ARTIKEL BIOLOGI TENTANG BAKTERI

NAMA : YOSEFA SUSIANTI MORO

NIM : 083210011

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS KEGRURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN

UNIVERSITAS NUSA NIPA INDONESIA

2022

 
Bakteri

Bakteri (nama ilmiah: Bacteria) adalah kelompok mikroorganisme bersel satu yang

diklasifikasikan pada tingkat domain. Bersama dengan domain Archaea, bakteri digolongkan
sebagai prokariota. Sel bakteri memiliki bentuk tertentu, misalnya menyerupai bola, batang,
atau spiral, yang biasanya berukuran beberapa mikrometer. Bakteri merupakan salah satu bentuk
kehidupan pertama yang muncul dan saat ini menghuni sebagian besar habitat di Bumi. Bakteri
dapat hidup di tanah, air, mata air panas yang asam, limbah radioaktif, hingga kerak Bumi.
Bakteri juga menjalin hubungan simbiosis dengan tumbuhan dan hewan. Sebagian besar bakteri
belum diketahui karakternya, dan hanya sekitar 27 persen filum bakteri yang memiliki spesies
yang dapat ditumbuhkan di laboratorium. Studi tentang bakteri disebut bakteriologi, salah satu
cabang mikrobiologi.

Hampir semua hewan bergantung pada bakteri agar mereka dapat bertahan hidup karena hanya
bakteri dan sejumlah arkea yang memiliki gen dan enzim yang diperlukan untuk
menyintesis vitamin B12. Vitamin ini diperoleh hewan melalui rantai makanan atau dihasilkan
oleh mikroorganisme yang hidup dalam sistem pencernaan mereka. Ada sekitar 40 juta sel
bakteri dalam satu gram tanah dan satu juta sel bakteri dalam satu mililiter air tawar. Secara
keseluruhan, ada sekitar 4–6 x 1030 bakteri dan arkea di Bumi, yang membentuk biomassa yang
hanya dilampaui oleh tumbuhan. Bakteri sangat berperan dalam siklus nutrisi, misalnya dalam
proses pengikatan nitrogen dari atmosfer dan dekomposisi mayat. Pada komunitas organisme di
sekitar ventilasi hidrotermal dan ventilasi dingin, bakteri ekstremofil menyediakan nutrisi yang
dibutuhkan untuk menopang kehidupan dengan mengubah senyawa terlarut, seperti hidrogen
sulfida dan metana, menjadi energi.

Pada manusia dan sebagian besar hewan, bakteri paling banyak berada di saluran pencernaan.
Kulit juga dihuni bakteri dalam jumlah besar. Mayoritas bakteri dalam tubuh tidak berbahaya
karena tubuh dilindungi sistem imun. Di samping itu, banyak bakteri yang bermanfaat, terutama
sebagai flora usus. Namun, beberapa spesies bakteri bersifat patogenik dan
menyebabkan penyakit menular, antara lain kolera, sifilis, gonore, antraks, kusta, dan pes.
Penyakit bakterial mematikan yang paling banyak ditemukan adalah infeksi saluran
pernapasan. Tuberkulosis membunuh sekitar dua juta orang per tahun, yang kebanyakan terjadi
di Afrika Sub-Sahara. Antibiotik digunakan untuk mengobati infeksi bakteri dan juga digunakan
dalam pertanian, yang membuat resistansi antibiotik menjadi masalah yang terus berkembang. Di
bidang perindustrian, bakteri berperan penting dalam pengolahan limbah dan
penguraian tumpahan minyak, produksi keju dan yoghurt melalui fermentasi, pemurnian
emas, paladium, tembaga, dan logam lainnya pada sektor pertambangan, serta
dalam bioteknologi seperti pembuatan antibiotik dan bahan kimia lainnya.

Sejarah penemuan

Antony van Leeuwenhoek, orang pertama yang mengamati bakteri melalui mikroskop.

