Nama : Giano Excelsis Pangemanan

NIM : 22/501739/PBI/01863

TUGAS OMICS
Review Jurnal Comparative Genomics

Comparative genomics reveals the evolution of antimicrobial resistance in

Bacteroides nordii
Vikas Sharma, Anshul Sood, Pallab Ray, Archana Angrup
Department of Medical Microbiology, Postgraduate Institute of Medical Education and
Research (PGIMER), Chandigarh, 160012, India

Genus Bacteroides terdiri dari basil Gram-negatif yang membentuk bagian penting dari

mikrobiota usus manusia dan memiliki potensi probiotik dan patogen. Anggota genus, terutama

kelompok B. fragilis (B. fragilis, B. thetaiotaomicron, dll.), telah diasosiasikan dengan kondisi

yang mengancam jiwa ketika dipindahkan dari habitat lokalnya, seperti yang terlihat pada

pasien dengan integritas mukosa yang terganggu dan penurunan kekebalan. Multidrug

resistance (MDR) pada kelompok B. fragilis sudah diketahui, dan whole genome sequencing

(WGS) telah digunakan untuk mengidentifikasi gen/mekanisme resistensi antimikroba (AMR)

pada kelompok ini. Namun, MDR pada B. nordii tidak diketahui hingga saat ini. Beberapa

studi genom baru-baru ini dilakukan pada berbagai patogen Bacteroides spp., yaitu. B.

thetaiotaomicron dan B. fragilis. Transfer materi genetik yang dimediasi mobilome telah

memainkan peran penting dalam mengembangkan krisis kesehatan masyarakat global AMR.

Misalnya, gen ermF , yang memberikan resistensi klindamisin pada anaerob , biasanya terletak

pada plasmid yang dapat dipindahkan bersama dengan gen yang mengkode resistensi terhadap

tetrasiklin. Pan-genom adalah metode yang menjanjikan untuk mempelajari dan

mengkarakterisasi evolusi genom patogen. Pan-genom terdiri dari gen inti dan aksesori. Gen

inti mikroorganisme mewakili potensi pengkodean minimal yang penting untuk kelangsungan
hidup dan pertumbuhan mereka di lingkungan tertentu. Gen aksesori mikroorganisme memberi

mereka keuntungan selektif untuk beradaptasi dengan ceruk ekologi tertentu.

Dalam penelitian ini, kami melakukan karakterisasi genom strain MDR pertama B.

nordii (PGMM4098) yang diisolasi dari sampel klinis. Posisi taksonomi B. nordii PGMM4098

ditentukan dengan menggunakan analisis filogenetik. Untuk mengeksplorasi potensi genom B.

nordii dalam hal pertumbuhan, kelangsungan hidup, dan patogenisitas, kami melakukan

analisis genomik komparatif yang komprehensif dari spesies ini. Kami selanjutnya melakukan

analisis Pan-genom B. nordii untuk mengeksplorasi karakteristik evolusionernya. Analisis

HGT dan tekanan selektif juga dilakukan untuk eksplorasi evolusi AMR pada B. nordii.

•Pengambilan sampel dan identifikasi isolat MDR B. nordii

1
•Uji kepekaan antimikroba fenotipik
2
•Identifikasi gen AMR menggunakan metode molekuler
3
•Ekstraksi DNA
4
•Pengurutan seluruh genom
5
•Preprocessing data dan perakitan genom
6
•Analisis genom
7
•Analisis Pan-genom
8
•Analisis tekanan selektif gen AMR
9
•Analisis transfer gen horizontal gen AMR
10

Gambar 1. Workflow Penelitian

 Hasil uji resistensi antimikroba fenotipik dan genotipik pada MDR B. nordii

PGMM4098 menunjukkan bahwa B. nordii PGMM4098 secara fenotip resisten terhadap

piperacillin-tazobactam, cefoxitin, metronidazole, dan clindamycin. Uji PCR mengonfirmasi

keberadaan gen cfxA, nimE, dan ermF yang memberikan resistensi terhadap beta-laktam

(piperacillin-tazobactam dan cefoxitin), metronidazole, dan klindamisin. Hasil uji karakteristik

genom umum draft genom B. nordii PGMM4098 memiliki ukuran hampir 6 Mbp (5.714.214

bp) dengan kandungan DNA G+C sebesar 40,80%.

Gambar 2. Plot genom pan dan inti dari spesies Bacteroides nordii (n = 13 anggota) (kiri)

dan Plot batang dari berbagai kelas COG hadir dalam genom pan Bacteroides nordii (kanan)

Ukuran Pan-genom B. nordii mengandung 8495 kluster gen, sedangkan ukuran genom-

intinya menampung 2649 kluster gen, yang merupakan ∼31% dari Pan-genom. Analisis COG

mengungkapkan "Metabolisme" (Mb) sebagai kategori COG paling melimpah dari gen inti,

sedangkan komponen aksesori dan unik diperkaya dengan fungsi COG "Penyimpanan dan

pemrosesan informasi" (ISP). Kelas COG "Mekanisme Pertahanan (V)" yang umumnya

mencakup gen AMR, telah ditemukan dalam proporsi yang lebih tinggi dalam komponen

tambahan dan unik dari genom pan dibandingkan dengan genom inti. Pada Analisis filogenetik
proteom inti terdiri dari 2649 protein yang dipertahankan dalam 13 galur B. nordii. Filogeni

mengungkapkan pengelompokan B. nordii PGMM4098 dengan B. nordii galur ERR1600577-

bin.6. Di antara semua strain, B. nordii PGMM4098 memiliki jumlah gen AMR maksimum

(n=6), termasuk aadS (resistensi streptomisin), adeF (pompa efluks multiobat),

cfxA3(resistensi β-laktam), ermF (resistensi macrolide-lincosamide-streptogramin B), nimE

(resistensi metronidazole), dan tetQ (resistensi tetrasiklin) yang dikodekan dalam genomnya.

