REFERAT

VARIAN COVID

PEMBIMBING:
dr. Fitri Sriyani, Sp.P

Oleh :
Arum Puspita sari/ 19710048

SMF Penyakit Dalam RSUD Sidoarjo

Fakultas Kedokteran
Universitas Wijaya Kusuma Surabaya
2021
 PENDAHULUAN

● Gen virus corona

● Pada tanggal 31 Desember
tersusun atas rangkaian
2019, Tiongkok melaporkan
ribo nucleic acid (RNA),
kasus pneumonia misterius
oleh karena itu virus
yang tidak diketahui
corona digolongkan
penyebabnya.
sebagai
● Virus virusyang
corona RNA
● Sampel dari pasien diteliti mengandung gen tidak
dengan hasil menunjukkan bermutasi disebut ”SARS-
adanya infeksi coronavirus, CoV-2 wild type”,
jenis betacoronavirus tipe sedangkan virus corona
baru, diberi nama 2019 novel yang mengandung gen
Coronavirus (2019-nCoV). bermutasi disebut “SARS-
CoV-2 mutant”. Semakin
banyak mutasi gen pada 2
 CORONA VIRUS
- Penyebab COVID-19
- WHO (World adalah virus 2019-nCoV,
yang kini dikenal dengan
Health
sebutan virus SARS-CoV-
Organization) 2 (severe acute
memberi nama respiratory syndrome
coronavirus 2).
COVID-19 yang
merupakan - Masa inkubasi COVID-
singkatan dari 19 diperkirakan
berlangsung hingga 14
Coronavirus
hari, dengan waktu rata-
Disease 2019. 3
rata 4-5 hari dari paparan
 Tanda dan gejala COVID-19 :
- Demam atau kedinginan
- batuk, sesak napas atau sulit bernapas
- kelelahan nyeri otot atau tubuh, sakit
kepala
- kehilangan rasa atau bau baru, sakit
tenggorokan
- hidung tersumbat atau pilek
- Mual, muntah, diare.

4
 Diagnosis ditegakkan dengan anamnesis,
pemeriksaan fisik dan pemeriksaan
penunjang.

- Anamnesis terutama riwayat perjalanan atau

riwayat kontak erat dengan kasus
terkonfirmasi disertai gejala klinis dan
komorbid.
- Diagnosis pasti atau kasus terkonfirmasi ditentukan
berdasarkan hasil pemeriksaan ekstraksi RNA virus
severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
(SARS-CoV-2). COVID-19 menggunakan (RT-PCR)
dan pengambilan sampel berupa swab tenggorok

5
 VARIASI CORONA VIRUS
Pada tanggal 31 Mei 2021, WHO mengumumkan label
varian saat ini
yang menjadi perhatian (Variant of Concern/ VOC) dan
(Variant of Interest/ VUI)

6
 VOC (VARIANT OF CONCERN)
didefinisikan ketika ada bukti peningkatan penularan,
penyakit yang lebih parah, pengurangan signifikan
dalam netralisasi antibodi (Abs) yang dihasilkan
selama infeksi atau vaksinasi sebelumnya, penurunan
pengobatan atau kemanjuran vaksin, dan protokol
deteksi kesalahan

7
8
9
Summary of phenotypic impacts of Variants of
Concern

10
11
Berdasarkan pembaruan epidemiologi terbaru oleh WHO, pada 22 Juni 2021, empat VOC
SARS-CoV-2 telah diidentifikasi sejak awal pandemi

Beta (B.1.351): pertama

Alfa (B.1.1.7): di Inggris Raya (UK) kali dilaporkan di Afrika
pada akhir Desember 2020 Selatan pada Desember
2020

Gamma (P.1): pertama Delta (B.1.617.2):

kali dilaporkan di Brasil pertama kali dilaporkan
pada awal Januari 2021 di India pada Desember
2020

