Program Studi Agroteknologi Fakultas Pertanian Universitas Sebelas Maret (UNS) Surakarta
DISAMPAIKAN PADA PELATIHAN TEKNIS FUNGSIONAL PENGAWAS BENIH, 26-27 Agustus 2008 Di Hotel Indah Jaya Jl. Hasanudin No.116-118 Srambatan, Surakarta
Terminologi
Hortikultur, Horticulture :
the art and science dealing with fruits, vegetables, flowers, ornamentals, shrubs, and amenity trees (Glossary Plant Pathological
Terms, 1998) Seni dan ilmu yang berhubungan dengan buah, sayuran, bunga, tanaman hias, perdu, dan pohon yang memiliki daya tarik Karakter pentingnya: beresiko tinggi terhadap serangan hama penyakit
Penyakit, disease Any malfuctioning of host cells and tissues that results from comtinoues
irritation by a pathogen or environmental factor and leads to development to symptom (Agrios, 2005)
Adanya malfungsinya sel dan jaringan inang sebagai akibat dari iritasi yang terus-menerus oleh suatu agens patogenik atau faktor lingkungan dan mengarah pada berkembangnya gejala
Terminologi (lanjutan)
Identifikasi, identification:
the study of the characters of a thing or an organism to determine its name (APS, 1998)
Studi tentang karakter suatu barang atau organisme untuk menentukan namanya
Identifikasi penyakit : Studi tentang karakter penyakit untuk menentukan nama suatu penyakit
Diagnosis
Diagnosis: identification of the nature or cause of a disease or other condition Diagnostic : a distinguishing characteristic important for identification of disease or other conditions (Glossary Plant Pathological Terms,
1998)
Penyakit
Penyakit menular (infectious disease) = penyakit patogenik = penyakit parasitik = penyakit parasiter Penyakit tidak menular (non-infectious disease) = penyakit non patogenik = penyakit non parasitik = penyakit non parasiter = penyakit fisiologi
Penyakit menular
Penyakit yang disebabkan oleh patogen Patogen: mikro/makro organisme (termasuk virus) yang dapat menyabkan penyakit - Jamur - Bakteri - Virus - Nematoda - Actinomycetes - dan lain-lain: Mikoplasma, Spiroplasma, Tumbuhan tingkat tinggi
Untuk pengendalian
Merancang pengelolaan penyakit di lapangan Penjaminan benih/bibit sehat Mencegah penyebaran patogen lintas wilayah oleh petugas karantina tumbuhan
Untuk penelitian
Prinsip-prinsip diagnoisis
Mudah, simplicity-easy Cepat, times spent-short Akurat, reliability-accurate Murah, cost-cheap Praktis, applicability-practical
Langkah pertama adalah menentukan apakah penyakit disebabkan oleh suatu patogen atau faktor lingkungan. Pada kasus-kasus tertentu gejala penyakit dan tanda patogennya adalah nampak jelas sehingga didukung pengalaman dan buku referensi yang ada identifikasi dan diagnosis mudah dilakukan Namun dalam kebanyakan kasus, pengujian yang detil terhadap gejala dan patogen diperlukan
Kehadiran suatu tumbuhan tinggi parasitik yang tumbuh pada suatu tanaman adalah cukup untuk diagnosis suatu penyakit
1.
2.
