Diterjemahkan dari bahasa Inggris ke bahasa Indonesia - www.onlinedoctranslator.

com

Artikel

Netralisasi B.1.617 dan varian SARS-CoV-2 lainnya

yang ditimbulkan oleh BNT162b2

https://doi.org/10.1038/s41586-021-03693-y Jianying Liu1,2,9, Yang Liu3,9, Hongjie Xia3, Jing Zou3, Scott C. Weaver1,2,4,5,6, Kena A. Swanson7, Hui
Cai7, Tandai Cutler7, David Cooper7, Alexander Muik8, Kathrin U. Jansen7, Ugur Sahin8✉, Xuping
Diterima: 19 Mei 2021
Xie3✉, Philip R. Dormitzer7✉& Pei-Yong Shi2,3,4,5,6✉
Diterima: 4 Juni 2021

Diterbitkan online: 10 Juni 2021

Sindrom pernapasan akut parah virus corona 2 (SARS-CoV-2) terus berkembang di seluruh dunia,
Periksa pembaruan menghasilkan varian baru yang menjadi perhatian berdasarkan potensi perubahan penularan,
patogenisitas, dan cakupan vaksin dan agen terapeutik.1–5. Di sini kami menunjukkan bahwa
sampel serum yang diambil dari dua puluh sukarelawan, dua atau empat minggu setelah dosis
kedua vaksin BNT162b2, menetralisir SARS-CoV-2 yang direkayasa dengan latar belakang genetik
USA-WA1/2020 (strain virus yang diisolasi pada Januari 2020) dan lonjakan glikoprotein dari garis
keturunan B.1.617.1, B.1.617.2, B.1.618 yang baru-baru ini diidentifikasi (semuanya pertama kali
diidentifikasi di India) atau B.1.525 (pertama kali diidentifikasi di Nigeria). Rata-rata titer netralisasi
reduksi plak terhadap virus varian—khususnya varian B.1.617.1—tampaknya lebih rendah
dibandingkan titer terhadap virus USA-WA1/2020, namun semua serum yang diuji menetralkan
virus varian dengan titer minimal 1 :40. Kerentanan strain varian terhadap netralisasi yang
ditimbulkan oleh vaksin BNT162b2 mendukung imunisasi massal sebagai strategi utama untuk
mengakhiri pandemi penyakit virus corona 2019 (COVID-19) secara global.

Sejak kemunculannya pada akhir tahun 2019, SARS-CoV-2 telah menyebabkan
lebih dari 174 juta infeksi dan lebih dari 3,7 juta kematian akibat COVID-19 di
seluruh dunia (per 9 Juni 2021; https://coronavirus.jhu.edu/). Meskipun virus
corona memiliki mekanisme koreksi untuk mempertahankan RNA genomnya
yang panjang6, mutasi terus menerus muncul pada virus yang beredar.
Karena protein lonjakan virus (S) berikatan dengan enzim pengubah
angiotensin 2 (ACE2), reseptor seluler untuk perlekatan virus, dan memediasi
fusi membran selama masuknya virus, mutasi pada protein lonjakan dapat
mengubah penularan SARS-CoV-2, tropisme jaringan , dan hasil penyakit7.
Memang benar, mutasi lonjakan pertama yang lazim, D614G, mendorong
pengikatan lonjakan ke ACE2, sehingga meningkatkan penularan SARS-CoV-2.
3,8–11 . Selanjutnya, mutasi lonjakan lainnya, N501Y, muncul secara konvergen
di beberapa varian yang pertama kali diidentifikasi di lokasi berbeda,
termasuk Inggris (garis keturunan B1.1.7), Brasil (garis keturunan P.1), dan
Afrika Selatan (garis keturunan B.1.351)2. Mutasi N501Y juga meningkatkan
afinitas lonjakan terhadap ACE2 dan meningkatkan penularan virus12,13.
Beberapa mutasi pada lonjakan, seperti E484K, berkontribusi pada
penghindaran netralisasi antibodi. Mutasi E484K muncul secara independen
dalam banyak varian, seperti P.1, B.1.351, B.1.526 (pertama kali diidentifikasi
di New York), B.1.525 (pertama kali diidentifikasi di Nigeria), dan P3 (pertama
kali diidentifikasi di Filipina)1,2,14. Oleh karena itu, seiring dengan berlanjutnya
pandemi COVID-19, penting untuk memantau dengan cermat dampak mutasi
baru atau kombinasi mutasi terhadap penularan virus, patogenesis, serta
kemanjuran vaksin dan terapi.
