Dalam prakteknya LKPP berkedudukan sebagai Lembaga Pemerintah Non Kementerian (LPNK) dan
bertanggungjawab langsung kepada Presiden RI. Dalam menjalankan tugas dan fungsinya, LKPP di
bawah koordinasi Menteri Negara Perencanaan Pembangunan Nasional/Kepala Bappenas.