SIMULASI PENAMBATANSTUDI IN SILICO SENYAWA SENYAWA

ISOLAT GOLONGAN XANTHONES XANTON TANAMAN MANGGIS

BEBERAPA TANAMAN SEBAGAI INHIBITORTERHADAP RESEPTOR IL-

6 PADA INFEKSI SEBAGAI ANTI CO SARS-CoVID-19 2

SKRIPSI

Diajukan untuk menempuh ujian sarjana

pada Fakultas Farmasi Universitas Padjadjaran

ELSA DAW CRISTIN

260110170093

FAKULTAS FARMASI
 UNIVERSITAS PADJADJARAN

JATINANGOR

2020

SIMULASI PENAMBATANSTUDI IN SILICO SENYAWA SENYAWA

ISOLAT GOLONGAN XANTHONES XANTON TANAMAN MANGGIS

BEBERAPA TANAMAN SEBAGAI INHIBITORTERHADAP RESEPTOR IL-

6 PADA INFEKSI SEBAGAI ANTI SARS-COoVID-19 2

SKRIPSI

ELSA DAW CRISTIN

260110170093

Jatinangor, MeiFebruari 2021

Menyetujui,
 Pembimbing Utama Pembimbing Pendamping

Dr. Apt. Sandra Megantara, M.Farm. Prof. Apt. Muchtaridi, M.Si., Ph.D.

NIP 198304202015041003 NIP. 197406021999031001

 i

ABSTRAK

Pada tanggal 10 Mei, kasus CovidCOVID- 19 di Dunia sudah mencapai lebih dari
158 juta jiwa dengan jumlah kematian lebih dari 3,29 juta jiwa dan kasus sembuh
mencapai lebih dari 94 juta jiwa. Di Indonesia, kasus CovidCOVID- 19 sudah
menyentuh angka 1,7 juta jiwa dengan jumlah kematian mencapai 46.842 juga dan
berhasil sembuh 1,56 juta jiwa. CovidCOVID- 19 menginfeksi dengan cara mengikat
sisi aktif protein spike pada virus ke reseptor ACE2 pada tubuh manusia. Saat ini,
obat farmakologi yang telah disetujui oleh Food and Drug Adminstration (FDA)
sebagai anti covidCOVID- 19 hanya remdesivir. Interleukin 6 merupakan jenis
sitokin yang paling banyak dihasilkan saat terjadi peradangan pada sistem
pernafasan. Xanton terbukti dapat menghambat jumlah IL6 dengan berikatan pada
reseptor IL6 pada sel manusia. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui potensi
senyawa isolat golongan xanton dalam inhibisi IL6. Berdasarkan hasil penelitian
pada 15 senyawa uji, Tovophylline memiliki interaksi yang terbaik terhadap reseptor
Interleukin 6 dengan energi ikatan sebesar -6.35 kkal/mol dan konstanta inhibisi
sebesar 22.30 M, dengan residu ikatan asam amino yang sama dengan ligan alami
dan senyawa pembanding. Senyawa Tovophylline memenuhi aturan Lipinski dan
diserap dengan baik pada usus serta mampu menembus membran pada tingkat
sedang. Tovophylline terikat kuat dengan plasma dan memiliki kemampuan
menembus sawar darah otak yang tinggi. Tovophylline dapat menghambat enzim
CYP1A2, CYP3A4, CYP2C9, dan CYP2C19 akan tetapi tidak menghambat enzim
CYP2D6. Senyawa Tovophylline tidak memiliki sifat karsinogen maupun mutagen.

Kata kunci: CovidCOVID- 19, In Silico, Interleukin 6, Xanton.

 ii

ABSTRACT

On May 10, the number of CovidCOVID- 19 cases in the world had reached more
than 158 million people with a death toll of more than 3.29 million and cases cured
reaching more than 94 million. In Indonesia, the CovidCOVID-19 case has touched
1.7 million people with the number of deaths reaching 46,842 as well and
successfully recovering 1.56 million people. CovidCOVID- 19 infects by binding to
the active side of the spike protein in the virus to the ACE2 receptor in the human
body. Currently, the only pharmacological drug that has been approved by the Food
and Drug Administration (FDA) as anti-covidCOVID- 19 is remdesivir. Interleukin 6
is a type of cytokine that is most often produced when there is inflammation of the
respiratory system. Xanton has been shown to inhibit the amount of IL6 by binding
to IL6 receptors on human cells. This research was conducted to determine the
potential of xanthone group isolates in IL6 inhibition. Based on the results of
research on 15 test compounds, Tovophylline has the best interaction with the
Interleukin 6 receptor with a bond energy of -6.35 kcal / mol and an inhibition
constant of 22.30 M, tovophylline has the same amino acid bond residues as
natural ligands and comparison compounds. Tovophylline is well absorbed in the
intestine and has a moderate ability to penetrate the membrane. Tovophylline is
tightly bound to membranes and has a high ability to cross the blood brain barrier.
Tovophylline can inhibit the CYP1A2, CYP3A4, CYP2C9, and CYP2C19 enzymes
but does not inhibit the CYP2D6 enzyme. Tovophylline compounds do not have
carcinogenic or mutagenic properties.
Keywords: CovidCOVID- 19. In Silico, Interleukin 6, Xanthone.
 iii

KATA PENGANTAR

Segala puji syukur dipanjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa atas segala

kebaikan, rahmat, pertolongan, sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian dan

juga penulisan skripsi dengan judul “Simulasi Penambatan Turunan Senyawa

Xanthones Pada Tanaman Manggis Sebagai Inhibitor Reseptor Il6 Pada Penyakit

SARSars-CoVv- 2” . Skripsi ini di ajukan untuk menempuh ujian sarjana Fakultas

Farmasi Universitas Padjadjaran.

Sebagai penulis, saya menyadari bahwa banyak pihak yang turut ambil

bagian dalam penulisan ini baik secara moril ataupun material, dengan dukungan,

bimbingan, serta doa sehingga penulis dapat menyelesaikan penelitian dengan baik.

Hal ini mendorong penulis untuk mengungkapkan rasa terima kasih dan penghargaan

yang tinggi kepada:

1. Prof. apt. Dr. Ajeng Diantini, M.S., selaku Dekan Fakultas Farmasi,

Universitas Padjadjaran.

2. Dr. apt. Sandra Megantara M.Farm selaku dosen pembimbing utama dan Prof

apt. Muchtaridi M.Farm selaku dosen pendamping yang senantiasa

membimbing dengan sabar dan memberikan penulis arahan dalam

meyelesaikan penelitian ini.

 iv

3. Prof apt Sri Adi M Farm selaku dosen wali yang selalu membimbing,

member amsukan i masukan dan motivasi terhadap penulis selama

menempuh pendidikan di Fakultas Farmasu Universitas Padjadjaran.

4. Segenap Bapak dan Ibu Dosen Fakultas Farmasi Universitas Padjadjaran atas

segenap ilmu yang sudah diberikan kepada penulis sehingga dapat menajdi

bekal dalam menyelesaikan penelitian ini.

5. Kedua orang tua penulis, yaitu Miduk Situmorang dan Maria Sitorus serta

segenap keluarga besar dan orang orang tersayang, yang senantiasa

memberikan rasa sayaing, nasihat, masukan, dukungan dan juga tak berhenti

membawa saya dalam doa mereka.

6. Kepada Cosner Napitupulu yang selalu mendukung saya baik secara moril,

material, waktu, serta nasihat yang berperan besar dalam menambah motivasi

penulis menyelesaikan penelitian ini.

7. Kepada sahabat terbaik saya Fan Hausen, sahabat saya Wulan, Risa, Natasha,

Oktavia, Ester, Elisha,Gaby.Vina. dan juga Natas, dan juga vinaha yang

selalu mendukung dan membantu penulis dalam menyelesaikan tugas akhir

ini. Selain itu saya juga mengucapkan terima kasih kepada teman-teman

sekelas saya yaitu Shift B mata kuliah dan Shift C praktikum serta Caffeine

angkatan 2017 yang sudah memberikan dukungan kepada penulis dan

berjuang bersama-sama dalam menyelesaikan tugas akhir selama menempuh

pendidikan di Fakultas Farmasi Universitas Padjadjaran.

 v

Penulis sadar betul bahwa selama penulisan skripsi ini, penulis masih

jauh dari kata sempurna. Maka dari itu, penulis terbuka atas saran, kritik, dan

masukan dari semua pihak supaya hasil penelitian ini lebih baik. Penulis juga

berharap bahwa penelitian ini dapat memiliki manfaat terhadap semua pihak

terutama dalam perkembangan ilmu pengetahuan khusunya dalam bidang

Farmasi.

Jatinangor

Penulis
 vi

DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR...................................................................................................i
DAFTAR ISI...............................................................................................................vi
Daftar Gambar........................................................................................................vii

BAB I............................................................................................................................1
1.1. Latar Belakang................................................................................................1

1.2. Identifikasi Masalah........................................................................................3

 vii

1.3. Tujuan Penelitian............................................................................................3

1.4. Kegunaan Penelitian.......................................................................................4

1.5. Metodologi Penelitian.....................................................................................4

1.6. Waktu dan Lokasi Penelitian..........................................................................5

BAB II..........................................................................................................................6
2.1. Coronavirus Disease-19 (COVIDCOVID-19)...........................................6
2.2. SARS- CoV-19...........................................................................................7
2.3. Terapi Pasien COVIDCOVID-19..............................................................9
2.4. IL-6 Sebagai Target Terapi COVIDCOVID-19.......................................10
2.5. Margaric Acid...........................................................................................11
2.6. Senyawa Xanton pada tanaman................................................................12
2.7. Simulasi Penambatan molekuler..............................................................14
2.8. Autodock..................................................................................................15
2.9. Pre-ADMET.............................................................................................16
BAB III.......................................................................................................................18
3.1. Alat………………………………………………………………………...18
3.2. Bahan………………………….…………………………………………...19
3.3. Metode……………….…………………………………………………….20
BAB IV.......................................................................................................................24
4.1. Preparasi Reseptor dan Ligan.......................................................................24
4.2. Preparasi Senyawa Uji Isolat Golongan Xanton..........................................25
4.3. Parameter Penambatan Molekular (Molecular Docking).............................25
4.4. Uji Penambatan Molekular...........................................................................25
4.5. Kesesuaian dengan Aturan Lipinski.............................................................31
4.6. Prediksi Absorbsi, Distribusi dan Toksisitas................................................33
BAB V........................................................................................................................38
5.1. Simpulan.......................................................................................................38

5.2. Saran.............................................................................................................38
 viii

DAFTAR PUSTAKA.................................................................................................40
LAMPIRAN 1............................................................................................................49
LAMPIRAN 2............................................................................................................54

Daftar Gambar

Gambar Halaman
2.1. Skema Penyebaran CovidCOVID Yang Terkonfirmasi Di Dunia………..
……….....6
2.2. Struktur Virus SARS Cov-2…………………………………………..……...8
2.3. Skema Hiperinflamasi CovidCOVID 19 Oleh IL-6…………..…….
……………..........10
2.4. Struktur Utama Xanton……………………………………….…….………12
4.1. Struktur 3d IL6 Yang Sudah Terkompleks Dengan Asam Tartarat Dan
Ion Sulfat…………………………………………………….
…………...........24
4.2. Interaksi Molekular Antara Asam Tartarat Dengan IL6 (b) Interaksi
margararic acid (pembanding) dengan IL6………………………………...29
4.3. Interaksi Molekular Antara Tovophylline dengan IL6 (b) Interaksi molekular
Antara 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-prenyl xanthone dengan
IL6………………………………………………………………..……........29
4.4. Interaksi molekular antara IL6 dengan Paxanthone……………….........….49
4.5. Interaksi molekular antara IL6 dengan 6-Deoxyjacaerubin…...…………...49
4.6. Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan 1,3,7-trihydroxy-6-methoxy-8-
prenyl xanthone………………………………………………………...
……….....49
4.7. Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan 1,3,7-trihydroxy-2,8-di- (3-
methylbut2-enyl) ………………………………...…………………………50
4.8. Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan 2-deprenylrheediaxanthone B
……………………………………………………………………………..50
4.9. Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan 8-deoxygartanin………………...50
4.10. Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan Garcinone……………………….51
 ix

