II.

PENGGOLONGAN MIKROORGANISME

KOMPETENSI KHUSUS
Setelah menmpuh materi ini, mahasiswa mampu: mendiskusikan dasar-dasar ilmu taksonomi,
bermacam-macam karakteristik yang digunakan dalam taksonomi, memahami prinsip-prinsip
pengelompokkan mahluk hidup, menyebutkan organisme yang dikelompokkan dalam domain
serta mendiskripsikan ciri-ciri anggota domain tersebut (Bacteria, Archaea, and Eucarya)

2.1. PENDAHULUAN
Pada awal perkembangan biologi, organisme telah dikelompokkan menjadi dunia
tanaman dan hewan. Namun, pada masa selanjutnya beberapa organisme tidak cocok jika
dikelompokkan ke salah satu dari dua dunia tersebut. Sebagai contoh adalah mikroorganisme
yang mempunyai ciri-ciri struktural dan fungsional yang sangat berbeda dengan tanaman
maupun hewan, sehingga diusulkan penggolongan baru.
Penggolongan yang diusulkan guna memperbaiki pengelompokkan dua dunia, diajukan
oleh E.H. Haeckel 1866 dengan menambahkan dunia ke tiga yang meliputi
mikroorganisme(Protista), yang hanya mencakup organisme uniseluler. Jadi kalau kita
membicarakan protista, termasuk di dalamnya adalah bakteri, algae, cendawan dan protozoa.
Adapun virus tidak dikelompokkan ke dalamnya karena virus bukan merupakan organisme.
Penggolongan yang lebih maju dikemukakan oleh R.H. Whittaker 1969, yang
mengelompokkan organism menjadi 5 dunia seperti terlihat pada Gambar 2.1.

A. Domain
Carl Woese dan kawan-kawan menggunakan rRNA untuk mengelompokkan semua
organisme menjadi tiga domain
1. Bakteria meliputi prokarkaryot; dinding sel mengandung peptidoglikan, asam
muramat; membran lipid mengandung ikatan lurus ester pada rantai asam
2. Archaea : prokaryotes, dinding sel mengandung sedikit asam muramat, memiliki lipid
dengan ikatan cabang rantai alifatik eter, sedikit thymidine pada lengan T molekul
tRNA, memiliki RNA polymerase khusus, dan memiliki ribosom dengan komposisi
dan bentuk berbeda dengan yang ditemukan pada bakteri

9
 3. Eucarya-memiliki membran yang lebih komplek, struktur organela dibatasi membran.

Gambar 2.1. penggolongan mikroorganisme menurut Whittaker

B. Kingdom
Whittaker mengenalkan sistem lima kingdom yang pertama diterima secara luas. Di
dalam sistim tersebut meliputi:
1. Animalia-multisellular, eukaryot tidak berdinding dengan pengambilan nutrisi melalui
penelanan
2. Plantae-multiselular, eukaryota berdinding dengan pemenuhan nutrisi secara
fotoautrotof
3. Fungi-multiselular dan uniselular, eukaryota berdinding dengan pengambilan nutrisi
secara absorpsi
4. Protista-uniselular eukaryota dengan bermacam-macam mekanisme pengambilan
nutrisi
5. Monera (Procaryotae)-semua organisme prokarkaryot
Banyak biologists tidak menerima sistem Whittakerís, alas an paling utama yaitu karena
sistim ini tidak membedakan bakteri dari archaea. Beberapa alternatif telah disarankan, termasuk
sistem enam kingdom dan dua empire, sistem delapan kingdom.

10
Gambar 2.1. Sistim Domain menurut Carl Woese

2.2. SISTEM KLASIFIKASI

Dalam penggolongan mikroorganisme dikenal sejumlah istilah atau terminologi,

diantaranya:
Taksonomi : ilmu tentang klasifikasi biologi
Klasifikasi : penataan organisme dalam suatu kelompok (taksa)
Nomenklatur : penamaan kelompok taksonomi
Identifikasi : penentuan takson tertentu dalam kelompok taksonomi
Sistematik : kajian ilmiah organisme dengan maksud mengkarakterisasi dan
menatanya secara teratur

11
 Sistem klasifikasi yang digunakan pada pengelompokkan mikroorganisme yaitu sistim
klasifikasi alamiah yang menyusun organisme menjadi kelompok-kelompok dimana
anggotanya mepunyai beberapa karakteristik dan mewakili sifat alamiah biologis organisme.
Ada dua konsep sistem klasifikasi yang digunakan yaitu:
1. Sistem Fenetik: pengelompokkan organisme didasarkan atas seluruh kesamaan
– Seringkali sistem alami didasarkan pada kesamaan karakter
– Tidak tergantung pada analisis filogenetik
– Menggunakan “unweighted traits” (diperlakukan sama)
– Sistem terbaik membandingkan sebanyak mungkin atribut
2. Sistem filogenetik (filetik) : pengelompokkan organisme didasarkan atas hubungan
evolusioner
– Sulit untuk diterapkan pada prokarkaryot karena kekurangan catatan fosil yang baik
– Komparasi langsung materi genetik dan produk gen seperti rRNA dan protein dapat
mengatasi kesulitan tersebut