Bakteri merupakan organisme mikroskopik sehingga sulit dideteksi, terutama sebelum

ditemukannya mikroskop. Organisme ini pertama kali diamati pada tahun 1676 oleh Antony van
Leeuwenhoek, pedagang dan ilmuwan Belanda. Ia menggunakan mikroskop berlensa tunggal
yang dirancangnya sendiri. Leeuwenhoek lalu menerbitkan pengamatannya dalam serangkaian
surat kepada Royal Society of London, yang kemudian dipublikasikan dalam bahasa Inggris
pada 1684. Bakteri merupakan objek yang berada dalam batas yang bisa dilihat oleh lensa
sederhana Leeuwenhoek dan tak ada orang lain yang bisa melihatnya selama lebih dari satu
abad. Leeuwenhoek juga mengamati protozoa, yang kesemuanya ia sebut sebagai "hewan kecil".

Pada pertengahan abad ke-19, Ferdinand Cohn, seorang ahli botani

asal Breslau, Prusia (sekarang bagian dari Polandia), tertarik pada bakteri yang tahan panas. Ia
menemukan bahwa sejumlah bakteri membentuk endospora yang resistan terhadap suhu tinggi,
termasuk Bacillus yang mampu beralih dari bentuk vegetatif menjadi endospora dan sebaliknya.
Cohn juga menginisiasi pengelompokan bakteri berdasarkan bentuknya (bulat, batang, filamen,
dan spiral) serta mengembangkan beberapa metode untuk mencegah kontaminasi pada kultur
bakteri, seperti penggunaan kapas sebagai penutup pada tabung reaksi.

Louis Pasteur, ahli kimia Prancis, menemukan bahwa pemanasan dapat membunuh atau
menonaktifkan bakteri dan mikroorganisme lain pada anggur sehingga anggur tersebut tidak
mudah rusak dan memiliki umur simpan yang lebih panjang. Metode ini kemudian
disebut pasteurisasi. Pada periode 1859 hingga 1864, Pasteur membantah konsep pembentukan
spontan melalui eksperimen-eksperimennya yang kemudian diterima secara
luas. Bersama Robert Koch yang hidup sezaman dengannya, Pasteur adalah pendukung
awal teori kuman penyakit. Pada masa itu, mikroorganisme telah diketahui menyebabkan
penyakit menular. Namun, belum ada bukti definitif yang mendukung teori ini sampai Robert
Koch, dokter berkebangsaan Jerman, berhasil mengisolasi dan membuat biakan murni bakteri,
serta menumbuhkannya di laboratorium. Bacillus anthracis dan Mycobacterium
tuberculosis adalah bakteri yang digunakan Koch untuk membuktikan teori kuman penyakit
hingga ia diberikan penghargaan Nobel Fisiologi atau Kedokteran pada 1905. Postulat
Koch yang dirumuskannya untuk menentukan kausalitas antara patogen dan penyakit
infeksi masih dipakai hingga saat ini.

Meskipun berbagai penyakit bakterial telah diketahui, tetapi saat itu belum ada pengobatan yang
memadai. Sekitar tahun 1910, Paul Ehrlich bersama rekan-rekannya
mengembangkan antibiotik sintetis pertama, yaitu Salvarsan (yang kemudian dikenal
sebagai Arsfenamina) untuk mengobati sifilis yang diakibatkan oleh Treponema pallidum.
Ehrlich menerima penghargaan Nobel pada 1908 atas karyanya di bidang imunologi. Ia juga
memelopori penggunaan bahan pewarna untuk mendeteksi dan mengidentifikasi bakteri, yang
menjadi dasar berbagai teknik pewarnaan seperti Ziehl–Neelsen.

Perkembangan besar pada bakteriologi terjadi pada tahun 1977 ketika Carl

Woese memublikasikan bahwa arkea memiliki garis keturunan evolusioner yang terpisah dari
bakteri. Taksonomi filogenetik ini bergantung pada pengurutan RNA ribosomal 16S dan
membagi prokariota menjadi dua domain, sebagai bagian dari sistem tiga domain.
Fosil[sunting | sunting sumber]

Satu kelompok bakteri, sianobakteri atau "blue green algae," telah meninggalkan fosil jauh dari
zaman Prakambrium. Fosil cyanobacteria tertua yang diketahui hingga saat ini berusia hampir
3,5 miliar tahun. Sianobakteri lebih besar dari bakteri pada umumnya, dan dapat mengeluarkan
dinding sel yang tebal. Selain itu, sianobakteri juga dapat membentuk struktur berlapis besar,
yang disebut stromatolit (jika berbentuk kubah) atau onkolit (jika bulat). Struktur ini terbentuk
sebagai alas sianobakteri yang tumbuh di lingkungan akuatik, membentuk sedimen dan
terkadang mengeluarkan kalsium karbonat. Ketika dipotong sangat tipis, sianobakteri dan alga
fosil yang terawetkan dengan baik dapat ditemukan pada fosil stromatolit.

