Laporan kemajuan

KOMPARASI GENETIK DAN TINGKAT HORMON STRESS MONYET

HITAM SULAWESI (Macaca nigra) DI SULAWESI UTARA DAN
PULAU BACAN: IMPLIKASI TERHADAP KONSERVASI?

Peneliti Utama:
DR IR RR Dyah Perwitasari, MSc dan Sagita Dini Lestari
Departemen Biologi
Institut Pertanian Bogor
Dramaga
Bogor
Indonesia

Kolaborasi:
Prof. Anja Widdig dan Elenora Neugebauer
Institut Biologi
Universitas Leipzig
Leipzig
Jerman
Ringkasan Penelitian
Monyet hitam sulawesi (Macaca nigra) adalah salah satu dari tujuh spesies monyet
endemik Sulawesi (Fooden 1969), pulau utama keanekaragaman hayati hotspot Wallacea dan
karenanya penting bagi pemahaman kita tentang evolusi primata. Namun, pada dekade
terakhir juga karakteristik untuk krisis keanekaragaman hayati kita saat ini, karena kita
kehilangan sejumlah besar hutan hujan, khususnya di Asia Tenggara, yang mengakibatkan
menyusutnya dan terfragmentasi habitat, sangat dipengaruhi oleh manusia (Sodhi et al. 2010).
Hal ini juga berlaku untuk Sulawesi, dengan hasil bahwa semua spesies tujuh monyet
menghadapi bahaya kepunahan berbagai derajat menurut IUCN Red List of Threatened
Species (Versi 2018-1). Secara khusus, monyet hitam sulawesi baru-baru ini telah
ditambahkan dalam daftar spesies Critically Endangered (IUCN Red List) dan 25 paling
terancam spesies primata (Denmark et al. 2018). Oleh karena itu, rincian Rencana Aksi
Spesies baru-baru ini telah dikembangkan untuk membantu spesies ini untuk bertahan hidup.
Karena status populasi saat monyet hitam sulawesi, adalah kebutuhan mendesak
untuk menilai tingkat aliran gen dan risiko perkawinan sedarah untuk pengelolaan populasi
sukses. Fragmentasi populasi bersama-sama dengan kurangnya kesempatan penyebaran
diduga mengurangi keragaman genetik populasi (misalnya Keller dan Largiadèr 2003;. Dixo
et al 2009). Selain itu, tinggi reproduksi jantan, seperti yang ditemukan pada monyet ini,
dapat mengakibatkan variasi genetik yang lebih rendah, karena hanya sedikit jantan peringkat
teratas mewariskan gen mereka kepada generasi berikutnya. Namun, penelitian genetik
monyet hitam sulawesi sejauh ini telah terbatas pada mitokondria dan autosomal filogeni
DNA (Evans et al. 1999, 2003). Hanya satu penelitian terbaru oleh Engelhardt et al. (2017)
bertujuan untuk menilai tingkat aliran gen dan risiko penangkaran depresi inbreeding
berdasarkan penanda mikrosatelit polimorfik dalam populasi besar monyet ini di Cagar Alam
Tangkoko, Sulawesi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa rata-rata heterosigositas diamati
lebih besar dari heterosigositas diharapkan rata-rata, menunjukkan tidak ada risiko saat
perkawinan sedarah depresi dari populasi ini, setidaknya tidak selama periode penyelidikan
(2007-2009).
Penelitian ini, bagaimanapun, hanya mewakili sebagian dilindungi dengan baik dari
total kisaran monyet dengan status populasi lain yang tidak diketahui. Namun, hasil studi
kamera trap terbaru dari LSM Selamatkan Yaki (Johnson et al., Dalam revisi) menunjukkan
