PERTEMUAN 3

SISTEMATIKA MIKROBIA

Nosa Septiana A, M.Biotech

anindita.nosa@yahoo.com

TUJUAN PERKULIAHAN
Mahasiswa mampu menjelaskan sejarah sistematika
Mahasiswa mampu menyebutkan 4 kajian dalam
sistematika mikrobia
Mahasiswa dapat menjelaskan konsep taksonomi,
klasifikasi, identifikasi dan tatanama

INDIKATOR

Menjelaskan sejarah mikrobia

Menyebutkan 4 kajian dalam sistematika mikrobia
Penjelasan konsep taksonomi, klasifikasi, identifikasi dan
tatanama

MATERI PERKULIAHAN
1. Sejarah Sistematika
2. Sistematika Mikrobia
2.1 Taksonomi
2.2 Klasifikasi
2.3 Identifikasi
2.4 Tata nama

SEJARAH SISTEMATIKA
MIKROBIA

1. SEJARAH SISTEMATIKA
Aristoteles (- mid 1800-san) : Dunia Plantae;
Dunia Animalia
E. Haeckel (1866)

: Dunia Plantae;
Dunia Animalia;
Dunia Protista

E. Chatton (1937) : Prokaryotae;

Eukaryotae
R.H. Whittaker (1969): Dunia Monera
Dunia Protista
Dunia Fungi
Dunia Plantae
Dunia Animalia

Carl Woese (1978): Domain Bakteria

Domain Arkhaea
Domain Eukarya

Carol J. Bult (1996) : selesai sequencing genom

Methanococcus janashii (Arkhaea)
Solomon et al. (1999 - 2002): Dunia Bakteria
Dunia Arkhae(bakteria)
Dunia Protista
Dunia Fungi
Dunia Plantae
Dunia Animalia

FIVE KINGDOM & THREE DOMAIN

TREE OF LIFE: THREE DOMAIN

The Three-Domain System

SISTEMATIKA MIKROBIA

2. SISTEMATIKA MIKROBIA
Sistematika: ilmu yang mempelajari keanekaragaman mahluk hidup
serta hubungan kekerabatan antar sesamanya.

Tiga bidang kajian sistematika:

Klasifikasi
Tatanama (Nomenklatur)
Identifikasi

Taksonomi : ilmu yang mempelajari teori klasifikasi yang mencakup dasar,

prinsip serta aturan klasifikasi.
Klasifikasi : praktek taksonomi yaitu proses penataan organisme ke dalam
suatu kelompok (takson) berdasarkan hubungan kemiripan
(similaritas) atau hubungan kekerabatan (evolusioner).
Identifikasi: proses dan hasil penentuan apakah suatu organisme yang
belum dikenal merupakan anggota kelompok yang sudah
diketahui sebelumnya atau bukan.
Tatanama: cara pemberian nama ilmiah mahluk hidup menurut kode
tatanama.

SISTEMATIKA MODERN

Identification : microbial ecology, industrial

biotechnology, diagnostic
hospital microbiology
Current trends : Modern microbial
systematics
Chemistry: chemosystematics
Molecular biology: molecular systematics
Data handling: numerical phenetic
systematics

TAKSONOMI MIKROBIA

2.1 TAKSONOMI MIKROBIA

2.1.2 DEFINISI TAKSONOMI
Ilmu yang mempelajari klasifikasi
mikroorganisme
Untuk menunjukkan hubungan di antara
mikroorganisme
cara untuk memperoleh identifikasi
universal dari satu organisme
Mengapa kita harus perduli kalau mereka
saling berhubungan?

Taksonomi berkaitan dengan:

Klasifikasi
Penamaan (Nomenclature)
Identifikasi

2.1.2 PERANAN TAKSONOMI

Memungkinkan ilmuwan mengorganisasikan sejumlah
besar pengetahuaannya
Memungkinkan ilmuwan membuat prediksi dan
kerangka hipotesis tentang organisme
Menempatkan organisme dalam kelompok-kelompok
bermakna dengan memberi nama secara tepat, jadi
akan mempermudah komunikasi ilmiah
Penting untuk identifikasi mikroorganisme secara tepat.

