Pengenalan dan

Pencegahan COVID-19
varian Omicron

dr. Enty Sp. MK (K)

Ka-Dept Mikrobiologi FKIK Unika Atma Jaya

Webinar Kesehatan Unika Atma Jaya

13 Januari 2022
PENDAHULUAN
Update COVID-19 (11 Januari 2022)
● Peningkatan kasus baru global sebanyak 55%,
● Secara umum hampir semua negara yang telah mengkonfirmasi Omicron mengalami peningkatan yang
sangat signifikan.
● Varian Omicron sudah melampaui penemuan kasus Delta di tingkat Global, dengan penemuan 58.5%,
Delta 41.4%, Alfa <0.1%, Gamma <0.1%, dan Beta <0.1% dalam 30 hari terakhir. Per 9 Januari, sudah
149 negara melaporkan kasus Omicron.
● Sampai saat ini, bukti masih konsisten menunjukkan tingkat transmisi Omicron yang lebih tinggi
daripada Delta.
Grafik kasus positif nasional
OMICRON DI INDONESIA ?
● Yes , ada
● Kasus import ? Ya
● Kasus lokal (sudah
terjadi transmisi lokal?)
Ya

● 414 ORANG
terkonfirmasi COVID-
VARIAN OMICRON per
8 Januari 2022

● Dominansi adalah kasus

import / PPLN (+- 85%)
Omicron??
Klasifikasi WHO → varian yang diwaspadai
 FLASH BACK COVID-19
11 FEBRUARI
2020

Update : the virus causing the current

outbreak of corona virus disease has
been named: “ Severe acute respiratory
syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)

The virus belongs to the existing

species: Severe acute respiratory
syndrome coronavirus (SARS-CoV)

https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-
guidance/naming-the-coronavirus-disease-(covid-2019)-and-the-virus-that-
 COVID-19 ? SARS-CoV-2?
Sama atau beda?
Belum ada nama WHO Resmi beri
ICTV-CSG* resmi

11 Februari 2020
31 Desember 2019-10 Feb
nama baru untuk
2020

11 Februari 2020
resmi untuk penyakit beri nama baru
maupun virus. penyakit ini (:
disease) untuk virus
Banyak sebutan: penyebab COVID
Wuhan virus/Wuhan COVID 19
19:
Pneumoniae [nama penyakit]
virus/2019 Novel “ SARS CoV 2”
Coronavirus / New CORONA
Corona Virus / 2019 [nama virus]
VIRUS
New Coronavirus/
2019 nCoV DISEASE
“ Adik dari SARS
2019 CoV 2002”

* CTV – CSG: International Committee on Taxonomy of Viruses-CoronaViridae Study Group

Omicron?
Omicron pertama kali dilaporkan di Afrika Selatan pada tanggal 24 November 2021.

Pada tanggal 26 November 2021, WHO menyatakan varian COVID-19 terbaru sebagai Varian
of Concern (VOC) dari SARS CoV-2 yaitu B.1.1.529, yang bernama Omicron.

Transimissibility Severity of Disease

Omicron lebih menular dibandingkan varian Penemuan awal ditemukan bahwa gejala
delta: Yes lebih ringan dibandingkan delta, namun
masih belum jelas. Difficult to say at this
moment.
Technical brief
WHO tanggal 23
Desember 2021 :
tingkat penularan
varian Omicron
lebih cepat
dibandingkan
varian delta.

https://www.who.int/publications/m/item/weekly-
epidemiological-update-on-covid-19---11-january-2022
Coronavirus
Jenis Coronavirus pada manusia (HCoV)
HCoV-229E HCoV-HKU1
HCoV-OC43 MERS-CoV
HCoV-NL63 SARS-CoV
2019-nCoV
= SARS-CoV-2*

HCo Beta genus coronavirus

V
HCoV- HCoV- HCoV- HCoV- SARS- MERS-
229E OC43 NL63 HKU1 2019-nCoV= SARS-CoV-2*
CoV CoV

Secara filogenetik (hubungan kekerabatan/evolusioner), 2019-nCoV / SARS-CoV-2 memiliki

kekerabatan yang sangat dekat dengan SARS-CoV daripada MERS-CoV.