4.11. Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan caloxaanthone………………..…51

4.12. Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan Jacaerubin…………………..….51
4.13. Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan Trapezifolixanthone………….....52
4.14. Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan Padiaxanthone………….............52
4.15. Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan Gartanin……………………......52
4.16. Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan Garcinone………………….…...53

Daftar Tabel

4. 1. Struktur 2D senyawa uji dan senyawa pembanding……………………....28

4.2. Hasil penambatan molekular ligan alami, standar (komtrol positif), dan
senyawa uji dengan protein
IL6…………………………………………..30
4.3. Parameter aturan lipinski senyawa asam margarat, Tovophylline B,
1,3,6,7-tetrahydroxy-8-prenyl xanthone, 2-deprenylrheediaxanthone
B………………………………………………………………....
…………….….32
4.4. Prediksi ADME dan Toksisitas Tovophylline B, 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-
prenyl xanthone dan 2-deprenylrheediaxanthone
B……………...............33
4.5. Prediksi metabolisme senyawa Tovophylline B, 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-
prenyl xanthone dan 2-deprenylrheediaxanthone……………………......36
 1

BAB I

PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang

1.2.

1.3.

Pasien corona terdeteksi pertama kali di daerah Wuhan, China, pada bulan

desember 2019. ITCV (International Committee on Taxonomy of Viruses) menamai

jenis virus penyebab dari penyakit tersebut adalah SARS- CoOV-2 (Hu et al,2020)

yang berkembang sangat cepat dan sangat mudah sehingga menyebabkan pandemi

global. Usia dan penyakit penyerta merupakan faktor yang dapat memperparah

kondisi infeksi virus tersebut (Vellas et al., 2020). Dilansir dari data WHO hingga 27

Jjanuari pasien yang terinfeksi virus SARS- CoVov- 2 mencapai 100.881.388 jiwa

dan sudah menyebabkan kematian 2.168.336 jiwa dengan data pasien yang sembuh

sebanyak 72.926.260 jiwa (WHO,2020).

Masa inkubasi dari virus SARS- Cov-2 adalah 5-14 hari. Pasien akan

mengalami gejala yang simptomatik seperti batuk kering, demam, lemas, hidung

tersumbat hingga kesulitan bernafas (Wu et al., 2020). Akan tetapi, penderita SARS

-CoV-2 mungkin tidak mengalami gejala apapun (asimtomatis) (Kemenkes RI,2020).

Saat otopsi pada pasien ditemukan bahwa terjadi kerusakan fokal pada sirkulasi paru
 2

mikrovaskuler dan dapat terjadi terus-menerus pada pasien yang telah pulih dari

COVIDCOVID-19 (Kommoss et al., 2020).

Beberapa vaksin untuk virus SARS- Cov-2 sudah diproduksi dan digunakan

dibeberapa negara seperti sinovac dan pfijer. Akan tetapi, efektivitas dari vaksin

tersebut hanya berkisar antara 55-70%. Hal ini masih menimbulkan rasa khawatir

terhadap masyarakat. Oleh sebab itu para ilmuwan masih mengembangkan

kemungkinan terapi terbaik untuk mengatasi wabah corona tersebut.

Salah satu mekanisme dari penghambatan Manifestasi klinis pada pasien

COVID-19replikasi virus SARS Cov adalah dengdapat ditekan denganan cara

memblok menginhibisi reseptor sitokin dalam tubuh seperti interleukin 6 (IL-6).

Ketika terjadi inflamasi pada paru, maka tubuh akan mengeluarkan banyak sitokin.

Hal ini menyebabkan peningkatan proliferasi sel T dan makrofag sehingga terjadi

hiperinflamasi di sel-sel pada organ paru-paru (Song et al., 2019). Suatu penelitian

menyatakan bahwa penggunaan Terapi Tocilizumab penghambatyang berinteraksi

dengan reseptor IL-6 an IL-6 seperti tocilizumab terbukti dapat menyembuhkan

pasien covidCOVID-19 dalam waktu 15 hari (Xu et al, 2020). Tocilizumab adalah

antibodi monoklonal baru yang secara kompetitif menghambat pengikatan

interleukin-6 (IL-6) ke reseptornya (IL-6R) dan mencegah transduksi sinyal IL-6 ke

mediator inflamasi yang menghasilkan sel B dan T (Bailey et al., 2011). Akan tetapi

obat tersebut tergolong mahal yaitu sekitar 7 juta rupiah (Drugs.com, 2020) dan

merupakan protein dengan berat molekul yang besar sehingga dibutuhkan penelitian

lebih lanjut potensi senyawapembanding yang lebih sederhana yang dapat bertindak
 3

sebagai anti IL-6. Selain itu, menurutMenurut studi yang dilakukan oleh Zhou et al,

bahwa bahan alam seperti asam margarat secara in silico dapat mengikat sisi aktif IL-

6 dengan baik secara in silico. Namun, senyawa tersebut memiliki kekurangan dalam

penerimaan oleh tubuh ( Zhou et al., 2014). Hal ini juga menjadi potensi yang besar

dalam penemuan senyawa anti IL-6 dalam pengobatan pasien CovidCOVID-19.

Berdasarkan penelitian yang dilakukan oleh (Yurista et al., 2012) bahwa

aktivitas anti inflamasi pada Xanton mampu menurunkan kadar IL-6 dalam tubuh

dengan baik walaupun tidak mencapai presentase 100%. Oleh sebab itu, maka

dilakukan pengujian secara in silico dalam mengembangkan penemuan anti IL-6 pada

isolate xanton dari berbagai tanaman. Prinsip penelitian ini berdasarkan interaksi

molekular melalui penambatan molecular sehingga didapatkan senyawa pemandu

untuk dilakukkan pengujian secara lebih lanjut. Berdasarkan latar belakang tersebut,

maka akan dilakukan skrining senyawa golongan xanton dari beberapa tanaman

sebagai anti IL-6 dalam penanganan CovidCOVID- 19 dengan menggunakan

margaric acid sebagai pembanding.

1.4. Identifikasi Masalah

1.5.

1. Bagaimana interaksi yang terjadi antara senyawa isolat xanton dari beberapa

tanaman terhadap sitokin interleukin-6 (IL-6)?

2. Bagaimanakah profil bioavabilitas,absorpsi,distribusi, dan toksisitas senyawa

isolat xanton dari beberapa tanaman?

 4

3. Manakah tanamanSenyawa apakah yang mengandung xanton paling potensial

sebagai anti IL-6?

1.6. Tujuan Penelitian

1.7.

1. Mengetahui interaksi yang terjadi antara senyawa isolat xanton dari beberapa

tanaman terhadap sitokin interleukin-6 (IL-6).

2. Mengetahui profil bioavabilitas,absorpsi,distribusi, dan toksisitas senyawa

isolat xanton dari beberapa tanaman.

3. Memperoleh senyawa yang paling potensial sebagai anti IL-6.

1.8. Kegunaan Penelitian

Penelitian ini diharapkan dapat memberikan informasi ilmiah mengenai

senyawa pemandu isolate xanton dari beberapa tanaman dalam inhibisi IL-6 yang

meningkat saat terjadi inflamasi pada pasien covidCOVID- 19 sehingga dapat

dikembangkan sebagai terapi anti CovidCOVID- 19.

1.9. Metodologi Penelitian

Penelitian dilakukan secara in silico. Tahapan yang dilakukan adalah:

1. Menyiapkan reseptor IL-6 sebagai makromolekul dengan cara mengunduh

protein dengan format .pdb pada situs www.rscb.org, kemudian memisahkan

kompleks antara reseptor dan ligan pembawa yang telah diunduh. Kemudian
 5

dilakukan validasi metode dengan aplikasi autodock 1.5.6 yaitu penambatan

ulang terhadap ligan pembawa yang sudah dipisahkan dari reseptor setelah itu

diamati nilai RSMD nya.

2. Tahapan kedua yaitu struktur 3D senyawa isolate xanton yang diperoleh dari

PubChem database yang kemudian dilakukan optimasi dan minimasi ligan

3. Dilakukan simulasi penambatan antara reseptor IL-6 dengan senyawa isolat

xanton analisis hasil simulasi berdasarkan afinitas ikatan dan konformasi ligan

tersebut.

4. Tahapan selanjutnya yaitu simulasi penambatan yaitu dengan melakukan

preparasi reseptor, preparasi ligan, dan membuat parameter grid kemudian

dilakukan proses penambatan dengan autodock 1.5.6,kemudian dilakukan

analisis terhadap hasil penambatan yang dilakukan.

1.10. Waktu dan Lokasi Penelitian

Penelitian dilaksanakan pada bulan Februari 2020 hingga selesai, di

Laboratorium Analisis Farmasi dan Kimia Medisinal, Fakultas Farmasi,

Universitas Padjadjaran, Jatinangor.

6
 BAB II

TINJAUAN PUSTAKA

2.1. Coronavirus Disease-19 (COVIDCOVID-19)

Pandemi covidCOVID-19 pertama kali ditemukan di Wuhan, Cina pada

Desember 2020. Coronavirus menyebar dengan cepat dan meluas. Dilansir dari

data WHO hingga 27 januari pasien yang terinfeksi virus SARS- Cov- 2

mencapai 100.881.388 jiwa dan sudah menyebabkan kematian 2.168.336 jiwa

dengan data pasien yang sembuh sebanyak 72.926.260 jiwa (WHO,2020).

 8

Gambar 2.1 Skema Penyebaran CovidCOVID Yang Terkonfirmasi Di Dunia (WHO,2020).

SARS- CoV-2 dapat dideteksi pada spesimen nasofaring, dahak, cairan mata,

feses, dan darah (Zhibin Wang et al., 2017). Namun, spesimen yang paling sering

berpotensi menularkan penyakit inSARS-CoV-19i adalah adalah melalui tetesan

 9

pernafasan dan kontak fisik (Huang et al., 2020). Transmisi terjadi pada saat pasien

berjarak 1-1,5 meter dari individu yang tertular sehingga beresiko menularkan tetesan

pada konjungtiva. Hingga saat ini, penularan melalui udara belum terbukti. ((P. Zhou

et al., 2020). Pasien CovidCOVID-19 akan meningkatkan resiko komplikasi

persalinan dan premature (Liu et al., 2020). Gejala infeksi CovidCOVID-19 yang

dilaporkan bervariasi dan tergantung pada factor tertentu seperti usia dan penyakit

penyerta. (Cascella et al, 2020). Namun, lebih dari setengah pasien yang terserang

virus ini mengalami asimtomatik, dan sebagian besar mengalami gejala seperti

influenza yaitu demam, batuk, sakit tenggorokan, pilek, lesu, pusing dan kehilangan

fungsi penciuman (Siripanthong et al., 2020) Sekitar 10-15% penderita mengalami

gejala yang parah dan 2% mengalami kematian (Huang et al., 2020). Pasien akan

menunjukkan gejala pada hari ke-5 setelah terpapar dan waktu dari timbulnya gejala

hingga kematian adalah 10-18 hari (Hu et al., 2010).