12
 A. Alpha (B.1.1.7)
● SARS-CoV-2 B.1.1.7 pertama kali dikenali di antara pasien COVID-19 di
bagian tenggara Inggris pada September 2020.
● 75% dari semua kasus disebabkan oleh varian ini pada akhir Desember
2020.
● Dalam sebuah penelitian di Inggris, hasilnya menunjukkan 61% peningkatan
kematian COVID-19 terkait dengan garis keturunan B.1.1.7.
● Laporan harian dari Public Health Ontario menunjukkan kasus baru dari
varian Alpha menurun. Evans mengaitkan penurunan ini dengan lebih dari
separuh warga yang menerima setidaknya satu dosis vaksin COVID19.
● Satu studi menemukan bahwa vaksin AstraZeneca 70% efektif dalam
mencegah gejala COVID-19 yang disebabkan oleh varian Alpha, sementara
studi lain memperkirakan kemanjuran vaksin Pfizer sekitar 90%. 13
 B. Beta (B.1.351)
● Pertama kali diidentifikasi pada Oktober 2020 di Afrika Selatan-Provinsi
Tanjung Timur
● Beberapa mutasi varian ini, sembilan di antaranya hadir di gen yang
mengkode protein S. Gen tersebut telah mengakumulasi mutasi di dalam
RBD dan NTD. RBD adalah target utama dari neutralizing antibodi
(NAbs) yang diinduksi oleh infeksi SARSCoV-2, dengan aktivitas
residual diarahkan ke NTD. Tiga mutasi spike ada di NTD, tiga di residu
kunci di RBD dan satu di loop 2.
● Para peneliti menemukan bahwa dua dosis vaksin Pfizer 75% efektif
melawan infeksi apa pun dari varian Beta, dan 89,5% efektif melawan
infeksi apa pun dari varian Alpha. Namun, efektivitas vaksin terhadap
penyakit parah atau fatal baik dari varian Alpha atau Beta sangat tinggi
14
 C. DELTA (B.1.617.2)
● Pertama kali ditemukan di India pada Oktober tahun lalu.
● Studi dari Inggris menunjukkan varian Delta hingga 60%
lebih menular daripada varian Alpha.
● Satu studi menemukan bahwa dua dosis vaksin Pfizer adalah 88%
efektif terhadap penyakit simtomatik dari varian Delta, dibandingkan
93% efektif terhadap strain Alpha. Dua dosis AstraZeneca 60%
efektif melawan Delta dibandingkan dengan 66% melawan Alpha.
Namun, kedua vaksin hanya 33% efektif melawan Delta setelah satu
dosis, dibandingkan 50% efektif melawan Alpha.
15
 D. Gama (P.1)
● Varian baru, bernama P.1 terdeteksi di Manaus, Brasil pada Januari
2021
● Menurut laporan global yang menyelidiki haplotipe virus corona baru,
varian P.1 telah terdeteksi di 37 negara.
● Diperkirakan menjadi 1,7-2,4 kali lebih mudah menular daripada strain
lokal lainnya.
● Varian Gamma memiliki beberapa mutasi yang sama pada strain Alpha
dan Beta, yang memungkinkannya untuk lebih mudah menempel pada
sel manusia.
● Varian Gamma kurang tahan terhadap respons antibodi dari penyakit atau
vaksinasi sebelumnya dibandingkan varian Beta.
16
 VARIAN OF
INTEREST (VOI)

Variant of Interest adalah ketika varian tersebut

menunjukkan perubahan fenotipik. Selain
itu, varian tersebut telah diakui sebagai agen
penyebab penularan komunitas/beberapa
kasus/cluster COVID-19.

