20/02/2020

MENGENAL COVID-19 DARI

ASPEK MIKROBIOLOGI KLINIK

Dr. Rina Yunita, SpMK(K)

UNIT MIKROBIOLOGI KLINIK/
TIM PINERE RSUP H ADAM MALIK

CURRICULUM VITAE
Nama Dr. Rina Yunita, SpMK (K)
Tempat/tgl. lahir Medan/24 Juni 1979
Email rnyunita@gmail.com
Handphone 0811639315
Pendidikan: Tahun Lulus

S-1 : Fakultas Kedokteran USU 2003

Sp-1 : Spesialis Mikrobiologi Klinik – 2013

Universitas Indonesia
Konsultan Mikrobiologi Klinik : Kolegium PAMKI 2019

Pekerjaan:
KepalaUnit MikrobiologiKlinikRSUP H Adam Malik Medan
StafPengajarDepartemenMikrobiologiFakultasKedokteranUSU
SekretarisTim Pinere/KLB RSUP H Adam Malik Medan

1
 20/02/2020

SITUASI KASUS DI DUNIA

7 Februari 2020 12 Februari 2020 16 Februari 2020

2
 20/02/2020

SITUASI KASUS DI DUNIA

Per 17 Februari 2020

http://infeksiemerging.kemkes.go.id/

3
20/02/2020

4
 20/02/2020

CORONAVIRUS : TAKSONOMI DAN

KLASIFIKASI
Ordo :
• Nidovirales
Familia:
• Coronaviridae
Subfamilia:
• Coronavirinae
Genus:
• Alphacoronavirus
• Betacoronavirus
• Gammacoronavirus
• Deltacoronavirus

STRUKTUR DAN MORFOLOGI

CORONAVIRUS
• Virus RNA untai tunggal, memiliki envelope
• Berbentuk bulat atau oval dengan diameter
50-200 nm

Terdiri dari struktur :

o Spike glycoprotein
o Envelope
o Protein membran
o RNA dan protein
nukleocapsid
o Hemaglutinin-
esterase dimer
(HE)

5
 20/02/2020

CORONAVIRUS
• Merupakan kelompok besar virus yang
terdiri dari banyak spesies yang dapat
menyebabkan penyakit dari yang ringan
sampai penyakit fatal seperti MERS dan
SARS
• Umumnya bersifat zoonosis
• Berdistribusi secara luas pada manusia,
mamalia dan burung
• Spesies coronavirus yang dapat menginfeksi
manusia :
– HCoV-229E
– HCoV-OC43
Common cold
– HCoV-NL63
– HCoV-HKU1
– SARS-CoV
– MERS-CoV
– 2019-nCoV/COVID-19

STRUKTUR GENOME

Ukuran genome : 26-32 kb

6
 20/02/2020

REPLIKASI VIRUS CORONA (SARS-CoV dan MERS-CoV)

7
 20/02/2020

RESEPTOR VIRUS
• Angiotensin converting
enzyme II (ACE2) dikenal
sebagai reseptor sel
untuk SARS-CoV dan juga
COVID-19
• Banyak terdapat di sel
epitel paru dan usus
halus
• Dijumpai juga pada
mukosa oral, nasal,
nasofaring dan beberapa
organ lain

The emergence of SARS-CoV and MERS-CoV

De Wit, et al, Nature Reviews Microbiology, 2016

8
 20/02/2020

Which wild animals carry coronavirus?

• Coronavirus
umumnya zoonosis
• Kelelawar, tikus
bambu, musang,
merupakan host
coronavirus, demikian
juga beberapa hewan
lain yang menjadi
intermediate host

9
 20/02/2020

Phylogenetic analysis of 2019-nCoV and other

betacoronaviruses genome

The image cannot be display ed. Your computer may not hav e enough memory to open the image, or the image may hav e been corrupted. Restart y our computer, and then open the file again. If the
red x still appears, y ou may hav e to delete the image and then insert it again.

10
 20/02/2020

TRANSMISSION

11
 20/02/2020

People at risk for infection from nCoV

WHO, 2020

KETAHANAN VIRUS TERHADAP

DESINFEKTAN
• Coronavirus sensitif terhadap
pemanasan dan bahan pelarut
lemak.
• Dapat diinaktivasi dengan
ether, alkohol 75%, klorin,
hidrogen peroksina,
peroksiasetik dan kloroform
• Chlorhexidine tidak efektif
untuk virus ini

12
 20/02/2020

PEMBERSIHAN DAN DESINFEKSI

Journal of
Hospital
Infection, 2020

13
 20/02/2020

• Ketahanan virus Corona pada permukaan

objek : BERVARIASI
• Mulai dari 1 jam hingga 9 hari
• Bergantung pada jenis bahan, jumlah
inokulum (titer virus) yang menempel dan
spesies/strain virus
• Pada suhu 40C virus dapat bertahan lebih lama
>28 hari

14
 20/02/2020

DIAGNOSIS LABORATORIUM
The image cannot be display ed. Your computer may not hav e enough memory to open the image, or the image may hav e been corrupted. Restart y our computer, and then open the file again. If the red x still appears, y ou may hav e to delete the
image and then insert it again. • Deteksi molekuler :
– real time PCR
– Sekuensing gen
• Spesimen :
– Saluran nafas atas :
nasofaring atau orofaring dan
– Saluran nafas bawah :
sputum, BAL, Aspirasi
endotracheal
• Serologi : antibodi fase akut
dan konvalesen

15
 20/02/2020

Metode Pengambilan Spesimen Pasien COVID-19

Pengambilan spesimen dilakukan sebanyak dua kali berturut-
turut (pada hari berikutnya atau kondisi terjadi perburukan)

The image cannot be display ed. Your computer may not hav e enough memory to open the image, or the image may
hav e been corrupted. Restart y our computer, and then open the file again. If the red x still appears, y ou may hav e to
d elete the image and then insert it again.

16
 20/02/2020

Pengambilan swab nasofaring dan orofaring

Triple packaging

Pengiriman Spesimen
• Pengiriman spesimen dilakukan oleh petugas
Dinas Kesehatan
• Dengan menyertakan Formulir penyelidikan
epidemiologi, formulir permintaan
pemeriksaan spesimen dan surat pengantar
dari Dinkes Prov/Kab/kota (harus dimasukkan
kedalam cool box).
• Pengiriman ke Balitbangkes

17
 20/02/2020

Alur Pemeriksaan Spesimen COVID-19 : Real time RT-

PCR dan sekuensing gen

Pedoman Kesiapsiagaan Menghadapi Infeksi

Novel Coronavirus, Kemkes RI, 2020

18
 20/02/2020

• Saat ini, belum tersedia terapi antivirus

spesifik untuk infeksi Coronavirus COVID-19
maupun vaksinnya
• Masih dalam penelitian dan pengembangan

38

19
 20/02/2020

TERIMA KASIH

20