Laboratory Diagnosis of COVID-19, pearls and pitfalls

(Webinar Sore : COVID-19, Variants, Swab, and Laboratory)

dr. Enty Tjoa, Sp.MK
 Learning Objectives

1. Mengenal berbagai jenis pemeriksaan diagnostik Covid-19

dan jenis spesimennya.
2. Mengenal lebih dekat pemeriksaan berbasis serologi :
• Rapid test antibodi SARS-CoV-2.
• Rapid test deteksi antigen SARS-CoV-2.
3. Mengenal lebih dekat pemeriksaan berbasis molekuler PCR :
• PCR konvensional
• RT-PCR
• Rapid molecular test
4. Menginterpretasikan hasil pemeriksaan diagnostik Covid-19.
5. Pearls and Pitfalls
 PENDAHULUAN
COVID-19 ? SARS-CoV-2? Sama atau beda?
31 Desember 2019-10 Feb
2020

Belum ada nama

11 Februari 2020
WHO Resmi beri nama ICTV-CSG* resmi beri

11 Februari 2020
resmi untuk penyakit baru untuk penyakit ini (: nama baru untuk
disease) virus penyebab
maupun virus.
COVID 19:
Banyak sebutan:
Wuhan virus/Wuhan COVID 19 “ SARS CoV 2”
Pneumoniae
virus/2019 Novel [nama penyakit] [nama virus]
Coronavirus / New CORONA
Corona Virus / 2019 VIRUS “ Adik” dari SARS CoV
New Coronavirus/ 2002
2019 nCoV DISEASE
2019
* CTV – CSG: International Committee on Taxonomy of Viruses-CoronaViridae Study Group
COVID-19 ? SARS-CoV-2?

• Memberi nama → Penting, ada aturan tertentu

• Memberi nama penyakit penyebab outbreak (KLB/Kejadian luar
biasa) → tugas WHO

• Memberi nama Virus penyebab suatu penyakit→ peneliti / ahli

bidang Virologi→ ICTV - CSG(International Committee on Taxonomy of
Viruses-Coronaviridae study group)
 EPIDEMIOLOGI COVID-19

SECARA GLOBAL
31 Desember 7 Januari 2020, Cina 19 Agustus 2021
2019 : WHO China mengidentifikasi
Country Office pneumonia yang 209.201.939 kasus
melaporkan kasus tidak diketahui terkonfirmasi di;CFR
pneumonia yang etiologinya tersebut Global 2,1%.
tidak diketahui sebagai jenis baru
penyebabnya di coronavirus (novel
coronavirus, Indonesia: 3.930.300
Kota Wuhan,
disingkat sebagai kasus konfirmasi; CFR
Provinsi Hubei, 3,1%
2019-nCoV).
Cina.

Pedoman Kesiapsiagaan menghadapi Coronavirus Disease (COVID-19), Dirjen Pencegahan dan Pengendalian Penyakit (P2P),
Kemenkes, 17 Februari 2020
World Health Organization (WHO). 2020. https://www.who.int/health-topics/coronavirus. Diakses 28 April 2020.
TRANSMISI / PENULARAN
Penularan antar manusia
Pemeriksaan Diagnostik
Covid-19
 Pemeriksaan Diagnostik Covid-19
Pemeriksaan awal sama pada umumnya : Anamnesis (termasuk:risiko terpapar / kontak),
pemeriksaan fisik, dan pemeriksaan penunjang (radiologi (rontgen thorax, LDCT Scan
thorax), hematologi, kimia darah, dll → Menentukan STATUS (merujuk pada surveilans
epidemiologi)

dan TINGKAT GEJALA

(Tanpa gejala/ringan,
Sedang dan
Berat/Kritis)

PDPI. Diagnosis dan penatalaksanaan Pneumoniae COVID-19. 2020

PAMKI. Panduan pemeriksaan mikrobiologi klinik untuk penegakan diagnosis Covid-19. 16 April 2020.
Kemenkes RI. Pedoman pencegahan dan Pengendalian Covid-19 Revisi ke-4. 27 Maret 2020.
Status COVID-19
• Berdasarkan Pedoman Pencegahan dan Pengendalian Infeksi Covid-
19, Dirjen P2P, Kemenkes, rev. 05 pada tgl Juli 2020, maka indikasi
pemeriksaan molekuler untuk mendeteksi SARS-CoV-2 adalah pada
kelompok berstatus sebagai berikut :
• KASUS SUSPEK
• KASUS PROBABLE
• KASUS KONFIRMASI
• KONTAK ERAT
• PELAKU PERJALANAN
• DISCARDED
• SELESAI ISOLASI
Diagnosa covid-19