BNT162b2, vaksin anmRNA yang mengekspresikan glikoprotein lonjakan
prefusi penuh SARS-CoV-2, 95% efektif melawan COVID-1915. Badan Pengawas
Obat dan Makanan AS telah mengizinkan BNT162b2 untuk
vaksinasi individu berusia 12 tahun ke atas berdasarkan ketentuan
penggunaan darurat. Padahal urutan mRNA pada BNT162b2 didasarkan
pada isolat asli SARS-CoV-216, sebelumnya telah ditunjukkan bahwa
serum dari individu yang diimunisasi BNT162b2 mempertahankan
aktivitas penetralisir terhadap semua varian yang diuji, termasuk B.1.1.7,
P.1, B.1.351, B.1.429, B.1.526, dan B1.1.7+ Silsilah E484K1,2,4,5,17. Sejak itu,
gelombang besar kedua COVID-19 di India dikaitkan dengan perluasan
varian B.1.617.1 ke 32 negara, B.1.617.2 ke 49 negara, dan B.1.618 ke 6
negara (per 31 Mei 2021; https://cov-lineages.org/lineages/
lineage_B.1.618.html). Varian B.1.617.2 telah menunjukkan bukti
penularan yang sangat tinggi di Inggris18. Selain itu, varian B.1.525 yang
awalnya terdeteksi di Nigeria telah menyebar ke 49 negara. Semua
varian tersebut saat ini beredar di AS. Organisasi Kesehatan Dunia telah
menetapkan garis keturunan B.1.617 sebagai varian yang menjadi
perhatian dan B.1.525 sebagai varian yang menjadi perhatian.18. Studi ini
menganalisis netralisasi yang ditimbulkan BNT162b2 terhadap varian
yang baru diidentifikasi ini.
Untuk menguji dampak mutasi varian terhadap netralisasi, kami menggunakan
sistem genetik terbalik untuk menukar gen lonjakan lengkap dari varian berbeda
menjadi isolat awal SARS-CoV-2.19(USA-WA1/2020, didefinisikan sebagai tipe liar)
(ExendedData Gambar 1a). Kami menyiapkan lima virus chimeric dengan protein
spike yang berbeda, sebagai berikut: (1) Spike B.1.525 (dengan penghapusan Q52R,
A67V, H69/Y70 (∆69/70), penghapusan Y145 (∆145), E484K, D614G, Q677H , dan
F888L dari varian B.1.52518); (2) Lonjakan B.1.617.1 (dengan G142D, E154K, L452R,
E484Q, D614G, P618R, Q1071H, H1101D, dan mutasi sinonim pada D111
(nukleotida T21895C) dari varian B.1.617.1);(3) B.1.617.2-spike
(denganT19R,G142D,L452R,T478K,D614G,P681R,

1Departemen Mikrobiologi dan Imunologi, Cabang Medis Universitas Texas, Galveston, TX, AS.2Institut Infeksi dan Imunitas Manusia, Cabang Medis Universitas Texas, Galveston, TX, AS.3Departemen
Biokimia dan Biologi Molekuler, Cabang Medis Universitas Texas, Galveston, TX, AS.4Institut Ilmu Translasi, Cabang Medis Universitas Texas, Galveston, TX, AS.5Pusat Pertahanan Hayati dan Penyakit
Menular yang Muncul, Cabang Medis Universitas Texas, Galveston, TX, AS.6Institut Ilmu Vaksin Sealy, Cabang Medis Universitas Texas, Galveston, TX, AS.7Penelitian dan Pengembangan Vaksin Pfizer,
Pearl River, NY, AS.8BioNTech, Mainz, Jerman.9Para penulis ini memberikan kontribusi yang sama: Jianying Liu, Yang Liu.✉email: ugur.sahin@biontech.de ; xuxie@utmb.edu ;
philip.dormitzer@pfizer.com ; peshi@utmb.edu

Alam | Jilid 596 | 12 Agustus 2021 |273

Artikel
502 320 157 355 343
1.280
640
320
catatan2PRNT50
160
80
40
20
AMERIKA SERIKAT- B.1.525- B.1.617.1- B.1.617.2-B.1.617.2.v2-
WA1/2020 paku pakupakupakupaku
Gambar 1 | Netralisasi virus USA-WA1/2020 dan varian SARS-CoV-2 oleh serum imun
yang diinduksi BNT162b2.PRNT50hasil untuk USA-WA1/2020 dan varian virus diplot. PRNT
individu50nilai-nilai disajikan dalam Tabel Data yang Diperluas 1. Setiap titik data mewakili
rata-rata geometrik PRNT50terhadap virus terindikasi yang diperoleh dengan sampel
serum yang dikumpulkan dua minggu (lingkaran) atau empat minggu (segitiga) setelah
dosis vaksin kedua. PRNT50nilai ditentukan dalam pengujian duplikat, dan rata-rata
geometrik dihitung (N=20, dikumpulkan dari dua percobaan independen). Ketinggian
batang dan angka di atas batang menunjukkan titer rata-rata geometrik; bilah kesalahan
menunjukkan interval kepercayaan 95%. LOD, batas deteksi pada 1:40. Signifikansi
statistik (uji peringkat bertanda pasangan berpasangan Wilcoxon dua sisi) dari perbedaan
antara titer rata-rata geometrik untuk USA-WA1/2020 dan setiap varian:P=0,002 untuk
lonjakan B.1.525,P<0,0001 untuk lonjakan B.1.617.1,P=0,001 untuk lonjakan B.1.617.2, P=
0,004 untuk lonjakan B.1.617.2-v2,P=0,001 untuk lonjakan B.1.618.
