KLASIFIKASI, KLADOGRAM DAN POHON

FILOGENI

Oleh:
AA JUHANDA, M.PD

PRODI PENDIDIKAN BIOLOGI

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH SUKABUMI
2021
KLASIFIKASI
 B A G A I M A N A JADINYA KALAU A N D A
DIMINTA BELANJA PADA TOKO INI?

Dalam kondisi seperti ini

• Apakah kita belanja
dalam waktu yang
cepat?
• Apakah kita bisa
mencari barang yang
dibutuhkan secara
cepat?
• Apakah petugas toko
dapat menyimpan dan
mengetahui letak setiap
barang dengan tepat?
 APAKAH A N D A BISA MEN CARI B A R A N G SECARA
EFEKTIF D A N EFISIEN WAKTU ?

Bandingkn dengan kondisi ini,

• Apakah kita belanja dalam waktu yang

cepat? Mencari barang yang dibutuhkan
secara cepat?
• Apakah petugas toko dapat menyimpan
dan mengetahui letak setiap barang
dengan tepat?
• Apakah ada aturan atau ketentuan dalam
menyimpan barang ini? Apakah rak makanan
akan berdekatan dengan rak sabun cuci?
• Bagaimana prinsip penataannya? Apakah ada
factor kemiripan/ kesamaan karakter dalam
penataan? Misal rak makanan akan
berdekatan, kemudian lebih jauhnya dengan
minuman dst sampai paling jauh dengan
peralatan cuci dst.
 JIKA A D A B A R A N G BARU, M A U DITEMPATKAN
DIMANA?

Jika anda menjadi petugas toko,dan mendapati

barang baru yang harus dijual. Maka akan
ditempatkan di mana?
1. Menentukan barang apa itu (identifikasi ciri,sifat,
karakter)
2. Menentukan akan di tempatkan dimana sesuai
dengan kemiripan karakter yang paling banyak
(misal anda identifikasi ciri dan menyimpulkan
ini sebagai minuman, maka akan ditempatkan di
rak minuman)
3. Menempatkan pada titik paling dekat dengan
barang yang memiliki sifat paling banyak
kesamaannya (misal pada rak minuman itu
banyak,ada air mineral, susu, jus. Barang ini
masuk ke dalam karakter mana? Karena tidak
mungkin susu akan disatukan pada jajaran air
mineral.
 A N A L O G I SIMULASI YA N G A N D A L A K U K A N

• Ini adalah kondisi • Ini adalah Sistem • Ini adalah proses

mahluluk hidup Klasifikasi yang diatur identifikasi spesies
berdasarkan ketentuan kemudian menetapkan
yang ada di dunia taksonnya (klasifikasi)
(taksonomi) sehingga Karena Spesies baru yang
ini melimpah dimungkin banyak cara perlu di tempatkan pada
namun belum di orang sistem klasifikasi, namun
kelompokkkan mengelompokkan perlu dilakukan
mahluk hidup karakterisasi,dan klasifikasi,
begitupun banyak cara serta penentuan nama
toko menata rak pada
setiap tokonya
 BERDASARKAN SIMULASI DI ATAS

Jawablah pertanyaan di bawah, dengan kalimamu

sendiri!
• Apa itu Taksonomi?
• Apa itu Klasifikasi?
• Apa itu Sistem Klasifikasi?
 KLASIFIKASI
• Klasifikasi: pengelompokan makhluk hidup
berdasarkan persamaan dan perbedaan yang
dimilikinya.
• Tujuan: untuk menyederhanakan objek studi
yang beraneka ragam, yaitu dengan cara
mencari persamaan dan perbedaan ciri dan
sifat yang ada.
• Manfaat: untuk memudahkan bagi kita untuk
mempelajari makhluk hidup yang beraneka
ragam.
 DASAR-DASAR KLASIFIKASI

1. Berdasarkan Persamaan
2. Berdasarkan Perbedaan
3. Berdasarkan Manfaat
4. Berdasarkan Ciri Morfologi dan Anatomi
5. Berdasarkan Ciri Biokimia
 DASAR KLASIFIKASI
• Mengelompokkan makhluk hidup
Aristoteles menjadi hewan dan tumbuhan