17
18
 Dampak Mutasi pada Protokol
Diagnostik/Deteksi SARS-CoV-2

Standar saat ini untuk diagnostik SARS-CoV-2 didasarkan pada uji

molekuler n quantitative real-time polymerase chain reaction (qRT-
PCR).
SARS-CoV-2 telah mengalami evolusi adaptif, menghasilkan variasi genetik,
terutama dalam protokol diagnostik molekuler yang mengidentifikasi SARS-
CoV-2.
Oligonukleotida qRT-PCR mengikat ke daerah kecil ~20 bp, dan mutasi pada
target ini dapat mengurangi amplifikasi yang efisien atau pengikatan probe,
sehingga menghasilkan hasil negatif palsu. Tidak seperti virus RNA lainnya,
19
CoV memiliki tingkat mutasi sedang karena kemampuannya untuk melakukan
 Selain tes molekuler, tes
antigen banyak
digunakan, dan jenis tes
ini mendeteksi diketahui bahwa beberapa
keberadaan antigen virus sampel swab gagal
seperti bagian dari protein memberikan hasil positif
S virus. meskipun viral load tinggi
pada tes RT-PCR.

Analisis sekuensing telah

menunjukkan hasil yang
sumbang dan tes antigen
mengungkapkan adanya
beberapa substitusi asam
amino yang mengganggu
dalam antigen N.
20ç
 bagian varian, tidak
terdeteksi oleh uji
antigen, mengandung
mutasi A376T yang
digabungkan dengan
M241I.
Ziegler dkk. melaporkan bahwa
polimorfisme nukleotida tunggal
(SNP) pada gen N SARS-CoV-2
dari pasien dapat mengganggu
proses deteksi dalam uji
komersial yang banyak
digunakan.

Meskipun virus masih

terdeteksi oleh probe lain,
ini menggaris bawahi
perlunya menargetkan
setidaknya dua wilayah
kunci virus independen
untuk deteksi yang andal.
21
VAKSIN PADA COVID

Vaksin Efektifitas
Pfizer BioNTech-Comirnaty usia ≥12 tahun melaporkan kemanjuran
vaksin secara keseluruhan terhadap
infeksi dan penyakit parah ≥7 hari setelah
dosis kedua
penulis juga memperkirakan vaccine
efficacy or effectiveness (VE) terhadap
varian Beta

AstraZeneca-Vaxzevria Pada varian delta, dua dosis vaksin adalah

63,1% dan 81,5% masing-masing efektif
mencegah infeksi dan penyakit sedang-
berat.

22
 Upaya Menurunkan Mutasi

Vaksinasi adalah alat utama dalam pertempuran

berkelanjutan melawan COVID-19 dan tidak boleh
ditunda karena kekhawatiran mutasi SARS-CoV-2 yang
baru muncul.
Diharapkan bahwa semakin banyak orang
menerima vaksin mereka, sirkulasi virus akan
berkurang dan ini akan menyebabkan munculnya
lebih sedikit mutasi.

23
 KESIMPULAN

WHO (World Health Organization), penyakit ini diberi nama COVID-19

yang merupakan singkatan dari Coronavirus Disease 2019.

Sesuai dengan namanya, penyebab COVID-19 adalah virus Korona jenis

baru, yakni virus 2019-nCoV, yang kini dikenal dengan sebutan virus
SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus

Manifestasi klinis yang terjadi akibat COVID-19 cukup beragam, mulai

dari tidak bergejala hingga gejala pneumonia parah.

24
 KESIMPULAN

Diagnosis pasti atau kasus terkonfirmasi ditentukan berdasarkan hasil

pemeriksaan ekstraksi RNA virus severe acute respiratory syndrome
coronavirus 2 (SARS-CoV-2). COVID-19 menggunakan reverse
transcription polymerase chain reaction (RT-PCR)

Berdasarkan pembaruan epidemiologi terbaru oleh WHO, pada 22 Juni

2021, empat VOC SARS-CoV-2 telah diidentifikasi sejak awal
pandemi yaitu Alfa, Beta, Gamma, Delta

25
 KESIMPULAN

Tidak seperti virus RNA lainnya, CoV memiliki tingkat mutasi sedang
karena kemampuannya untuk melakukan koreksi RNA.

Vaksinasi adalah alat utama dalam pertempuran berkelanjutan melawan

COVID-19 dan tidak boleh ditunda karena kekhawatiran mutasi
SARS-CoV-2 yang baru muncul. Seperti vaksinasi menggunakan
AstraZeneca-Vaxzevria dan Pfizer BioNTech-Comirnaty.

26