bahwa M. nigra lebih luas didistribusikan dalam provinsi Sulawesi Utara dengan total
delapan populasi spasial yang berbeda signifikan yang diidentifikasi. Hanya satu populasi
monyet hitam sulawesi berkisar dalam Taman Nasional, yaitu Taman Nasional Bogani Nani
Wartabone. Sebagai tambahan pada studi ini, kami memasukkan Taman Nasional Bunaken.
Keduanya jatuh di bawah yurisdiksi Direktorat Jenderal Perlindungan Hutan dan Konservasi
Alam, Kementerian Lingkungan Hidup dan Kehutanan. Tangkoko/Dua Sudara, Gunung
Manembo-nembo, dan Gunung Ambang adalah Cagar Alam dikelola oleh lembaga
pemerintah lokal untuk konservasi sumber daya alam (BKSDA).
Tingkat perlindungan diasumsikan sama ketika membandingkan Taman Nasional
atau cagar alam. Populasi habitat yang saat ini tidak di bawah undang-undang perlindungan
meliputi: Maesaan, Tapa Aog, Poigar dan Modayag. Khusus untuk ini habitat yang tidak
dilindungi, fragmentasi dan gangguan antropogenik diharapkan memiliki berkurang drastis
variasi genetik dan meningkatkan risiko perkawinan sedarah dalam populasi ini.
 Tujuan keseluruhan dari proyek ini adalah untuk menilai keragaman genetik Macaca
nigra di kisaran alami penuh mereka pada Sulawesi, termasuk delapan populasi spasial yang
berbeda signifikan dan membandingkan mereka dengan keragaman genetik monyet dari
Pulau Bacan di Maluku Utara.
Jika monyet Bacan memang individu M. nigra, mereka dapat merupakan sumber daya
penting genetik (cf. Hamada et al. 1994) dibandingkan dengan populasi kritis terancam punah
di Sulawesi. Oleh karena itu sangat penting untuk membandingkan genetika monyet dari
Tangkoko dengan monyet dari Bacan juga.
Sebagai tambahan, investigasi tingkat hormon stress akan dilakukan pada semua
populasi. Peneliti akan membandingkan tingkat hormon stress dari monyet hitam Sulawesi
pada delapan populasi di Sulawesi dengan monyet di pulau Bacan. Penelitian ini bermaksud
untuk mengevaluasi tekanan antropogenik terhadap kesehatan suatu populasi monyet.
Sebagai prediksi, diduga semakin tinggi tingkat tekanan antropogenik, make semakin tinggi
pula tingkat hormon stress suatu populasi.
Metode
Sampel dari M. nigra di Cagar Alam Tangkoko telah dikumpulkan dan dianalisis untuk
hampir 200 subjek untuk studi yang berbeda (lihat Engelhardt et al. 2017), namun, kami akan
mengumpulkan sampel dari mata pelajaran yang lebih dari kelompok terhabituasi di
Tangkoko dan Cagar alam Dua Sudara menggunakan metode transek garis (Palacios et al.
2012). Studi ini akan mengumpulkan dan menganalisis sampel genetik dari delapan populasi
tambahan di Sulawesi (lihat di atas) dan dari satu populasi di Bacan (lihat di atas). Selain itu,
mitra proyek yang terletak di Bacan akan memberikan contoh lebih lanjut dari hewan yang
disita dari perdagangan ilegal.
Untuk populasi Bacan, perilaku dan morfologi data akan dikumpulkan secara
bersamaan untuk koleksi sampel genetik. Untuk tujuan ini mahasiswa master lokal akan
dilatih dan diawasi untuk melakukan tesis dalam kerangka proyek secara keseluruhan.
