Deteksi Virus Classical Swine Fever

dengan RT-PCR
Kelompok 5
01 Rini Selviana
B04170018
02 Wini Wahyuni
B04170203

03 Yulianto
B04170204

04 Novia D Margareta

B04170207
05 ASYIFA GISYA ALAYINA
B04170208
Deskripsi Singkat
CLASSICAL SWINE FEVER
Classical Swine Fever (CSF) atau yang
dikenal dengan nama Hog cholera
merupakan salah satu penyakit menular
yang secara ekonomi paling penting
pada babi di dunia (Fenner et al. 2003).
Penyakit ini menyebabkan kerugian
ekonomi yang besar karena biaya
eradikasi serta vaksinasi yang sangat
mahal. Penyakit itu disebabkan oleh
virus dari keluarga Flaviviridae, genus
Pestivirus (Fenner et al. 2003).
Struktur
Virus CSF
Agen penyebab hog cholera adalah virus
single stranded Ribonucleic Acid (ssRNA)
dari genus Pestivirus termasuk famili
Flaviviridae. Virus HC berada dalam genus
yang sama dengan virus bovine viral
diarrhea (BVD) (OIE 2018). Virus berbentuk
bulat helikal atau tidak teratur dan
berukuran antara 40-50 nm dengan
nukleokapsid berukuran 29 nm. Materi
genetik virus tersusun dari RNA beruntai
N Envelope: melindungi unit struktural virus
01
tunggal (ss-RNA) berukuran panjang 12,5
kb. Virus HC memiliki amplop yang pada 02 RNA: mengatur informasi genetik
permukaannya terdapat peplomer
berukuran 6- 8 nm. Struktur amplop tersebut 03 Core protein: melindungi genom virus
tersusun atas glikoprotein..
04 E2, E1, Erns: protein pendukung
proses replikasi
Prinsip Mendeteksi dan mengkuantifikasi reporter

Uji RT-
fluoresen. Sinyal fluoresen akan meningkat
seiring dengan bertambahnya amplifikasi
DNA PCR dalam reaksi. Reaksi selama fase
eksponensial dapat dipantau dengan

PCR
mencatat jumlah emisi fluoresen pada setiap
siklus. Peningkatan hasil amplifikasi PCR
pada fase eksponensial berhubungan
dengan jumlah inisiasi target gen. Makin
tinggi tingkat ekspresi target gen maka
deteksi emisi fluoresen makin cepat terjadi
(Pardal 2010).
 Isolasi RNA Virus
Spesimen Larutkan Sentrifugasi

Spesimen berupa kemudian Larutan

organ limpa, hati, ditambahkan disentrifugasi
ginjal dan usus PBS dengan
dipotong kecil- (hingga kecepatan
kecil dan mendapatkan 15.000 rcf
dihancurkan larutan 10%). selama 10 menit.
dalam eppendorf.

Supernatan Isolasi

Supernatan Isolasi RNA

diambil dilakukan
sebanyak dengan Trizol
250 ml dan (Invitrogen)
dimasukkan ke (Suartha et al.
dalam eppendorf 2008; Kencana
baru.. et al. 2008).
 Real Time PCR
VCSFF 5’-
AGRCCAGACTGGTGGCCNTAYGA-3’ dan
VCSFR 5’-TTYACCACTTCTGTTCTCA-3’.

Primer yang Sebagai kontrol

digunakan adalah . positif digunakan
primer baku EU Sekuens RNA yang diisolasi
(Paton et al. 2002) dari dari vaksin
Primer primer Kontrol CSF aktif.
spesifik
Spesifik Positif

Gen target spesifik RNA yang diisolasi

adalah E2 (Paton et. Target Kontrol dari limpa babi yang
al. Gen Negatif sehat dan tidak
2000). Spesifik divaksin.
 RT-PCR
Transkriptase Balik Denaturasi
Untuk mengamplifikasi RNA, proses PCR Reaksi amplifikasi ini dimulai dengan
didahului dengan reverse transcriptase

S
melakukan denaturasi DNA cetakan
terhadap molekul mRNA sehingga yang berantai ganda menjadi rantai
diperoleh molekul complementary DNA
tunggal
(cDNA). Molekul cDNA tersebut

T
kemudian digunakan sebagai cetakan
dalam proses PCR.

W
Extension
Setelah proses annealing, suhu dinaikkan
O Annealing
Masing-masing untai tunggal DNA template
akan mengalami proses ‘pendinginan’ hingga
kembali sehingga enzim polimerase melakukan
mencapai suhu tertentu. Hal ini dimaksudkan
proses polimerase rantai DNA yang baru.
untuk memberi jeda bagi penempelan primer.
Rantai DNA yang baru tersebut selanjutnya
Setiap untai tunggal DNA template akan
sebagai cetakan bagi reaksi polimerase
ditempeli pasangan primer.
berikutnya
Gambar Gel Agarose 2% yang Diwarnai dengan Etidium Bromida dari Hasil RT-PCR Tiga
Kasus Tersangka CSF dari Bali 2007-2008. Jalur M adalah 100-bp ladder (Invitrogen). Posisi
pita 600 bp ditunjukkan dengan tanda panah. Jalur 1, 2, dan 3 adalah sampel ka-sus
106/N/07, 59/N/07, dan 168/N/ 08. (-) adalah control negatif dari total RNA limpa babi
yang baru lahir. (+) adalah control positif dari total RNA vaksin CSF komersial.
 DAFTAR PUSTAKA
Fenner FJ, Gibbs EPJ, Murphy FA, Rott R, Studdert MJ, White DO. 1993. Veterinary
Virology. 2nd Ed. California (USA). Academic Press.
OIE, 2008. Classical swine fever (hog cholera) dalam OIE Terrestrial Manual.
www.oie.int. hal. 1092-1106.
Pardal SJ. 2010. Menguji ekspresi gen menggunakan real time PCR. Warta Penelitian dan
Pengembangan Pertanian. 32: 1-13.
Paton DJ, McGoldrick A, Greiser-Wilke I, Parchariyanon S, Song J-Y, Liou PP, Stadejek T,
Lowings JP, Bjorklund H, Belak S, 2000. Genetic typing of classical swine fever
virus. Veterinary Microbiology. 73: 132-137.
Suartha IN, Mahardika IGNK, Candra Dewi IAS, Nursanty KD, Kote YLS, Handayani AD,
Suartini GAA. 2008. Penerapan teknik Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction
untuk peneguhan diagnosis penyakit Distemper pada anjing. Jurnal Veteriner. 9(1): 25-32.
Wirata IW, Dewi IASC, Putra IGNN, Winarya IBO, Suardana IBK, Sari TK, Suartha IN,
Mahardika IGNK. 2010. deteksi virus Classical Swine Fever di Bali dengan RT-PCR. J.
Vet. 11(3): 144-151.
THANK YOU
Insert the Subtitle of Your Presentation