Selain sianobakteri , tidak banyak fosil bakteri yang dipublikasikan. Dalam kondisi tertentu, sel
bakteri dapat di salah pahamkan dengan mineral, terutama dengan pirit atau siderit (besi
karbonat), mineral yang dapat membentuk replika dari sel hidup atau pseudomorphs. Beberapa
bakteri juga mengeluarkan selubung berlapis besi yang terkadang memfosil. Adapula bakteri
yang masuk ke dalam cangkang atau batu dan membentuk saluran mikroskopis di dalam
cangkang; bakteri tersebut disebut sebagai endolitik. Bakteri juga telah ditemukan dalam damar,
fosil resin pohon, dan dalam jaringan mumi.
Morfologi

Berbagai morfologi dan tampilan sel bakteri

Bakteri memiliki berbagai macam bentuk dan ukuran. Sel bakteri besarnya sekitar sepersepuluh
sel eukariota dan biasanya berukuran 0,5 hingga 5 mikrometer. Namun, beberapa spesies bisa
dilihat dengan mata telanjang, misalnya Thiomargarita namibiensis yang panjangnya mencapai
setengah milimeter[38] dan Epulopiscium fishelsoni yang mencapai 0,7 mm. Contoh bakteri
terkecil adalah anggota genus Mycoplasma yang berukuran 0,3 mikrometer, kurang lebih sama
dengan ukuran virus terbesar.[40] Beberapa bakteri bahkan mungkin lebih kecil, tetapi jenis-
jenis bakteri ultramikro ini belum dipahami dengan baik.

Sebagian besar spesies bakteri berbentuk bulat (disebut kokus; dari bahasa Yunani kókkos yang
artinya butir atau biji) atau berbentuk batang (disebut basilus, dari bahasa Latin baculus yang
artinya tongkat). Beberapa jenis bakteri berbentuk seperti batang yang agak melengkung atau
berbentuk koma (disebut vibrio); bakteri-bakteri lainnya bisa berbentuk spiral (disebut spirillum)
atau melingkar rapat (disebut spiroket). Bentuk yang tidak umum juga telah dijumpai, misalnya
bakteri berbentuk bintang.[43] Berbagai macam bentuk ini ditentukan oleh dinding sel bakteri
dan sitoskeleton, yang berperan penting karena dapat memengaruhi kemampuan bakteri dalam
memperoleh nutrisi, menempel pada permukaan, berenang dalam cairan, dan melarikan diri dari
predator.[44][45]
Kisaran ukuran prokariota secara relatif terhadap biomolekul dan organisme lainnya

Banyak spesies bakteri hanya berupa sel tunggal, sementara bakteri yang lain berkelompok
dalam pola yang khas: Neisseria berbentuk diploid (berpasangan), Streptococcus membentuk
rantai, sedangkan Staphylococcus bergerombol bersama-sama menyerupai sekumpulan anggur.
Bakteri juga dapat berkelompok membentuk struktur multiseluler yang lebih besar,
seperti Actinobacteria dengan filamen yang memanjang, miksobakteri yang membentuk agregat,
dan Streptomyces yang mempunyai hifa kompleks. Struktur-struktur multiseluler ini sering kali
hanya terlihat pada kondisi tertentu. Sebagai contoh, ketika kekurangan asam amino,
miksobakteri mendeteksi sel-sel di sekitarnya melalui proses yang dikenal sebagai pengindraan
kuorum untuk bermigrasi menuju satu sama lain dan berkumpul membentuk tubuh buah dengan
panjang hingga 500 mikrometer dan mengandung sekitar 100.000 sel bakteri. Dalam tubuh buah
ini, bakteri-bakteri melakukan tugas terpisah; misalnya, sekitar satu dari sepuluh sel bermigrasi
ke bagian atas tubuh buah dan berdiferensiasi menjadi bentuk dorman khusus yang disebut
miksospora yang lebih tahan terhadap kondisi kering dan keadaan lingkungan yang merugikan.