Analisis genetik menilai diferensiasi potensi monyet dari Bacan bisa dengan cara ini
dilengkapi dengan data morfologi dan perilaku, pendekatan gabungan yang baru digunakan
untuk reklasifikasi taksonomi orangutan (Nater et al., 2017).
Kami akan mengumpulkan sampel genetik non-invasif dari setidaknya 50 hewan
dewasa dari kedua jenis kelamin (sampai 200) per penduduk, termasuk Sulawesi (delapan
populasi) dan Bacan (satu populasi). Untuk melakukannya, sampel tinja akan dikumpulkan
oportunis melalui metode transek dan segera setelah seseorang terlihat buang air besar;
sampel ini akan dilanjutkan dengan prosedur penyimpanan 'dua langkah' (Nsubuga et al.
2004). Untuk tujuan ini, kotoran monyet (approx. 5 g) akan diubah menjadi tabung yang
berisi ~ 30 etanol ml menggunakan spatula. Sampel selanjutnya akan disimpan pada suhu
kamar pada silika gel. Untuk setiap situs di Sulawesi dan Bacan, kondisi habitat (ukuran
patch hutan masing-masing, indeks vegetasi, jarak ke pemukiman manusia atau jalan) dan
tanda-tanda gangguan antropogenik (perangkap ditemui, ekstraksi sumber daya (termasuk
jalan atau jalan), deforestasi, orang yang ditemui, sapi, pertanian) akan disimpan. Dari
kemudian indeks gangguan antropogenik akan dihitung, yang dapat dihubungkan dengan
hasil analisis genetik. Selain itu, kehadiran pohon berbuah akan dicatat sebagai mereka
merupakan sumber makanan penting bagi M. nigra.
Selain itu, sampel dari setidaknya 50 hewan dewasa dari kedua jenis kelamin akan
dikumpulkan ketika diselamatkan dari penangkaran ilegal dan ditransfer ke tempat kudus
(dari BKSDA Maluku dan dari Tasikoki Rescue Center di Sulawesi). Untuk hewan-hewan
ini, kami akan mengumpulkan DNA dari sumber yang berbeda seperti darah, jaringan,
rambut atau sampel tinja. Jaringan, darah dan sampel rambut akan diambil sebagai bagian
dari pemeriksaan kesehatan rutin yang hewan akan dibius dan darah akan diambil. sampel
darah akan diambil dari vena femoralis dengan mengumpulkan beberapa tetes di atas kertas
FTA, yang berarti beberapa tetes akan dikumpulkan pada kertas tertentu (disebut FTA) dan
disimpan pada suhu kamar (Ahmed et al. 2011). Demikian pula, dari bahu binatang, kira-kira.
25-50 rambut per individu (termasuk folikel rambut) akan dipetik dan disimpan pada suhu
kamar (bandingkan Widdig et al. 2017). Akhirnya, sampel tinja akan dikumpulkan seperti
dijelaskan di atas.
Sampel untuk analisis tingkat hormon stress akan dikoleksi parallel dengan sampel
genetik yakni secara non-invasif melalui sampel feses, dengan catatan sampel hormon akan
ambil jika ukuran bolus sampel feses cukup besar untuk dibagi dengan sampel genetik.
Jumlah dari sampel hormon tidak melebihi jumlah sampel genetik.
Penelitian ini akan dilakukan di Sulawesi Utara dan Maluku Utara yang merupakan
habitat dari monyet hitam Sulawesi (Macaca nigra) dari bulan Desember 2019 - Desember
2020. Sampel akan dibawa ke laboratorium Biologi IPB untuk dianalisis lebih lanjut.