danD950Ndarivarian awalB.1.617.2(GISAID(https://www.gisaid.org/) nomor
akses EPI_ISL_1663247); (4) Lonjakan B.1.617.2-v2 (dengan mutasi pada
lonjakan B.1.617.2 ditambah substitusi E156G tambahan dan penghapusan
F157–R158 (∆157–158) ditemukan pada isolat B.1.617.2 yang beredar saat ini18
); dan (5) lonjakan B.1.618 (dengan penghapusan H49Y, Y145–H146 (∆145–
146), E484K, dan D614G dari varian B.1.61820). Semua virus mutan
menghasilkan titer menular lebih dari 107unit pembentuk plak (PFU) per
mililiter. Virus lonjakan B.1.617.1 membentuk plak yang lebih kecil
dibandingkan virus lain pada sel Vero E6 (Data Diperluas Gambar 1b). Semua
virus diukur berdasarkan rasio genom RNA virus terhadap PFU (parameter
yang menunjukkan infektivitas virus). Tak satu pun dari lonjakan varian secara
signifikan mengubah rasio RNA-PFU virus (Data Diperpanjang Gambar 1c),
yang menunjukkan bahwa virus-virus tersebut memiliki infektivitas spesifik
yang serupa. Lonjakan lengkap semua stok virus diurutkan untuk
memastikan tidak ada mutasi yang tidak diinginkan.
Untuk membandingkan kerentanan varian yang berbeda terhadap
netralisasi, kami melakukan netralisasi reduksi plak 50% (PRNT50)
pengujian menggunakan panel 20 serum yang dikumpulkan dari
sukarelawan yang diimunisasi BTN162b2 dalam uji klinis penting15,21.
Spesimen serum diambil dua atau empat minggu setelah imunisasi
kedua dari dua imunisasi dengan 30 μg BNT162b2, yang diberi jarak tiga
minggu (Data Diperpanjang Gambar 2). Setiap serum diuji secara
bersamaan untuk PRNT-nya50terhadap virus tipe liar dan mutan (Data
Tambahan Tabel 1). Semua serum menetralkan virus tipe liar dan semua
virus mutan dengan titer 1:40 atau lebih tinggi (Gbr. 1). Rata-rata
geometrik titer penetral terhadap virus tipe liar, B.1.525-spike, B.1.617.1-
spike, B.1.617.2-spike, B.1.617.2-v2-spike, dan B.1.618-spike masing-
masing adalah 502, 320, 157, 355, 343, dan 331 (Gbr. 1). Hasilnya
menunjukkan bahwa netralisasi semua varian, kecuali varian B.1.617.1,
hanya mengalami sedikit penurunan dibandingkan dengan netralisasi
virus tipe liar. Meskipun netralisasi B.1.617.1 berkurang lebih kuat,
serum imun BNT162b2 secara efisien menetralkan virus B.1.617.1 dan
semua virus lainnya.