Yang penting, B. nordii PGMM4098 adalah satu-satunya galur dengan gen nimE dalam

genomnya. Analisis Transfer gen horizontal dari gen resistensi antimikroba ditemukan hanya

empat gen, termasuk nimE , aadS , mef(En2) , dan ermB/F/G, masing-masing memberikan

resistensi metronidazole, streptomycin, macrolide , dan macrolide-lincosamide-streptogramin

B, telah ditemukan diperoleh melalui proses HGT. Tiga gen AMR yaitu, ermB/F/G, tetQ, dan

cfxA2/A3 masing-masing memberikan resistensi macrolide-lincosamide-streptogramin B,

tetrasiklin , dan β-laktam, telah ditemukan di bawah operasi tekanan selektif positif dengan

nilai ω masing-masing sebesar 1,52, 1,10, dan 1,41. ω > 1 menunjukkan tingkat mutasi non-

sinonim ke sinonim yang lebih tinggi dan menunjukkan prevalensi seleksi diversifikasi gen-

gen ini

Penelitian ini menyajikan karakterisasi genom B. nordii PGMM4098 yang

komprehensif, strain MDR pertama dari B. nordii yang diisolasi dari sampel klinis. B. nordii

PGMM4098 adalah satu-satunya galur dari spesies ini yang mengandung gen nimE, yang

memberikan resistensi metronidazol. Distribusi AMR pada B. nordii tercermin dalam analisis

evolusioner, yang telah menunjukkan genom terbuka dari spesies ini, menunjukkan

kemampuan untuk memperoleh gen baru yang mengarah pada munculnya fenotipe dan galur

baru. Untuk tujuan ini, tiga gen AMR, termasuk nimE, aadS, dan mef(En2), memberikan

resistensi metronidazol, streptomisin, dan makrolida, masing-masing, telah diprediksi

diperoleh oleh B. nordii melalui proses HGT intra-anaerob yang menunjukkan spesifisitas
donor dan adaptasi lingkungan B. nordii di usus manusia. Selanjutnya, ermB/F/G, tetQ, dan

cfxA2/A3 masing-masing memberikan resistensi macrolide-lincosamide-streptogramin B,

tetrasiklin, dan β-laktam, ditemukan di bawah tekanan selektif yang beragam yang dapat

menyebabkan munculnya strain resisten baru dari B.nordiidalam waktu dekat. Dengan

demikian, penggunaan antimikroba yang bijaksana adalah kebutuhan saat ini, dan manajemen

empiris perlu diperlambat. Secara keseluruhan, penelitian ini menyoroti penerapan WGS untuk

mempelajari prevalensi dan dasar genetik evolusi AMR pada patogen anaerob yang dipelajari.

Pendekatan :

Penelitian ini menggunakan pendekatan omics analisis genomik komparatif

komprehensif menggunakan kumpulan data genom yang tersedia untuk umum B. nordii.

Pendekatan ini digunakan oleh Alexander et al (2020) untuk membandingkan CGP pada solid

tumor STK11mut dan KEAP1mut dan hematologic malignancies.

Tools :

Tool omics yang digunakan adalah Pan-genome Analysis (Analisis Pan-genom) yang

mengungkapkan sifat terbuka B. nordii. Analisis ini menunjukkan akumulasi gen baru yang

terus menerus dalam komponen non-inti yang mengarah pada munculnya galur baru dari

spesies ini. Tool ini juga digunakan oleh Takahashi et al (2021) yang menggunakan Pan-

genome analysis untuk analisis komparatif dari multiple genome sequence dari Streptococcus

agalactiae. Karena dapat menunjukkan genom inti (mengandung gen yang ada di semua isolate

bakteri), genom dispensable/aksesori (gen yang tidak terdapat pada satu atau lebih isolat), dan

gen yang unit untuk setiap isolat.

 DAFTAR PUSTAKA

Sharma, V., Sood, A., Ray, P., & Angrup, A. (2022). Comparative genomics reveals the
evolution of antimicrobial resistance in Bacteroides nordii. Microbial Pathogenesis,
173, 105811.
Takahashi, T., Lee, S., & Kim, S. (2021). Genomic characteristics of Streptococcus agalactiae
based on the Pan-genome orthologous group analysis according to invasiveness and
capsular genotype. Journal of Infection and Chemotherapy, 27(6), 814-819.
Alexander, B., Sokol, E. S., Danziger, N. A., Pavlick, D. C., Elvin, J., Killian, J. K., ... & Ross,
J. S. (2020). 107P Immune Checkpoint Inhibitor (ICPI) resistance genes STK11 and
KEAP1: A comparative Comprehensive Genomic Profiling (CGP) study. Annals of
Oncology, 31, S283-S284.
Alexander, B., Sokol, E. S., Danziger, N. A., Pavlick, D. C., Elvin, J., Killian, J. K., Lin, D. I.,
Williams, E., Ramkissoon, S., Severson, E., Hemmerich, A., Duncan, D., Edgerly, C.,
Huang, R., Hiemenz, M., Reddy, P., McGregor, K., Venstrom, J., Schrock, A. B., &
Ross, J. S. (2020). 107P Immune Checkpoint Inhibitor (ICPI) resistance genes STK11
and KEAP1: A comparative Comprehensive Genomic Profiling (CGP) study. Annals
of Oncology, 31, S283–S284. https://doi.org/10.1016/J.ANNONC.2020.08.228