A.

Protein

Protein, yang namanya berarti “pertama” atau “utama” merupakan

makromolekuler yang paling berlimpah di dalam sel dan menyusun lebih dari setengah
berat kering pada semua organisme. Pada bab sebelumnya, kita mempelajari asam amino,
unit struktur protein, dan peptida sederhana, yang terdiri dari beberapa asam amino yang
digabungkan oleh ikatan peptida.
Sangat luar biasa pula bahwa semua protein di dalam semua mahluk hidup,
tanpa memandang fungsi dan aktivitas biologinya, dibangun oleh susunan dasar yang
sama, yaitu 20 asam amino baku, yang molekulnya sendiri tidak mempunyai aktivitas
biologi. Lalu, apakah yang memberikan suatu protein aktivitas enzimnya, protein lain
aktivitas hormon, dan yang lain lagi aktivitas antibodinya? bagaimana kimiawi protein-
protein ini berbeda? Secara cukup sederhana, protein berbeda satu sama lain karena
masing-masing mempunyai deret unit asam amino sendiri-sendiri. Asam amino
merupakan abjad struktur protein karena molekul-molekul ini dapat disusun dalam
jumlah deret yang hampir tidak terbatas, untuk membuat berbagai protein dalam jumlah
yang hampir tidak terbatas pula

1. Enzim
Protein yang paling bervariasi dan mempunyai kekhususan tinggi adalah protein
yang mempunyai fungsi katalisa, yakni enzim. Hampir semua reaksi kimia biomolekul
organik di dalam sel dikatalisa oleh enzim. Lebih dari 2000 jenis enzim, masing-masing
dapat mengkatalisa reaksi kimia yang berbeda, telah ditemukan dalam berbagai bentuk
kehidupan.

2. Protein Transport
Protein transport di dalam plasma dara mengikat membawa molekul atau ion
spesifik dari satu organ ke organ lain. Hemoglobin pada sel dara merah mengikat oksigen
ketika dara melalui paru-paru, dan membawa oksigen ini ke jaringan periferi. Di sini
oksigen dilepaskan untuk melangsungkan oksidasi nutrien yang menghasilkan energi.
Plasma dara mengandung lipoprotein, yang membawa lipid dari hati ke organ lain.
Protein transport lain terdapat di dalam membran sel dan menyesuaikan strukturnya

55
untuk mengikat dan membawa glukosa, asam amino, dan nutrien lain melalui membran
menuju ke dalam sel.

3. Protein Nutrien dan Penyimpan

Biji berbagai tumbuhan menyimpan protein nutrien yang dibutuhkan untuk
pertumbuhan embrio tanaman. Terutama, contoh yang telah dikenal adalah protein biji
dari gandum, jagung, dan beras. Ovalbumin protein utama putih telur, dan kasein protein
utama susu merupakan contoh lain dari protein nutrien. Ferritin jaringan hewan
merupakan protein penyimpan besi.
4. Protein Kontraktil atau Motil
Beberapa protein memberikan kemampuan pada sel dan organisme untuk
berkontraksi, mengubah bentuk, atau bergerak. Aktin dan miosin adalah protein filamen
yang berfungsi di dalam sistem kontraktil otot kerangka dan juga di dalam banyak sel
bukan otot. Contoh lain adalah tubulin, protein pembentuk mikrotubul. Mikrotubul
merupakan komponen penting dari flagela dan silia yang dapat menggerakkan sel.

5. Protein Struktural
Banyak protein yang berperan sebagai filamen, kabel, atau lembaran penyangga
untuk memberikan struktur biologi kekuatan atau proteksi. Komponem utama dari urat
dan tulang rawan adalah protein serabut kolagen, yang mempunyai daya renggang yang
amat tinggi. Hampir semua konponem kulit adalah kolagen murni. Persendian
mengandung elastin, suatu protein struktural yang mampu meregang ke dua dimensi.
Rambut, kuku, dan bulu burung atau ayam terdiri terutama dari protein tidak larut, yang
liat, keratin komponen utama dari serat sutra dan jaring laba-laba adalah protein fibroin.
6. Protein Pertahanan
Banyak protein mempertahankan organisme dalam melawan serangan oleh
spesies lain atau melindungi organisme tersebut dari luka. Imunoglobulin atau antibodi
pada vertebrata adalah protein khusus yang dibuat oleh limposit yang dapat mengenali
dan mengendapkan atau menetralkan serangan bakteri, virus, atau protein khusus dari
spesies lain. Fibrinogen dan trombin merupakan protein penggumpal dara yang menjaga
kehilangan dara jika sistem pembulu terluka. Bisa ular, toksin bakteri, dan protein
tumbuhan beracun, seperti risin. Juga tampaknya berfungsi dalam pertahanan tubuh.

