MIKROBIOLOGI

Pelatihan IPCD 2019

Pokok Bahasan

 Karakteristikdan Morfologi Bakteri

 Mekanisme Resistensi
 Multi-drugs resistant organisms
 MIKROBA/MIKROORGANISME

VIRUS

Perbedaan Struktur Bakteri dan Virus

Prokariot dan Eukariot
Prokariot
DNA menyatu dalam sitoplasma:
Bakteri:

Eukariot
Algae, protozoa, fungi, slime mold
Ukuran lebih besar
Terdapat mitokondria, inti sel
 Morfologi Sel Bakteri
 Bentuk: Bacteria
 Batang
 Kokus
 Spiral
 Filamen G+ G- Acid Wall Intra
fast less cellular

 Populasi sel bakteri Rod Cocci Rod Cocci Spiral

 Individual
 Diplo-
 Staphylo-
 Strepto-
 Filamen
Klasifikasi Berdasarkan Struktur Dinding Bakteri
Pewarnaan Gram
(Hans Christian Gram)
Pewarnaan Gram: Manfaat
 Pada spesimen
 Menilai kualitas spesimen, kecurigaan infeksi
(lekosit)
 Membantu menentukan pilihan antibiotik empirik
(bila morfologi sel khas, mis. diplokokus)
 Tidak digunakan untuk semua spesimen (feses, usap
tenggorok) karena interpretasi sulit

 Pada isolat
 Kemurnian isolat
 Identifikasi untuk menentukan uji lanjutan
Klasifikasi Berdasarkan Kebutuhan O2

 Aerob obligat: O2 - 21%

 Anaerob obligat: O2 - 0-3%
 Anaerob fakultatif: ada O2 atau tidak
 Mikroaerofilik: O2 – 5-10%
Kurva Pertumbuhan Bakteri

 Tergantung nutrisi di
lingkungan

 E.coli: waktu pembelahan sel

20-30 menit di dalam medium
yang kaya nutrisi

 M.tuberculosis : 16-24 jam

 Analitik tanpa Otomatisasi
Hari 1
Inokulasi Hari 2/3
spesimen Koloni
untuk kultur dimurnikan
bakteri aerob

Hari 3/4
Koloni murni
diidentifikasi

Hari 4/5
Hasil Hari 5/6
identifikasi Baca hasil dan
Uji kepekaan Pelaporan
antibiotik
 Analitik tanpa Otomatisasi

Hari 1
Inokulasi spesimen untuk
kultur bakteri aerob

Hari 2
1 koloni terpisah (dianggap
murni):
Uji identifikasi
Kultur Bakteri Aerob yang non- Uji kepekaan antibiotik
fastidious
 Analitik dengan Otomatisasi

La BomBardi, VJ. Maximizing the Use of Adv. Expert System to Improve Patient Care. Mount Sinnai
Factors to consider When Determining
Whether Testing is Warranted

 The body site from which the organism was

isolated

 Thepresence of other bacteria and the

quality of the specimen from which the
organism was grown

 The host’s status

Flora Normal
Contamination, Colonisation, Infection

Patel S.,Understanding Wound Infection and Colonisation, Wound Essentials, Vol.2;2007

 Pemeriksaan Mikrobiologi Klinik

 Berbeda dengan pemeriksaan laboratorium lain,

pemeriksaan mikrobiologi: “a science of interpretive
judgment that is becoming more complex, not less”

 Pemeriksaan otomatisasi, genomik, proteomik?

interpretasi sangat tergantung pada kualitas spesimen

 Tidak ada pemeriksaan tunggal yang sempurna

IDSA Guidelines. Clin. Inf. Diseases Advance Access published July 10, 2013
 Bakteri adalah prokariotik:
 lebih sederhana daripada
eukariotik
 Berkembang biak sangat
cepat Penanganan spesimen:
 Pengambilan
 kemampuan adaptasi pada
pengaruh antibiotik atau  Transportasi

respon imun  Penyimpanan

sangat mempengaruhi
interpretasi hasil

“Pre-analytical specimen management

in microbiology is CRITICAL TO ACCURACY”
IDSA Guidelines. Clin. Inf. Diseases Advance Access published July 10, 2013
 Pre-analitik
• Apakah penyakit pasien saya akibat infeksi
mikroba? Jika YA, apa?
Klinisi • Bagaimana kepekaan mikroba (bakteri) tersebut K
terhadap antimikroba (antibiotik), sehingga
terapi yang dipilih tepat target? O
M
Perawat •Pengambilan dan Penyimpanan Spesimen
U
N
I
K
Kurir •Transportasi Spesimen

A
S
I
Lab •Penerimaan/Penolakan Spesimen

IDSA Guidelines. Clin. Inf. Diseases Advance Access published July 10, 2013
Hasil Pemeriksaan Mikrobiologi 
Tatalaksana Pasien dengan Infeksi