2.2. SARS CoV-19

Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus- 2 (SARS- CoV-2)

merupakan sindrom penyakit pernafasan akut parah yang termasuk kedalam golongan

coronavirus. Virus ini berukuran partikel 120-160 nm, utamanya menginfeksi hewan,

termasuk di antaranya adalah kelelawar dan unta (Yoshikawa et al., 2009). Terdapat 4

jenis corona yaitu ∝- coronavirus (alphaCoV), β – coronavirus (betaCoV), δ –

 10

coronavirus (deltaCoV), γ- coronavirus (gammaCoV). Coronavirus yang menjadi

etiologi COVIDCOVID-19 adalah genus betacoronavirus  yang termasuk subgenus

Sarbecovirus dan dinamakan SARS-CoV-2 (Gennaro et al., 2020). SARS- Cov-2

merupakan virus RNA yang beruntai tunggal. (Rokni et al,2020). Mekanisme utama

virus tersebut adalah menginfekai bronkiolus dan alveoli pada paru-paru (Tse et al.,

2020). Struktur SARS- CoV- 2, protein inilah yang berinteraksi dengan protein

lainnya, dan berperan dalam homeostasis intraseluler virus, juga dalam sensitisasi

inang oleh virus (Prajapat et al,2020) jenis protein tersebut adalah protein

nukleokapsid yang terikat pada asam nukleat (N) , protein membran berfungsi dalam

pemeliharaan bentuk virus envelope (M) (Wu et al., 2020), protein Envelope yang

berfungsi dalam pematangan virus (E), dan protein spike yang berfungsi sebagai

transmembran (S) (Li et al., 2020)

Gambar 2 2 Struktur Virus SARS Cov-2 (Zhang et al., 2020)

Mekanisme kerja dari virus SARS- CoV-2 diawali dengan penempelan virus

pada sel target melalui interaksi antara protein sel host dengan protein spike (interaksi

enzim konversi angiotensin-2 [ACE-2] dalam SARS-CoV-2). Setelah pengenalan

 11

reseptor, genom virus dengan nukleokapsid dilepaskan ke dalam sitoplasma sel inang.

Genom virus tersebut mengandung gen ORF1a dan ORF1b, yang menghasilkan dua

PPs yaitu pp1a dan pp1b. Protein yang telah disintesis seperti M, E, dan S

dimasukkan ke dalam retikulum endoplasma (ER) kompleks kompartemen golgi

menengah (ERGIC) dan membentuk struktur pembungkus virus. Setelah virus

memasuki sel, virus akan ditandai sebagai antigen dan akan dipresentasikan oleh

antigen presenting cell (APC) ke molekul major histocompatibility complex (MHC)

kelas I. Antigen tersebut selanjutnya akan menstimulasi respon imun yang dimediasi

oleh sel T dan sel B yang akan menyebabkan terjadinya pelepasan sitokin terhadap

patogen dan kemokin pro-inflamasi,yang menyebabkan kerusakan jaringan paru-paru,

penurunan fungsi paru-paru, dan akhirnya gagal paru-paru pada beberapa kasus yang

menyebabkan kematian (Xiao et al., 2020).

2.3. Terapi Pasien COVIDCOVID-19

Hingga saat ini, belum ada terapi yang ditentukan untuk mencegah atau

mengobati pasien terkonfirmasi COVIDCOVID-19 (Xiao et al., 2020). Akan tetapi

banyak penelitian yang sudah dilakukan untuk mengembangkan potensi terapi

COVIDCOVID-19. Institut Kesehatan Nasional AS telah menerbitkan pedoman

sementara untuk penanganan medis COVIDCOVID- 19 yang diperbarui secara

berkkala meskipun belum ada obat yang terbukti aman dan efektif (National Institut
 12

of Health,2020) umumnya menggunakan obat antivirus (remdesivir, lopinavir,

ritonavir), antikoagulan (kebanyakan heparin dengan berat molekul yang rendah),

inhibitor interleukin 1 dan 6 (sarilumab tocilizumab) ( Bhimraj,2020) Lebih dari 800

uji coba telah terdaftar sebagai kandidat terapi COVIDCOVID-19 (Zhai et al., 2020).

Pilihan lain dalam terapi COVIDCOVID- 19 meliputi vitamin (C dan D), antibiotik

(azitromisin), antivirus (Oseltamivir atau Favipiravir), pengobatan simptomatis, dan

obat-obatan suportif Pantivirus (Favipiravir atau Remdesivir), antikoagulan

(LMWH/UFH), Deksametason, obat supurtif lain sesuai indikasi. (PDPI et al., 2020).

2.4. IL-6 Sebagai Target Terapi COVIDCOVID-19

Gambar 2 3 skema hiperinflamasi COVIDCOVID 19 oleh IL-6 (Siripanthong et al., 2020).

IL-6 merupakan suatu pro-inflammatory cytokine yang dihasilkan dari

berbagai jenis sel, seperti limfosit, monosit, dan fibroblast. Infeksi yang disebabkan
 13

Corona Virus SARS menyebabkan pelepasan IL-6 pada sel epitel bronkial.

Peningkatan presentasi IL-6 berperan sebagai mediator yang terjadinya severe

systemic inflammatory response. Mekanisme yang paling umum dari IL-6 dalam

menyebabkan inflamasi melalui interaksinya terhadap reseptor IL-6 (IL-6R).

Komplek IL-6 dengan reseptor tersebut akan berinteraksi dengan gp130

(Glycoprotein-130) sehingga mengaktifkan pensinyalan sel dan ekspresi gen. Pada

tahapan selanjutnya, jalur yang teraktivasi menyebabkan proliferasi sel, diferensiasi,

stres oksidatif, dan regulasi imun (Atal & Fatima, 2020). Jumlah serum IL-6 yang

tinggi adalah karakteristik yang biasa terjadi pada sindrom pelepasan sitokin. IL-6

adalah indikator klinis kematian pada COVIDCOVID-19. Penekanan jumlah IL6

dapat menjadi alternatif dalam mengurangi angka kematian pada pasien

COVIDCOVID-19 (ESC,2020). Aktivasi secara massif sistem imun selain

meningkatkan kadar sitokin juga menyebabkan aktivasi sel T, sel , sel endothelium,

sel-sel dendrit, monosit, Natural Killer Cells, dan limfosit (Fu et al., 2020). Saat ini,

terdapat beberapa anti-IL-6 berupa antibodi monoklonal yang telah disetujui

penggunaannya secara klinis, meliputi siltuximab yang ditargetkan pada IL-6 serta

tocilizumab dan sarilumab yang ditargetkan pada IL-6R (Crisafulli & Pagliaro, 2020)
 14

2.5. Margaric Acid

2.6.

Margaric acid atau asam heptadecanoic merupakan jenis asam lemak jenuh.

Margaric acid juga terkandung dalam jaringan adiposa kita. Senyawa ini dapat

berpotensi sebagai anti tumor. Melalui sebuah studi, margaric acid memiliki

hubungan yang berbanding terbalik dengan kadar IL-6 pada manusia dalam berbagai

usia. Jumlah margaric acid dalam tubuh manusia yang tinggi menyebabkan

penurunan pada kadar IL-6 (P. Wang et al., 2011). Selain itu, terdapat studi secara in

silico yang menunjukkan bahwa margaric acid juga memiliki peran dalam

pembentukan kompleks melalui interaksi ikatan hidrogen dengan residu asam amino

ARG179 pada IL-6 (W. Zhou et al., 2014)

2.7. Senyawa Xanton pada tanaman

2.6.1. Xanton

Xanton merupakan isolate bioaktif dari tanaman alam kelas polihroksilasi dan

memiliki aktivitas biologis antiinflamasi, antioksidan,sitotoksik,antidiabetes, aktivitas

antimikroba, dan hepatoprotektif serta menghambat oksidasi asam monoamine (Chen

et al., 2018)). Xanton disintesis melalui siklisasi dari turunan benzofenon yang
 15

diperoleh dari tumbuhan tingkat tinggi seperti Gentianaceae, Hypericaceae, dan

Clusiaceae (Tocci et al., 2018).

Gambar 2.4. Struktur utama xanton (Khattab & Farag, 2020).

2.6.2. Xanton Pada Buah Manggis

Buah manggis (Garcinia mangostana L.) termasuk kedalam keluarga

clusiaceae. Buah manggis tersebut telah digunakan dibeberapa negara sebagai

antiinflamasi. Berdasarkan penelitian, buah manggis kaya akan kandungan

benzopenone dan xanton, beberapa dari senyawa tersebut memiliki aktivitas

farmakologi yang luas seperti antiinflamasi, sitotoksik, dan antimikroba(Sriyatep et

al., 2015). Isolat xanton yang berasal dari pericarp buah manggis diantaranya

mangostanin, 8-deoxygartanin, gartanin, garcinone, trapezifolixanthone,

padiaxanthone, tovophyllin A, 1,5,8-trihydroxy-3-methoxy-2 [3-metil-2-butenil] ,

garcinone B, 1,3,7-trihydroxy-2,8-di- (3-methylbut2-enyl) xanthone, mangostenone,

2-geranyl-1,3,5-trihydroxyxanthone (mangostinone), dan 1,7-dihydroxy-2- (3-

methylbut-2-enyl) -3-methoxyxanthone (Nilar & Harrison, 2002).

 16

2.6.3. Xanton pada Hypericum perforatum

Hypericum perforatum atau St.John’s Wort merupakan tumbuhan yang biasa

digunakan sebagai antibiotik dan pengobatan tradisional untuk luka (Ng et al,2017).

Senyawa isolate xanton yang terdapat pada St.John’s Wort adalah 1,3,6,7-

tetrahydroxy-8-prenyl xanthone; 1,3,6,7-Tetrahydroxy-2-prenyl xanthone; 1,3,7-

hydroxy-6-methoxy-8-prenyl xanthon dan; paxanthone. (Franklin et al., 2009)

2.6.4. Xanton pada Calophyllum inophyllum

Calophyllum inophyllum merupakan tanaman yang tersebar di daerah

Yunnan, Guangxi,Taiwan dan Tiongkok. Tumbuhan ini biasa digunakan sebagai obat

tradisional untuk penyakit mata,luka, rematik, dan inflamasi. Isolat xanton pada

tanaman ini telah ditemukan yaitu caloxanthone, 2-deprenylrheediaxanthone B,

jacareubin, dan 6-deoxyjacareubin (W. Zhou et al., 2014).

2.8. Simulasi Penambatan molekuler

Kimia komputasi adalah cabang ilmu yang menerapkan aplikasi kimi dengan

perangkat computer dengan tujuan menentukan sifat-sifat dari suatu molekul beserta
 17

perubahannya secara kuantitatif. Keuntungan dari metode pemodelan komputasi

Yaitu dapat menghitung dan menentukan sifat molekul yang bersifat kompleks

dengan hasil yang akurat dan cepat (Priyanto, 2016). Penambatan molekuler

bertujuan dalam melakukan prediksi terhadap konformasi dan juga afinitas sisi aktif

makromolekul (reseptor) dengan ligan. (Trott & Olson, 2009). Pemodelan molekuler

dilakukan secara in silico in silico dengan menggunakan struktur 3D protein yang

banyak dimanfaatkan dalam desain dan pengembangan senyawa lead sebagi kandidat

obat baru (Histo et al., 2014). Interaksi antara ligan dan molekul target diidentifikasi

melalui metode molekuler docking. Prediksi afinitas ikatan ligan terhadap protein

akan membentuk kompleks yang stabil melalui orientasi dengan energi bebas ikatan

minimum juga dapat dilakukan melalui metode penambatan molekuler (Ferreira et

al., 2015). Interaksi yang terbentuk meliputi interaksi intermolekuler, meliputi ikatan

hidrogen, ikatan ionik, interaksi hidrofobik, dan ikatan van der Waals.