56
7. Protein Pengatur
Beberapa protein membantu mengatur aktivitas seluler atau fisiologi. Di antara
jenis ini, terdapat sejumlah hormon, seperti insulin yang mengatur metabolisme gula, dan
kekurangannya, menyebabkan penyakit diabetes, hormon pertumbuhan dan pituitary dan
hormon paratiroid, yang mengatur transpor Ca2+ dan fosfat. Protein pengatur lain, yang
disebut represor mengatur biosintesa enzim oleh sel bakteri.
8. Protein lain
Tedapat banyak protein lain yang fungsinya agak eksotik dan tidak mudah
diklasifikasikan. Monelin, suatu protein tanaman dari Afrika mempunyai rasa yang amat
manis. Protein ini sedang dipelajari sebagai pemanis makanan yang tidak menggemukan
dan tidak beracun, untuk manusia. Plasma dara beberapa ikan Antartika mengandung
protein antibeku yang melindungi dara ikan dari pembekuan. Persendian sayap beberapa
insekta dibuat dari protein resilin, yang bersifat hampir sempurna elastis.
Merupakan hal yang luar biasa bahwa semua protein ini, dengan sifat dan fungsi
yang amat berbeda, terbuat dari 20 asam amino yang sama.

B. Protein Dapat Digolongkan Berdasarkan Bentuk

Protein dapat juga dibagi menjadi dua golongan utama berdasarkan bentuk dan
sifat-sifat fisik tertentu: Protein Globular dan Protein Serabut (Gambar 6.1). Pada
protein Globular rantai atau rantai-rantai polipeptida berlipat rapat-rapat menjadi bentuk
globular atau bentuk yang padat. Protein globular biasanya larut di dalam sistem larutan
(air) dan segera berdifusi; hampir semua mempunyai fungsi gerak atau dinamik. Hampir
semua enzim mempunyai protein globular, seperti protein transport pada dara, antibodi,
dan protein penyimpan nutrien. Protein serabut bersifat tidak larut di dalam air,
merupakan molekul serabut panjang, dengan rantai polipeptida yang memanjang pada
satu sumbuh, dan tidak berlipat menjadi bentuk globular. Hampir semua protein serabut
memberikan peranan struktural atau pelindung. Protein serabut yang khas adalah α-
keratin pada rambut dan wol, fibroin dari sutera dan kolagen dari urat.
Kita juga dapat mengikutsertakan di dalam golongan ini protein filamen yang
berpartisifasi dalam proses kontraktil pada sel otot dan bukan otot, seperti aktin dan
miosin, seperti juga protofilamen yang membangun mikrotubul.

57
 Gambar 30. Protein globular dan serabut
C. ASAM AMINO

Protein adalah makromolekuler yang paling berlimpah di dalam sel hidup dan
merupakan 50% atau lebih berat kering sel. Protein ditemukan di dalam semua sel dan
semua bagian sel. Protein juga amat bervariasi; ratusan jenis yang berbeda dapat
ditemukan dalam satu sel. Tambahan lagi, protein mempunyai berbagai peranan biologis,
karena protein merupakan instrumen molekuler yang mengekspresikan informasi genetik.
Kunci struktur ribuan protein yang berbeda-beda adalah gugus pada molekul unit
pembangun protein yang relatif sederhana. Semua protein, baik yang berasal dari bakteri
yang paling tua atau berasal dari bentuk kehidupan tertinggi, dibangun dari rangkaian
dasar yang sama dari 20 asam amino yang berikatan kovalen dalam urutan yang khas.
Karena masing-masing asam amino mempunyai rantai samping yang khusus, yang
memberikan sifat kimia masing-masing individu, kelompok molekul 20 molekul unit
pembangun dapat dianggap sebagai abjad struktur protein.
Di dalam bab ini kita juga akan mempelajari peptida, rantai pendek dari dua
atau lebih asam amino yang dihubungkan oleh ikatan kovalen. Yang paling istimewa
adalah sel dapat merangkai ke 20 asam amino yang berbagai kombinasi dan urutan,
menghasilkan peptida dan protein yang mempunyai sifat-sifat dan aktivitas berbeda.