Pemeriksaan
Anamnesa
fisik

Diagnosis
Pemeriksaan WHO merekomendasikan pemeriksaan molekuler untuk
penunjang seluruh pasien yang terduga terinfeksi COVID-19.
Metode yang dianjurkan adalah metode deteksi
molekuler/NAAT (Nucleic Acid Amplification Test) seperti
pemeriksaan RT PCR.
Pemeriksaan penunjang
SWAB PCR COVID-19

Pemeriksaan spesimen
saluran napas atas dan
Radiologi -foto toraks, CT-scan bawah untuk Bronkoskopi Punksi pleura (sesuai indikasi)
toraks, USG toraks pemeriksaan RT-PCR
SARS CoV-2 (Gold
standard)

Pemeriksaan darah
•Darah perifer lengkap, CRP, Analisis gas
darah, Fungsi hepar, Fungsi ginjal, Gula
darah sewaktu, Elektrolit, Faal
hemostasis (PT/APTT, d Dimer),
Prokalsitonin (bila dicurigai bakterialis),
Laktat (Untuk menunjang sepsis)
Biakan mikroorganisme dan uji
Pemeriksaan feses dan urin
kepekaan dari bahan saluran
(untuk investasigasi
napas (sputum, bilasan bronkus,
kemungkinan penularan)
cairan pleura) dan dara

PDPI. Diagnosis dan penatalaksanaan Pneumoniae COVID-19. 2020

Diagnosis
• Diagnosis WHO merekomendasikan pemeriksaan molekuler untuk
seluruh pasien yang terduga terinfeksi COVID-19. Metode yang
dianjurkan adalah metode deteksi molekuler/NAAT (Nucleic Acid
Amplification Test) seperti pemeriksaan RT PCR
• NAAT mencakup quantitative reverse transcription polymerase chain reaction
(qRT-PCR), tes cepat molekuler (TCM), dan loop-mediated isothermal
amplification (LAMP) yang telah disetujui Kementerian Kesehatan.

• Indonesia : Selain RT PCR, RDTAg dapat digunakan sebagai diagnostik

KEPUTUSAN MENTERI KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA

NOMOR HK.01.07/MENKES/3602/2021
KASUS SUSPEK
• Kasus Suspek Yang dimaksud dengan kasus suspek adalah orang yang memenuhi salah
satu kriteria berikut:
a) Orang yang memenuhi salah satu kriteria klinis: 1) Demam akut dan batuk; atau 2)
Minimal 3 gejala berikut: demam, batuk, lemas, sakit kepala, nyeri otot, nyeri
tenggorokan, pilek/hidung tersumbat, sesak napas, anoreksia/mual/muntah, diare,
atau penurunan kesadaran; atau 3) Pasien dengan ISPA (Infeksi Saluran Pernapasan
Akut) berat dengan riwayat demam/demam (> 38℃) dan batuk yang terjadi dalam 10
hari terakhir, serta membutuhkan perawatan rumah sakit; atau 4) Anosmia
(kehilangan penciuman) akut tanpa penyebab lain yang teridentifikasi; atau 5) Ageusia
(kehilangan pengecapan) akut tanpa penyebab lain yang teridentifikasi.
b) Seseorang yang memiliki riwayat kontak dengan kasus probable/konfirmasi COVID-
19/kluster COVID-19 dan memenuhi kriteria klinis pada huruf a.
c) Seseorang dengan hasil pemeriksaan Rapid Diagnostic Test Antigen (RDT-Ag) positif
sesuai dengan penggunaan RDT-Ag pada kriteria wilayah A dan B, dan tidak memiliki
gejala serta bukan merupakan kontak erat (Penggunaan RDT-Ag mengikuti ketentuan
yang berlaku).
KASUS PROBABLE
• Kasus suspek yang meninggal dengan gambaran klinis meyakinkan
COVID-19 dan memiliki salah satu kriteria sebagai berikut:
a. Tidak dilakukan pemeriksaan laboratorium Nucleic Acid Amplification Test
(NAAT) atau RDT-Ag; atau
b. Hasil pemeriksaan laboratorium NAAT/RDT-Ag tidak memenuhi kriteria
kasus konfirmasi maupun bukan COVID-19 (discarded)
KASUS KONFIRMASI
Yang dimaksud dengan Kasus Terkonfirmasi adalah orang yang
memenuhi salah satu kriteria berikut:
a. Seseorang dengan pemeriksaan laboratorium NAAT positif.
b. Memenuhi kriteria kasus suspek atau kontak erat dan hasil
pemeriksaan RDT-Ag positif di wilayah sesuai penggunaan RDTAg pada
kriteria wilayah B dan C.
c. Seseorang dengan hasil pemeriksaan RDT-Ag positif sesuai dengan
penggunaan RDT-Ag pada kriteria wilayah C.
KASUS KONFIRMASI
• DERAJAT GEJALA
ASIMTOMATIS/
RINGAN
TANPA GEJALA