KLASIFIKASI

DAN

HIERARKI TAKSONOMIS

Hierarki
Taksonomis
Domain

Eukarya

Bakteria

Arkhaea

Dunia

Plantae

Bakteria

Arkhaea

Phylum

Anthophyta

Proteobacteria

Crenarcheota

Classis

Monocotyledoneae Gamma
Proteobacteria

Thermoprotei

Ordo

Commelinales

Enterobacteriales

Sulfolobales

Familia

Poaceae

Enterobacteriacea
e

Sulfolobaceae

Genus

Zea

Salmonella

Sulfolobus

Species

Zea mays

S. dysenteriae

Slf. Metallicus

KLASIFIKASI MIKROBIA

2.2 KLASIFIKASI MIKROBIA

2.2.1 DASAR KLASIFIKASI MIKROBIA

Aristoteles ( 400 SM 1800-an) : kenampakan morfologi luar

E. Haeckel (1866): morfologi (mikroskopis) dan fisiologi

E. Chatton (1937) : struktur organisasi interna sel (prokaryotik &

eukaryotik)

R.H. Whittaker (1969) : organisasi internal sel;

nutrisi; struktur
organisasi selular

Carl. Woese (1978) : molekul RNA ribosomal (biologi molekular)

16S rRNA (Arkhaea & Bakteria)
18S rRNA (Eukarya)

2.2.2 PENTINGNYA KLASIFIKASI MIKROBIA

Pneumocystis jirovecii
awalnya diidentifikasi
sebagai protozoa
hingga analisa DNA
menunjukkannya
sebagai jamur.

Mengapa sangat

penting
mengklasifikasikan
suatu organisme?

2.2.3 DEFINISI KLASIFIKASI MIKROBIA

Klasifikasi:

Pembagian sistematika dari suatu organisme

menjadi taksa tertentu berdasarkan
karakteristik yang sama

2.2.4 SISTEM KLASIFIKASI MIKROBIA

A. FENETIK (BERDASARKAN KEMIRIPAN SIFAT)

Klasifikasi secara konvensional
Karakteristik utama yang digunakan adalah:
Bentuk sel
Ukuran sel
Morfologi koloni
Karakteristik ultrastruktur
Kebiasaan pewarnaan
Mekanisme pergerakan
Isi sel
Sumber karbon & nitrogen

Bahan penyusun dinding sel

Sumber energi
Hasil Fermentasi
Suhu pertumbuhan optimum
& kisarannya
Toleransi osmosis
Hubungan oksigen
pH optimum & kisaran
pertumbuhan
Sensitivitas terhadap
metabolic inhibitors &
antibiotics

B. PHYLOGENY (Berdasarkan hubungan

evolusi)
Menunjukkan hubungan evolusioner dan sejarah di antara
organisme

Beberapa diperoleh dari data fosil

Hanya mungkin dengan menggunakan teknik molekuler:

- Genetic Homology:
Base composition (GC ratio)
Nucleic acid hybridisation.
Ribosomal RNA (rRNA) sequence analysis
Protein profiles and amino acid sequences
Molecular systematics (phylogenetic): nucleic acids
analysis (evolutionary relationships: phylogeny tree)
DNA sequencing (16S, 18S rDNA)
DNA-DNA hybridisation
Molecular fingerprinting

2.2.5 PENDEKATAN/METODE KLASIFIKASI:

Klasifikasi

klasik monotetik
Klasifikasi numerik-fenetik- politetik
(berdasarkan kesamaan morfologi)
Klasifikasi kimiawi (khemotaksonomi)
Klasifikasi molekular (taksonomi molekular)
Klasifikasi polifasik

