilmiah menggunakan bahasa Latin atau yang
dilatinkan

Tatanama (nomenklatur)
 Mengikuti kaidah bahasa Latin

4
KODE TATANAMA

1. The International Code of Bacterial

Nomenclature (Sneath, 1992):
Bakteria & Arkhaea

2. The International code of Botanical

Tatanama (nomenklatur)
Nomenclature (Greuter et al., 1994):
Fungi dan Algae

3. The International code of Zoological

Nomenclature (Ride et al., 1985):
Protozoa

5
2. KONSEP SPESIES
• Konsep spesies:
bersifat artifisial dan merupakan unit dasar
klasifikasi & tatanama

Tatanama (nomenklatur)
• Spesies mikrobia:
kelompok strain yang memiliki
banyak kesamaan sifat dan
berbeda dengan kelompok
strain yang lain.

6
KATEGORI KONSEP SPESIES
1. Nomenspesies: termasuk dalam satu spesies
berdasarkan acuan type strain yang sama
2. Genospesies: termasuk dalam satu spesies

Tatanama (nomenklatur)
berdasarkan kemampuan mempertukarkan bahan
genetik
3. Taksospesies: termasuk dalam satu spesies
berdasarkan nilai indeks similaritas yang  70%
4. Genomic spesies: termasuk dalam satu spesies
berdasarkan nilai DNA-DNA relatedness  70%

7
3. GENUS DAN TAKSON DI ATASNYA

 Sekelompok spesies yang berbeda dengan anggota genera

lain
 Memiliki similaritas rRNA (tergantung genus)

Tatanama (nomenklatur)
 Similaritas nilai G + C

 Deskripsi genus:

 contohgenus Streptomyces (Bergeys

manual of Determinative Bacteriology,
1994).

8
4. PEMBERIAN NAMA ILMIAH
 Diatur oleh Kode Tatanama Internasional
 Nama ilmiah (Nama spesies):

 Bahasa Latin atau yag dilatinkan

Tatanama (nomenklatur)
 Binomial (terdiri dari nama genus dan
penunjuk spesies)
 Nama genus diawali dengan huruf
kapital
 Nama penunjuk spesies diawali dengan
huruf kecil
9
CONTOH: NAMA ILMIAH

 Bacillus anthraxis (nama ilmiah)

 Bacido do carbonculo (Spanish)

Tatanama (nomenklatur)
 Bacteridie de charbon (French)
 Milzbrand bacillus (Jerman)

 Penulisan nama: B. antraxis  Bacillus a.

 Bacillus sp. LS-1 atau Bacillus spp.

10
5. STABILITAS NAMA ILMIAH
 Pemberian nama ilmiah harus dengan deskripsi
lengkap
 ≤ 1960  pemberian nama:

Tatanama (nomenklatur)
 Tidak dikarakterisasi dengan baik
 Nama tidak bermakna
 Banyak sinonim
 Isolat baru tidak dapat diidentifikasi

11
TUJUAN PENGATURAN NAMA ILMIAH

 Supaya nama menjadi stabil, jelas dan bermakna

(bermanfaat)
 Revisi nama bakteri (1976) dilakukan berdasarkan

Tatanama (nomenklatur)
prinsip prioritas nama yang valid.
 1 Januari 1980 diterbitkan:

The Approved List of Bacterial Name

yang ditetapkan sebagai tahun mulainya
tatanama bakteria & archaea

12
KULTUR TYPE STRAIN (ACUAN)
 Berada pada level spesies
 Type strain (life culture)

 Disimpan di culture collection yang diakui secara

Tatanama (nomenklatur)
internasional, misal:
- DSMZ (Jerman) - NCIMB (UK)
- ATCC (USA) - JCM (Jepang)
- Dan sebagainya

13
CONTOH CULTURE COLLECTION
INTERNATIONAL

Tatanama (nomenklatur)
14
 DSMZ
(JERMAN)

JCM

Tatanama (nomenklatur)
(JEPANG)

NCIMB
(UK)

ATCC
(USA)
15
LANJUTAN KULTUR TYPE STRAIN
(ACUAN)
• Novel species : holotype atau neotype
- Holotype adalah spesimen atau ilustrasi yang dibuat
oleh authornya dan dinyatakan sebagai type untuk
nama yang baru

Tatanama (nomenklatur)
- Neotype adalah spesimen atau ilustrasi yang dipilih
dan berfungsi sebagai nomenklatur type (type acuan
untuk pemberian nama) dikarenakan seluruh material
yang menjadi dasar pemberian nama suatu takson
yang diambil telah hilang/musnah.