2.3. KARAKTERISTIK UTAMA YANG DIGUNAKAN DALAM TAKSONOMI

Dalam pengelompokan organism, beragam karakter masing-masing organism digunakan

sebagai dasar pengelompokan. Secara umum dikenal karakter klasik dan molekuler. Karakter
klasik umum digunakan pada pengelompokan secara fenetik meskipun pada pengelompokan
secera filogenetik karakter tersebut dapat menjadi alat bantu yang sangat menguntungkan.
Adapun karakter molekuler menjadi dasar utama pengelompokan secara filogenetik. Jabaran
karakter tersebut dituliskan berikut ini.

A Karakter Klasik
1. Karakter morfologis
Mudah analisisnya, genetik stabil, dan variasi tidak dipengaruhi lingkungan; seringkali
mengindikasikan hubungan filogenetik
2. Karakter fisiologis dan metabolik
Secara langsung berkaitan dengan enzim dan protein transport (produk gen) dan oleh
karenanya memberikan perbandingan secara tidak langsung genom mikroba
3. Karakter ekologis

12
 Meliputi pola siklus hidup, hubungan simbiotik, kemampuan menyebabkan penyakit,
preferensi habitat, dan kebutuhan hidup
4. Analisis genetik
Meliputi studi pertukaran gen kromosomal melalui transformasi dan konjugasi;
Jarang terjadi antar genera
Harus dihindari kesalahan yang disebabkan sifat yang berasal plasmid

B. Karakter Molekuler
1. Komparasi protein – dapat memberikan informasi genetik organisme
2. Komposisi basa asam nukleat
a. Kandungan G+C dapat ditentukan dari suhu leleh (melting temperature, Tm).
Tm adalah suhu di mana dua untai molekul DNA memisah satu sama lain ketika
suhu dinaikkan perlahan-lahan.
b. Secara taksonomis berguna karena variasi di dalam suatu genus biasanya kurang dari
10% tetapi variasi di antara genera cukup besar, berkisar antara 25 – 80%.
3. Hibridisasi Asam Nukleat
4. Sekuensing Asam Nukleat

2.4. ARCHAEA

Archaea berbeda baik dari bakteri maupun eukaryot dalam hal struktur dinding sel dan
kimianya, struktur membran lipid, biologi molekuler dan metabolismenya. Archaea biasanya
dapat tumbuh di habitat ekstrim: anaerobik, hipersalinitas, dan temperatur yang tinggi. Archaea
beragam baik dalam morfologi maupun fisiologi, secara umum karakternya sebagai berikut:
a. Gram positif atau Gram negatif
b. Bentuk sferik atau bulat, rod-shaped, spiral, lobed, plate-shaped, tidak berturan atau
pleomorphic
c. Bersel tunggal, aggregat atau filamen
d. Memperbanyak dengan pembelahan biner (binary fission), tunas, fragmentasi, atau
mekanisme lain
e. Bersifat aerob, fakultatif anaerob, obligat anaerob
f. Cara mendapat makanan khemolitotrof sampai organotrof
g. Beberapa mesofil, meskipun yang lain hipertermofil, dapat tumbuh di atas100°C

13
 h. Archaea sering ditemukan dalam perairan ekstrim dan habitat terestrial, sekarang
telah ditemukan pada lingkungan dingin dan terdapat 34% dari biomassa
prokarkaryotik di perairan permukaan atlantik , beberapa bersimbiose dalam sistem
digestif hewan.

Dinding sel archaea tidak tersusun oleh peptidoglikan dan berbeda dengan struktur
dinding sel bakteri. Archaea tersusun dari pseudomurein, polisakarida, atau glikoprotein dan
protein lain.
Berdasarkan The Bergey’s manual (edisi ke-2), Archaea dibedakan menjadi 2 phyla:
1. Phylum Crenarchaeota
Beberapa ekstrim thermofilik, asidofil, dan sulfur-dependent
2. Phylum Euryarchaeota
Phylum ini dibedakan ke dalam 5 kelompok:
a) Methanogen
b) Halophil ekstrim atau halobakteria,
c) Thermofilik
d) Thermococci
e) Archaea pereduksi sulfat

2.5. BAKTERIA

Klasifikasi bakteri yang diterima secara luas adalah Bergey’s Manual of Systematic
Bacteriology, 5000 spesies bakteri teridentifikasi, 3100 terklasifikasi.
Bakteria terbagi menjadi empat divisi (Phyla) berdasarkan karakteristik dinding selnya dan setiap
divisi terbagi menjadi seksi berdasarkan:
- Pewarnaan Gram
- Bentuk sel
- Susunan sel
- Kebutuhan oksigen
- Motilitas
- Nutrisi dan kelengkapan metabolism