Ketika miselia fungi dan spora atau bakteri hadir pada suatu bagian tanaman sakit ada dua kemungkingan, harus dipertimbangkan: Fungi atau bakteri adalah penyebab penyakit yang sebanarnya Fungi atau jamur tersebut adalah satu dari banyak fungi atau bakteri saprofitik yang dapat hidup pada jaringan mati oleh penyebab lain yang mungkin juga oleh fungi atau bakteri
Fungi
Pada penyakit tertentu yang telah dilaporkan, pengamatan visual dan mikroskopis terhadap struktur meselia, badan buah, dan spora yang menyertai gejala diikuti dengan identifikasi dan pengecekan dengan buku manual yang sesuai adalah cukup untuk menentukan fungi tersebut patogen atau saprofit Namun, pada banyak kasus struktur miselia, badan buah maupun spora tidak muncul pada tanaman sakit sehingga identifikasi fungi tidak mungkin dilakukan Fungi tertentu memerlukan isolasi dengan media selektif dan pemacuan sporulasi dengan kondisi tumbuh yang khusus
Struktur koloni Struktur khusus fungi:ex. Pembentukan sclerotium, klamidospora Pewarnaan media oleh senyawa ektraseluler fungi
Kurang banyak berkembang Karakter fisiolagi terbatas pada reaksi pertumbuhan pada batas toleransi maksimal, minimal terhadap salinitas, suhu, dan pH media
A. Gejala bercak ungu pada daun bawang dun; B. Konidia dengan mikroskop stereo; C. Konidia dengan mikroskop majemuk
Bakteri
Bakteri terlalu kecil untuk diamati secara visual maupun dengan mikroskop majemuk Gajala spesifik dan tanda patogen sering diandalkan untuk identifikasi penyakit secara cepat pada penyakit yang telah umum dikenal Banyak kasus, media selektif dan teknik diagnosis tertentu diperlukan
Gejala spesifik penyakit darah pisang, oleh blood disease bakterium (BDB)
Tanda bakteri patogen berupa ooze yang keluar dari sistem pembuluh
B A
A. Sticky strand test on cut stem with bacterial streaming (oozing) from xylem vessels of melon infected Ervinia tracheiphila, causing bacterial wilt B. Oozing bakteri keluar dari pembuluh di bawah mikroskup stereo
A. Identifikasi bakteri berfluoresen dengan media King B; B. BDB pada media CPG, BDB media TTC
Struktur koloni pada media spesifik sering juga digunakan untuk mengenali bakteri patogen
Koloni Xanthomonas campestris pv. campestris penyebab penyakit busuk hitam pada kubis. Koloni berwarna kuning dengan membentuk halo
Suspensi bakteri 108 sel /mL diijeksikan pada daun tembakau (Nicotiana tabacum)
Pengamatan mikroskopis
Pada jaringan sakit yang berat bakteri dapat mencapai 108 109 sel/gram jaringan sakit Cucian ooze dari jaringan sakit atau cultur murni dapat dilihat di bawah mikroskop majemuk dengan perbesaran 400-1000x bakteri motil akan lebih jelas terlihat
Ada beragam teknik inokulasi untuk uji patogenisitas, seperti suspensi bakteri yang aplikasikan pada tempat infeksi dengan - Injection - Spraying on abaxial foliages
- Soil drenching - Dropping on infection site - Seed germination on infested medium in plate
Sangat berkembang dan banyak ragamnya Uji gram, kemotropi, penggunaan sumber karbon, oksidasi substrat, reduksi nitrat dll. Memerlukan waktu terlalu lama dan tidak praktis tetapi merupakan karakterisasi standar secara konvensional untuk identifikasi secara lengkap
Reaksi bacteriophage
Kerentanan bakteri terhadap virus bakteri (bakteriofage) dapat menjadi salah satu karakter spesies bakteri
Struktur bakteriofage
Spesies bahkan strain memiliki keragaman kemampuan dalam memanfaatkan berbagai sumber karbon 569 taksa bakteri gram negatif dan 223 gram positif dapat diidentifikasi dengan perangkat ini Cawan mikrotiter terdiri dari 95 subtrat sumber karbon dan satu kontrol Inkubasi pada suhu 27-28 oC, selama 4-24 jam Reaksi terlihat adanya prubahan pewarnaan oleh TTC Hasil dianalisis dengan perangkat lunak Microlog
Cukup sensitif, spesifik, akurat, cepat, dan mudah dilakukan Antiserum monoklonal dan policlonal telah tersedia untuk bakteri tertentu Sensitifitas 104-106 sel/mL
Banyak metode sidik jari DNA yang berbasis PCR (Polymerase Chain Reaction) telah dikembangkan Banyak bakteri patogen yang telah tersedia primer spesifiknya atau primer universal Sensitifitas 102-103sel/mL
A.