NUMERICAL PHENETIC TAXONOMY

Numerical phenetic taxonomy: phenotypic test &
computer analysis
Cultural : colonial morphology, pigmentation
Morphological : cell shape, staining reaction, motility
Physiological : growth temp., anaerobic growth
Biochemical : acid from carbohydrates, nitrate reduction
Nutritional : carbon sources
Chemotaxonomic: amino acids, cell wall, membrane lipids
Inhibitory tests: sensitivity to antibiotics
Serological : agglutination
Genomic : mol % GC, DNA-DNA reassociation

Hierarchy

IDENTIFIKASI MIKROBIA

2.3 IDENTIFIKASI MIKROBIA

2.3.1 DEFINISI
Identifikasi : proses & hasil penentuan benar tidaknya
suatu strain yang diteliti merupakan anggota takson
yang sudah dikenal sbelumnya
Penentuan identitas strain mikrobia
Strain baru (isolate) tidak dapat diidentifikasi jika strain
yang serupa belum pernah dikarakterisasi, diklasifikasi
dan diberinama.
Identifikasi : aplikasi klasifikasi dan tatanama
Tujuan identifikasi: memberi nama strain dengan cara
memasukkannya ke dalam suatu takson (genus&
spesies) yang sudah ada sebelumnya, berdasarkan
sejumlah kecil karakter yang dipilih.
Pada hakekatnya, identifikasi tidak pernah dicapai secara
mutlak tetapi bersifat probabilitas karena seungguhnya
tidak ada strain yang identik.

2.3.2 FAKTOR YANG MEMPENGARUHI

IDENTIFIKASI
(i) kekurang akuratan deskripsi publikasi yang dipakai
sebagai dasar
(ii) kekeliruan dalam mengkarakterisasi strain yang diteliti
kurang memadainya sistem klasifikasi yang dipakai
sebagai dasar identifikasi
(iii) kurang memadainya karakterisasi strain yang diteliti
penemuan strain yang atypical dalam takson terkait
(iv) penemuan strain yang merupakan anggota novel taxon

Faktor (i) dan (ii) dapat ditanggulangi dengan

menerapkan teknik karakterisasi yang
terstandardisasi dan reproducible (handal).

Pengalaman sangat menentukan dalam

keberhasilan identifikasi !

2.3.3 SISTEM IDENTIFIKASI

Sistem identifikasi yang baik memiliki ciri sebagai
berikut:
Handal
Nyaman digunakan
Cepat
Jumlah pengujian relative sedikit
Fleksibel
Relatif murah

2.3.4 STRATEGI IDENTIFIKASI

Tidak ada metode yang berlaku universal untuk semua
mikrobia
Bervariasi teknik yang telah dikembangkan untuk
masing-masing kelompok mikrobia
Strain yang diteliti harus terjamin sebagai kultur murni
Gunakan semua informasi yang tersedia terkait dengan
strain yang diteliti
Gunakan selalu kontrol positif dan kontrol negative dalam
setiap pengujian
Kesimpulan ditemukannya strain anggota novel taxon
baru dapat dilakukan setelah melalui pengujian yang
menunjukkan tidak teridentifikasinya strain secara
meyakinkan.

2.3.5 KARAKTERISASI
Kultural

Morfologi

sel dan koloni

Fisiologis
Biokimiawi

Nutrisional
Khemotaksonomis
Serologis
Uji

penghambatan
Genotipik

2.3.6 METODE IDENTIFIKASI

A. METODE TRADISIONAL:
Uji biokimiawi, nutrisional, fisiologis dilakukan dalam
botol atau tabung berisi medium cair atau padat atau
plate
Murah tetapi dapat kurang nyaman melakukannya, sulit
distandardisasi dan diinterpretasikan, kurang
repordusibel, dan lambat
Satu-satunya metode yang ada untuk kelompok
mikrobia tertentu yang belum terklasifikasi dengan baik
karena kurang terkait dengan masalah medis dan
industri. Jadi belum ada teknik modern yang komersial
Masih bermanfaat, khususnya pada tahap awal
walaupun sudah tersedia teknik modern yang cepat,
khususnya jika dilakukan oleh pakar yang
berpengalaman.