SEDANG BERAT

KRITIS
DISCARDED
Yang dimaksud dengan Bukan COVID-19 (Discarded) adalah orang yang memenuhi
salah satu kriteria berikut:
a) Seseorang dengan status kasus suspek atau kontak erat DAN hasil pemeriksaan
laboratorium NAAT 2 kali negatif.
b) Seseorang dengan status kasus suspek atau kontak erat DAN hasil pemeriksaan
laboratorium RDT-Ag negatif diikuti NAAT 1 kali negatif sesuai penggunaan
RDT-Ag pada kriteria B.
c) Seseorang dengan status kasus suspek atau kontak erat DAN hasil pemeriksaan
laboratorium RDT-Ag 2 kali negatif sesuai penggunaan RDT-Ag pada kriteria C.
d) Orang tidak bergejala (asimtomatik) DAN bukan kontak erat DAN hasil
pemeriksaan RDT-Ag positif diikuti NAAT 1x negatif sesuai penggunaan RDT-Ag
pada kriteria A dan B.
e) Orang tidak bergejala (asimtomatik) DAN bukan kontak erat DAN hasil
pemeriksaan RDT-Ag negatif.
KONTAK ERAT
• Kontak erat adalah orang yang memiliki riwayat kontak dengan kasus
probabel atau dengan kasus terkonfirmasi COVID-19 dan memenuhi
salah satu kriteria berikut:
a. Kontak tatap muka/berdekatan dengan kasus konfirmasi dalam radius 1
meter selama 15 menit atau lebih;
b. Sentuhan fisik langsung dengan pasien kasus konfirmasi (seperti bersalaman,
berpegangan tangan, dll);
c. Orang yang memberikan perawatan langsung terhadap kasus konfirmasi
tanpa menggunakan APD yang sesuai standar; ATAU
d. Situasi lainnya yang mengindikasikan adanya kontak berdasarkan penilaian
risiko lokal yang ditetapkan oleh tim penyelidikan epidemiologi setempat.
Untuk menemukan kontak erat:
a. Periode kontak pada kasus probabel atau konfirmasi yang bergejala
(simptomatik) dihitung sejak 2 hari sebelum gejala timbul sampai
14 hari setelah gejala timbul (atau hingga kasus melakukan isolasi).

b. Periode kontak pada kasus konfirmasi yang tidak bergejala

(asimtomatik) dihitung sejak 2 hari sebelum pengambilan swab dengan
hasil positif sampai 14 hari setelahnya (atau hingga kasus melakukan
isolasi).
Karantina dan Isolasi
Karantina dan Isolasi
• KEPUTUSAN MENTERI
KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA
NOMOR
HK.01.07/MENKES/4641/2021
TENTANG PANDUAN
PELAKSANAAN PEMERIKSAAN,
PELACAKAN, KARANTINA, DAN
ISOLASI DALAM RANGKA
PERCEPATAN PENCEGAHAN DAN
PENGENDALIAN CORONAVIRUS
DISEASE 2019 (COVID-19)
ALUR
PEMERIKSAAN,
PELACAKAN,
KARANTINA
DAN ISOLASI
UNTUKKASUS
YANG TIDAK
DIRAWAT DI RS
Daerah kriteria A,B dan C?
KEPUTUSAN MENTERI KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR HK.01.07/MENKES/3602/2021
DAERAH KRITERIA A DAN B
• Kriteria A: jika ada akses NAAT dan pemeriksaan dapat dilakukan dengan
cepat (WAKTU PENGIRIMAN <= 24 Jam dan WAKTU TUNGGU <= 24 jam)
maka pelacakan kontak dan penegakan diagnosis menggunakan NAAT,
sedangkan skrining dapat menggunakan RDT-Ag dan konfirmasi dengan
NAAT.

• Kriteria B: jika ada akses NAAT tetapi pemeriksaan tidak dapat dilakukan
dengan cepat (WAKTU PENGIRIMAN <= 24 Jam dan WAKTU TUNGGU <= 24
jam) ATAU jika tidak ada akses NAAT tetapi pemeriksaan dapat dilakukan
dengan cepat (waktu pengiriman > 24 jam dan waktu tunggu >=48 jam)
maka pelacakan kontak, penegakan diagnosis, dan skrining dapat
menggunakan RDT-Ag yang kemudian dikonfirmasi dengan NAAT. Kriteria C

KEPUTUSAN MENTERI KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR HK.01.07/MENKES/3602/2021

DAERAH KRITERIA C
• Kriteria C: jika tidak ada akses NAAT dan pemeriksaan tidak dapat
dilakukan dengan cepat ((WAKTU PENGIRIMAN >= 24 Jam dan
WAKTU TUNGGU >= 24 jam) maka pelacakan kontak, penegakan
diagnosis, dan skrining dapat menggunakan RDT-Ag.