*Disebut demikian sejak 11 Feb 2020

https://talk.ictvonline.org/, diakses 27 Februari 2020
CORONAVIRUS

Gen S 
Protein S
pembentuk
Spike
 Protein S
●Fungsi: menempel pada sel target, tepatnya pada reseptor (RBD):
ACE-2 (Angiotensin-converting enzyme)
● Protein S dapat berubah  diakibatkan oleh proses mutasi
●Virus dapat masuk dalam sel target setelah melekat pada reseptor
yang cocok  reseptor ACE 2
● ACE2 reseptor ada di?
○ paru: pneumocytes,
○ usus: enterocytes, dan
○ Sal. nafas : sel endotel yang melapisi saluran nafas manusia
 Mutasi,
Mutan dan
varian??
 • Bentuk adaptasi dengan lingkungan
• Bentuk pertahanan diri virus
• Sifat alamiah virus
• Tidak semua virus yang bermutasi dapat hidup
• Mutasi tidak selalu membuat virus menjadi lebih

mutasi
mematikan / lebih menular

https://kbbi.web.id/mutasi
 Perubahan materi genetik dalam porsi kecil dan
merupakan fenomena alamiah dalam siklus hidup suatu
MUTASI organisme, terutama mikroorganisme. Mutasi dapat
mempengaruhi struktur/bentuk/cara kerja virus.
Umumnya terjadi pada proses replikasi di dalam sel
Pr inang (misal.tubuh manusia)
o du
k

MUTAN
Varian virus baru bisa ditetapkan jika mutasi yang terjadi
VARIAN mengakibatkan perubahan asam amino sehingga
terdapat perubahan sifat / bentuk/ bagian struktur
Grouping / virus jika dibandingkan virus asal.
pengelompokan
berdasarkan sifat
spesifik tertentu
 Analogi varian virus covid-
19
Varian beras
Varian kucing

Sumber gambar:
https://www.tokopedia.com/martrihantokos/beras
-organik-100-gr-varian-beras-merah

Sumber gambar:
https://www.cncvirtual.com/2017/06/j
enis-jenis-kucing-di-dunia-types-of-
cats.html Sumber gambar: https://www.dw.com/id/varian-baru-virus-
corona-dari-asia-mengancam-dunia/a-57751345
 Mengapa virus mengalami mutasi?
Upaya adaptasi virus terhadap perubahan lingkungannya seiring
proses replikasi terus terjadi
 Varian virus covid-19 di indonesia
Data per 21 Mei 2021

Variant of Concern (VOC) sebanyak 54 kasus, tdd :

- B. 117 (UK) → sejak Januari (18 kasus
- B.1.351 (Afrika Selatan) → Januari 2021 (4 kasus)
- B.1.617.2 (India) → Januari 2021 (32 kasus)
- P.1 (Brazil) sejauh ini belum ditemukan di Indonesia
Variant of Interest (VOI) :
- A.23.1 (UK) isolat Januari - April 2021 → 6 kasus
- B.1.525 (Nigeria) → 1 kasus
- B.1.617.3 (India) → 1 kasus
Variant: 21 K & 21 L (Omicron)

https://covariants.org/variants/21K.
Omicron
[ GISAID]
BAGAIMANA CARA MENGETAHUI BAHWA
SUATU VIRUS TELAH MENGALAMI MUTASI?

● Perubahan trend /sifat penyakit

● Studi genomic
○ SGTF : S GENE TARGET FAILURE  Probable (terduga)
Omicron
● Whole genome sequencing Omicron terkonfirmasi
● Studi lapangan
Apa itu ● Virus Corona atau severe acute respiratory
syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)  virus yang
menyerang sistem pernapasan.
● Nama penyakit akibat infeksi virus ini  COVID-19

??
MASA INKUBASI KAPAN BISA MENULAR?
● Virus Corona SARS COV2 ini menyebabkan
gangguan ringan pada sistem pernapasan, infeksi
paru-paru yang berat hingga kematian.
● Masa inkubasi (masa sejak virus masuk sampai
menimbulkan gejala)  COVID-19 : 2 – 14 hari
● Sejak hari ketiga sejak terpaparnya virus corona,
pasien DAPAT mengeluarkan dan menulari virus
corona kepada orang lain
Penyebaran COVID -19
Metode Penularan : droplet, aerosol, kontak
○ Tidak sengaja menghirup percikan ludah (droplet) yang keluar saat
penderita COVID-19 batuk atau bersin
○ Memegang mulut atau hidung tanpa mencuci tangan terlebih dahulu setelah
menyentuh benda yang terkena cipratan ludah penderita COVID-19
○ Kontak dengan penderita COVID-19 tanpa APD yang sesuai dan
mengkontaminasi hidung(sal nafas)/rongga mulut (sal.cerna)
Metode pemeriksaan COVID-19

