Update Perkembangan

Pandemi
DAILY NEW CONFIRMED COVID-19 CASES PER
MILLION PEOPLE, 7 DAYS ROLLING AVERAGE

DAILY NEW CONFIRMED COVID-19 DEATHS PER

MILLION PEOPLE. 7 DAYS ROLLING AVERAGE
 5
0
10000
20000
30000
40000
50000
60000
70000
1-Jan
3-Jan
5-Jan
7-Jan
9-Jan
11-Jan
13-Jan

Sumber: Kementerian Kesehatan, 11 Maret 2022

15-Jan
17-Jan
19-Jan
21-Jan
23-Jan
25-Jan

PosRate 7DMA
27-Jan
29-Jan
31-Jan
2-Feb
4-Feb
6-Feb
INDONESIA

8-Feb
10-Feb
nasional

12-Feb
64718

14-Feb
16-Feb
18-Feb
20-Feb
22-Feb
24-Feb
26-Feb
28-Feb
2-Mar
4-Mar
Tren harian kasus dan positivity rate

6-Mar
8-Mar
10-Mar
0
0.1

0.02
0.04
0.06
0.08
0.12
0.14
0.16
0.18
 Kasus di luar Jawa-Bali
100%
Puncak proporsi kasus:
90%
23 Jan 2022;
2,575 (97.17%) Vs. 75 (2.83%)
80%

70%

60% Kasus terakhir:

10 Mar 2022;
50% 14,732 (69,12%) Vs. 6,579 (30.88%)

40%

30%

20% Kasus di Jawa-Bali

10%

0%
01-May-21 01-Jul-21 01-Sep-21 01-Nov-21 01-Jan-22 01-Mar-22

7 DMA Jawa-Bali 7 DMA Luar Jawa-Bali Proporsi Kasus Absolut

• Sumber: Kementerian Kesehatan, 10 Maret 2022

 Kasus Luar Jawa-Bali mayoritas dari Pulau Sumatera dan Pulau Kalimantan
Jawa-Bali Luar Jawa-Bali
100% 100%

90% • Kasus
Sumber:
Jawa-Bali
Kementerian
mayoritas
Kesehatan,
dari DKI
10Jakarta
Maret 2022
dan Jawa 90%

80%
Barat 80%

70% 70%

60% 60%

50% 50%

40% 40%

30% 30%

20% 20%

10% 10%

0% 0%
Aug-20

Sep-20

Nov-20

Jan-21

Feb-21

Apr-21

Aug-21

Sep-21

Nov-21

Jan-22

Feb-22

Aug-20

Sep-20

Nov-20

Jan-21

Feb-21

Apr-21

Aug-21

Sep-21

Nov-21

Jan-22

Feb-22
Jul-20

Oct-20

Dec-20

Mar-21

May-21

Jun-21

Jul-21

Oct-21

Dec-21

Mar-22

Jul-20

Oct-20

Dec-20

Mar-21

May-21

Jun-21

Jul-21

Oct-21

Dec-21

Mar-22
DI Yogyakarta Jawa Tengah Jawa Timur Jawa Barat Banten Bali DKI Jakarta Pulau Sumatera Pulau Kalimantan Nusa Tenggara Papua-Maluku Pulau Sulawesi

7
 2 provinsi yang mengalami
peningkatan tren kasus harian
Kalimantan Utara NTT
700 0.3 1600 0.25

599 1374
1400
600 0.25 0.2
1200
500
0.2
1000
0.15
400
0.15 800
300 0.1
600
0.1
200 400
0.05
100 0.05
200

0 0 0 0

b
n

eb

eb

eb

ar
n

b
n

eb

eb

eb

ar

Ja

Ja

Fe
-Ja

-Ja

-Ja

M
Ja

Ja

Fe

-F

-F

-F
-Ja

-Ja

-Ja

1-

8-

5-
-F

-F

-F

15

22

29

5-
12

19

26
1-

8-

5-
15

22

29

5-
12

19

26

8
• Sumber: Kementerian Kesehatan, 11 Maret 2022 PosRate 7DMA kasus harian
 24 provinsi yang mengalami penurunan
1400
tren kasus harian
Sumatera Selatan
1291 0.16 800
Sumatera Barat
754 0.16 18000
DKI Jakarta
0.25 18000
Jawa Barat
16251 0.2
1200 0.14 700 0.14 16000 15825 16000 0.18
14000 0.2 14000 0.16
0.12 600 0.12
1000 0.14
500 0.1 12000 12000
0.1 0.15 0.12
800 10000 10000
0.08 400 0.08 0.1
600 8000 8000
0.06 300 0.06 0.1 0.08
6000 6000
400 0.04 200 0.04 0.06
4000 0.05 4000 0.04
200 0.02 100 0.02 2000 2000 0.02
0 0 0 0 0 0 0 0