• Konsep jenis dan spesies

John Ray

• kesamaan struktur – binomial

Carolus
Linnaeus
nomenklatur

• Mengelompokkan makhluk hidup

Whittaker menjadi 5 kingdom
 MACAM KLASIFIKASI

SISTEM ARTIFISIAL SISTEM

SISTEM ALAMIAH
(SISTEM BUATAN) FILOGENETIK

q Sistem Alamiah
Sistem ini berdasarkan pada banyak sedikitnya persamaan sifat-sifat morfologi,
anatomi dan fisiologi. Contoh :Tumbuhan berbunga : mawar, melati, ros

q Sistem artifisial
Sistem ini berdasarkan tujuan praktis. Contohnya: Tumbuhan obat-obatan.

q Sistem Filogenetik
Sistem ini berdasarkan pada jauh dekatnya kekerabatan (evolusi), yang
mencerminkan urutan perkembangan antara satu tingkatan (takson) dengan
tingkatan lain. Contoh: Ikan hiu dan ikan pari dimasukan ke dalam kelompok
Chondrihtyes karena tubuhnya disusun atas tulang rawan
SEJARAH KLASIFIKASI
 PERKEMBANGAN KLASIFIKASI FILOGENIK
Woese et al, Cavalier-Smith,
Linnaeus, 1735 Haeckel, 1866 Chatton, 1925 Copeland, 1938 Whittaker, 1969 Woese et al,
1977 (6 2004 (6
(2 Kingdom) (3 Kingdom) (2 Kingdom) (4 Kingdom) (5 Kingdom) 1990 (3 Domain)
Kingdom) Kingdom)

Eubacteria Bacteria
Bacteria
(Gabungan
Prokaryota Monera Monera
Archaebacteria
(Belum ada dan Eubacteria)
klasifikasi Protista Archaebacteria Archaea
mikroba)

Protozoa
Protista Protista
Protoctista
Chromista
Eukaryota Eukarya
Fungi Fungi Fungi
Vegetabilia Plantae
Plantae Plantae Plantae Plantae

Animalia Animalia Animalia Animalia Animalia Animalia

 PERKEMBANGAN KLASIFIKASI FILOGENETIK

a. Sistem Dua Kingdom

- Dikemukakan oleh Aristoteles (350SM) dan
Carolus Linnaeus (1735)
- Dibagi menjadi 2 kingdom
1. Kingdom Plantae (Dunia Tumbuhan)
Ciri–ciri : memiliki dinding sel, berklorofil,
mampu berfotosintesis

2. Kingdom Animalia (Dunia Hewan)

Ciri–ciri : tidak memiliki dinding sel, tidak
berklorofil,
mampu bergerak bebas
b. Sistem Tiga Kingdom
• Dikemukakan oleh Ernst Haeckel
• Dibagi menjadi 3 kingdom :
1. Kingdom Protista
Ciri : uniseluler atau multiseluler
2. Kingdom Plantae
Ciri : autotrof, eukariot multiseluler, reproduksi
dgn spora
3. Kingdom Animalia
Ciri : heterotrof, eukariot multiseluler.
c. Sistem Empat Kingdom
• Dikemukakan oleh Herbert Copeland (1938)
• Dibagi menjadi 4 kingdom :
1. Kingdom Monera, ciri-ciri memiliki inti tanpa
membran inti (prokariotik)
2. Kingdom Protista, terdiri dari organisme bersel satu
dan bersel banyak
3. Kingdom Plantae, terdiri dari jamur, tumbuhan
lumut, tumb. paku, tumbuhan
biji
4. Kingdom Animalia, terdiri dari semua hewan dari
protozoa sampai chordata
d. Klasifikasi 5 Kingdom
• Dikemukakan oleh Robert Whittaker (1969)
e. Klasifikasi 6 Kingdom
• Dikemukakan oleh Carl Woese (1977)

