MIKROBIOLOGI

Pelatihan PPI Rumah Sakit 2019

Pokok Bahasan

 Karakteristikdan Morfologi Bakteri

 Mekanisme Resistensi
 Multi-drugs resistant organisms (MDRO)
Karakteristik dan Morfologi Bakteri
 MIKROBA/MIKROORGANISME

VIRUS

Perbedaan Struktur Bakteri dan Virus

Prokariot dan Eukariot
Prokariot
DNA menyatu dalam sitoplasma:
Bakteri:

Eukariot
Algae, protozoa, fungi, slime mold
Ukuran lebih besar
Terdapat mitokondria, inti sel
 Morfologi Sel Bakteri
 Bentuk: Bacteria
 Batang
 Kokus
 Spiral
 Filamen G+ G- Acid Wall Intra
fast less cellular
 Populasi sel bakteri
Rod Cocci Rod Cocci Spiral
 Individual
 Diplo-
 Staphylo-
 Strepto-
 Filamen
Klasifikasi Berdasarkan Struktur Dinding Bakteri
Pewarnaan Gram
(Hans Christian Gram)
Pewarnaan Gram: Manfaat
 Pada spesimen
 Menilai kualitas spesimen, kecurigaan infeksi
(lekosit)
 Membantu menentukan pilihan antibiotik empirik
(bila morfologi sel khas, mis. diplokokus)
 Tidak digunakan untuk semua spesimen (feses,
usap tenggorok) karena interpretasi sulit

 Pada isolat
 Kemurnian isolat
 Identifikasi untuk menentukan uji lanjutan
Klasifikasi Berdasarkan Kebutuhan O2

 Aerob obligat: O2 - 21%

 Anaerob obligat: O2 - 0-3%
 Anaerob fakultatif: ada O2 atau tidak
 Mikroaerofilik: O2 – 5-10%
Kurva Pertumbuhan Bakteri

 Tergantung nutrisi di
lingkungan

 E.coli: waktu pembelahan sel

20-30 menit di dalam medium
yang kaya nutrisi

 M.tuberculosis : 16-24 jam

Kecepatan tumbuh
Faktor yang menentukan bakteri adalah
penyebab infeksi

 Lokasi pengambilan specimen (organ

atau sistem)

 Terdapatnya pertumbuhan beberapa

bakteri  kontaminasi?

 Status imunologi pasien

Flora Normal
Contamination, Colonisation, Infection

Patel S.,Understanding Wound Infection and Colonisation, Wound Essentials, Vol.2;2007

Faktor Utama yang Berhubungan
dengan Infeksi termasuk HAIs

Pejamu Agen

Lingkungan
Pathogens vs. Host Defense

Infection = No.of Organisms x Virulence factors

(Infectious Diseases) Host Resistance
 Pemeriksaan Mikrobiologi Klinik

 Berbeda dengan pemeriksaan laboratorium lain,

pemeriksaan mikrobiologi: “a science of interpretive
judgment that is becoming more complex, not less”

 Pemeriksaan otomatisasi, genomik, proteomik?

interpretasi sangat tergantung pada kualitas spesimen

 Tidak ada pemeriksaan tunggal yang sempurna

IDSA Guidelines. Clin. Inf. Diseases Advance Access published July 10, 2013
Hasil Pemeriksaan Mikrobiologi 
Tatalaksana Pasien dengan Infeksi

 Terapi antibiotik empirik berdasarkan antibiogram

lokal

 Terapi antibiotik definit berdasarkan hasil identifikasi

mikroba dan uji kepekaan antimikroba

 Keterlambatan hasil  meningkatkan kemungkinan

pasien mendapat pilihan terapi empirik yang kurang
tepat
Pemeriksaan Selain Kultur

 Molekular deteksi DNA atau RNA dengan Metode PCR

 Bakteri yang tidak tumbuh in vitro
 Bakteri yang tumbuh lama atau sulit tumbuh
 Virus
 Jamur

 Serologi untuk deteksi Antigen dan/atau Antibodi akut

dan konvalesens
Mekanisme Resistensi
Struktur Bakteri – Kerja Antibiotik
Mekanisme Resistensi

 Bakteri menghasilkan enzim yang dapat menghancurkan

antibiotik sebelum terikat

 Pompa efluks: bakteri mengeluarkan molekul antibiotik

yang masuk ke sitoplasma sebelum terikat pada target

 Mengubah protein target tempat antibiotik terikat dan

bekerja

 Mengubah “outer membrane protein channel” yang

diperlukan antibiotik untuk masuk
Tenover,ke
FC.sel
The American Journal of
Medicine (2006) Vol 119 (6A), S3–S10
 Bagaimana Bakteri menjadi Resisten?