16-Jan
23-Jan
30-Jan

13-Feb
20-Feb
27-Feb
6-Mar
2-Jan
9-Jan

6-Feb

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb
n

ar
b

eb

eb

eb
Ja

Ja

-Ja

-Ja

-Ja

Fe

M
-F

-F

-F
1-

8-

5-
15

22

29

5-
12

19

26

Sumatera Utara Kep Riau Bengkulu Lampung

3500 0.18 900 0.14 500 464 0.18 1200 1087 0.16
2898 0.16 800 0.12 450 0.16 0.14
3000 1000
0.14 700 400 0.14
2500 0.1 0.12
0.12 600 350 0.12 800
0.08 300 0.1
2000 0.1 500 0.1
400 250 600 0.08
1500 0.08 0.06 0.08
200 0.06
0.06 300 0.06 400
1000 0.04 150
0.04 200 0.04 0.04
0.02 100 200
500 0.02 100 0.02 0.02
50
0 0 0 0 0 0 0 0
15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb

1-Jan
8-Jan

5-Feb
n

ar
b

eb

eb

eb
Ja

Ja

-Ja

-Ja

-Ja

Fe

M
-F

-F

-F
1-

8-

5-
15

22

29

5-
12

19

26

9 PosRate 7DMA kasus harian

• Sumber: Kementerian Kesehatan, 11 Maret 2022
 24 provinsi yang mengalami
penurunan tren kasus harian
Jawa Timur Bali Kalimantan Tengah Kalimantan Timur
10000 8977 0.16 3000 0.2 600 541 0.14 3500 0.25
2556 2919
9000 0.14 0.18 3000
2500 500 0.12
8000 0.16 0.2
0.12 0.1 2500
7000 2000 0.14 400
6000 0.1 0.12 2000 0.15
0.08
5000 0.08 1500 0.1 300
0.06 1500 0.1
4000 0.06 0.08
1000 0.06 200 1000
3000 0.04
0.04 0.05
2000 500 0.04 100 500
0.02 0.02
1000 0.02
0 0 0 0 0 0 0 0

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb
15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb
16-Jan
23-Jan
30-Jan

13-Feb
20-Feb
27-Feb
6-Mar
2-Jan
9-Jan

6-Feb
n

ar
b
eb

eb

eb
Ja

Ja

-Ja

-Ja

-Ja

Fe

M
-F

-F

-F
1-

8-

5-
15

22

29

5-
12

19

26

Banten Kalimantan Selatan Sulawesi Utara

NTB
900 811 0.14 1200 1115 0.25
8000 0.25 600 548 0.14
800 0.12
7000 1000 0.2
0.2 500 0.12 700
6000 0.1
0.1 600 800
5000 400 0.08 0.15
0.15 500
0.08 600
4000 300 400 0.06 0.1
3000 0.1 0.06 300 400
200 0.04
2000 0.04 200 0.05
0.05 0.02 200
1000 100 0.02 100
0 0 0 0
0 0 0 0

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb
15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb
15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb
n

ar
b

eb

eb

eb
Ja

Ja

-Ja

-Ja

-Ja

Fe

M
-F

-F

-F
1-

8-

5-
15

22

29

5-
12

19

26

10
PosRate 7DMA kasus harian
• Sumber: Kementerian Kesehatan, 11 Maret 2022
 24 provinsi yang mengalami penurunan tren kasus harian

Gorontalo Sulawesi Selatan Maluku Papua Barat

250 0.14 2270 321 500 467 0.14
2500 0.2 350 0.16
206 450
0.12 0.18 0.14 0.12
300
200 2000 0.16 400
0.1 250 0.12 350 0.1
0.14
150 1500 0.12 0.1 300
0.08 200 0.08
0.1 0.08 250
100 0.06 150 200 0.06
1000 0.08 0.06
0.04 0.06 100 150 0.04
50 0.04 100
500 0.04
0.02 50 0.02 0.02
0.02 50
0 0 0 0 0 0 0 0

