BAB I

PENDAHULUAN

1.1 Latar Belakang

Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) adalah penyakit menular yangdisebabkan
oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2
merupakan coronavirus jenis baru yang belum pernahdiidentifikasi sebelumnya pada
manusia. Ada setidaknya dua jenis coronavirusyang diketahui menyebabkan penyakit yang
dapat menimbulkan gejala beratseperti Middle East Respiratory Syndrome (MERS) dan
Severe AcuteRespiratory Syndrome (SARS). Tanda dan gejala umum infeksi COVID-
19antara lain gejala gangguan pernapasan akut seperti demam, batuk dan sesaknapas. Masa
inkubasi rata-rata 5-6 hari dengan masa inkubasi terpanjang 14hari.
Pada kasus COVID-19 yang berat dapat menyebabkan pneumonia,sindrom
pernapasan akut, gagal ginjal, dan bahkan kematian. Pada tanggal 31Desember 2019, WHO
China Country Office melaporkan kasus pneumoniayang tidak diketahui etiologinya di Kota
Wuhan, Provinsi Hubei, Cina. Padatanggal 7 Januari 2020, China mengidentifikasi kasus
tersebutsebagaijenis baru coronavirus. Pada tanggal 30 Januari 2020 WHO menetapkan keja
iantersebut sebagai Kedaruratan Kesehatan Masyarakat yang Meresahkan
Dunia(KKMMD)/Public Health Emergency of International Concern (PHEIC)
dan pada tanggal 11 Maret 2020, WHO sudah menetapkan COVID19 sebagai pandemi.
Berkaitan dengan kebijakan penanggulangan wabah penyakit menular,Indonesia telah
memiliki Undang-Undang Nomor 4 Tahun 1984 tentang Wabah Penyakit Menular, Peraturan
Pemerintah Nomor 40 Tahun 1991tentang Penangulangan Wabah Penyakit Menular, dan
Peraturan MenteriKesehatan Nomor 1501/Menkes/Per/X/2010 tentang Jenis Penyakit
MenularTertentu Yang Dapat Menimbulkan Wabah dan Upaya Penanggulangan.Untuk itu
dalam rangka upaya penanggulangan dini wabah COVID-19,Menteri Kesehatan telah
mengeluarkan Keputusan Menteri Kesehatan Nomor HK.01.07/MENKES/104/2020 tentang
Penetapan Infeksi Novel Coronavirus(Infeksi 2019-nCoV) sebagai Jenis Penyakit Yang
Dapat MenimbulkanWabah dan Upaya Penanggulangannya. Penetapan didasari oleh
pertimbangan bahwa Infeksi Novel Coronavirus (Infeksi 2019-nCoV) telah dinyatakanWHO
sebagai Kedaruratan Kesehatan Masyarakat yang Meresahkan Dunia(KKMMD)/Public
Health Emergency of International Concern (PHEIC).

1
 Selain itu meluasnya penyebaran COVID-19 ke berbagai negara denganrisiko
penyebaran ke Indonesia terkait dengan mobilitas penduduk,memerlukan upaya
penanggulangan terhadap penyakit tersebut.
Peningkatan jumlah kasus berlangsung cukup cepat, dan menyebar ke berbagai negaradalam
waktu singkat. Sampai dengan tanggal 9 Juli 2020, WHO melaporkan11.84.226 kasus
konfirmasi dengan 545.481 kematian di seluruh dunia (CaseFatality Rate/CFR 4,6%).
Indonesia melaporkan kasus pertama pada tanggal 2Maret 2020. Kasus meningkat dan
menyebar dengan cepat di seluruh wilayahIndonesia. Sampai dengan tanggal 9 Juli 2020
Kementerian Kesehatanmelaporkan 70.736 kasus konfirmasi COVID-19 dengan 3.417
kasusmeninggal (CFR 4,8%).