58
 Dari unit pembangun ini organisme yang berbeda
dapat membuat produk-produk yang demikian
bervariasi, seperti enzim, hormon, lensa protein
pada mata, bulu burung/ayam, jaringan laba-laba.
Kulit kura-kura (Gambar 32), protein
susu bergizi, enkefalin (senyawa obat bius tubuh),
antibiotika, racun jamur, dan banyak senyawa lain
yang mempunyai aktivitas biologi spesifik.
Gambar 31. Protein keratin pada kulit kura-kura

C.1 Asam Amino Dapat Digolongkan Berdasarkan Gugus R

Pengamatan terhadap struktur ke 20 asam amino yang ditemukan pada protein,
memperlihatkan kenyataan bahwa asam amino dapat digolongkan menjadi beberapa
golongan berdasarkan sifat-sifat kandungan R, terutama polaritasnya (Tabel 9), yakni,
kecenderungan molekul untuk berinteraksi dengan air pada pH biologi (dekat pH 7.0).
Gugus R pada asam amino bervariasi polaritasnya, mulai dari gugus R yang sama sekali
tidak polar atau hidrofobik (tidak menyukai air) sampai bersifat amat polar atau hidrofilik
(menyukai air).
Struktur 20 asam amino baku diperlihatkan pada Gambar 33 Terdapat 4
golongan asam amino:
1. Golongan dengan gugus R non polar atau hidofobik
2. Golongan dengan gugus R polar atau hidrofilik
3. Golongan dengan gugus R bermuatan negatif
4. Golongan dengan gugus R bermuatan positif. Di dalam tiap-tiap golongan terdapat
urutan polaritas, ukuran dan bentuk gugus R.

Tabel 9 Penggolongan Asam Amino Berdasarkan Polaritas Kandungan Gugus R (Pada

pH 7)
Gugus R Gugus R polar, tetapi Gugus R bermuatan Gugus R bermuatan
nonpolar tidak bermuatan negatif positif
 Alanin  Asparagin  Asam aspartat  Arginin
 Isoleusin  Sistein  Asam glutamat  Histidin
 Leusin  Glutamin  Lisin
 Metionin  Glisin
 Fenilalanin  Serin
 Prolin  Treonin
 Triptofan  Tirosin
 Valin

59
C2. Delapan Asam Amino Mempunyai Gugus R Nonpolar
Gugus R di dalam golongan asam amino ini merupakan hidrokarbon, dan
bersifat hidrofobik (Gambar 33). golongan ini meliputi lima asam amino dengan gugus R
alifatik.
Alanin, valin, leusin, isoleusin, dan prolin, dua dengan lingkaran aromatik
(fenilalanin dan triptofan), dan satu yang mengadung sulfur (metionin). Dari golongan
ini, prolin menarik perhatian kita, karena gugus α-aminonya tidak bersifat bebas, tetapi
disubstitusi oleh sebagian gugus R-nya, menghasilkan struktur melingkar (Gambar 33).