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar

1-Jan
8-Jan

5-Feb
1-Jan
8-Jan

5-Feb

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb

1-Jan
8-Jan

5-Feb
Jawa Tengah Sulawesi Tenggara Maluku Utara Papua
7000 0.3 450 0.12 160 144 0.12 1200 0.14
389 1000
6000 0.25 400 140 0.12
0.1 0.1 1000
350 120
5000 0.1
0.2 300 0.08 0.08 800
4000 100
250 0.08
0.15 0.06 80 0.06 600
3000 200 0.06
0.1 60
2000 150 0.04 0.04 400
40 0.04
0.05 100
1000 0.02 0.02 200 0.02
50 20
0 0 0 0 0 0 0 0
15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb

1-Jan
8-Jan

5-Feb

1-Jan
8-Jan

5-Feb
11
• Sumber: PosRate 7DMA
 8 Provinsi yang mengalami pelandaian
Riau Jambi Bangka Belitung Kalimantan Barat
1200 0.16 500 445 0.18 700 652 0.2 1200 0.2
0.14 450 0.16 0.18 0.18
1000 600 1000
400 0.14 0.16 0.16
0.12
350 0.12 500 0.14 0.14
800 800
0.1 300 0.12 0.12
0.1 400
600 0.08 250 0.1 600 0.1
0.08 300
0.06 200 0.08 0.08
400 150 0.06 400
200 0.06 0.06
0.04 0.04
200 100 0.04 0.04
0.02 100 200
50 0.02 0.02 0.02
0 0 0 0 0 0 0 0

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb
n

ar
b
eb

eb

eb
Ja

Ja

-Ja

-Ja

-Ja

Fe

M
-F

-F

-F
1-

8-

5-
15

22

29

5-
12

19

26

Aceh Sulawesi Barat DI Yogyakarta Sulawesi Tengah

250 231 0.14 200 187 0.2 3500 0.3 700 0.25
180 0.18 594
0.12 3000 600
200 160 0.16 0.25 0.2
0.1 140 0.14 2500 500
0.2
150 0.08 120 0.12 0.15
2000 400
100 0.1 0.15
100 0.06 1500 300
80 0.08 0.1
0.04 60 0.06 0.1
1000 200
50 40 0.04 0.05
0.02 500 0.05 100
20 0.02
0 0 0 0 0 0 0 0
15-Jan

22-Jan

29-Jan

12-Feb

19-Feb

26-Feb

5-Mar
1-Jan

8-Jan

5-Feb

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb

15-Jan
22-Jan
29-Jan

12-Feb
19-Feb
26-Feb
5-Mar
1-Jan
8-Jan

5-Feb
n

ar
b
eb

eb

eb
Ja

Ja
-Ja

-Ja

-Ja

Fe

M
-F

-F

-F
1-

8-

5-
15

22

29

5-
12

19

26

12
• Sumber: PosRate 7DMA
Trend Perkembangan C19
 Kejadian Penyebab Tahun Kematian
(Juta)
Black Death, Pes Yersinia 1347 200
Smalpox Variola 1520 56
Spanish Flu, H1N1 1918 40-50
Rusian Flu H2N2 1889 1
Asian Flu H2N2 1957 1.1
Hongkong Flu H3N2 1968 1
SARS Corona 2002 770*
MERS Corona 2015 850*
Covid-19 Corona 2020 0.13
• Semakin banyak virus dalam sirkulasi, akan
makin banyak virus yang berevolusi
• Sebagian besar perubahan kecil dan tidak
berpengaruh terhadap perilaku virus
• Perubahan yang terjadi, berpengaruh Spikes, used by
the virus to attach
terhadap to human cells

 Transmisi
 Beratnya penyakit dan klini Changes to the
spike protein may
 Efektivitas vaksin, terapi, diagnostik dan result in changes in
indikator kesehatan masyarakat lainnya virus transmissibility
or the virus may
• SARS-CoV-2 varian telah digolongkan oleh WHO escape immunity

ke dalam variants of interest (VOI) dan

variants of concern (VOC) https://www.who.int/news/item/26-11-
2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-
sars-cov-2-variant-of-concern