Sebagai respons terhadap pandemi global COVID-19, komunitas ilmiah telah
meningkatkan pengawasan untuk mengidentifikasi mutasi pada strain SARS-CoV-2 yang
beredar yang mungkin meningkatkan infektivitas, meningkatkan patogenisitas, atau
mengubah cakupan agen terapeutik atau vaksin. Informasi tersebut sangat penting untuk
memandu kebijakan publik dan pengembangan tindakan penanggulangannya. Sebagai
bagian dari ketekunan yang berkelanjutan dalam peliputan
274|Alam | Jilid 596 | 12 Agustus 2021
331 varian yang dihasilkan oleh vaksin BNT162b2, kami telah merekayasa gen lonjakan
varian ke dalam tulang punggung isolat USA-WA1/2020, dan, menggunakan
standar emas PRNT50pengujian ini, menguji netralisasi virus yang dihasilkan dengan
panel serum manusia yang diimunisasi BTN162b2 yang diambil dua atau empat
minggu setelah dosis kedua dari dua dosis BNT162b2 yang diberikan dalam selang
waktu tiga minggu4,5. Di antara semua virus yang diuji, virus tersebut memiliki
protein lonjakan dari B.1.3514dan B.1.617.1 (penelitian ini) menunjukkan penurunan
LOD
netralisasi serum yang paling besar, dengan PRNT50nilai masing-masing 0,36 kali
dan 0,31 kali dibandingkan USA-WA1/2020. Demikian pula, penelitian baru-baru ini
B.1.618-
menemukan bahwa serum imun yang diinduksi BNT162b2 menetralkan isolat klinis
B.1.617.1 dengan 0,14 kali titer netralisasi serum terhadap virus tipe liar.22.
Penelitian lain menemukan bahwa serum imun yang diinduksi BNT162b2 memiliki
titer penghambatan 0,25 hingga 0,35 kali lipat terhadap pseudovirus dengan
lonjakan B.1.617.1 dibandingkan dengan serum terhadap pseudovirus lonjakan tipe
liar.23, dan serum imun yang diinduksi BNT162b2 menghambat pseudovirus dengan
lonjakan B.1.618 dengan 0,37 kali titer penghambatan serum terhadap pseudovirus
lonjakan tipe liar20. Hasil kami menunjukkan bahwa di antara empat varian yang
diuji yang pertama kali diidentifikasi di India, B.1.617.1 adalah yang paling tidak
dinetralkan, mungkin karena adanya substitusi L452R dan E484Q di tempat
pengikatan reseptor (berpotensi dalam seleksi positif untuk resistensi terhadap
netralisasi oleh antibodi)1,14,24. Namun demikian, semua varian masih dinetralkan
oleh semua serum yang diuji dengan titer minimal 40. Penurunan netralisasi bisa
jadi merupakan efek gabungan dari pelepasan yang dimediasi oleh mutasi dari
pengikatan antibodi dan fungsi lonjakan yang diubah oleh mutasi.
Sebuah studi dunia nyata baru-baru ini pada peserta yang telah menerima dua
dosis BNT162b2 menunjukkan efektivitas 75% terhadap infeksi apa pun dan 100%
terhadap penyakit parah, kritis, atau fatal yang disebabkan oleh varian B.1.351.25,
yang menunjukkan penurunan titer netralisasi serupa menjadi B.1.617.1. Konsisten
dengan sedikit penurunan dalam netralisasi varian B.1.617.2 oleh serum yang
dihasilkan BNT162b2 yang dilaporkan di sini, studi kasus-kontrol dengan hasil uji
negatif yang dilakukan di Inggris menemukan bahwa efektivitas dua dosis
BNT162b2 terhadap B. Virus 1.617.2 hanya berkurang sedikit menjadi 87,9%,
dibandingkan dengan efektivitas 93,4% terhadap virus garis keturunan B.1.1.726.
Oleh karena itu, pengurangan netralisasi seperti yang diamati di sini belum terbukti
mengakibatkan hilangnya kemanjuran vaksin terhadap penyakit. BNT162b2 tidak
hanya menghasilkan antibodi penawar, namun juga meningkatkan CD4 spesifik+
dan CD8+Sel T dan sitotoksisitas yang bergantung pada antibodi yang tidak
menetralisir, yang juga dapat berfungsi sebagai efektor imun27,28. Karena titer
netralisasi tidak mengukur semua respons vaksin yang berpotensi memberikan
perlindungan, maka titer tersebut tidak dapat menggantikan studi tentang
kemanjuran vaksin dan efektivitas vaksin COVID-19 di dunia nyata terhadap varian
virus.
Keterbatasan penelitian ini adalah potensi mutasi untuk mengubah
netralisasi dengan memengaruhi fungsi lonjakan dibandingkan
antigenisitas, meskipun varian virus menunjukkan titer infeksius dan
infektivitas spesifik yang serupa dengan isolat asli USA-WA1/2020. Selain
itu, kami memeriksa efek mutasi hanya pada lonjakan glikoprotein.
Mutasi di luar gen lonjakan juga dapat memengaruhi replikasi virus dan
respons imun inang. Kami juga tidak memeriksa ketahanan titer
netralisasi terhadap varian virus.
Varian baru akan terus bermunculan seiring dengan berlanjutnya pandemi.
