Alur docking

1. Persiapan struktur

kita menyiapkan kristal struktur berkode 6W63 dengan membersihkan molekul air dan
menambahkan atom hidrogen atom pada struktur. Langkahnya pertama adalah dengan membuaka
program autodocktools, kemudian untuk membuka file PDB pada menu bar click “file”> read
molecule> select 6W63.pdb> open. Kemudian kita harus menghapus semua molekul air pada
stuktrur kristal dengan cara: klik “edit” pada menu bar lalu “delet water”.

Setelah menghapus kadar air lalu menambahkan atom hidrogen dengan cara klik
“edit”>hydrogen>add>polar only> nobondorder>yes>klik ok.

Setelah air dibersihkan dan atom hidrogen ditambahkan, maka preparasi stuktur selesai.

2. Memisahakan ligan dan reseptor

Selanjutnya kita menyiapkan file reseptor berupa main protease yang terkompleks dengan
protein A dan ligan X77 dengan cara:
Pada menu DashBoard dikolom S pilih X77 dengan mengklik simbol kotak sehingga kotak jadi
berwarna kuning. Apabila kotak sudah menjadi kuning makan struktur x77 dipenuhi tanda X
berwarna kkuning maka ligan sudah terpilih. Pada menu Bar, klik “file>dave > write PDB dan beri
nama ligan.pdb kemudian klik ok. Dengan demikian ligan sudah tersimpan secara terpisah dari
reseptornya.
Selanjutnya kita pilih semua kotak kecuali X77 untuk menyimpan struktur reseptor. Kemudian
simpan struktur dengan cara yang sama seperti menyimpan ligan. Pada menu DashBoard click
File> save > write PDB dan beri nama reseptor.pdb klik ok.
Selanjutnya hapus semua molekul dengan menggunakan “edit” delet> delet all molecules”
3. Menyipakna input file
Persiapan membukan file struktur ligan yang telah kita siapkan dengan cara:
Pada adt4.2 Klik “Ligan” >input> open.
Ubah “files of type” dari pdbqt menjadi pdb file pilih ligan.pdb klik open.
Kemudian muncul summary lalu klik ok.
Simpan ligan dengan format pdbqt dengan cara:
Ligan>output> save as pdbqt. Beri nama ligan.pdbqt> save.
Tahap selanjutnya membuka reseptor dengan cara “grid> macromolecule> open. Ubah “file of
type menjadi all files kemudian pilih reseptor.pdb click open.
Kemudian akan muncul warning dan klik ok, berinama resptor.pdbqt
4. Grid box
Menyipkan file untuk grid box. Pada ADT4.2 click grid> set map type >. Choose ligand pada
windows choose ligand select “ligan” kemudian click “select ligand”.
Untuk mengeset gris box kita perlu ke ADT4.2 > widget click grid> grid box. Click center > center
on ligand” kemudian atur sesuai ukuran grid box sehingga dapat mencangkup seluruh area ligan.
Pada windows grid option kemudian klik file> close saving current. Kemudian simpan grid
parameter