KEPUTUSAN MENTERI KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR HK.01.07/MENKES/3602/2021

KEPUTUSAN MENTERI KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR HK.01.07/MENKES/3602/2021
KEPUTUSAN MENTERI KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR HK.01.07/MENKES/3602/2021
KEPUTUSAN MENTERI KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR HK.01.07/MENKES/3602/2021
Keputusan menteri kesehatan republik indonesia nomor hk.01.07/menkes/4641/2021 tentang
panduan pelaksanaan pemeriksaan, pelacakan, karantina, dan isolasi dalam rangka percepatan
pencegahan dan pengendalian coronavirus disease 2019 (covid-19)
SWAB ANTIGEN SARS CoV – 2/COVID-19

KEPUTUSAN MENTERI KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR HK.01.07/MENKES/3602/2021

Pemeriksaan penunjang Covid-19

• RT-PCR SARS-CoV-2 → standar baku emas penegakan Covid-19.

• Rapid diagnostic test / RDT → sangat beragam jenisnya (deteksi
antibodi, antigen, serologi based, molecular based)
• Rapid Test antibodi (serology based)→ saat ini ramai digunakan
• Data tingkat sensitivitas dan spesifisitas belum diketahui pasti/sangat bervariasi dan
dipengaruhi oleh banyak faktor.
• Interpretasi perlu berhati hati; harus dilakukan oleh dokter yang kompeten
PEMERIKSAAN DIAGNOSTIK
BERBAGAI TERMINOLOGI DALAM PEMERIKSAAN PENUNJANG

• Pemeriksaan radiologi (Rontgen thorax, CT Scan thorax, LD CT Thorax)

• Pemerikaan Hematologi: Darah lengkap (Complete blood Count):
Focus on Limfosit , monosit, NLR Ratio
• SWAB TEST / dari specimen sal nafas bawah (sputum, BAL, dll)
• PCR SARS CoV-2 (RT-qPCR)
• Isothermal PCR SARS CoV-2
• TCM SARS CoV-2
• RAPID DIAGNOSTIC TEST Antigen SARS CoV-2
BERBAGAI ISTILAH (2)
• SWAB TEST → Pengambilan spesimen dengan cara swab(usap); dapat
diaplikasi pada berbagai organ yang representatif
• Swab tenggorok/ throat swab/ Oropharynx(Swab OP)
• Swab nasopharynx (Swab NP)
• Swab mid turbin nasal
• Swab nasal, dll
Anatomi nasofaring dan orofaring pada tampilan
potongan sagital kepala dan leher

Diunduh dari https://headandneckcancerguide.org/adults/introduction-to-head-and-neck-

cancer/throat-cancer/nasopharyngeal-cancer/anatomy/ ; 7 April 2020.
Jenis spesimen dan persentase positifnya.
Jenis Spesimen % positif
Cairan bronchoalveolar lavage 93 %
(BAL)
Biopsi fibrobronchoscope brush 46 %
Sputum 72 %
Swab nasal 63 %
Swab faring 32 %
Feses 29 %
Darah 1%
Wang W, Xu Y, Gao R, et al. Detection of
Urin 0% SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical
Spesimens. JAMA. Published online March
11, 2020. doi:10.1001/jama.2020.3786
 PCR (polymerase chain reaction)
• Teknik genetika molekuler
yang dapat digunakan untuk
analisa sekuens asam
nukleat DNA / RNA dalam
spesimen sekalipun
jumlahnya sangat sedikit. PCR
akan memperbanyak
(amplify) area sekuens
tertentu yang menjadi target
amplifikasi yang dikehendaki
untuk dianalisa.
BERBAGAI ISTILAH (3)
• RT-qPCR: real time quantitative PCR
• rRT-PCR: Real time Reverse Transcriptase PCR
• Rapid test antigen : deteksi antigen dari spesimen (swab, Sputum, darah,
dll)
• Rapid Test antibodi: deteksi antibodi dari serum seseorang
• TCM: Tes Cepat Molekuler – Pemeriksaan Berbasis molekuler yang dibuat
otomatis dan cepat (dalam hitungan menit/jam)
• ORF: Open Reading Frame
• RdRp: RNA dependent RNA Polymerase
• Swab test : Uji / pemeriksaan terhadap specimen swab (usap ) mukosa /
permukaan.
Pemeriksaan
Diagnostik
Covid-19
Pemeriksaan Diagnostik
Covid-19
Berbasis Serologi
RAPID TEST SEROLOGY
• Secara umum terbagi menjadi dua jenis