Bakteri sering kali menempel pada suatu permukaan dan membentuk agregasi padat yang
disebut biofilm, sementara formasi yang lebih besar dikenal sebagai tikar mikrob. Ketebalan
biofilm dan tikar ini sekitar beberapa mikrometer sedangkan kedalamannya dapat mencapai
setengah meter, dan mungkin mengandung banyak spesies bakteri, protista, dan arkea. Bakteri
yang hidup dalam biofilm menampilkan susunan sel dan komponen ekstraseluler yang kompleks,
serta membentuk struktur sekunder, seperti mikrokoloni, yang di dalamnya terdapat jejaring
saluran untuk memungkinkan difusi nutrisi yang lebih baik. Di lingkungan alami, seperti tanah
atau permukaan tumbuhan, sebagian besar bakteri terikat dalam bentuk biofilm. Biofilm
merupakan hal penting dalam kedokteran karena struktur ini sering kali muncul saat infeksi
bakteri berlangsung kronis atau saat terjadi infeksi pada implan peralatan medis. Bakteri yang
terlindung dalam biofilm jauh lebih sulit dibunuh dibandingkan bakteri yang hidup sendiri-
sendiri

Struktur sel

Struktur sel bakteri yang menunjukkan membran plasma, DNA (nukleoid), kapsul, dinding

sel, mesosom, ribosom, sitoplasma, dan flagela

Struktur intraseluler[sunting | sunting sumber]

Sel bakteri dikelilingi oleh membran sel, yang terutama terbuat dari fosfolipid. Membran ini
membungkus isi sel dan menjadi pembatas bagi nutrien, protein, dan komponen-komponen
penting lainnya di sitoplasma agar mereka tetap berada di dalam sel.[53] Tidak seperti eukariota,
sel bakteri biasanya tidak memiliki struktur besar yang terbungkus membran di dalam sitoplasma
mereka, seperti nukleus, mitokondria, kloroplas, dan organel-organel lainnya.[54] Meskipun
demikian, sejumlah bakteri mempunyai organel yang berikatan dengan protein,
contohnya karboksisom, yang menciptakan kompartemen untuk memisahkan aspek-aspek
metabolisme bakteri. Selain itu, bakteri memiliki sitoskeleton multikomponen untuk mengatur
lokalisasi protein dan asam nukleat di dalam sel, serta untuk mengelola proses pembelahan sel.[58]
[59][60]

Banyak reaksi biokimia esensial, seperti pembangkitan energi, terjadi karena adanya gradien
konsentrasi lintas membran. Akibatnya, tercipta perbedaan potensial yang serupa dengan baterai.
Secara umum, kurangnya jumlah membran internal pada bakteri mengakibatkan reaksi-reaksi ini,
misalnya rantai transpor elektron, berlangsung melintasi membran sel, baik antara sitoplasma (di
bagian dalam sel) dengan bagian luar sel ataupun dengan periplasma.[61] Namun, pada banyak
bakteri fotosintetik, membran plasma sangat terlipat dan mengisi sebagian besar sel dengan
lapisan-lapisan membran pengumpul cahaya. Kompleks pengumpul cahaya ini dapat membentuk
struktur yang ditutupi lipid yang disebut klorosom pada bakteri belerang hijau.[63]

Bakteri tidak memiliki nukleus yang terbungkus membran. Materi genetiknya biasanya
berupa nukleoid, yaitu DNA yang terletak di sitoplasma secara ireguler yang
membentuk kromosom melingkar tunggal. Nukleoid mengandung kromosom yang lengkap
dengan struktur protein dan RNA-nya. Seperti semua organisme lain, bakteri
memiliki ribosom untuk menghasilkan protein, tetapi struktur ribosom bakteri berbeda dari
ribosom pada eukariota dan arkea.

Sejumlah bakteri menghasilkan butiran penyimpanan nutrisi di dalam selnya,

seperti glikogen, polifosfat, belerang, atau polihidroksi alkanoat. Beberapa bakteri, seperti
sianobakteri fotosintetik, mempunyai vakuola gas internal yang mereka gunakan untuk mengatur
daya apung sehingga mereka dapat berpindah untuk naik atau turun di dalam lap air yang
memiliki intensitas cahaya dan tingkat nutrisi yang berbeda.