16
PUBLIKASI ILMIAH YANG VALID

 International Journal of Systematic and

Evolutionary Microbiology (IJSEM)
 Harus berbeda dengan spesies lain

Tatanama (nomenklatur)
 Deskripsi tuntas dan jelas khususnya yang menjadi
dasar penamaan
 Penunjukan type strain harus jelas

17
PUBLIKASI EFEKTIF & VALID
Publikasi : Jurnal internasional yang
terakreditasi
 Antonie van Leeuwenhoek
 Journal of Bacteriology

Tatanama (nomenklatur)
 Systematics and Applied Microbiology

Contoh:
Streptomyces indonesiensis DSM 41759T
(Sembiring et al., 2000)
 efektif : Antonie van Leeuwenhoek 78 (2000)
 valid :IJSEM 51 (2001).
18
7. PUBLIKASI

Publikasi efektif:
 Antonie van Leeuwenhoek 78: 353-366 (2000)

Tatanama (nomenklatur)
Publikasi valid:
 International Journal of Systematic and evolutionary
Microbiology 51: 1619-1620 (2001)

19
KRONOLOGI “INTERNATIONAL CODE OF
BACTERIAL NOMENCLATURE DEVELOPMENT’

< 1930: menggunakan sistem kode dari “Botanical

dan/atau Zoological”

Tatanama (nomenklatur)
1930  International Congress of Microbiology
1– Paris
 Kebutuhan mendesak untuk nomenklatur bakeri
 Dibentuk komisi nomenklatur dan taksonomi
 Investigasi terhadap problem yang ada dan
merekomendasikan di kongres
20
1936: KONGRES INTERNASIONAL MIKROBIOLOGI 2-
LONDON
 Kode untuk memformulasikan nomenklatur bakteri
disetujui
 Akan di diskusikan pada kongres berikutnya

Tatanama (nomenklatur)
1939: Kongres International Microbiology 3 -
New York
• Kode tatanama untuk bakteri di setujui
• Komisi Judicial dibentuk
• Dibuat Peraturan International untuk
Nomenklatur Bacteri
21
1947: KONGRES INTERNATIONAL
MICROBIOLOGY 4 - COPENHAGEN
 Draft Nomenklatur Bacteri
 Di revisi di dalam The Journal of Bacteriology and The
Journal of General Microbiology

Tatanama (nomenklatur)
22
1950: KONGRES INTERNATIONAL
MICROBIOLOGY 5 -RIO DE JENEIRO
 Buletin internasional nomenklatur dan taksonomi
bakteri dipublish secara umum
Bulletin :

Tatanama (nomenklatur)
 International Journal of Systematic Bacteriology
(IJSB) s/d 2000
 2001- sekarang : International Journal of Systematic
and Evolutionary Microbiology (IJSEM)

23
1975:
 TheInternational Code of Nomenclature of
Bacteria sudah dipublis secara permanen

1992 - sekarang:

Tatanama (nomenklatur)
 The International Code of Nomenclature of
Bacteria was revised

(Priest, F. & Austin, B. 1995. Modern bacterial

Taxonomy, 2nd ed., Chapman & Hall, p. 136.)

24
PUBLIKASI NOVEL SPECIES

 Isolasi dan purifikasi

 Karakterisasi (sejumlah kecil karakter terpilih)

Tatanama (nomenklatur)
 Identifikasi genus (Generic assignment)

 Penentuan strain acuan (type strain)

 Karakterisasi dan Identifikasi lengkap

 Teridentifikasi: klasifikasi dan pemberian nama

25
KARAKTERISASI DAN KLASIFIKASI

 Karakteristik kultural (colour grouping)

 Karakteristik morfologis (morfologi dan

Tatanama (nomenklatur)
ornament prmukaan koloni)
 Numerical systematics (karakterisstik
phenotypic)
 Chemosystematics (analisis kimia)

 Molecular Systematics (Ribotyping, sequencing

16S rDNA)

26
RENCANA NAMA SPECIES
Nama diusulkan  ICBN (Prof. H. Trupper)
 S. asiensis  S. asiaticus

 S. cangkringanensis  S. cangkringensis

Tatanama (nomenklatur)
 S. indonesiensis  S. indonesiensis

 S. javanensis  S. javensis

 S. rhizospherius  S. rhizosphaerius

 S. yogyakartanensis  S. yogyakatensis

27
KODE STRAIN (ACESSION NUMBER)

 S. asiaticus (A14P1 = DSM 41761 = NCIMB 13675)

 S. cangkringensis (D13P3 = DSM 41769 = NCIMB

Tatanama (nomenklatur)
13684)
 S. indonesiensis (A4R2 = DSM 41759 = NCIMB 13673)

28
ACESSION NUMBER 16S RDNA
 S. asiaticus DSM 41761T (AJ 391830)
 S. cangkringensis DSM 41769T (AJ 391831)

Tatanama (nomenklatur)
 S. indonesiensis DSM 41759 T(AJ 391835)

 S. javensis DSM 41764T (AJ 391833)

 S. rhizosphaerius DSM 41760T (AJ 391834)

 S. yogyakartensis DSM 41766T (AJ 391827)

29
PUBLIKASI
 Draf publikasi
 Kode Strain dari DSMZ dan NCIMB

 Accession number of 16S rDNA seq.

Tatanama (nomenklatur)
↓
Int. J. General & Mol. Microbiol. Antonie van
Leeuwenhoek
↓
Vol. 78 (3/4): 353 – 366 (Effective)

30
VALIDASI

Valid Publication:
 International Journal of Systematic and

Tatanama (nomenklatur)
evolutionary Microbiology 51: 1619-1620 (2001)
↓
Approved List of Bacterial Name

31