1. ARCHAEBACTERIA,
2. EUBACTERIA, MONERA

3. PROTISTA,
4. FUNGI, Pemisahan dari
plantae

5. PLANTAE,
6. ANIMALIA
f. Sistem 8 kingdom
• Dikemukakan oleh Thomas Cavalier-Smith (1993)
1. Kingdom Bakteria,
2. Kingdom Arkhaea
3. Kingdom Arkhaezoa
4. Kingdom Protista (Protozoa),
5. Kingdom Chromista
6. Kingdom Fungi,
7. Kingdom Plantae,
8. Kingdom Animalia,
g. Model 3 Domain (1990)
Ø Dikemukakan oleh Carl Woese, yang menciptakan konsep baru
yaitu sistem "tiga kingdom utama" dengan istilah domain .
Ø Pada sistem ini terbentuk 3 domain, yakni Domain Bacteria,
Domain Archae, dan Domain Eukarya.
Ø Sistem tersebut merupakan sistem enam kingdom sebelumnya dari
hasil pencampuran sistem lima kingdom dan sistem tiga domain
dari Woese.
SYSTEMATICS AND PHYLOGENY OF
EUKARYOTES
h. Sistem Klasifikasi 7 Kingdom (2015)

ü Pada tahun 2015, sebuah jurnal ilmiah taksonomi dengan judul “A Higher
Level Classification of All Living Organisms” dengan author Michael A.
Ruggiero, dkk (salah satunya juga Cavalier- Smith) melakukan revisi sistem
klasifiksi yang melibatkan sekitar 3.000 ahli taksonomi dunia dan
berdasarkan
• Konsensus Taxonomic Outline of Bacteria and Archaea (TOBA) dan the
Catalogue of Life menyatakan bahwa archae dan bacteria dipisah menjadi
kingdom yang berbeda.
ü Dengan demikian, sampai artikel ini ditulis, sistem klasifikasi makhluk
hidup ada 7 kingdom yang terdiri atas:
1. Bacteria
2. Archaea
3. Protozoa
4. Chromista
5. Fungi
6. Planate
7. Animalia
PERKEMBANGAN SISTEM KLASIFIKASI
MAKHLUK HIDUP
KLADOGRAM DAN
POHON FILOGENI
 KLASIFIKASI NUMERIK
• Klasifikasi numerik adalah sistem pengelompokkan makhluk
hidup menggunakan algoritma numerik dari unit taksonomi
yang diuji berdasarkan karakter-karakter yang diamati.
• Klasifikasi numerik dibagi menjadi 2 yaitu fenetika dan
kladistika.
• Fenetika, jika pengelompokkan dilakukan berdasarkan
kesamaan menyeluruh (overall similarity)
• kladistika, jika pengelompokkan didasarkan pada sejarah
evolusi taksa yang diuji.
• Pohon filogeni merupakan diagram percabangan atau "pohon"
yang menunjukkan hubungan evolusi antara berbagai spesies
makhluk hidup berdasarkan kemiripan dan perbedaan
karakteristik fisik dan/atau genetik mereka.
 FENETIK DAN FENOGRAM
• Analisis fenetik merupakan salah satu pendekatan yang
digunakan untuk menentukan kekerabatan organisme
didasarkan pada kesamaan karakter/ciri morfologi
• Fenetik atau taksonomi numerik memiliki sebutan yaitu
taksonomi matematik, taksimetrik, taksometrik,dan
morfometrik
• Fenetik dijabarkan sebagai hubungan yang disusun oleh
seluruh similaritas (kesamaan), berdasarkan pada seluruh
karakter yang ada (Cain & Horrison, 1960)
• Hubungan fenetik direpresentasikan dalam bentuk
dendogram/fenogram
 LANGKAH MEMBUAT FENOGRAM/FENETIK
(Hidayat, 2017)
1. Menyeleksi organisme yang akan dianalisis (disebut
Taksa), karakter, dan ciri (character state)
2. Menentukan tingkat kesamaan antara pasangan taksa
dengan menghitung koefisien kesamaan
3. Menyusun koefisien kesamaan di atas ke dalam bentuk
matriks kesamaan
4. Nilai-nilai kesamaan dalam matriks kesamaan
selanjutnya dibuat klastering
5. Merekonstruksi pohon kekerabatan fenetika (biasa
disebut Fenogram). Fenogram dibentuk berdasarkan
klastering yang telah dilakukan.
SIMULASI ANALISIS FENETIK
• Misalnya kita menyeleksi
empat marga, yaitu A, B,
C, D, dan menyeleksi lima
karakter yaitu spata (1),
aromatis (2), perbungaan
jantung (3), perbungaan
tegak (4), dan rizoma (5).
Di bawah ini merupakan
matriks taksa x karakter.
SIMULASI ANALISIS FENETIK
SIMULASI ANALISIS FENETIK
SIMULASI ANALISIS FENETIK
SIMULASI ANALISIS FENETIK
 KLADOGRAM
• Pohon evolusi
• Hubungan evolusi
berbagai spesies
makhluk hidup
• Suatu diagram
percabangan yang
dianggap mewakili
hubungan
kekerabatan diantara
organisme/ komponen
yang dikelompokkan
 MANFAAT KLADOGRAM

