Proses terjadinya ekspresi gen dengan menggunakan Open Reading Frame

finder (ORF finder)

ORF finder berfungsi untuk menjelaskan atau melihat lebih jelas kode-kode pada
proses translasi.
1. Buka situs http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/. Akan muncul
tampilan berikut.

2. Masukkan data origin ke kolom Enter Query Sequence.

3. Klik submit. Akan muncul tampilan seperti gambar (b).

Gambar (a)

Gambar (b)
4. Pada kolom sequence viewer, kita dapat menampilkan 6 cara pembacaan
CDS (six frames). Untuk melihatnya, klik track sequence Six-
frames translation configure
5. Setelah memilih configure, akan muncul tampilan seperti gambar.
ORF (+)

ORF (-)
6. Untuk melihat sequence dengan lebih detail, kita dapat memperbesar
tampilan dengan menggunakan zoom.
ORF (+)

ORF(-)
Bagian yang ditunjuk anak panah merupakan tampilan downstream dan upstream.
Downstream : rantai nukleotida dimulai dari ujung 5’-3’
Upstream : rantai nukleotida dimulai dari ujung 3’-5’

Bagian 443 aa merupakan asam amino yang ditranslasi (sama dengan hasil
translasi yang terdapat pada CCDS)

d e f g

a. Frame yang ditunjukkan oleh huruf a merupakan DNA yang ditranslasi

menjadi asam amino dimana kodon start sampai stop kodon berada di
daerah downstream dari basa nitrogen ke 4.
b. Tanda + : translasi dimulai dari 5’ ke 3’ (downstream)
c. Tanda - : translasi dimulai dari 3’ ke 5’ (upstream)
d. Pada kolom frame yang berisi angka 1,2, atau 3, menunjukkan bahwa
DNA memulai translasi dari basa nitrogen ke 3.
e. Start kodon ditunjukkan pada kolom “Start”. Start kodon menunjukkan
bahwa, translasi dimulai dari kodon 24.
f. Stop kodon ditunjukkan oleh kolom “Stop”. Stop kodon menunjukkan
bahwa, proses translasi berakhir pada kodon 1567.
g. Pada kolom “Length (bp aa)” menunjukkan bahwa, DNA ditranslasi
menjadi 443 asam amino dengan panjang 1332 pasang asam basa.