Ikatan ligan-protein hanya bisa terjadi apabila perubahan energi bebas Gibbs

(ΔG) sistem bernilai negatif saat sistem mencapai kesetimbangan pada suhu dan

tekanan tetap. Akibatnya, nilai ΔG menentukan kestabilan kompleks ligan-protein,

begitu juga afinitas ligan terhadap reseptor target. Perubahan energi bebas ditentukan

pada kondisi tekanan 1 atm, suhu 298 K, dan konsentrasi efektif reaktan (ligan dan

protein) sebesar 1 M (Du et al., 2016)

 18

2.9. Autodock

Autodock merupakan perangkat lunak yang digunakan untuk menambatkan

dan memprediksi afinitas ikatan dan energi bebas suatu senyawa antara ligan dan

target reseptor. AutodockTools dapat diunduh melalui website secara gratis. ( Morris

et al 2009). Program komputasi AutoDock menerapkan prinsip basis medan gaya

energi bebas empiris dengan metode algoritma genetik Lamarckian (Forli et al,2016).

2.10. Pre-ADMET

Pre-ADMET adalah aplikasi berbasis web yang berfungsi dalam prediksi data

ADME (Absropsi,Distribusi,Metabolisme, Eliminasi) dan toksisitas. Tahapan ini

dilakukan sebagai parameter mengenai kelayakan suatu kandidat obat untuk

diproduksi. Pre-ADMET dilakukan dengan cara in-silico dan dapat menekan biaya

penelitian. Pemodelan secara in silico dengan propereti ADMET dapat dibagi

menjadi 3 kategori yaitu:

1. Pemodelan molekuler

2. Pemodelan farmakokinetik berbasis fisiologi

3. Pemodelan statistik.

Pendekatan pemodelan molekuler meliputi metode kuantum dan mekanika klasik,

pemodelan homologi dan model farmakofor. Farmakokinetik berbasis fisiologis

mencari identitas ADME dengan cara simulasi farmakokinetik obat di seluruh

organisme. Pemodelan statistik diterapkan ketika mekanisme molekuler dari properti

ADMET tidak jelas atau tidak dapat dimodelkan secara efisien pada tingkat
 19

molekuler dan sebagian besar digunakan Struktur Kuantitatif - Hubungan Aktivitas

(QSAR) (Gola et al., 2006)

Aplikasi Pre-ADMET dapat memprediksi profil ADME dan toksisitas suatu

senyawa aktif dengan cepat. Dalam absorpsi, Pre-ADMET memberikan model

prediksi untuk pengujian sel Caco-2 dan sel MDCK. Selain itu, model in silico HIA

(Human Intestinal Absorption) dan model permeabilitas kulit dapat memprediksi dan

mengidentifikasi obat potensial dalam penghantaran obat secara oral dan transdermal

(Yonsei Engineering Research Complex, 2020). Profil distribusi diprediksi dengan

menggunakan metode penetrasi BBB (Blood Brain Barrier) atau PBB (Plasma Brain

Barrier). Prediksi toksisitas pada Pre-ADMET meliputi mutagenisitas spesies Ames

Salmonella TA100, TA98, TA1535 dan rodent carcinogenecity 2-year assay pada

tikus dan mencit dengan eliminasi mundur dan metode jaringan saraf tiruan ( Yonsei

Engineering Research Complex, 2017).

 BAB III

METODE PENELITIAN

3.1. Alat

Perangkat keras yang digunakan adalah personal computer dengan spesifikasi

Intel® Core™ i3-1005G1 CPU @ 1.20GHz 1.19GHz RAM 4,00 GB, Perangkat

lunak yang digunakan dapat diunduh secara gratis melalui web. Aplikasi yang

digunakan yaitu:

1. Program ChemDraw Ultra 12.0 dan Chem3D Pro 12.0 (PerkinElmer Inc.,

diunduh di http://www.cambridgesoft.com/ ) yang digunakan untuk

menggambar struktur 2D dan struktur 3D senyawa.

2. Program AutoDock 4.2.6 dan AutoDockTools 1.5.6 (The Scripps Research

Institute, diunduh di http://www.autodock.scripps.edu /) untuk melakukan

simulasi penambatan molekuler.

3. Program BIOVIA Discovery Studio 2017 yang diunduh di

http://www.accelrys.com/ untuk memvisualisasikan kompleks pdb, ikatan

antara ligan dengan sitokin interleukin-6 (IL-6), optimasi geometri, dan

overlay pada proses validasi.

4. Program Pre-ADMET yang diakses dalam jaringan

https://preadmet.bmdrc.kr/adme/ untuk prediksi absorpsi, distribusi, dan

toksisitas senyawa isolat golongan xanton beberapa tanaman.

 21

3.2. Bahan

Bahan yang digunakan meliputi struktur tiga dimensi sitokin interleukin-6

(IL-6) yang diunduh dari Protein Data Bank (PDB) (http://www.rscb.org/)

dengan kode ID 1ALU, struktur margaric acid

(https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/Heptadecanoic-acid) sebagai

senyawa standar, dan 8 isolat golongan xanton dari manggis, 4 isolat golongan

xanton dari Hypericum perforatum dan 4 isolat golongan xanton dari

Calophyllum inophyllum yang meliputi:

1. Mangostanin

2. 8-deoxygartanin

3. gartanin,

4. garcinone,

5. trapezifolixanthone,

6. padiaxanthone,

7. tovophylline A

8. 1,3,7-trihydroxy-2,8-di- (3-methylbut2-enyl)

9. Paxanthone

10. 1,3,6,7- dan 1,3,5,6-tetrahydroxyxanthones

11. 1,7-dihydroxyxanthone

12. xanthonolignoid "cadensin G"

 22

13. caloxanthone

14. 2-deprenylrheediaxanthone B

15. Jacareubin

16. 6-deoxyjacareubin (Wei et al,2014).

Struktur tiga dimensi margaric acid dan seluruh senyawa uji digambarkan

menggunakan perangkat lunak ChemDraw Ultra 12.0.

3.3. Metode

3.3.1. Simulasi Penambatan molekuler (Moleculer Docking)

Berikut beberapa langkah yang dilakukan dalam proses simulasi

penambatan molekuler:

a. Persiapan reseptor

Reseptor yang digunakan adalah hasil penggambaran kristalografi sinar

X dari sitokin interleukin-6 (IL-6) yang diperoleh dari Protein Data Bank

(PDB) dengan kode ID: 1ALU yang telah dikompleks dengan molekul asam

tartarat (tartaric acid) dan empat ion sulfat. Ligan yang sudah terkompleks

tersebut dipisahkan dengan ligan pembawanya. Menghapus molekul air yang

ada didalam IL-6 menggunakan aplikasi BIOVA Discovery Studio 2017 untuk

mendapatkan struktur murni sitokin interleukin-6 (IL-6) kemudian file disimpan

dalam format .pdb. Tahapan selanjutnya yaitu dengan menjalankan IL-6 dengan

perangkat lunak ADT yntyk menambahkan atom hidrogen pada meni “Edit

kemudian klik hydrogen, klik Add “ kemudian pilih menu “Polar Only”, setelah

itu menambah Kollman charges pada menu “Edit, lalu klik Charges, lalu klik
 23

Add Kollman Charges” dan simpan file tersebut dalam format .pdbqt. Ligan

standar kemudian dipisahkan dari molekul air dan IL-6, lalu menyimpan dalam

format .pdb. Kemudian ligan standar dijalankan pada perangkat lunak

Autodock untuk menambah atom hydrogen. Setelah itu menambahkan

Computer Gasteiger dari menu “Edit lalu klik Charges,Computer Gasteiger”

kemudian menyimpan dalam format .pdbqt.

b. Persiapan Ligan Uji dan Pembanding

Margaric acid yang berperan sebagai senyawa standar dan 16 senyawa

isolate golongan xanton dari buah manggis, Hypericum perforatum ,dan

Calophyllum inophyllum sebagai senyawa uji. Kemudian masing-masing

struktur 2D Digambar terlebih dahulu dengan menggunakan perangkat lunak

ChemDraw Ultra 12.0 kemudian menyimpan dalam format .cdx. Setelah itu

semua senyawa yang telah disiapkan diminimisasi terlebih dahulu energinya

dengan MM2 (Molecular Mechanic-2). Seluruh ligan kemudian disimpan

dalam bentuk ekstensi .pdb.

c. Validasi Metode Kimia Komputasi

Langkah ini bertujuan untuk melakukan pembuktian secara valid

metode yang digunakan. Saat memvalidasi metode penambatan molekul,

dilakukan penambatan ulang (re-docking) ligan terhadap reseptornya yang

sudah dipisahkan terlebih dahulu. Ligan yang dipilih untuk validasi penambatan

molekuler adalah asam tartarat. Parameter konformasi hasil penambatan adalah

memiliki nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) dibawah 2,0 A.

 24

d. Simulasi penambatan molekuler

Reseptor dan ligan uji serta ligan pembanding yang telah disiapkan

kemudian dibuat parameter grid melalui map type dan menentukan grid box

yaitu Batasan wilayah penambatan molekuler terhadap reseptor. Parameter grid

yang digunakan adalah kotak 40x40x40 dengan jarak 0,375 Å dan disesuaikan

dengan sisi aktif IL-6 pada koordinat x = -7,677; y = -12,743; dan z = 0,007.

Lalu autogrid dijalankan, file disimpan dalam berkas dengan format .glg.

Kemudian dilakukan parameter penambatan molekuler dengan menambahkan

parameter Lamarckian melalui menu “Docking,SearchParameters lalu klik

GeneticAlgorithmParameters”, lalu mengatur Number of GA Runs menjadi

1000 kali pengulangan dan menyimpan berkas dalam format .dpf. Setelah itu

dilakukan kalkulasi penambatan molekuler, kemudian berkas disimpan dalam

format .dlg.

3.3.2. Prediksi Absorbsi, Distribusi, dan Toksisitas Berbasis Ligan

Melakukan analisis profil farmakokinetik senyawa isolate xanton dari

beberapa tumbuhan dengan menggunakan program Pre-ADMET 2.0, parameter

farmakokinetik yang ditentukan yaitu: a. parameter absorpsi menggunakan nilai

Human Intestinal Asorption (HIA) dan sel Caco2, parameter distribusi

menggunakan Plasma Protein Binding (PPB) dan Blood Brain Barrier (BBB),
 25

parameter metabolism yaitu Human Liver Microsomes (HLM) dan inhibitor CYP,

serta parameter toksisitas yaitu mutagenisitas dan karsinogenisitas.

3.3.3. Analisis Data

Analisis data dilakukan dengan cara melihat nilai afinitas ikatan dan

visualisasi interaksi antara ligan dengan interleukin-6 (IL-6). Adapun visualisasi

interaksi molekuler hasil penambatan masing-masing senyawa dilakukan dengan

menggunakan perangkat lunak BIOVIA Discovery Studio 2017 terhadap berkas

hasil kalkulasi penambatan molekuler dengan ekstensi .dlg yang memiliki

informasi mengenai konformasi ligan, konstanta inhibisi, dan afinitas ikatan.