Struktur ekstraseluler[sunting | sunting sumber]

Mikrograf elektron Helicobacter pylori yang mempunyai beberapa flagela di permukaan selnya

Lapisan yang mengelilingi bagian luar membran sel adalah dinding sel. Dinding sel bakteri
terbuat dari peptidoglikan (disebut juga murein), yang disusun oleh rantai polisakarida yang
terhubung secara silang dengan peptida yang mengandung asam amino-D. Dinding sel bakteri
berbeda dari dinding sel tumbuhan dan fungi, yang masing-masing terbuat dari selulosa dan
kitin.[72] Dinding sel bakteri juga berbeda dengan arkea yang tidak mengandung peptidoglikan.
Bagi banyak bakteri, dinding sel sangat penting untuk kelangsungan hidup mereka karena
beberapa zat, misalnya penisilin (antibiotik yang diproduksi oleh jamur Penicillium), mampu
membunuh bakteri dengan menghalangi satu langkah reaksi dalam sintesis peptidoglikan.
Secara garis besar, ada dua jenis dinding sel pada bakteri, yang mengelompokkan bakteri
menjadi bakteri Gram-positif dan bakteri Gram-negatif. Penamaan tersebut didasarkan dari
reaksi sel terhadap pewarnaan Gram, suatu metode yang telah lama dilakukan untuk
mengklasifikasikan jenis bakteri.

Bakteri Gram-positif mempunyai dinding sel tebal yang mengandung banyak lapisan
peptidoglikan dan asam teikoat. Sebaliknya, bakteri Gram-negatif memiliki dinding sel yang
relatif tipis yang terdiri atas beberapa lapisan peptidoglikan yang dikelilingi oleh membran lipida
dwilapis yang mengandung lipopolisakarida dan lipoprotein. Sebagian besar bakteri memiliki
dinding sel bertipe Gram-negatif, dan hanya filum Firmicutes dan Actinobacteria (sebelumnya
masing-masing dikenal sebagai bakteri Gram-positif dengan G+C rendah dan G+C tinggi) yang
memiliki susunan Gram-positif alternatif.[74] Perbedaan struktur ini dapat menghasilkan
perbedaan kerentanan terhadap antibiotik; misalnya, vankomisin hanya dapat membunuh bakteri
Gram-positif dan tidak efektif melawan patogen Gram-negatif, seperti Haemophilus
influenzae atau Pseudomonas aeruginosa.[75] Sebagian bakteri mempunyai struktur dinding sel
yang tidak tergolong Gram-positif atau Gram-negatif, termasuk bakteri yang penting secara
klinis seperti Mycobacterium yang mempunyai dinding sel dengan peptidoglikan tebal seperti
bakteri Gram-positif, tetapi juga memiliki lapisan lipid kedua di bagian luarnya.

Pada banyak bakteri, lapisan-S berupa molekul protein yang tersusun secara kaku menutupi
bagian luar sel. Lapisan ini melindungi permukaan sel secara fisik dan kimiawi dan dapat
bertindak sebagai penghalang difusi makromolekul. Lapisan-S memiliki fungsi yang beragam,
tetapi sebagian besar fungsinya kurang dipahami. Sejauh ini, lapisan-S diketahui bertindak
sebagai faktor virulensi pada Campylobacter dan mengandung enzim permukaan pada Bacillus
stearothermophilus.
Diagram flagela yang pangkalnya menempel pada rotor di permukaan sel bakteri