Hingga saat ini, tidak ada bukti bahwa varian virus lolos dari perlindungan
yang dimediasi BNT162b2 dariCOVID-19. Oleh karena itu, meningkatkan
proporsi populasi yang diimunisasi dengan vaksin resmi yang aman dan
efektif tetap menjadi strategi utama untuk meminimalkan munculnya varian
baru dan mengakhiri pandemi COVID-19.
Konten daring
Metode apa pun, referensi tambahan, ringkasan pelaporan Nature
Research, sumber data, data tambahan, informasi tambahan, ucapan
terima kasih, informasi tinjauan sejawat; rincian kontribusi penulis dan
persaingan kepentingan; dan pernyataan ketersediaan data dan kode
tersedia di https://doi.org/10.1038/s41586-021-03693-y.
1. Chen, RE dkk. Resistensi varian SARS-CoV-2 terhadap netralisasi oleh antibodi poliklonal
monoklonal dan turunan serum.Nat. medis.27, 717–726 (2021).
2. Xie, X. dkk. Netralisasi penghapusan lonjakan 69/70 SARS-CoV-2, varian E484K dan N501Y dengan
serum yang dihasilkan vaksin BNT162b2.Nat. medis.27, 620–621 (2021).
3. Plante, JA dkk. Mutasi lonjakan D614G mengubah kebugaran SARS-CoV-2.Alam592, 116–121
(2021).
4. Liu, Y. dkk. Aktivitas netralisasi serum yang ditimbulkan BNT162b2.N.Inggris. J.Med.384, 1466–
1468 (2021).
5. Liu, Y. dkk. Netralisasi yang ditimbulkan BNT162b2 terhadap varian lonjakan SARS-CoV-2 baru.
N.Inggris. J.Med. https://doi.org/10.1056/NEJMc2106083 (2021).
6. Smith, EC, Blanc, H., Surdel, MC, Vignuzzi, M. & Denison, MR Virus corona yang tidak memiliki
aktivitas eksoribonuklease rentan terhadap mutagenesis yang mematikan: bukti untuk
koreksi dan terapi potensial.Patog PLoS.9, e1003565 (2013).
7. Zhou, P. dkk. Wabah pneumonia yang terkait dengan virus corona baru yang kemungkinan berasal dari
kelelawar.Alam579, 270–273 (2020).
8. Korber, B. dkk. Melacak perubahan lonjakan SARS-CoV-2: bukti bahwa D614G meningkatkan
penularan virus COVID-19.Sel182, 812–827.e19 (2020).
9. Yurkovetskiy, L. dkk. Analisis struktural dan fungsional varian protein lonjakan SARS-CoV-2
D614G.Sel183, 739–751.e8 (2020).
10. Hou, YJ dkk. Varian SARS-CoV-2 D614G menunjukkan replikasi ex vivo dan transmisi in
vivo yang efisien.Sains370, 1464–1468 (2020).
11. Zhou, B. dkk. Perubahan D614G lonjakan SARS-CoV-2 meningkatkan replikasi dan penularan.
Alam592, 122–127 (2021).
12. Wan, Y., Shang, J., Graham, R., Baric, RS & Li, F. Pengenalan reseptor oleh virus corona baru
dari Wuhan: analisis berdasarkan studi struktural virus corona SARS selama satu dekade.
J.Virol.94, e00127-20 (2020).
13. Liu, Y. dkk. Substitusi lonjakan N501Y meningkatkan penularan SARS-CoV-2. Pracetak di
https://doi.org/10.1101/2021.03.08.434499 (2021).
14. Ku, Z. dkk. Penentu molekuler dan mekanisme campuran antibodi yang mencegah
keluarnya SARS-CoV-2.Nat. Komunitas.12, 469 (2021).
15. Polack, FP dkk. Keamanan dan kemanjuran vaksin Covid-19 mRNA BNT162b2.N.Inggris. J.Med.
383, 2603–2615 (2020).
16. Vogel, AB dkk. Vaksin BNT162b melindungi kera rhesus dari SARS-CoV-2.Alam 592, 283–289
(2021).
17. Zou, J. dkk. Pengaruh mutasi SARS-CoV-2 D614G pada netralisasi yang ditimbulkan oleh
vaksin BNT162b2.Vaksin NPJ6, 44 (2021).
18. Organisasi Kesehatan DuniaPenyakit Virus Corona (COVID-19): Update Epidemiologi
Mingguan (11 Mei 2021)https://reliefweb.int/report/world/coronavirus-disease-
covid-19-weekly-epidemiological-update-11-may-2021 (OCHA, 2021).