15
 SARS-CoV-2 VOI dan VOC

SARS-CoV-2 SARS-CoV-2
variant of interest (VOI) variant of concern
(VOC)
• Varian dengan perubahan genetik yang
diduga berpengaruh terhadap • Sama dengan VOI, namun dengan
karakteristik virus, seperti transmisi, analisis komparatif memperlihatkan satu
severitas, immune escape, diagnostik atau lebih perubahan global yang
dan terapi signifikan, yaitu
• Menyebabkan transmisi komunitas atau
cluster dalam berbagai negara dengan  Peningkatan transmisi atau peningkatan
peningkatan prevalens atau pengaruh indikator epidemiologi
epidemiologi lainnya dan menjadi risiko  Perningkatan virulensi atau perubahan
kedaruratan global pada manifestasi klinis
 Penurunan efektivitas diagnostik, vaksin
atau terapi

https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern

16
 Tiga komponen penting Varian baru
yang dapat dianggap sebagai ancaman
Transmisinya
(relative to circulating variants)

Penghindaran
Virulensi sistem imun
(ability to cause severe
disease) (prior infection and vaccines &
therapeutics)

https://www.who.int/groups/technical-advisory-group-on-covid-19-vaccine-composition-(tag-co-vac)

17
perkembangan corona virus
 7 Human Coronaviruses:
4 normal; 3 “novel”

Alpha: HCoV-229E, HCoV-NL63 Beta: HCoV-HKU1, HCoV-OC43, MERS-CoV, SARS-CoV, SARS-CoV-2

garis keturunan covid 19
Coronavirus Structure

• Ukuran medium, genom mRNA

komposisi terbesar
• Envelope
• Positif strand RNA
• RNA dalam nuklecapsid
• Lapisan lipid bilayer

Corona = Crowns for Spikes

• Glycoprotein Spike (S) Peptomer
• Spike berperan dalam interaksi dengan
reseptor
 Coronavirus Genome
• Mengkode 4-5 protein struktural
– S – Spike, bagian terluar; ikatan pada reseptor
– M – membrane protein; viral assembly
– N – nucleocapsid protein; regulasi sintesis RNA virus, berinteraksi
dengan M protein selama budding
– E – small envelope protein; fungsi belum diketahui dengan jelas
– HE – hemagglutinin-esterase glycoprotein hanya pada Beta coronavirus
OC43 dan HKU1 ; meningkatkan entri ke dalam mukosa
 SARS Cov 2 genom
SARS COV 2

MERS

SARS COV 1

The Journal of Gene Medicine, Volume: 23, Issue: 2, First published: 10 December 2020, DOI: (10.1002/jgm.3303)
SPIKE GLIKOPROTEIN
Dinamik perkembangan virus
Mutasi dan Variasi
POLA PENYEBARAN 614G
Perkembangan VOC
Pengaruh Mutasi
Perkembangan Omicron
 Omicron sebagai VOC

• Tanggal 26 November WHO

memasukkan B.1.1.529 sebagai
VOC terkait dengan perubahan
epidemiologi yang
ditimbulkannya . VOC ini
dinamakan sebagai omikron,
• Omikron mempunyai banyak posisi
mutasi, terdapat lebih 30 point
mutasi pada S gene
• Beberapa mutasi terkait dengan
peningkatan transmisi dan
membuat virus berikatan dengan Fig: Delta compared to Omicron with mutations in the S1
reseptor pada sel target domain of the spike protein
Delta Omicron

31
Pola Mutasi Varian C19

32
Pola Mutasi Varian C19
Pola Mutasi Varian C19

33
Evolusi SARS CoV 2
Perkembangan Mutasi Mutasi C19
Pola Mutasi Varian C19

35
 Filogeni Omicron
Pola Mutasi Varian C19

36
Trend Omikron secara Global

40
 Persentase dan jumlah varian menurut minggu epidemiologi di Indonesia,
2021 - 2022 (N=19.236)

100% Alpha
90% Beta
80% Delta AY.122
70% Delta AY.23
Delta AY.59
60%
Persen

Delta AY.79
50%
Delta B.1.617.2
40% Delta lainnya
30% Omicron BA.1
20% Omicron BA.1.1
10% Omicron BA.2
Lain-lain
0%
1 10 20 30 40 50 7
2021 2022
Minggu Epidemiologi
Tahun 2022 saja (N=7.242)
Sumber : GISAID, 7 Maret 2022
 PETA SEBARAN BA.2

(8%)

(1%) (33%)
(1%)
(7%) (18%)
(1%) (7%)
(3%)

(5%) (10%)

(5%) (1%)
(40%)
(8%)
(1%)
(21%)
(12%)
(8%) (1%)
(2%)
(37%)