B. METODE KOMPOSIT
Menggunakan media yang dapat menguji kemunian
strain
Media selektif dan diferensial tersedia bagi mikrobia yang
penting dalam bidang medis dan pangan, misalnya:
medium Polymyxin egg-yolk mannito bromothymol blue
agar dapat membedakan antara strain anggota Bacillus
cereus dan strain anggota spesies yang lain dalam
genus Bacillus berdasarkan reaksi terhadap egg-yolk dan
ketidak mapuan memfermentasi mannitol.
Medium Kligler iron agar, triple sugar iron agar dan
Kohns two tubes medium masih digunakan untuk
identifikasi strain anggota Familia Enterobacteriaceae
berdasarkan frementasi karohidrat, produksi H2S,
motilitas dan produksi indol.

C. MICROMETOHDS
Medium volume kecil yang bersifat khromogenik
atau fluorogenik yang diinokulsi dengan sejumlah
besar inokulum
Berdasarkan akativitas enzim tertentu

D. COMMERCIAL IDENTICATION KITS

Commercial

miniaturized kits, dapat disimpan

lama, terstandardisasi, cepat, mudah
dilaksanakan dan memberi hasil yang konsisten.
Biasa digunakan secara rutin di laboratorium
klinis karena dianggap nyaman melakukannya
dan memerlukan tenaga yang lebih sedikit
Semula kit dibuat untuk mengidentifikasi anggota
Enterobacteriaceae, tetapi selanjutnya juga
dikembangkann kit untuk anggota genus
Bacillus, Lactobacillus, Nesisseria,
Staphylococcus dab Streptococcus.
Kit API 20E: untuk identifikasi anggota strain
Enterobacteriaceae

E. CHEMOTAXONOMIC METHODS
Untuk

bakteri anaerob, analisis produk

fermentasi berupa asam volatile dan non-volatil
dengan GLC
Analaisis whole-organism fatty acids dengan
GLC
Analisis isoprenoid quinines sangat bermanfaat
dalam mengidentifikasi strain anggota spesies
dalam genus Legionella.
Pyrolysis Mass Spectrometry (PyMS)
bermanfaat bagi identifikasi Mycobacterium dan
aktinomisetes yang lain.
Fourier-transformed infrared spectrometry dan
Ultraviolet Resonance Raman spectrometry.

2.3.7 PANDUAN IDENTIFIKASI

Bergey's Manual
- Metode untuk membedakan dan
mengidentifikasi bakteri yang disusun dalam
Bergey's Manual of Determinative
Bacteriology
- Bergey's Manual of Systematic
Bacteriology
Menyediakan penjelasan mengenai karakteristik fisik
dan kimia dan sistem identifikasi dari bakteri yang
penting

Bergeys Manual of Systematic

Bacteriology

Morphological characteristics
Presence of various enzymes
Serological tests
Phage typing
Fatty acid profiles
DNA finger printing
Sequence of ribosomal RNA
Is still very difficult

 Morphological
characteristics:
Useful for
identifying
eukaryotes
Differential
staining: Gram
staining, acidfast staining
Biochemical
tests:
Determines
presence of
bacterial
enzymes

Metode Identification

A dichotomous key

Contoh Identifikasi Bakteri dengan Menggunakan

Metode Klasik Mikrobiologi

Contoh Tes Biokimia

untuk Identifikasi Bakteri

Contoh Tes Biokimia

untuk Identifikasi Bakteri

Design a rapid test for

a Staphylococcus aureus

INHIBITORY TESTS:
Sensitivitas Streptococcus pyogenes terhadap
bacitracin dan strain anggota genus Vibrio terhadap
0/129.
Sistem identifikasi untuk Enterobacteria dan Bakteri
Gram negative batang non-fermentatif atas dasar
sifat pertumbuhan dalam natibiotik.