Dilihat dari situasi penyebaran COVID-19 yang sudah hampir menjangkauseluruh

wilayah provinsi di Indonesia dengan jumlah kasus dan/atau jumlahkematian semakin
meningkat dan berdampak pada aspek politik, ekonomi,sosial, budaya, pertahanan dan
keamanan, serta kesejahteraan masyarakat diIndonesia, Pemerintah Indonesia telah
menetapkan Keputusan Presiden Nomor 11 Tahun 2020 tentang Penetapan
Kedaruratan Kesehatan MasyarakatCorona Virus Disease 2019 (COVID-19). Keputusan
Presiden tersebutmenetapkan COVID-19 sebagai jenis penyakit yang
menimbulkanKedaruratan Kesehatan Masyarakat (KKM) dan menetapkan KKM COVID-19
di Indonesia yang wajib dilakukan upaya penanggulangan sesuai
ketentuan peraturan perundang-undangan. Selain itu, atas pertimbangan penyebaranCOVID-
19 berdampak pada meningkatnya jumlah korban dan kerugian
harta benda, meluasnya cakupan wilayah terdampak, serta menimbulkan implikasi pada aspe
k sosial ekonomi yang luas di Indonesia, telah dikeluarkan jugaKeputusan Presiden Nomor
12 Tahun 2020 tentang Penetapan Bencana
Nonalam Penyebaran Corona Virus Disease 2019 (COVID-19) Sebagai Bencana Nasional.
Tingginya kasus COVID-19 di dunia khususnya di Indonesia
bergantung pada pemeriksaan laboratorium yang dilakukan dalam setiap kasus yang ada,oleh
karena itu di dalam makalah ini akan dibahas lebih lanjut tentang pemeriksaa laboratorium
COVID-19.

1.2 Rumusan Masalah

1.2.1 Apa yang dimaksud dengan COVID-19?
1.2.2 Bagaimana manifestasi klinis dari COVID-19?
1.2.3 Apa saja pemeriksaan laboratorium yang dilakukan pada pemeriksaanCOVID-19?

2
1.2.4 Bagaimana terapi dan monitoring yang tepat untuk pasien COVID-19?

1.3 Tujuan
1.3.1 Mengetahui pengertian dari COVID-19
1.3.2 Mengetahui manifestasi klinis dari COVID-19.
1.3.3 Mengetahui jenis pemeriksaan apa saja yang dilakukan pada pemeriksaan laboratorium
COVID-19.
1.3.4 Mengetahui jenis terapi dan monitoring yang tepat untuk pasienCOVID-19.

3
 BAB II

PEMBAHASAN

1.1 Coronavirus

Coronavirus merupakan virus RNA strain tunggal positif, berkapsul dantidak bersegmen.
Coronavirus tergolong ordo Nidovirales, keluargaCoronaviridae. Coronaviridae dibagi dua
subkeluarga dibedakan berdasarkanserotipe dan karakteristik genom. Terdapat empat genus
yaitu alphacoronavirus, betacoronavirus, deltacoronavirus dan gamma
coronavirus.Coronavirus memiliki kapsul, partikel berbentuk bulat atau elips,
sering pleimorfik dengan diameter sekitar 50-200m.5 Semua virus ordo Nidoviralesmemiliki
kapsul, tidak bersegmen, dan virus positif RNA serta memilikigenom RNA sangat panjang.12
Struktur coronavirus membentuk strukturseperti kubus dengan protein S berlokasi di
permukaan virus. Protein S atauspike protein merupakan salah satu protein antigen utama
virus danmerupakan struktur utama untuk penulisan gen. Protein S ini berperan
dalam penempelan dan masuknya virus kedalam sel host (interaksi protein
S denganreseptornya di sel inang).Coronavirus bersifat sensitif terhadap panas dan secara
efektif dapatdiinaktifkan oleh desinfektan mengandung klorin, pelarut lipid dengan suhu
56℃ selama 30 menit, eter, alkohol, asam perioksiasetat, detergen non-ionik,formalin,
oxidizing agent dan kloroform. Klorheksidin tidak efektif dalammenonaktifkan virus.
Kebanyakan Coronavirus menginfeksi hewan dan bersirkulasi di hewan. 