B. C.
Idendtifikasi BDB dengan Primer spesifik: 1. BDB, C+. Kontrol positif , C-. Kontrol negatif Identifikasi Ervinia spp dengan PCR-RAPD dengan Primer Universal: 1. E. stewartei, 2. E. carotovora, 3. P. syringe, C-. Kontrol negatif (Oliver, 1993 Identifikasi X.campestris dengan rep-PCR; 1-2 Xc pv carotae, 3-4 Xc pv
coriandri
Virus
unculturable Too small-visualized in light microscope except x bodies belong to some viruses
Identifikasi/diagnosis: Gejala spesifik, uji patogenitas, uji spesifitas penularan, pengamatan struktur khusus, teknik molekuler yang dapat gunukan untuk identifikasi
Pada kasus tertentu, gejala serangan virus memiliki gejala yang spesifik Dengan menggunakan buku manual yang sesui dapat cepat didiganosis Pada kasus lain sering menimbulkan gejala yang mirip dengan gejala virus lain, hama kecil, keracunan herbisida, atau defisiensi
Sebagian virus dapat ditularkan secara mekanik Nicotiana spp. and Chenopodium spp. Umum digunakan sebagai tanaman indikator Membentuk dua tipe gejala: lesio lokal dan sistemik
A. Gejala cucumber mozaic virus pada selada rimania, B. Beet yellow stunt virus pada crisphead lettuce (Davis et al. 2002), C. Zucchini yellow mozaic virus pada Summer squash (Zitter et al.,1998)
A. Gejala daun ketimun teserang spider mites, B. Spider mites, Tetranychus sp.
Sebagian virus tumbuhan adalah dapat (alternative) dan atau hanya dapat ditularkan oleh vektor spesifik
A. Aphid, Myzus persicae (dewasa) B. Whitefly, Bemissia sp. (dewasa)
Potyviridae produce
pinwheel inclusions
Virus terselubungi oleh protein yang disebut sebagai coat protein Protein virus (antigen) akan berinteraksi terhadap antibodi (antiserum) spesifik yang diproduksi binatang yang diinjeksikan antigen tersebut Enzyme-Linked Immunosorbent Assay (ELISA)teknik paling populer Banyak antiserum tersedia di pasaran
Petani dan alamat lengkap Varietas Stadia tanaman Pola kejadian di pertanaman Serangga dan organisme lain Sejarah lahan atau pertanaman sebelumnya Kondisi lingkungan pertanaman Keadaan pertanaman sekitarnya Praktik teknik bididaya
Penyakit yang telah umum dikenal, berdasarkan gejala dan patogen yang ada akan mudah dapat diidentifikasi atau diadiagnosis dengan buku manual yang tersedia Namun, apabila suatu patogen diduga menyebabkan penyakit tetapi belum ada laporan yang mendukungnya maka Postulat Koch dapat digunakan untuk verifikasi hipotesis
chamber
Ruang isolasi, bakteri, jamur, dan jamur sebaiknya terpisah Buku manual identifikasi: ex. Compendium, identification guides manuals Komputer dengan internet on line Perangkat kelengkapan (KIT) pendukung isolasi, kultur, dan pengamatan mikroskopis
KESIMPULAN
Identifikasi penyakit merupakan kegiatan mendasar yang sangat penting dalam pengendalian penyakit tumbuhan hortikultura Identifikasi penyakit dapat dilakukan melalui: 1. pengamatan gejala dan tanda penyakit, 2. isolasi patogen dan inokulasi pada tanaman indikator 3. pengamatan karakter biokemis dan fisiologis, 4. pengamatan mikroskopis, 5. teknik serologi, 6. teknik molekuler berbasis asam nukleat.
An important statement
The plant disease identification is a scientific art that is enhanced with experience and constant study (Shurtleff and Averre, 1999)