Banyak bakteri memiliki struktur ekstrasel lainnya seperti flagela, fimbria, dan pili yang

digunakan untuk bergerak, melekat, dan berkonjugasi. Flagela merupakan struktur protein kaku
yang digunakan untuk motilitas. Diameter flagela sekitar 20 nanometer dan panjangnya
mencapai 20 mikrometer. Flagela digerakkan oleh energi yang dilepaskan oleh transfer ion, yang
terjadi karena gradien elektrokimia lintas membran sel. Fimbria (kadang-kadang disebut "pili
yang melekat") adalah filamen protein yang halus, dengan diameter sekitar 2–10 nanometer dan
panjang beberapa mikrometer. Mereka tersebar di permukaan sel dan terlihat seperti rambut
halus bila diamati melalui mikroskop elektron. Fimbria diyakini terlibat dalam perlekatan bakteri
ke permukaan padat atau ke sel lain, dan berperan dalam virulensi beberapa bakteri patogen.
 Sementara itu, pili adalah struktur pelengkap yang sedikit lebih besar dari fimbria. Struktur ini
[81]

disebut sebagai pili konjugasi atau pili kelamin saat menjadi sarana transfer materi genetik
antarsel bakteri dalam proses yang disebut konjugasi (lihat genetika bakteri di bawah). [82] Mereka
juga dapat menghasilkan gerakan yang disebut pili tipe IV.

Beberapa struktur ekstraseluler bakteri: 1-Kapsul, 2-lapisan lendir, 3-biofilm

Banyak bakteri memproduksi glikokaliks untuk mengelilingi sel mereka. Kompleksitas struktur

glikokaliks bervariasi, mulai dari lapisan lendir tak teratur yang terbuat dari zat polimer
ekstraseluler hingga kapsul yang sangat terstruktur. Struktur-struktur ini dapat melindungi sel
bakteri dari sel eukariota, misalnya makrofag (bagian dari sistem imun manusia), yang
hendak menelan mereka. Glikokaliks juga memiliki beberapa peran lain: bertindak sebagai
antigen, terlibat dalam pengenalan sel, serta membantu perlekatan ke suatu permukaan dan
pembentukan biofilm.

Perakitan struktur-struktur ekstraseluler bergantung pada sistem sekresi bakteri, yang

mentransfer protein dari sitoplasma ke periplasma atau ke lingkungan di sekitar sel. Para
ilmuwan telah mengetahui bermacam-macam sistem sekresi bakteri dan menemukan bahwa
struktur-struktur ekstrasel yang dihasilkannya sering kali berperan penting dalam menentukan
virulensi patogen. Oleh karenanya, mereka dipelajari secara intensif.
Endospora[sunting | sunting sumber]
Informasi lebih lanjut: Endospora

Gambaran mikroskop fase kontras bakteri Paenibacillus alvei yang endosporanya terlihat terang

Beberapa genus bakteri Gram-positif,

seperti Bacillus, Clostridium, Sporohalobacter, Anaerobacter, dan Heliobacterium, dapat
membentuk struktur yang sangat resistan yang disebut endospora. Endospora berkembang di
dalam sitoplasma dan umumnya ada satu endospora yang berkembang di setiap sel. Setiap
endospora mengandung DNA dan ribosom yang dikelilingi oleh lapisan korteks dan dilindungi
oleh berlapis-lapis selubung kaku yang terdiri dari peptidoglikan dan berbagai protein.

Endospora tidak menunjukkan tanda-tanda metabolisme dan dapat bertahan dari tekanan fisik
dan kimia, seperti sinar ultraungu, radiasi gama, detergen, disinfektan, panas, pembekuan,
tekanan, dan pengeringan, dalam tingkatan yang ekstrem. Dalam keadaan yang tidak aktif ini,
suatu organisme dapat tetap hidup selama jutaan tahun, dan endospora bahkan memungkinkan
bakteri bertahan hidup pada kondisi hampa udara dan radiasi di ruang angkasa sehingga mungkin
bakteri dapat didistribusikan ke seluruh Alam semesta melalui debu
kosmik, meteoroid, asteroid, komet, planetoid, atau melalui panspermia terarah. Bakteri
pembentuk endospora juga dapat menyebabkan penyakit. Sebagai contoh, antraks dapat
ditularkan dengan menghirup endospora Bacillus anthracis, sementara luka-tusuk dalam yang
terkontaminasi endospora Clostridium tetani dapat menyebabkan tetanus. Selain itu,
endospora Clostridium botulinum membuatnya terlindung dari suhu dan tekanan tinggi pada
pemrosesan makanan kaleng sehingga dapat mengakibatkan keracunan saat dikonsumsi.