14
Beberapa Kelompok Anggota Bakteria
A. Bakteri Gram negatif
B. Bakteri Gram positif
C. Bakteri tidak berdinding sel

A. Bakteri Gram negatif

1. Spirochaeta
Bentuk bulat, fleksibel. Mempunyai dua atau lebih filamen aksial (endoflagella).
Bergerak dengan pola seperti sumbat botol
Contoh:
Treponema pallidum penyebab syphilis
Leptospira spp. penyebab leptospirosis

2. Bakteri Gram Negatif Aerobik, Motil, Heliks/Vibroid

Genus Azospirillum mengikat nitrogen dalam tanah.
Genus Bdellovibrio menyerang bakteri lain.
– Campylobacter fetus: keguguran pada hewan domestik.
3. Gram-Negatif Batang dan Koki Aerobik
Memiliki sejumlah genera yang signifika atau penting secara medik, diantara contoh
spesiesnya:
Pseudomonas: berbentuk batang dengan flagela polar. Banyak yang mengeluarkan
pigmen pada media.
Pseudomonas aeruginosa: penyebab urinary tract infections (UTIs), septikemia,
bengkak bernanah (abcesses), infeksi luka bakar, infeksi paru pada pasien cystic
fibrosis, dan meningitis.
Legionella: berbentuk batang dan hidup perairan. Kadang ditemukan di sistem AC, alat
pelembab udara (humidifiers), shower, spa, dan air mancur.
Legionella pneumophila: penyebab Legionnaires’ disease (pneumonia, 1976) dan
Pontiac fever.
Neisseria: Diplococci. Sering ditemukan pada membrane mukosa manusia Hanya
tumbuh baik sekitar temperatur tubuh.

15
 Neisseria gonorrhea: Gonorrhea.
Neisseria meningitidis: Meningitis.
4. Berbentuk Batang Gram Negatif Fakultatif Anaerobik
Beberapa meyebabkan penyakit saluran gastroinestinal
Kelompok ini memiliki 3 famili utama yang penting dalam kaitannya dengan medis.
a) Family Enterobacteriaceae (Enterics)
Hidup di saluran usus hewan.Terdiri dari bakteri yang bergerak dengan flagella
peritrich tetapi ada yang nonmotil. Beberapa mempunyai: fimbria untuk melekat pada
membran mukosa dan pili untuk pertukaran DNA
Sebagian besar memfernentasi glukosa dan jenis gula yang lain.
Genus Escherichia: E. coli mendiami saluran usus manusia. Sebagian besar strainnya
tidak patogen, namun ada yang menyebabkan UTIs (urinary tract infections),
traveler’s diarrhea dan food-borne disease.
Genus Salmonella: hampir semua anggotanya berpoensi sebagai patogen.Habitat di
saluran gastrointestinal hewan dan dapat mengkontaminasi makanan( telur,
daging)
Salmonella typhi: Typhoid fever, severe illness.
S. enteritidis: Causes salmonellosis, the second most common bacterial food-
borne disease. Over 1.3 million cases/year in the U.S.
Genus Shigella: hanya ditemukan pada manusia dan menyebabkan traveler’s
diarrhea.
Genus Klebsiella: menyebabkan infeksi saluran pernapasan dan saluran air kencing
(UTIs).
Klebsiella pneumoniae: strain yang tahan terhadap antibiotik dan menyebabkan
pneumonia dan nosocomial infections.
Genus Serratia: Infeksi saluran pernapasan dan saluran air kencing
Serratia marcescens: memproduksi pigmen merah. Penting pada infeksi
infeksi nosokomial
b) Family Vibrionaceae
Ditemukan dalam habitat perairan.
Genus Vibrio: bentuk batang bengkok.

16
 -Vibrio cholerae: Cholera, tinja amorf dan diare berair.
- Vibrio parahaemolyticus: gastroenteritis. Shellfish poisoning.
c) Family Pasteurellaceae
Dijumpai di lingkungan akuatik; berbentuk batang lurus atau agak bengkok
Genus Pasteurella: patogen pada sejumlah hewan dometik.
Genus Hemophilus: patogen penting pada membran mukosa saluran pernafasan
atas, mulut, vagina dan saluran pencernaan. Membutuhkan darah untuk
kultivasinya.
Hemophilus influenzae: menyebabkan meningitis, infeksi telinga,
bronchitis, arthritis, dan pneumonia pada anak-anak.
H. ducreyi: menyebabkan chancroid yang ditularkan secara seksual.
Genus Gardnerella: belum dimasukkan dalam kelompok.
G. vaginalis menyebabkan infeksi vaginitis umum.

5. Anaerobic Gram-Negative Rods

Dapat berbentuk batang lurus, melengkung ataupun heliks.
Genus Bacteroides: bersifat non-motil. Hidup dalam saluran pencernaan manusia
(1 milyard per g feses) dan getah crevice. Menyebabkan peritonitis,
bengkak bernanah (abscesses), dan infeksi jaringan dalam.
Genus Fusobacterium: berbentuk batang panjang langsing dengan ujung
meruncing. Dijumpai pada gingival crevices, menyebabkan pembengkakan
gum gigi.