 Terapi antibiotik empirik berdasarkan antibiogram

lokal

 Terapi antibiotik definit berdasarkan hasil identifikasi

mikroba dan uji kepekaan antimikroba

 Keterlambatan hasil  meningkatkan kemungkinan

pasien mendapat pilihan terapi empirik yang kurang
tepat
Pemeriksaan Selain Kultur

 Molekular deteksi DNA atau RNA dengan Metode PCR

 Bakteri yang tidak tumbuh in vitro
 Bakteri yang tumbuh lama atau sulit tumbuh
 Virus
 Jamur

 Serologi untuk deteksi Antigen dan/atau Antibodi akut

dan konvalesens
Struktur Bakteri – Kerja Antibiotik
Mekanisme Resistensi

 Bakteri menghasilkan enzim yang dapat menghancurkan

antibiotik sebelum terikat

 Pompa efluks: bakteri mengeluarkan molekul antibiotik

yang masuk ke sitoplasma sebelum terikat pada target

 Mengubah protein target tempat antibiotik terikat dan

bekerja

 Mengubah “outer membrane protein channel” yang

diperlukan antibiotik untuk masuk ke sel
Tenover, FC. The American Journal of
Medicine (2006) Vol 119 (6A), S3–S10
 Bagaimana Bakteri menjadi Resisten?

 Intrinsik: sifat resisten didapat secara alami, merupakan sifat

biologi mikroba

 Didapat:
 Bacteria yang bersifat sensitif terhadap suatu antibiotik kemudian
menjadi resisten
 Terjadi akibat mutasi atau mendapatkan materi genetik baru
 Mutasi kromosomal dan seleksi: vertical evolution
 Mendapatkan materi genetik baru dari bakteri lain yang resisten: horizontal
evolution

Tenover, FC. The American Journal of Medicine (2006) Vol 119 (6A), S3–S10
Hawkey, P. M BMJ 1998;317:657-660
Bagaimana Sifat Resistensi Dipindahkan?
 Mendapatkan gen pengkode sifat resistensi dari sel
bakteri lain
Selective Pressure

Saling hidup
keseimbangan ekosistem
Selective Pressure

ANTIBIOTIK
Selective Pressure

ANTIBIOTIK
Selective Pressure

ANTIBIOTIK
Selective Pressure

V
 Native
Organisms
Decontamination
Antibiotic Isolation/
Management Barrier
Precautions

Hand Hygiene

Health
Policy

Eradication Surveillance

Emergence Transmission
Perl TM. Gram Negative Bacterial Resistance in Healthcare: The Brave New World Healthcare
Multiple Drugs Resistant Organisms
(MDROs)

 a bacterium carries several resistance genes

 resistant to at least 1 agent from at least 3 classes (eg, b-

lactamase inhibitor combination drugs, cephalosporins,
fluoroquinolones).

Barie, PS. Surg Clin N Am 92 (2012) 345–391

 MDROs
 Gram positive organisms
• MRSA (Methicillin Resistant Staphylococcus aureus)
• VRE (Vancomycin Resistant Enterococcus)

 Gram negative organisms

• ESBLs (extended Spectrum Beta Lactamase)
• CRE (Carbapenem Resistant Enterobacteriaceae)
• Pan Resistant Pseudomonas
• Pan resistant Acinetobacter

CDC: Management of Multidrug-Resistant Organisms in Healthcare Settings, Healthcare Infection

Control Advisory Committee, Jane D. Siegel et. al. pg 7-12
Evolution of Drug Resistance in S. aureus
Penicillin Methicillin
Penicillin-resistant Methicillin-
S. aureus resistant
[1950s] S. aureus [1970s]
S. aureus (MRSA)

Vancomycin
[1997]

[1990s]

Vancomycin- Vancomycin Vancomycin-resistant

resistant intermediate- enterococci (VRE)
S. aureus resistant
S. aureus
(VISA)
MRSA world wide prevalence
 2008/9 PAMKI
multicenter
MRSA study

184/678 (27%) clinical

S.aureus  MRSA
Staphylococcus aureus pada Manusia

 Flora normal
Kulit dan mukosa: anterior nares, oropharynx, axilla,
umbilicus, inguinal area, perirectal areas

 Patogen
Menyebabkan penyakit infeksi dengan klinis yang
beragam dari ringan  mengancam jiwa ( sepsis, deep
abscesses, pneumonia, osteomyelitis, infective
endocarditis)
S.aureus Nasal Carriage

 Persistent carriers, intermittent carriers, non-carriers

 Berperan penting dalam epidemiologi penyakit

 1931terbukti hubungan antara S.aureus pada karier

(hidung) dan penyebab infeksi (Solberg, 1965)

 Infeksi nosokomial kebanyakan bersumber endogen

Sumber Infeksi MRSA di Rumah Sakit

 Pasien yang terkolonisasi atau terinfeksi

 Tenaga kesehatan yang terkolonisasi atau

terinfeksi

 Lingkungan yang terkontaminasi (permukaan)

Computer, floor next to patient’s bed, bed linens, patient
gowns, over-bed tables, blood pressure cuffs, bedside
rails, infusion pump buttons, door handles,
stethoscope, etc.
ESBL (Extended Spectrum Beta-lactamase)