 26

BAB IV

PEMBAHASAN

4.1. Preparasi Reseptor dan Ligan

Gambar 4. 1 Struktur 3d IL6 Yang Sudah Terkompleks Dengan Asam Tartarat Dan Ion
Sulfat

Struktur 3 dimensi dari reseptor didownload terlebih dahulu melalui Protein Data

Bank (PDB) pada website https://www.rcsb.org/ dengan PDB ID 1ALU dan

merupakan struktur kristal pada manusia yang dibentuk melalui difraksi sinar X
 27

dengan nilai resolusi 1.90 A°. Ligan yang sudah terkomplek dengan Ligand Binding

Domain, yaitu asam tartarat atau disebut juga dengan ligan alami. Reseptor akan

dipisahkan dengan pembentuk komplek dengan ligan alami untuk dilakukan re-

docking.

Struktur kristal 3D dari reseptor IL-6 juga terkomplek dengan ion asam sulfat

dan molekul air. Ikatan tersebut menyebabkan proses re-docking dan docking

menjadi lebih komplek. Oleh sebab itu, maka dibutuhkan penghilangan pengomplek

tersebut dengan menggunakan perangkat lunak BIOVIAS Discovery Studio 2017.

Tujuan penghapusan air adalah mencegah terbentuknya ikatan hidrogen melalui

molekul air dengan ligan, sehingga interaksi ligan dan reseptor dapat diamati lebih

baik. Pada saat melakukan docking, perangkat lunak tetap akan menambahkan

hidrogen sehingga penghapusan tersebut tidak terlalu berpengaruh pada hasil.

4.2. Preparasi Senyawa Uji Isolat Golongan Xanton

Senyawa uji yang akan dilakukan penambatan molecular terlebih dahulu

Digambar secara manual dengan menggunakan chemdraw perangkat lunak

ChemDraw Ultra 12.0. Setelah senyawa digambar, kemudian disimpan dalam bentuk

ekstensi .cdx. dan diubah dalam bentuk 3D nya dengan menggunakan Chem3D Pro

12.0. Pada saat pembentukan struktur 3D dilakukan pula minimisasi energi dengan

menggunakan perangkat lunak yang sama. Tujuan proses minimisasi energi adalah

untuk mencari bentuk struktur yang paling baik. Setelah proses tersebut selesai
 28

kemudian senyawa uji disimpan dalam bentuk .pdb. dan dapat dilakukan penambatan

molekular.

Tabel 4. 1. Struktur 2D senyawa uji dan senyawa pembanding

No Nama Senyawa Struktur 2D

1. Margaric Acid

2. Mangostanin

3. 8-deoxygartanin

4. trapezifolixanthone

5. Gartanin

6. Garcinone D
 29

7. Padiaxanton

8. Tovophylline B

9. 1,3,7-trihydroxy-2,8-di-
(3 methylbut2-enyl)

10. 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-
prenyl xanthone

11. 1,3,7-trihydroxy-6-
methoxy-8-prenyl
xanthone

12. paxanthone
 30

13. caloxaanthone

14. 2-
deprenylrheediaxanthone
B

15. jacareubin

16. 6-deoxyjacareubin
 25

4.3. Parameter Penambatan Molekular (Molecular Docking)

Validasi metode penambatan molekular dilakukan menggunakan perangkat lunak

autodock 4.2 dan autodockTools 1.5.6. dengan menambatkan ulang (re-docking)

reseptor Interleukin-6 terhadap ligan alaminya yaitu asam tartarat yang telah

dipisahkan terlebih dahulu dari bentuk kompleks nya. Hasil dari validasi yang

didapatkan adalah koordinat grid box dan juga nilai RMSD. RMSD adalah

perbandingan letak konformasi ligan sebelum dan setelah dilakukan re-docking.

Persyaratan untuk nilai RMSD pada validasi adalah ≤ 2,0 Å (Puratchikody et al.,

2016). Nilai RMSD yang diperoleh dari validasi metode adalah 1.422 Å. Penetapan

grid box dilakukan melalui pengaturan parameter grid dengan volume ruang kotak

sebesar 40 × 40 × 40 titik dengan jarak antartitik sebesar 0,375 Å yang dipusatkan

pada sisi aktif dari IL-6 PDB ID: 1ALU (dimensi x = -7,677; y = −12,743; dan z =

0,007). Energi bebas Gibbs yang diperoleh adalah -5.01 (kkal/mol). Berdasarkan

penambatan ulang yang dilakukan, disimpulkan bahwa hasil yang diperoleh

memenuhi persyaratan dan penelitian dapat dilanjutkan.

4.4. Uji Penambatan Molekular

Penambatan molekular senyawa uji isolat golongan xanton terhadap interleukin 6

dilakukan dengan menggunakan perangkat lunak autodock 4.2. Senyawa uji terlebih
 26

dahulu dipreparasi seperti langkah pada validasi metode yang telah dilakukan. Hasil

penambatan molecular Interleukin 6 dengan senyawa uji isolate golongan xanton dari

beberapa tanaman dapat dilihat pada table berikut.

Tabel 4.2 Hasil penambatan molekular ligan alami, standar (komtrol positif), dan

senyawa uji dengan protein IL6.

No Nama Senyawa Afinitas Konstanta Interaksi dengan Asam

Ikatan Inhibisi Amino

Hidrogen Hidrofobik
1 Asam tartarat -5.01 212.61 Arg182; -

Arg179;

Gln175
2 Asam margarat -4.38 617.54 Arg179; Leu33;

Arg182 Leu178
3. Mangostanin -5.29 132.49 Arg179; Leu178;

Arg30 Gln175

Leu33
4. 8-deoxygartanin -5.11 180.24 Arg30; Leu178

Arg182; Leu33

Arg179
5. trapezifolixanthone -5.36 117.57 Gln175 Leu178;

Leu33
6. Gartanin -5.04 203.20 Gln179; Leu178;

Arg179 Arg30

Leu33
 27

7. Garcinone -5.47 98.38 Arg182; Leu178

Arg179
8. padiaxanthone -5.39 111.50 Arg182; -

Arg179;

Gln175
9. Tovophylline B -6.35 22.30 Arg179; Arg182;

Gln175 Leu178;

Leu33
10. 1,3,7-trihydroxy 2,8- -5.65 71.67 Arg179; Gln175;

di-(3 methylbut2-enyl) Ser176 Leu178;

Arg30;

Leu33
11. 1,3,6,7-tetrahydroxy- -5.51 90.81 Gln175; Leu178;

8-prenyl xanthone Arg179 Arg182

Leu33
12. 1,3,7-trihydroxy-6- -5.75 61.43 Arg182; Leu178

methoxy-8-prenyl Asp26;

xanthone Arg30
13. Paxanthone -5.77 58.47 Gln175; Leu178;

Arg179 Arg182
14. caloxanthone -6.02 38.58 Arg179; Arg30;

Gln175 Leu178;
15. 2- -5.78 58.35 Arg179; Leu178

deprenylrheediaxanth Asp26;

one B Arg30;
 28

Arg182;
16. jacareubin -5.65 71.71 Ser176; Leu178;

Arg179 Arg182
17. 6-deoxyjacareubin -5.41 107.68 Arg179; Leu178;

Gln175 Arg182
 29

Pada proses penambatan molekular, ada beberapa parameter penilaian

terhadap hasil docking pengujian. Parameter tersebut adalah energi ikatan, konstanta

inhibisi, dan konformasi ikatan antara senyawa uji dengan reseptor Interleukin 6.

Nilai energi ikatan yang semakin negatif menandakan bahwa kompleks yang terjadi

antara IL-6 dengan senyawa uji terikat semakin stabil. Berdasarkan hasil penelitian

yang diperoleh diketahui bahwa senyawa isolate xanthone yang berasal dari tanaman

manggis yaitu tovophylline memiliki ikatan energi paling besar dibanding dengan 14

senyawa uji lain bahkan senyawa pembandingnya yaitu asam margarat.

Parameter konstanta inhibisi berbanding lurus dengan jumlah dosis yang

(b)

dibutuhkan dalam aktivitas farmakologisnya. Semakin kecil nilai konstanta inhibisi

maka dosis yang dibutuhkan semakin kecil pula. Senyawa uji tovophylline memiliki

konstanta inhibisi paling rendah dari senyawa uji lainnya yaitu sebesar 22.30 M.

Parameter komformasi ikatan menunjukkan ikatan asam amino yang

(a) terbentuk melalui kompleks senyawa ligan

dengan reseptor. IL-6 memiliki 4 heliks pada

Gambar 4.2 (a) Interaksi Molekular Antara Asam Tartarat Dengan IL6 (b) Interaksi margaric
acid (pembanding) dengan IL6

struktur4. 3proteinnya.
Gambar Ikatan hidrofobik
(a) Interaksi Molekular pada inti
Antara Tovophylline IL6IL6berfungsi
dengan (b) Interaksiuntuk
Molekular Antara 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-prenyl xanthone dengan IL6
mempertahankan. urutan heliks. Pada heliks tersebut interaksi asam amino yang

berperan adalah Arg179; Asp26; Arg30; Arg182; Arg30; Leu178; Ser176; Gln175,
 30

Leu33. Senyawa uji yang diamati mengandung setidaknya satu asam amino yang

sama dengan residu ligan alami sehingga dapat disimpulkan bahwa senyawa uji

tersebut juga berpotensi mengikat sisi reseptor IL6. Jenis interaksi ligan juga

merupakan hal penting dalam penelitian ini. Ada dua jenis interaksi yang perlu

diperhatikan yaitu ikatan hidrogen dan hidrofobik. Ligan alami asam tartarat

(Gambar 4.2 (a)) membentuk ikatan hidrogen Arg182; Arg179; Gln175 dan tidak

membentuk interaksi hidrofobik. Sedangkan senyawa pembanding asam margaric

(Gambar 4.2 (b)) membentuk ikatan hidrogen Arg179 dan Arg182 serta membentuk

ikatan hidrofobik Leu33 dan Leu 178. Senyawa uji tovophylline A (Gambar 4.3 (a))

memiliki kesamaan asam amino terhadap ligan standar juga ligan alami. Ikatan

hidrogen pada tovophylline bersesuaian dengan ikatan hidrogen yang terdapat pada

senyawa standar maupun ligan alami. Sedangkan ikatan hidrofobik pada senyawa

tovophylline memiliki kesamaan dengan ikatan hidrofobik pada senyawa standar.

Selain itu, senyawa tovophylline juga memiliki nilai afinitas ikatan paling tinggi

dibandingkan dengan senyawa uji lainnya. Hal ini dapat terjadi karena semakin

banyak ikatan hidrofobik yang terbentuk. Senyawa 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-prenyl

 31

xanthone (Gambar 4.3 (b)) juga memiliki kesamaan urutan asam amino dengan

Tovophlline dengan energi ikatan sebesar -5.51 M. Senyawa tersebut merupakan

isolasi golongan xanton dari tanaman Hypericum perforatum.

4.5. Kesesuaian dengan Aturan Lipinski

Analisis obat berdasarkan metode aturan Lipinski Rule of Five dilakukan

untuk melihat kemiripan ligan uji dengan obat yang telah ada dan berdasarkan

kemiripan senyawa terhadap obat oral (Syahputra,2014). Aturan lipinski membantu

dalam mengamati permeabilitas obat terhadap lipid bilayer pada tubuh target.