6. Sulfur-Reducing Bacteria
Bersifat anaerob obligat, membebaskan H2S ke atmosfer. Dijumpai di tanah dan saluran
pencernaan hewan. Secara ekologi cukup penting.

7. Anaerobic Gram-Negative Cocci

Kokus non-motil, umumnya berpasangan.
Genus Veillonella: menyebabkan plaq gigi

17
8. Rickettsia dan Chlamydia
Bakteri Gram negatif, parasit obligat intraseluler.
Rickettsia: bakteri berbentuk batang atau coccobacilli, sangat pleomorfik. Ditularkan ke
manusia melalui insekta atau kutu (kecuali Coxiella burnetti penyebab Q
fever).
Genus Ehrlichiae: hidup di dalam sel darah putih.
Genus Rickettsia: menyebabkan demam berbintik-bintik (spotted group fevers)
(misal: Rocky mountain spotted fever, endemic typhus).
Chlamydia: bakteri berbentuk kokus. Ditularkan ke manusia oleh kontak langsung dengan
orang lain atau melalui udara atau respirasi.
Memiliki siklus hidup yang unik. Membentuk badan retikulatus atau
elementary (reticulate and elementary bodies) pada sel yang terinfeksi.
Memiliki 3 spesies:
– Chlamydia trachomatis: menyebabkan kebutaan pada manusia dan
urethritis non-gonococcal.
– C. psittaci: penyebab demam Parrott (burung betet/nuri).
– C. pneumoniae: penyebab pneumonia ringan.

B. Gram-Positive Bacteria (Divisi II)

1. Kokkus Gram-Positive
– Non-spore forming cocci.
– Aerobic hingga strictly anaerobic.
– Pyogenic (menghasilkan nanah)
Genus Staphylococcus: cenderung membentuk klaster seperti buah anggur ,
tumbuh baik pada tekanan osmotik tinggi dan kelembaban rendah.
Penyebab infeksi umum sebab dijumpai di kulit dan membrane mukosa hidung..
– Staphylococcus aureus: (aureus = golden) membentuk koloni kuning. Dapat
menghasilkan sejumlah toksin. Menyebabkan infeksi seperti kulit bengkak
bernanah, toxic shock syndrome, keracunan makanan dan infeksi
nosokomial. Menjadi masalah utama terutama karena resistensi terhadap
antibiotik.

18
 Genus Streptococcus: Kebanyakan bersifat patogen. Cenderung membentuk
rangkaian sel seperti rantai. Tidak menggunakan oksigen atau anaerobik tetapi
umumnya aerotoleran. Klasifikasi didasarkan pada pengaruhnya terhadap sel
darah merah (hemolisis). Menyebabkan beragam penyakit seperti infeksi
tenggorokan, infeksi saluran respirasi, bengkak bernanah (abscesses), puerperal
fever dan infeksi-infeksi oportunistik.
– Streptococcus pneumoniae: penyebab pneumonia bacterial, infeksi telinga,
meningitis, dan infeksi sinus.
– Streptococcus pyogenes: menyebabkan infeksi tenggorokan, scarlet fever,
demam rematik, impetigo, infeksi kulit, erysipelas, puerperal fever,
glomerulonephritis.
2. Bakteri Gram Positif Bentuk Kokus, Batang dan Pembentuk Endospora
Bersifat aerobik atau obligat anaerobik (strictly anaerobic); motil dan nonmotil,
mampu bertahan hidup di lingkungan yang tidak menguntungkan.
Genus Bacillus: bakteri bentuk batang.
– Bacillus anthracis: menyebabkan anthraks pada sapi, ukuran besar (4-8
µm), nonmotile fakultatif anaerobik.
– Bacillus thuringiensis: membunuh serangga, digunakan sebagai
biopestisida.
Genus Clostridium: bakteri berbentuk batang, obligat anaerobik.
– Clostridium tetani: menyebabkan tetanus (T dalam vaksin DPT).
– Clostridium botulinum: menyebabkan botulisme.
– Clostridium perfringens: menyebabkan gas gangrene dan diare.
Beberapa diantara ragam bakteri terbukti menguntungkan sehingga banyak
diantaranya yang dikembangkan untuk keperluan manusia bahkan tersedia secara komersial,
misalnya:
1. Pengikat nitrogen pada akar kacang : Rhizobium radicicola
2. Nitrifikasi : Azotobacter (hidup bebas dalam tanah)
3. Berperan dalam makanan :
Nata de coco : Acetobacter xilenum
Bakteri asam asetat: Acetobacter

19
 Pembuatan yoghurt : Lactobacillus bulgaricus + Streptococcus lactis
4. Sebagai biopestisida: Bacillus thuringensis
5. Biogas: bakteri metanogenik seperti Methanococcus, Methanobacter
6. Penghasil antibiotik : Streptococcus griceus, Streptococcus aureofaciens