Rapid Test Rapid Test

antigen antibody
Bahan pemeriksaan: spesimen saluran nafas Bahan pemeriksaan: darah
atas (Swab NP/OP,dll) dan saluran nafas
bawah (sputum, BAL, dll), darah, dll.
Rapid Test antibody

REAKTIF NON REAKTIF

HASIL
Reaktif / Non reaktif

Foto: Tan Shot Yen

HASIL
IgM: Positif/negatif
IgG: Positif/Negatif

Sumber gambar: liputan6.com

 Interpretasi hasil Rapid Test antibody
pada kesempatan pertama
Non Reaktif

• Hasil Pelaporan:
• Anti SARS-CoV-2 IgM dan IgG non reaktif
• Anti SARS-CoV-2 Antibodi total non reaktif
• Interpretasi:
• Hasil non reaktif tidak menyingkirkan kemungkinan terinfeksi SARS-CoV2 sehingga masih berisiko
menularkan ke orang lain.
• Hasil non reaktif dapat terjadi pada kondisi: Seseorang belum / tidak terinfeksi, Window period
(terinfeksi namun antibodi belum terbentuk), Imunokompromais, Kadar antibodi dibawah level deteksi
alat
• Saran:
• Pemeriksaan ulang rapid test antibody setelah 10 hari
• Lakukan karantina atau isolasi mandiri, tergantung status OTG/ODP/PDP dan kondisi klinis
PDS PatKLIn. Revisi panduan tatalaksana pemeriksaan rapid test antibody sars-
cov-2 metode imunokromatografi. 2020.
Interpretasi hasil Rapid Test antibody
pada kesempatan pertama
Reaktif (1)
• Hasil Pelaporan:
• Hasil deteksi antibodi: reaktif
• Pelaporan:
• Anti SARS-CoV-2 IgM reaktif, anti SARS-CoV-2 IgG non reaktif, atau
• Anti SARS-CoV-2 IgM non reaktif, anti SARS-CoV-2 IgG reaktif, atau
• Anti SARS-CoV-2 IgM dan IgG reaktif atau
• Anti SARS-CoV-2 Antibodi total reaktif

PDS PatKLIn. Revisi panduan tatalaksana pemeriksaan rapid test antibody sars-
cov-2 metode imunokromatografi. 2020.
Interpretasi hasil Rapid Test antibody
pada kesempatan pertama
Reaktif (2)
• Saran:
• Pemeriksaan konfirmasi dengan pemeriksaan RT PCR sebanyak 2 kali selama
2 hari berturut-turut
• Lakukan karantina atau isolasi sebagai berikut:
• OTG: karantina mandiri dengan menerapkan PHBS (perilaku hidup bersih dan sehat:
mencuci tangan, menerapkan etika batuk, menggunakan masker saat sakit, menjaga
stamina), dan physical distancing
• ODP: isolasi diri di rumah
• PDP
• Gejala ringan, lakukan isolasi diri di rumah
• Gejala sedang, lakukan isolasi di rumah sakit darurat
• Gejala memberat, lakukan isolasi di rumah sakit rujukan

PDS PatKLIn. Revisi panduan tatalaksana pemeriksaan rapid test antibody sars-
cov-2 metode imunokromatografi. 2020.
Rapid Test antigen

• Target umumnya adalah protein S dan protein N

• Deteksi antigen umumnya lebih sulit dibanding deteksi antibodi;
sangat dipengaruhi oleh konsentrasi virus yang rendah dalam
spesimen.
• Reagen berisi beberapa monoclonal antibodies yang spesifik
• Parameter diagnostik masih dalam berbagai penelitian.
 Interpretasi
Hasil
pemeriksaan
RDT Ag

KEPUTUSAN MENTERI KESEHATAN REPUBLIK INDONESIA NOMOR HK.01.07/MENKES/3602/2021

Pemeriksaan Diagnostik
Covid-19
Berbasis Molekular
 Struktur virus Corona
• Virus RNA
• Untai tunggal (single stranded) , positive-sense,
enveloped RNA virus.
• Kapsid sferis (bulat); diameter: 80-120 nm.
• Pleomorfik dengan nucleocapsid berbentuk heliks
• Virus terdiri dari 5 protein struktural:
❖Spike or S protein,
❖Hemagglutinin-Esterase (HE),
❖M ( matrix ),
❖E ( envelope ), and
❖N ( nucleocapsid ).
https://www.clinicalkey.com/#!/content/book/3-s2.0-
B9781455733835000324?scrollTo=%23hl0000863
The RT q PCR test
Prinsip dasar pemeriksaan RT PCR
• Memperbanyak pita/potongan kode genetic spesifik (ORF1 ab/ N/E/S)
milik Virus yang dicari yang dideteksi dengan mesin PCR.