 Intrinsik: sifat resisten didapat secara alami, merupakan sifat

biologi mikroba

 Didapat:
 Bacteria yang bersifat sensitif terhadap suatu antibiotik kemudian
menjadi resisten
 Terjadi akibat mutasi atau mendapatkan materi genetik baru
 Mutasi kromosomal dan seleksi: vertical evolution
 Mendapatkan materi genetik baru dari bakteri lain yang resisten: horizontal
evolution

Tenover, FC. The American Journal of Medicine (2006) Vol 119 (6A), S3–S10
Hawkey, P. M BMJ 1998;317:657-660
Bagaimana Sifat Resistensi Dipindahkan?
 Mendapatkan gen pengkode sifat resistensi dari sel
bakteri lain Horizontal Gene Transfer
Selective Pressure/Selection

Saling hidup
keseimbangan ekosistem
Selective Pressure

ANTIBIOTIK
Selective Pressure

ANTIBIOTIK
Selective Pressure

ANTIBIOTIK
Selective Pressure

V
Multiple Drugs Resistant Organisms
(MDROs)
Multiple Drugs Resistant Organisms
(MDROs)

 a bacterium carries several resistance genes

 resistant to at least 1 agent from at least 3 classes (eg, b-

lactamase inhibitor combination drugs, cephalosporins,
fluoroquinolones).

Barie, PS. Surg Clin N Am 92 (2012) 345–391

 MDROs
 Gram positive organisms
• MRSA (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus)
• VRE (Vancomycin Resistant Enterococcus)

 Gram negative organisms

• ESBLs (extended Spectrum Beta Lactamase)
• CRE (Carbapenem Resistant Enterobacteriaceae)
• Pan Resistant Pseudomonas
• Pan resistant Acinetobacter

CDC: Management of Multidrug-Resistant Organisms in Healthcare Settings, Healthcare Infection

Control Advisory Committee, Jane D. Siegel et. al. pg 7-12
Sumber Infeksi MRSA di Rumah Sakit

 Pasien yang terkolonisasi atau terinfeksi

 Tenaga kesehatan yang terkolonisasi atau

terinfeksi

 Lingkungan yang terkontaminasi (permukaan)

Computer, floor next to patient’s bed, bed linens, patient
gowns, over-bed tables, blood pressure cuffs, bedside
rails, infusion pump buttons, door handles,
stethoscope, etc.
ESBL (Extended Spectrum Beta-lactamase)

 Enzim Betalactamase yang dihasilkan oleh bakteri

terutama golongan Enterobacteriaceae yang menyebabkan
terjadinya resistensi antibiotik TERUTAMA
cephalosporin generasi ke-3 (Ceftriaxone, Ceftazidim,
Cefotaxim, dll) dan aztreonam
Resistance in Enterobacteriaceae and
Nonfermenters (Ambler Classification)

Y. Pfeifer et al. International Journal of Medical

Microbiology 300 (2010) 371-379
Increasing Resistance in type A hospitals
in Indonesia

1. ESBL-producing Gram Negative Rods (Klebsiella pneumoniae

and Escherichia coli):
 20-28% (2005) in 2 referral hospitals
 27-56% (2013) in 6 referral Hospitals
 50-82% (2016) in 8 Referral Hospitals

2. MRSA:
 Pathogen in 5 hospitals: 28% (2005)
 MRSA screening (2016) in 8 referral hospitals: 2-7% at admission
and 1-8% at discharge
 Prospective obser vational study in 2 ICUs RSCM, April-Oct 2013
 Patients ≥1 8 year s old) admitted for more than 48 h, screening
cultures (admission; weekly; discharge) and clinical cultures
 Environmental samples were taken in Oct 2013 and Dec 2014
 Screening of healthcare worker s (HCWs) was per formed once
ACQUISITION OF CARBAPENEM-NONSUCEPTIBLE
ACINETOBACTER BAUMANNII-CALCOACETICUS
COMPLEX IN ICU
 D E V E L O P M E N T A N D E X E C U T I O N O F S T E WA R D S H I P I N T E R V E N T I O N S
AMY HANSON AND CHRISTOPHER W. CRANK

Laplante K., Cunha C., et al. Antimicrobial Stewardship: Principle and Practice, CAB Publisher, 2017
Kepentingan Klinis MDRO

 Manifestasi klinis sama dengan infeksi akibat bakteri yang

sensitif

 Pilihan antibiotik untuk terapi sangat terbatas

 Pasien dengan infeksi akibat MDRO dirawat di RS lebih

lama  biaya meningkat

 Mortalitas yang meningkat

Faktor Risiko Infeksi MDRO
 Penggunaan antibiotik sebelumnya
 Perawatan RS yang lama
 Penggunaan alat invasif (infus, kateter)
Kemungkinan pembentukan biofilm
 Tinggal dalam waktu lama di tempat perawatan
diluar RS
 Praktik pengendalian infeksi yang tidak adekuat

 Penggunaan antibiotik dalam waktu yang lama

Simpulan
 Mikroba: bakteri, virus, jamur, parasit, amuba, cacing

 Pemeriksaan mikrobiologi:
 Isolasi memerlukan waktu, suasana dan kondisi yang beragam
 Identifikasi dengan metode bermacam-macam
 Uji kepekaan

 Kualitas hasil tergantung fase pre-analitik, analitik, pasca-

analitik

 MDRO meningkat di Indonesia dan Dunia