2.6. FUNGI
Fungi adalah eukarya yang aklorofilus, sel somatiknya dapat dengan septa atau
(asenositik, acoenocytic) dan tidak bersepta (senositik), dan hidup secara heterotrofik. Diantara
spesiesnya banyak yang secara ekologis penting karena bersifat saprofit namun ada juga yang
bersifat parasit baik pada tanaman maupun hewan.
Sejumlah spesies mempunyai peran penting dalam beberapa proses industri seperti
fermentasi bahan makanan. Seperti yeast dalam industri roti, anggur (wine), beer, keju dan
kecap.
Kebanyakan fungi mempunyai struktur somatik berupa hifa. Hifa dapat tumbuh
memanjang dan bercabang yang membentuk massa hifa yang disebut miselium.

Gambar 2.1. Hifa dan miselium fungi

20
Gambar 2.2. Fungi bersepta dan tidak bersepta (senositik)

A. Karakteristik Fungi

1. Yeast

Merupakan fungi uniseluler, filamen dan sel berbentuk oval atau bulat
Reproduksi melalui mitosis melalui
- Pembelahan : terbagi rata untuk produksi dua sel baru yang berukuran sama
(Schizosaccharomyces)
- Budding/ pembentukan tunas terbagi tidak rata melalui tunas (Saccharomyces)
Yeast merupakan organisme fakultatif aerob, dapat hidup pada lingkungan yang
bervariasi; ketika ada oksigen melakukan respirasi aerob dan jika oksigen tidak ada,
memfermentasi karbohidrat untuk memproduksi etanol dan karbondioksida.

2. Jamur dan fungi berdaging

Merupakan fungi multiseluler dan berdaging yang diidentifikasi berdasarkan

kenampakan fisik, karakter koloni dan spora reproduksi. Struktur tubuh jamur (thallus) yang
terdiri dari hifae (banyak hifa). Hifa dibedakan:
– Hifa bersepta : sel-sel terbagi oleh sekat dinding(septa)
– Hifa Coenocytic (asepta): tidak dipisahkan oleh septa
– Hifa Vegetatif : bagian yang mendapatkan nutrien

21
 – Hifa reproduktif atau hifa aerial merupakan bagian yang berhubungan dengan
reproduksi

3. Jamur Lendir
Jamur Lendir terdiri dari jamur seluler dan jamur plasmodial (aseluler). Siklus hidup
jamur Lendir seluler digtunjukkan dalam Gambar 2.3.

B. Siklus Hidup fungi

Fungi berfilamen dapat bereproduksi seksual melalui fragmentasi hifa.Spora fungi
dibentuk dari hifa aerial dan digunakan untuk reproduksi seksual dan aseksual.
1. Spora aseksual dibentuk oleh hifa aerial dan organisme baru identik dengan induknya.
- Conidiospora spora uniseluler atau multiseluler yang berada di dalam kantung
- Chlamydospore: Spora berdinding tipis dibentuk dalam segmen hifa.
- Sporangiospore: Spora aseksual dibentuk dalam kantung (sporangium).
2. Spora seksual: dibentuk dari fusinya nukleus dari dua strain yang berbeda dari spesies
yang sama. Organisme baru yang terbentuk dari fusi tersebut berbeda dengan kedua
induknya.

Gambar 2.3. Reproduksi seksual dan aseksual jamur lendir seluler

22
Gambar 2.4. Reproduksi jamur seksual dan aseksual pada Zygomycete (Rhizopus)

Gambar 2.5. Reproduksi seksual dan aseksual Eupenicillium (Ascomycetes)

23
2.5. ALGA

Alga merupakan kelompok organisme fotosintetik, ditemukan diperairan air tawar, air
laut, dan beberapa tumbuh di lingkungan terestrial. Alga yang hidup di perairan dapat bersifat
planktonik atau bentik. Pada lingkungan terestrial, alga biasanya dijumpai pada habitat yang
lembab atau hanya aktif jika lingkungannya cukup basah. Alga ini seringkali tumbuh subur pada
kulit pohon maupun tanah yang basah.
Alga dapat berupa sel tunggal, koloni dan multiseluler. Dalam sistem klasifikasi yang
membagi organisme menjadi 5 kingdom, alga eukaryot termasuk dalam protista dan alga
prokarkaryot termasuk dalam monera. Pada umumnya alga hidup secara autotrof atau heterotrof
namun sebagian besar photoautotrof dan bereproduksi secara aseksual dan seksual.
A. Struktur vegetatif alga multiseluler

Thallus: tubuh
Holdfasts: alat pelekat pada substrat
Stipes: tubuh keseluruhan, dengan struktur mirip batan, tidak mendukung tubuh.
Blades: struktur mirip daun.
Pneumatocyst: kantung berisi gas, untuk mengapung.