● NAAT (RT PCR)

● Swab antigen (rapid test
antigen)
Gejala umum terinfeksi virus COVID-19

Gejala umum :
● Demam ( suhu tubuh diatas 38 derajat
Celsius)
● Batuk kering
● Sesak napas
● Hilang nya kemampuan untuk mencium bau
● Hilang nya kemampuan untuk mengecap rasa
● Diare
● Sakit kepala
 ● Segera lakukan isolasi mandiri jika Anda
Kapan harus mengalami gejala infeksi virus Corona (COVID-
ke dokter?? 19) seperti yang telah disebutkan di atas, terutama
jika dalam 2 minggu terakhir Anda berada di
daerah yang memiliki kasus COVID-19 atau
kontak dengan penderita COVID-19. Setelah itu,
hubungi hotline COVID-19 di 119 Ext. 9 untuk
mendapatkan pengarahan lebih lanjut.
PENCEGAHAN COVID-19
● BERDOA- Mohon kepada Tuhan Yang Maha Esa melindungi kita
● PROTOKOL KESEHATAN 6 M
● VAKSINASI
● PPKM Mikro ( Pemberlakuan Pembatasan Kegiatan Masyarakat) skala
mikro
Mengapa
● Vaksin COVID-19 terbukti bisa membantu membentuk
harus respons antibodi untuk sistem kekebalan tubuh.
vaksin? Bahkan, pada orang yang sudah pernah terinfeksi
COVID-19 sekalipun, penelitian menunjukkan bahwa
vaksinasi terbukti menyediakan perlindungan bagi
orang-orang yang sebelumnya pernah terpapar virus
ini.
● Setelah vaksin lengkap, tetap harus menerapkan
protocol 6M
Protokol pencegahan penularan 6M
 Pencegahan terpapar virus corona
● Terapkan physical distancing, yaitu menjaga jarak
minimal 1 meter dari orang lain, dan jangan dulu ke luar
rumah kecuali ada keperluan mendesak.
● Rutin mencuci tangan dengan air dan sabun atau hand
sanitizer yang mengandung alkohol minimal 60%,
terutama setelah beraktivitas di luar rumah atau di
tempat umum.
● Jangan menyentuh mata, mulut, dan hidung sebelum
mencuci tangan.
Pencegahan terpapar virus corona
● Hindari kontak dengan penderita COVID-19, orang yang dicurigai positif
terinfeksi virus Corona, atau orang yang sedang sakit demam, batuk, atau
pilek.
● Tutup mulut dan hidung dengan tisu saat batuk atau bersin, kemudian buang
tisu ke tempat sampah. Segera cuci tangan.
● Jaga kebersihan lingkungan dan kebersihan rumah, termasuk benda-benda
yang sering disentuh.
Metode cuci tangan dengan baik
Efektivitas vaksin
• Berdasarkan data vaksinasi COVID-19 nasional di Indonesia per 5 Desember 2021, sebanyak 68,4% populasi target telah
menerima vaksinasi COVID-19 dosis pertama, dan 47.5% populasi target mendapat dosis kedua (lengkap).
• Antibodi netralisasi maupun sel T CD4+ dan CD8+ spesifik yang terinduksi oleh semua jenis vaksin COVID-19 tersebut di
atas masih tetap terdeteksi di darah setidaknya sampai 6 bulan setelah vaksinasi kedua walaupun dengan tier yang menurun.
• Sampai diterbitkannya SE ini, belum ada laporan hasil studi yang menggambarkan aktivitas antibodi netralisasi maupun sel T
spesifik yang terinduksi oleh vaksinasi terhadap varian Omicron.
• Namun demikian, dengan melihat pola mutasi gen S yang ditemukan pada varian Omicron, terdapat kemungkinan penurunan
potensi antibodi netralisasi dan tau aktivitas imunitas seluler yang terinduksi sebelumnya terhadap varian Omicron.
• Hal yang perlu dingat adalah bahwa imunitas pasca vaksinasi tetap memberikan efek proteksi pada individu dari
keparahan penyakit yang ditimbulkan oleh paparan berbagai varian baru (kemungkinan termasuk Omicron) selama
vaksinasi diberikan dalam dosis lengkap.
• Hal ini akan lebih jelas setelah dilakukan penelitian lebih lanjut.
 Strategi Pengendalian Penyebaran C19 Varian
Omicron
• Testing
• Tes PCR dan SGTF
• WGS
• Tracing
• Isolasi

