mflgSiif€ ffi
Dc:41
p-ISSN 2502-6011
JURNAL FARMAMEDIKA
Jurnal ini diterbitkan dua kali dalarn setahun (Jan - Jun dan Jul - Des). hasil dari penelitian di
bidang farmasi khususnya. Kategori yang terrnasuk dalarn bidang jurnal ini adalah Kirnia Bahan
Alam , Analisis Fannasi, Farmakologi dan Toksikologi, Kirnia Medisinal, Biologi Molekuler dan
Bioteknologi, Farrnakoterapi, Farmasi Klinik, Fannasetika dan Teknologi Farmasi, Biologi
Farmasi, Manajemen Farrnasi, Farmakoekonomi.
DEWAN REDAKSI
Penerbit
Alamat Penerbit
Sekolah Tinggi Teknologi Industri Dan Farmasi
Email info@sttif-bogor.ac.id
p-ISSN 2502-6011
KATA PENGANTAR
Alhamdulillah, puji syukur ke hadirat Allah SWT atas berkat Rahmat-Nya, Jumal
Farmamedika (Pharmamedical Journal) Volume I No. I Tahun 2016 dapat diterbitkan.
Pada edisi ini dimuat 6 artikel, artikel-artikel tersebut merupakan penelitian mengenal
bidang Farmasi. Adapun judul artikel pad a edisi ini adalah sebagai berikut:
I. Uji Antioksidan Ekstrak Pigmen Karotenoid dan Sitrulin pada Kulit Buah Blewah
(Cucumis Melo L.) secara In Vitro (Metode Dpph)
2. Karakterisasi Nanovesikel Transfersom sebagai Pembawa "Rutin" dalam
Pengembangan Sediaan Transdermal
3. Potensi Ekstrak Air Daun Alpukat (Persea Americana M.) sebagai Diuretik pad a
Tikus Putih Jantan
4. Evaluasi Kejadian Interaksi Obat pad a Pasien Rawat Inap Geriatri Penderita Gagal
Jantung
5. Perbandingan Inhibisi a-Mangostin, p-Mangostin, dan y-Mangostin terhadap
Protein Akt-Kinase pada Sel Kanker Pankreas secara Molecular Docking
6. Potensi Enzim Transglutaminase sebagai Gel Penyembuh Luka Stadium II pada
Ayam Ras Jantan
Kami berharap semua artikel yang disajikan pada edisi ini dapat bennanfaat dan
meningkatkan serta pemahaman di hidang Fannasi. Saran dan kritik dari pembaca sangat
Kami nantikan sekaligus mengundang pembaca untuk berpartisipasi untuk mengirimkan
artikel untuk dimuat dalam edisi selanjutnya.
Terima kasih atas perhatian.
Dewan Redaksi
p-ISSN 2502-60 II
DAFTAR lSI
ABS'fRAK
Kulit buah manggis (Garcinia manguslanG Linn) mengandung senyawa golongan xanthone seperti
a-mangostin, /3-mangostin, dan y-mangostin . Senyawa terscbut dapat berpotensi sebagai obat
herb<ll. Kanker pankreas merup.akan salah satu jenis kanker yang mematikan di dunia yang
disebabkan oleh proliferasi sel yang bennutasi secara tidak terkendali sehingga sel kanker
mengurangi proses terjadinya apoptosis. Protein Akt Kinase merupakan jenis protein yang dapat
menghambat proses apoptosis sel. Penelitian ini bertujuan membandingkan potensi inhibisi dari
senyawa a-mangostin, ~-mangostin, y-mangostin sebagai inhibitor protein Akt Kinase secara in
silica berdasarkan pada energi bebas Gibbs (~G), tetapan inbibisi, interaksi ikatan hidrogen antara
protein dan ligan. Berdasarkan pada hasil anal isis docking, energi bebas Gibbs (~G), tetapan
inhibisi, interaksi ikatan hidrogen antara protein dan ligan. Ligan y-mangostin memberibn hasil
yang lebih baik dibandingkan dengan gemsitabin
Kata kunci: docking, kanker pankreas, protein Akt, a-mangostin, ~-mangostin, y-mangostin
ABSTRACT
The mangos teen pericarp contains a class of compounds called xanthones, including a-mangostin,
~-mangostin, and, y-mangostin. Mangosteen products have become popular natural ll~edicine.
Cancer is a maiignant tumor types are particularly deadly caused by proliferative effects to inhibit
apoptosis cell. Akt protein is considered to be the key downstream effector of reducing apoptosis.