Persyaratan Lipinski terdiri dari berat molekul (BM) tidak boleh diatas 500 g/ml,

tidak memiliki nilai koefisien partisi (logP) yang lebih dari 5, jumlah ikatan donor

dan ikatan hidrogen harus kurang dari 5, serta akseptor ikatan yang dimiliki harus

lebih kecil dari 10. (Lipinski,2004).

Apabila senyawa uji memiliki berat molekul lebih dari 500 Da, maka senyawa

tersebut sulit menembus membrane sel. Nilai log P lebih besar dari 5 menandakan

bahwa senyawa tersebut semakin bersifat lipofil atau terikat sangat kuat dengan

membran sehingga sulit untuk mengenali enzim target dan juga bersifat toksik.

Namun nilai logP yang terlalu kecil atau bernilai negatif juga tidak baik karena akan

sulit untuk menembus membran lipid bilayer. Donor dan akseptor ikatan hidrogen

merupakan besaran kapasitas ikatan hidrogen. Apabila kapasitas hidrogen semakin

tinggi, maka energi yang dibutuhkan untuk proses absorpsi semakin tinggi pula.

(Brito, 2011). Secara umum, Lipinski rules of 5 menunjukkan kelarutan senyawa

 32

tertentu dalam menembus membrane secara difusi pasif (Syahputra,2014). Senyawa

uji dikatakan memenuhi persyaratan untuk dibentuk sediaan oral apabila tidak lebih

dari satu pelanggaran terhadap aturan Lipinski (Lipinski,2004).

Tabel 4.3 Parameter aturan lipinski senyawa asam margarat, Tovophylline B, 1,3,6,7-
tetrahydroxy-8-prenyl xanthone, 2-deprenylrheediaxanthone B
No Berat Log Ikatan Hidrogen Keteranga
Nama Molekul
. Molekul P Akseptor Donor n
Asam margarat
1 270 0,05 6 5 Memenuhi

8 Tovophylline B 460 6.23 5 2 Memenuhi

1,3,6,7-
10 tetrahydroxy-8- 328 3.27 5 4 Memenuhi
prenyl xanthone
2-

14 deprenylrheediax 328 3.12 5 3 Memenuhi

anthone B

Berdasarkan Tabel 4.3 senyawa asam margarat, 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-prenyl

xanthone, Tovophylline B, 2-deprenylrheediaxanthone B memenuhi aturan Lipinski

dan memenuhi persyaratan untuk sediaan oral dan dapat dilakukan penelitian lebih

lanjut untuk profil farmakokinetiknya.

4.6. Prediksi Absorbsi, Distribusi dan Toksisitas

Senyawa lead harus memiliki sifat ADME yang baik dan tidak beracun. Senyawa

uji tersebut dievaluasi profil ADME nya terhadap koefisien partisi, kelarutan,

kemiripan dengan obat (Suhud et al., 2019). Uji ADME dan toksisitas dapat
 33

dilakukan melalui situs berbasis web. Prediksi absorpsi yang diuji adalah Human

Intestinal Absorption (HIA) dan nilai permease sel CaCO2. Uji distribusi yang diukur

yaitu Protein Plasma Binding (PPB) dan Blood Brain Barrier (BBB), profil

metabolism yang diukur yaitu inhibitor CYP dan profil toksisitas yang diuji adalah

karsinogenesitas dan mutagenesitas.

Table 4.4 Prediksi ADME dan Toksisitas Tovophylline B, 1,3,6,7-

tetrahydroxy-8-prenyl xanthone dan 2-deprenylrheediaxanthone B
No Nama Molekul HIA Sel PPB BBB Karsinogen Mutagen

CaCO2
1 Margaric acid 98.4 27.16 100 9.66 Tidak Ya
2 Tovophylline B 93.26 25.14 95.91 4.77 Tidak Tidak
3 1,3,6,7- 81.12 19.99 99.03 0.48 Ya Tidak

tetrahydroxy-8-

prenyl xanthone
4 2- 88.59 18.7289 98.13 1.24 Tidak Tidak

deprenylrheedia

xanthone B

Tabel 4.4 menunjukan profil absorpsi, distribusi, metabolisme dan toksisitas

dari 3 senyawa uji dengan kandidat terbaik. Nilai HIA menunjukkan jumlah senyawa

aktif yang dapat diserap oleh usus dihitung berdasarkan senyawa yang diekskresikan

melalui feses, urin dan empedu (Zhao et al., 2001). Berdasarkan kriterianya HIA

dapat diserap baik apabila persentase penyerapan 70-100%, diserap dengan lemah

pada rentang 20-70% dan absorpsi buruk pada rentang 0-20%. Berdasarkan hasil uji,
 34

keempat senyawa tersebut dapat diserap dengan baik karena berapa diatas rentang

70%.

Sel CaCO2 yang banyak terletak pada epitel usus besar manusia. Parameter ini

diukur untuk memprediksi permeabilitas penyerapan senyawa pada sediaan oral

secara in vitro (Yamashita et al., 2000). Uji permeabilitas CaCO2 dilakukan pada

kondisi pH 7.4. Hal ini didasarkan pada pH optimum di usus besar manusia. Ada 3

kategori untuk menilai permeabilitas dari sel CaCO2 yaitu <4 buruk, 4-70 sedang, dan

berada diatas 70 tergolong kedalam permeabilitas yang baik. Berdasarkan hasil yang

diperoleh, senyawa Tovophylline B, 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-prenyl xanthone dan 2-

deprenylrheediaxanthone B memiliki kemampuan permeabilitas yang sedang.

Parameter Plasma Protein Binding dilakukan untuk melihat jumlah senyawa

aktif yang terikat pada protein plasma. Pada umumnya, senyawa yang tidak terikat

dengan protein plasma pada tubuh manusia yang akan mencapai pada target dan

menghasilkan aktivitas farmakologi. Oleh sebab itu, jumlah senyawa tidak terikat

memngaruhi waktu dan efektivitas kerja obat[ CITATION Boh13 \l 1033 ]. Persentase PPB

diatas 90% menunjukkan bahwa senyawa terikat kuat, dan apabila dibawah 90%

menunjukkan senyawa tersebut terikat dengan lemah. Berdasarkan hasil penelitian

didapatkan bahwa Tovophylline B, 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-prenyl xanthone dan 2-

deprenylrheediaxanthone terikat kuat dengan membran. Namun senyawa

tovophylline memiliki nilai PPB paling kecil diantara keempat senyawa yaitu pada
 35

rentang 95.91% yang artinya senyawa tersebut masih memiliki 5% bentuk tidak

terikat dengan membran dan sampai ke target reseptor.

Blood Brain Barrier (BBB) merupakan penghalang yang memisahkan otak

dan sistem saraf pusat dengan aliran darah. Untuk obat yang bekerja pada sistem saraf

pusat harus melewati penghalang tersebut agar efek terapeutik yang diinginkan dapat

tercapai (Clark & Clark, 2003). Sebaliknya, apabila kerja obat tidak terjadi di system

saraf pusat namun dapat menembus penghalang tersebut maka dapat menimbulkan

efek samping yang tidak diinginkan. Dalam transportasi senyawa kedalam dan keluar

otak terdapat pembawa yaitu P-glikoprotein (Zhuang Wang et al., 2018). Nilai BBB

dapat dikategorikan kedalam 3 golongan, yaitu >2,0 Menembus sawar otak dengan

baik, 1,00-2,00 sedang, <1 rendah. Senyawa Margaric acid (pembanding) dan

Tovophylline memiliki kemampuan menembus sawar darah otak dengan baik,

sedangkan senyawa 2-deprenylrheediaxanthone B memiliki kemampuan sedang, dan

senyawa 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-prenyl xanthone memiliki nilai BBB <1 atau

kemampuan menembus sawar darah otak yang lemah. Maka dapat disimpulkan

bahwa senyawa 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-prenyl xanthone di eksklusi dari senyawa lead

sebagai anti Sars CoV-2.

Prediksi parameter toksisitas diukur berdasarkan karsinogenesitas dan

mutagenesitas. Pada Tabel 4.4 disimpulkan bahwa senyawa 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-

prenyl xanthone bersifat karsinogen namun tidak memiliki sifat mutagen sehingga

perlu dilakukan penelitian lebih lanjut. Senyawa Tovophylline B, dan 2-

 36

deprenylrheediaxanthone tidak bersifat karsinogen maupun mutagen sehingga dapat

disimpulkan merupakan senyawa lead yang baik sebagai anti CovidCOVID-19.

Table 4.5 Prediksi metabolisme senyawa Tovophylline B, 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-

prenyl xanthone dan 2-deprenylrheediaxanthone

Inhibitor CYP
No. Nama Molekul
3A4 2D6 2C9 2C19
1 Tovophylline B Ya Tidak Ya Ya
1,3,6,7-

2 tetrahydroxy-8- Ya Tidak Ya Ya

prenyl xanthone
2-

3 deprenylrheedia Ya Tidak Ya Tidak

xanthone B

Sitokrom P450 merupakan enzim metabolism xenobiotic utama pada

manusia. Terdapat 57 isoform dari enzim tersebut. Akan tetapi 5 isoform utama yang

meliputi CYP1A2, CYP3A4, CYP2C9, CYP2C19, dan CYP2D6 memiliki peran 90%

dalam semua metabolik manusia termasuk metabolism karsinogen. Interaksi yang

terjadi antara obat dan tubuh merupakan pertimbangan penting dalam menemukan

obat baru. Senyawa aktif yang menghambat enzim sitokrom P450 dapat

menyebabkan efek samping yang merugikan pada pasien. Berdasarkan Tabel 4.5

bahwa Tovophylline B, 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-prenyl xanthone dan 2-

deprenylrheediaxanthone menginhibisi CYP 3A4 dan 2C9. Senyawa Tovophylline B

 37

dan 1,3,6,7-tetrahydroxy-8-prenyl xanthone memiliki kemampuan menghambat CYP

2C9, dan tidak ada satupun senyawa yang menghambat enzim CYP 3A4.

BAB V

SIMPULAN DAN SARAN

5.1. Simpulan

1. Berdasarkan hasil pengujian, Tovophylline memiliki interaksi yang terbaik

terhadap reseptor Interleukin 6 dengan energi ikatan sebesar -6.35 kkal/mol

dan konstanta inhibisi sebesar 22.30 M, tovophylline memiliki residu ikatan

asam amino yang sama dengan ligan alami dan senyawa pembanding yaitu

Arg179; Gln175; Arg182; Leu178; Leu33.

 38

2. Berdasarkan nilai farmakokinetik, senyawa tovophylline memiliki nilai HIA

sebesar 98.4% dan permeabilitas sel CaCO2 sebesar 27.16. Hasil tersebut

menunjukkan bahwa senyawa tovophylline dapat diserap dengan baik pada

usus dan kemampuan menembus membran yang sedang. Nilai PPB dari

senyawa Tovophylline sebesar 95,91% dan BBB 4,77 sehingga senyawa

tersebut terikat kuat dengan membran dan memiliki kemampuan menembus

sawar darah otak yang tinggi. Tovophylline dapat menghambat enzim

CYP1A2, CYP3A4, CYP2C9, dan CYP2C19 akan tetapi tidak menghambat

enzim CYP2D6. Senyawa Tovophylline tidak memiliki sifat karsinogen

(penyebab kanker) maupun mutagen (mutase pada gen).