SE 1/2022, SATGAS COVID-19 tentang protocol Kesehatan

perjalanan Luar negeri pada masa pandemic covid-19
SE 1/2022, SATGAS COVID-19 tentang protocol Kesehatan
perjalanan Luar negeri pada masa pandemic covid-19
 Pengendalian Penyebaran
● Per 6 Januari 2022, Satgas Penanganan Covid-19 menetapkan masa karantina selama 10 hari bagi warga negara
Indonesia (WNI) pelaku perjalanan luar negeri (PPLN) dari negara yang telah terkonfirmasi transmisi komunitas varian
baru Covid-19.
● Surat edaran ini menegaskan penutupan sementara masuknya Warga Negara Asing (WNA) yang pernah tinggal atau
mengunjungi selama 14 hari di negara atau wilayah; pertama, yang telah mengonfirmsai adanya transmisi komunitas varian
baru Covid-19 seperti Afrika Selatan, Bostwana Norwegia, dan Perancis. Kedua, negara yang secara geografis dekat dengan
Zimbabwe, Malawi, Mozambique, Namibia, Eswatini, Lesotho. Dan ketiga, negara dengan jumlah kasus Covid-19 lebih dari
10.000, yakni Inggris dan Denmark.
● Penutupan sementara ini tidak berlaku bagi WNA yang dalam 14 hari tidak memiliki riwayat perjalanan dari negara-negara
yang telah mengonfirmasi adanya transmisi komunitas varian baru Covid-19 tersebut.

SE 1/2022, SATGAS COVID-19 tentang protocol Kesehatan

perjalanan Luar negeri pada masa pandemic covid-19
PPLN  KARANTINA jika test ulang RT PCR di
bandara negatif SARS CoV-2
SE 1/2022, SATGAS COVID-19 tentang protocol
Kesehatan perjalanan Luar negeri pada masa
pandemic covid-19
PPLN, COVID-19 TERKONFIRMASI, Omicron
terkonfirmasi/ Probable dari hasil SGTF
SURAT EDARAN
NOMOR HK.02.01/MENKES/1391/2021 TENTANG
PENCEGAHAN DAN PENGENDALIAN KASUS COVID-19 VARIAN OMICRON (B.1.1.529)

● Untuk melaksanakan beberapa ketentuan pencegahan dan pengendalian kasus COVID-19 varian Omicron
(B.1.1.529.) sebagai berikut:
● Seluruh kasus probable dan konfirmasi varian Omicron (B.1.1.529.) baik yang bergejala (simptomatik) maupun
tidak bergejala (asimptomatik) harus dilakukan isolasi di rumah sakit yang menyelenggarakan pelayanan COVID-
19.
● Kasus probable dan konfirmasi varian Omicron (B.1.1.529.) sebagaimana dimaksud pada angka 1 dengan kriteria
sebagai berikut:
○ Probable varian Omicron (B.1.1.529.) yaitu kasus konfirmasi COVID-19 yang
○ hasil pemeriksaan laboratorium menunjukkan positif S-Gene Target Failure (SGTF) atau uji deteksi Single
Nucleotide Polymorphism (SNP) berbasis Polymerase Chain Reaction (PCR) mengarah ke varian Omicron.
○ Konfirmasi varian Omicron (B.1.1.529.) yaitu kasus konfirmasi COVID-19 dengan hasil pemeriksaan
sekuensing positif Omicron SAR-COV-2.
SURAT EDARAN
NOMOR HK.02.01/MENKES/1391/2021 TENTANG
PENCEGAHAN DAN PENGENDALIAN KASUS COVID-19 VARIAN OMICRON (B.1.1.529)