This study aims to detennine the ratio of the potential of a-mangostin, ~-mango:;tin, 'Y-mangostin as
inhibitors of Akt protein of pancreatic cancer cdls by the Gibbs free energy (~G), inhibition
constants, hydrogen iuteractions. The computationally study lIsing molecular docking method.
Based on the analysis docking, 'Y-mangostin provides the potential for bettcr inhibition than
gemcitabine.
34
kanker [8]. Oleh karellil itu, protein yang menggunakan modem ZTE mf825a untuk
berperan dalam proses antiapoptosis harus mengunduh data-data protein dan substrat.
dihambat [9]. Salah satu jenis protein
antiapoptosis yang akan dihambat pada Metode
penelitian ini adalah Akt Kinase. Preparasi File Protein dan Ligan
Protein Akt Kinase merupakan jenis Protein Akt-Kinase ditelusuri pada situs
protein yang berperan dalam pengaturan sinyal Protein Data Bank (http: //www .rscb.org/ pdb/)
dari faktor pertumbuhan sel, siwkinin, serta dengan menggunakan perangkat komputer yang
pengatur dari aktivasi hormon fosfatidilinositol terhubung ke internet. File protein dengan PDB
3-kinase. Aktivasi dari protein Akt Kinase ID 4EKL tersebut diunduh dan dikumpulkan
dapat mempengaruhi kinerja dari protein dengan format .pdb.
protein apoptosis . Pada sel kanker protein Akt Ligan yang akan digunakan untuk
Kinase diekspresikan secara berlebih. Ekspresi menginhibisi protein antiapoptosis juga
tersebut akan dapat menghambat kinerja dari ditelusuri dan dikumplilkan da!am fonnat .pdb.
apoptosis sel [10] . a-mangostin dapat Ligan-ligan tersebut u-mangostin, ~-mangostin,
menghambat fosforilasi dari protein 'Akt Kinase y-mangostin dan gemsitabin.
pada sel kanker kolon [5]. Oleh karena itu,
protein Akt Kinase dapat dijadikan target dalam Optimasi Grid
pengobatan kanker paokreas [11]. Protein .pdb diolah menggunakan
Pada penelitian ini dilakukan secara in Perangkat Lunak Autodock Tools 1.5.6 dengan
silica menggunakan metode molecular docking. melakukan read molecule. Protein disimpan
Metode molecular docking merupakan langkah dengan ekstensi .pdbqt. Kemudian ligan dibuka
awal dalam pengembangan obat berbasis dengan input ligand, diatur agar sehingga
struktur, yang memiliki kelt:bihan, yaitu sangat memiliki torsi yang bebas dan disimpan juga
cepat, hem at biaya dan akurat. Metodt: ini dengan ekstensi .pdbqt. Ukuran grid ditentukan
merupakan metode uta rna komputasi dalam pada protein dengan nilai sumbu x, y, dan z
proses pencarian dan pengembangan obat [12] . hasil optimasi ligan yang terikat pad a Protein
Prinsip molecular docking adalah dengan Data Bank. Grid dibuat sebesar mungkin
mengikatkan substrat atau ligan pada enzim sampai tepat menutllpi seluruh sjsi aktif
sehingga membentuk konfonnasi molekul pennukaan protein. Grid yang digunakan
kompleks. Selain itu docking juga sebagai sumbu x, y, z berturut-turut adalah
mempertimbangkan aspek kestabilan 25,399; 3,764; 11,710, dengan dimensi grid box
konforinasi antara enzim dan ligan yang nya adalah 44 x 62 x 44. File grid disimpan
terbentuk tersebut [13]. Secara lImum docking daiam bentuk grid.gpf.
dapat dilakukan secara rigid body docking dan Docking
fleksibei do cking. Metode fleksibei docking Docking dilakukan pada terminal Ubuntu
lebih baik dibandingkan dengan rigid docking, menggunakan Alltodock 4.2 sehingga
karena pada docking secara rigid, ligan menghasilkanfile docking.dlg{"ile docking.dlg
mengalami rotasi dan translasi yang terbatas. dianalisis menggunakan Autooock Tools 1.5.6
Penelitian ini bertujuan membandingkan untuk mengetahlli nilai ~G. File terse but
potensi inhibisi dari senyawa a-mangostin, ~ kemudian disimpan dalam bentuk kompleks
mangostin, y-mangostin sebagai inhibitor lIntuk divisllalisasikan menggunakan Pymol
protein Akt Kinase secara in silica berdasarkan 1.7 .
pad a energi bebas Gibbs (~G), tetapan inhibisi,
interaksi ikatan hidrogen antara protein dan Visualisasi File Docking
ligan. Penelitian dilakukan secara fleksibel File keluaran docking dengan ekstellsi
docking dengan menggunakan program .pdbqt divisualisasikan menggunakan Pymol
AutoOock. 1.7 untuk melihat tapak pengikatan, jumlah
METODE PENELlTlAN interaksi hidrogen, dan jarak antar atom yang
berikatan.