5.2. Saran

Penelitian lebih lanjut disarankan untuk meningkatkan kemampuan

dalam menembus membran, menurunkan kemampuan pengikatan pada

protein plasma, prediksi rute sintesis, melakukan sintesis senyaw, uji in vitri,

ex vivo dan in vivo, uji toksisitas akut maupun subkronik, studi preformulasi,

formulasi, uji klinik tahap I-IV, dan sampai tahap produksi serta pemasaran.
 39

DAFTAR PUSTAKA

Adarsh Bhimraj, Rebecca L Morgan, Amy Hirsch Shumaker, Valery Lavergne,

Lindsey Baden, Vincent Chi-Chung Cheng, Kathryn M Edwards, Rajesh

Gandhi, William J Muller, John C O’Horo, Shmuel Shoham, M Hassan Murad,

Reem A Mustafa, Shahnaz Sultan, Y. F.-Y. (2020). Infectious Diseases Society

of America guidelines on the treatment and management of patients with

COVIDCOVID-19. Clinical Infectious Diseases, ciaa478.

Atal, S., & Fatima, Z. (2020). IL-6 Inhibitors in the Treatment of Serious

COVIDCOVID-19: A Promising Therapy? Pharmaceutical Medicine, 34(4),

 40

223–231. https://doi.org/10.1007/s40290-020-00342-z

Bailey, D. M., Williams, C., Betts, J. A., Thompson, D., & Hurst, T. L. (2011).

Oxidative stress, inflammation and recovery of muscle function after damaging

exercise: Effect of 6-week mixed antioxidant supplementation. European

Journal of Applied Physiology, 111(6), 925–936.

https://doi.org/10.1007/s00421-010-1718-x

Brito, M. A. de. (2011). Pharmacokinetic study with computational tools in the

medicinal chemistry course. Brazilian Journal of Pharmaceutical Sciences,

47(4), 797–805. https://doi.org/10.1590/S1984-82502011000400017

Cascella M, Rajnik M, Cuomo A, Dulebohn SC, D. N. R. (2020). Features,

Evaluation, and Treatment of Coronavirus. In: StatPearls. StatPearls Publishing,

Treasure Island (FL); 2020.E.

Chen, G., Li, Y., Wang, W., & Deng, L. (2018). Bioactivity and pharmacological

properties of α-mangostin from the mangosteen fruit: a review. Expert Opinion

on Therapeutic Patents, 28(5), 415–427.

https://doi.org/10.1080/13543776.2018.1455829

Clark, D. E., & Clark, D. E. (2003). In silico prediction of blood – brain barrier

permeation. 8(20), 927–933.

Complex, Y. E. R. (2017). Description of Pre-ADMET.

https://preadmet.bmdrc.kr/description-of-preadmet/

Crisafulli, A., & Pagliaro, P. (2020). Physical activity/inactivity and COVIDCOVID-

19. European Journal of Preventive Cardiology.

 41

https://doi.org/10.1177/2047487320927597

Di Gennaro, F., Pizzol, D., Marotta, C., Antunes, M., Racalbuto, V., Veronese, N., &

Smith, L. (2020). Coronavirus diseases (COVIDCOVID-19) current status and

future perspectives: A narrative review. International Journal of Environmental

Research and Public Health, 17(8). https://doi.org/10.3390/ijerph17082690

Du, X., Li, Y., Xia, Y. L., Ai, S. M., Liang, J., Sang, P., Ji, X. L., & Liu, S. Q. (2016).

Insights into protein–ligand interactions: Mechanisms, models, and methods.

International Journal of Molecular Sciences, 17(2), 1–34.

https://doi.org/10.3390/ijms17020144

Ferreira, L. G., Dos Santos, R. N., Oliva, G., & Andricopulo, A. D. (2015). Molecular

docking and structure-based drug design strategies. In Molecules (Vol. 20, Issue

7). https://doi.org/10.3390/molecules200713384

Forli, S., Huey, R., Pique, M. E., Sanner, M. F., Goodsell, D. S., & Olson, A. J. (n.d.).

Computational protein–ligand docking and virtual drug screening with the

AutoDock suite. Nature Pro(doi:10.1038/nprot.2016.051).

Franklin, G., Conceição, L. F. R., Kombrink, E., & Dias, A. C. P. (2009). Xanthone

biosynthesis in Hypericum perforatum cells provides antioxidant and

antimicrobial protection upon biotic stress. Phytochemistry, 70(1), 60–68.

https://doi.org/10.1016/j.phytochem.2008.10.016

Fu, L., Wang, B., Yuan, T., Chen, X., Ao, Y., Fitzpatrick, T., Li, P., Zhou, Y., Lin, Y.

fan, Duan, Q., Luo, G., Fan, S., Lu, Y., Feng, A., Zhan, Y., Liang, B., Cai, W.,

Zhang, L., Du, X., … Zou, H. (2020). Clinical characteristics of coronavirus

 42

disease 2019 (COVIDCOVID-19) in China: A systematic review and meta-

analysis. Journal of Infection, 80(6), 656–665.

https://doi.org/10.1016/j.jinf.2020.03.041

GARRETT M. MORRIS, 1RUTH HUEY, 1WILLIAM LINDSTROM, 1MICHEL F.

SANNER, 1RICHARD K. BELEW, 2DAVID S. GOODSELL, 1ARTHUR J.

OLSON. (2009). AutoDock4 and AutoDockTools4: Automated Dockingwith

Selective Receptor Flexibility. J Comp Chem, 30: 2785–2.

Gola, J., Obrezanova, O., Champness, E., & Segall, M. (2006). ADMET property

prediction: The state of the art and current challenges. QSAR and Combinatorial

Science, 25(12), 1172–1180. https://doi.org/10.1002/qsar.200610093

Histo, D. M., Utomo, E. P., & Himawan, T. (2014). Kajian Secara In-Silico Terhadap

Potensi Eugenol dan Sitronelal Sebagai Pestisida Nabati Untuk Pengendalian

Serangga Helopeltis Antonii. Kimia Student Journal, 2, 562–568.

Hu, B. Y., Weick, J. P., Yu, J., Ma, L. X., Zhang, X. Q., Thomson, J. A., & Zhang, S.

C. (2010). Neural differentiation of human induced pluripotent stem cells

follows developmental principles but with variable potency. Proceedings of the

National Academy of Sciences of the United States of America, 107(9), 4335–

4340. https://doi.org/10.1073/pnas.0910012107

Huang, C., Wang, Y., Li, X., Ren, L., Zhao, J., Hu, Y., Zhang, L., Fan, G., Xu, J., Gu,

X., Cheng, Z., Yu, T., Xia, J., Wei, Y., Wu, W., Xie, X., Yin, W., Li, H., Liu,

M., … Cao, B. (2020). Clinical features of patients infected with 2019 novel

coronavirus in Wuhan, China. The Lancet, 395(10223), 497–506.

 43

https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30183-5

Khattab, A. R., & Farag, M. A. (2020). Current status and perspectives of xanthones

production using cultured plant biocatalyst models aided by in-silico tools for its

optimization. Critical Reviews in Biotechnology, 40(3), 415–431.

https://doi.org/10.1080/07388551.2020.1721426

Kommoss, F. K. F., Schwab, C., Tavernar, L., Schreck, J., Wagner, W. L., Merle, U.,

Jonigk, D., Schirmacher, P., & Longerich, T. (2020). Pathologie der schweren

COVIDCOVID-19-bedingten Lungenschädigung. Deutsches Arzteblatt

International, 117(29–30), 500–506. https://doi.org/10.3238/arztebl.2020.0500

Li, Q., Guan, X., Wu, P., Wang, X., Zhou, L., Tong, Y., Ren, R., Leung, K. S. M.,

Lau, E. H. Y., Wong, J. Y., Xing, X., Xiang, N., Wu, Y., Li, C., Chen, Q., Li,

D., Liu, T., Zhao, J., Liu, M., … Feng, Z. (2020). Early Transmission Dynamics

in Wuhan, China, of Novel Coronavirus–Infected Pneumonia. New England

Journal of Medicine, 382(13), 1199–1207.

https://doi.org/10.1056/nejmoa2001316

Lipinski, C. A. 2004. Lead- and Drug-Like Compounds: The Rule-Of-Five

Revolution. Drug Discovery Today: Technologies, 1(4), pp. 337–341.

Liu, Y., Mao, B., Liang, S., Yang, J., Lu, H., Chai, Y., Wang, L., Zhang, L., Li, Q.,

Zhao, L., He, Y., Gu, X., Ji, X., Li, L., Jie, Z., Li, Q., Li, X., Lu, H., Zhang, W.,

… Xu, J.-F. (2020). Association Between Age and Clinical Characteristics and

Outcomes of Coronavirus Disease 2019. SSRN Electronic Journal, 2019.

https://doi.org/10.2139/ssrn.3556689
 44

Nilar, & Harrison, L. J. (2002). Xanthones from the heartwood of Garcinia

mangostana. Phytochemistry, 60(5), 541–548. https://doi.org/10.1016/S0031-

9422(02)00142-5

PDPI, PERKI, PAPDI, PERDATIN, & IDAI. (2020). PEDOMAN TATALAKSANA

COVIDCOVID-19.

Prajapat M, Sarma P, Shekhar N, et al. (2020). Drug targets for corona virus: A

systematic review. Indian Journal Pharmacol, .52(1):56-.

Priyanto, B. (2016). Mempelajari Mekanisme Reaksi Proses Elektrolisis NaCl

Menjadi NaClO. 79–82.

Siripanthong, B., Nazarian, S., Muser, D., Deo, R., Santangeli, P., Khanji, M. Y.,

Cooper, L. T., & Chahal, C. A. A. (2020). Recognizing COVIDCOVID-19–

related myocarditis: The possible pathophysiology and proposed guideline for

diagnosis and management. Heart Rhythm, 17(9), 1463–1471.

https://doi.org/10.1016/j.hrthm.2020.05.001

Song, Z., Xu, Y., Bao, L., Zhang, L., Yu, P., Qu, Y., Zhu, H., Zhao, W., Han, Y., &

Qin, C. (2019). From SARS to MERS, thrusting coronaviruses into the spotlight.

Viruses, 11(1). https://doi.org/10.3390/v11010059

Sriyatep, T., Siridechakorn, I., Maneerat, W., Pansanit, A., Ritthiwigrom, T.,

Andersen, R. J., & Laphookhieo, S. (2015). Bioactive prenylated xanthones

from the young fruits and flowers of Garcinia cowa. Journal of Natural

Products, 78(2), 265–271. https://doi.org/10.1021/np5008476

Suhud, F., Tjahjono, D. H., Yuniarta, T. A., Putra, G. S., & Setiawan, J. (2019).
 45

Molecular docking, drug-likeness, and ADMET study of 1-benzyl-3-

benzoylurea and its analogs against VEGFR-2. IOP Conference Series: Earth

and Environmental Science, 293(1). https://doi.org/10.1088/1755-

1315/293/1/012018

Tocci, N., Gaid, M., Kaftan, F., Belkheir, A. K., Belhadj, I., Liu, B., Svatoš, A.,

Hänsch, R., Pasqua, G., & Beerhues, L. (2018). Exodermis and endodermis are

the sites of xanthone biosynthesis in Hypericum perforatum roots. New

Phytologist, 217(3), 1099–1112. https://doi.org/10.1111/nph.14929

Trott, O., & Olson, A. J. (2009). AutoDock Vina: Improving the speed and accuracy

of docking with a new scoring function, efficient optimization, and

multithreading. Journal of Computational Chemistry, 31, NA-NA.

https://doi.org/10.1002/jcc.21334

Tse, L. V., Meganck, R. M., Graham, R. L., & Baric, R. S. (2020). The Current and

Future State of Vaccines, Antivirals and Gene Therapies Against Emerging

Coronaviruses. Frontiers in Microbiology, 11(April).

https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.00658

Vellas, C., Delobel, P., De Souto Barreto, P., & Izopet, J. (2020). COVIDCOVID-19,

Virology and Geroscience: A Perspective. Journal of Nutrition, Health and

Aging, 24(7), 685–691. https://doi.org/10.1007/s12603-020-1416-2

Wang, P., Zhu, F., & Konstantopoulos, K. (2011). Interleukin-6 synthesis in human

chondrocytes is regulated via the antagonistic actions of prostaglandin (PG)E 2

and 15-deoxy-δ 12,14-PGJ 2. PLoS ONE, 6(11), 1–13.