Gambar 2.6. Perbandingan struktur alga dan tanaman

Selain sebagai penghasil bahan organik, dan oksigen yang penting bagi lingkungan
tempat hidupnya, beberapa alga mikro mempunyai manfaat langsung bagi manusia diantaranya:

24
 – Phytoplankton
Merupakan sumber makanan bagi avertebrata di laut maupun air tawar
– Spirulina
Mempunyai kandungan protein yang tinggi sehingga dapat dimanfaatkan sebagai
bahan makanan mausia maupun ternak
– Dunaliella
Dimanfaatkan sebagai sumber bahan glyserol dan β karoten
– Diatom
Pembentuk tanah diatom yang dapat digunakan sebagai bahan penyaring
– Chlorella dan Chlamydomonas
Digunakan sebagai model penelitian

Di samping kelompok atau spesies-spesies yang bermanfaat, beberapa alga mikro

mempunyai pengaruh negatif terhadap lingkungan maupun organisme lain, diantaranya:
– Pertumbuhan alga yang sangat hebat (blooming) di suatu perairan dapat
menyebabkan penurunan oksigen ketika terjadi penguraian sel-sel yang telah mati
– Beberapa jenis dinoflagellata yang hidup di perairan laut ketika populasinya
sangat banyak dapat menyebabkan air laut berwarna merah sehingga disebut
pasang merah (red tide).
– Beberapa jenis dinoflagellata dapat menghasilkan toksin yang dapat membunuh
ikan, mamalia laut dan manusia

B. Reproduksi
Alga melakukan reproduksi secara aseksual maupun seksual
1. Reproduksi aseksual
– Pembelahan sel pada beberapa alga bersel tunggal
– Fragmentasi pada koloni non-coenobic, filamen dan tipe multi sel lainnya
Contoh : Oscillatoria
– Spora :
a) Akinet : alga biru dan alga hijau
b) Zoospora: alga hijau, kuning dan coklat
c) Autospora: alga hijau, kuning

25
 2. Reproduksi seksual
Isogami : persatuan gamet yang secara morfologi tidak bisa dibedakan
Anisogami : persatuan gamet yang sama bentuknya tetapi salah satu gamet
berukuran lebih kecil
Oogami : persatuan gamet yang secara morfologi mudah dibedakan; biasanya
gamet betina disebut sel telur, lebih besar dan tidak berflagella,
sedangkan gamet jantan disebut sperma, lebih kecil dan berflagella

C. Pengelompokkan Alga

a) Alga hijau: dapat bersifat uniseluler atau multiseluler. Dinding sel tersusun atas selulosa,
mengandung klorfil a dan b dan Cadangan karbohidratnya adalah pati seperti tanaman.
Kebanyakan mikroskopis. Hidup dipermukaan perairan. Dipercaya sebagai nenek
moyang tenaman terestrial
b) Alga coklat: makroskopis panjang dapat mencapai 50 m. Kebanyakan ditemukan di
perairan pantai, pada kedalaman intermedier. Pertumbuannya cepat dan dapat dipanen
secara reguler
c) Alga merah: jenis alga ini banyak hidup pada laut dalam dari pada alga lainnya.Pigmen
merah yang menyebabkan dapatmenyerap cahaya biru yang terpenetrasi sangat dalam
pada lautan.Agar diekstraksi dari banyak jenis alga merah dan beberapa dapat
menghasilkan toksin
d) Diatom
Alga uniseluler atau berfilamen dengan dinding sel mengandung silika atau kalsium.
Deposit material dari diatom yang mati (diatomaceus earth) dimafaatkan sebagai filter
industri
e) Dinoflagellata
Alga uniseluler, motil yang menyebabkan red tide dan paralytic shellfish poisoning
f) Euglenoid: uniseluler, berflagella, bentuk memanjang dikelilingi membran plasma. Di
dalam membran plama terdapat pelikel yang elastis digunakan untuk “turning and
flexing”

26
Gambar 2.7. Euglenoid berfagella, bersifat aseluler

Gambar 2.8. Algae multiseluler Brown Alga (Laminaria) dan siklus hidupnya

2.8. PROTOZOA

Protozoa adalah mikroorganisme eukaryot bersel satu dari kingdom protista yang tidak
mempunyai dinding sel. Sebagian besar protozoa hidup bebas dialam dan dapat ditemukan baik

27
di darat maupun perairan dan beberapa hidup berasosiasi dengan organisme lain sebagai parasit
ataupun simbion.
Protozoa bergerak dengan cara meluncur ataupun bergerak aktif dengan menggunakan
pseudopodia (Amoeba), flagella (Mastigophora) ataupun cilia (Paramaecium caudatum).Selain
sebagai alat lokomosi cilia juga membantu dalam menelan makanan dan sebagai alat peraba.
Berdasarkan cara mendapatkan dan mencerna nutrisinya, protozoa dapat digolongkan
holozoik (dengan cara fagositosis) dan saprozoik (dengan difusi, transport aktif), pencernaan
terjadi pada vakuola dan sisa buangan dapat dieliminasi melalui membran plasma.
Reproduksi dapat dilakukan secara aseksual melalui pembelahan biner (binary fission),
adapun reproduksi seksual dilakukan secara konjugasi.