Tujuan Penelitian Memerlukan Sampel Biologis

Sampel biologis yang akan diambil berupa sampel feses dan proses pengambilan
sampel menggunakan teknik non-invasif. Sampel feses akan diambil tepat setelah hewan
defekasi dan beranjak dari tempat, sehingga proses pengambilan sampel tidak menganggu
atau menyebabkan hewan menjadi stress.

Pengiriman Sampel untuk Analisis: Sampel yang dikoleksi akan disimpan di dalam lab
Macaca Nigra Project (MNP) yang bertempat di Pos 3. Dikarenakan keberadaan listrik yang
ada di dalam pos 3 MNP sangat terbatas, hal tersebut dapat mempengaruhi kualitas sampel
yang telah diambil. Oleh karena itu, peneliti akan mengirim sampel ke Departemen Biologi,
Institut Pertanian Bogor (IPB) pada bulan Agustus 2020.

Lokasi Analisis Sampel: Sampel feses untuk kepentingan genetik akan diekstraksi di
Laboratorium Fungsi dan Perilaku Hewan, Departemen Biologi IPB. Setelah sampel feses
diekstraksi, Produk PCR hasil ekstraksi akan dikirim ke University of Leipzig, dikarenakan
ketiadaan alat sekuensing yang memadai di Departemen Biologi IPB. Sampel feses untuk
kepentingan analisis hormon akan dilakukan di Laboratorium Departemen Biologi IPB.

Ringkasan Sampel yang Akan Dikoleksi

Tabel 2 Rincian jumlah dan jenis sampel yang akan dikoleksi pada lokasi pengambilan
sampel
Jenis Sampel Analisis Tujuan Lokasi Ekstraksi Lokasi Estimasi
Analisis Jumlah
Feses* Genetik Analisis hubungan Laboratorium University of
kekerabatan Fungsi dan Leipzig (UL)
200*10=
antar individu Perilaku Hewan,
2000 tabung
Departemen
(Estimasi
Biologi IPB
maksimal)
Feses* Hormon Analisis tingkat Laboratorium University of
stress hormon Fungsi dan Leipzig (UL)
100*10=
antar populasi Perilaku Hewan,
1000 tabung
Departemen
(Estimasi
Biologi IPB
maksimal)

Rambut/ Genetik Analisis hubungan Laboratorium University of @50a tabung

kekerabatan Fungsi dan Leipzig (UL)
Darah/
antar individu Perilaku Hewan,
Jaringan Departemen
Biologi IPB
(Routine health
check up)

Keterangan: *jenis sampel feses diambil sebanyak 5 gr/tabung; a Sampel diambil dari routine
health check up monyet hasil penyelamatan penangkapan ilegal yang ditransfer ke KSDA
Maluku dan Tasikoki Rescue Centre di Sulawesi Utara