19. Xie, X. dkk. Klon cDNA menular dari SARS-CoV-2.Mikroba Inang Sel27, 841–848.e3 (2020).
20. Tada, T. dkk. Protein lonjakan varian SARS-CoV-2 B.1.617 dan B.1.618 yang diidentifikasi di India
memberikan resistensi parsial terhadap antibodi monoklonal yang dihasilkan oleh vaksin dan
terapeutik. Pracetak di https://doi.org/10.1101/2021.05.14.444076 (2021).
21. Walsh, EE dkk. Keamanan dan imunogenisitas dua kandidat vaksin Covid-19 berbasis
RNA.N.Inggris. J.Med.383, 2439–2450 (2020).
22. Edara, VV dkk. Respons antibodi penetralisir infeksi dan vaksin terhadap varian SARS-CoV-2
B.1.617.1. Pracetak di https://doi.org/10.1101/2021.05.09.443299 (2021).
23. Hoffmann, M. dkk. Varian SARS-CoV-2 B.1.617 resisten terhadap Bamlanivimab dan menghindari
antibodi yang disebabkan oleh infeksi dan vaksinasi. Pracetak di https://doi.org/
10.1101/2021.05.04.442663 (2021).
24. Tchesnokova, V. dkk. Akuisisi mutasi L452R pada antarmuka pengikat ACE2 pada protein Spike
memicu ekspansi besar-besaran varian SARS-Cov-2 baru-baru ini. Pracetak di https://
doi.org/10.1101/2021.02.22.432189 (2021).
25. .Abu-Raddad, LJ, Chemaitelly, H. & Butt, AA Efektivitas vaksin Covid-19 BNT162b2 terhadap
varian B.1.1.7 dan B.1.351.N.Inggris. J.Med. https://doi.org/10.1056/NEJMc2104974 (2021).
26. Bernal, JL dkk. Efektivitas vaksin COVID-19 terhadap varian B.1.617.2. Pracetak di https://
doi.org/10.1101/2021.05.22.21257658 (2021).
27. Tauzin, A. dkk. Dosis tunggal mRNA BNT162b2 memunculkan antibodi dengan fungsi efektor yang dimediasi
Fc dan meningkatkan respons humoral dan sel T yang sudah ada sebelumnya. Pracetak di https://
doi.org/10.1101/2021.03.18.435972 (2021).
28. Sahin, U. dkk. Vaksin BNT162b2 menginduksi antibodi penetral dan sel T polispesifik
pada manusia.Alamhttps://doi.org/10.1038/s41586-021-03653-6 (2021).
Catatan penerbitSpringer Nature tetap netral sehubungan dengan klaim yurisdiksi dalam peta
yang dipublikasikan dan afiliasi kelembagaan.
© Penulis, di bawah lisensi eksklusif untuk Springer Nature Limited 2021
Alam | Jilid 596 | 12 Agustus 2021 |275
Artikel
Metode
Sel
Sel Vero E6 epitel ginjal monyet hijau Afrika (ATCC) ditanam di
medium Eagle yang dimodifikasi Dulbecco (DMEM; Gibco/Thermo
Fisher) dengan 10% serum janin sapi (FBS; Laboratorium HyClone)
dan 1% antibiotik/streptomisin (Gibco). Garis sel diautentikasi
melalui profil STR oleh ATCC dan diuji negatif untuk mikoplasma.
Konstruksi SARS-CoV-2 dengan varian paku
Semua mutasi dari gen lonjakan varian individu direkayasa menjadi klon
cDNA menular dari isolat USA-WA1/202019. Mutasi lonjakan
diperkenalkan menggunakan metode mutagenesis standar berbasis
PCR. Protokol terperinci untuk pembuatan SARS-CoV-2 rekombinan
sebelumnya telah dilaporkan29. Singkatnya, cDNA genom virus full-
length yang mengandung varian mutasi lonjakan dirakit oleh ligasi in
vitro yang dimediasi ligase T4. CDNA dengan panjang genom yang
dihasilkan digunakan sebagai templat untuk mentranskripsikan RNA
virus dengan panjang penuh secara in vitro. RNA virus full-length yang
ditranskripsi secara in vitro dielektroporasikan ke dalam sel Vero E6.
Ketika sel-sel elektroporasi mengembangkan efek sitopatik (karena
produksi dan replikasi virus rekombinan) pada hari ke 2 setelah
elektroporasi, stok virus asli (P0) dikumpulkan dari media kultur. Virus P0
diamplifikasi pada putaran berikutnya pada sel Vero E6 untuk
menghasilkan stok virus P1. Titer infeksi virus P1 diukur dengan uji plak
pada sel Vero E6 seperti yang dijelaskan sebelumnya19. Urutan lengkap
gen lonjakan dari virus P1 diverifikasi oleh pengurutan Sanger untuk
memastikan tidak ada mutasi yang tidak diinginkan. Virus P1 digunakan
untuk pengujian netralisasi selanjutnya.