Gambar 2.9. Konjugasi antara dua strain Paramaecium caudatum

2.9. VIRUS

A. Diskripsi
Virus merupakan parasit obligat intraseluler yang hanya dapat dilihat dengan bantuan
mikroskop elektron. Virus mempunyai ukuran yang beragam antara 20 hingga 300 nm. Istilah
virus pertama kali disampaikan Pasteur untuk menjelaskan agen infeksi rabies. Guna
mempertahankan keturunannya virus harus dapat berpindah dari satu inang ke inang lainnya dan
bereplikasi pada sel yang sesuai. Gen virus tersusun asam nukleat DNA atau RNA, tetapi tidak
pernah keduanya.Virus yang paling sederhana terdiri dari lapisan protein yang mengelilingi

28
asam nukleat. Lapisan protein di sekitar asam nukleat disebut Capsid (kapsid) yang tersusun dari
unit-unit morfologis atau capsomer (kapsomer). Virus yang lebih kompleks, asam nukleatnya
dikelilingi protein yang disebut envelope (amplop, sampul). Amplop virus merupakan
glikoprotein yang dihasilkan pada perkembangan infeksi virus. Kombinasi asam nukleat dan
protein yang menyusun genom disebut nucleocapsid (nukleokapsid).
Virus dapat menginfeksi hewan, tumbuhan maupun bakteri. Virus yang menginfekssi
bakteri disebut bacteriopha (bakterifaga) atau sering disebut dengan faga. Jika faga
menginfeksi bakteri dan mereplikasikan asam nukleatnya, dan proses diakhiri dengan lisisnya sel
inang disebut dengan faga litik. Adapun faga ketika menginfeksi, genom virusnya bergabung
dengan kromosom inang dan berepikasi bersama kromosom inang tetapi tidak diikuti dengan
lisisnya sel inang disebut faga lisogenik. Sifat litik maupun lisogenik pada faga ada
kesamaannya dengan beberapa virus hewan dan tumbuhan.

Gambar 2.10. Morfologi berbagai virus dan komparasi ukurannya dengan sesama virus, sel
bakteri dan sel darah manusia

B. Karakteristik Umum Virus

a) Agensia penginfeksi aseluler
b) Parasit intraseluler obligat
c) Mempunyai satu tipe asam nukleat DNA atau RNA saja, tidak pernah keduanya
d) Replikasi diarahkan oleh asam nukleat virus di dalam sel inang
e) Tidak membelah secara binair atau mitosis

29
 f) Tidak mempunyai sistem pembangkit ATP. Dalam mensintesis protein sangat tergntung
pada ribosom, enzim dan nutirn sel inang
g) Sangat kecil ( 20-300 nm) dibanding kebanyakan sel.
h) tidak mempunyai daya hambat terhadap antibiotik

B. Struktur Virus

Virus tersusun oleh materi asam nukleat DNA atau RNA dan diselubungi oleh protein
(kapsid) atau amplop (nukleokapsid) membentuk partikel lengkap yang disebut virion. Struktur
umumnya dapat dilihat pada Gambar 2.11.

Gambar 2.11. Struktur partikel Virus bervariasi ukuran,bentuk dan susunan kimia

Istilah yang umum dijumpai dalam virologi, sebagai berikut:

1) Virion: Merupakan istilah teknis untuk satu partikel virus lengkap yang tersusun dari asam
nukleat dikelilingi protein
2) Komponen virus
a) kapsid:
Susunan protein yang mengelilingi virus yang tersusun oleh banyak subunit protein
(kapsomer). Pada beberapa virus kapsid ditutupi oleh amplop yang umumnya terdiri dari
lipid, protein dan karbohidrat. Sampul dapat ditutupi oleh struktur serupa paku (spike) yang
merupakan kompleks karbohidrat dan protein. Spike berperan pada proses pelekatan virus
pada sel inang. Morfologi kapsid beragam yaitu:

30
 – Helical: protein mirip-pita membentuk spiral di sekeliling asam nukleat. Dapat
kaku atau fleksibel., contoh virus:
- Tobacco mosaic virus
- Ebola virus
– Polyhedral: banyak sisi. Bentuk umum adalah icosahedron, dengan 20 muka
segitiga dan 12 sudut, contoh virus:
- Poliovirus
- Herpesvirus
– Virus kompleks: bentuk tidak teratur (umum), contoh:
- Bacteriophages mempunyai serabut, lembaran, dan plat yang terikat
kapsid
- Poxviruses mempunyai beberapa selubung membungkus asam nukleat

3) Material genetik: materi genetik berupa RNA atau DNA, tidak pernah keduanya

a) Tipe materi genetik virus dapat untai tunggal atau ganda:

- DNA untai tunggal (ssDNA), contoh: Parvoviruses
- DNA untai ganda (dsDNA), contoh:
Herpesviruses
Adenoviruses
Poxviruses
Hepadnaviruses* (Partially double stranded)
- RNA untai tunggal (ssRNA): dapat plus (+) atau minus (-) sense, contoh:
Picornaviruses (+)
Retroviruses (+)
Rhabdoviruses (-)
- RNA untai ganda (dsRNA), contoh:
Reoviruses
4) Protein virus

Protein virus berupa:

- protein struktural merupakan bagian dari virion

31
 - protein nonstruktural tetapi terdapat di dalam virion (enzim) dan hanya terdapat pada
sel yang terinfeksi dan tidak pernah terdapat dalam virion

C. Klasifikasi Virus
Virus diklasifikasi berdasarkan atas karakter sebagai berikut:
- Tipe materi genetik (RNA atau DNA)
- Bentuk kapsid
- Jumlah kapsomer
- Ukuran kapsid
- Ada tidaknya sampul (amplop)
- Inang yang diinfeksi
- Tipe penyakit yang ditimbulkan
- Sel target
- Sifat imunologis

D. Replikasi virus
Sebagai parasit intraseluler obligat maka virus harus menginfeksi sel inang agar dapat
menjalani siklus reproduktif. Siklus ini sangat tergantung pada metabolik sel yang pada
kebanyakan virus mengambil alih dan mengatur replikasinya sendiri dan menghambat sintesis
protein dan asam nukleat sel inang.Sebagai hasilnya adalah diproduksinya ratusan progeni virion
yang menyebabkan sel lisis, membunuh sel, dan menyebar untuk menginfeksi sel dan jaringan
inang yang lain.
Secara umum replikasi virus terdiri dari beberapa tahapan yaitu: a) adsorpsi (Pelekatan),
b) penetrasi dan uncoating, c) biosintesis, d) pendewasaan dan e) pelepasan
Sebagai contoh proses replikasi adalah replikasi faga, bakteriofag memiliki dua siklus hidup
yaitu:
– Siklus litik (Gambar 2.11.)
Diakhiri dengan lisisnya dinding sel inang dan kematian sel inang akibat
dari virus mensintesis enzim lisozim yang menyebabkan runtuhnya dinding sel
inang, tahapannya:
1. Adsorpsi/pelekatan

32
 Proses melekatnya virion pada permukaan sel inang yang diperantarai oleh
interaksi spesifik antara virus dengan reseptor (protein, polisakarida,
lipoprotein, glikoprotein)
2. Penetrasi dan uncoating
Masuknya genom virus ke dalam sel inang. Virus memasukkan materi genetik
(DNA) ke dalam sel. Pelepasan selubung berlangsung melalui serabut ekor
faga yang berkontraksi sehingga terjadi cengkeraman pada bagian spike pada
membran sel bakteri. Selaput ekor berkontraksi dan DNA virus masuk melalui
pori-pori pada ujung ekor. Ekor melepaskan lisozim dan kapsid ditinggal diluar
3. Biosintesis
Protein dan asam nukleat virus disintesis
Fase eclipse: tidak ada virion yang dihasilkan dari sel yang terinfeksi
4. Pendewasaan
Kapsid dan DNA faga dirakit menjadi virion
5. Pelepasan/pembebasan
Virion dibebaskan dari sel. Faga memerintahkan untuk memproduksi lisozim
yang mencerna dinding sel bakteri, plasma membran pecah dan sel lisis
Burst time: Waktu dari mulai penempelan atau pelekatan sampai pembebasan virion baru
(20-40 menit).
Burst size: Jumlah partikel faga baru yang berasal dari unit tunggal (biasanya mencapai
50-200 partikel).

33
34
Gambar 2.12. Siklus litik bakteriofage

– Siklus Lisogenik (Gambar 2.12.)

Merupakan siklus hidup virus dimana virus terintegrasi dengan DNA inang
Bacteriophage Lambda
1. Pelekatan dan penetrasi: Ekor virus melekat pada spesifik reseptor pada
permukaan sel dan menginjeksikan DNA ke dalam sel
2.Sirkularisasi: Faga DNA sirkuler masuk ke siklus litik atau lisogenik
3.Integrasi: Phage DNA berintegrasi dengan kromosom bakteri dan membentuk
prophage. Prophage tetap bersifat latent.
4.Excision: Prophage DNA dilepaskan berhubungan dengan adanya stimulus
(misalnya oleh senyawa kimia, radiasi UV) dan masuk ke siklus litik.

35
Gambar 2.12. Siklus lisogenik bakteriofag

Beberapa contoh Virus:

a)Pada tanaman
– Tobacco Mosaic Virus
– Potato Mosaic Virus

b)Hewan
– Tetelo pada unggas : Newcastle Diseases Virus
– Cacar pada sapi:Vaccinia virus
c)Manusia
– Influenza : influenza virus
– AIDS : Retrovirus
– SARS: coronavirus
– Flu Burung: Avian virus

36