Coronavirus menyebabkan sejumlah besar penyakit pada hewan dan kemampuannya menyeb
abkan penyakit berat pada hewanseperti babi, sapi, kuda, kucing dan ayam. Coronavirus
disebut dengan viruszoonotik yaitu virus yang ditransmisikan dari hewan ke manusia.
Banyakhewan liar yang dapat membawa patogen dan bertindak sebagai vector
untuk penyakit menular tertentu. Kelelawar, tikus bambu, unta dan musangmerupakan host
yang biasa ditemukan untuk Coronavirus. Coronavirus padakelelawar merupakan sumber
utama untuk kejadian severe acute respiratorysyndrome (SARS) dan Middle East respiratory
syndrome(MERS).2,5,13,16 Namun pada kasus SARS, saat itu host intermediet (masked pal
m civet atauluwak) justru ditemukan terlebih dahulu dan awalnya disangka sebagai
hostalamiah. Barulah pada penelitian lebih lanjut ditemukan bahwa luwakhanyalah sebagai
host intermediet dan kelelawar tapal kuda (horseshoe bars)sebagai host alamiahnya.Secara

4
umum, alur Coronavirus dari hewan ke manusia dan dari manusiake manusia melalui
transmisi kontak, transmisi droplet, rute feses dan oral.Berdasarkan penemuan, terdapat tujuh
tipe Coronavirus yang dapatmenginfeksi manusia saat ini yaitu dua alphacoronavirus (229E
dan NL63)dan empat betacoronavirus, yakni OC43, HKU1, Middle East
respiratorysyndrome-associated coronavirus (MERS-CoV), dan severe acute respiratory
syndrome-associated coronavirus (SARSCoV). Yang ketujuh adalah Coronavirus tipe baru
yang menjadi penyebab kejadian luar biasa di Wuhan,yakni Novel Coronavirus 2019 (2019-
nCoV). Isolat 229E dan OC43ditemukan sekitar 50 tahun yang lalu. NL63 dan HKU1
diidentifikasi mengikuti kejadian luar biasa SARS. NL63 dikaitkan dengan penyakit
akutlaringotrakeitis (croup).Virus SARS-CoV-2 merupakan Coronavirus, jenis baru
yangmenyebabkan epidemi, dilaporkan pertama kali di Wuhan Tiongkok padatanggal 31
Desember 2019.1 Analisis isolat dari saluran respirasi
bawah pasien tersebut menunjukkan penemuan Coronavirus tipe baru, yang diberinama oleh
WHO COVID-19. Pada tanggal 11 Februari 2020, WHO memberinama penyakitnya menjadi
Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). 3 6 Coronavirus tipe baru ini merupakan tipe
ketujuh yang diketahui di manusia.SARS-CoV-2 diklasifikasikan pada genus
betaCoronavirus.5,18 Pada 10Januari 2020, sekuensing pertama genom SARS-CoV-2
teridentifikasi dengan5 subsekuens dari sekuens genom virus dirilis. Sekuens genom
dariCoronavirus baru (SARS-CoV-2) diketahui hampir mirip dengan SARS-CoVdan MERS-
CoV. Secara pohon evolusi sama dengan SARS-CoV dan MERS-CoV tetapi tidak tepat
sama. Kejadian luar biasa di Wuhan mirip dengankejadian luar biasa SARS di Guangdong
pada tahun 2002. Keduanya terjadi dimusim dingin. Apabila dibandingkan dengan SARS,
Pneumoni COVID-19cenderung lebih rendah dari segi angka kematian. Angka kematian
SARSmencapai 10% dan MERS 37%.5 Namun, saat ini tingkat infektivitas
virus pneumoni COVID-19 ini diketahui setidaknya setara atau lebih tinggi dariSARS-CoV.
Hal ini ditunjukkan oleh R0-nya, dimana penelitian terbarumenunjukkan R0 dari virus
pneumoni SARSCoV- 2 ini adalah 4,08. Sebagai perbandingan, R0 dari SARS-
CoV adalah 2,0. Coronavirus jenis baru ini bersifat letal namun tingkat kematian masih belu
m pasti, serta saat ini masihdapat dicegah dan dikontrol.