Karakterisasi SARS-CoV-2 tipe liar dan rekombinan mutan
Untuk menentukan infektivitas spesifik masing-masing virus, kami
menghitung stok P1 untuk konten RNA genomiknya dan PFU dengan
PCR kuantitatif dengan transkripsi terbalik (RT-qPCR) dan pengujian plak
pada sel VeroE6. Protokol untuk RT – qPCR dan pengujian plak telah
dilaporkan sebelumnya3. Rasio RNA-ke-PFUR genomik (genom/PFU)
dihitung untuk menunjukkan infektivitas spesifik setiap sediaan virus.
Serum manusia yang diimunisasi vaksin BTN162b2
Panel yang terdiri dari 20 spesimen serum dikumpulkan dari 15 peserta yang
diimunisasi BTN162b2 dalam uji klinis15,21. Sera dikumpulkan dua atau empat
minggu setelah dosis kedua dari dua dosis 30 μg BNT162b2 mRNA, dengan
jarak tiga minggu (Data Diperpanjang Gambar 2). Lima dari 20 peserta
memberikan serum pada dua dan empat minggu setelah dosis kedua vaksin,
sebagaimana dirinci dalam catatan kaki pada Tabel Data Tambahan 1.
Uji netralisasi pengurangan plak
Sebuah PRNT50pengujian, yang mewakili pengujian netralisasi standar emas,
dilakukan untuk mengukur penekanan virus yang dimediasi serum.
Sera individu diencerkan dua kali lipat secara serial dalam media kultur
dengan pengenceran awal 1:40. Serum yang telah diencerkan dicampur
dengan 100 PFU tipe liar USA-WA1/2020 atau varian mutan SARS-CoV-2.
Setelah 1 jam inkubasi pada suhu 37 °C, campuran serum dan virus
diinokulasi ke dalam pelat 6 lubang dengan lapisan tunggal sel Vero E6 yang
telah diunggulkan pada hari sebelumnya. Pengenceran serum minimal yang
menekan lebih dari 50% plak virus didefinisikan sebagai PRNT50. PRNT
terperinci50protokol sebelumnya telah dilaporkan21,30.
Analisis statistik
Analisis statistik dilakukan oleh Graphpad Prism9 untuk semua
percobaan sebagaimana dirinci dalam legenda gambar. Tidak ada
metode statistik yang digunakan untuk menentukan ukuran sampel.
Percobaan tidak dilakukan secara acak dan para peneliti tidak buta
terhadap alokasi selama percobaan dan penilaian hasil.
Ringkasan pelaporan
Informasi lebih lanjut mengenai desain penelitian tersedia di Ringkasan
Pelaporan Penelitian Alam yang terkait dengan makalah ini.
Ketersediaan data
Sumber data untuk menghasilkan angka-angka utama tersedia dalam
makalah versi online. Data lainnya tersedia berdasarkan permintaan.
29. Xie, X. dkk. Rekayasa SARS-CoV-2 menggunakan sistem genetik terbalik.Nat. Protokol16,
1761–1784 (2021).
30. Muruato, AE dkk. Uji antibodi penetralisir throughput tinggi untuk diagnosis
COVID-19 dan evaluasi vaksin.Nat. Komunitas.11, 4059 (2020).
Ucapan Terima KasihPenelitian ini didukung oleh Pfizer dan BioNTech. Kami berterima kasih kepada
para peserta uji klinis Pfizer–BioNTech C4591001, yang merupakan sumber serum manusia pasca
imunisasi. Kami juga berterima kasih kepada rekan-rekan kami di Pfizer dan BioNTech yang
mengembangkan dan memproduksi kandidat vaksin BNT162b2.
Kontribusi penulisKonseptualisasi: KUJ, US, XX, KAS, AM, PRD, P.-YS; metodologi: JL, YL, HX, JZ,
SCW, KAS, HC, AM, KUJ, US, XX, PRD, P.-YS; penyidikan : JL, YL, HX, JZ, SCW, KAS, HC, MC, DC, KUJ,
US, XX, PRD, P.-YS; kurasi data: JL, YL, MC, DC, XX, P.-YS; tulisan, draf asli: JL, YL, US, XX, PRD, P.-YS;
penulisan, review dan penyuntingan: SCW, KAS, AM, KUJ, US, XX, PRD, P.-YS; pengawasan : KUJ,
AS, XX, PRD, P.-YS; perolehan pendanaan: KUJ, AS, PRD, P.-YS
Kepentingan yang bersaingXX dan P.-YS telah mengajukan paten atas sistem genetik terbalik SARS-CoV-2.