• Merupakan proses pembentukan cDNA dari template RNA dengan

menggunakan enzim reverse trancriptase,yang kemudian menjadi
template untuk proses PCR selanjutnya.
• Terdapat dua jenis RT PCR :
• RT-PCR Konvensional dan Real Time RT-PCR → perbedaan komponennya
adalah adanya penambahan probe fluoregenic dalam rRT-PCR
PCR basic principle test
• Analogi
Persiapan master Analogi : resep kue/
mix rRT-PCR makanan lain
 PCR test procedure
https://www.youtube.com/watch?v=DH7o9Df5_50 • analogi
RT-PCR konvensional
• Analisis hasil RT-PCR konvensional :
Real Time RT-PCR atau rRT-PCR Analogi alat
/mesin RT-PCR
Analisa rRT-PCR
Kualitatif Kuantiatif
 Corona virus

Sumber: Shereen, et al. (2020) Journal of Advanced Research

RT-qPCR
Real Time-quantitative Polymerase Chain Reaction
Perkembangan teknologi dari PCR yang
memampukan deteksi terpercaya dan
pengukuran sekuens target spesifik secara
kontinu pada setiap siklus → real time

Modifikasi dari teknik PCR dan

spektrofluorometri

Menggunakan dyes dan probe untuk

deteksi nonspesifik dan spesifik

Open system dan close system

Kemampuan deteksi multi primer (> 1 gen

target ) → dipengaruhi fitur jenis alat RT-
PCR

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/probe/docs/techqpcr/
Interpretasi hasil real time RT-
PCR
• Contoh interpretasi hasil rRT-PCR dengan protocol US CDC
• Untuk analisis hasil real time RT-PCR multiplex, pengaturan threshold
dan pembacaan nilai CT harus dilakukan untuk setiap dye fluoresensi
sesuai dengan tiap-tiap protocol yang digunakan.
Hasil RT PCR
Contoh interpretasi hasil
real time RT-PCR dengan
Real-Q 2019-nCoV
detection Kit (BioSewoom)

Analogi
Hasil invalid dan inconclusive?
Invalid
• Kurva yang terbentuk tidak berupa sigmoid walaupun nilai CT terbaca
dan memotong garis threshold
• Tidak terdeteksi atau tidak ada kurva amplifikasi RP / house keeping
gen

Inconclusive
• Nilai salah satu gen target negatif atau tidak ada kurva amplifikasi
pada metode rRT-PCR Multiplex
 Prosedur Ekstraksi RNA dan RT-PCR
Tahapan ini paling berpotensi sebagai bahaya biologis → dilakukan di dalam kabinet
keamanan biologis (BSC) kelas II di laboratorium yang minimal tingkat keamanan
laboratorium berada di level 2 (BSL 2).

Prosedur ekstraksi dilakukan sesuai dengan anjuran kit reagen ekstraksi pabrikan yang
digunakan dan perlu dilakukan optimasi sebelum digunakan pada pelayanan pemeriksaan
spesimen pasien.

Prosedur RT-PCR dapat memiliki perbedaan, tergantung pada kit reagen PCR pabriksan yang
digunakan, perbedaan alat mesin PCR, reagen probe dan primer, dan mastermix di dalam
kit.

PAMKI. Panduan pemeriksaan mikrobiologi klinik untuk penegakan diagnosis Covid-19. 16 April 2020.
 Interpretasi Hasil RT-PCR
Hal yang harus diperhatikan dalam interpretasi hasil :
• Bentuk kurva harus sigmoid; jika bentuk kurva bukan sigmoid maka hasil dinyatakan negatif.
• Kurva sigmoid memiliki cycle threshold* atau Ct < 40. Jika Ct = / > 40 dengan IC < 35 maka kurva diabaikan atau hasil
negatif.
*[Cutt off CT value dipengaruhi oleh jenis unit RT PCR yang digunakan]

Contoh

Untuk menentukan hasil, yang harus dilakukan adalah :

1. Target asam nukleat yang dideteksi hanya 1 gen, reaksi harus diulang. Apabila hasil reaksi negatif, dilaporkan sebagai
negatif. Jika hasil pengulangan reaksi konsisten dengan hasil pertama, maka hasil dinyatakan positif.
2. Target asam nukleat yang dideteksi adalah 2 gen, misalnya gen N dan ORF1ab :
• Jika kurva sigmoid dengan Ct sekitar 37-39 pada kedua target gen maka hasil dinyatakan positif.
• Jika kurva sigmoid dengan Ct sekitar 37-39 hanya pada salah satu gen, maka reaksi harus diulang.