1.2 Manifestasi Klinis

Infeksi COVID-19 dapat menimbulkan gejala ringan, sedang atau berat.Gejala klinis utama
yang muncul yaitu demam (suhu >380C), batuk dankesulitan bernapas. Selain itu dapat
disertai dengan sesak memberat, fatigue,mialgia, gejala gastrointestinal seperti diare dan

5
gejala saluran napas lain.Setengah dari pasien timbul sesak dalam satuminggu. Pada kasus
berat perburukan secara cepat dan progresif, seperti ARDS, syok septik, asidosismetabolik
yang sulit dikoreksi dan perdarahan atau disfungsi sistem koagulasidalam beberapa hari.
Pada beberapa pasien, gejala yang muncul ringan, bahkan tidak disertai dengan
demam. Kebanyakan pasien memiliki prognosis baik, dengan sebagian kecil dalam kondisi
kritis bahkan meninggal. Berikutsindrom klinis yang dapat muncul jika terinfeksi Berikut
sindrom klinis yang dapat muncul jika terinfeksi:

a.Tidak berkomplikasi

Kondisi ini merupakan kondisi teringan. Gejala yang muncul berupa gejalayang tidak
spesifik. Gejala utama tetap muncul seperti demam, batuk,dapat disertai dengan nyeri
tenggorok, kongesti hidung, malaise, sakitkepala, dan nyeri otot. Perlu diperhatikan bahwa
pada pasien dengan lanjutusia dan pasien immunocompromises presentasi gejala menjadi
tidak khasatau atipikal. Selain itu, pada beberapa kasus ditemui tidak disertai dengandemam
dan gejala relatif ringan. Pada kondisi ini pasien tidak memilikigejala komplikasi diantaranya
dehidrasi, sepsis atau napas pendek. 

b.Pneumonia ringan

Gejala utama dapat muncul seperti demam, batuk, dan sesak. Namun tidakada tanda
pneumonia berat. Pada anak-anak dengan pneumonia tidak beratditandai dengan batuk atau
susah bernapas. atau tampak sesak disertainapas cepat atau takipneu tanpa adanyatanda
pneumonia berat.Definisi takipnea pada anak:

• < 2 bulan :≥ 60x/menit

• 2-11 bulan : ≥ 50x/menit

• 1-5 tahun : ≥ 40x/menit.

c. Pneumonia berat

Pada pasien dewasa

• Gejala yang muncul diantaranya demam atau curiga infeksi salurannapas.

• Tanda yang muncul yaitu takipnea (frekuensi napas: >30x/menit),distress pernapasan berat
atau saturasi oksigen pasien <90% udara luar.

6
d. Acute Respiratory Distress Syndrome (ARDS)

Onset: baru atau perburukan gejala respirasi dalam 1 minggu setelahdiketahui kondisi klinis.
Derajat ringan beratnya ARDS berdasarkankondisi hipoksemia. Hipoksemia didefinisikan
tekanan oksigen arteri(PaO₂) dibagi fraksi oksigen inspirasi (FIO₂) kurang dari< 300 mmHg.

Pemeriksaan penunjang yang penting yaitu pencitraan toraks seperti fototoraks, CT Scan
toraks atau USG paru. Pada pemeriksaan pencitraan dapatditemukan: opasitas bilateral, tidak
menjelaskan oleh karena efusi, lobaratau kolaps paru atau nodul. Sumber dari edema tidak
sepenuhnya dapatdijelaskan oleh gagal jantung atau kelebihan cairan,
dibutuhkan pemeriksaan objektif lain seperti ekokardiografi untuk mengeksklusi penyebab
hidrostatik penyebab edema jika tidak ada faktor risiko. Penting dilakukan analisis gas darah
untuk melihat tekanan oksigen darah dalammenentukan tingkat keparahan ARDS serta terapi.

e.Sepsis

Sepsis merupakan suatu kondisi respons disregulasi tubuh terhadap suspekinfeksi atau
infeksi yang terbukti dengan disertai disfungsi organ. Tandadisfungsi organ perubahan status
mental, susah bernapas atau frekuensinapas cepat, saturasi oksigen rendah, keluaran urin
berkurang, frekuensinadi meningkat, nadi teraba lemah, akral dingin atau tekanan darah
rendah,kulit mottling atau terdapat bukti laboratorium koagulopati,trombositopenia, asidosis,
tinggi laktat atau hiperbilirubinemia.