KAS, HC, MC, DC, KUJ, dan PRD adalah karyawan Pfizer dan mungkin memiliki opsi saham. AM dan US
adalah karyawan BioNTech dan mungkin memiliki opsi saham. YL, HX, JZ, XX dan P.-YS menerima
kompensasi dari Pfizer untuk melaksanakan proyek tersebut.
Informasi tambahan
Informasi tambahanVersi online berisi materi tambahan yang tersedia di https://doi.org/
10.1038/s41586-021-03693-y.
Korespondensi dan permintaan materiharus ditujukan kepada US, XX, PRD atau P.-YS Informasi tinjauan
sejawatAlamterima kasih kepada pengulas anonim atas kontribusi mereka terhadap tinjauan sejawat karya
ini.
Informasi cetak ulang dan izintersedia di http://www.nature.com/reprints.
Data yang Diperluas Gambar 1 |Lihat halaman berikutnya untuk keterangan.
Artikel
Data yang Diperluas Gambar 1 | Konstruksi dan karakterisasi SARS-CoV-2 dengan
varian lonjakan. A, Diagram mutasi lonjakan varian yang direkayasa. Mutasi dari
lonjakan varian direkayasa menjadi isolat USA-WA1/2020. Mutasi dan penghapusan
masing-masing ditunjukkan dengan garis merah dan garis putus-putus. Posisi
nukleotida dan asam amino juga ditunjukkan. Berbagai wilayah genom SARS-CoV-2
ditunjukkan: L (urutan pemimpin), ORF (bingkai bacaan terbuka), RBD (domain pengikat
reseptor), S (spike glikoprotein), S1 (fragmen pembelahan furin terminal-N dari S), S2
(fragmen pembelahan furin terminal-C dari S),
E (protein amplop), M (protein membran), N (nukleoprotein), dan UTR (wilayah
yang tidak diterjemahkan).B, Morfologi plak SARS-CoV-2 rekombinan. Tes plak
dilakukan pada sel Vero E6 di pelat enam sumur.C, Perbandingan
rasio RNA-PFU genom virus (log10[RNA/PFU]) dari SARS-CoV-2 rekombinan. RNA
genomik dan PFU dari masing-masing stok virus diukur dengan RT-qPCR dan uji
plak. Rasio RNA/PFU dihitung untuk menentukan infektivitas spesifik. Titik-titik
mewakili replika biologis individu dari empat kelompok virus (N=4, satu
percobaan). Bar dan bar kesalahan menunjukkan rata-rata dengan interval
kepercayaan 95%. Uji Mann-Whitney dua sisi non-parametrik digunakan untuk
menentukan signifikansi perbedaan antara USA-WA1/2020 dan virus varian.Pnilai-
nilai disesuaikan menggunakan koreksi Bonferroni untuk memperhitungkan
beberapa perbandingan. Perbedaan dianggap signifikan jikaP<0,05; ns, tidak ada
perbedaan statistik.
Data yang Diperluas Gambar 2 | Skema imunisasi BNT162b2 dan vaksin. Lima dari 15 peserta memberikan serum pada minggu ke-2 dan ke-4
pengumpulan serum.Dua puluh serum manusia diperoleh dari 15 peserta uji setelah dosis vaksin kedua.
coba, 2 minggu (lingkaran) atau 4 minggu (segitiga) setelah dosis kedua BNT162b2
Artikel
Data yang Diperluas Tabel 1 | PRNT50nilai serum dari peserta uji coba yang diimunisasi BNT162b2 terhadap USA-WA1/2020 dan
varian virus SARS-CoV-2

* Sepasang serum diperoleh dari lima dari dua puluh peserta pada minggu ke-2 dan ke-4 setelah dosis vaksin kedua. Sera berpasangan memiliki ID 1 dan 15, 7 dan 17, 8 dan 14, 11 dan 19, dan 12 dan
20.
†Data untuk USA-WA1/2020 dan B.1.617.1 berasal dari dua eksperimen independen. Hasil untuk varian lainnya masing-masing berasal dari satu eksperimen. Untuk setiap percobaan independen, PRNT
individu50nilai adalah rata-rata geometrik hasil duplikat uji plak; tidak ada perbedaan yang diamati antara tes duplikat.
‡Donor serumnya berkulit putih, kecuali donor 10 yang merupakan orang Asia. Semua donor berasal dari etnis non-Latin/Latin.
§ Geometris berarti menetralkan titer.
|| Interval kepercayaan 95% (95% CI) untuk titer penetral rata-rata geometrik.