Metabolisme
Bakteri menunjukkan tipe metabolisme yang sangat beragam. Perbedaan sifat metabolik dalam
suatu kelompok bakteri awalnya digunakan untuk menentukan taksonomi mereka, tetapi sifat-
sifat ini sering kali tidak selaras dengan klasifikasi modern berbasis genetik. Metabolisme bakteri
dibagi menjadi beberapa kelompok nutrisi berdasarkan tiga kriteria utama: sumber energi, donor
elektron yang digunakan, dan sumber karbon yang digunakan untuk pertumbuhan.

Diagram alir untuk mengelompokkan mikrob berdasarkan karakteristik metabolismenya

Bakteri memperoleh energi dengan salah satu dari dua cara: berfotosintesis untuk mengubah
energi dari cahaya (mereka disebut fototrof) atau dengan memecah senyawa kimia
menggunakan oksidasi (disebut kemotrof).[98] Bakteri kemotrof menggunakan senyawa kimia
sebagai sumber energi dengan mentransfer elektron dari donor ke akseptor terminal dalam
reaksi redoks. Reaksi ini melepaskan energi yang dapat digunakan untuk bermetabolisme.
Kemotrof selanjutnya dibagi berdasarkan jenis senyawa yang mereka gunakan untuk mentransfer
elektron. Bakteri yang menggunakan senyawa anorganik seperti hidrogen, karbon monoksida,
atau amonia sebagai sumber elektron disebut litotrof, sedangkan yang menggunakan senyawa
organik disebut organotrof. Senyawa yang digunakan untuk menerima elektron juga digunakan
untuk mengklasifikasikan bakteri: organisme aerob menggunakan oksigen sebagai akseptor
elektron terminal, sedangkan organisme anaerob menggunakan senyawa lain seperti nitrat, sulfat,
atau karbon dioksida.

Banyak bakteri mendapatkan karbon untuk selnya dari karbon organik lain; mereka
disebut heterotrof. Bakteri lainnya seperti sianobakteri dan beberapa bakteri
ungu merupakan autotrof, artinya mereka memperoleh karbon dengan memfiksasi karbon
dioksida. Dalam situasi tertentu, gas metana dapat digunakan oleh bakteri metanotrof sebagai
sumber elektron dan sebagai substrat untuk anabolisme karbon.
 Tipe nutrisi dalam metabolisme bakteri

Tipe Sumber
Sumber karbon Contoh
nutrisi energi

Senyawa organik
(fotoheterotrof)
Cahaya Sianobakteri, bakteri belerang hijau, Chloroflexi,
Fototrof atau fiksasi
matahari dan bakteri ungu
karbon
(fotoautotrof)

Senyawa organik
(litoheterotrof)
Senyawa Thermodesulfobacteriaceae, Hydrogenophilaceae,
Litotrof atau fiksasi
anorganik dan Nitrospiraceae
karbon
(litoautotrof)

Senyawa organik
(kemoheterotrof)
Senyawa
Organotrof atau fiksasi Bacillus, Clostridium, dan Enterobacteriaceae
organik
karbon
(kemoautotrof)

Dalam banyak hal, metabolisme bakteri memberi manfaat bagi stabilitas ekologi dan kehidupan
manusia. Sebagai contoh, beberapa bakteri mampu memfiksasi gas nitrogen menggunakan
enzim nitrogenase. Sifat ini penting bagi lingkungan dan dapat ditemukan pada sebagian besar
tipe metabolisme bakteri yang disebutkan di atas, yang mengarah pada proses denitrifikasi,
reduksi sulfat, dan asetogenesis, yang semuanya penting secara ekologis. Proses metabolisme
bakteri juga berperan penting dalam pencemaran; misalnya, bakteri pereduksi sulfat sangat
bertanggung jawab atas produksi bentuk merkuri yang sangat beracun
(metilmerkuri dan dimetilmerkuri) di lingkungan. Bakteri anaerob nonrespiratori menggunakan
fermentasi untuk menghasilkan energi dan mengurangi daya, serta mengeluarkan produk
sampingan metabolik (seperti etanol dalam pembuatan bir) sebagai limbah. Bakteri anaerob
fakultatif dapat beralih antara fermentasi dan beberapa bentuk akseptor elektron terminal yang
berbeda, tergantung pada kondisi lingkungan tempat mereka berada.