Daftar Pustaka

Ahmed HA, MacLeod ET, Hide G, Welburn SC, Picozzi K (2011) The best practice for
preparation of samples from FTA®cards for diagnosis of blood borne infections using
African trypanosomes as a model system. Parasit Vectors 4:68
Danish L, Kerhoas D, Bertrand D, Febriyanti D, Engelhardt A (2018) Crested Macaque. In:
Primates in Peril: The World’s 25 Most Endangered Primates 2017-2018.
Dixo M, Metzger JP, Morgante JS, Zamudio KR (2009) Habitat fragmentation reduces genetic
diversity and connectivity among toad populations in the Brazilian Atlantic Coastal
Forest. Biological Conservation 142:1560–1569
Duboscq J, Neumann C, Agil M, Perwitasari-Farajallah D, Thierry B, Engelhardt A (2017)
Degrees of freedom in social bonds of crested macaque females. Animal Behaviour
123:411–426
Engelhardt A, Muniz L, Perwitasari-Farajallah D, Widdig A (2017) Highly polymorphic
microsatellite markers for the assessment of male reproductive skew and genetic variation
in critically endangered crested macaques (Macaca nigra). Int J Primatol 38:672–691
Evans BJ, Morales JC, Supriatna J, Melnick DJ (1999) Origin of the Sulawesi macaques
(Cercopithecidae: Macaca) as suggested by mitochondrial DNA phylogeny. Biological
Journal of the Linnean Society 66:539–560
Evans BJ, Supriatna J, Andayani N, Melnick DJ (2003) Diversification of Sulawesi macaque
monkeys: decoupled evolution of mitochondrial and autosomal DNA. Evolution
57:1931–1946
Evans BJ, Tosi AJ, Zeng K, Dushoff J, Corvelo A, Melnick DJ (2017) Speciation over the edge:
gene flow among non-human primate species across a formidable biogeographic barrier.
R Soc Open Sci 4
Fooden J (1969) Taxonomy and evolution of the monkeys of Celebes: (Primates:
Cercopithecidae.). S. Karger.
Hamada Y, Oi T, Watanabe T (1994) Macaca nigra on Bacan Island, Indonesia: Its morphology,
distribution, and present habitat. International Journal of Primatology 15:487–493
Keller I, Largiadèr CR (2003) Recent habitat fragmentation caused by major roads leads to
reduction of gene flow and loss of genetic variability in ground beetles. Proceedings of
the Royal Society of London B: Biological Sciences 270:417–423
Marty PR, Hodges K, Agil M, Engelhardt A (2017) Alpha male replacements and delayed
dispersal in crested macaques (Macaca nigra). Am J Primatol 79:e22448
Melfi V (2010) Selamatkan Yaki! Conservation of Sulawesi Crested Black Macaques Macaca
nigra. In: Gursky S, Supriatna J (eds) Indonesian Primates. Developments in Primatology:
Progress and Prospects. Springer New York, pp. 343–356.
Nater A, Mattle-Greminger MP, Nurcahyo A, Nowak MG, Manuel M de, Desai T, Groves C,
Pybus M, Sonay TB, Roos C, Lameira AR, Wich SA, Askew J, Davila-Ross M,
Fredriksson G, Valles G de, Casals F, Prado-Martinez J, Goossens B, Verschoor EJ,
Warren KS, Singleton I, Marques DA, Pamungkas J, Perwitasari-Farajallah D, Rianti P,
Tuuga A, Gut IG, Gut M, Orozco-terWengel P, Schaik CP van, Bertranpetit J, Anisimova
M, Scally A, Marques-Bonet T, Meijaard E, Krützen M (2017) Morphometric,
Behavioral, and Genomic Evidence for a New Orangutan Species. Current Biology 0
Nsubuga AM, Robbins MM, Roeder AD, Morin PA, Boesch C, Vigilant L (2004) Factors
affecting the amount of genomic DNA extracted from ape faeces and the identification of
an improved sample storage method. Molecular Ecology 13:2089–2094
Palacios JFG, Engelhardt A, Agil M, Hodges JK, Bogia R, Waltert M (2012) Status of, and
Conservation Recommendations for, the Critically Endangered Crested Black Macaque
Macaca Nigra in Tangkoko, Indonesia. Oryx 46:290–297
Rosenbaum B, O’Brien TG, Kinnaird M, Supriatna J (1998) Population densities of Sulawesi
crested black macaques (Macaca nigra) on Bacan and Sulawesi, Indonesia: effects of
habitat disturbance and hunting. Am J Primatol 44:89–106
Sodhi NS, Posa MRC, Lee TM, Bickford D, Koh LP, Brook BW (2010) The state and
conservation of Southeast Asian biodiversity. Biodivers Conserv 19:317–328
Thierry B (2000) Covariation of conflict management patterns in macaque societies. In: Aureli F,
Waal FBM de (eds) Natural Conflict Resolution. University of California Press, Berkely,
pp. 106–128.
Wallace AR (1869) The Malay Archipelago. Dover, New York.
Widdig A, Muniz L, Minkner M, Barth Y, Bley S, Ruiz-Lambides A, Junge O, Mundry R, Kulik
L (2017) Low incidence of inbreeding in a long-lived primate population isolated for 75
years. Behavioral Ecology and Sociobiology 71:1–15
Xue C, Raveendran M, Harris RA, Fawcett GL, Liu X, White S, Dahdouli M, Deiros DR, Below
JE, Salerno W, Cox LA, Fan G, Fergusen B, Horvath J, Johnson Z, Kanthaswamy S,
Kubisch HM, Liu D, Platt M, Smith DG, Sun B, Vallender EJ, Wang F, Wiseman RW,
Chen R, Muzny DM, Gibbs RA, Yu F, Rogers J (2016) The population genomics of
rhesus macaques (Macaca mulatta) based on whole genome sequences. Genome
Res:gr.204255.116