• Memudahkan mengetahui hubungan

kekerabatan/interaksi diantara makhluk
hidup
 ISTILAH DALAM KLADOGRAM
• Klad : kelompok organisme yang berkaitan keturunan
• Kladistik : Metode untuk pengelompokkan makhluk hidup
(Taksonomi)
• Monofiletik : kelompok dengan satu nenek moyang
sekaligus seluruh turunan yang memiliki nenek moyang
yang sama
• Parafiletik : kelompok yang memiliki nenek moyang yang
sama tetapi tidak semua keturunan berasal dari nenek
moyang yang sama
• Polifiletik : kelompok yang terdiri dari dua/lebih kelompok
yang terpisah dan masing-masing memiliki nenek moyang
sendiri (berbeda)
 PERBEDAAN MONOFILETIK,
POLIFILETIK, DAN PARAFILETIK

Monofiletik menggambarkan sekelompok organisme yang membentuk klad,

terdiri dari satu nenek moyang terakhir dan seluruh keturunannya.
 LANGKAH MEMBUAT KLADOGRAM/ KLADISTIK
(Hidayat, 2017)

• Mengidentifikasi semua makhluk hidup yang akan dibuat kladogram

khususnya terkait dengan identifikasi homolog.
• Memilih jenis-jenis makhluk hidup yang akan dibuat kladogram.
Jenis-jenis makhluk hidup yang dianalisis ini disebut kelompok dalam
(ingroup).
• Memilih satu jenis makhluk hidup yang masukkan ke dalam kelompok
luar (outgroup). Outgroup adalah kelompok makhluk hidup yang
memiliki ciri primitif (ciri nenek moyang). Dalam prakteknya seluruh
karakter di outgroup diberi skor 0.
• Membuat tabel karakter dan menghitung jumlah perubahan evolusi
serta urutkan.
• Membuat kladogram berdasarkan tabel karakter dan jumlah
perubahan evolusi.
SIMULASI ANALISIS KLADISTIKA

Keterangan:
spata (1), aromatis (2), perbungaan
jantung (3), perbungaan tegak (4), dan
rizoma (5).
SIMULASI ANALISIS KLADISTIKA
Konsep kunci
Konsep kunci
 PENILAIAN POHON FILOGENI (TREE THINKING)
(Novic & Catley, 2013)

1. Mengidentifikasi karakter (synapomorphies) yang

diturunkan oleh nenek moyang bersama (MRCA/ Most
Recent Common Ancestor) dan berhubungan diantara 2
taksa/lebih.
2. Mengidentifikasi kelompok taksa berdasarkan karakter
yang sama atau tidak sama pada karakter khas.
3. Memahami konsep clade (kelompok) atau kelompok
monofiletik (yaitu kelompok yang terdiri dari MRCA dan
semua turunannya).
4. Mengevaluasi hubungan evolusi berdasarkan kelompok
taksa.
5. Menggunakan bukti yang mendukung mengenai
hubungan nenek moyang diantara organisme.
Latihan Membuat Kladogram
(klik di sini)