f.Syok septik

Definisi syok septik yaitu hipotensi persisten setelah resusitasi volumadekuat ehingga
diperlukan vasopressor untuk mempertahankan MA ≥65 mmHg dan serum laktat > 2
mmol/L.26

1.3 Pemeriksaan Umum COVID-19

A.Pemeriksaan fisis

 Pada pemeriksaan fisik dapat ditemukan tergantung ringan atau beratnya manifestasi klinis.

a.Tingkat kesadaran: kompos mentis atau penurunan kesadaran

b.Tanda vital: frekuensi nadi meningkat, frekuensi napas meningkat, tekanan darah normal
atau menurun, suhu tubuh meningkat.

7
c.Saturasi oksigen dapat normal atau turun.

- Dapat disertai retraksi otot pernapasan

- Pemeriksaan fisis paru didapatkan inspeksi dapat tidak simetrisstatis dan dinamis,
fremitus raba mengeras, redup pada daerah konsolidasi, suara napas bronkovesikuler
atau bronkial dan ronkikasar.

B.Pemeriksaan penunjang

Pemeriksaan penunjang yang dilakukan diantaranya:

1. Pemeriksaan radiologi:Foto toraks, CT-scan toraks, USG toraks. Pada pencitraan

dapatmenunjukkan: opasitas bilateral, konsolidasi subsegmental, lobar ataukolaps
paru atau nodul, tampilan groundglass. Pada stage awal,
terlihat bayangan multiple plak kecil dengan perubahan intertisial yang jelasmenunjuk
kan di perifer paru dan kemudian berkembang menjadi bayangan multiple ground-
glass dan infiltrate di kedua paru. Padakasus berat, dapat ditemukan konsolidasi paru
bahkan “whitelung” dan efusi pleura (jarang).

2.Pemeriksaan spesimen saluran napas atas dan bawah- Saluran napas atas dengan swab
tenggorok(nasofaring danorofaring) Saluran napas bawah (sputum, bilasan bronkus,
BAL, bilamenggunakan endotrakeal tube dapat berupa aspirat endotrakeal).

Untuk pemeriksaan RT-PCR SARS-CoV-2, (sequencing bila tersedia).  Ketika

melakukan pengambilan spesimen gunakan APD yang tepat. Ketika mengambil sampel
dari saluran napas atas,gunakan swab viral (Dacron steril atau rayon bukan kapas)
danmedia transport virus. Jangan sampel dari tonsil atau hidung. Pada pasien dengan
curiga infeksi COVID-19 terutama pneumonia atausakit berat, sampel tunggal saluran
napas atas tidak cukup untukeksklusi diagnosis dan tambahan saluran napas atas dan
bawahdirekomendasikan. Klinisi dapat hanya mengambil sampel salurannapas bawah jika
langsung tersedia seperti pasien dengan intubasi.Jangan menginduksi sputum karena
meningkatkan risiko transmisiaerosol.

Kedua sampel (saluran napas atas dan bawah) dapat diperiksakan jenis patogen lain.
Bila tidak terdapat RT-PCR dilakukan pemeriksaan serologi. Pada kasus terkonfirmasi
infeksi COVID-19, ulangi pengambilan sampel dari saluran napas atas dan bawah untuk
petunjuk klirens dari virus. Frekuensi pemeriksaan 2-4 hari sampai 2 kali hasil negative

8
dari kedua sampel serta secara klinis perbaikan, setidaknya 24 jam. Jika sampel
diperlukan untuk keperluan pencegahan infeksi dan transmisi, specimen dapat diambil
sesering mungkin yaitu harian.

3.Bronkoskopi

4.Pungsi pleura sesuai kondisi

5.Pemeriksaan kimia darah

-Darah perifer lengkap

- Leukosit dapat ditemukan normal atau menurun; hitung jenislimfosit menurun.

- Pada kebanyakan pasien LED dan CRP meningkat.