 46

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0027630

Wang, Zhibin, Wu, G., Liu, H., Xing, N., Sun, Y., Zhai, Y., Yang, B., Kong, A. N.

T., Kuang, H., & Wang, Q. (2017). Cardioprotective effect of the xanthones

from Gentianella acuta against myocardial ischemia/reperfusion injury in

isolated rat heart. Biomedicine and Pharmacotherapy, 93, 626–635.

https://doi.org/10.1016/j.biopha.2017.06.068

Wang, Zhuang, Yang, H., Wu, Z., Wang, T., Li, W., & Tang, Y. (2018). In Silico

Prediction of Blood – Brain Barrier Permeability of Compounds by Machine

Learning and Resampling Methods. 1–14.

https://doi.org/10.1002/cmdc.201800533

Wu, F., Zhao, S., Yu, B., Chen, Y. M., Wang, W., Song, Z. G., Hu, Y., Tao, Z. W.,

Tian, J. H., Pei, Y. Y., Yuan, M. L., Zhang, Y. L., Dai, F. H., Liu, Y., Wang, Q.

M., Zheng, J. J., Xu, L., Holmes, E. C., & Zhang, Y. Z. (2020). A new

coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature,

579(7798), 265–269. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2008-3

Xiao, K., Zhai, J., Feng, Y., Zhou, N., Zhang, X., Zou, J. J., Li, N., Guo, Y., Li, X.,

Shen, X., Zhang, Z., Shu, F., Huang, W., Li, Y., Zhang, Z., Chen, R. A., Wu, Y.

J., Peng, S. M., Huang, M., … Shen, Y. (2020). Isolation of SARS-CoV-2-

related coronavirus from Malayan pangolins. Nature, 583(7815), 286–289.

https://doi.org/10.1038/s41586-020-2313-x

Xu, X., Han, M., Li, T., Sun, W., Wang, D., Fu, B., Zhou, Y., Zheng, X., Yang, Y.,

Li, X., Zhang, X., Pan, A., & Wei, H. (2020). Effective treatment of severe
 47

COVIDCOVID-19 patients with tocilizumab. Proceedings of the National

Academy of Sciences of the United States of America, 117(20), 10970–10975.

https://doi.org/10.1073/pnas.2005615117

Yamashita, S., Furubayashi, T., Kataoka, M., Sakane, T., Sezaki, H., & Tokuda, H.

(2000). Optimized conditions for prediction of intestinal drug permeability using

Caco-2 cells. European Journal of Pharmaceutical Sciences, 10(3), 195–204.

https://doi.org/10.1016/S0928-0987(00)00076-2

Yoshikawa, T., Hill, T., Li, K., Peters, C. J., & Tseng, C.-T. K. (2009). Severe Acute

Respiratory Syndrome (SARS) Coronavirus-Induced Lung Epithelial Cytokines

Exacerbate SARS Pathogenesis by Modulating Intrinsic Functions of Monocyte-

Derived Macrophages and Dendritic Cells. Journal of Virology, 83(7), 3039–

3048. https://doi.org/10.1128/jvi.01792-08

Yurista, S. R., Safithri, F., Djunaedi, D., & Sargowo, D. (2012). Effect of Extract

from Pericarp of Mangosteen ( Garcinia Mangostana Linn ) as Anti-

Inflammatory Agent in Rat Models with Atherosclerosis Efek Ekstrak Kulit

Manggis ( Garcinia Mangostana Linn ) sebagai Anti Inflamasi pada Tikus

Model Aterosklerotik. 33(1), 4–9.

Zhai, P., Ding, Y., Wu, X., Long, J., Zhong, Y., & Li, Y. (2020). The epidemiology,

diagnosis and treatment of COVIDCOVID-19. International Journal of

Antimicrobial Agents, 55(5). https://doi.org/10.1016/j.ijantimicag.2020.105955

Zhang, R., Li, Y., Zhang, A. L., Wang, Y., & Molina, M. J. (2020). Identifying

airborne transmission as the dominant route for the spread of COVIDCOVID-

 48

19. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of

America, 117(26), 14857–14863. https://doi.org/10.1073/pnas.2009637117

Zhao, Y. H., Le, J., Abraham, M. H., Hersey, A., Eddershaw, P. J., Luscombe, C. N.,

Boutina, D., Beck, G., Sherborne, B., Cooper, I., & Platts, J. A. (2001).

Evaluation of human intestinal absorption data and subsequent derivation of a

quantitative structure - Activity relationship (QSAR) with the Abraham

descriptors. Journal of Pharmaceutical Sciences, 90(6), 749–784.

https://doi.org/10.1002/jps.1031

Zhou, P., Yang, X. Lou, Wang, X. G., Hu, B., Zhang, L., Zhang, W., Si, H. R., Zhu,

Y., Li, B., Huang, C. L., Chen, H. D., Chen, J., Luo, Y., Guo, H., Jiang, R. Di,

Liu, M. Q., Chen, Y., Shen, X. R., Wang, X., … Shi, Z. L. (2020). A pneumonia

outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature,

579(7798), 270–273. https://doi.org/10.1038/s41586-020-2012-7

Zhou, W., Cai, J. F., Yuan, F., Ma, M., & Yin, F. (2014). In silico targeting of

interleukin-6 by natural compounds. Bangladesh Journal of Pharmacology,

9(3), 371–376. https://doi.org/10.3329/bjp.v9i3.19065

LAMPIRAN 1

Gambar 4.4 Interaksi molekular antara IL6 dengan Paxanthone

 49

Gambar 4. 5 Interaksi molekular antara IL6 dengan 6-Deoxyjacaerubin

Gambar 4. 6 Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan 1,3,7-trihydroxy-6-methoxy-8-prenyl

xanthone

Gambar 4.7 Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan 1,3,7-trihydroxy-2,8-di- (3-methylbut2-

enyl)

Gambar 4.8 Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan 2-deprenylrheediaxanthone B

 50

Gambar 4.9 Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan 8-deoxygartanin

Gambar 4.10 Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan Garcinone

 51

Gambar 4.11 Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan caloxaanthone

Gambar 4.13 Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan Trapezifolixanthone

Gambar 4.12 Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan Jacaerubin

Gambar 4.14 Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan Padiaxanthone

Gambar 4.15 Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan Gartanin

 52

Gambar 4.16 Interaksi Molekular Antara IL6 Dengan Garcinone

 53

LAMPIRAN 2

No Nama Berat Ikatan Hidrogen

Log P Keterangan
. Molekul Molekul Akseptor Donor
Asam
1 270 -0,05 6 5 Memenuhi
margarat

Tidak
2 Mangostanin 408 5.08 5 2
Memenuhi

8-
3 deoxygartani 380 5.08 4 3 Memenuhi
n
trapezifolixa
4 408 5 5 2 Memenuhi
nthone
5 Gartanin 396 4.78 5 4 Memenuhi
6 Garcinone 428 4.28 6 4 Memenuhi
padiaxanthon
7 392 4.72 5 2 Memenuhi
e
Tovophylline
8 460 6.23 5 2 Memenuhi
B
1,3,7-
trihydroxy
9 2,8-di-(3 380 5.08 4 3 Memenuhi
methylbut2-
enyl)
1,3,6,7-
tetrahydroxy-
10 328 3.27 5 4 Memenuhi
8-prenyl
xanthone
 54

1,3,7-
trihydroxy-6-
11 methoxy-8- 342 3.58 5 3 Memenuhi
prenyl
xanthone
12 Paxanthone 340 3.55 5 2 Memenuhi
caloxaanthon
13 460 6.23 5 2 Memenuhi
e
2-
deprenylrhee
14 328 3.12 5 3 Memenuhi
diaxanthone
B
jacareubin
15 326 3.24 5 3 Memenuhi

6-
16 deoxyjacareu 310 3.54 4 2 Memenuhi
bin

No Nama Molekul HIA Sel PPB BBB Karsinoge Mutagen

CaCO2
1 Mangostanin 94.4 33.89 91.58 1.21 Ya Tidak

8
2 8-deoxygartanin 91.8 19.81 96.97 0.00 Ya Tidak

4 3
3 trapezifolixantho 93.9 15.87 85.48 0.24 Tidak Tidak

ne 7
4 Gartanin 86.4 14.25 100 0.01 Ya Ya

5
5 Garcinone 86.5 15.07 94.37 4.11 Tidak Tidak
 55

8
6 padiaxanthone 94.3 31.10 90.25 0.34 Tidak Tidak

5
7 Tovophylline B 93.2 25.14 95.91 4.77 Tidak Tidak

6
8 1,3,7-trihydroxy 91.7 11.12 100 4.13 Tidak Tidak

2,8-di-(3 8

methylbut2-enyl)
9 1,3,6,7- 81.1 19.99 99.03 0.48 Ya Tidak

tetrahydroxy-8- 2

prenyl xanthone
10 1,3,7-trihydroxy- 89.6 20.41 95.39 1.40 Ya Tidak

6-methoxy-8- 95

prenyl xanthone
11 Paxanthone 93.7 23.33 90.07 0.11 Tidak Tidak

7
12 caloxaanthone 95.1 40.61 92.04 2.84 Tidak Tidak

6
13 2- 88.5 18.728 98.13 1.24 Tidak Tidak

deprenylrheedia 9 9

xanthone B
14 jacareubin 0.17 7.10 90.53 0.17 Tidak Tidak
15 6- 93.3 4.03 91.53 0.23 Tidak Ya

deoxyjacareubin 8
 56

Inhibitor CYP
No. Nama Molekul
3A4 2D6 2C9 2C19

1 Tidak Tidak Ya Ya
Mangostanin

2 Tidak Tidak Ya Ya
8-deoxygartanin
trapezifolixantho
3 Tidak Tidak Ya Ya
ne
4 Gartanin Ya Tidak Ya Ya
5 Garcinone Ya Tidak Ya Ya
6 padiaxanthone Ya Tidak Ya Ya
7 Tovophylline B Ya Tidak Ya Ya
1,3,7-trihydroxy

8 2,8-di-(3 Ya Tidak Ya Ya

methylbut2-enyl)
1,3,6,7-

9 tetrahydroxy-8- Ya Tidak Ya Ya

prenyl xanthone
1,3,7-trihydroxy-

10 6-methoxy-8- Ya Tidak Ya Ya

prenyl xanthone
Paxanthone
11 Ya Tidak Ya Ya

caloxaanthone
12 Ya Tidak Ya Ya

2-

13 deprenylrheedia Ya Tidak Ya Tidak

xanthone B
 57

14 jacareubin Ya Tidak Ya Ya

6-
15 Ya Tidak Ya Ya
deoxyjacareubin