Omicron,

Apa yang berbeda?

dr. Erike A.Suwarsono, Sp.MK
RSSA Sari Asih Ciputat/Karawaci

Disampaikan pada Webinar RSSA Group, Update Omicron dan Manajemen Stress, 10 Februari 2022
 1
Sifat Biologis

Ca 3
2 ra
i De
M u t a s tek
ses s
Pro i

Adakah
b e d a ?
g b er
yan
Memahami Virologi
SARS-CoV2
21%

19%
60%
 Mengapa virus bermutasi?
• Secara Alamiah Virus RNA Akan Terus Bermutasi
• Virus RNA mudah bermutasi karena RNA polymerase tidak
memiliki kemampuan proof reading yang baik à setiap
sintesis protein selalu ada mutasi
• Untuk Dapat Bermutasi à Host (Intraseluler Obligat)
• Kecepatan Mutasi SARS Cov2 Lebih Rendah Dibanding
Virus Influenza
– mutasi pada COVID19 à varian baru dengan kemampuan
transmisi yang lebih cepat, keparahan penyakit?
– tidak merubah kewaspadaan pola transmisi à droplet dan
airborne

(Duffy, 2008. Why are RNA virus mutation rates so damn high?)
 KONSEP MUTASI PADA VIRUS
• Dapat bersifat intrinsik, rekombinasi 2 lineage, atau
editing dari RNA Inang
• Bersifat random, meruapakan upaya adaptif virus untuk
bertahan hidup
• Efek Positif Atau Negatif, Ada/Tidak Memiliki Efek
Apapun Terhadap Keberlangsungan Hidupnya
– Mutasi dapat miss-sense à tidak diekspresikan
– Mutasi dapat pada struktur genom yang luas à
mempengaruhi fenotip menjadi lebih kuat atau
lemah
• Mutasi à Perubahan Susunan Asam Basa à Varian
• Varian Dengan Perubahan Fenotip (Sifat Virulensi,
MC.Garty TP. COVID19 : Mutation and Infectivity. 2021 Kecepatan Trasnmisi, Dll) à Strain
Bagaimana virus bermutasi di dalam
tubuh manusia?

21%

19%
60%
mutasi menyebabkan perubahan mutasi menyebabkan perubahan
genotip (nukleotida) fenotip (asam amino)
Perubahan penting apa pada Omicron?
Omicron adalah salah satu varian dari SARS-CoV2

21%

19%
60%
 Perubahan penting apa pada
Omicron?
Omicron adalah salah satu varian dari SARS-CoV2

21%

19%
60%
 Receptor binding domain (RBD)
• Fragmen di permukaan virus yang bersifat
immunogenic
• Menjadi bagian dari ekpresi gen spike (S)
• Merupakan domain site dari antibodi netralisasi
• Target ikatan dengan ACE2
• Mutasi di spike à tidak mempengaruhi pola
transmisi, tetap dapat ditularkan secara
droplet/aerosol
Lan, J., Ge, J., Yu, J. et al. Structure of the SARS-CoV-2 spike receptor-
binding domain bound to the ACE2 receptor. Nature 581,
Kewaspadaan droplet & airborne
(Proteksi pernafasan)
Mandell, Douglas, and Bennett's Principles and Practice of
Infectious Diseases, 2015
 • PCR konvensional
BAGAIMANA • Real-time PCR

MENDETEKSI •
•
Isothermal PCR
Kultur virus
SARS COV2? • Whole Genome Sequencing
REAL TIME pcr (qRT-PCR)
 Ekstraksi RNA memegang
peranan yang sangat
penting dalam menyediakan
“bahan untuk reaksi PCR”
Darimana datangnya CT value pada reaksi PCR?

definisi
•Nilai yang muncul setelah siklus amplikasi
yang diperlukan ikatan probe dan
fluorescence melewati ambang batasà
pos/negatif

CT value bukan representasi jumlah

virus

Nilai CT berbeda antar reagen PCR,

jenis VTM dan metode ekstraksi
Genom SARS CoV2 dan target PCR
CONTOH GEN
TARGET PCR
MUTASI PADA TARGET PCR?
Cut off kit?
 Komparasi nilai CT dengan menggunakan berbagai kit PCR
PCR’s Kit Kt A Kit B Kt C
CT gene Orf1ab min max min max min max
Asymptomatic 16 33 10 41 22 38
Non pneumonia 11 27 18 33 15 30
pneumonia 7 32 11 37 12 39
CT gene E
Asymptomatic 17 34 10 41
Non pneumonia 11 27 18 33 N/A
pneumonia 7 34 12 37

The interval difference of CT values within three kits were wide and convergence since the CT values’ cut off was
difference each other.
There were also significantly different (Kruskal-Wallis Test) between clinical course and CT value in three PCR’s
kit even from the same detected gene (p< 0.005).

Suwarsono EA, et all, 2020

Bagaimana mendeteksi Omicron?
S gene target failure (SGTF)
• Mendeteksi mutasi pada target gen S
• Tidak bisa membedakan delta, beta atau omicron
21%
Deteksi Single nucleotide polymorphism (SNP)
• Mendeteksi SNP dari mutasi khas omicron 19%
• Lebih spesifik dibanding SGTF
Whole Genome Sequencing (WGS)
60%
• Mengidentifokasi urutan nukelotida secara keseluruhan
• baku emas deteksi varian
Take home messages
• Mutasi adalah hal yang alamiah terjadi pada virus
• Selama masih ada host à mutasi akan terjadi terus menerus
21%
• Sampai saat ini mutasi terkait VOC à gen spike, berkaitan dengan RBD yang
menjadi target antigen dari vaksin
• Gen target PCR yang ada bukan target mutasi pada VOC à namun tidak menutup
19%
kemungkinan suatu saat akan mengalami mutasi juga
60%
• Pengendalian infeksi harus tetap konsisten dan disiplin sesuai kaidah kewaspadaan
transmisi droplet/airborne à proteksi pernafasan