- Analisis gas darah

- Fungsi hepar (Pada beberapa pasien, enzim liver dan ototmeningkat)

-Fungsi ginjal

-Gula darah sewaktu

-Elektrolit

-Faal hemostasis ( PT/APTT, d Dimer), pada kasus berat, Ddimermeningkat

.-Prokalsitonin (bila dicurigai bakterialis

-Laktat (Untuk menunjang kecurigaan sepsis)

6.Biakan mikroorganisme dan uji kepekaan dari bahan saluran napas(sputum, bilasan
bronkus, cairan pleura) dan darah. Kultur darah
untuk bakteri dilakukan, idealnya sebelum terapi antibiotik. Namun, janganmenunda
terapi antibiotik dengan menunggu hasil kultur darah)267.Pemeriksaan feses dan urin
(untuk investasigasi kemungkinan penularan).

C.Diagnosis banding

1. Pneumonia bacterial

9
 Gejala umum yang muncul diantaranya batuk, batuk berdahak, ataumemberat
seperti muncul dahak purulen, dahak berdarah, dengan atautanpa adanya nyeri dada. Pada
umumnya tidak bersifat infeksius, dan bukan penyakit infeksius.

2.SARS/MERS

Jenis virus baru ini memiliki kemiripan dengan virus SARS dan MERSnamun analisis
genetik menunjukkan serupa tetapi tidak sama. Virus jenis baru ini sudah mengalami
evolusi. Studi menunjukkan virus baruini kemampuan penyebaran dan patogenisitasnya
lebih rendahdaripada SARS.

3.Pneumonia Jamur

4.Edema paru kardiogenik (gagal jantung)

1.4 Pemeriksaan Antibodi Rapid Test Metode Imunokromatografi

a.Cara Pengambilan Spesimen
 Pengambilan darah menggunakan tabung vakum dengan prinsip closed system, yaitu darah
dari vena secara langsung dialirkan ke tabungvakum Bila tidak memungkinkan,
menggunakan jarum suntik dengankewaspadaan dan kehati-hatian.
 b.Spesimen
Spesimen yang digunakan sesuai dengan petunjuk kit reagen yangdigunakan, diantaranya:
•Spesimen whole blood 

• Dapat menggunakan antikoagulan EDTA, heparin, atau sitrat

•Spesimen langsung diperiksa

•Spesimen serum atau plasma

•Serum didapat dari darah tanpa antikoagulan

• Plasma didapat dari darah EDTA, heparin, atau sitrat.

• Sentrifugasi segera dilakukan untuk mencegah hemolisis.

• Perlu kewaspadaan dalam penggunaan sentrifus, mengingat pada proses sentrifugasi dapat

terjadi percikan aerosol yang membahayakan.

Hal yang dapat dilakukan:

10
-Menggunakan tabung vakum tertutrup

-Menunggu sentrifus harus berhenti sempurna

-Sentrifus didiamkan 10 menit sebelum membuka tutup sentrifus

-Bila tidak segera diperiksa maka penyimpanan mengikuti petunjukdalam kit reagen yang
digunakan

-Spesimen darah kapiler, dapat menggunakan lancet. (Kapilerdigunakan sebagai pilihan

terakhir karena sensitivitas rendah)

c. Pelaporan

Waktu pembacaan hasil sesuai dengan waktu yang disarankan kit reagen.Hasil samar
diinterpretasi sebagai hasil reaktif. Pelaporan untuk kit reagendengan deteksi Anti SARS-
CoV-2 IgM dan IgG:

Pelaporan:Hasil Deteksi Antibodi; Reaktif

1.Anti SARS-CoV-2 IgM reaktif, anti SARS-CoV-2 IgG non reaktif,

2.Anti SARS-CoV-2 IgM non reaktif, anti SARS-CoV-2 IgG reaktif,

3.Anti SARS-CoV-2 IgM dan IgG reaktif atau

4. Anti SARS-CoV-2 Antibodi total reaktif

Hasil deteksi antibodi: Non reaktif

1.Anti SARS-CoV-2 IgM dan IgG non reaktif

2.Anti SARS-CoV-2 Antibodi total non reaktif

1.5 Pemeriksaan Antigen Rapid Test Metode Imunokromatografi

a. Alat dan bahan pengambilan specimen:

 1.Formulir pengambilan spesimen, sesuai Lampiran 7 Pedoman Pencegahan dan

Pengendalian Coronavirus Disease (COVID-19) Kemenkes revisi 05. 