Serology
(ilmu yang mempelajari tentang serum dan respon imun nya)

Combine known
antiserum + unknown
bacterium
Slide agglutination
ELISA
Western blot
Southern Blot
DNA chip

Cepat, mudah, spesifik dan sensitive

Tersedia kit bagi berbagai kelompok mikrobia

Latex particle agglutination, coagulation, immunofluorescence dan

ELISA (Enzyme-Linked Immunosorbent Assay)

Phage Typing
Menentukan kepekaan suatu
strain terhadap phage atau
virus bakteri tertentu

GENOTYPIC METHODS

Hibridisasi asam nukleat dan molecular fingerprinting (RFLP,

ARDRA, RAPD)
Rumit dan relative lebih lambat
Nucleic acid probe: deteksi gen tertentu dalam mikrobia yang
diteliti
Digunakan dalam klinik dan industri
Menggunakan teknik PCR: Mycobacterium (tumbuh lambat)

PRAKTEK IDENTIFIKASI
Isolat (kultur murni)

Karakterisasi (identifikasi awal)-Generic

Assignment
(Bergeys manual of Determinative/Systematic
Bacteriology)

Strain Acuan (Type strain)

Identifikasi

Kesimpulan

Dari lebih 2600 spesies yang telah

diidentifikasi
Hanya lebih kurang 250
atau 10% yang
merupakan patogen

MORFOLOGI SEL BAKTERI

TATA NAMA (NOMENKLATUR)

MIKROBIA

TATANAMA (NOMENKLATUR):
International Code of Bacterial Nomenclature (Sneath,
1992).
International Code of Botanical Nomenclature (Greuter et al.,
1994)
International Code of Zoological Nomenclature (Ride et al.,
1985)
Sistem binomial: nama spesies terdiri dari dua kata
Bahasa Latin atau diperlakukan sebagai bahasa Latin
Nama genus : diawali dengan huruf kapital e.g.
Bacillus
Penunjuk spesies : ditulis dengan huruf kecil e.g.
subtilis
Nama spesies : Bacillus subtilis

 Dalam sistem nomenklatur binomial yang diajukan

oleh Carl von Linne (Carolus Linnaeus)

huruf pertama nama genus ditulis dengan huruf

besar dan
epitet spesifik ditulis dengan huruf kecil pada huruf
pertamanya (e.g., Escherichia coli);
dalam artikel ilmiah, huruf pertama genus dapat
disingkat penulisan penulisan setelah digunakan
setelah ditulis lengkap pada penulisan sebelumnya.
(contoh, E. coli).

2.4.1 IDENTIFIKASI DAN KONSEP SPESIES

Nomenspecies: share the same type strain

Taxospecies : similarity index 70

(numerical taxonomy)
Genospecies: genetic exchage

Genomic species: DNA relatedness value 70%

2.4.2 DEFINISI SPESIES

Spesies
Taksonomi dari unit dasar, yang mewakili jenis organisme
yang spesifik dan dikenali
Bagi organisme yang bereproduksi secara seksual,
definisi dasar dari spesies adalah yang mampu
bereproduksi secara sesuai.
Definisi ini banyak yang gagal bagi banyak spesies
mikroba (termsuk bakteri), karena mereka tidak
bereproduksi secara seksual.

Spesies di dalam mikrobiologi:

- Koleksi strain mikroba yang berbagi banyak properti
dan berbeda secara nyata dari grup strain lainnya.
- Spesies diidentifikasi dengan membandingkan dengan
type strains yang telah diketahui.
type strain adalah kultur murni yang telah
dikarakterisasi dengan baik,sebagai referensi untuk
identifikasi yang belum diketahui.
- Ada beberapa koleksi dari type strain; Contoh.
American Type Culture Collection (ATCC), Deutsche
Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen
GmbH (DSMZ)