PAMKI. Panduan pemeriksaan mikrobiologi klinik untuk penegakan diagnosis Covid-19. 16 April 2020.
Interpretasi hasil real time RT-PCR
• Setelah proses RT-PCR selesai, analisis data dilakukan berdasarkan
petunjuk dari prosedur reagensia atau kit yang digunakan.
 Tes Cepat Molekuler SARS-CoV-2
• TCM di Indonesia → TCM komersial berbasis real time PCR dengan pembacaan fluoresensi menggunakan sistem
GeneXpert (Brand salah satu TCM SARS-CoV-2 → close system menggunakan cartridge Xpert®Xpress SARS-CoV-2.
• Spesimen : swab nasofaring
• Proses reaksi berlangsung selama 45 menit.
• Pengendalian mutu proses reaksi dapat diketahui melalui :
o Sample processing control (SPC): memastikan bahwa sampel diproses dengan benar dan mendeteksi adanya
inhibitor pada proses PCR
o Probe check control (PCC); memonitor sinyal fluoresensi dari probe, pengisian tabung reaksi, integritas probe, dan
stabilitas pewarna (dye)

Hasil Uji N2 E SPC

Interpretasi hasil SARS-CoV-2 positif + + +/-
SARS-CoV-2 positif + - +/-
SARS-CoV-2 presumptive positive - + +/-
SARS-CoV-2 negatif - - +
Invalid - - -

PAMKI. Panduan pemeriksaan mikrobiologi klinik untuk penegakan diagnosis Covid-19. 16 April 2020.
GeneXpert, Cepheid Innovation. Intruction for use: Xpert®Xpress SARS-CoV2 for Use with GeneXpert Dx or GeneXpert Infinity Systems. 2020
Ringkasan interpretasi RTPCR dan
Rapid Test antibody

http://www.diazyme.com/covid-19-antibody-tests
KEMAMPUAN VIRUS CORONA BERTAHAN PADA PERMUKAAN,
FAKTOR FISIKA DAN KIMIA
• Penelitian (Doremalen et al, 2020) menunjukkan bahwa SARS-CoV-2
dapat bertahan selama 72 jam pada permukaan plastik dan stainless
steel, kurang dari 4 jam pada tembaga dan kurang dari 24 jam pada
kardus.
• Seperti virus corona lain, SARS-COV-2 sensitif terhadap sinar
ultraviolet dan panas.
• Efektif dapat dinonaktifkan dengan pelarut lemak (lipid solvents)
seperti eter, etanol 75%, ethanol, disinfektan yang mengandung
klorin, asam peroksiasetat, dan khloroform (kecuali khlorheksidin).
 Take Home Message
Rapid test antibodi dan uji molekuler

Interpretasi agar berhati-hati dan oleh dokter yang kompeten

• Uji berbasis Molekular (RT-PCR SARS-Cov-2 ) terhadap spesimen saluran nafas masih merupakan
metode yang direkomendasikan untuk identifikasi dan konfirmasi kasus COVID-19
• Rapid test antibodi: negatif / non reaktif
• Tidak memastikan bahwa seseorang belum pernah terpapar atau tidak terinfeksi virus penyebab
COVID-19
• Harus diulang.
Sementara ini merujuk pada karakter infeksi virus lainnya, maka pengulangan uji dapat dilakukan
pada hari ke 7-14 (umumnya hari ke-10) setelah hasil pemeriksaan negative
• Rapid test antibodi: positif /reaktif
• Tidak memastikan sebagai kasus konfirmasi COVID-19
• Harus dikonfirmasi dengan pemeriksaan molekuler sebagai standar baku emas untuk penegakan
diagnosis COVID-19, yaitu Metode RT-PCR.
TATA LAKSANA
• Hingga saat ini, belum ada vaksin dan obat yang spesifik untuk
mencegah atau mengobati COVID-19. Pengobatan ditujukan sebagai
terapi simptomatis dan suportif.
Pit falls
NAAT (Nucleic acid amplification Test)
• Hanya mendeteksi gen / kode genetic (asam nukleat) virus
• Sangat sensitif
• Hanya memerlukan 10-100 copy kode gen target Virus
• Dapat tetap terdeteksi positif sampai berbulan bulan
• Perbedaaan Hasil PCR dan antigen
• Perbedaan hasil PCR DAN PCR dari 1 lab ke lab lain, dari 1 hari ke hari
yang lain
Hasil PCR dan Antigen berbeda
Hasil PCR DAN PCR Berbeda
Pit falls
• Perbedaan hasil RDT Ag dan PCR
• Perbedaan hasil pada tes pembanding (Swab PCR yang dilakukan di
hari yang sama) dapat dikarenakan oleh beberapa factor antara lain:
• merek alat PCR berbeda. Kemudian
• merk reagen (Nilai Cutt off berbeda
• perbedaan tingkat density /banyak tidaknya virus/fragmen virus
yang terambil (viral load) pada pengambilan sampel swab.
Four weeks after
symptom onset, the
RT-PCR is more
likely to be negative
than positive
Wiesbauer , 2021. https://www.medmastery.com/guide/covid-19-
The decline in viral load isn’t always consistent, even in those with mild
disease, and viral load can jump from day to day.