 Enzim Betalactamase yang dihasilkan oleh bakteri

terutama golongan Enterobacteriaceae yang menyebabkan
terjadinya resistensi antibiotik TERUTAMA
cephalosporin generasi ke-3 (Ceftriaxone, Ceftazidim,
Cefotaxim, dll) dan aztreonam
Resistance in Enterobacteriaceae and
Nonfermenters (Ambler Classification)

Y. Pfeifer et al. International Journal of Medical

Microbiology 300 (2010) 371-379
Increasing Resistance in type A hospitals
in Indonesia

1. ESBL-producing Gram Negative Rods (Klebsiella pneumoniae

and Escherichia coli):
 20-28% (2005) in 2 referral hospitals
 27-56% (2013) in 6 referral Hospitals
 50-82% (2016) in 8 Referral Hospitals

2. MRSA:
 Pathogen in 5 hospitals: 28% (2005)
 MRSA screening (2016) in 8 referral hospitals: 2-7% at admission
and 1-8% at discharge
The prevalence of ESBL producing E.coli and Klebsiella pneumoniae in
6 hospitals in Indonesia tahun 2013

E.Coli K.Pneumonie
60 56,39% 56,8%
51,69% 52,23%
50
45,33%
40,83%
40 37,82%
34,31% 32,16% 32,7%
30 27,94% 26,71%

20

10

0
RSDS RSSA RSDM RSDK RSSD RSP

45 Data surveillance PPRA-Balitbangkes-WHO 2013

MDR-Gram Negative in ICU, Top Referal-Hospital
in Indonesia

MDR 2011 2013-2015

ESBL-Enterobacteriaceae 58.4%a 76.5%b
AmpC-Enterobacteriaceae 2%a 7.8%b
AmpC+ESBL - 7.8%b
Enterobacteriaceae
Non-S Carbapenem 27.6%c 24%d
(Enterobacteriaceae) (K.pneumoniae)
Non-S Carbapenem 50.5%c 93%e
Acinetobacter baumanii Acinetobacter
baumanii

a. Poster Presentation in PIT PAMKI Semarang, 2013

b. Poster Presentation, IARW and PAMKI Congress, 2015
c. Anis Karuniawati, et al. Acta Med Indones-Indones J Intern Med. Vol. 45. No.2. April 2013
d. Poster Presentation, ECCMID, 2016
e. Yulia Rosa, on going research, 2015
 BETALACTAMSE PRODUCING GNB
IN THE ICU-RSCM-JAKARTA, 2011

ESBL AmpC Carbapenemase

Enterobacteriaceae 58.4% 2% 27.6%a

Pseudomonas aeruginosa - - 21.9%b
Acinetobacter baumanii - - 50.5%

 a: one isolate has NDM-1

 b: four isolates have IMP-1
 None has VIM-2, KPC-2, OXA-48

Poster Presentation in PIT PAMKI 2013, Semarang

Anis Karuniawati, et al. Acta Med Indones-Indones J Intern Med. Vol. 45. No.2. April 2013
 ACINETOBACTER BAUMANII
CA R BA PE NE M S U S CE P TI B IL I TY
I CU, T YPE A H O S P I TA L 2 01 3 -20 1 4

Specimen with A.baumannii

Total Carb -R Carb-S
positive culture
RECTAL (screening) 101 92 9
THROAT (screening) 125 114 11
BAL 3 3  
BLOOD 8 8  
SPUTUM 89 87 2
URINE 5 3 2
TISSUE 4 4  
CVC 3 3  
ENVIRONTMENT 2 2  
  340 316 24

Saharman, YR., on going research 2015, Unpublished Data

CLUSTER ANALYSIS OF A.BAUMANNII

Saharman, YR., et al. Poster Presentation. ICAAC, 2014

Kepentingan Klinis MDRO

 Manifestasi klinis sama dengan infeksi akibat bakteri yang

sensitif

 Pilihan antibiotik untuk terapi sangat terbatas

 Pasien dengan infeksi akibat MDRO dirawat di RS lebih

lama  biaya meningkat

 Mortalitas yang meningkat

Faktor Risiko Infeksi MDRO
 Penggunaan antibiotik sebelumnya
 Perawatan RS yang lama
 Penggunaan alat invasif (infus, kateter)
Kemungkinan pembentukan biofilm
 Tinggal dalam waktu lama di tempat perawatan
diluar RS
 Praktik pengendalian infeksi yang tidak adekuat

 Penggunaan antibiotik dalam waktu yang lama

Simpulan
 Mikroba: bakteri, virus, jamur, parasit, amuba, cacing

 Pemeriksaan mikrobiologi:
 Isolasi memerlukan waktu, suasana dan kondisi yang beragam
 Identifikasi dengan metode bermacam-macam
 Uji kepekaan

 Kualitas hasil tergantung fase pre-analitik, analitik, pasca-

analitik

 MDRO meningkat di Indonesia dan Dunia