Bahan: Perangkat lunak Autodock Tools 1.5.6,
OH ~
°
I
/0 /0
HO OH HO
HO
c
Gambar 1. Struktur Kimia a-mangostin (a), p-mangostin (b), dan y-mangostin (c)
Protein Akt Kinase sangat berperan berbasis pada teori enzim Induced Fit, teori ini
terhadap respon sinyal untuk terjadinya proses mengasumsikan bahwa substrat berperan dalam
angiogenesis, migrasi, antiapoptosis, maupun menentukan bentuk akhir dari enzim dan
prolifer'lsi sel. Penghambatan fosforilasi dapat ~ebagian dari cnzim terse but bersifat fleksibel.
menyebabkan terjadinya penurunan aktivasi Hal ini menjelaskan mengenai senyawa tertentu
dari protein Akt Kinase (Gambar 2). Hal dapat mengikat enzim, te p i tidak bereaksi
tersebut dap'lt menyebabkan terjadinya karena enzim tersebut terdistorsi . Senyawa
peningkatan aktivitas apoptosis pada sel kanker. tcrsebut mungkin terlalu kecil untuk
Sel kanker terjadi diakibatkan salah satunya menginduksi enzim, sehingga enzim hanya
akibat dari ekspresi berlebih dari protein Akt dapat bereaksi dengan substrat yang tepat.
Kinase. Inhibisi protein Akt Kinase diharapkan Protein dan iigan tersebut diinteraksikan untuk
dapat menurunkan pertumbuhan scI kanker menentukan senyawa bahan alam terbaik yang
melalui proses peningkatan apoptosis. Protein dapat menginhibisi protein Akt Kinase
Akt Kinase menjadi target docking pada berdasarkan beberapa parameter seperti energi
penelitian ini dengan menggunakan ligan a bebas Gibbs (LlG), tetapan inhibisi, dan
mangostin, ~-mangostin, y-mangostin untuk interaksi hidrogen. Interaksi kemudian
melihat potensi inhibisi dari ketiga ligan dibandingkan dengan hasil dockin8 antara
[ersebut. protein Akt Kinase dan standar gemsitabin.
Docking dilakukan clengan perangkat lunak Gemsitabin merupakan analog dari
Autodock 4.2 . Parameter alguritma yang pirimidina yang bekerja merusak susunan dari
digunakan adalah Lamarckian Genetic asam nukleat sehingga menghambat proses
Algorithm [15]. Total konfonnasi terbaik yang pembelahan seI. Penghambatan tersebut
ditampilkan oleh Autodock Tools adalah 10 mendorong sel untuk mengaktitkan mekanisme
interaksi ligan. Docking secara fleksibel apoptosis atau sel melakukan bunuh diri [16].
Namun, dalam dosi s yang tinggi , obat ini dapat anemia, dan trombositopenia [17].
menyebabkan keracunan ada hati dan crin 'al
dephosphorylation ,
ErU/ 2 " ' dephosphorylation
p38MAPK .....1 - - - AlIt
+
/
('-A-poptO-'Is-")t
Mitochondria pathwIry
IC.spase-3. -a ...d-9 I
Gl -phase arrest
$-phase suppreS$ion
Hasil simulasi docking dapat dilihat pada Tabel tersebut bersifat spontan dengan penurllnan
I. Hasil docking yang baik dapat dilihat dengan energi berbas Gibbs. Energi bebas a-mangostin
membandingkan nilai energi bebas Gibbs (L'1C), lebih besar dibandingkan dengan ligan lainnya.
tetapan inhibisi, dan interaksi ikatan hidrogen Jika dilihat berdasarkan parameter dari jumlah
antara ligan dan protein. Ikatan pembentukan ikatan hidrogen yang terbentuk , ligan y
kompleks yang kuat ditandai dengan nilai L'1C mangostin memiliki jumlah ikatan hidrogen
yang rendah, tetapan inhibisi rendah, dan yang sarna dengan ligan standar gemsitabin,
banyaknya jumJah interaksi ikatan hidrogen sedangkan jllmlah ikatan hidrogen ligan ~
[18]. Kriteria L'1C _ 0 pada suhu dan tekanan mangostin adalah yang paling kecil dari segi
konstan, memiliki arti bahwa reaksi kimia jumlahnya.