Wolfel, R, Corman, VM, Guggemos, W, et al., 2020

Positive then negative, vice versa
• If we consider viral load over time, with both nasopharyngeal
and sputum samples, then on any given day, a swab may
produce a positive or negative result depending on the viral
load.
• For example, there may be a day when a patient will test negative,
followed by a positive result on a later day.
• might explain reports of patients who tested positive days or weeks
even after two negative tests.
BEST TESTS FOR DETECT LIVE VIRUS: VIRUS
CULTURE / Kultur Virus
TIDAK RUTIN DILAKUKAN

https://www.medmastery.com/guide/covid-19-clinical-
guide/how-do-i-interpret-rt-pcr-results
 Pearls
• The strength of PCR diagnostic tests is based on the ability to design
pathogen specific PCR PRIMERS that amplify pathogen but not host
genetic material.
• A positive PCR test result indicates the presence of pathoen genetic
material but does not necessarily confirm active infedction
• A negative PCR test result indicates the absence of pathogen genetic
material but does not necessarily rule out active infection

https://www.vetfolio.com/learn/article/polymerase-chain-
reaction-test-interpretation
Another Pearl
Perbedaan Swab PCR dan Antigen COVID-19
PCR
• Deteksi gen (asam nukleat) milik virus
• Amplifikasi gen spesifik yang berada didalam tubuh
virus Sars CoV-2
• Dengan proses isolasi atau ekstraksi RNA
didapatkan produk berupa cairan dan dilanjutkan
tahap amplifikasi. Jika terdapat RNA virus, maka
terjadi proses perbanyakan materi genetic
(amplifikasi) dan akan memberikan gambaran
kurva sigmoid dengan keterangan CT (cycle
threshold vaue).
• Pemeriksaan PCR lebih sensitif dibandingkan
antigen dimana PCR hanya membutuhkan 10-100
Salinan genom virus.
• Hasil negatif tidak menyingkirkan kemungkinan
infeksi
Antigen
• Mendeteksi bagian /protein unik tertentu pada
permukaan tubuh virus
• Bereaksi dengan antibody spesifik SARS CoV-2 yang
sudah dilekatkan oleh pabrikan reagen yaitu pada
pita dalam kaset antigen
• Tidak ada tahap mutiplikasi sehingga
membutuhkan banyak protein permukaan virus
• Antigen membutuhkan >1 juta Salinan genom virus
untuk menghasilkan hasil positif, setara dengan CT
rendah (pada umumya <25) pada pemeriksaan
PCR, namun masih ada kemungkinan positif palsu
• Hasil negatif tidak menyingkirkan kemungkinan
infeksi
Video WHO
• https://youtu.be/Odltcv6q96I
Referensi utama

versi revisi ke-4 dan 5

Referensi
• Kemenkes RI. Pedoman pencegahan dan Pengendalian Covid-19 Revisi ke-4. 27 Maret 2020.
• World Health Organization. Clinical management of severe acute respiratory infection when novel
coronavirus (2019-nCoV) infection is suspected. interim guidance.Jan 28, 2020.
• Perhimpunan Dokter Paru Indonesia. Panduan Praktik Klinis: Pneumonia 2019-nCoV. PDPI:
Jakarta; 2020.
• PAMKI. Panduan pemeriksaan mikrobiologi klinik untuk penegakan diagnosis Covid-19. 16 April
2020
• Wang W, Xu Y, Gao R, et al. Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical
Spesimens. JAMA. Published online March 11, 2020. doi:10.1001/jama.2020.3786
• PDS PatKLIn. Revisi panduan tatalaksana pemeriksaan rapid test antibody sars-cov-2 metode
imunokromatografi. 2020.
• World Health Organization (WHO). Advice on the use of point-of-care immunodiagnostic tests for
COVID-19. Scientific brief 8 April 2020.