2.Swab dakron atau  flocked swab, viscous, rayon

11
 3.Tongue spatel

4.Parafilm

5.Plastik klip

6. Marker atau label

 b.Cara pengambilan spesimen swab nasofaring.

1.Gunakan APD sesuai standar

2.Gunakan swab yang terbuat dari dakron/rayon steril dengan tangkai plastic atau
jenis  flocked swab (tangkai lebih lentur).

3.Pastikan tidak ada obstruksi (hambatan pada lubang hidung).

4.Masukkan secara perlahan swab ke dalam hidung, pastikan posisi swab pada septum
bawah hidung, secara perlahan-lahan ke bagiannasofaring.

5.Swab kemudian dilakukan gerak memutar secara perlahan.

c. Cara pengambilan spesimen sputum

a)Pasien berkumur terlebih dahulu dengan air, kemudian pasien dimintamengeluarkan

dahaknya dengan cara batuk yang dalam.

 b) Sputum ditampung pada wadah steril yang anti bocor.Catatan: Tidak disarankan
pengambilan sampel sputum dengan carainduksi karena dapat menimbulkan risiko
infeksi tambahan bagi petugas kesehatan.

Penyimpanan :

- Sebaiknya pemeriksaan dilakukan secepat mungkin

- Bila diperlukan penyimpanan maka dapat disimpan pada lemari es(2-8⁰C).
- Spesimen stabil hingga 24 jam, atau dalam VTM stabil hingga 7hari
- Pemakaian VTM atau UTM harus disesuaikan dengan insert kit karena beberapa
reagen tidak kompatibel terhadap VTM atauUTM, sehingga mempengaruhi hasil
pemeriksaanc) Prosedur pemeriksaanMenyesuaikan dengan insert kit yang
digunakan.

12
1.6 Pemeriksaan TCM dan PCR SARS-CoV2
A.Spesimen yang digunakan tergantung pada insert kit alat TCM dan PCRyang digunakan,
dapat berupa:
a) Swab nasofaring
b) Swab orofaring
c) Sputum
d) Aspirat saluran napas bagian bawah
e) Bronchoalevolar lavage (BAL)
B. Prosedur pemeriksaan metode TCM
  Pada pemeriksaan metode TCM dilakukan secara otomatis dan
terintegrasimenggunakan realtime PCR dengan cartridge sekali pakai, sehinggakontaminasi
silang antara spesimen dapat diminimalkan.
a. Pada VTM atau UTM yang sudah terdapat spesimen dicampur sebentar dengan
membolak-balik tabung dengan cepat sebanyak 5kali. Lakukan semua manipulasi
berikut ini dalam BSC (BiologicalSafety Cabinet  ) level 2a (minimal). BSC
diletakkan dalam ruanganyang bertekanan negatif ( Biological Safety Level2). 
b. Buka tutup cartridge
c. Keluarkan pipet yang disediakan dari wadahnya
d. Dengan pipet yang disediakan, spesimen ditransfer ke ruangspesimen sample
chamber ), pastikan spesimen di dalam pipet tidakada gelembung udara. Lalu buang
pipet di tempat sampah infeksius.
Catatan:  pastikan memasukkan keseluruhan volume spesimen didalam pipet ke
dalam sample chamber . Hasil  false negative dapat disebabkan salah satunya karena
kurangnya spesimen yangdimasukkan ke dalam cartridge.
e.Tutup cartridge dipastikan tertutup, dan cartridge dimasukkan kedalam alat, untuk
dilakukan pemrosesan spesimen secara otomatis,dan real-time untuk deteksi RNA virus
SARS-CoV-2

13
 .f. Interpretasi hasil TCM
N2 E SPC Interpretasi hasil pelaporan
+ + +- Cov2 terdeteksi positif
+ - +- SARS-cov-2 Positif
- - +- SARS CoV-2 Negatif
- - -- SARS Cov 2 invalid