Sumber : GISAID, 19 Desember – 7 Maret 2021,

 PETA SEBARAN BA.2 DI INDONESIA

Sumber : GISAID, 7 Maret

Pengaruh varian
terhadap
Perkembangan
Pandemi
 Fase Puncak dan Perkembangan C19
Gelombang Delta dan Omicron
Delta Omicron
Kategori
Tanggal Puncak Total Tanggal Puncak Total

Kasus 15-Jul-2021 56,757 16-Feb-2022 64,718

Perawatan RS 17-Jul-2021 93,256 24-Feb-2022 38,422

Pemakaian ICU 26-Jul-2021 8,179 24-Feb-2022 2,925

Meninggal 27-Jul-2021 2,069 8-Mar-2022 401

46
 Pola Delta dan Omicron di Indonesia

Kasus Harian ICU Harian

70,000 9,000 8,179
64,718
60,000 8,000
56,757
50,000 7,000
6,000
40,000
5,000 3,904
30,000 2,925
4,000
20,000 26,336 3,000
14,518 2,481
10,000 2,000
1,000
-
-
1
6
11
16
21
26
31
36
41
46
51
56
61
66
71
76
81
86
91
96
101
106
111
116
121
126
131
136
141
146
151
156
161
166
171
176
181

1
6
11
16
21
26
31
36
41
46
51
56
61
66
71
76
81
86
91
96
101
106
111
116
121
126
131
136
141
146
151
156
161
166
171
176
181
Hospitalisasi Harian Meninggal Harian
100,000
93,256 2,500
90,000
80,000 2,000
70,000
60,000 1,500
50,000 38,422 52,045
40,000 1,000 982
30,000 27,500 476
20,000 500 401
10,000 304
- -

1
6
11
16
21
26
31
36
41
46
51
56
61
66
71
76
81
86
91
96
101
106
111
116
121
126
131
136
141
146
151
156
161
166
171
176
181
1
6
11
16
21
26
31
36
41
46
51
56
61
66
71
76
81
86
91
96
101
106
111
116
121
126
131
136
141
146
151
156
161
166
171
176
181

Omicron
Delta (Juni – Oktober 2021) 47
• Sumber: Kementerian Kesehatan, 9 Maret 2022
Original Strain (November 2020 – April 2021)
Rekombinasi AY4 dan BA.2
 Penemuan strain SARS-CoV-2 rekombinasi
garis keturunan AY.4 (Delta) dan BA.1
• Perubahan urutan genom dapat terjadi melalui
(Omicron) mutasi titik (drift) dan rekombinasi (shift)
• Tersirkulasi di Eropa termasuk di antaranya
Belanda, Denmark, Prancis, dan Inggris
• Ditemukan kasus transmisi rekombinan AY.4 dan
BA.1 di Inggris sejak 6 Januari 2022 hingga 16
Januari 2022, total 32 kasus
• Analisis menunjukkan tidak ditemukan adanya
kontaminasi dan ko-infeksi pada kasus-kasus
tersebut
• Mengindikasikan bahwa rekombinan tersebut
bertransmisi di dalam populasi
• Eksperimen sedang dilakukan untuk
mempelajari kemungkinan apakah rekombinan ini
memiliki kemampuan transmisi seperti Omicron.

• https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/444
• Generation and transmission of interlineage recombinants in the SARS-CoV-2 pandemic. Jackson, B et al. 2021.
• SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England: Technical briefing 37
• https://www.the-scientist.com/news-opinion/plenty-of-evidence-for-recombination-in-sars-cov-2-69156
 Rekombinasi Garis Keturunan AY.4 (Delta) dan BA.1 (Omicron)

• Gambaran rekombinan Delta dan Omicron

• Strain rekombinan AY.4/BA.1 pada pohon filogeni dan peta

transmisi di Eropa
• Diidentifikasi sebagai AY.4 oleh Pangoline Lineage, tetapi
sebagai Delta oleh Nexstrain
• Strain AY.4/BA.1 memiliki karakter :
1. Varian Delta pada region pengkode protein non struktural
2. Varian Omicron dan bagian protein spike :

D614G: mutasi dominan pada SARS-CoV-2 yang bersirkulasi

• https://nextstrain.org/ 50
• https://github.com/cov-lineages/pango-
saat ini
L452R: meningkatkan kemampan infeksi dan potensi
menghindari sistem imun
P681R: meningkatkan kemampuan infeksi
T19R, A27S, L179I, V687I: titik mutasi lainnya belum diketahui
pengaruhnya
T

Terimakasih PDRPI
Kedokteran Unand