● Setiap kasus probable dan konfirmasi varian Omicron (B.1.1.529.) yang ditemukan harus segera dilakukan
pelacakan kontak dalam waktu 1 x 24 jam untuk penemuan kontak erat. Setelah ditemukan, setiap kontak erat
varian Omicron (B.1.1.529.) wajib segera dilakukan karantina selama 10 hari di fasilitas karantina terpusat
dan pemeriksaan entry dan exit test menggunakan pemeriksaan NAAT. Jika hasil pemeriksaan NAAT positif
maka harus dilanjutkan pemeriksaan SGTF di laboratorium yang mampu pemeriksaan SGTF dan secara
pararel spesimen dikirim ke laboratorium Whole Genome Sequencing (WGS) terdekat sesuai dengan
Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/Menkes/4842/2021 tentang Jejaring Laboratorium Surveilans
Genomen Virus SARs-CoV-2.
SURAT EDARAN
NOMOR HK.02.01/MENKES/1391/2021 TENTANG
PENCEGAHAN DAN PENGENDALIAN KASUS COVID-19 VARIAN OMICRON (B.1.1.529)
● Kontak erat varian Omicron (B.1.1.529.) sebagaimana dimaksud adalah orang yang memiliki riwayat kontak
dengan kasus probable atau kasus terkonfirmasi varian Omicron (B.1.1.529.).
● Untuk menemukan kontak erat varian Omicron (B.1.1.529.):
○ Pada kasus probable atau konfirmasi varian Omicron bergejala (simptomatik)
dihitung sejak 2 hari sebelum gejala timbul sampai 14 hari setelah gejala timbul
(atau hingga kasus melakukan isolasi)
○ Pada kasus probable atau konfirmasi varian Omicron tidak bergejala
(asimptomatik) dihitung sejak 2 hari sebelum pengambilan swab dengan hasil positif sampai 14 hari
setelahnya (atau hingga kasus melakukan isolasi).
SURAT EDARAN
NOMOR HK.02.01/MENKES/1391/2021 TENTANG
PENCEGAHAN DAN PENGENDALIAN KASUS COVID-19 VARIAN OMICRON
(B.1.1.529)
● Kriteria selesai isolasi dan sembuh pada kasus probable dan konfirmasi varian Omicron (B.1.1.529.) sebagai berikut:
○ Pada kasus yang tidak bergejala (asimptomatik), isolasi dilakukan selama sekurang-
kurangnya 10 (sepuluh) hari sejak pengambilan spesimen diagnosis konfirmasi
ditambah hasil pemeriksaan Nucleic Acid Amplification Test (NAAT) negatif selama 2
(dua) kali berturut-turut dengan selang waktu >24 jam.
○ Pada kasus yang bergejala (simptomatik), isolasi dilakukan selama 10 (sepuluh) hari
sejak muncul gejala ditambah dengan sekurang-kurangnya 3 hari bebas gejala
demam dan gangguan pernapasan serta hasil pemeriksaan NAAT negatif selama 2
(dua) kali berturut-turut dengan selang waktu >24 jam.
SURAT EDARAN
NOMOR HK.02.01/MENKES/1391/2021 TENTANG
PENCEGAHAN DAN PENGENDALIAN KASUS COVID-19 VARIAN OMICRON (B.1.1.529)

● 7. Pembiayaan isolasi di rumah sakit yang menyelenggarakan pelayanan COVID-19 varian Omicron (B.1.1.529.) dan
karantina terpusat dibebankan pada Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara dan sumber dana lain yang sah sesuai dengan
ketentuan peraturan perundang-undangan.
● Bagaimana dengan rumah sakit dan Hotel?
○ Kementerian kesehatan memberikan surat edaran kepada seluruh rumah sakit dan hotel
yang melakukan pelayanan penanganan isolasi terhadap pasien COVID-19 dari pelaku
perjalanan internasional, baik WNI atau WNA.
PPLN COVID-19 TERKONFIRMASI, NON
Omicron
Kriteria selesai isoman pada PPLN, Covid-19
terkonfirmasi dan non Omicron
● Exit Test NAAT
(PCR) beberapa
faskes masih
menggunakan,
perlu penilaian
DPJP dan klinis.
APD
 DAFTAR PUSTAKA

1. WHO, Covid-19 weekly epidemiological update, Jan 11 th, 2022

2. https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019
3. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/index.html
4. https://www.kemkes.go.id
5. https://in.vaccine-safety-training.org/vaccine-reactions.html
6. https://covariants.org/variants/21K.Omicron [ GISAID]
7. SE 1/2022, SATGAS COVID-19 tentang protocol Kesehatan perjalanan
Luar negeri pada masa pandemic covid-19
8. Surat edaran (SE MENKES) nomor HK.02.01/menkes/1391/2021
tentang pencegahan dan pengendalian kasus covid-19 varian omicron
(b.1.1.529)
9. Surat Kementerian Kesehatan no SR.03.04/II/2941/2021 tentang
penanganan pasien COVID-19 dari PPLN.
With permission from dr Ngabila; Data update Dinkes DKI Jakarta, 12 Jan 22
With permission from dr Ngabila; Data update Dinkes DKI Jakarta, 12 Jan 22
Thank You
TANYA JAWAB