C.Metode PCR (dilakukan dalam BSC 2a dalam ruangan dengan tekanannegatif/  Biological Safety
Level 2)
a. Tahapan yang harus dilakukan adalah persiapan spesimen, ekstraksiRNA, sintesis cDNA
dan amplifikasi menggunakan one step reversetranscriptase PCR.
b.Masing-masing langkah pada pemeriksaan PCR dilakukan berdasarkancara kerja dari
reagen yang digunakan
.c. Target gen SARS-Cov-2 yang digunakan berbeda-beda berdasarkanreagen yang tersedia
dan sebelumnya sudah diadakan optimalisasikondisi PCR sebelum mengerjakan spesimen
pasien
.d  Di Indonesia Balitbangkes menggunakan target gen N1, N2 dan RnP(  Ribonuclease P)
sebagai gen kontrol internal. Beberapa BTKL diIndonesia menggunakan target gen yang
direkomendasikan olehBalitbangkes, atau menggunakan target gen sesuai dengan reagen
yang direkomendasikan oleh Balitbangkes.

e. Interpretasi hasil PCR 

N1 N2 RnP Interpretasi Pelaporan
+ + +- terdeteksi Positiv
Hanya satu yang +- Belum dapat disimpulkan
positif
- - + Tidak negatif
terdeteksi
- - - Hasil invalid
invalid

14
f.Hasil pemeriksaan TCM dan PCR
positif maupun negative seharusnya disampaikan kepada Badan Penelitian dan
PengembanganKesehatan sebagai Laboratorium Rujukan Nasional Penyakit  New- Emerging
sesuai dengan surat edaran Kementerian KesehatanRepublik INDONESIA Nomor
HK.02.01/MENKES/234/2020 yangditetapkan pada 7 April 2010.

15
 BAB III
KESIMPULAN DAN SARAN

1.1 Kesimpulan
Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) adalah penyakit menular yangdisebabkan
oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2). SARS-CoV-2
merupakan coronavirus jenis baru yang belum pernahdiidentifikasi sebelumnya pada
manusia. Ada setidaknya dua jenis coronavirusyang diketahui menyebabkan penyakit yang
dapat menimbulkan gejala beratseperti Middle East Respiratory Syndrome (MERS) dan
Severe AcuteRespiratory Syndrome (SARS). Tanda dan gejala umum infeksi COVID-
19antara lain gejala gangguan pernapasan akut seperti demam, batuk dan sesaknapas. Masa
inkubasi rata-rata 5-6 hari dengan masa inkubasi terpanjang 14hari.Pemeriksaan laboratorium
yang valid menjadi salah satu indicator pentingdalam penentuan perjalanan klinis pasien,
pemeriksaan tersebut
melliputi pemeriksaan fisis, pemeriksaan diagnosis pembanding dan lain sebagainya,namun
untuk deteksi awal biasanya dilakukan pemeriksaan Antibody danAntigen rapid test, lalu
dilanjutkan dengan pemeriksaan TCM atau PCR untuk pemeriksaan lebih lanjut (konfirmasi
positif).
 1.2 Saran
Pemeriksaan laboratorium hendaknya mendapat perhatian khusus untukmendeteksi
keberadaan penyakit COVID-19 ini, dalam setiap pemeriksaanlaboratorium juga hendaknya
tetap memerhatikan protocol pemeriksaan gunamencegah terjadinya penularan lebih
lanjut.Sebelum melakukan pemeriksaan agar hendaknya melakukan pemeriksaankesediaan
alat dan lain sebagainya.

16
 DAFTAR PUSTAKA

Kementerian Kesehatan RI. 2020. Pedoman Pencegahan dan PengendalianCoronavirus

Disease (Covid-19i). Juli 2020.PDPI. 2020.

Pneumonia Covid-19 Diagnosis & Penatalaksanaan Di Indonesia. PDS PatKLin. 2020.

Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Antibodi Rapid Test. PDS PatKLin. 2020.

Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Antigen Rapid Test. PDS PatKLin. 2020.

Panduan Tatalaksana Pemeriksaan Tes Cepat Molekuler(TCM) dan Polymerase Chain

Reaction (PCR) Sars-Cov-2.

17