Parameter
Protein Ligan
AG (kkallmol) Klnhibisi (!J:M) L::Interaksi Hidrogen
a-mangostin -8,43 0,66 3
~-mangostin -7,79 1,93 2
AKT-Kinase
y-mangostin -7,96 1,45 6
gemsitabin -5,73 62,71 6
Tabel 2 menunjukkan kontak residll asam kekuatan kompleks protein dan ligan yang
amino antara protein Akt Kinase dan ligan. terbentuk. Jarak ikatan antara y-mangostin dan
Ligan a-mangostin , ~-mangostin , dan y gemsitabin yang terbentuk dengan protein
mangostin mempunyai kontak yang hampir tampak tidak terlalu berbeda. Berdasarkan hal
sama dengan residu protein, yaitu residu asam tersebut y-mangostin diprediksikan dapat
amino Glu 228, dan Ala 230. Selain banyaknya berpotensi untuk dapat menghambat protein
interaksi residu asam amino, Jarak interaksi Akt Kinase.
ikat n : ang dekat juga dapat mempengaruhi
381 Harry Noviardi et.al. (Perbandingan Inhibisi a-Mangostin ... )
Tabel 2. Kontak Residu Asam Amino Protein Akt Kinase dan Ligan
Liga~ Residu Jarak lnteraksi
Asam Amino (A.)
a-mangostin Glu 228 2,0
Ala 230 2,8
Thr291 2,2
~-mangostin Glu 228 2,5
Ala 230 2,9
y-mangostin Lys 179 2,8
Glu 228 1,7
Glu 228 2,2
Ala 230 3,0
Thr 291 2,6
Asp 292 1,8
gemsitabin Leu 156 2,7
Lys 158 2,3
Glu 234 2,9
Tyr437 2,2
Asp 439 1,8
Asp 439 3,0
Visualisasi interaksi an tara protein dan hidrogen merupakan ikan yang terbentuk secara
ligan dapat dilihat dengan menggunakan kovelen antara atom yang memiliki
Pymol. Interaksi antara ligan dan protein elektronegatif besar dengan atom hidrogen.
diharapkan untuk mengganggu stabilitas dan Selain itu terdapat interaksi non-ikatan yang
kinerja enzim. Interaksi ikatan yang terjadi terbentuk, yaitu interaksi elektrostatik dan Van
didominasi oleh ikatan hidrogen. Ikatan Oer Waals.
Gambar 3. Visualisasi 3 Dimensi lnteraksi Kontak Residu lkatan antara Protein Akt Kinase
Ligan a-mangostin (a), /l-mangostin (b), y-mangostin (c), dan Gemsitabin (d)
dengan Program Pymol 1.7
[4]. Doi, H., Shibata, M. A., Shibata, E., [I 2]. Rester, U. 2008. From virtuality to reality
Morimoto, J., Akao, Y., et al. 2009. virtual screening in lead discovery and lead
Panaxanthone isolated from pericarp of optimization: a med' 'nal chemistry
Garcinia mangostana L. Suppresses tumor perspective. Current Opinion in Drug
growth and metastasis of a mouse model of Discovery & Development. I I : 559-568.
rnamary cancer. Anticancer Res. 29:2485
2495. [13]. Sousa, S. F, Fernandes, P. A., Ramos, M.
J. 2006. Protein-ligand docking: current
[5]. Shibata, M. A., Linuma, M., Morimoto, 1. status . and future challenges. Proteins.
et al. 2011. a-Mangostin extracted from 65(1):15-26.
the pericarp of the mangosteen (Garcinia
mangostana Linn) reduces tumor growth [14].Pratheeshkumar, P., Sreekala, c.,
and lymph node metastasis in an Budhraj(l., A., Ding, S., Son, Y., Wang, x.,
immunocompetent xenograft model of et at. Cancer prevention with promising
metastatic mammary cancer carrying a p53 natUlal products: mechanisms of action
mutation. BMC Med. 9:69. and molecular targets. Anti-Cancer Agents
in MedChem. 2012.12:1-26.
[6]. Zhao, G., Deng, S., Zhu, S., Wang, B., Li,
X., Liu, Y, et at. Chronic pancreatitis and [15].Morris, G. M, Huey, R., Lindstrom, W.,
pancreatic cancer demonstrate active Sanner, M. F., Belew, R. K., Goodsell DS,
epithelial-mesenchymal transition profile, Olson AJ. AutoDock4 and