60
 Gambar 32. Struktur kimia 20 asam amino
C3. Tujuh Asam Amino Mempunyai Gugus R Polar Tidak Bermuatan
Gugus R dari asam amino polar (Gambar 33) lebih larut di dalam air, atau lebih
hidrofilik, dibandingkan dengan asam amino non polar, karena golongan ini mengandung
gugus fungsionil yang membentuk ikatan hidrogen dengan air. Golongan ini meliputi;
glisin, serin, treonin, sistein, tirosin, asparagin, dan glutamin. Polaritas serin, threonin,
dan tirosin disebabkan oleh gugu hidroksil.; sedangkan pada asparagin dan glutamin oleh
gugus amida, dan pada sistein oleh gugus sulfhidri atau gugus tiol. Gugus R pada glisin,
suatu atom hidrogen, terlalu kecil untuk mempengaruhi derajat polaritas gugus α-amino
dan α-karboksil yang tinggi
Asparagin dan glutamin
adalah amida dari dua asam amino
lain yang juga ditemukan sebagai
unit pembangun protein asam
aspartat dan asam glutamat,
berturut-turut yang dihasilkan oleh
hidrolisis asam atau basa dari
Gambar 33. Struktur Sistein dan Sistin asparagin dan glutamin.

Sistein dan tirosin mempunyai gugus R yang mempunyai gugus R yang cenderung
melepaskan ion H+, tetapi juga gugus tiol dari sistein dan gugus hidroksil fenol dari
tirosin hanya sedikit terionisasi pada pH 7,0.

Sistein perlu diperhatikan karena alasan lain, senyawa ini dapat berada dalam
dua bentuk pada protein, sebagai sistein, atau sistin. Dihasilkan bila dua molekul sistein
diikat secara kovalen oleh jembatan disulfida yang dibentuk oleh oksidasi gugus tiol
(Gambar 34). Sistin memegang peranan khusus di dalam struktur beberapa protein,
misalnya hormon insulin dan imunoglobulin, atau antibodi. Pada protein-protein ini,
kedua tengah bagian dari molekul sistin berfungsi sebagai unit penyusun pada dua rantai
polipeptida yang berbeda, yang karenanya disambung oleh ikatan disulfida.

61
 Sambungan sistin ini tidak biasanya ditemukan di dalam protein intraseluler,
tetapi umum dijumpai pada protein yang disekresi dan berfungsi di dalam cairan
ekstraseluler.
C4. Dua Asam Amino Mempunyai Gugus R Bermuatan Negatif (Asam)
Dua asam amino yang mengandung gugus R yang bermuatan total negatif
dengan pH 7,0 adalah asam aspartat dan asam glutamat, masing-masing mempunyai
tambahan gugus karboksil (Gambar 33). Asam amino ini merupakan senyawa induk
asparagin dan glutamin.

C5. Tiga Asam Amino Mempunyai Gugus R Bermuatan Positif (basa)

Asam amino yang mempunyai gugus R dengan muatan total positif pada pH
7,0 adalah lisin, yang mengandung tambahan gugus amino (kedua) pada posisi € dirantai
alifatiknya; arginin, yang mengandung gugus guanidino bermuatan positif; dan histidin
yang mengandung gugus imidazol yang mengion sedikit (Gambar 33).

C6. Beberapa Protein Juga Mengandung Asam Amino Khusus

Di samping ke-20 asam amino baku yang umum pada semua protein, terdapat
asam amino khusus lain yang telah ditemukan sebagai komponen hanya dari beberapa
jenis protein (Gambar 35). Masing-masing asam amino khusus ini diturunkan dari satu di
antara ke-20 asam amino yang telah kita kenal. Di antara asam amino khusus ini terdapat
4-hidroksiprolin , suatu turunan prolin, dan 5-dihidroksilisin; keduanya ditemukan di
dalam protein serat kolagen pada jaringan pengikat N-Metillisin ditemukan pada miosin.
Suatu protein otot yang berfungsi di dalam kontraksi.

62
Gambar 34. (a) Beberapa asam amino khusus yang ditemukan pada protein. Gugus berwarna
merupakan gugus fungsional yang ditambahkan pada asam amino baku prolin dan lisin. (b)
Desmosin ditemukan didalam protein elastin, dibentuk dari empat molekul lisin, karbon kerangka
lisin diperlihatkan pada banyangan.
Asam amino khusus lain yang penting adalah asam γ-karboksiglutamat yang
ditemukan di dalam protein penggumpal dara protrombin, dan juga di dalam protein lain
yang mengikat ion Ca2+ di dalam fungsi biologinya. Yang lebih kompleks lagi adalah
asam amino khusus desmosin, suatu turunan lisin, yang ditemukan hanya di dalam
protein serat elastin

63